서울행정법원-2019-구합-68978 (2020.04.03)

사 건

2019구합68978 법인세부과처분취소

원 고

aaa지분증권 외1

피 고

ccc세무서장

변 론 종 결

2020. 3. 5.

판 결 선 고

2020. 4. 3.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 11. 1. 원고 aaa지분증권(이하 ‘원고 1’이라 한다)에 대하여 한 ‘2016. 4. 1. ~ 2016. 6. 30. 사업연도’ 법인세 000,000,000(가산세 포함)원의 부과처분, 원고 bbb지분증권(이하 ‘원고 2’라 한다)에 대하여 한 ‘2016. 3. 6. ~ 2016. 6. 5.사업연도’ 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 지위 등

1) 원고들은 해외자원개발사업 등에 자산을 투자․운용하여 그 수익을 주주에게 배분하는 것을 목적으로 해외자원개발 사업법에 따라 설립된 해외자원개발 투자회사로서 원고 1은 20××. ×.××.에, 원고 2는 20××. ×.×.에 각 설립되었다.

2) 원고들은 각 정관으로 사업연도의 기간을 3개월로 정하여, 원고 1은 매년 3월, 6월, 9월, 12월의 각 말일을, 원고 2는 매년 3월, 6월, 9월, 12월의 각 5일을 각 사업연도의 종료일로 정하고 있다.

나. 과세표준 0원으로 하는 법인세 신고

1) 원고 1은 2016. 9. 25. ‘2016. 4. 1. ~ 2016. 6. 30. 사업연도’에 대한 법인세 신고를 하면서 소득금액 0,000,000,000원에서 같은 금액의 이월결손금을 공제하여 과세표준을 0원으로 기재하였다.

2) 원고 2는 2016. 9. 25. ‘2016. 3. 6. ~ 2016. 6. 5. 사업연도’에 대한 법인세 신고를 하면서 소득금액 0,000,000,000원에서 같은 금액의 이월결손금을 공제하여 과세표준을 0원으로 기재하였다.

다. 이월결손금 공제 한도에 관한 법인세법 개정

법인세법이 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되면서 제13조 단서에 이월결손금의 공제한도가 신설되었다(이하 위 단서조항을 ‘이 사건 단서조항’이라 한다). 2016. 1. 1.부터 시행되는 이 사건 단서조항에 따르면, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업 또는 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인에 해당하지 않는 모든 내국법인은 소득의 100분의 80까지만 이월결손금 공제를 받을 수 있게 되었다.

라. 이 사건 각 처분

피고는, 원고들이 ‘조세특례제한법이 규정한 중소기업에 해당하지 않고 이 사건 단서조항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기전의 것) 제10조 제1항 각 호에서 나열하고 있는 법인에도 해당하지 않으므로, 원고들이 신고한 이월결손금 공제 중 소득금액의 100분의 80을 초과하는 부분은 공제가 허용되지 않는다‘는 이유로 원고들에게 이월결손금 공제 중 소득금액의 100분의 80을 초과하는 부분(원고 1은 0,000,000,000원, 원고 2는 0,000,000,000원)을 각 부인하여, 2018. 11. 1. 원고 1에게 ‘2016. 4. 1. ~ 2016. 6. 30. 사업연도’ 법인세 000,000,000원(가산세 포함), 원고 2에게 ‘2016. 3. 6. ~ 2016. 6. 5. 사업연도’ 법인세 000,000,000원(가산세 포함)을 각 경정· 고지(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.

마. 전심절차

원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2019.3. 18. 원고들의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

이 사건 단서조항은 ① 조세평등주의 내지 평등의 원칙, ② 조세법률주의 내지 포괄위임금지원칙, ③ 신뢰보호원칙에 위배되는 위헌적인 조항인바, 이에 근거하여 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

다. 구체적인 판단

1) 이 사건 단서조항의 개정연혁과 입법취지

가) 이월결손금 공제 대상 기간의 변천

1949년 법인세법 제정 시에는 직전 사업연도에서 발생한 결손금의 이월공제를 규정하였고, 1961년 법인세법 개정 시부터 각 사업연도 개시일 전 2년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 이월결손금을 과세표준에서 공제하도록 규정하였다. 이후, 1971년 개정 시 3년, 1988년 개정 시 5년(2008. 12. 31. 이전에 개시한 사업연도), 2008년 개정 시 비로소 10년으로 이월결손금 공제 대상기간을 점차 확대하였다. 그에 따라 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제13조(이하 ‘개정 전 조항’이라 한다)는 내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 산정할 때 각 사업연도의 소득 범위에서 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 발생한 결손금 등을 아무런 공제한도 없이 모두 과세표준에서 공제할 수 있도록 정하고 있었다.

나) 이월결손금 공제 범위의 변천

(1) 2015. 12. 15. 법인세법 개정으로 제13조에 이 사건 단서조항이 신설되면서, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 모든 내국법인은 각 사업연도 소득의 100분의 80까지만 이월결손금 공제를 할 수 있도록 그 공제 범위를 축소하는 규정이 도입되었다.

(2) 이후 2017. 12. 19. 법인세법 개정으로 2019 사업연도 귀속 소득의 공제

범위에 대하여 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70)까지 이월결손금 공제를 할 수 있게 다시 그 공제 범위가 축소되어 현재까지 유지되고 있다.

다) 이 사건 시행령 조항

(1) 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)

제10조(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)는, ① 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인, ② 기업구조조정 촉진법에 따라 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 기업개선계획을 이행 중인 법인, ③해당 법인의 채권을 보유하고 있는 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률에 따른 금융회사 등과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 경영정상화계획을 이행중인 법인, ④ 채권, 부동산 또는 그 밖의 재산권을 기초로 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권을 발행하거나 자금을 차입할 목적으로 설립된 법인 중 일정 요건을 모두 갖춘 법인을 이 사건 단서조항이 정한 ‘회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인’의 예로 구체적으로 열거하고 있다.

(2) 이후 이 사건 시행령 조항은 2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되어, 구 법인세법 제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제, 원고들과 같은 해외자원개발투자회사는 2010년 법인세법 개정 시 유동화전문회사 등에 포함되었다) 제1항 각 호에 해당하는 내국법인이 이월결손금 공제 한도가 없는 법인에 속하게 되었고, 그에 따라 원고들과 같은 해외자원개발투자회사도 결손금 공제 한도 없이 전액 이월결손금공제가 가능하게 되었다.

라) 이월결손금 공제 한도 도입의 취지

(1) 법인세법상 결손금이란 당해 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 말하고(법인세법 제14조 제2항), 이월결손금이란 당해 사업연도 개시일 전에 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 채 당해 사업연도로 이월된 결손금을 말한다(법인세법 제14조 제3항).

(2) 법인세법상 각 사업연도의 소득계산에 있어서는 사업연도 독립의 원칙이적용되므로, 각 사업연도의 소득계산은 당해 사업연도의 익금과 손금으로 충당하고 이전 사업연도의 결손금을 다음 사업연도에 반영할 수 없음이 원칙이다(법인세법 제14조, 제40조). 다만, 이를 관철하면 결손법인이 자본유지도 하지 못한 채 조세를 부담하는 다소 불합리한 결과를 초래할 수 있다. 이를 방지하기 위하여 법인세법은 결손금의 이월공제 제도를 마련하여 일정한 기간 내에 발생한 결손금에 한하여 그 후 사업연도의 과세표준에서 공제할 수 있도록 허용하고 있는바, 법인세법상의 이월결손금 공제제도는 조세부담의 형평성과 법인의 자본유지 등의 정책적 고려에 따라 시행되고 있는 것이다.

(3) 개정 전 조항에 의하면, 이월결손금 공제를 통해 소득금액 전액을 공제받을 수가 있었는데, 과거 발생한 결손으로 대규모 이월결손금이 발생한 법인의 경우 당해 연도에 이익이 발생하더라도 이월결손금 공제를 통하여 과세표준을 0원으로 맞추어 법인세를 전혀 내지 않는 경우가 발생하게 되었다. 이에 따라 이 사건 단서조항은 이월결손금 공제제도를 유지하되 이월결손금 공제가 특정 사업연도에 집중되지 않도록 연간 공제 한도를 설정하여 흑자법인으로 하여금 매년 최소한의 법인세 부담을 하게 하기 위하여 신설된 것이다. 다만 중소기업의 자금난 해소와 지원을 위하여 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업에 관하여 소득금액 전액 공제를 허용하였고, 전체적으로 결손이거나 구조조정 중인 법인에 대하여도 법인세를 부과하지 아니하고자 하는 이월결손금 제도의 기본적인 취지를 반영하여 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인에 해당하는 기업은 소득금액 전액 공제를 허용하면서, ‘회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인에 해당하는 기업’의 구체적인 범위에 대하여 시행령에 위임하였다.

(4) 한편, 법인세법 제72조에 규정된 결손금의 소급공제 제도 역시 일정한 중소기업을 대상으로 조세정책적 차원에서 전년도 납부세액을 환급받을 수 있도록 마련된 제도로서 공평과세의 실현이라는 측면에서 제한적․예외적으로 인정하고 있는바,그 합헌성 여부에 대하여 의문을 제기한 경우는 현재까지 없는 것으로 보인다.

2) 조세평등주의 내지 평등의 원칙 위반 주장에 관한 판단

가) 원고들의 주장

(1) 이 사건 단서조항 신설로 인하여 각 사업연도 소득의 100분의 80 이내로 이월결손금 공제 범위에 제한이 생긴 결과, 1년간 같은 금액의 순이익 또는 순손실이 발생하였더라도 사업연도 기간이 긴 내국법인은 같은 사업연도 내에 발생한 손금 전액을 익금에서 공제하여 과세표준을 산정할 수 있는 반면에, 원고들과 같이 사업연도 기간이 짧은 내국법인은 이전 사업연도에 발생한 이월결손금을 전액 익금에서 공제하여 과세표준을 산정할 수 없게 되는 경우가 발생하게 되었다. 그뿐만 아니라, 이 사건 단서조항은 조세제한특례법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인과 그 외 기업을 아무런 합리적 근거 없이 차별하고 있다.

(2) 또한 이 사건 단서조항은 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사 등 별도의 사업을 영위하지 않고 자산에서 발생한 수익을 주주에게 배분할 목적으로 설립된 회사(구 법인세법 제51조의2 제1항 각 호에 규정된 회사, 이하 ‘배당목적회사’라 한다) 가운데 이월결손금이 커 배당가능이익이 남아 있지 않은 회사에 대하여도 이월결손금을 전액 익금에서 공제하는 것을 허용하지 아니하는 결과, 자산에서 발생한 수익을 주주에게 전달하는 도관 역할을 하는 것에 불과한 원고들에게 법인세 납세의무를 사실상 강제하고 있는바, 이는 아무런 합리적 이유 없이 담세능력이 낮은 배당목적회사를 차별하는 것으로 응능부담의 원칙에도 현저히 반한다.

나) 판단

(1) 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인가는 입법자가 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적, 기술적인 판단에 의하여 정하여야 하는 문제이므로, 이는 입법자의 입법형성적 재량에 기초한 정책적, 기술적 판단에 맡겨져 있다고 할 수 있는바, 그 입법목적의 정당성과 수단 내지 방법의 적절성이 인정된다면 일응 입법자의 판단을 존중하여 소유권의 과도한 침해를 야기하는 사유가 없는 한 위헌이라고 볼 수는 없을 것이다(헌법재판소 2015. 7.30. 선고 2013헌바207 전원재판부 결정).

(2) 이 사건 단서조항은 이월결손금 공제 한도를 신설하여 원칙적으로 내국법인에 대한 이월결손금의 공제한도를 소득의 100분의 80으로 제한하고 있다. 다만, 중소기업, 구조조정 중인 기업 등에 관하여는 예외를 인정하여 소득금액 전액 공제를 허용하고 있고, 그에 따라 이 사건 시행령 조항은 전액 공제 혜택을 받는 수혜자 범위를 한정하여 구체적으로 열거하고 있다. 결국 이 사건 단서조항은 국가재정정책에 따른 세입․세출의 적정성, 세수확보 등 경제ㆍ사회 정책적 목적과 조세 부담의 형평성 등을 종합적으로 고려하는 가운데 입법자가 합리적인 재량에 입각한 광범위한 형성의 자유를 행사할 수 있는 영역에 속한다.

(3) 이 사건 단서조항으로 사업연도가 1년인 기업과 1년 미만인 기업 사이에 이월결손금 공제 정도가 달라지게 되는 경우가 생길 수 있다. 그러나, 이는 근본적으로해당 기업이 관련 법령(예컨대, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 3개월마다 자산․부채의 총액, 수익증권의 총 좌수 등을 산정하여야 하는 경우로서 납세상 편의를 위한 경우)이나 합리적인 경영판단하에 사업연도를 임의로 설정한 것에 따른 반사적 결과로서 사실적ㆍ간접적ㆍ경제적 불이익에 지나지 않는다. 또한 구 법인세법 제13조 제1호는 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산에 있어 공제되지 아니한 금액을 소득금액에서 공제하는 것을 허용하고 있다. 이로써 소득의 80%를 초과하여 당해 사업연도에 공제받지 못한 이월결손금은 즉시 소멸하지 아니하고 잔여 공제기간 내에 다시 이월되어 추가로 공제받을 수가 있는바, 이를 고려하면 이 사건 단서조항의 공제 한도 설정으로 말미암아 기업의 실질적 세부담이 크게 증가하였다고 보기 어렵다.

이러한 사정에 비추어 보면, 법인별 사업연도의 기간에 사실상 차이가 있다거나 그 공제 한도의 설정으로 인해 당해 사업연도의 납세금액에 사실상 차이가 발생한다는 사정만으로 이 사건 단서조항이 합리적인 입법 재량의 범위를 현저히 벗어난 것으로 불합리하다고 볼 수 없다.

(4) 이 사건 단서조항은 중소기업에 대한 지원과 아울러 전체적으로 명백한 결손 기업에 대하여는 그 소득금액 전액 공제를 허용하고자 하는 것인바, 그 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어, 입법목적의 정당성과 방법의 적절성이 충분히 인정된다. 그리고 이 사건 단서조항이 열거한 조세제한특례법 제5조 제1항에 따른 중소기업 및 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인 등과 그 밖의 법인은 본질적으로 동일한 두 개의 비교집단이라 볼 수 없고, 이들을 달리 취급할 만한 합리적인 이유도 존재한다.

(5) 한편, 구 법인세법은 제51조의2 제1항에서 열거한 배당목적회사인 유동화전문회사 등의 경우 위 회사들이 얻은 이익이 대외적 수익활동에 투입되지 않고 모두 주주에게 분배될 수 있다는 점에서 배당목적회사에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하는 경우 그 금액을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제하도록 하여 이중과세의 문제를 해결하고 있다. 즉 유동화전문회사 등의 원천소득 중 배당되는 부분에 대해서는 과세소득을 계산함에 있어 이를 공제하는 방식을 채택하고 있는데, 이에 의하면 법인세는 유보소득에만 과세되고 배당된 소득은 주주의 소득에 합산되어 실제로 배당되는 법인소득에 대한 이중과세가 제거된다. 한편, 위 규정에는 ‘100분의 90 이상’이라는 조건이 붙어 있어 이에 미달하게 배당하는 경우 공제 요건에 부합하지 않아 소득공제를 받을 수가 없으므로, 처음부터 유동화전문회사 등에 귀속되는 소득 모두가 과세 대상에서 제외되는 것은 아니다. 이와 같은 취지에서 이 사건 시행령 조항 제4호 역시 유동화거래를 목적으로 설립된 법인의 경우 결손금 공제 한도를 배제하는 것으로 하되 일정한 요건을 부가하고 있는 이상, 이 사건 시행령 조항이 현저히 불합리하다거나 불공정하다고 할 수 없다.

(6) 결국, 구 법인세법 및 이 사건 단서조항, 이 사건 시행령 조항의 각 내용과 체계 및 입법취지, 그리고 조세법적 모순을 제거하기 위한 해결책을 마련하고 있는 점, 이 사건 시행령 조항이 2017. 2. 3. 개정되어 원고들과 같은 해외자원개발투자회사에 대한 이월결손금 공제 한도가 폐지된 것은 국가재정정책에 따른 세입․세출의 적정성, 국가의 경제사정 등 입법 당시의 여러 상황을 고려한 입법자의 합리적 재량 범위 내의 결단에 의한 것인 점 등의 사정을 두루 종합해 보면, 이 사건 단서조항과 그 시행령 조항이 현저히 불합리하다거나 헌법상 조세평등주의 내지 평등의 원칙에 반한다고 볼수 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 이유 없다.

3) 조세법률주의 내지 포괄위임금지원칙 위반 주장에 관한 판단

가) 원고들의 주장

이 사건 단서조항은 이월결손금 공제 범위가 제한되지 않는 내국법인의 범위를 정하면서 단순히 ‘회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인’이라고 포괄적․추상적으로만 위임하여 하위법령으로 규정될 내용 및 범위의 기본사항을 전혀 규정하고 있지 않다. 이는 납세의무자인 내국법인으로 하여금 법률 규정만으로 자신의 소득액 중 이월결손금 공제가 가능한 범위를 예측하는 것을 불가능하게 하여 위임입법 의 한계를 벗어난 것인바, 조세법률주의 및 포괄위임금지원칙에 명백히 위배된다.

나) 판단

(1) 헌법 제75조는 "대통령은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항과 법률을 집행하기 위하여 필요한 사항에 관하여 대통령령을 발할 수 있다"고 규정함으로써 위임입법의 근거를 마련함과 동시에 위임은 '구체적으로 범위를 정하여' 하도록 하여 그 한계를 제시하고 있다. 이와 같이 입법을 위임할 경우에는 법률에 미리 대통령령으로 규정될 내용 및 범위의 기본사항을 구체적으로 규정하여 둠으로써 행정권에 의한 자의적인 법률의 해석과 집행을 방지하고 의회입법과 법치주의의 원칙을 달성하고자 하는 헌법 제75조의 입법취지에 비추어 볼 때, '구체적으로 범위를 정하여'라 함은 법률에 대통령령 등 하위법규에 규정될 내용 및 범위의 기본사항이 가능한 한 구체적이고도 명확하게 규정되어 있어서 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있어야 함을 의미한다고 할 것이고, 그 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 관련 법조항 전체를 유기적․체계적으로 종합 판단하여야 하며, 각 대상법률의 성질에 따라 구체적․개별적으로 검토하여야 한다(헌법재판소 2004. 3. 25. 선고 2002헌바10 결정).

(2) 이 사건 단서조항은 법인세법상 결손금의 이월공제제도를 원칙적으로 유지하되 당해 사업연도 소득금액에 대한 전액 공제를 허용할 경우 이익이 발생하더라도 법인세를 전혀 내지 않는 경우 발생할 수 있는 조세부담의 부당한 회피를 방지하려는 조세정책의 일환으로 공제 한도를 설정한 것으로 그 입법취지의 정당성과 합리성이 인정됨은 앞서 본 바와 같다. 다만, 이월결손금 공제 한도 적용을 받지 않는 혜택을 부여하기 위해 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업등을 열거하면서, ‘회생계획을 이행중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인’의 구체적인 범위를 시행령에 위임하고 있다.

(3) 조세법적 혜택을 부여하는 적용 대상과 관련하여서는 경제상황의 변천, 조세정책적 변화, 관련 법규의 변경 등에 대응하여 탄력적․유동적으로 규율할 필요가 크므로 광범위한 위임입법이 불가피하고 그와 관련한 위임에 있어서의 구체성과 명확성의 요구 정도 또한 상대적으로 떨어진다. 나아가 전체적으로 결손인 법인에 대하여 법인세를 부과하지 아니하고자 하는 이월결손금 공제제도 및 이 사건 단서조항의 입법 목적에 비추어, ‘회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인’이란 회생계획을 이행 중인 법인 및 이에 상응하는 법인으로서 기업회생 등 구조조정 과정에 있어 이월결손금의 전액 공제가 필요한 유형의 법인으로 그 위임 내용의 대강을 충분히 예측할 수 있다.

(4) 다만, 이 사건 시행령 조항 제4호는 유동화거래를 목적으로 설립된 법인으로서 일정 요건을 갖춘 법인의 경우 위와 같이 구조조정 과정에 있는 법인과 마찬가지 로 결손금 전액공제를 허용하고 있다. 이는 유동화거래를 목적으로 설립되어 배당에 대한 소득공제를 통하여 사실상 법인세 부과대상에 해당하지 아니하는 법인이 제4호가 정한 각 목의 요건을 갖춘 명목회사에 불과할 경우 조세정책상 구조조정 과정에 있는 법인과 마찬가지로 이월결손금 공제 한도를 적용하지 않는 것이 타당하다는 입법자의 합리적인 재량에 입각한 정책적 결단에 의한 것으로서 경제여건 및 거래 실태, 성질 등의 구체적인 상황을 종합적으로 고려하여 입법정책상 추가된 규정인바, 그 목적과 취지의 정당성이 인정된다.

(5) 결국, 이 사건 단서조항은 위임입법의 한계를 일탈한 것으로 조세법률주의 내지 포괄위임금지원칙에 위배된다고 할 수 없는바, 원고들의 위 주장도 이유 없다.

4) 신뢰보호원칙 위반 주장에 관한 판단

가) 원고들의 주장

법인세법은 제정 시인 1949. 11. 7.부터 이 사건 단서조항이 신설되기 전까지 각 사업연도의 소득 전액을 이월결손금으로 공제할 수 있게 허용하면서 그 공제 가능기간도 점차 확대하여 왔다. 또한 법인세법 시행령은 제정 시인 1949. 12. 16.부터 내국법인이 1년 또는 1년 미만의 기간으로 자유롭게 사업연도의 기간을 선택할 수 있도록 하여 왔고, 이에 따라 원고들을 포함한 내국법인들은 각자의 필요에 따라 사업연도의 기간을 1년 미만으로 설정하여 소득을 산정하고 법인세를 납부하여 왔다. 특히 원고들은 해외자원개발투자회사로서 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사로 간주되어(해외자원개발 사업법 제13조 제3항) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 3개월마다 자산․부채의 총액, 수익증권의 총 좌수 등을 산정하여야 하므로 이에 맞추어 사업연도의 기간을 3개월로 정하였고, 이는 납세 또는 과세상의 편의를 위한 것이었다.

즉, 원고들은 공제 범위의 제한 없이 이월결손금이 공제되리라는 확실한 신뢰를 갖고 있었는데, 이 사건 단서조항은 개정 전 법률을 신뢰한 납세자들에 대한 경과조치를 두지 아니한 채 이월결손금 공제 한도를 부당히 축소하여 원고들의 위와 같은 신뢰를 중대하게 침해하였는바, 그와 같은 신뢰이익은 이 사건 단서조항이 달성하고자 하는 공익에 비해 더 크다고 할 것이므로, 이 사건 단서조항은 신뢰보호원칙에 위배된다.

나) 판단

(1) 신뢰보호원칙은 헌법상 법치국가의 원칙으로부터 파생되는 것으로서, 법률의 제정이나 개정 시 구법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법률의 제정이나 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 그러한 새 입법은 허용될 수 없다는 것이다. 그러나 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규․제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 한다(헌법재판소 2016. 2. 25. 선고 2015헌바127 결정). 그리고 법률의 개정에 있어서 구 법률의 존속에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며, 법률의 개정으로 야기되는 당사자의 손해 내지 이익 침해가 극심하여 새로운 법률로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면, 입법자는 경과규정을 두는 등 당사자의 신뢰를 보호할 적절한 조치를 하여야 하며, 이와 같은 적절한 조치 없이 새 법률을 그대로 시행하거나 적용하는 것은 허용될 수 없다 할 것인바, 이는 헌법의 기본원리인 법치주의 원리에서 도출되는 신뢰보호의 원칙에 위배되기 때문이다. 이러한 신뢰보호 원칙의 위배 여부를 판단하기 위하여는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 새 법률을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교․형량하여야 한다(대법원 2007. 10. 12. 선고 2006두14476 판결).

(2) 이 사건 단서조항은 2015. 12. 15. 신설되었는데, 구 법인세법 부칙(2015.12. 15. 법률 제13555호) 제1, 2조에 의하면, 위 단서조항을 포함한 개정법률은 2016.1. 1.부터 시행하고, 위 개정법률 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용된다. 그런데 세금의 부과는 원칙적으로 납세의무 성립 시 유효한 법령의 규정에 따르는 것인바, 원고들의 이 사건 각 처분 관련 법인세 납세의무 성립시기는 각 과세기간이 종료한 때로서(국세기본법 제21조), 원고 1의 경우 2016. 4. 30.이고, 원고 2의 경우 2016. 6. 5.이 된다. 따라서 이 사건 단서조항은, 각 납세의무 성립일 이전에 시행된 것일 뿐만 아니라, 해당 사업연도 개시일(원고 1은 2016. 4. 1., 원고 2는 2016. 3. 6.) 이전부터 시행된 것으로, 이미 종료된 사실관계에 작용케 하는 진정소급입법에 해당하지 않음은 물론이고, 현재 진행 중인 사실관계에 작용케 하는 부진정소급입법에도 해당되지 않으므로, 원칙적으로 신뢰보호 관점에서 입법자의 형성권이 제한되는 경우에 해당하지 않고 소급입법과세금지원칙에 위배되지 않는다.

(3) 그뿐만 아니라, 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고들의 각 법인 성립일이 2011년 ~ 2012년으로 이월결손금의 공제 한도 없이 전액 소득공제하여 과세표준을 신고해 온 기간, 즉 기존 법질서(개정 전 조항) 존속에 대한 신뢰가 형성된 기간이 비교적 길지는 않고, 공제 한도에서 제외되는 비율도 각 사업연도 소득의 20%(80% 공제)비율에 그친 점, ② 무엇보다, 이 사건 단서조항은 안정된 세수를 확보하는 한편, 실질적인 조세부담의 공평을 실현하고자 조세정책적 차원에서 도입된 것으로서 그에 관한 법률을 개정함에 있어 경과규정을 어떻게 규정할 것인지는 입법자가 합리적 재량의 범위 내에서 정책적 판단에 따라 결정할 문제인 점, ③ 기득권 보호 내지 종래 법적 상태의 존속에 대한 신뢰보호를 위하여 일정한 유예기간을 부여하는 경과규정을 마련하지 않았다고 하여 입법자의 결단이 언제나 합리적 재량의 범위를 현저히 벗어난 자의적 조치에 해당한다거나 사회통념상 불합리하다고 할 수 없는 점, ④ 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정 정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없으므로 납세의무자로서는 기존 법질서에 기초한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없는 점, ⑤ 조세정책의 변화에 따라 입법자가 현재는 각 사업연도 소득에 대한 이월결손금 공제 한도에서 제외되는 비율을 40%(60% 공제)까지 상향 조정하는 것으로 입법형성권을 행사한 점, ⑥ 개정 전 조항의 존속에 대한 원고들의 신뢰가 위 단서조항 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 할 수 없고, 원고들과 같은 납세자들의 신뢰가 중대하게 침해되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 단서조항이 신뢰보호원칙에 위배된다고 할 수 없는바, 원고들의 위 주장 역시 이유 없다.

5) 소결론

이 사건 단서조항에 근거한 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에서 위 단서조항이 위헌인 법률에 해당하여 이에 근거한 이 사건 각 처분도 위법하다는 취지의 원고들 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다