조심 2019서4116 (2020.05.18)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 독일 소재 OOO(이하 “국외특수관계법인”이라 한다)의 자회사인 OOO(이하 “이 건 자회사”라 한다)가 100% 출자한 법인이고, 국외특수관계법인으로부터 의약품 및 화학제품을 매입하여 국내에 판매하고 있다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인과 국외특수관계법인과의 거래가액이 정상가격에 미달한다 하여 정상가격을 산정하여 청구법인에게 2010사업연도 법인세를 과세하였고, 국외특수관계법인은 독일 과세관청으로부터 화학약품 거래부분에 대하여 법인세 등을 부과받았다.

다. 이에 청구법인은 2014년 9월에 한ㆍ독 상호합의 절차를 신청하여 2019년 2월 종결되었고, 종결통보된 상호합의에 따라 2019.5.14. 2005사업연도∼2009사업연도, 2012사업연도에서 발생한 환급세액에 대하여 처분청에 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 2019.7.12. 청구법인의 경정청구와 관련하여 법인세 환급금과

「국세기본법」제45조의2

, 같은 법 제51조, 같은 법 시행령 제43조의3 제1항 제5호(또는 이하 “쟁점규정 제5호”라 한다)에 따라 아래 ＜표＞와 같이 경정청구일의 다음날로부터 산정한 환급가산금을 지급하였다.

＜표＞ 처분청의 이 건 환급가산금 지급내역 등

마. 청구법인은 환급가산금에 대하여 불복하여 2019.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 환급가산금 산정의 기산일은 당초의 국세 납부일의 다음날(

「국세기본법 시행령」제43조의3

제1항 제1호, 또는 이하 “쟁점규정 제1호”라 한다)로 보아 과소지급된 환급가산금 OOO청구법인에게 지급하여야 한다.

(1) 이 건 경정청구는 상호합의 결과에 따른 경정청구로서, 통상의 경정청구(

「국세기본법」제45조의 2

)와 구별된다.

(가)

「국세기본법」제45조의2

(경정 등의 청구)는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 통상의 경정청구 사유(과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과)가 있을 때, 과세표준 및 세액을 정정하여 이 같은 오류를 수정할 수 있도록 하는 규정이다.

(나) 한편 청구법인이 이 건 경정청구를 신청한 경위는 상호합의 결과에 따라 과세소득금액이 변동된 사실인바, 상호합의 절차는 조세조약에 부합하지 않는 과세처분 등이 있거나 예상되는 경우 이를 해소할 목적으로 우리나라가 체결한 개별 조세조약 및 「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다) 제22조에 근거하여 인정된 체약 당사국 간의 협의절차이다.

국조법 제10조

(소득금액 계산의 특례) 제1항과

동법 시행령 제17조

(소득금액 계산의 특례 신청절차 등) 제1항에 따르면, 청구법인의 경우와 같이 체약상대국(독일)이 과세한 경우에는 상호합의 결과를 통보받은 납세자가 그 통보일로부터 3개월 이내에 납세지 관할 세무서장에 경정을 청구하도록 규정되어 있다.

(다) 즉

「국세기본법」제45조의2

에 따른 경정청구는 세법상 통상의 오류를 시정하는 목적이고,

국조법 제10조

및

동법 시행령 제17조

에 따른 경정청구는 국제적 이중과세에 대한 납세자 권리구제를 강화하고 국가 간의 상호합의를 존중하는 목적인바 양자는 그 목적을 달리하는 점, 경정청구 사유, 경정청구의 근거 법령 및 (2019년 2월 개정 前에는) 경정청구의 기간 역시 상이하게 규정되어 있던 점 등을 고려할 때, 이 건 경정청구는

「국세기본법」제45조의2

에 따른 통상의 경정청구와 구분되는 상호합의 특례 경정청구로 봄이 타당하다.

(2) 이러한 경우 특례규정 적용 우선의 원칙에 따라 환급가산금 계산시 쟁점규정 제1호가 적용되어야 한다.

(가)

「국세기본법」제3조

제1항 제5호는「국세기본법」을 세법에 우선하여 적용하되, 경정청구에 관하여는 개별 세법에서 특례규정을 두고 있는 경우 당해 개별 세법이 정하는 바에 따르도록 하고 있다.

(나) 위 특례규정 적용 우선의 원칙에 따르면, 이 건 경정청구는 특례규정(

국조법 제10조

제1항,

동법 시행령 제17조

제1항)이 정하는 바에 따라 경정청구 사유 존부 판정, 경정청구 기간 검토 및 국세환급금 산정방식(환급가산금 계산 등)의 결정이 이루어진다.

(다) 이 건 경정청구는 환급가산금 산정 기산일 적용시 쟁점규정 제5호(경정청구일의 다음 날)를 적용하는

「국세기본법」제45조의2

에 따른 경정의 청구가 아니고, 쟁점규정 제1호(당초의 국세 납부일의 다음날)를 적용하는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하는 경우에 해당하므로, 환급가산금 산정 기산일은 ‘당초의 국세 납부일의 다음날’로 봄이 타당하다.

(3) 환급가산금 산정 기산일 적용과 관련하여 조세법률주의의 원칙에 대한 고려가 필요하다.

(가) 이 건 경정청구가

「국세기본법」제45조의2

에 따른 경정의 청구가 아님이 명백하다는 점을 고려하여 문리 해석시 이 건 경정청구의 환급가산금 산정의 기산일은 쟁점규정 제1호(당초의 국세 납부일의 다음날)를 적용하는 것이 타당하다.

(나) 특히, 처분청과 같이 환급가산금 산정 기산일로 쟁점규정 제5호 (경정청구일의 다음 날)를 적용하는 것은, 제1호(당초의 국세 납부일의 다음날)를 적용하는 경우와 비교하여 납세자의 이익을 상당한 수준으로 한정하고 침해하는 결과를 초래하는바, 청구법인의 경우 조세법률주의의 원칙상 관련 법령에 대한 보다 엄격한 해석이 필요하다. 따라서, 쟁점규정 제5호는 오로지

「국세기본법」제45조의2

에 따른 경정청구의 경우에만 적용이 가능한 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

처분청은 청구법인이 제출한 이 건 경정청구에 대한 국세환급금을 지급할 때

「국세기본법 시행령」제43조의3

제1항 제5호에 따라 경정청구에 따라 발생한 환급가산금 기산일을 경정청구일의 다음 날로 하여 국세환급금 및 국세환급가산금을 적법하게 지급하였다.

(1) 국세환급가산금의 기산일 관련 「국세기본법」규정의 개정내용 및 그 취지는 다음과 같다.

(가)

「국세기본법 시행령」제43조의3

은 2015년 2월 3일 개정하면서 경정청구로 인한 국세환급가산금의 기산일을 경정청구일의 다음 날로 일원화하였고, 개정내용과 개정이유는 다음과 같다.

(나)

「국세기본법」제45조의2

제2항 제3호에 후발적 경정청구 사유로 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때를 열거하고 있고, 같은 법 시행령 제43조의3 제1항 제5호(쟁점규정 제5호)에 경정청구에 따라 환급시 그 국세환급가산금의 기산일을 경정청구일의 다음 날로 하도록 별도로 규정하고 있으며, 쟁점규정 제1호는 경정청구한 경우에는 적용되지 않으므로 처분청이 경정청구에 따른 이 건 국세환급가산금의 기산일을 경정청구일의 다음 날로 하여 청구법인에게 환급가산금을 지급한 것은 잘못이 없다.

(2) 청구주장은 조세평등주의에 반한다.

(가) 조세조약에 따른 상호합의와 관련하여

「국세기본법」제45조의2

제2항 제3호에 따라 제기한 경우와

국조법 시행령 제17조

에 따라 제기한 경우에 대하여 청구주장과 같이 환금가산금의 기산일을 달리할 경우, 동일한 조건 하에 있는 납세자가 서로 다른 환급가산금을 지급받게 되므로 수평적 공평을 저해한다.

(나) 또한 이 건 경정청구의 국세환급금기산일에 대하여 쟁점규정 제1호를 적용한다면,

「국세기본법」제45조의2

제2항에 열거되어 있는 후발적 경정청구의 사유에 해당하는 경우들과도 수평적 공평을 저해하게 되어

헌법 제11조

제1항 평등권 선언에 근거한 조세평등주의에 반하게 된다.

(3) 이 건 경정청구를 국조법에 따른 경정청구와「국세기본법」에 따른 경정청구로 구분할 이유가 없다.

(가)

「국세기본법」제45조의2

제2항 제3호에서 조세조약에 따른 상호합의와 관련한 경정청구에 대하여 규정하고 있으므로 이 건 경정청구가 「국세기본법」에 의한 경정청구가 아니라는 청구주장은 타당하지 않다.

(나) 또한, 국조법상에는 국세 환급시 환급절차 및 환급가산금 등에 대하여 별도로 규정되어 있지 않으므로 이는 「국세기본법」상 관련 규정에 따라야 한다.

(4) 처분청이 적용한 이 건 국세환급가산금의 기산일은「민법」상 부당이득의 반환과 관련한 법리와도 부합한다.

(가)

「국세기본법」제51조

제1항은 국세환급금을「민법」상 부당이득으로 본다는 법리를 선언하고 있고, 2015.2.3. 개정된

「국세기본법 시행령」제43조의3

의 개정이유를 살펴보면,국세환급가산금의 기산일에 「민법」상 부당이득 반환시 이자계산 시기를 반영한 것으로 나타난다.

(나)

「민법」제748조

(수익자의 반환범위) 및 같은 법 제749조(수익자의 악의인정)는 부당이득의 반환시 이자 계산의 기산일을 법률상 원인 없음을 안 때부터로 규정하고 있고, 이 건 경정청구의 국세환급금은 최초 신고ㆍ경정 당시에 그 존재와 범위가 확정되어 있지 않았으므로 처분청은 청구법인이 경정을 청구한 때에 국세환급금이 발생하는 것을 알 수 있는바,

「민법」제749조

제1항(수익자가 이익을 받은 후 법률상 원인없음을 안 때에는 그때부터 악의의 수익자로서 이익반환의 책임이 있다)에 따르더라도 이 건 국세환급가산금의 기산일은 경정청구일의 다음 날로 함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 환급가산금 기산일을 경정청구일 다음날부터 산정하여 환급한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제3조(세법 등과의 관계) ① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 중 다음 각 호의 규정에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.

5. 제5장 제1절ㆍ제2절 제45조의2ㆍ제2절 제45조의3(

「법인세법」 제62조

에 따른 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례만 해당한다) 및 제3절(

「조세특례제한법」제100조의10

에 따른 가산세만 해당한다)

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 (후략)

제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

(2) 국세기본법 시행령

제43조의3(국세환급가산금) ① 법 제52조에서 "대통령령으로 정하는 국세환급금가산금 기산일"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금 : 국세 납부일. (중략)

2.∼4. (생략)

5. 법 제45조의2에 따른 경정의 청구에 따라 납부한 세액 또는 환급한 세액을 경정함으로 인하여 환급하는 경우 : 경정청구일(경정청구일이 국세 납부일보다 빠른 경우에는 국세 납부일)

(3) 국제조세조정에 관한 법률

제10조(소득금액 계산의 특례) ① 체약상대국이 거주자와 국외특수관계인의 거래가격을 정상가격으로 조정하고, 이에 대한 상호합의절차가 종결된 경우에는 과세당국은 그 합의에 따라 거주자의 각 과세연도 소득금액 및 결정세액을 조정하여 계산할 수 있다.

② 제1항에 따른 소득금액과 결정세액의 조정 신청, 조정 방법 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제10조의2(국세의 정상가격과 관세의 과세가격 간 조정을 위한 경정청구) ① 국외특수관계인으로부터 물품을 수입하는 거래와 관련하여 납세의무자가 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준신고서를 제출한 후

「관세법」제38조의3

제4항에 따른 세관장의 경정처분으로 인하여 관세의 과세가격과 신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 거래가격 간에 차이가 발생한 경우에는 그 경정처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다.

③ 과세당국은 제1항에 따른 경정청구를 받은 날부터 2개월 내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

제22조(상호합의절차의 개시 요건) ① 우리나라 국민ㆍ거주자 또는 내국법인과 비거주자 또는 외국법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 상호합의절차의 개시를 신청할 수 있다.

1. 조세조약의 적용 및 해석에 관하여 체약상대국과 협의할 필요성이 있는 경우에는 기획재정부장관

2. 체약상대국의 과세당국으로부터 조세조약의 규정에 부합하지 아니하는 과세처분을 받았거나 받을 우려가 있는 경우에는 국세청장

3. 조세조약에 따라 우리나라와 체약상대국 간에 조세조정이 필요한 경우에는 국세청장

② 기획재정부장관이나 국세청장은 제1항에 따른 상호합의절차 개시의 신청을 받은 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 체약상대국의 권한 있는 당국에 상호합의절차 개시를 요청하여야 하고 신청인에게 그 요청 사실을 통지하여야 한다.

1. 국내 또는 국외에서 법원의 확정판결이 있는 경우

2. 조세조약상 신청 자격이 없는 자가 신청한 경우

3. 납세자가 조세 회피를 목적으로 상호합의절차를 이용하려고 하는 사실이 인정되는 경우

4. 과세 사실을 안 날부터 3년이 지나 신청한 경우

(4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령

제17조(소득금액 계산의 특례 신청절차 등) ① 법 제10조 제1항에 따른 소득금액 및 결정세액의 조정을 받으려는 거주자는 법 제27조 제2항에 따른 통보를 받은 날부터 3개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 소득금액 계산특례 신청서에 제42조 제2항에 따라 국세청장이 발급한 상호합의 종결 통보서를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 수정신고 또는 경정청구(국세정보통신망을 활용한 청구를 포함한다)를 하여야 한다.

② 제11조의2 제2항에 따라 일방적 사전승인을 받은 거주자가 소득금액 및 결정세액의 조정을 받으려는 경우에는 같은 조 제5항에 따라 국세청장이 발급한 통지서를 받은 날부터 3개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 소득금액 계산특례 신청서에 국세청장이 발급한 통지서를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 수정신고 또는 경정청구를 하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 경정청구를 받은 납세지 관할 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정할 수 있다. 이 경우 경정하여야 할 이유가 없을 때에는 그 사실을 경정청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(5) 민법

제741조(부당이득의 내용) 법률상 원인없이 타인의 재산 또는 노무로 인하여 이익을 얻고 이로 인하여 타인에게 손해를 가한 자는 그 이익을 반환하여야 한다.

제748조(수익자의 반환범위) ① 선의의 수익자는 그 받은 이익이 현존한 한도에서 전조의 책임이 있다.

② 악의의 수익자는 그 받은 이익에 이자를 붙여 반환하고 손해가 있으면 이를 배상하여야 한다.

제749조(수익자의 악의인정) ① 수익자가 이익을 받은 후 법률상 원인없음을 안 때에는 그때부터 악의의 수익자로서 이익반환의 책임이 있다.

② 선의의 수익자가 패소한 때에는 그 소를 제기한 때부터 악의의 수익자로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청 사이에 상호합의에 따라 이 건 경정청구를 제기한 사실 및 이와 관련한 환급금에 대하여는 다툼이 없고, 그 환급가산금의 기산일에 대하여만 다투고 있다.

(2) 기획재정부의 2014간추린 개정세법 해설을 보면,

「국세기본법」제43조의3

을 개정하여 경정청구의 경우에는 그 내용과 관계 없이 환급가산금의 기산일을 경정청구일로 일원화한다고 되어 있고, 그 개정이유는「민법」상 부당이득 반환의 이자계산의 시기를 반영한 것이라고 되어 있으며, 그 적용시기는 해당 개정 법령의 공포일 이후 경정청구하는 분부터 적용된다고 되어 있다.

(3) 청구법인의 항변서상 주요 내용을 요약하면 다음과 같다.

(가) 위 개정법령의 내용은 통상의 경정청구에 대한 것이고, 이 건 경정청구는 상호합의 결과에 따른 것이므로 이러한 경우에 대하여는 경정청구 관련 환급가산금의 기산일을 경정청구 시기를 기준으로 일원화하는 것은 타당하지 않으므로 위 개정법령을 적용할 대상이 아닌 것으로 봄이 타당하다.

(나) 청구법인의 이 건 경정청구는

국조법 시행령 제17조

에 근거한 것이므로 청구법인이

「국세기본법」제45조의2

제2항 제3호에 따라 경정청구를 제기한 것임을 전제로 하는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(다) 조세조약에 따른 상호합의 결과에 따른 이 건 경정청구와 「국세기본법」상 후발적 경정청구는 본질적인 성격이 같지 않고, 이 건 경정청구는 모순된 세액의 확정에 의한 경정청구이자 존재하던 사정이 뒤늦게 변경되는 등의 이유로 제기한 후발적 경정청구로서 「국세기본법」상 그 외의 다른 후발적 경정청구와는 성격이 다르므로 이와 수평적 공평을 고려하는 것은 타당하지 않다.

(라)

국조법 제3조

제1항에서 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다고 규정하고 있고(특례규정 적용 우선의 원칙),

「국세기본법」제3조

제1항 제5호에서 개별 세법에서 특례 규정을 두고 있는 경우는 개별 세법이 정하는 바에 따르도록 규정하고 있으며, 이 건 경정청구는 조세조약에 따른 상호합의 결과에 의하여 제기한 것이므로 통상의 경정청구와 근거법령, 사유, 목적 등이 모두 상이한바, 국조법에 따른 경정청구와「국세기본법」에 따른 경정청구에 있어서 그 환급가산금의 기산일을 별도로 구분할 이유가 없다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(마) 대법원은 조세 부과처분의 무효 내지 과오납에 따라 발생하는 부당이득반환 청구권의 발생 시점을 ‘징수 또는 납부시’로 판단한 바 있고(대법원 1992.3.31. 선고 91다32053 판결 참조), 「민법」상 수익자는 부당이득의 일반적 효과로서 취득한 이익 자체를 반환하는 것이 원칙인바, 청구법인의 부당이득반환 청구권은 청구법인이 신고납부를 한 시점에 발생한 것이며, 수익자(과세관청)가 취득한 이익은 청구법인이 국세를 납부한 익일부터 산정된 이자 상당액을 반영하는 것이 「민법」상 부당이득과 관련한 기본적인 법리에 부합한다.

(바) 또한

「민법」제741조

에 따르면 부당이득은 손실자의 손해 범위 내에서 성립하고, 수익자가 반환해야 할 이익의 범위도 손실자가 입은 손해의 범위 내일 것이며, 손실자의 손해는 사회통념상 손실자가 당해 재산으로부터 통상 수익할 수 있을 것으로 예상되는 이익 상당액이라 할 것이다(대법원 2008.1.18. 선고 2005다34711 판결 참조). 따라서, 이 건 경정청구의 국세환급금 기산일을 당초의 국세 납부일의 다음날로 함이 「민법」상 부당이득 반환의 법리에 부합한다고 항변하고자 한다.

(사) 신뢰보호의 원칙은 행정기관의 어떠한 행위의 존속이나 정당성을 사인이 신뢰한 경우에 보호할 가치 있는 사인의 신뢰는 보호되어야 한다는 것으로서,

「국세기본법」제18조

제3항 및

「행정절차법」제4조

제2항 등에서 규정하고 있는 행정법 적용 및 해석의 기본원칙이다.

(아) 조세심판원은「지방세특례제한법」에 명시된 취득세 100% 감면 규정이 2014년 말 개정에 의해 일부 감면으로 축소된 상황에서 이 같은 개정 이전에 취득세 부과 대상 공사를 착공하는 등 원인행위가 존재하는 경우에는 개정 이후에 취득세 납세의무가 성립된 경우에도 신뢰보호의 원칙에 의거해 개정 전의 취득세 100% 감면 규정을 적용함이 타당하다며 납세자의 권리보호 측면에서 신뢰보호의 원칙을 인정한 바 있다(조심 2019지2072, 2019.1.22. 참조). 최근에 법원도 납세자 신뢰보호를 고려하여 지방소득세 독립세 전환 이전에 발생한 R＆D 세액공제액을 2014.1.1. 지방소득세 독립세 전환 후 이월공제시 법인지방소득세에서 공제할 수 있다고 판시한 바 있다(서울행정법원 2019.11.19. 선고 2018구합87279 판결 참조).

(자) 청구법인의 경우 이 건 경정청구의 원인행위인 이 건 경정청구 대상 법인세 신고 납부 및 상호합의 절차 신청이 모두 경정청구의 경우 국세환급가산금의 기산일을 경정청구일의 다음 날로 하도록

「국세기본법 시행령」제43조의3

이 개정되기 전에 발생하였고, 청구법인은 기존 유권해석(국세청 서면인터넷방문상담1팀-258, 2005.2.25. 등)에 따라 상호합의에 따른 국세환급금에 대한 환급가산금 기산일은 신고납부일의 다음날로 할 것으로 신뢰하고 있었으므로 신뢰보호의 원칙에 따라 이 건 경정청구에 의한 환급가산금의 기산일은 당초 국세납부일의 다음 날로 하여야 한다.

(4) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 추가 의견의 요지는 다음과 같다.

(가) 과세당국간 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때에는

「국세기본법」제45조의2

제2항에 경정청구를 제기할 수 있도록 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제43조의3에 국세환급가산금의 기산일에 대하여 규정되어 있으며, 2015.2.3. 대통령령 제26066호로 개정된 상기 법령 및 그 부칙 제5조에 따라 동 개정 법령의 시행일 이후 경정청구를 하는 분부터는 경정청구일의 다음 날을 국세환급가산금의 기산일로 하여야 한다.

(나)

국조법 시행령 제17조

제1항에서 기술하는 경정청구는 이중과세의 조정과 관련한 구체적인 절차를 제시한 것일 뿐이고, 새로운 제도를 창설한 것이 아니며, 조세조약에 따른 상호합의시

「국세기본법」제45조의2

제2항 및 같은 항 제3호에서 경정청구를 제기할 수 있도록 규정하고 있는바,

국조법 시행령 제17조

의 경정청구내용은 위「국세기본법」조항에 따른 경정청구에 포섭된다. 더욱이 국조법에는 국세환급가산금에 관한 규정이 없으므로 「국세기본법」에 따라 국세환급가산금을 계산하여야 한다.

(다) 조세조약에 따라 양 국가의 과세당국이 상호합의를 한 이후에 비로소 정해지는 국세 환급금의 상당액의 신고·납부는 당초 외관상 명백한 하자가 없는 이상, 당연무효에 해당하지 않고, 조세채무가 처음부터 존재하지 않았던 오납액이나 조세채무가 소멸된 이후에 이에 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하지 않으며, 조세조약에 따른 상호합의의 경우 당초 납부일에는 국세환급금 자체가 확정되어있지 않으므로 당초 납부일의 다음날을 국세환급가산금의 기산일로 할 수 없다.

(5) 처분청의 추가 의견에 대한 청구법인의 항변 요지는 다음과 같다.

(가) 청구주장은 「국세기본법」에 따라 환급가산금을 계산하여야 한다는 것 자체에 대하여 이의를 제기하는 것이 아니라, 국조법상 별개의 제도인 상호합의에 따른 소득금액 계산의 특례에 따른 경정청구는 통상의 경정청구와 동일시하지 아니하여 쟁점규정 제1호가 적용되어야 한다는 것이고, 납세자의 권리 보호를 위하여 「국세기본법」상 경정청구 규정과 별개로 2019년 2월에

국조법 제17조

제1항이 개정되어 상호합의에 따른 경정청구 기간이 그 종료를 통보받은 날부터 2개월에서 3개월 이내로 연장된 바 있다.

(나)

「국세기본법」제45조의2

에 따른 통상적인 경정청구는 당초 존재하던 사실관계에 따라 신고하여야 할 세액을 초과하여 신고한 경우를 전제로 이러한 오류를 수정하기 위한 절차인 반면,

국조법 제10조

에서 규정하고 있는 상호합의에 따른 특례 경정청구는 당초 존재하던 사실관계에 따라 적정하게 세액을 신고·납부하였으나, 그 이후 체약상대국의 과세 및 상호합의 결과 통보라는 신고시점 이후에 발생한 별도의 처분으로 인하여 소득금액이 변동되는 절차이므로 위의 양자를 동일하게 취급하여서는 안된다.

(다)

국조법 제10조

제1항에서 상호합의에 따른 소득금액 계산의 특례에 대하여 규정하고, 같은 조 제2항에서 소득금액과 결정세액의 조정 신청, 조정 방법 등 필요한 사항을 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며,

국조법 시행령 제17조

에서 상호합의에 따른 경정청구 특례에 대하여 규정하고 있으므로 이를 위임입법의 한계를 벗어난 것으로 볼 수 없는바,

국조법 시행령 제17조

는 이중과세 조정방법의 제시에 불과한 것으로 보아 동 조항을「국세기본법」에 따른 경정청구와 병렬적 지위에 있는 것으로 해석하는 것은 관련 법리를 오해한 것이거나 그렇게 해석할 경우 위임입법의 한계를 벗어난 것이 된다는 취지의 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)

「국세기본법」제45조의2

제1항은 과다 신고·납부에 대한 경정청구에 대하여 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제1호는 후발적 경정청구, 같은 항 제2호는 판결 등 재결에 따른 경정청구, 같은 항 제3호는 조세조약에 의한 상호합의 결과에 따른 경정청구에 대하여 규정하고 있으며, 2015.2.3. 개정된

「국세기본법 시행령」제43조의3

제1항 제5호에서 같은 법 제45조의2에 따른 경정청구에 따라 환급하는 경우 경정청구일의 다음 날을 국세환급가산금의 기산일로 하도록 규정하고 있는 반면, 국조법상 국세환급가산금의 기산일에 관한 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 이 건 국세환급가산금의 기산일은「국세기본법」상 관계 조항에 따라야 할 것이다.

(나) 국세환급가산금에 대한「국세기본법」상 관계 조항은 부당이득의 반환범위에 관한

「민법」제748조

의 특칙으로서 성질을 가진다고 할 것이고,「민법」상 부당이득의 반환에 관한 법리에 비추어 보더라도 과세관청이 조세조약 체약상대국과의 상호합의 결과에 따른 환급금 상당의 국세를 납세자가 당초 납부시부터 부당이득에 해당한다는 사실을 알고도 국고에 수납한 악의의 수익자에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다.

(다) 또한 납세자의 경정청구 전에는 그로 인한 국세환급금 및 국세환급가산금에 대한 과세관청과의 법률 관계가 완성되거나 종결되었다고 할 수 없는바, 2015.2.3. 대통령령 제26066호로 개정된

「국세기본법 시행령」제43조의3

및 그 부칙 제5조에서 동 개정 법령의 시행일 이후 경정청구를 하는 분부터는 경정청구일의 다음 날을 국세환급가산금의 기산일로 규정한 것이 신뢰보호원칙에 반하는 것으로 보아야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다.

(라) 위와 같은 사항 등을 종합할 때, 처분청이 이 건 국세환급가산금의 기산일을 경정청구일의 다음 날로 하여 산정한 국세환급가산금을 청구법인에게 지급한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.