조심 2022전0054 (2022.06.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2006.8.3. OOO 일대의 토지 58,171m²(건축물 41,443.92m²)에 소재하는 기존 건축물을 철거하고 새로운 주택 등을 재건축하기 위해 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도정법”이라 한다)에 의해 설립인가를 받아 설립된 재건축정비사업조합으로서, 2010.1.11. 사업시행인가를, 2014.8.6. 관리처분계획인가를 받아 재건축사업을 시행하고 2018.5.30. 준공완료(사용승인)하여 현재 해산절차를 진행 중에 있다. 나. 청구법인은 2014년부터 2018년까지 「법인세법 시행령」 제69조 제1항에 의해 작업진행률 기준으로 각 사업연도의 수익과 비용을 인식하였고, 2016.2017사업연도에 “중소기업”이 아닌 “그외 기타법인”으로 법인구분하여 신고한바, 2019.7.5. 각 사업연도(2014∼2018년)의 수익사업에 직접 대응되는 개별손금을 공통경비로 안분계산한 오류를 경정하고(이하 “경정사유①”이라 한다) 조합원의 종전부동산 취득시기와 취득가액의 오류를 경정(이하 “경정사유②”라 한다)하기 위해 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.2.19. 경정사유①은 인용하였으나, 경정사유②는 거부하였으며, 청구법인이 이에 불복하여 제기한 심판청구 결과(조심 OOO, 2020.10.22. 재조사 결정 및 조심 OOO, 2021.8.18. 인용 결정) 해당 경정청구 거부처분은 취소되었다. 다. 처분청은 위 인용결정에 따라 2021.8.30. 법인세를 환급(2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원)하면서, 청구법인이 2017사업연도 이월결손금 공제한도를 80%로 적용하여야 함에도 100%로 적용한 잘못이 있다고 보아 2021.9.6. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(해당 세액을 확정전 보전압류한 후 환급세액에서 차감)하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 도정법에 의하여 한시적으로 설립된 법인인바, 「법인세법」 제13조 단서에 따라 이월결손금 공제한도가 100%인 “회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인”과 유사함에도 불구하고, 처분청이 공제한도를 80%로 적용한 것은 ① 해당 조항의 입법목적이나 취지, ② 조세평등주의 및 ③ 신뢰보호원칙에 위반된다. (가) 첫째, 청구법인은 도정법에 의해 설립된 재건축정비사업조합법인으로서, 도시 및 주거환경의 개선과 주거안정 및 주거생활의 질적 향상이라는 ‘공익사업목적’을 가지고 법령에 의해 설립되고, 법인설립인가에서부터 정비사업구역지정과 관리처분계획인가에 이르기까지 법령에 따라 주무관청의 인가를 얻어야 하며, 인가된 계획(분양계획 등)에 따라서 철거 및 재건축 사업을 할 수 있고, 분양이 완료되면 기업의 수명이 다하는 등 특수목적을 갖고 한시적으로 설립된 비영리법인에 해당한다. 따라서 「법인세법 시행령」 제10조 제1항 제4호 내지 제5호에서 열거하는 법인과 유사한 형태의 법인으로서 “법령에 의해 한시적으로 설립된(존립하는) 법인”이라는 공통성을 갖고 있고, 법령에 의해 특수목적으로 설립된 「공동주택 특별법」에 따른 특수목적 법인, 「부동산투자회사법」에 따른 기업구조조정 부동산투자회사 및 위탁관리회사 등과 유사한 법인에 해당한다. 2016년에 이월결손금 공제한도를 신설하고 2021년에 공제기간을 10년에서 15년으로 확대한 입법자의 의도는 계속사업을 전제로 하는 내국법인에 대하여 이월결손금의 공제가 집중되지 아니하도록 하는 것이지, 법령에 의해 한시적으로 설립된 기업을 대상으로 조세채권을 확대하고자 하는 목적은 아니다. 「국세기본법」 제18조 제1항에서는 세법을 해석ㆍ적용할 때 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 규정하여 합목적적 해석 내지 목적론적 해석을 인정하고 있는바, 이월결손금 공제한도를 배제하도록 「법인세법 시행령」을 해석하는 것이 입법 목적과 취지에 부합한다. (나) 둘째, 도정법에 따라 한시적인 정비사업을 위해 설립된 청구법인의 특성상, 수익인식 방법 중 “작업진행률 기준” 또는 “완성도(인도일) 기준”의 선택과 무관하게 1개의 목적사업(재건축사업)으로 얻게 되는 전체적인 과세소득은 동일하여야 공평과세원칙에 부합하는 것인데, 이 건과 같이 이월결손금 공제한도를 적용한다면 ① “완성도(인도일)기준”으로 수익과 비용을 인식한 법인은 재건축사업기간 동안 발생된 세법상 손금을 인도일이 속하는 사업연도의 손금으로 100% 공제받을 수 있으나, ② 청구법인과 같이 “작업진행률 기준”으로 수익과 비용을 인식한 법인은 재건축사업기간 동안에 소요된 손금 중 이월된 결손금을 100% 공제받지 못하는 불합리하고 불공평한 결과를 초래한다. (다) 셋째, 청구법인은 2014.8.6. 관리처분계획인가를 받은 이후 당시 「법인세법」에 따라 10년 이내에 발생된 이월결손금을 한도없이 전액 공제받을 수 있다고 믿고 인도일 기준 대신 작업진행률 기준을 선택하여 수익을 인식하여 왔는데, 2016.1.1. 「법인세법」 제13조 가 이월결손금에 공제한도를 도입한 이후 처분청이 청구법인의 2017사업연도 법인세 과세표준 계산시 이월결손금 공제한도 80%를 적용한 것은 청구법인의 신뢰에 반하는 것이고, 이로 인해 청구법인은 이월된 결손금을 공제받을 수 있는 방법이 없다. 또한 처분청은 2016사업연도에 대한 세무조사 결과통지(2019.10.28.) 및 2017사업연도에 대한 경정청구 결과통지(2020.2.27.)시 이월결손금 한도를 적용하지 아니하였음에도 지금에 와서 이를 번복하는 것은 잘못이다. (2) 청구법인은 이월결손금 공제한도(80%)가 적용되지 아니하는 중소기업에 해당하므로 이월결손금의 공제한도를 적용할 수 없다. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 각종 세액감면이나 세액공제 등 조세의 특례를 적용하기 위해 중소기업 여부를 판단하는 경우에는 세법을 엄격히 해석·적용하여야 할 것이나, 「법인세법」 제13조 에 의한 과세표준을 계산함에 있어서 이월결손금 공제의 입법취지와 과세의 형평성을 위해 「국세기본법」 제14조 제2항에 의한 실질과세원칙에 따라 중소기업을 판단하여야 할 것이다. 이에 따라 볼 때, 청구법인이 2014년부터 “작업진행률 기준”으로 수익을 인식하지 아니하고 완성도(2018년) 기준으로 수익을 인식하였다면 청구법인은 2017사업연도 매출액이 0원으로서 중소기업에 해당하고 2018사업연도에도 중소기업 유예를 적용받을 수 있었다. 한편, 청구법인은 실제로는 작업진행률 기준을 적용하였는데, 「중소기업기본법」상 전체 사업연도가 중소기업에 해당하고 2017년 개정된 조특법 시행령 제2조 의 업종제한 해제(부동산업도 중소기업 허용)를 소급하여 중소기업 여부를 판단하더라도 2016년부터 2018년까지 중소기업에 해당한다(유예기간 포함). 즉 조특법상 해당 사업연도의 매출액 400억원 이하인 경우 중소기업으로 보고 있고, 설립일 이후 그 규모가 400억원을 최초로 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개의 사업연도까지 중소기업으로 보도록 규정하고 있는바, 2016사업연도부터 최초로 업종별 매출액이 중소기업 기준(400억원)을 초과하였으나, 유예기간 3년을 적용하면 2017사업연도에도 중소기업에 해당한다. 일반적으로 정비사업조합의 경우 작업진행률 기준으로 수익을 인식하더라도, 현행 조특법 시행령 제2조 를 적용하여 중소기업을 판단할 때, 공사착공과 분양계약이 시작되기 이전의 초기 사업준비단계에서는 수입금액이 발생할 수 없으므로 중소기업에 해당하고, 공사착공 후 일반적으로 4년 이내에 공사가 완료되므로 매출액 규모가 초과 되더라도 중소기업유예를 적용받을 수 있다. 또한 완성도 기준방법으로 신고를 하더라도 전체사업연도가 중소기업에 해당한다. 따라서, 청구법인은 실질은 다른 도정법상 정비사업조합과 동일하게 중소기업에 해당함에도, 세법의 개정과정과 동시에 매출규모 확대로 중소기업 유예를 적용받지 못하여 조특법상 중소기업이 아니라는 이유로 「법인세법」상 이월결손금 공제한도를 적용한다면, 동종 업종간의 형평성에도 위배되는 것이다. (3) 심판원의 “경정청구 거부처분을 취소한다”라는 결정에도 불구하고, 처분청은 실제 필요한 처분(OOO원 환급) 이전에 미리 과세요건을 정하여 그에 예상되는 세액(OOO원)을 사전에 보전압류처분을 한 후 해당 압류금원을 제외한 OOO원만을 환급결정하였고, 이후 즉시 이 건 OOO원을 과세처분한 바, 이는 또다시 청구법인의 당초 경정청구(2019.7.5.)를 일부 거부처분하는 것과 동일하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 「법인세법」상 이월결손금 공제한도(80%)가 적용되지 아니하도록 열거된 법인에 해당하지 아니하므로, 이월결손금 공제한도(80%)가 적용되어야 한다. (가) 「법인세법」 제13조 본문은 법인세 과세표준 계산시 각사업연도소득금액에서 15년(2020.12.12. 개정 이전 10년) 이내에 발생한 이월결손금에 대하여 100분의 60을 한도(다만, 2016∼2017사업연도 80%)로 공제하도록 정하고 있고, 같은 조 단서는 ‘ 조특법 제6조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인’의 경우는 100분의 100을 공제할 수 있도록 규정하고 있다. 청구법인은 도정법에 의해 설립된 특수목적을 갖고 한시적으로 설립된 비영리 내국법인이므로 「법인세법 시행령」 제10조 제1항 제4호 내지 제5호에서 열거하는 법인과 유사한 형태의 법인이므로 이월결손금 공제한도를 적용하지 아니한다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제10조 는 전액 공제 혜택을 받는 범위를 한정하여 구체적으로 열거하고 있으며, 청구법인의 사업목적과 관련하여 유사한 형태의 법인을 찾아볼 수 없으므로, 청구법인이 확대 해석한 것에 불과하다. (나) 청구법인은 계속적 사업이 불가능하므로 이월결손금 공제한도를 적용하면 이후 사업연도에 남은 결손금을 공제받지 못하여 재산적 손실이 발생한다고 주장하고 있으나, 이는 근본적으로 해당 법인에 관한 법령이나 합리적인 경영판단 하에 설정한 것에 따른 반사적 결과로서 사실적·간접적·경제적 불이익에 지나지 않는 것이다(서울행정법원 2020.4.3. 선고 2019구합68978 판결). (다) 따라서 청구법인은 「법인세법 시행령」 제10조 에 열거된 ‘회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인’에 해당하지 않으므로, 이월결손금 공제한도(80%)의 적용은 타당하다. (2) 청구법인은 2017사업연도에 중소기업에 해당하지 아니하므로 이월결손금 공제한도(80%)가 적용된다. 청구법인은 ‘전체사업연도가 「중소기업기본법」상 중소기업에 해당하고, 업종제한을 폐지한 조특법 시행령 제2조 제1항을 소급적용하면서 같은 조 제2항의 유예기간을 적용하면 2017사업연도는 중소기업에 해당한다’고 주장하나, 중소기업 판단시 조특법 시행령 제2조 를 소급하여 적용한다는 규정은 어디에도 찾아볼 수 없는 청구법인의 주장에 불과하다. 부동산업은 2017.2.7. 이전에는 조특법 시행령 제2조 중소기업 범위에 해당하지 않던 업종으로, 2017.2.7. 법령이 개정됨에 따라 「중소기업기본법 시행령」별표1 기준을 적용하면서 조특법상 중소기업 가능 업종이 되었다. 2017.2.7. 개정된 중소기업 업종기준은 2017.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용하는 것으로, 조특법 시행령 제2조 제1항을 모두 충족하여야 중소기업에 해당하는바(서면 2018-법인-0995), 부동산업을 영위하는 법인은 2017년부터 평균매출 400억원 이하일 경우 중소기업에 해당하는 것으로, 2017년 매출액 OOO원인 청구법인은 평균매출 400억원을 초과하여 조특법상 중소기업에 해당하지 아니한다. 청구법인은 2016년부터 중소기업 유예기간을 적용받아 2017사업연도는 중소기업에 해당한다고 주장하나, 유예기간을 적용받기 위해서는 조특법 시행령 제2조 제2항 ‘중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때’라고 명시되어 있어, 청구법인은 2016년까지는 업종기준(부동산업)에, 2017년∼2018년은 매출액기준(400억원 초과)에 부합하지 않아 중소기업에 해당되지 않으므로, 중소기업이었던 적이 없는 청구법인은 유예기간을 적용받을 수 없다. (3) 청구법인은 처분청이 심판원 결정문에 반하여 당초 경정청구를 또다시 경정거부한 것에 해당하므로 「국세기본법」 제80조 제1항에 따른 기속력에 저해되는 처분을 하였다고 주장하나, 해당처분은 심판청구 인용결정에 따라 경정결의 중 이월결손금 오류가 확인되어, 2021.8.30. 인용 결정에 따라 결의 및 환급(2017, 2018사업연도)을 하고, 2021.9.6. 신고 오류에 대하여 고지(2017사업연도)한 바, 환급 결정을 완료한 후 그와 별개로 고지 결정한 것으로 보아야 할 것이다. 처분청은 청구법인의 신고내용에 오류가 확인되어 부과제척기간 내에 법인세 과세표준과 세액을 경정한 것뿐이며, 재결의 취지에 반하지 아니하는 한, 그 재결에 적시된 위법사유를 시정·보완하여 정당한 조세를 산출한 다음 새로이 이를 부과할 수 있는 것이고 이러한 새로운 부과처분은 재결의 기속력에 저촉되지 아니하는 것(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결)이라는 판례를 보더라도 심판원 결정에 위배되는 처분을 하였다고 할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 이월결손금 공제한도가 없는 「법인세법」 제13조 단서 및 같은 법 시행령 제10조 제1항의 법인에 해당하는지 여부 ② 이월결손금 공제한도가 없는 「법인세법」 제13조 단서의 중소기업에 해당하는지 여부 ③ 심판원의 취소결정에 반하는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞에 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료에 의하면 청구법인은 2006.8.3. OOO 일대의 재건축사업을 위해 설립된 재건축정비사업조합으로서, 2010.1.11. 사업시행인가를 받은 후 2014.8.6. 관리처분계획인가를 받아 재건축사업을 시행하였고 2018.5.30. 준공완료(사용승인)하여 현재 해산절차를 진행 중으로 나타난다. (2) 청구법인의 정관상으로 청구법인의 사업기간은 조합설립인가일부터 도정법 제57조 에서 규정한 청산업무가 종료되는 날까지이고, 청구법인은 준공인가를 받은 날로부터 1년 이내에 이전고시 및 건축물 등에 대한 등기절차를 완료하고 총회 및 대의원회를 소집하여 해산의결을 하도록 규정되어 있다. (3) 심리자료에 나타나는 과세경위는 아래와 같다. (가) 청구법인은 당초 「법인세법 시행령」 제69조 제1항에 의해 작업진행률 기준으로 각 사업연도의 수익과 비용을 인식하였고, 2016 및 2017사업연도에 “중소기업”이 아닌 “그외 기타법인”으로 법인을 구분하였으며, 아래 ＜표1＞과 같이 해당 사업연도 과세표준 계산시 이월결손금 공제 한도(80%)를 적용하여 신고하였다. ＜표1＞ 당초 법인세 신고내역 (단위 : 백만원) OOO (나) 한편, 청구법인 2019.7.5. 경정사유①로서 각 사업연도(2014∼2018)의 수익사업에 직접대응되는 개별손금을 공통경비로 안분계산한 오류를 정정하고, 경정사유②로서 조합원의 종전부동산의 취득시기와 취득가액의 오류를 정정하는 내용으로 아래 ＜표2＞와 같이 경정청구(2017사업연도 법인세 과세표준 계산시 이월결손금을 100% 공제)하였다. ＜표2＞ 당초 경정청구 내역 (단위 : 백만원) OOO (다) 처분청은 2019.9.3.∼2019.10.22. 청구법인에 대한 2016사업연도 법인세 통합조사 결과 2014사업연도 건설용지 과대계상액 OOO원을 확인하여 작업진행률과 수익사업비율에 따라 2016사업연도 소득금액을 OOO원에서 OOO원으로 증가시켰으나, 2019.10.28. 세액의 변동이 없는 세무조사 결과를 통지한바, 청구법인은 처분청이 조사결과에 대하여 이월결손금 공제한도를 적용하지 아니하였다고 주장한다(＜표3＞ 참조). ＜표3＞ 세무조사 결과 소득금액 변동효과 (단위 : 백만원) OOO (라) 처분청은 청구법인의 위 (다)항의 경정청구와 관련하여 2020.2.19. 종전부동산의 취득가액은 소급감정가액이라는 이유로 경정사유②는 거부하고, 나머지 비용대응 부분의 경정사유①은 인용하여 2017사업연도 법인세 OOO원을 환급한바, 청구법인은 처분청이 환급결정시 이월결손금을 공제한도를 적용하지 아니하였다고 주장한다(＜표4＞ 참조). ＜표4＞ 처분청의 경정 인용결정 내역 (단위 : 백만원) OOO (마) 청구법인은 2020.3.5. 처분청의 위 2020.2.19.자 경정청구 일부 거부처분에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2020.10.22. 취득원가를 재조사하도록 결정(조심 OOO)하였으나, 처분청은 2021.2.5. 당초 경정거부 처분사유를 유지하는 것으로 재조사결과를 통지하였고, 청구법인이 이에 대하여 불복하여 2021.2.17. 심판청구를 제기한 결과, 우리 원은 2021.8.18. 처분청의 2020.2.19.자 경정청구 일부 거부처분을 취소하는 인용결정(조심 OOO)하였다. (바) 처분청은 2021.8.27. 심판청구 인용결정에 따라 청구법인이 반환받을 국세환급금(법인세 OOO원) 중 2017사업연도 이월결손금 한도(80%) 적용시 예상되는 법인세(가산세 포함) OOO원을 확정전 보전압류처분하였고, 2021.9.3. 청구법인에게 “심판청구 결과에 따른 처분결과 통지”를 하면서 청구법인이 환급받을 국세 중에서 위 압류된 금액을 차감한 OOO원에 대해 환급결정하였으며, 2021.9.6. 청구법인에게 ‘2017사업연도 법인세 경정결정시 이월결손금 한도를 잘못 적용하였다’는 사유로 이 건 법인세를 부과하고, 해당 세액은 2021.9.9. 위 압류한 OOO원에서 충당 보전하였다. (4) 청구법인은 작업진행률 기준으로 손익을 인식하는 경우에 이월결손금의 공제한도(2017년 80%, 2018년 70%)를 적용하게 되면, 완성도기준으로 손익을 인식하는 경우에 결손금을 전부 공제받는 것과 비교하여 결손금을 일부 인정받지 못하게 된다고 주장하면서, 아래 ＜표5＞ 및 ＜표6＞과 같이 내역을 제시하였다. ＜표5＞ 작업진행률 기준 방법 (단위 : 백만원) OOO * 이월결손금 공제한도를 적용하지 않는 경우 ＜표6＞ 완성도(인도일)기준 방법 (단위 : 백만원) OOO * 이월결손금 공제한도를 적용하지 않는 경우 (5) 청구법인은 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 조특법 시행령 제2조 제1항의 중소기업 업종제한 폐지를 청구법인에게 적용하면 2015년까지 중소기업에 해당하였고, 2016년에는 매출기준을 초과하였으나 같은 조 제2항의 3년간 유예기간을 적용하면 2017년에도 중소기업이라고 주장하는 반면, 처분청은 업종제한 폐지를 소급하여 적용할 수 없어 유예기간을 인정할 수 없고, 2017년에는 청구법인이 업종제한이 없다고 하더라도 매출기준을 초과하므로 중소기업에 해당하지 아니한다는 의견이다(＜표7＞ 참조). ＜표7＞ 청구법인의 연도별 매출액 및 중소기업 여부 판단 (단위 : 억원) OOO (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대 청구법인은 법률에 의하여 특수목적을 위해 한시적으로 설립된 법인으로서 「법인세법」 제13조 단서 및 같은 법 시행령 제10조 제1항에 규정된 법인과 성격을 같이 하므로 이월결손금 공제한도가 적용될 수 없음에도 불구하고, 이에 반한 이 건 처분은 위 조항의 입법목적이나 취지, 조세평등주의 및 신뢰보호원칙 등에 어긋난다고 주장한다. 그러나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건의 해석은 특별한 사정이 없는 한 문언대로 해석해야 할 것인바, 「법인세법 시행령」 제10조 는 이월결손금을 전부 공제받는 법인에 대하여 설립의 근거가 된 법률을 특정하여 명시하면서 그 요건을 구체적으로 규정하고 있으므로 이에 해당하기 위하여는 해당 조항의 문언에 부합하여야 할 것이나, 청구법인의 설립근거가 된 도정법은 규정되어 있지 아니하는 점, 청구법인은 이월결손금 공제한도를 적용하면 청구법인과 같이 수익과 비용을 진행률 기준으로 인식하는 경우에는 결손금을 모두 공제받지 못하여 완성도(인도일) 기준으로 인식하는 경우보다 불리해지므로 이 건 처분이 잘못이라고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제69조 의 규정상 진행률 기준으로 수익과 비용을 인식하는 것이 원칙으로 규정되어 있고, 반드시 두 인식기준을 세법상 동일하게 취급해야 할 법령상 근거는 없는 점, 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없으므로 원칙적으로 세율의 인상 또는 과세표준의 산정방법을 변경하는 경우 등에 있어서 애초의 법령이 계속 바뀌지 않고 유지되리라고 기대하였다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 실질과세의 원칙상 「법인세법」 제13조 단서에 따라 이월결손금 공제한도가 적용되지 아니하는 중소기업에 해당하므로 이월결손금의 공제한도를 적용한 이 건 처분이 잘못이라고 주장한다. 그러나, 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 조특법 시행령 제2조 제1항이 개정되어 2017사업연도부터 중소기업 업종제한이 폐지되어 부동산업을 영위하더라도 중소기업에 해당할 수 있으나, 청구법인의 매출액이 OOO원으로서 기준인 400억원을 초과하는 점, 청구법인은 2017년 업종제한 폐지를 소급하여 적용하면 2015년까지 매출기준을 충족하였으므로 조특법 시행령 제2조 제2항에 따라 이후 3년간 유예기간을 적용받아 2017사업연도 또한 중소기업이라고 주장하나, 업종제한 폐지를 2017년 이전까지 소급하여 적용할 근거는 없는 점, 청구법인은 다른 정비사업조합은 중소기업으로 인정되는 것에 반하여 이 건 처분은 형평성에 반한다고 주장하나, 중소기업에 해당되는지 여부는 조합의 매출 등 개별적인 사정에 따라 달라질 수 있는 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 이월결손금 공제한도를 적용함으로써 경정거부처분을 취소한 우리 원결정의 기속력에 반한다고 주장하나, 부과처분을 취소하는 재결이 있는 경우 당해 처분청은 재결의 취지에 반하지 아니하는 한, 그 재결에 적시된 위법사유를 시정ㆍ보완하여 정당한 조세를 산출한 다음 새로이 이를 부과할 수 있는 것인바, 처분청은 당초 재결에 따라 토지 취득가액에 대한 위법사유를 시정한 이상, 그와 별도로 정당한 이월결손금 공제한도를 적용할 수 있는 것이고, 이를 당초 재결의 취지에 반한다고 볼 수는 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 제51조의2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다. 1. 「자산유동화에 관한 법률」에 따른 유동화전문회사 2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조제19항제1호의 경영참여형 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사 3. 「기업구조조정투자회사법」에 따른 기업구조조정투자회사 4. 「부동산투자회사법」에 따른 기업구조조정 부동산투자회사 및 위탁관리 부동산투자회사 5. 「선박투자회사법」에 따른 선박투자회사 6. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 특수 목적 법인 등으로서 대통령령으로 정하는 법인 7. 「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화산업전문회사 8. 「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다. (2) 법인세법 시행령 제10조【결손금공제】① 법 제13조제1항 각 호 외의 부분 단서, 법 제45조제5항 각 호 외의 부분 및 법 제46조의4제5항 각 호 외의 부분에서 “회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인”이란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 1. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제245조에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인 2. 「기업구조조정 촉진법」 제14조 제1항에 따라 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 기업개선계획을 이행 중인 법인 3. 해당 법인의 채권을 보유하고 있는 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 금융회사등이나 그 밖의 법률에 따라 금융업무 또는 기업 구조조정 업무를 하는 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관으로서 기획재정부령으로 정하는 기관과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 경영정상화계획을 이행 중인 법인 4. 채권, 부동산 또는 그 밖의 재산권(이하 이 항에서 "유동화자산"이라 한다)을 기초로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권을 발행하거나 자금을 차입(이하 이 항에서 "유동화거래"라 한다)할 목적으로 설립된 법인으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인 가. 「상법」 또는 그 밖의 법률에 따른 주식회사 또는 유한회사일 것 나. 한시적으로 설립된 법인으로서 상근하는 임원 또는 직원을 두지 아니할 것 다. 정관 등에서 법인의 업무를 유동화거래에 필요한 업무로 한정하고 유동화거래에서 예정하지 아니한 합병, 청산 또는 해산이 금지될 것 라. 유동화거래를 위한 회사의 자산 관리 및 운영을 위하여 업무위탁계약 및 자산관리위탁계약이 체결될 것 마. 2015년 12월 31일까지 유동화자산의 취득을 완료하였을 것 5. 법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이나 「조세특례제한법」 제104조의31 제1항에 따른 내국법인 6. 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제10조 에 따른 사업재편계획 승인을 받은 법인 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ①법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. 1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우 2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우 (3) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정되기 전의 것) 제5조(중소기업 등 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 이 조에서 "증권시장"이라 한다)에 최초로 신규 상장한 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "신규상장 중견기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2018년 12월 31일까지[중소기업 중 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 증권시장에 최초로 신규 상장한 중소기업(이하 이 조에서 "신규상장 중소기업"이라 한다)과 신규상장 중견기업의 경우는 상장일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지] 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업 중 신규상장 중소기업과 신규상장 중견기업의 경우는 100분의 4)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득( 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. 제104조의31【프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제】① 「법인세법」 제51조의2 제1항제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 투자회사와 유사한 투자회사로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 법인이 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도에 대하여 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다. 1. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것 2. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것 3. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것 4. 「상법」이나 그 밖의 법률의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것 5. 발기인이 「기업구조조정투자회사법」 제4조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하고 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것 6. 이사가 「기업구조조정투자회사법」 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것 7. 감사는 「기업구조조정투자회사법」 제17조 에 적합할 것. 이 경우 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다. 8. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것 (4) 조세특례제한법 시행령 (가) 2017.2.7. 대통령령 제27848호 일부개정 이전 제2조【중소기업의 범위】 ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 「도시가스사업법」 제2조 제4호에 따른 일반도시가스사업, 무형재산권 임대업( 「지식재산 기본법」 제3조 제1호에 따른 지식재산을 임대하는 경우로 한정한다), 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제2조 제4호나목에 따른 연구개발지원업, 개인 간병인 및 유사 서비스업, 사회교육시설, 직원훈련기관, 기타 기술 및 직업훈련 학원, 도서관·사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다), 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 주택임대관리업, 「신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법」에 따른 신·재생에너지 발전사업 또는 보안시스템 서비스업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 (이하 생략) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. (나) 2017.2.7. 대통령령 제27848호 일부개정 이후 제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 ＜부칙＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제3조(중소기업 및 중견기업의 범위확대에 관한 적용례) 제2조제1항, 제4조제1항, 제9조제4항 및 제10조제1항의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행(☞ 2017.1.1.) 이후 개시하는 과세연도 분(투자, 고용 또는 연구ㆍ인력개발비의 경우에는 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도에 투자하거나 고용을 개시하거나 연구ㆍ인력개발비가 발생하는 분을 말한다)부터 적용한다.