조심 2011서0803 (2012.05.31)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인(220-84-06***)은 OOO 국내법에 따라 설립된 의약품을 제조하는 법인으로 같은 OOO국적 법인인 OOO의 지분 100%를 보유하다가 2005.11.22. OOO를 흡수합병하였고, 이에 따라 OOO가 보유하던 주식회사 OOO이 발행한 주식 5,800,000주(발행주식총수의 50%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)의 소유권이 청구법인으로 이전되었으나 이것과 관련하여 법인세(원천징수) 및 증권거래세를 신고하지 아니하였다. 나. 처분청은 쟁점주식의 소유권을 이전한 것이 「법인세법」제93조 제10호 가목의 내국법인이 발행하는 유가증권의 양도로 보고 양도일 현재 증권거래소의 최종시세가액인 1주당 OOO을 적용하여 평가한 OOO원을 시가로 보아 2010.11.8. 청구법인에게 2005사업연도 법인세(원천징수 10%) OOO원을 경정.결정하며, 쟁점주식의 실지양도가액을 알 수 없다고 보아 「증권거래세법 시행령」제4조 제2항 제1호에 따라 증권거래소가 공표하는 쟁점주식 양도일 전일의 매매거래 기준가액(1주당 OOO원)을 적용하여 평가한 OOO원을 과세표준으로 하면서 세율 0.5%를 적용하여 2010.11.18. 청구법인에게 2005년 12월분 증권거래세 OOO원을 결정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 「상법」제621조 에서 외국회사는 법률에 다른 규정이 없는 한 대한민국에서 성립된 동종 또는 가장 유사한 회사로 보도록 규정하고 있어 OOO의 OOO는 유한회사와 동종의 회사에 해당하므로 청구법인 및 OOO의 합병은 모두「상법」상 유한회사로 간주되어야 할 것이며,「법인세법」이나「증권거래세법」은 합병의 의미에 관하여서 별도로 규정함이 없이「상법」의 개념을 그대로 차용하고 있어 OOO의 법에 의한 OOO회사 간의 합병이「상법」상 합병으로 인정된다면「법인세법」상 합병으로 보아야 할 것이며, 이 건 합병거래에 따라 청구법인이 쟁점주식을 취득한 것은「법인세법」및「증권거래세법」상 다른 자산 및 부채와 함께 포괄적인 승계취득을 함에 따르는 합병효과로 인하여 발생하는 주식의 승계라는 점에서 매매, 교환 등을 원인으로 소유권이 유상으로 이전되는 일반적인 주식 양도와는 구분되는 법률행위이며, 「법인세법」제93조 에 외국법인의 국내원천소득에 대하여 열거하며, 제10호에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 포함시키고 있고, 「증권거래세법」제2조 제3항에 “계약상 또는 법률상 원인에 의하여 소유권이 유상으로 이전되는 것”을 양도라 규정하고 있으며, 「법인세법」제93조 제7호에 의하여 준용되고 있는 「소득세법」제94조 의 “양도”의 개념은 「법인세법」제93조 제10호의 해석에 있어 그대로 적용되어야 할 것이므로 자산의 양도에 해당되기 위해서는 자산의 이전원인(매도, 교환 등)이 법에서 규정하는 범위에 속하는 것이어야 하고, 그러한 이전이라 하여도 유상의 대가가 수반되는 요건을 충족하여야 함에도, ① 합병에 의한 자산이전은 ‘양도’로 인정되는 자산의 이전행위로 규정하고 있지 아니하며, ② 이 건과 같은 합병거래의 경우에 피합병법인이 피합병법인의 자산을 승계하는 합병대가(합병법인의 신주 또는 합병교부금)가 소멸법인OOO 또는 소멸법인의 주주(합병 후 존속하는 OOO=청구법인) 그 어느 누구에게도 지급되지 아니하였으므로(합병법인이 100%지분 보유) 합병에 따르는 자산이전이 유상이 아니라는 점과 최근 법원도 인적분할 또는 합병에 의한 자산이전은 양도에 해당하지 아니한다고 판결(서울고등법원 2009 .9.10. 선고 2005나113518 판결, 조심 2008중2456, 2009.4.14.)하고 있는 점 등을 감안하면, 처분청이 쟁점주식의 소유권이전을「법인세법」또는「증권거래세법」상 과세대상인 양도로 보아 과세한 처분은 부당하다. (2) 설령, 쟁점주식의 양도를 과세대상으로 본다 하더라도 아래와 같은 사유로 처분청이 쟁점주식의 시가로 산정한 가액은 부당하다. (가) 처분청은 「법인세법 시행령」제131조 에서 규정한 정상가격 산정방법과 관련하여 ‘상장주식의 경우에 최종시세가액을「국제조세조정에 관한 법률」에 의한 정상가격으로 볼 수 있다’는 예규(서면2팀-1977, 2007.11.1.)를 근거로 상장주식인 쟁점주식의 1주당 정상가격을 양도일(2005.11.22.) 현재 한국증권선물거래소의 최종시세가액인 OOO원으로 보고 시가를 OOO원으로 평가하였으나, 같은 법에 비교가능성이 높은 비교대상거래를 선정한 후 동 거래요소의 가액에 조정요소를 반영한 가액을 정상가격으로 산정하도록 하고 있으므로 단지 합병일의 최종시세가액을 시가로 보고 과세한 처분은 부당하므로 쟁점주식의 정상가격은 「법인세법 시행령」제131조 제3항에서 준용하는 「 소득세법」제99조 제1항 제3호를 적용하여 양도일 이전 1개월의 평균가액인 1주당 OOO원으로 평가하는 것이 타당하며, (나) 처분청은「증권거래세법」상 쟁점주식의 시가 산정에서 같은 법 제7조 제1항 제2호 나목에 의한 “양도가액을 알 수 없는 경우”에 해당하는 것으로 보아 같은 법 시행령 제4조 제2항 제1호에 의하여 1주당 시가를 양도일 직전 한국증권선물거래소의 최종거래가액(1주당 OOO원)을 적용하여서 OOO원으로 산정하였으나, 쟁점주식은 합병계약에 따른 무상승계이므로 양도가액을 알 수 없는 것이 아니라 “0”원인 경우에 해당하므로, 같은 영 제4조 제1항 제2호에 따르는 정상가격인 「소득세법」제99조 제1항 제3호를 적용한 양도일 이전 1개월 평균가액인 1주당 OOO원을 정상가격으로 보는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 구 「법인세법」제59조의2 제2항에서 “양도”라 함은 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하며, 단서에 법인의 합병으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 양도로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있었으나, 동 단서는 1998.12.28. 삭제되어 양도의 범위를 매도.교환.현물출자로 인하여 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 한정하지 아니함에 따라서 합병으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 등도 양도의 범위에 포함되도록 명확하게 규정하고 있고, 「조세특례제한법」제117조 제1항 제14호에 의하면 합병으로 인한 주권 등의 양도는 증권거래세의 과세대상이나「법인세법」상 합병평가차익의 과세특례요건을 갖춘 합병의 경우에만 증권거래세를 면제하도록 규정하고 있고, 국세청 예규(법규과 -318호, 2008.1.21.)에서 “합병계약으로 인하여 국내에는 고정사업장이 없는 외국법인이 특수관계에 있는 다른 외국법인에게 내국법인 주식을 양도함에 따라 내국법인 주주가 변동된 경우 「법인세법」제93조 (국내원천소득) 제10호에서 규정한 “유가증권 양도소득”이라고 회신한 점, 청구법인은 최근 법원도 합병에 의한 주식의 이전은 양도에 해당하지 아니하는 것으로 보고 있다고 주장하나, 유사한 사례가 현재 대법원에 계류되어 있어 합병에 의한 소유권이전이 양도가 아니라고 단정할 수 없는 점 등을 감안하면, 처분청이 쟁점주식의 소유권이전을「법인세법」및「증권거래세법」상 양도로 보아 과세한 처분은 정당하다. (2) 청구법인은 쟁점주식의 정상가격을「소득세법」에 의한 양도일 이전 1개월 평균가액으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 그 가액이 한국증권선물거래소의 최종시세가액보다 비교가능성이 높은 정상가격이라는 입증이 없으며, 「법인세법 시행령」제131조 에서 규정한 정상가격의 산정방법과 관련하여 상장주식의 경우 최종시세가액을「국제조세조정에 관한 법률」에 의한 정상가격으로 볼 수 있는 만큼(서면2팀-1977, 2007.11.1.) 상장주식인 쟁점주식의 1주당 양도가액을 양도일(2005.11.22.) 현재 최종시세가액인OOO원으로 보고 법인세를 과세한 처분은 정당하고, 또한 증권거래세의 과세표준 산정당시 청구법인은 쟁점주식의 시가가 “0”원이라고 주장하나, 쟁점주식은 합병에 의하여 소유권이전된 것이라 「증권거래세법」제7조 제1항 제2호 나목에 의한 “양도가액을 알 수가 없는 경우”에 해당하므로 같은 법 시행령 제4조 제2항 제1호에 따라 1주당 시가를「증권거래법」에 의한 증권거래소가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액인 양도일 전일의 최종시세가액(1주당 OOO원)을 정상가격으로 보고 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 외국법인의 합병에 따라 합병법인에게 쟁점주식 소유권이 이전된 것을 유상양도로 보아 법인세 및 증권거래세를 과세한 처분의 당부 ② 쟁점주식의 정상가격 산정방법(양도일 이전 1개월 평균가액이 아니라 양도일 현재 최종시세가액)이 적법한 것인지 여부 나. 관련 법령 (1) 쟁점① 관련 (가) 법인세법(2005.12.31, 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제92조【국내원천소득금액의 계산】② 제91조 제2항 및 제3항의 규정에 의한 외국법인의 각 사업연도의 제93조 제7호의 규정에 의한 소득외의 국내원천소득의 금액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. (삭제, 2001.12.31.) 2. 제93조 제1호 내지 제6호 및 제8호 내지 제11호의 국내원천소득의 경우에는 동조 각호(제7호를 제외한다)의 소득별수입금액으로 한다. 다만, 제93조 제10호에 규정하는 국내원천소득에 있어서는 그 수입금액에서 대통령령이 정하는 바에 따라 확인된 당해 유가증권의 취득가액 및 양도비용을 공제하여 계산한 금액으로 할 수 있다. 3. 국내사업장이 없는 외국법인으로서 제93조 제10호에 규정하는 국내원천소득이 다음 각목의 요건을 갖춘 경우에는 제2호의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 정상가격(이하 이 호에서 “정상가격”이라 한다)을 당해 수입금액으로 한다. 가. 국내사업장이 없는 외국법인과 대통령령이 정하는 특수관계가 있는 외국법인(비거주자를 포함한다)간의 거래 나. 가목의 거래에 의한 거래가격이 정상가격에 미달하는 경우 ③ 제91조 제2항의 규정에 의한 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 금액 중 제93조 제7호의 규정에 의한 양도소득금액은 동조 제7호의 소득을 발생하는 자산(이하 이 조에서 “토지 등”이라 한다)의 양도가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 1. 취득가액. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연 받은 외국법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 외국법인의 취득가액으로 한다. 2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용 제93조【국내원천소득】 7. 소득세법 제94조 의 규정에 의한 양도소득(동조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득을 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산이 국내에 있는 경우에 한한다. 10. 다음 각목의 1에 해당하는 주식ㆍ출자증권 또는 기타의 유가증권( 소득세법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산을 제외하되, 당해 기타자산이 주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 또는 출자증권인 경우에는 이를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 양도로 인하여 발생하는 소득으로서 대통령령이 정하는 소득 가. 내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 기타의 유가증권 나. 외국법인이 발행한 주식 또는 출자증권(증권거래법에 의한 유가증권시장에 상장되거나 협회중개시장에 등록된 것에 한한다)과 외국법인의 국내사업장이 발행한 기타의 유가증권 (나) 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호에 따라 개정되기 전의 것) 제131조【정상가격의 범위 등】① 법 제92조 제2항 제3호 본문에서 “대통령령이 정하는 정상가격”이라 함은「국제조세조정에 관한 법률」제5조 및 동법 시행령 제4조 의 규정에 의한 방법을 준용하여 계산한 가액을 말한다. ② 법 제92조 제2항 제3호 가목에서 규정하는 “대통령령이 정하는 특수관계”라 함은「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제8호의 규정에 의한 특수관계를 말한다. ③ 제1항의 규정에 의한 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한하여 「소득세법」제99조 제1항 제3호 내지 제6호의 규정을 준용하여 평가한 가액을 정상가격으로 한다. 제132조【국내원천소득의 범위】⑦ 법 제93조 제10호 본문에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 다음 각 호의 소득을 말한다. 1. 국내사업장을 가지고 있는 외국법인이 주식 또는 출자증권을 양도함으로써 발생하는 소득 2. 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 당해 주식 또는 출자증권을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 유가증권시장 등을 통하여 주식 또는 출자증권을 양도( 「증권거래법」제2조 제8항 제8호에서 규정하는 중개 또는 대리에 의하여 주식을 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 소득으로서 당해 양도법인 및 그 특수관계자가 당해 주식 또는 출자증권의 양도일이 속하는 연도와 그 직전 5년의 기간 중 그 주식 또는 출자증권을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액(외국법인이 발행한 주식 또는 출자증권의 경우에는 유가증권시장 등에 상장 또는 등록된 주식총수 또는 출자총액)의 100분의 25 미만을 소유한 경우를 제외한다. 3. 국내사업장을 가지고 있는 외국법인이 주식 또는 출자증권 외의 유가증권을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 당해 유가증권의 양도시에 법 제93조 제1호의 규정에 의하여 과세되는 소득을 제외한다. 4. 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 내국법인 또는 거주자나 비거주자ㆍ외국법인의 국내사업장에 주식 또는 출자증권 외의 유가증권을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 당해 유가증권의 양도시에 법 제93조 제1호의 규정에 의하여 과세되는 소득을 제외한다. (다) 소득세법(2006.12.30, 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도 ”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. ②「도시개발법」기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 가.「증권거래법」에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주” 라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 나.「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 “코스닥상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 “코스닥시장” 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등 (라) 증권거래세법 제2조【정 의】③ 이 법에서 “양도”라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다. 제7조【과세표준】 ① 증권거래세의 과세표준은 다음 각 호에 의한다. 1. 제3조 제1호 각목의 규정에 의한 주권을 양도하는 경우에는 당해 주권의 양도가액 2. 제1호 외의 주권 등을 양도하는 경우에는 다음 각목의 구분에 의한 가액 가. 주권 등의 양도가액을 알 수 있는 경우 : 당해 주권 등의 양도가액. 다만, 「소득세법」제101조 , 「법인세법」제52조 또는 「상속세 및 증여세법」제35조 의 규정에 의하여 주권 등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 시가액 나. 주권 등의 양도가액을 알 수 없는 경우 : 대통령령이 정하는 양도가액평가방법에 의하여 평가한 가액 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (마) 상법 제621조 외국회사는 다른 법률의 적용에 있어서는 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 대한민국에서 성립된 동종 또는 가장 유사한 회사로 본다. (바) 조세특례제한법 제117조【증권거래세의 면제】① 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다(2010.1.1. 개정, 2010.12.27. 개정). 14. 제38조의 규정에 의한 신설법인의 설립, 「법인세법」제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병, 동법 제46조 제1항 각호 또는 동법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할을 위하여 주식을 양도하는 경우 (2) 쟁점② 관련 (가) 국제조세조정에 관한 법률 제5조【정상가격의 산출방법】① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다. 1. 비교가능 제3자 가격방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법 2. 재판매가격방법 거주자와 국외특수관계자가 자산을 거래한 후 거래 일방인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 동 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 차감하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법 3. 원가가산방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산의 판매자나 용역의 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 가산하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법 4. 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법 ② 제1항의 규정에 의한 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 소득세법 제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다. 3. 제94조 제1항 제3호 가목의 규정에 의한 주식 등 「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 제1호 가목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목 중 “평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월”은 각각 “양도일ㆍ취득일 이전 1월” 로 본다. 4. 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 주식 등 중 대통령령이 정하는 것 「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 제1호 나목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목에서 준용하는 동호 가목의 규정 중 “ 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월”은 각각 “양도일ㆍ취득일 이전 1월 ”로 본다. (다) 증권거래세법 시행령 제4조【양도가액 평가방법】① 법 제7조 제1항 제2호 가목 단서의 규정에 의한 시가액은 「소득세법 시행령」제167조 ,「법인세법 시행령 」제89조 또는 「상속세 및 증여세법 시행령」제26조 의 규정에 의하여 시가로 인정된 당해 주권 등의 가액으로 한다. ② 법 제7조 제1항 제2호 나목에서 “대통령령이 정하는 양도가액평가방법”이라 함은 다음 각 호의 가액에 양도된 당해 주권 등의 거래수량을 곱하여 계산하는 것으로 한다. 1.「증권거래법」에 의한 상장법인의 주권등을 유가증권시장 밖에서 양도하는 경우 :「증권거래법」에 의한 증권거래소가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액 2.「증권거래법」에 의한 협회등록법인의 주권 등을 협회중개시장 밖에서 양도하는 경우 :「증권거래법」에 의한 한국증권업협회(이하 “증권업협회”라 한다)가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액 3. 증권업협회가 「증권거래법 시행령」제84조의27 제5항의 규정에 의한 기준에 따라 거래되는 종목으로 지정한 주권 등을 동항에 의한 기준 외의 방법으로 양도하는 경우 : 「증권거래법 시행령」제84조의 27 제5항에 규정된 증권회사가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액 4. 제1호 내지 제3호외의 방식으로 주권 등을 양도하는 경우 : 「소득세법 시행령」제165조 의 규정에 의하여 계산한 가액 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) OOO법인은 청구법인은 2005.11.22. 100%의 지분을 보유하던 같은 OOO법인 OOO를 합병(OOO는 흡수합병으로 인하여 소멸)하며, 동 합병에 따라 OOO가 소유하던 쟁점주식[주식회사 OOO의 주식 50%, 5,800,000주]의 소유권을 청구법인에게 이전하였다. (나) 「법인세법」제2조 제1항 제2호에서 국내원천소득이 있는 외국법인에 대하여 그 소득에 대한 법인세 납부의무를 규정하고 있으며, 제3조 제3항은 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조에 의한 국내원천소득으로 한다고 규정하면서, 제93조 각호에서 외국법인의 국내원천소득을 제한적으로 열거하고 있고, 이 건과 같이 외국법인이 보유하던 내국법인 주식이 외국법인 간의 흡수합병으로 인하여 존속하는 합병법인으로 이전되는 경우「법인세법」상의 주식 기타 유가증권의 양도로 보아 그 소득에 대하여 법인세를 부과할 수 있게 하는 명시적 규정은 없으나, 구 「법인세법」제59조의2 제2항에서 “양도”라고 함은 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하면서 단서에서 법인의 합병으로 인하여 소유권이 이전되는 경우는 양도로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있었으나 1998.12.28. 삭제되어 합병으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 등도 양도의 범위에 포함되도록 규정하고 있고, 「증권거래세법」제1조 에 주권 또는 지분의 양도에 대하여 증권거래세를 부과할 수 있도록 규정하고 있으며, 제2조 제3항에서 양도에 대하여 “계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 소유권이 유상으로 이전되는 것”이라고 규정하고 있으며, 또한 「조세특례제한법」제117조 제1항 제14호에서 합병으로 인한 주권 등의 양도는 증권거래세의 과세대상에 해당되나「법인세법」상 합병평가차익의 과세특례요건을 갖추는 합병의 경우에만 증권거래세를 면제하도록 규정하고 있다. (다) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 구 「법인세법」제59조의2 제2항에서 “양도”를 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하며, 단서에서 법인의 합병으로 인한 경우에 양도로 보지 아니한다고 규정하였다가, 1998.12.28. 삭제되어 합병으로 인한 소유권이전도 유상양도의 범위에 포함되게 규정하고 있는 점, 이 건은 내국법인 간이 아니라 외국법인 간의 합병으로 「조세특례제한법」제117조 제14호의 합병에 관한 규정을 적용할 수 없는 점 등을 감안하면, 쟁점주식은 합병으로 인하여 피합병법인에서 청구법인에게로 사실상 유상양도가 되었다고 할 수 있는 만큼(국심 2007서5282, 2008.7.29. 참조), 처분청이 쟁점주식의 이전이 유상양도에 해당하는 것으로 보아 법인세 및 증권거래세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 「법인세법 시행령」제131조 에서 규정한 정상가격 산정방법과 관련하여 ‘상장주식의 경우에 최종시세가액을「국제조세조정에 관한 법률」에 의한 정상가격으로 볼 수 있다’는 예규(서면2팀-1977, 2007.11.1.)와 최종시세가액이 같은 법 제5조 제1항 제6호에서 규정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법에 의한 정상가액으로 인정할 수 없다는 반증의 제시가 없다는 점 등을 근거로 하여서 상장주식인 쟁점주식의 1주당 정상가격을 합병등기일인 양도일(2005.11. 22.) 현재 한국증권선물거래소의 최종시세가액인 1주당 OOO원으로 보고 OOO원으로 평가한 반면, 청구법인은 같은 법에서 비교가능성이 높은 비교대상거래를 선정한 후 동 거래요소의 거래가액에 조정요소를 반영한 가액을 정상가격으로 산정하게 규정하고 있어 단지 합병일의 최종시세가액을 시가로 한 것은 부당하므로 쟁점주식의 정상가격은 「법인세법 시행령」제131조 제3항에서 준용하고 있는 「소득세법」제99조 제1항 제3호에 의하여 양도일 이전 1개월의 평균가액인 1주당 OOO으로 하여야 한다고 주장하고 있다. 또한, 처분청은 쟁점주식에 대하여 증권거래세를 과세하면서 양도가액을 알 수 없는 경우라고 하여 양도일 전일 종가인 1주당 OOO원을 기준으로 하여 한국증권선물거래소의 매매거래 기준가격인 양도가액을OOO원으로 산정하고 세율(0.5%)을 곱하여 증권거래세 OOO을 결정하자, 청구법인은 쟁점주식은 합병계약에 따라 무상으로 승계를 받은 것이므로 양도가액을 알 수 없는 것이 아니라 “0”원인 경우에 해당하므로 같은 법 시행령 제4조 제1항 제2호에 따라 「소득세법」제99조 제1항 제3호에서 규정한 양도일 이전 1개월 평균가액인 1주당OOO원을 적용하여 산정한 OOO원을 정상가격으로 보는 것이 타당하다고 주장하고 있다. (나) 「법인세법 시행령」제131조 (정상가격의 범위 등) 제1항에서 「법인세법」제92조 제2항 제2호의 본문(국내사업장이 없는 외국법인으로 법 제93조 제9호에 따른 국내원천소득이 ① 국내사업장이 없는 외국법인과 대통령령으로 정하는 특수관계가 있는 외국법인(비거주자를 포함한다) 간의 거래, ② 거래가격이 정상가격보다 낮은 요건을 갖춘 경우 대통령령이 정하는 정상가격은「국제조세조정에 관한 법률」제5조 및 같은 법 시행령 제4조에 따르는 방법을 준용하여 계산한 가액으로 하는 것을 원칙으로 하되, 이를 산출할 수 없는 경우에 한하여 「소득세법」제99조 제1항 제3호 내지 제6호를 준용하여 평가한 가액을 해당 수입금액으로 하도록 규정하고 있으며, 「증권거래세법」제7조 제1항 나목에 의하면 주권 등의 양도가액을 알 수 없는 경우 한국거래소가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액(양도일 전일 최종시세가액)에 양도된 당해 주권 등의 거래수량을 곱하여 계산한 금액을 증권거래세 과세표준인 양도가액으로 한다고 규정하고 있다. (다) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 국내사업장이 없는 외국법인으로 국내원천소득이 ① 국내사업장이 없는 외국법인과 대통령령으로 정하는 특수관계가 있는 외국법인(비거주자를 포함한다) 간의 거래에 의하여 발생되고, ② 그 거래가격이 정상가격보다 낮은 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제5조 및 같은 법 시행령 제4조에 따른 방법을 준용하여 계산한 가액을 정상가액으로 보도록 규정하고 있으며, 이를 산출할 수 없는 경우에 한하여 「소득세법」제99조 제1항 제3호 내지 제6호의 규정(양도일 이전 1개월 평균가액)을 준용하여 평가한 가액을 수입금액으로 하도록 규정하고 있는 점, 양도일 이전 1개월 평균가액이 한국증권선물거래소의 최종시세가액보다 비교가능성이 높은 정상가격이라는 입증이 없는 점 등을 감안할 때, 처분청이 양도일(2005.11.22.) 현재 한국증권선물거래소의 최종시세가액인 1주당 OOO원을「국제조세조정에 관한 법률」제5조 제1항 6호에서 규정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법에 의한 정상가액으로 보고서 법인세를 과세한 처분과, 「증권거래법」제7조 제1항 나목에 주권 등의 양도가액을 알 수 없는 경우에 한국거래소가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액에 양도된 당해 주권 등의 거래수량을 곱하여 계산한 금액을 증권거래세의 과세표준인 양도가액으로 한다고 규정하고 있으므로 합병에 따라 소유권이전이 되어 양도가액을 알 수 없는 상장주식인 쟁점주식을 한국증권선물거래소의 양도일(2005.11.22.) 현재 매매거래의 기준가격인 양도일 전일(2005.11.21.)의 종가인 1주당 OOO원을 적용하여 과세표준을OOO원으로 산정하여 증권거래세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.