서울행정법원-2008-구합-46354 (2010.06.24)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 원고에 대하여 한 2007. 1. 3.자 2001사업연도 법인세 55,648,634,770원의 부과 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 특수관계자인 CC우주항공 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 하다)가 발행한 비상장회사의 신주를 아래와 같이 합계 96,058,730,000원(1주당 액면가 5,000원)에 인수 한 다음, 이를 투자유가증권으로 회계처리하여 두었다가, 2001. 6. 30. 투자유가증권감액 손실 등으로 회계처리하고 위 신주인수가액 전액을 손금에 산입하여 2001 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

① 1999. 8. 12. 14,108,400주 70,542,000,000원(이하 ‘1차 선주인수행위’라 한다) ② 2000. 4. 25. 5,103,346주 25,516,730,000원(이하 ‘2차 신주인수행위’라 한다).

나. 피고는 1,2차 신주인수행위는 유상증자의 형식을 빌어 원고가 소외 회사에 위 선 주인수가액 전액을 무상으로 지원한 것으로서 부당행위계산부인의 대상이 된다고 판단하고, 위 금액에 대한 인정이자를 익금산입하고, 그 지급이자를 손금불산입하는 것을 전제로 2000사업연도와 2001사업연도에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 산출한 다음, 원고에 대하여 2006. 3. 29. 2000사업연도 법인세 6,763,588,840원, 2006. 11. 1. 2001 사업연도 법인세 8,099,257,310원, 2007. 1. 3. 2001사업연도 법인세 55,648,634,770원을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 원고가 이에 불복하여 심판청구를 제기하자, 조세심판원은 2008. 8. 21. 위 1, 2차 신주인수행위는 업무무관가지급금의 지급행위로 볼 것이 아니라, ‘특수관계자로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우’로 보아야 한다는 이유로, 2006. 3. 29.자 2000사업연도 법인세 6,763,588,840원, 2006. 11. 1.자 2001사업연도 법인세 8,099,257,310원의 각 부과처분은 그 신주인수가액 전액을 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 대상금액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다는 결정을 하였다.

라. 이에 피고는 1, 2차 신주인수행위가 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 (2002. 12. 31. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항 제1호 소정의 부당행위계산에 해당한다고 보고, 2001사업연도에 신주인수가액 전액을 손금산입한 원고의 계산을 부인하고 이를 손금불산입하여 2001사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 계산한 다음, 2006. 3. 29.자 2000사업연도 법인세 6,763,588,840원, 2006. 11. 1.자 2001사업연도 법인세 8,099,257,310원의 각 부과처분은 취소하고, 2007. 1. 3.자 2001사업연도 법인세 55,648,634,770원(가산세 포함, 이하 같다) 의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)은 그대로 유지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취 지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 적용의 위법

가) 소외 회사의 신주발행은 법인세법에서 규정하고 있는 자본거래일 뿐만 아니라 원고가 소외 회사의 신주를 인수하더라도 소외 회사의 소득에 아무런 영향을 마치지 못하므로, 소외 회사에 이익분여가 이루어진 것으로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 신주인수행위는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 않는다.

나) 만약 주주의 신주인수행위를 발행회사와 주주 사이의 자산 거래로 취급하게 되면, 주주배정방식의 유상증자를 할 때 주식발행가격과 세법상 주식평가금액과의 차이가 있기만 하면, 자산의 고가매입 내지 자산의 저가양도에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 되는 부당한 결과가 발생한다.

다) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 신설로 더 이상 자본거래를 통한 이익분여에 관하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호가 적용되어서는 안된다.

라) 한편, 1, 2차 신주인수행위는 IMF 위기 및 정부주도의 항공산업 구조조정 과 정에서 원고가 주주로서의 맡은 바 책무를 다하고, 소외 회사의 부도에 따른 금융제재의 우려 등을 회피하고자 한 노력의 결과이므로, 이를 경제적 합리성을 결한 비정상적 행위에 해당한다고 볼 수는 없다.

2) 이 사건 처분은 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인액을 산정함에 있어 아래와 같은 위법이 있다.

가) 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식 시가 산정의 위법

신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식의 시가는 증자 대금 납입 직후의 주식가액으로 평가되어야 하는바, 소외 회사의 각 유상증자 직전의 주식평가액이나 이 법원에서 한 감정평가액에 따르면 소외 회사의 위 유상 증자에 따른 증자 대금 납입 직후의 소외 회사의 주식가액은 0원을 초과하므로, 1,2차 신주인수가액 전액을 부인액으로 볼 수는 없다.

나) 원고의 기존 주식 가치 상승분의 불공제 1, 2차 신주인수행위에 따른 신주인수대금의 납입으로 인하여 원고가 기존에 보유하고 있던 소외 회사의 주식도 그 가치가 상승하였으므로, 이러한 기존 주식의 가 치 증가분은 부인액을 산정함에 있어 제외되어야 한다.

다) 최대주주 할증률의 적용

부인액을 산정하기 위하여 이 사건 주식을 평가할 때에는 상속세 및 증여세법에서 정한 최대주주에 대한 할증률을 적용하여야 한다.

3) 가산세 부과의 위법(정당한 사유의 존재)

법인세법상 신주인수행위를 통한 이익분여에 대한 과세방법에 관한 해석이 일의적이라고 할 수 없는 점, 피고조차도 부당행위계산부인규정의 적용에 대해 확신을 가지지 못하고 2001사업연도에 대한 부과처분의 제척기간이 임박한 2007. 1. 3.에 이르러서야 이 사건 처분을 함으로써 본세보다 많은 가산세가 부가된 점, 원고가 1, 2차 신주인수행위를 하게 된 경위에 참작할 바가 있는 점 등을 보태어 보면, 원고가 1, 2차 신주인수에 관하여 법인세법 제52조, 동법 시행령 제88조 제1항 제1호에 따른 법인세에 대한 신고ㆍ납부의무를 게을리 한 데 정당한 사유가 있다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 소외 회사는 1994. 3.경 CC중공업 주식회사(이하 ‘CC중공업’이라 한다), CC정공 주식회사(이하 ‘CC정공’이라 한다), 정BB 등의 출자로 설립되어 항공사업, 우주사업, 자동차 및 중기 변속기사업, 헬기 운항사업 등을 영위하였는데, 1996.경부터 1998. 초경까지 서산공장을 건설하는 과정에서 금융기관 차입, 회사채 발행 등으로 마련한 약 2,700억 원의 자금을 투입하였으나, 1997. 말경 IMF 외환위기로 인한 금리 상승으로 인하여 차입금에 대한 이자 부담이 급격히 증가하고, 주생산품인 항공기 날개의 제작ㆍ판매 등 항공사업 부문의 수익성이 악화되어 해마다 당기순손실이 급격히 늘어나서 재무구조가 악화되고 있었고, 1998. 4. 29. 운영자금을 마련하기 위하여 480억 원의 유상증자를 실시하였지만 그 이후로도 재무구조가 그다지 개선되지 아니하였다.

2) 그러던 중 1998. 하반기에 정부 주도로 항공산업에 대한 구조조정(소위 빅딜) 과정에서, 1999년 하반기까지 소외 회사, 삼성항공산업 주식회사, 대우중공업 주식회사 등 3사의 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채만을 분리하여 현물출자 형식으로 1개의 통합법인을 설립하기로 한다는 내용의 구조조정 방안이 확정되어 @@@@우주 산업 주식회사(이하 ‘@@@@우주산업’이라 한다)가 그 설립을 앞두고 있었다.

3) 소외 회사는 위와 같은 항공산업에 관한 구조조정계획에 따라 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채만을 양도하고 나면 항공사업 등에서 발생한 막대한 부채를 떠안게 되는 반면, 잔존사업 부문은 수익성이 없는 변속기사업 부문, 우주사업 부문 등이 남아 그 사업 부문만으로는 금융기관 차입금의 이자조차 제대로 납부할 수 없는 등 조만간 부도가 수밖에 없는 상황이었고, 따라서 당시에 항공사업 부분에 대한 구조 조정 이후 잔존사업 부문을 정리한 다음 청산하는 방안이 유력하게 검토되고 있었다.

한편, CC그룹의 계열사는 CC정공이 약 38억 원의 보증채무를 부담하고 있었던 것을 제외하고는 소외 회사의 채무에 대하여 거의 지급보증을 하지 아니하여, 소외 회사가 부도가 난다고 하더라도 그 존립에 별다른 영향이 없었으나, 당시 CC그룹 회장이자 소외 회사의 최고경영자이던 정BB가 소외 회사의 부채에 대하여 약 2,607억 원 상당의 보증채무를 부담하고 있어서 그 보증채무를 해소할 필요가 있었다.

4) 이에 정BB는 향후 소외 회사가 청산될 경우에 대비하여 자신이 최고 경영자로서 경영권을 행사하고 있던 원고, CC정공 등의 회사 자금을 이용하여 소외 회사의 유상증자를 실시하고 이를 통해 조성한 자금으로 소외 회사의 기존 채무를 변제함으로써 잔존자산과 채무를 동일한 수준으로 맞추어 부도 없이 잔존채무가 없는 상태로 청산할 수 있도록 하는 방안을 강구할 것을 소외 회사 대표이사 김DD과 CC그룹 종합 기획실에 지시하였다.

5) 그리하여 소외 회사는 부채변제자금을 마련하여 잔존 자산과 부채를 동일한 수준으로 맞추기 위하여 유상증자를 계획하고, 1999. 8. 12. 주주배정방식으로 신주 8,000만 주를 주당 5,000원(액면가)에 발행하여 4,000억 원을 조달하는 내용의 유상증자를 실시했는데, 당시 CC중공업(지분 29.39%)이 117,570,000,000원, 원고(지분 17.64%)가 70,542,000,000원, CC정공(지분 11.76%)이 47,028,000,000원, EE산업개발 주식회사(이하 ’EE산업개발’이라 한다)(지분 4.83%)가 19,308,950,000원, 정BB(지분 3%)가 12,014,505,000원을 각 출자하여 위 유상증자에 참여하였고, 그 결과 합계 266,463,455,000원의 자금을 조달하였다(이하 ‘이 사건 1차 유상증자’라 한다).

당시 위 법인주주들 중 CC정공을 제외하고는 달리 소외 회사의 부채에 대하여 보증채무를 부담하고 있지 않았고, 소외 회사로부터 출자를 받은 바도 없었으나, CC그룹 종합기획실 및 김DD의 협조 요청에 따라 법인주주들이 소외 회사의 손실을 분담하는 차원에서 이 사건 1차 유상증자에 각 참여하였던 반면, 소외 회사의 주식지분 22.76%를 보유하고 있던 ******티드라는 외국계 회사는 보유주식에 대한 유상 소각이 예정되어 있다는 이유로, 소외 회사의 주식 지분 10.62%를 보유하고 있던 CC 산업개발 주식회사(이하 ‘CC산업개발’이라 한다)는 CC그룹에서 사실상 계열 분리되었다는 이유로 각 위 유상증자 참여를 거절하였다.

6) 이후 소외 회사는 이 사건 1차 유상증자로 조달된 자금으로 금융권에 대한 부채 등을 변제하는 한편, 아래와 같이 항공사업 부문과 잔존 사업부문에 대한 구조조정을 진행하였다.

① 1999. 10. 1. 항공사업 부문(자산 2,593억 원, 부채 1,629억 원, 자본 964억 원)을 현물출자하여 @@@@우주산업을 설립하여 그 지분 33.33%를 보유하고 있다가, 2000. 2. 16. 이를 원고에게 처분하였다.

② 1999. 12. 28. 자동차 및 중기 변속기사업 부문(자산 3,422억 원, 부채 2,918 억 원, 자본 504억 원)을 물적 분할하여 한국DTS 주식회사를 설립하였고, 같은 날 위 회사의 지분 100%를 원고 등에게 양도하였다.

③ 2000. 2. 1. 우주사업 부문을 CC정공에 양도하였다.

④ 2000. 4. 6. 위성사업 부문을 CC그룹 계열사인 e-HD.com에 양도하였다.

7) 한편, 정BB는 2000. 1. 4. 보유 중이던 소외 회사의 주식 전부(3,141,790주, 지분 4.35%)를 소외 회사의 직원들인 정BM 외 5명에게 1주당 1원에 양도하였다.

8) 그런데 이 사건 1차 유상증자 이후 소외 회사가 @@@@우주산업에 현물출자한 항공사업 부문의 자산 평가 과정 등에서 이 사건 1차 유상증자 당시 예상하지 못했던 추가 부채가 발견되었고, 소외 회사의 주요 사업 부문이 정리된 이후에 사실상 소외 회사의 청산이 현실화됨에 따라, 소외 회사는 추가 부채 등을 변제함으로써 당초 목표대로 잔존 자산과 부채를 동일한 수준으로 맞추기 위하여 다시 유상증자를 계획하고, 2000. 4. 25. 주주배정방식으로 신주 2,000만 주를 주당 5,000원(액면가)에 발행하여 1,000억 원을 조달하는 내용의 유상증자를 실시하였는데, 당시 CC중공업(지분 42.53%)이 42,527,885,000원, 원고(지분 25.52%)가 25,516,730,000원, CC정공(지분 17.01%)이 17,011,155,000원, EE산업개발(지분 6.98%)이 6,984,505,000원을 각 출자하여 위 유상증자에 참여하였고, 그 결과 합계 92,040,275,000원의 자금을 조달하였다(이하 ‘이 사건 2차 유상증자’라 한다).

한편, 당시 소외 회사의 주식 지분 3.61%를 보유하던 CC산업개발은 현금 유동성 부족을 이유로 위 유상증자에 참여하지 아니하였고, 정BB로부터 지분 4.35%를 양수한 정BM 등 개인주주들도 위 유상증자에 참여하지 아니하였다.

또한, CC중공업과 EE산업개발은 2000. 6. 7. 보유하던 소외 회사의 주식 전부를 정BM 외 5명에게 1주당 1원에 양도하였다.

9) 소외 회사는 이 사건 2차 유상증자에 의하여 조달된 자금을 추가 채무의 변제 등에 사용하는 한편, 아래와 같이 잔존 사업부문에 대한 구조조정을 계속하였다.

CD 2000. 12. 28.경부터 2001. 2. 14.경까지 3회에 걸쳐 원고에게 잔존자산 중 항공기 조립용 치구세트, 서산공장 부지, 도장설비 등을 합계 약 936억 원에 매각하였다.

(2) 2001. 4. 1.경 헬기사업 부문의 자산과 부채 각 32억 원 상당을 한국DTS 주식회사에 양도하였다.

10) 이후 소외 회사는 2001. 9. 28. 임시주주총회의 해산결의를 하였고, 같은 달 29. 해산등기를 하였으며, 이후 청산절차를 통하여 잔여재산을 회사 채권자들에게 모두 배당하기로 한 다음 2001. 12. 28. 청산 종료하였다.

그 과정에서 회사 채권자들은 그 채권을 모두 상환받았고, 원고를 포함한 주주들은 그때까지 보유하던 소외 회사 주식을 모두 손실 처리하였다.

11) 한편, 정BB의 소외 회사에 대한 보증채무는 이 사건 1차 유상증자 이후 1999. 하반기 에 701억 원이 상환되었고, 1999. 9. 30.경 항공사업 부문의 구조조정 및 같은 해 12. 29.경 변속기사업 부문의 물적 분할 과정 에서 합계 435억 원의 보증채무 가 해당 사업 부문과 함께 이관되었으며, 2000.에는 이 사건 2차 유상증자 전후에 걸 쳐 971억 원의 보증채무가 상환되어 그 무렵 전액 해소되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6, 8 내지 10, 12, 13, 17호증의 각 기재, 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

가) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 적용 여부

① 법인세법 제52조에서 규정하는 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제l항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정해진 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도인 점, ② 법인세법 제52조는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 부당행위계산을 한 ’당해 법인’의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호는 부당행위계산의 한 유형으로 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’를 들고 있는 점, ③ 어느 법인이 선주인수 당시 신주 발행회사의 자산 및 수익상태 등을 고려한 신주의 정당한 가격보다 현저히 높은 가격으로 신주를 인수하였다면, 이로 인하여 신주 발행회사의 손익에는 아무런 영향이 없다고 하더라도, 신주를 부당히 고가로 인수한 그 법인으로서는 향후 인수한 신주를 그 정당한 평가액 상당액으로 매도하고 그 유가증권평가손실을 손금에 산입함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킬 수 있는 점, ④ 신주인수행위는 신주를 발행하는 회사의 자본을 형성하는 단체법적, 회사법적 행위로서 그 인수대금이 발행회사의 자본을 구성한다는 점에서 이미 발행된 주식의 거래와는 다른 점이 있으나, 발행 회사에 신주인수대금을 납입하고 발행회사로부터 주식을 취득하여 발행회사의 주주가 된다는 점에서 이미 발행된 주식을 매수하는 것과 실질적인 차이가 있다고 보기 어려우므로, 이를 이미 발행된 주식이나 유가증권의 거래 등과 마찬가지로 자산을 매입한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, 신주인수행위도 신주발행 당시 발행회사의 자산 및 수익상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 고가매입 여부를 따질 수 있는 점 등을 종합하면, 신주를 고가에 매입하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산에 해당된다고 봄이 상당하고, 1998. 12. 30. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우의 하나로 ’법인의 증자에 있어서 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수한 경우’를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였다고 하여 달리 볼 것은 아니며, 특히 뒤에서 보는 바와 같이 1, 2차 유상증자 직후의 1주당 가격이 0원을 초과하지 아니하여 소외 회사의 다른 주주에게 전혀 이익이 분여된 바가 없는 이 사건의 경우에는 더욱 그러하다.

나) 1, 2차 선주인수행위가 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 부당행위계산 부인대상에 해당하는지 여부

앞서 본 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 특수관계자의 지위에 있던 소외 회사는 이 사건 1, 2차 유상증자 당시 계속된 결손으로 언하여 자본잠식 상태에 있었을 뿐만 아니라 항공사업 부문을 포함한 전 사업부문의 구조조정을 통한 청산이 진행되고 있는 상태에 있었기 때문에 원고를 포함한 주주들이 각 유상증자에 참여하더라도 수익을 얻지 못하거나 그 출자액을 회수할 수 없게 될 가능성이 농후하였음에도 불구하고 CC그룹에서 사실상 계열 분리된 CC산업개발 등과는 달리 위 각 유상증자에 참여한 점, ② 원고는 소외 회사의 사업성, 장래 투자수익, 주식의 실질가치 등에 대하여는 제대로 검토하지 아니한 채 소외 회사의 채무를 분담하는 차원에서 위 유상증자에 참여하기로 결정한 것으로 보이고, 이 사건 1, 2차유상증자를 통하여 조달된 신주인수대금 대부분이 소외 회사의 기존 채무변제에 사용되었고, 그 결과 정BB가 소외 회사에 대하여 보증책임을 면하게 되었으므로, 정BB의 보증인으로서 책임을 면하게 해 주는 것이 증자참여결정의 주된 이유 중 하나였던 것으로 보이는 점, ③ 원고는 이 사건 1, 2차 유상증자에 참여한 소외 회사의 다른 법인주주들과 마찬가지로 소외 회사의 채무에 대하여 보증채무를 부담하고 있지 않아서 소외 회사의 부도에 별다른 영향을 받지 않는 회사였을 뿐만 아니라, 금융기관들은 여신 제재 등을 결정함에 있어서 당해 회사의 재무구조, 사업 전망, 전체적인 담보현황 등 그 신용상태에 영향을 미치는 요인들을 종합적으로 EE하여 판단할 것이므로, 소외 회사가 부도 처리된다고 하여 금융기관들이 원고와 같은 법인주주들에 대하여 여신 제재나 금융상의 불이익을 가할 것으로 보이지 않는 점, ④ 원고는 1, 2차 신주인수행위가 있었던 1, 2년 후인 2001사업연도에 소외 회사 신주의 가치를 모두 0원으로 평가하고 선주인수가액 전액을 투자유가증권감액손실 등으로 손금산입하였고, 위 신주인수에 참가한 다른 법인주주들도 그 신주인수가액 전액을 손실로 처리한 점, ⑤ 이 사건 1, 2차 유상증자는 정BB가 최고 경영자로서 경영권을 행사하고 있던 원고, CC정공 등의 회사 자금을 이용하여 소외 회사가 부도 없이 청산할 수 있도록 하기 위하여 정BB의 지시에 따라 CC그룹 종합기획실과 김DD의 주도로 이루어진 것으로 보이는 점, ⑥ 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 1, 2차 유상증자에 따른 선주인수가액이 1, 2차 유상증자 당시 소외 회사의 자산상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액보다 현저히 고가인 점 등을 종합하여 보면, 원고의 1,2차 신주인수행위는 모두 특수관계자인 소외 회사로부터 시가를 초과하여 자산을 고가로 매입하여 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킨 것으로서, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 봄이 상당하다.

다) 소결론

그렇다면, 원고의 1, 2차 신주인수행위는 특수관계자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 부당행위계산의 부인대상 행위에 해당한다.

2) 두 번째 주장에 관하여

가) 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식 시가 산정의 방법에 관하여

(1) 평가 방법에 관한 일반론

신주인수행위는 취득 당시에 그 가치가 확정되어 있는 일반적인 자산의 매입과는 달리 당해 주식대금의 납입 자체로 인하여 바로 발행회사의 주식가치가 변동함으로써 인수자가 신주를 취득할 때는 이미 그 가치가 변동한 상태이므로, 신주의 고가 인수로 인한 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식의 시가도 증자 대금 납입 직후의 주식가액이라고 보아야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 등 참조). 한편, 비상장주식의 경우에 증자 대금 납입 직후의 주식가액은 증자 대금 납입 직후의 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 시가에 의하는 것을 원칙으로 하되, 시가를 산정하기 어려울 때에는 상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 규정에 의한 평가방법에 따라 평가한 가격을 의미한다고 할 것이다.

(2) 인정사실

(가) 소외 회사의 대차대조표에 따르면, 소외 회사는 1997 사업연도에 약 223억 원, 1998 사업연도에 약 557억 원, 1999 사업연도에 약 2,256억 원, 2000 사업연도에 약 887억 원의 당기순손실이 발생하였다(1999, 2000사업연도의 대차대조표의 주요 내용은 아래 표 기재와 같다).

(나) 상속세 및 증여세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17828호로 개정되기 전의 것) 제54조에 따른 평가방법을 기초로 한 소외 회사의 주식 1주당 평가액

① 1차 증자 직전인 1999. 7. 8.자 안건회계법인의 주식평가보고서

- 기초자료 : 1998. 12. 31.자 기준 재무제표 등 관련 자료

- 순자산가액 : -144,085,234,626원/ 1주당 순자산가액 : -5,857원

- 1주당 주식가치 :0원

② 2차 유상증자 직전인 2000. 3. 24.자 안건회계법인의 주식평가보고서

- 기초자료 : 1999. 12. 31.자 기준 재무제표 등 관련 자료

- 순자산가액 : -32,358,993,959원/ 1주당 순자산가액 : -448원

- 1주당 주식가치 :0원

③ 2차 유상증자 직후인 2000. 5. 31. 안건회계법인의 1주당 평가액

- 기초자료 : 1999. 12. 31.자 기준 재무제표 등 관련 자료 및 2000. 5. 31.자 가결산에 의한 재무제표

- 1주당 순자산가액 : 24원

- 1주당 주식가치 : 24원

④ 이 법원의 감정촉탁을 받은 AA회계법인의 1차 유상증자 직후인 1999. 8. 12.과 2차 유상증자 직후인 2000. 4. 25.을 기준으로 한 1주당 평가액

- 1차 유상증자 직후인 1999. 8. 12.를 기준으로 할 때에는 기준일로부터 6개월 내에 이루어진 현물출자(1999. 10. 1.자) 및 물적 분할(1999. 12. 28.)로 처분된 자산에 대하여서는 당해 처분가액을 기준으로, 처분이 이루어지지 않은 자산에 대하여는 토지의 경우 개별공시지가로, 건물, 구축물, 기계장치에 대해서는 자산재평가과정에서 감정평가한 가액인 장부가액을 기준으로 평가하였고, 2차 유상증자 직후인 2000. 4 25.을 기준으로 평가할 때에는 1999. 12. 31.자 재무제표 등 관련 자료를 기초로 평가하였고, 그 결과는 아래 표와 같다.

[인정근거] 을 제5 내지 8, 10호증의 각 기재, 이 법원의 AA회계법인에 대한 감정촉탁결과

(3) 판단

앞서 본 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정, 즉 ① 소외 회사는 1998. 4. 29.자 유상증자에도 계속된 결손으로 인한 자본잠식상태가 개선되지 아니하였고, 1998. 하반기에는 항공산업에 관한 구조조정 계획이 확정되어 있었으며, 이 사건 1차 유상증자는 정BB의 지시에 따라 주된 사업부문을 정리한 다음 청산될 경우를 대비하여 잔존채무가 없는 상태로 청산할 수 있도록 자산과 부채를 동일한 수준으로 맞추기 위해 계획된 것인 점, ② 이 사건 1차 유상증자의 경우 이에 참여할 법인주주들 모두 CC 그룹의 계열사들이고, 당시는 IMF 외환위기로 인한 CC그룹의 재무구조개선을 위해 각 계열사들도 그 부채비율을 줄이기 위한 경영을 하고 있는 상황이었기 때문에, 이 사건 1차 유상증자를 통하여 조달할 자금의 규모를 소외 회사의 기존 부채를 변제하는 수준을 초과하는 규모로 정하지 않았을 것으로 보이는 점, ③ 정BB는 이 사건 1차 유상증자를 한 때로부터 불과 4개월여 후에 보유하고 있던 소외 회사의 주식 전부를 타에 1주당 1원으로 양도한 점, ④ 이 사건 1차 유상증자 이후에 소외 회사가 그 조달 된 자금으로 금융권에 대한 부채 등을 변제하는 한편, 항공사업 부문 등에 대한 구조 조정을 진행하였는데, 그 과정에서 이 사건 1차 유상증자 당시 예상하지 못했던 추가 부채가 발견되었고, 소외 회사는 이를 변제할 자금을 마련하여 당초 목표대로 잔존 자산과 부채를 동일한 수준으로 맞추기 위하여 다시 이 사건 2차 유상증자를 계획하게 된 것인 점, ⑤ 이 사건 2차 유상증자 당시에는 주요 사업 부문들이 정리되어 부채 규모를 파악하는 데 어려움이 없었고, 청산이 구체화된 시점이어서 그 부채 규모 이상의 자금을 조달할 필요성이 있었던 것으로 보이지 않는 점, ⑥ CC중공업과 EE산업개발은 이 사건 2차 유상증자를 한 때로부터 불과 1개월여 만에 보유하고 있던 소외 회사의 주식 전부를 타에 1주당 1원으로 양도하였고, 다른 법인주주들은 소외 회사가 해산결의를 하기 전에 이미 보유하고 있던 주식의 가치를 0원으로 평가하고 신주인수가액 전액을 투자유가증권손실 등으로 손실 처리하였던 점, ⑦ 이 사건 2차 유상증자 이후 소외 회사는 잔존 사업을 정리하는 외에 별다른 사업활동을 하지 아니한 채부도 없이 청산하였고, 청산이 될 때 주주들에게는 별도로 자본을 환급하지 아니한 점, ⑧ 소외 회사의 대차대조표에 따르면, 소외 회사는 1997 사업연도에 약 223억 원, 1998 사업연도에 약 557억 원, 1999사업연도에 약 2,256억 원, 2000사업연도에 약 887억 원의 당기순손실이 발생하였음은 물론 이 사건 1, 2차 유상증자 직후에도 그와 같은 수익구조가 개선될 가능성이 없었던 것으로 보이는 점, ⑨ 위 안건회계법인의 각 주식평가보고서와 이 법원의 AA회계법인에 대한 감정촉탁결과는 그 평가방법이 비상장주식의 평가에 관한 여러 방법의 하나인 상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 규정에 의한 보충적 평가방법을 기초로 한 것이어서 그 평가액을 소외 회사의 주식의 시장가치, 순자산가치, 수익가치를 종합적으로 반영한 평가액이라고는 할 수 없기 때문에, 그 감정가액을 이 사건 1, 2차 유상증자 전ㆍ후의 소외 회사의 1주당 시가라고는 볼 수 없는 점(앞서 든 여러 사정에 비추어 볼 때 위 각 회계법인이 그 평가의 기초자료로 사용한 소외 회사의 재무제표는 소외 회사의 실제 부실 규모를 제대로 반영하지 못하고 있었던 것이 아닌가 생각된다) 등 이 사건 1, 2차 유상증자를 계획하게 된 경위, 그 유상증자의 과정 및 참가주주, 위 유상증자 당시의 소외 회사의 재무구조, 이후 소외 회사의 사업부문 구조조정ㆍ청산절차ㆍ해산 등 일련의 과정을 종합하여 보면, 이 사건 1, 2차 유상증자로 인하여 신주인수가액 상당의 대금이 소외 회사에 납입된 것을 EE하더라도, 이 사건 1, 2차 유상증자 대금 납입 직후에 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 주식가액은 모두 0원이라고 봄이 상당하다.

나) 원고의 구주식의 가치 상승분의 공제 여부

신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인에 있어서의 부인액은 신주인수를 함에 있어 인수회사가 발행회사에 대하여 시가를 초과하여 지급한 신주인수대금, 즉 신주발행회사의 증자 대금 납입 직후의 주식가액과 신주인수가액과의 차액을 의미하는 바, 시가보다 높은 가격에 선주를 인수하면 그만큼 발행회사의 자본이 충실하게 되어 신주인수인의 구 주식가치가 상승하게 됨으로써 그로 인한 이익의 일부가 다시 선주인 수인에게 귀속될 수 있으나, 이는 신주인수행위로 인한 간접적ㆍ반사적 이익에 불과하므로(또한, 이 사건의 경우에는 각 유상증자 대금의 납입 직후의 주식가액도 0원이므로 위와 같은 간접적ㆍ반사적 이익도 발생하지 아니하였다), 위와 같은 증자 대금 납입 직후의 주식가액과 신주인수가액과의 차액에서 다시 구 주식가치 상승으로 인한 이익을 공제할 것은 아니다.

다) 최대주주 할증률의 적용 여부

앞서 본 바와 같이 이 사건 1, 2차 유상증자 직후의 소외 회사의 1주당 주식 가액이 0원이라고 판단되고, 소외 회사가 이미 당시 청산을 위한 절차에 들어가 있었던 것으로 보이는 이상, 구 상속세 및 증여세법(2002. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것) 제63조 제3항에 따른 최대주주 등이 보유하는 주식에 대하여 할증률이 적용되어야 한다는 주장은 더 살필 것 없이 이유 없다.

라) 소결론

그렇다면, 이 사건 1, 2차 유상증자 대금 납입 직후의 소외 회사 주식의 1주당 주식가액을 모두 0원으로 본 이 사건 처분에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없다.

3) 세 번째 주장에 관하여

법인세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 선고 및 세액의 납부에 관한 의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 참조).

앞서 본 바와 같이 1998. 12. 31. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호에 ‘신주를 시가보다 높은 가액으로 인수한 경우’를 부당행위계산의 유형에 추가하기 전에도 이와 같은 신주의 고가 인수행위에 대하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 규정이 적용되는 것으로 해석되어 왔고, 원고 주장 자체에 의하더라도 원고의 신주인수행위가 법인세법 시행령 제88조 제l항 제1호에 해당될 가능성이 있다는 것을 원고도 인식한 것으로 보이는 점, 국내 굴지의 대기엽인 원고가 소외 회사의 사업성, 장래 투자수익, 주식의 실질가치 등에 대하여 제대로 검토하지 아니하고 CC그룹의 회장인 정BB의 소외 회사에 대한 보증채임을 면책해 주기 위하여 1, 2차 신주인수행위를 한 점, 원고는 2001 사업연도의 법인세를 신고함에 있어 위와 같이 취득한 소외 회사의 신주인수가액 전액을 손금산입함으로써 2001 사업연도 소득 이 감소되어 조세의 부담이 줄어드는 결과가 초래된 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 제반 사정을 EE하더라도 원고가 그 의무를 게을리 한 데 정당한 사유가 있었다고 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.