조심 2016중0650 (2017.05.19)

OOO세무서장이 2015.11.10. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은, 청구법인이 2012.11.19. 주식회사 OOO에게 현물출자한 거래에 대하여 부당행위계산부인을 적용하지 아니하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인(2014년 주식회사 OOO으로서 2012.8.20. OOO원을 출자(100%)하여 중간지주회사인 주식회사 OOO” 또는 “피출자법인”이라 한다)를 설립하였고, 그 당시 주식 7천만주(액면가 OOO)를 교부받았다. 나. 청구법인은 2012.11.19. 보유하고 있던 중국 내 8개 자회사 주식(「상속세 및 증여세법」상 평가액 OOO원, 이하 “쟁점현물출자주식”이라 한다 )을 OOO에게 현물출자( 이하 “쟁점현물출자”라 한다)하고, 그 대가로 OOO의 주식 6억8천만주(액면가 OOO원, 이하 “신주”라 한다 )를 교부받았다. 다. 청구법인은 쟁점현물출자주식의 시가( OOO원을 양도차익으로 보아 익금산입하고, 「법인세법」 제47조의2 (적격현물출자에 따른 과세이연)를 적용하여 양도차익과 동일한 금액을 신주의 압축기장충당금으로 설정하여 손금산입하였다. 라. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.2.25.부터 2015.5.15.까지 청구법인의 2011～2013사업연도에 대한 법인세 통합 조사를 실시한 결과, 청구법인이 보유하고 있던 시가 OOO원 상당의 쟁점현물출자주식을 특수관계에 있는 OOO에게 현물출자하고, 그 대가로 시가 OOO원 상당의 신주를 받은 것에 대하여 그 차액인 OOO원만큼 저가에 현물출자한 것으로 보고 동 차액을 부당행위계산부인을 적용하여 익금산입하고, 동 차액 상당의 양도차익을 익금불산입하며, 동 양도차익 상당액에 대해 압축기장충당금을 과다설정한 것으로 보아 손금불산입하는 등 아래 <표1>과 같은 세무조정을 하고, 법인세를 경정하도록 처분청에 통보하였다. 마. 처분청은 이에 따라 2015.11.10. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. 바. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 쟁점현물출자는 양도차익이 압축기장충당금 손금산입한도를 초과하지 아니하므로 과세금액이 발생하지 아니하며, 완전자회사에 대한 적격현물출자에 해당하므로 부당행위계산부인 적용대상에 해당하지 않는다. (가) 청구법인이 익금산입 하여야 하는 현물출자자산 양도차익(OOO원)과 압축기장충당금 한도가 되는 현물출자로 발생한 양도차익(OOO원)이 동일하므로, 압축기장충당금 한도초과는 발생하지 아니한다. 1) 처분청은 당초 각 사업연도 소득금액에 익금산입하는 양도차익은 OOO원이고, 압축기장충당금 설정시 한도가 되는 양도차익은 OOO원이므로 압축기장충당금 한도초과OOO가 발생한다고 주장하여 과세기준자문상의 내용과 상이한 주장을 하다가, 최종적으로 각 사업연도 소득금액에 익금산입하는 양도차익을 OOO원으로 인정하면서 그 차액을 부당행위계산부인 적용대상이라고 과세논리를 변경한 바 있다. 2) 청구법인은 현물출자로 인한 양도차익은 국세청 법령해석과 과세기준자문 답변내용과 동일하게 현물출자로 취득한 피출자법인의 주식가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산양도차익은 피출자법인 주식의 시가에서 현물출자한 순자산의 장부가액을 차감한 금액에 상당하는 금액으로 하는 것이므로, 현물출자시 각 사업연도 소득금액상 익금에 해당하는 양도차익은 압축기장충당금 한도액 산정시 양도차익과 동일한 OOO원으로 주장하여 왔다. 3) 처분청이 각 사업연도 소득금액상 익금에 해당하는 현물출자로 인한 양도차익과 압축기장충당금 한도액은 OOO원으로 인정함에 따라 압축기장충당금 한도초과가 발생하지 아니한다는 부분에 대해서는 청구법인과 동일한 의견이므로 이에 대한 다툼은 없다. (나) 적격현물출자(조사청과 이견 없음)인 쟁점현물출자에 대하여 현물출자로 발생한 양도차익 전액을 과세이연함이 현물출자 과세특례제도의 취지에도 부합하며, 쟁점현물출자로 인한 미실현이익은 과세금액 및 과세시기가 확정된 시점에 과세되어야 하고, 부당행위계산부인 적용대상이 아니므로 현물출자 시점에 과세할 수 없다. 1) 현행 기업구조조정 세제는 구조조정으로 발생하는 자산의 이전에 대해 원칙적으로 양도거래로 보아 양도한 법인이 거래 시점에서 보유하고 있는 미실현이익(=이전되는 자산의 시가장부가액)에 대하여 경제적 실질의 변화가 없는 형식의 변화에 불과하며, 구조조정을 용이하게 하도록 과세이연제도를 규정하고 있다. 2) 적격현물출자 거래에 있어서 압축기장충당금은 현물출자시점의 양도차익에 대하여 과세시기를 뒤로 늦추는 과세이연이 아니라, 주식가액을 장부가액으로 유지시켜서 미실현이익 전체를 과세이연시키고, 추후 미실현이익이 실현되는 시점에 과세대상소득과 과세시기를 확정하기 위한 기능을 하고 있으므로, 확정된 세액에 대한 과세시기를 연장시키는 이월과세와는 다르다. 3) 압축기장충당금이 계상되어 과세이연된 미실현이익과 압축기장충당금으로 계상된 금액을 초과하여 발생한 미실현이익 모두 추후 발생하는 과세효과를 확정하지 못하는 미확정된 금액(과세시기 및 과세대상금액이 확정되지 않음)에 불과한 바, 압축기장충당금이 설정되는 미실현이익만을 과세이연하고, 그 외 미실현이익은 확정하여 과세함은 부당하다(양도차익을 실질적으로 인식하지 않는 취지를 내포하고 있는 적격현물출자 거래에 대하여 부당행위계산부인의 적용 여부를 논하는 것은 부당한 것으로 판단됨). (다) 청구법인의 100% 완전자회사에 대한 적격현물출자거래인 쟁점현물출자는 출자법인이 피출자법인의 전체 주식의 소유로 현물출자로 인한 이익분여가 전혀 없고, 적격현물출자로 양도차익이 전액 과세이연되므로 부당행위계산부인 적용대상이 아니다. 쟁점현물출자는 아래와 같이 경제적 합리성 측면, 이익 분여 측면 및 「법인세법」상 취득가액 측면에서 살펴보아도 부당행위계산부인 적용대상이 아님이 분명하다. 1) 경제적 합리성 측면 가) 처분청은 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에서 저가 현물출자를 하였을 경우에는 부당행위계산부인을 적용함이 당연하다고 주장하고 있으나, 과세당국의 유권해석(재법인-877, 2010.10.25.) 및 조세심판원 심판례(조심 2015부3278, 2016.1.29., 조심 2015서1842, 2015.12.16., 조심 2011서1721, 2012.10.16. 외 다수)에서 현물출자에 대한 부당행위계산부인 적용여부는 당해 현물출자의 대가관계만을 따로 떼어내어 판단하는 것이 아니라 현물출자가 이루어지게 된 제반사정 등을 종합적으로 고려하여 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 보아 경제적 합리성을 갖추었다고 인정되는지 여부에 따라 판단하는 것으로 보고 있다. 나) OOO 설립시 주식가액에 저가 현물출자로 인한 구주 가치의 상승효과가 있어 이를 법인 간의 거래로 볼 경우에도 청구법인이 보유한 자산가치(OOO의 주식가치)는 현물출자 전·후로 변동이 없으며, 단지 교부받은 신주의 평가차액이 청구법인의 사내에 유보되어 있어 청구법인의 자산이 사외유출된 것이 아니다. 다) 쟁점현물출자의 경우, ① OOO 상장적격국가 승인 문제, ② OOO상장을 위한 일정상의 문제, ③ 중국에서의 주식양도소득 면세비준 문제, ④ OOO거래소 상장승인 문제 등의 불가피한 사정으로 인하여 2단계에 걸쳐 거래를 하였으므로 실질적으로는 신설현물출자와 동일하다고 볼 수 있다. 따라서 쟁점현물출자를 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 보아 비정상적인 거래로 볼 수 없으므로 부당행위계산부인 적용요건 중 하나인 해당 거래의 행위·계산이 부당하여야 하는 요건을 충족하지 아니한다. 2) 이익 분여 측면 가) 일반적으로 법인세가 감소되려면 거래 일방은 법인에 경제적 손실이 발생하거나 또는 그 상대방은 경제적 이익이 발생하여야 하는 바, 거래당사자 간 거래로 인한 이익의 분여가 없다면 조세의 부당한 감소가 있을 수 없다고 판단되며, 국세청 유권해석(서면2팀-2197, 2006.10.30.)에서도 시가보다 높거나 낮은 가액으로 현물출자하여 특수관계자에게 이익을 분여함으로써 법인의 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위계산부인이 적용되는 것으로 판단하고 있으므로, 이익분여는 부당행위계산부인 요건에 해당하지 않는다는 처분청의 의견은 타당하다고 볼 수 없다. 나) 쟁점현물출자 거래와 같이 현물출자한 자산에 대한 대가를 주식으로 취득하며, 동 거래로 기존 보유 주식과 현물출자로 취득하는 주식의 가치 증감으로 인하여 보유자산의 가치의 변동이 없어 이익분여가 발생할 수 없다면, 조세의 부담을 부당하게 전가·분여한 결과가 없어 부당행위계산부인을 적용할 수 없다고 판단된다. 다) 처분청이 제시한 대원법 판례(대법원 2014.11.27. 선고 2012두25248 판결)는 주식 교환거래에 대한 부당행위계산부인을 적용한 사례이고, 조세심판원 선결정례(조심 2008부1312, 2008.12.31.)는 100% 지분을 보유한 특수관계자 간의 채권 지연회수에 따른 인정이자 계산누락에 대한 부당행위계산부인을 적용한 사건인 바, 이는 모두 모자회사 간에 이익분여가 있는 손익거래로서 쟁점현물출자와 같이 양도차익이 전액 과세이연 되는 적격현물출자 거래와 비교함은 적절하지 아니한 것으로 판단된다. 라) 국세청 유권해석(서면법인-2277, 2016.5.3., 서면2팀-1173, 2005.7.21.)에서는 특수관계자인 주식발행법인의 유상증자에 참여함에 있어 발행주식의 시가가 액면가액에 미달하여 신주를 고가로 인수하는 행위 자체만으로는 부당행위계산부인 대상 여부를 판단하는 것은 아니라고 회신하고 있는바, 쟁점현물출자와 같이 이익의 분여가 없는 완전자회사에 대한 적격현물출자에 대하여 부당행위계산부인 적용대상으로 봄은 타당하지 아니하다. 3) 「법인세법 시행령」제72조 의 취득가액 규정 측면 가) 2012.2.2. 개정된 「법인세법 시행령」제72조 제2항 제4호 가목에서는 “적격현물출자로 출자법인이 취득하는 주식은 현물출자한 순자산의 장부가액“으로 규정하고 있는 바, 이에 의할 경우 적격현물출자인 경우에는 세무상 양도차익이 발생하지 아니하는 것이고, 이를 통해 현물출자로 취득한 주식의 처분시점까지 양도차익을 과세이연하는 효과가 발생하는 것이다. 나) 동 규정의 취지는 사실상 현물출자 전에 발생한 미실현이익(=현물출자한 순자산의 시가 - 순자산의 장부가액)에 대해 현물출자 시점에서 실현되지 않은 것으로 보아 과세이연하겠다는 것이고, 자산을 단지 주식으로 대체하여 미실현이익 전체를 보존시키기 위한 것으로 해석되는 바, 이러한 해석은 위에서 검토한 과세이연제도의 법리에도 합당한 해석이다. 다) 만약, 처분청과 같이 과세처분을 한다면, 출자법인이 취득한 주식의 취득가액(현물출자로 교부받은 주식의 시가에서 압축기장충당금을 차감한 순액)은 출자된 순자산의 장부가액과 일치하지 않게 되므로 「법인세법 시행령」 제72조 의 취득가액 규정과 모순되는 결과를 낳게 된다. 라) 동 규정은 적격현물출자의 경우, 현물출자 시점에는 양도차익을 인식하지 아니함을 명시하고 있는 상황에서, 처분청은 양도차익도 인식하지 아니하는 적격현물출자 거래에 대하여 양도차익의 존재를 전제로 해야 할 부당행위계산부인 논리를 제시하고 있는 바, 이는 매우 불합리한 것으로 판단된다. (라) 결국, 쟁점현물출자는 청구법인의 완전자회사에 대한 적격현물출자로 양도차익 전액을 과세이연하므로 압축기장충당금을 초과하는 미실현이익이라고 하더라도 구주의 주식가치에 내재되므로 구주를 처분하는 시점에 실현되어 과세됨이 타당하며, 부당행위계산부인 적용요건 중 특수관계자 간의 거래에만 해당하므로 쟁점현물출자에 대한 부당행위계산부인 적용은 타당하지 아니하다. 1) 쟁점현물출자와 같이 완전모자회사 간의 적격현물출자는 단순한 법적 형태의 변화에 불과하여 출자법인이 보유하고 있는 주식을 통해 피출자법인에 승계된 자산에 대한 지배력이 유지되는바, 현물출자로 취득한 주식을 양도하여 지배권이 이전되어 미실현이익이 실현되는 과세계기가 성립한 경우에만 과세될 수 있으므로, 만약, 쟁점현물출자가 과세이연요건을 충족하였음에도 불구하고, 압축기장충당금 설정한도를 초과하는 미실현이익에 대하여 과세처분을 한다면, 구조조정을 촉진하고자 하는 과세이연제도의 기본 취지에 위배된다. 2) 쟁점현물출자 거래가 현물출자 전·후로 가치의 변동이 없어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 볼 수 없으며, 쟁점현물출자로 인한 이익의 분여가 없어 이로 인한 조세부담의 감소가 없는 바, 결국 부당행위계산부인의 적용요건 중 쟁점현물출자 거래가 특수관계인과의 거래에 해당할 뿐이며, 그 외의 부당행위계산부인 요건은 모두 충족하지 않으므로 청구법인에게 쟁점현물출자로 인한 부당행위계산부인 적용은 타당하지 아니하다. (2) 청구법인은 원래 중간지주회사의 설립을 신설현물출자로 추진하려고 하였으나, 관련 법규 및 제반 환경의 제약에 따라 불가피하게 단기간 내 선 법인설립 후 현물출자의 두단계 형태로 실행할 수 밖에 없었던 바, 거래의 실질을 고려하여 법인설립과 현물출자를 하나의 거래로 보아야 하고, 그렇게 볼 경우 등가교환이 성립되어 자산양도차익 전액이 압축기장충당금 설정대상이므로 청구법인의 세무상 처리는 적법하다고 판단된다. (가) 「법인세법」 제4조 제2항에서 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있으며, 「국세기본법」 제14조 제2항에서는 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하도록 규정하고 있으며, 제3항에서는 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 중국자회사의 지분을 보유한 중간지주회사를 설립하고 이를 해외에서 상장함으로써 독립적이고 유연한 자금조달 기반 확보 등을 목적으로 하여, 한국에서 중국자회사 지분의 현물출자를 통한 중간지주회사 설립을 계획하였으나, 이를 진행하는 과정에서 OOO 상장적격국가 승인 문제, OOO상장을 위한 일정 문제 및 중국에서의 주식양도소득 면세비준 문제 등의 문제점이 발생함에 따라 불가피하게 중간지주회사의 설립과 쟁점현물출자로 구분된 행위를 할 수 밖에 없었다. (다) 청구법인의 중간지주회사 설립과 쟁점현물출자와 같이 하나의 거래를 2개의 거래로 나누어 진행한 경우와 관련하여 조세심판례 및 대법원 판례는 공통적으로 ① 시점의 차이가 존재하는 거래나 ② 자산의 종류의 차이가 존재하는 거래라고 할지라도 이를 포괄적으로 양도한 것으로 인정되는 경우에 개개의 건 별로 그 거래가격과 시가를 비교하여 판단할 것이 아니라, 전체 거래가격과 시가를 비교하여 포괄적 거래 전체로서 부당행위계산에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다고 보고 있으며 이는 「법인세법」 제4조 제2항 및 「국세기본법」 제14조 제2항 및 제3항에 따른 실질과세 원칙에 부합한다. (라) 청구법인의 중간지주회사 설립과 쟁점현물출자 역시 전체적으로 포괄적인 거래로 보아 거래가격과 시가를 비교하는 것이 타당한 바, 현금(OOO) 및 중국 자회사 주식(「상속세 및 증여세법」상 평가액 OOO원)의 출자하여 중간지주회사의 발행주식 전부OOO)를 인수하는 거래이므로 청구법인이 인수한 중간지주회사의 발행주식 전부의 시가는 청구법인이 출자한 현금 및 중국 자회사의 주식에 대한 「상속세 및 증여세법」상 평가액으로 평가하여야 하며, 결국 청구법인이 출자한 자산과 인수한 OOO 주식의 시가는 동일하므로, 이 경우 등가교환이 성립되어 현물출자한 자산의 양도차익과 압축기장충당금 설정액이 동일한 금액이 되므로 당초 청구법인이 법인세 신고시 하였던 세무조정은 적법하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 피출자법인인 OOO의 완전모회사라 할지라도, 보유 자산(중국 자회사 주식)을 시가 보다 OOO원 낮은 가액으로 현물출자한 이상 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에서 규정한 ‘자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우’에 해당하므로 부당행위계산부인 대상에 해당한다. (가) 적격현물출자의 경우 현물출자를 양도거래로 보기 때문에 양도차익을 인식하지만, 동시에 양도차익 상당액을 압축기장충당금으로 손금산입하여 과세이연을 할 수 있다. 그러나 처분청이 쟁점현물출자에 대해 문제삼은 부분은 이러한 과세이연 그 자체가 아니라 보유하고 있던 주식을 저가에 양도(현물출자)한 부분이다. 청구법인은 쟁점현물출자주식을 OOO에 저가로 현물출자함으로 인하여 현물출자 전에 소유하고 있던 OOO의 구주식이 가치가 증가되었고, 이러한 미실현이익은 구주식을 처분하는 미래의 어느 시점에서 실현되므로, 부당행위계산부인을 포함하여 어떠한 과세도 할 수 없는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이는 법령상 근거도 없이 과도한 특혜를 요구하는 것이므로 타당하지 않다. (나) 「법인세법」 제47조의2 및 같은 법 시행령 제84조의2에서 적격현물출자는 5년 이상 사업을 계속하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피출자법인의 주식을 보유하는 등의 법소정 요건을 충족하는 경우 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 압축기장충당금으로 계상하여 손금에 산입할 수 있도록 규정하였고, 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제4호 가목은 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식은 법 제47조의2 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자의 경우, 현물출자한 순자산의 장부가액을 취득가액으로 하도록 규정하고 있으며, 이는 청구법인이 보유하고 있던 중국 자회사의 주식을 OOO에게 현물출자하여 발생한 양도차익 OOO원에 대한 압축기장충당금 설정 및 현물출자로 인하여 취득한 신주의 취득가액에 대한 규정이다. 위 규정을 이유로 청구법인이 보유자산을 특수관계법인에게 시가 보다 저가에 현물출자하여 감소시킨 양도차익OOO에 대하여 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호(자산을 무상 또는 시가 보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우)에 따른 부당행위계산부인 적용대상에서 예외로 하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다. (다) 청구주장을 예를 들어 설명하면, 시가 OOO원에 양도 또는 현물출자하였을 경우 현물출자 시점에 부당행위계산부인을 적용하여 OOO원을 익금산입하는 것이 당연함에도 불구하고, 청구법인은 시가 OOO원인 건물을 법인에 현물출자하여 그 법인으로부터 OOO원의 주식을 받은 경우, 미래에 그 주식을 OOO원에 양도할 수 있으므로 건물을 당초 저가로 양도한 시점에 부당행위계산부인을 적용할 수 없다고 주장하고 있는 것이다. 부당행위계산부인은 부당행위 당시를 기준으로 판단하는 것이고, 현재의 부당행위(법인에 건물을 저가 양도)로 인한 간접적·반사적인 이익(주주지분 가치상승)이 미래에 실현될 수 있다 하여 부당행위계산부인을 배제할 수 없음은 너무나 당연한 것이다. (라) 청구법인은 피출자법인의 지분을 100% 보유하여 완전지배하고 있고, 현물출자 거래를 통해 구주식의 주식가치가 함께 상승하여 청구법인의 부의 변동이 없으므로 주주 간의 부의 이전 또는 주식의 주식발행법인에 대한 부의 이전이 발생할 수 없어 부당행위계산부인의 중요요건인 이익분여는 성립할 수 없다고 주장하나, 부당행위계산부인은 자산거래 등 손익거래에 대한 부당행위계산부인과 자본거래에 대한 부당행위계산부인으로 구분되고, 현물출자는 현물출자자산을 주식과의 교환으로 양도하게 되므로 손익거래에 해당하는 동시에, 법인의 자본금 증가를 수반하므로 자본거래에도 해당되는 혼합거래이다. 이에 따라 현물출자는 거래당사자인 출자법인과 피출자법인 사이에는 저가양도로 인한 부당행위계산부인의 대상이 되고, 동시에 출자법인과 피출자법인의 주주 사이에는 자본거래로 인한 증여세 부과 또는 부당행위계산부인의 대상이 된다. (마) 저가 현물출자에 대한 주식 양도거래에 대한 부당행위계산부인은 1) 출자법인과 피출자법인이 특수관계인에 해당할 것, 2) 해당거래의 행위·계산이 부당할 것, 3) 법인소득에 대한 조세부담의 감소가 있을 것이라는 요건만을 충족하면 될 뿐, 피출자법인의 주주가 누구인지 여부, 이익을 분여받았는지 여부와는 관계가 없다. 양도거래 등 손익거래에서의 부당행위계산부인은 거래당사자인 법인이 특수관계인인지 여부만 문제될 뿐이다. 1) 예를 들면, OOO의 주주가 청구법인과 청구법인의 특수관계인 A로 구성되어 있고, 청구법인만이 OOO에 대하여 저가 현물출자를 하였다고 가정할 경우, 청구법인과 OOO 사이에서는 청구법인과 OOO가 특수관계인인지 여부만 문제될 뿐, OOO의 주주가 누구인지 관계없이 자산의 저가 양도거래 에 대한 부당행위계산부인이 적용된다. 또한 청구법인과 OOO의 주주인 A 사이에서는 청구법인과 A의 특수관계인 여부 및 이익분여 여부에 따라 증여세 또는 자본거래에 대한 부당행위계산부인 적용 여부가 문제되는 것이다(대법원 2014.11.27. 선고 2012두25248 판결, 참조). 2) 쟁점현물출자의 경우 OOO의 주주지분을 100% 청구법인이 소유하고 있어 위 A가 없으므로 처분청은 쟁점현물출자와 관련하여 보유자산의 저가 양도거래에 대한 부당행위계산부인만을 적용하였고, 자본거래에 대하여는 부당행위계산부인을 적용하지 아니하였음에도 불구하고, 청구법인은 이 건 부과처분과 관련이 없는 자본거래로 인한 이익 분여에 대한 부당행위계산부인과 관련한 내용을 주장하면서 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하고 있다. 3) 이 건 청구주장과 유사한 경제적 효과를 이유로 심판청구를 제기한 사업양수도 관련 사건에 대한 조세심판원의 선결정례(조심 2008부1312, 2008.12.31.)를 보면, 조세심판원은 100% 지분을 소유하고 있는 완전모·자회사 간의 거래라 할지라도 법률상 각각 별개의 법인이므로 부당행위계산부인 대상에 해당된다고 명확하게 결정한 바 있다. 4) 법원은 신주를 고가에 인수한 경우에도 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산에 해당된다고 판결하면서 ‘신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인에 있어서의 부인액은 신주인수를 함에 있어 인수회사가 발행회사에 대하여 시가를 초과하여 지급한 신주인수대금, 즉 신주발행회사의 증자 대금 납입 직후의 주식가액과 신주인수가액과의 차액을 의미하는바, 시가보다 높은 가격에 신주를 인수하면 그만큼 발행회사의 자본이 충실하게 되어 신주인수인의 구 주식가치가 상승하게 됨으로써 그로 인한 이익의 일부가 다시 신주인수인에게 귀속될 수 있으나, 이는 신주인수행위로 인한 간접적ㆍ반사적 이익에 불과하므로, 위와 같은 증자 대금 납입 직후의 주식가액과 신주인수가액과의 차액에서 다시 구주식 가치 상승으로 인한 이익을 공제할 것은 아니다’라고 판시(서울행정법원 2010.6.24. 선고 2008구합46354 판결)한 바 있다. 청구법인이 보유자산을 특수관계법인에게 저가로 현물출자함에 따른 구주식의 가치 상승으로 인한 경제적 이익을 부당행위계산부인액에서 공제하여 부당행위계산부인 대상이 없는 것으로 보아야 한다는 청구 주장은 출자(주식보유)로 인하여 특수관계에 있는 법인 간에는 부당한 행위·계산을 하여도 거래상대방에 대한 주식보유 비율에 상당하는 만큼은 경제적인 관점(저가 양도로 인한 부당행위계산부인액과 출자관계에 따른 간접적·반사적 이익 상쇄)에서 이익 분여가 없는 것으로 보아 부당행위계산부인 대상에서 제외하여야 한다는 것과 다를바 없어 받아들일 수 없으며, 조세심판원과 법원도 이에 대하여 같은 입장이다. (바) 적격현물출자에 대한 과세이연을 규정한 「법인세법」 제47조의2 등은 ‘현물출자로 발생한 자산의 양도차익’(OOO원)에 상당하는 압축기장충당금을 설정하여 손금에 산입할 수 있도록 하고 있고, 청구법인이 동 금액을 손금산입한 것은 처분청도 이견이 없으나, 동 규정의 어디에도 특수관계법인에게 보유자산을 시가 보다 저가로 현물출자하여 발생하지 아니하고 감소된 양도차익OOO에 대하여 부당행위계산부인을 배제하도록 하는 법문이 없으며, 적격현물출자의 경우, 형식적인 조직개편에 불과하다고 보아 현물출자를 얼마에 하든지 그 가액의 당부에 관계 없이 현물출자와 관련하여는 어떠한 세부담도 발생하지 아니하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다. (2) 청구법인이 취한 적법하고 유효한 법률행위에 따라 OOO를 금전을 출자하여 설립한 후, 중국 자회사의 주식을 현물출자한 것으로 본 것은 당연한 것이고, 이를 가장행위로 볼 수 없으므로 청구청구을 받아들일 수 없다. (가) 청구법인은 관련법규 및 제반환경으로 인하여 불가피하게 선 법인설립, 후 현물출자한 것으로 두 단계 거래는 실질적으로 하나의 거래이며, 이에 의할 경우 등가교환이 성립되어 자산양도차액 전액이 압축기장충당금 설정대상이라고 주장하나, 청구법인이 2012.8.20. 금전 OOO원을 출자하여 OOO를 설립한 점, 그 전인 2012년 7월경 법무법인 세종이 작성한 현물출자절차 검토자료에는 OOO의 설립과 현물출자를 별개의 안으로 검토한 점, OOO를 설립한 이후인 2012.8.27.에 이르러서야 OOO과 용역계약을 체결하여 현물출자자산을 평가하기 시작한 점, 청구법인이 2012.11.19. 시가 OOO원 상당의 쟁점현물출자를 한 점 등에 비추어 청구법인이 OOO원 상당의 금전과 보유주식을 OOO 설립 당시에 출자한 것으로 인정하기 어렵다. (나) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서 여러 가지의 적법·유효한 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 경우에 어느 방식을 취할 것인가의 문제는 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련 비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이므로, 그 중 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 한다(대법원 1992.12.8. 선고 92누1155 판결, 대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 등 참조). (다) 이 건에서 청구법인은 중국 자회사 주식을 현물출자하여 OOO를 신설하는 법률행위를 택하는 대신, OOO를 먼저 설립하고 이후에 중국자회사 주식을 현물출자하는 방식을 선택하였다. 청구법인은 위와 같은 법률행위를 선택함으로서 ① OOO가 설립한 후 OOO거래소로부터 OOO 상장적격국가로 인정받지 못할 위험성을 배제하였고(현물출자 전에 OOO를 설립하여 상장 가능성을 먼저 검토), ② 「한·중 조세조약」 제13조에 따른 과세면제 확인 및 조세조약 면세비준 승인을 먼저 받아 조세 부담의 위험성도 배제하였다. (라) 청구법인은 특정한 경제적 목적을 달성하기 위하여 적법·유효한 법률관계 중 OOO를 현물출자로 설립하는 방식을 취할 것인지, 설립 후 현물출자하는 방식을 취할 것인지를 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련 비용의 부담 정도 등을 고려하여 청구법인 스스로 선택한 것으로서, 청구법인이 위 방식 중 하나를 선택하여 법률관계를 적법·유효하게 형성하였다면, 과세관청으로서는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 조세의 내용이나 범위를 결정하여야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 완전모·자회사 간의 적격 현물출자 당시 부당한 세부담의 경감이 발생한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용하여 과세한 처분의 당부 ② 주금을 납입하여 법인을 설립한 이후에 주식을 현물출자한 것을 사실상 하나의 거래로 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제4조[실질과세] ① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다. ② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제41조[자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액 3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 ② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제44조[합병시 피합병법인에 대한 과세] ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다. 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 ③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우에는 제2항에도 불구하고 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제47조의2[현물출자시 과세특례] ① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우 그 현물출자로 취득한 현물출자를 받은 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다. 1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것 2. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 제52조 제1항에 따른 특수관계인이 아닐 것 4. 출자법인 및 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자(이하 이 조에서 "출자법인등"이라 한다)가 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 ② 출자법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 1. 출자법인이 피출자법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우 2. 피출자법인이 출자법인등으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 피출자법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 출자법인에 알려야 한다. ③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 출자법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 피출자법인이 출자법인으로부터 승계받은 사업을 현물출자일부터 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 폐지하는 경우 2. 출자법인등이 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손금산입 대상 양도차익의 계산, 승계받은 사업의 계속 및 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 현물출자 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율이자율임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제72조[자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액 나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가 3의2. 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 적격물적분할의 경우 : 물적분할한 순자산의 장부가액 나. 가목외의 물적분할의 경우 : 물적분할한 순자산의 시가 4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 법 제47조의2 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자(이하 "적격현물출자"라 한다)의 경우 : 현물출자한 순자산의 장부가액 나. 가목 외의 출자법인(법 제47조의2 제1항 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자를 포함한다. 이하 "출자법인등"이라 한다)이 현물출자로 인하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식 등만 취득하는 현물출자의 경우 : 현물출자한 순자산의 시가 다. 가목 및 나목 외의 현물출자의 경우 : 해당 주식등의 시가 4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등 : 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다. 제84조의2[현물출자로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입] ① 법 제47조의2 제1항에 따라 출자법인이 손금에 산입하는 금액은 피출자법인으로부터 취득한 주식등의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 해당 주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. ③ 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1호와 제2호를 더한 비율에서 제1호와 제2호를 곱한 비율을 뺀 비율을 직전 사업연도 종료일(현물출자일이 속하는 사업연도의 경우에는 현물출자일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 현재 해당 주식등의 압축기장충당금 잔액에 곱한 금액을 말한다. 1. 출자법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조의2 제1항에 따라 취득한 피출자법인의 주식등의 장부가액에서 해당 사업연도에 같은 조 제2항 제1호에 따라 처분한 피출자법인의 주식등의 장부가액이 차지하는 비율 2. 피출자법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조의2 제1항에 따라 출자법인등으로부터 승계받은 제4항에 해당하는 자산(이하 이 호에서 "승계자산"이라 한다)의 양도차익(현물출자일 현재 승계자산의 시가에서 현물출자일 전날 출자법인등이 보유한 승계자산의 장부가액을 차감한 금액을 말한다)에서 해당 사업연도에 처분한 승계자산의 양도차익이 차지하는 비율 ④ 법 제47조의2 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 감가상각자산(제24조 제3항 제1호의 자산을 포함한다), 토지 및 주식등을 말한다 ⑤ 법 제47조의2 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제47조의2 제1항 제4호 또는 제3항 제2호와 관련된 경우 : 출자법인등이 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 2. 법 제47조의2 제1항 제2호 또는 제3항 제1호와 관련된 경우 : 피출자법인이 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 ⑥ 법 제47조의2 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다. ⑦ 피출자법인이 승계한 사업의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2 제6항 및 제80조의4 제8항을 준용한다. ⑨ 법 제47조의2 제1항을 적용받으려는 내국법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 피출자법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자과세특례신청서 및 자산의 양도차익에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 3의2. 특수관계자인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다. 4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우 5. 출연금을 대신 부담한 경우 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우 7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 7의2. 기획재정부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우 8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우 가. 특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다. 나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식등을 소각하는 경우 8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다. 9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. ③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. ④ 제3항은 주권상장법인이 발행한 주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 한국거래소(이하 "한국거래소"라 한다)에서 거래한 경우에는 적용하지 아니한다. (3) 법인세법 시행규칙 [별지 제43호의2서식] <개정 2012.2.28.>

(4) 상속세 및 증여세법 제39조의3[현물출자에 따른 이익의 증여] ① 현물출자(現物出資)에 의하여 법인이 발행한 주식 또는 지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 인수함에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. 1. 주식등을 시가(제60조와 제63조에 따라 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)보다 낮은 가액으로 인수함에 따라 현물출자자가 얻은 이익 2. 주식등을 시가보다 높은 가액으로 인수함에 따라 현물출자자와 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(현물출자자 본인은 제외한다)에 해당하는 주주 또는 출자자가 얻은 이익 ② 제1항에 따른 이익의 계산방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 국세기본법 제14조[실질 과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (6) 국세기본법 시행령 제25조[과세표준수정신고] ① 법 제45조에 따른 과세표준수정신고서에는 다음 각 호의 사항을 적어야 하며, 수정한 부분에 관하여 당초의 과세표준신고서에 첨부하여야 할 서류가 있는 경우에는 이를 수정한 서류를 첨부하여야 한다. 1. 당초 신고한 과세표준과 세액 2. 수정신고하는 과세표준과 세액 3. 그 밖에 필요한 사항 ② 법 제45조 제1항 제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 원천징수의무자가 정산 과정에서 「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것 2. 세무조정 과정에서 「법인세법」 제36조 제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조 제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 것 3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것 (7) 국세기본법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제404호로 개정된 것) 제12조[과세표준수정신고서 등] ① 영 제25조 제2항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 「법인세법」 제44조 , 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연(移延)받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 모두에 해당하는 경우는 제외한다. 1. 정당한 사유 없이 「법인세법 시행령」 제80조 , 제82조, 제83조의2, 제84조 및 제84조의2에 따라 과세특례를 신청하지 아니한 경우[「법인세법 시행령」(대통령령 제22184호 법인세법 시행령 일부개정령으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제80조, 제82조, 제83조 및 제83조의2에 따라 과세특례를 적용받기 위한 관련 명세서를 제출하지 아니한 경우를 포함한다] 2. 영 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 ② 영 제25조에 따른 과세표준수정신고서와 영 제26조에 따른 추가자진납부계산서는 별지 제16호 서식과 같다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 서식에 원래 신고한 내용과 수정신고의 내용을 병기(倂記)하고 납부세액란 옆에 추가자진납부세액을 부기(附記)한 후 이에 각각 수정신고서 또는 추가자진납부 세액계산서로 표시함으로써 별지 제16호 서식을 대신한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2012.8.20. OOO원을 출자(100%)하여 중간지주회사인 OOO를 설립하였고, 그 당시 OOO의 주식 7천만주를 교부받았다. (나) 청구법인은 2012.11.19. 보유하고 있던 중국 내 8개 자회사의 주식(「상속세 및 증여세법」상 평가액 OOO에게 현물출자 하고, 그 대가로 OOO의 신주 6억8천만주를 교부받았다. (다) 청구법인은 쟁점현물출자주식의 시가(OOO원을 양도차익(중국 자회사별 계산내역 아래 <표2> 참조)으로 보아 익금산입하고, 동일한 금액을 신주의 압축기장충당금으로 설정하여 손금산입하였다. (라) 처분청은 청구법인이 보유하고 있던 시가 OOO원 상당의 쟁점현물출자주식을 특수관계에 있는 OOO에게 현물출자하고, 그 대가로 시가 OOO원 상당의 신주를 받은 것에 대 하여 그 차액인 OOO원만큼 저가에 현물출자한 것으로 보고 동 금액 상당의 쟁점현물출자양도차익 손금산입 및 압축기장충당금 손금불산입을 하는 한편, 「법인세법」 제52조 및 같은법 시행령 제88조 제1항 제3호에 따른 부당행위계산부인 대상으로 보아 2015.11.10. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 부과하였다. (마) 청구법인은 중국 자회사의 주주지분을 보유한 중간지주회사인 OOO를 설립하고, 중간지주회사를 OOO증권시장에 상장하기 위한 절차를 진행하는 과정에서 OOO증권거래소의 상장 적격국가 인정, 상장 일정과 중국에서의 주식 양도소득의 면세비준 등의 이유로 인하여 중국 자회사의 주주지분을 현물출자를 하여 OOO를 설립하기 어려워 금전을 출자하여 OOO를 설립한 후, 중국 자회사 주주지분을 현물출자하게 되었다고 주장하고 있다. (바) 청구법인이 주장하는 OOO의 OOO상장과 관련된 계획 및 과정을 일자 순으로 정리한 내역은 아래 <표3>과 같다. (사) 조사청이 제시한 OOO의 설립 및 쟁점현물출자과정을 일자별로 정리한 내역은 아래 <표4>와 같다. (아) 기획재정부 및 국세청 개정세법 해설에 나타나는 현물출자에 따라 취득한 자산의 취득가액과 관련한 규정의 개정내용 및 개정취지는 아래 <표5> 및 <표6>과 같다. (자) 처분청이 사전열람 후 제출한 보충의견의 주요 내용은 다음과 같다. 1) 청구법인은 적격현물출자에 해당하면 시가 보다 저가로 현물출자하는 경우에도 현물출자 당시에는 어떠한 과세도 할 수 없다고 주장하나, 이는 저가 현물출자를 부당행위계산부인 대상으로 규정한 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제3호에 배치되고, 적격현물출자의 경우 현물출자로 발생하는 자산의 양도차익을 과세이연한다는 것이지 저가 현물출자를 허용하겠다는 규정이 아니다. 2) 청구법인이 보유하던 중국 자회사의 주식을 저가로 현물출자한 제반사정을 고려했을 때, 쟁점현물출자는 경제적 합리성을 결여한 것으로 보아야 한다. 쟁점현물출자는 중국 자회사의 지분을 중간지주회사인 OOO에 출자하여 OOO증권거래소에 상장하기 위해서 이루어진 만큼 그 절차 및 규정이 매우 까다로울 뿐만 아니라 출자금액 또한 매우 크다. 그런 만큼 법률전문가OOO의 충분한 검토와 자문을 거쳐 이루어진 거래이다. 그럼에도 불구하고 출자되는 중국 자회사 지분의 가치 OOO원에 현저히 미달하는 OOO만을 교부받은 것은 그 의도가 건전한 사회통념과 상관행에 부합하지 아니하며, 그 정황이 다음 사실에서 드러난다. 가) 청구법인은 OOO에 현물출자하는 중국 자회사 주주지분의 평가를 의뢰하였고, OOO은 이에 대해 OOO원으로 평가하였다. 청구법인은 2012년 8월 한국기업평가에도 평가를 의뢰하였고, OOO는 이에 대해 OOO원으로 평가하였으며, OOO의 이와 같은 평가는 그 가액의 범위가 46%OOO로 매우 넓은 점 등을 고려할 때 세법상 시가로 인정될 수 없다. 나) 청구법인이 OOO가 발행한 신주의 가치를 회계상 OOO원으로 평가하여 계상한 것은 배당가능이익이 발생하도록 임의로 정한 것으로, 이는 세법상 시가와는 관계없음이 청구법인의 OOO의 문답서(아래 <표7> 참조)에 나타난다. 다) 즉, 2013년도에 OOO증권시장에 OOO를 상장하면서 주식 60,850,000주를 추가로 발행하기로 예정되어 있는 상황에서, 발행된 주식과 발행할 주식의 가치를 높게 평가하면 상장 후 주식가치 하락에 따른 주식평가손실이 과다하게 발생하고, 추가적으로 발행한 주식의 가치 또한 하락하게 되므로 OOO자본시장을 통하여 투자자금 유치에 어려움이 있을 수 있으며, OOO가 발행할 주식의 숫자가 증가되면 될수록 발행주식의 주당 배당률이 감소하게 되므로 OOO의 주식을 적게 발행하고자 하는 목적에서 공정가치를 임의적으로 낮게 평가하여 신주를 적게 발행한 것이므로 건전한 사회통념과 일반적인 상관행에 어긋난다. 3) 청구법인이 제시한 국세청 유권해석(서면 2팀-2197, 2006.10.30.)은 고가 또는 저가로 현물출자하여 특수관계인에게 이익을 분여한 결과 조세부담이 부당하게 감소된 경우 부당행위계산부인이 적용된다는 의미이지, 이익 분여가 이루어지는 경우에만 부당행위계산부인이 적용된다는 의미가 아니고, 청구법인이 제시한 국세청 유권해석(서면법인-2277, 서면2팀-1173)도 원문(아래 <표8> 참조)을 살펴보면 단순히 부당행위계산부인 적용시 경제적 합리성을 고려해야 한다는 원론적 내용일 뿐이지, 조세부담의 부당한 감소와 별도로 이익 분여가 이루어지는 경우에만 부당행위계산부인이 적용된다고 해석한 것이 아니다. <표8> 국세청 예규(서면법인-2277, 서면2팀-1173) 원문 발췌

4) 청구법인은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제4호 가목에서 적격현물출자로 출자법인이 취득하는 주식의 취득가액이 현물출자한 순자산의 장부가액으로 규정하고 있으므로, 현물출자에 따른 양도차익에 대하여 과세할 수 없다고 주장하고 있으나, 이는 적격현물출자시 현물출자에 따라 발생한 양도차익에 대하여 압축기장충당금을 설정할 수 있도록 하는 과세특례를 허용하는 것과 관련된 규정일 뿐, 저가로 현물출자한 것에 대하여 부당행위계산부인을 배제하도록 하는 규정은 아니다. (차) 청구법인이 사전열람 후 제출한 보충의견의 주요 내용은 다음과 같다. 1) 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제3호에 따른 출자법인과 피출자법인 간의 부당행위계산부인은 세무상 양도차익이 인식되는 거래에서 양도차익을 과소하게 인식하여 조세를 부당히 감소시킨 경우 이를 과세하기 위함인 바, 적격현물출자의 경우에는 세무상 양도차익이 없으므로 부당행위를 적용할 수 없다. 2) 만약, 적격현물출자거래를 하는 상황에서 청구법인이 100% 미만의 지분을 보유하여 다른 기존주주가 있는 경우라고 하더라도, 이는 그 다른 주주가 특수관계인인지 여부에 따라 주주 간 부당행위를 적용할 것인지에 영향을 미치는 것일 뿐이고, 출자법인과 피출자법인 간의 부당행위계산부인에는 미치는 영향이 없는 것이다. 3) 「법인세법」에서는 현물출자에 대한 과세특례 규정을 두고 있지만, 현물출자거래로 인한 주주 간 이익분여에 대해서는 별도의 특례를 두고 있지 않아 현물출자시점에 즉시 과세가 된다. 즉, 적격현물출자의 경우에도 주주 간의 이익분여에 대해서는 이에 상응하는 주주 간 부당행위계산부인이 적용되어 과세문제가 발생할 수 있다. 4) 처분청은 적격인 저가 현물출자의 경우, 출자자산의 양도가액은 출자대가로 피출자법인으로부터 교부받은 주식의 시가에 의하여 산정되나, 피출자법인이 현물출자받은 자산의 취득가액은 그 출자자산의 시가로 계상되므로 그 차액으로 인하여 조세 일실이 발생할 수 있다는 의견이나, 적격 현물출자의 경우 출자법인이 그 현물출자에 따른 양도차익 전액에 대하여 압축기장충당금을 설정할 수 있어 출자법인이 피출자법인으로부터 현물출자의 대가로 교부받은 주식의 세무상 장부가액은 출자자산의 고저가 양도 여부에 관계 없이 당초 현물출자한 순자산의 장부가액으로 회귀하여 동일하게 되므로 출자법인인 청구법인이 중국자회사 주식을 현물출자한 대가로 피출자법인인 OOO가 발행·교부한 주식의 수량이 적음으로 인하여 청구법인이 이를 양도시 조세 일실이 발생한다는 처분청의 의견은 적격 현물출자의 과세구조를 이해하지 못한 데에서 비롯된 타당하지 아니한 의견이다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 중국 자회사들의 지분을 보유한 중간지주회사를 설립하여 OOO증권거래소에 상장하고자 2012.8.20. 주금 OOO원을 납입하여 OOO를 취득하였고, 2012.11.19. 쟁점현물출자를 하여 신주 OOO를 추가로 취득하였는바, 청구법인이 위 주금 납입과 쟁점현물출자를 동시에 하여 OOO를 설립하였다면 OOO의 주식발행 수량에 관계 없이 고가 내지 저가 현물출자에 해당할 여지가 없었으나 당시 OOO증권거래소에 상장한 우리나라 기업이 없어 상장 적격국가 인정, 상장일정 및 중국에서의 주식 양도소득에 대한 면세비준 여부 등 외국의 법령 및 제도 차이로 인한 여러 불확실성이 있었고, OOO 증시에서 기업별로 유통되는 통상의 주식 수(5억주～10억주)를 감안하여 신주의 발행수량을 정한 것으로 보이는 점, 청구법인은 당초 쟁점현물출자주식의 시가를 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법으로 평가하고 이를 양도가액으로 보아 세무상 양도차익을 산정하여 이를 익금산입하고 동일한 금액을 압축기장충당금으로 설정하여 법인세를 신고하는 과정에서 「법인세법 시행규칙」 [별지 제43호의2 서식] ‘현물출자과세특례 신청서’상의 손금 산입한도내에서 손금에 산입한 점, 쟁점현물출자 당시의 「법인세법 시행령」 제72조 제2항에 의하면 적격현물출자에 따라 과세특례가 적용되는 경우에 있어 현물출자에 따라 취득한 주식의 취득가액을 ‘현물출자한 순자산의 장부가액’으로 규정하고 있어 양도차익이 발생되지 아니하는 것으로 해석될 여지가 있는 점, 쟁점현물출자 당시 OOO가 발행하는 신주의 수량을 OOO로 정하였다고 하더라도, 증가된 신주에 대한 「상속세 및 증여세법」상 시가 평가액OOO 만큼의 양도차익에 대하여 익금산입과 압축기장충당금의 손금산입, 즉 양편 세무조정이 가능하므로 쟁점현물출자로 발생하는 양도차익에 대한 세부담을 부당하게 경감할 목적으로 OOO가 발행하는 신주의 수량을 축소하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점현물출자로 2012사업연도 귀속 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정하기 어려우므로 처분청이 쟁점현물출자에 대하여 부당행위계산부인을 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (3) 쟁점①이 인용되어 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.