조심 2015부3278 (2016.01.29)

1. 처분개요 가. 청구법인은 1982.12.29. 개인사업자에서 법인으로 전환되어 OOO을 영위하고 있는 사업자로 2010사업연도부터 2013사업연도까지 특수관계에 있는 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 OOO 원의 의약품을 아래 <표1>과 같이 판매(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다. 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.7.24.부터 2014. 9.19.까지 기간 동안 청구법인에 대해 법인세 통합조사를 실시하여 청구 법인이 특수관계에 있는 쟁점거래처에 위 <표1>과 같이 의약품을 시가보다 낮은 가액으로 판매한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2013사업연도 각 사업연도 소득금액 계산시 시가와 대가와의 차액 OOO원을 익금산입하는 등 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.11.10. 청구법인에게 2013사업연도 법 인세 OOO원을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.1.30. 이의신청을 거쳐 2015.5. 22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청이 쟁점거래처에 판매한 의약품의 시가를 산정한 결과는 다음과 같은 근거로 불합리하다. (가) 거래대금 및 거래규모 등에 있어 차이가 큰 경우에는 「법인세법 시행령」 제89조 의 유사한 거래로 볼 수 없는 것으로 처분청이 쟁점거래처와 거래의 비교대상으로 삼은 3개 업체OOO의 경우 쟁점거래처와의 거래품목 수 및 거래규모가 아래 <표2> 및 <표3>와 같이 차이가 커 쟁점비교대상거래처와의 거래에 대한 보험약가 대비 할인율을 쟁점거래의 할인율과 비교하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다. (나) 쟁점거래처에 대한 2013사업연도 중 보험약가 인하분에 대한 보상액 OOO원(이하 “쟁점보상액”이라 한다)이 반영되어 있지 아니한바, 처분청 시가산정액에서 쟁점보상액을 차감할 경우 시가와 대가의 차이금액이 아래 <표4>와 같이 OOO원 미만에 해당되어 부당행위계산부인규정 적용대상이 아니다. (2) 쟁점거래는 조세 부담의 부당한 감소가 없었으므로 부당행위 계산부인 규정 적용대상에 해당되지 아니하나, 설령, 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해 시가를 계산하는 경우 아래 <표5>와 같이 쟁점거래처의 판매 의약품 11,777개 중 타 업체의 매매사례가액이 있는 의약품 수가 5,924개이고, 매출액도 94%에 이르러 개별 의약품별 매매사례가액을 기준으로 시가를 산출하여야 할 것이고, 이 경우 부당행위계산부인 적용대상 금액인 시가와 대가와의 차액은 <표6>과 같이 오히려 청구법인이 시가보다 OOO원만큼 고가로 양도한 것으로 나타난다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 쟁점거래처에 의약품을 공급하면서 제약회사로부터 공급받은 의약품 원가 그대로 매출하였는바, 쟁점거래처는 청구법인의 사주 일가가 대구·경북지역의 사세확장을 목적으로 설립한 약품도매업체로 보이는 점, 쟁점거래처는 2010년 영업개시 이후 청구법인의 지원으로 단기간에 영업력을 확보하여 아래 <표7>과 같이 매출이 급신장한 것으로 보이는 점, 청구법인은 아래 <표8>과 같이 2010년 4월 이후부터 2013년 12월까지 일관되게 제약회사 매입원가 그대로 쟁점거래처에 매출하였다가 월말에 당월 실제 매출금액의 0.27% 상당액을 임의로 추가로 매출한 것으로 계상하는 등 청구법인은 거래규모나 할인율을 전혀 고려하지 아니한 채 쟁점거래처에 의약품을 공급한 것으로 보이는 점, 청구법인의 연도별 매출이익률 변동추이를 보면 쟁점거래처와 거래를 시작한 2010년 이후부터 청구법인의 매출총이익률이 낮아지기 시작하여 전체 매출총이익률 대비 쟁점거래처 매출을 제외한 부분의 매출총익률이 아래 <표9>와 같이 연간 1.1%의 이익률이 낮은 것으로 나타나는 등 청구법인이 특수관계법인인 쟁점거래처에 제약회사로부터 의약품 매입원가 그대로 매출하거나 낮게 매출함으로써 청구법인의 매출총이익을 부당하게 감소되고 쟁점거래처에 이익을 분여한 것으로 보아야 한다. (가) 청구법인은 <표8>과 같이 쟁점거래처가 영업을 개시한 2010년 4월 이후부터 2013년 12월까지 일관되게 쟁점거래처와의 거래시 발생하는 청구법인 입장에서의 운반비, 인건비, 매출이익 등을 전혀 감안하지 않은 매입원가 그대로 매출하여 거래규모나 지역별 차이 없이 거래하였고, 청구법인이 쟁점거래처에 공급하는 의약품 품목개수가 1만여개를 초과하는 반면 타 도매업체 거래처들에 대한 거래는 거래 의약품 품목개수가 현저히 적고, 거래금액 비중도 낮아 거래품목별 시가를 산정하여 비교하기에는 그 비교의 유효성이 낮고, 아래 <표10>과 같이 각 연도별 일반도매 업체의 매출총이익률의 편차가 크지 않아 거래품목별 시가 산정 방법보다 더 유효하고 합리적인 것으로 판단하여 거래규모가 상대적으로 큰 상위 업체의 거래금액별 보험약가 대비 할인율을 가중평균하여 시가를 산정한 것이다. (나) 처분청은 <표1>과 같이 쟁점거래처에 판매한 의약품의 보험약가를 기준으로 타 도매업체와의 할인율을 비교하여 시가를 산정하였는바, 보건복지부장관이 고시한 약품의 보험약가에 약가보상액이 이미 반영되어 책정되어 있고, 약가보상은 쟁점거래처 뿐만 아니라 기타 도매업체 및 병·의원, 약국에도 똑같이 적용되는데도 쟁점거래처에서만 보상액을 매출액에서 차감하여 반영하는 것은 형평에 어긋나 타당하지 아니하다. (2) 위와 같이 청구법인이 제시한 대로 의약품 종류별 단가비교로 시가를 산정하는 방식은 쟁점거래처에 판매하는 의약품 품목개수가 1만개를 초과하나 타 비교대상업체에 판매한 의약품 품목개수가 절반 정도에 불과하여 시가를 산정하기 어렵고, 거래규모 또한 차이가 커 제3자와의 매매사례가액을 단순하게 시가로 적용하는 것은 비교의 유효성이 낮아 불합리하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점거래처에 의약품을 시가보다 저가로 판매한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정 등을 적용하여 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율, 이자율, 임대료 및 교환비율과 그 밖에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】①법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우.(후단 생략) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. (3) 부가가치세법 제29조【과세표준】④제3항에도 불구하고 특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다. 1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 처분청이 이 건 부당행위계산부인규정 적용의 근거로 제시한 자료 중 일부는 사실과 다르다며 다음과 같은 자료를 제시하였다. (가) 처분청은 청구법인이 2010년 이후 쟁점거래처와의 거래로 인해 매출총이익률이 낮아졌고, 도매업체에 대한 매출 중 쟁점거래처 거래분을 제외한 매출총이익률이 쟁점거래처 거래분을 포함한 매출총이익률보다 1% 내외 높은 것으로 나타나 이는 청구법인이 쟁점거래처에 이익을 분여한 것을 반증하는 것이라는 의견을 제시하였으나, 이에 대해 청구법인은 처분청이 제시한 <표9>의 매출 및 매출총이익률 분석자료는 청구법인의 도매 및 소매업체 매출 전체가 포함된 것으로 통상 도매업체에 대한 매출총이익률보다 소매업체에 대한 매출총이익률이 높아 도매업체인 쟁점거래처와의 거래를 제외하는 경우 매출총이익률이 상승하는 것은 당연하다고 주장하였다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점거래처와의 거래에 대해 제약회사에서 매입한 약품원가 그대로 매출하였다고 주장하나, 청구법인이 보험약가 인하분 보상을 위해 2013년 일부 의약품을 매입가로 매출한 것이지 4개년에 걸쳐 계속 매입원가 그대로 매출한 것은 아니라며 쟁점거래와의 거래원장을 제시하였고, 이는 <표1>에서와 같이 처분청이 쟁점거래처에 저가공급한 내역의 경우 2010년부터 2012년까지 기간 동안에는 실제 매출과 시가 간에 별다른 차이가 없다는 사실이 이를 반증하는 것이며, 매입원가 그대로 매출하는 경우는 쟁점거래처 뿐만 아니라 타 업체와의 거래에서도 일시적으로 발생할 수 있다며 관련 거래원장을 제시하였고, 처분청은 재고수불부의 일부 거래내역을 기초로 한 주장으로 청구법인이 제약회사로부터 매입할인 등도 고려되지 아니한 주장으로 2013사업연도의 매입할인 내역은 다음 <표11> 과 같다며 관련 거래원장을 각 제시하였다. (다) 처분청은 쟁점거래처와 거래한 의약품 품목이 1만여 가지가 넘어 개별 품목별 시가를 산정하기 어렵고, 처분청이 선정한 업체의 업체별·연도별 편차가 없다고 주장하나, 청구법인은 <표10>과 같이 업체별 ·연도별 보험약가 대비 할인율 편차가 커서 동 할인율을 적용하여 시가를 산정하는 것은 불합리하다고 주장하였다. (라) 청구법인과 쟁점거래처 간에 2013.1.9. 체결된 ‘약가인하분 보상약정확인서’에 의하면 2010년 9월 이후 인하된 약가의 미보상 누적분의 정산을 위해 향후 거래시 마진 없이 매입원가 그대로 공급하는 방식으로 보상하기로 약정한 것으로 되어 있고, 2013년 중 쟁점거래처가 청구법인에게 보상요청한 약가인하분의 발생연도별 내역은 아래 <표12>와 같다. (마) 청구법인은 쟁점거래처에 대한 2012년 보험약가 인하분 보상액이 큰 사유에 대해 보건복지부의 2012.2.27.자 보도자료를 제시하였는바, 2012.1.1.자 약제급여목록표 기준으로 총 13,814품목 중 6,506품목(47.1%)의 가격을 인하한 것으로 되어 있다. (바) 청구법인이 <표6>의 산정내역 근거로 제시한 자료 및 산정경위는 다음과 같다. 1) 청구법인이 2013사업연도 중 쟁점거래처에 판매한 의약품 중 매매사례가액이 있는 의약품 유무에 따른 쟁점거래처 매출액 및 매매사례가액 적용시 시가는 아래 <표13>과 같다. 2) 위 <표13>에서 매매사례가액이 있는 의약품의 제3자 판매가격을 적용한 매출액과 쟁점거래처에 대한 매출액에 2013년 중 쟁점거래처에 대한 보험약가 인하분 소급 보상액 OOO을 합한 금액을 비교한 결과 <표6>과 같이 쟁점거래처에 대한 매출액이 OOO원만큼 더 큰 것으로 나타난다. (3) 처분청 조사담당자와 청구법인의 대리인이 2015.11.4. 조세심판관회의에 출석하여 진술한 주요내용은 다음과 같다. (가) 처분청 담당자는 쟁점거래처에 대한 2013년 중 보험약가 인하분 보상액을 조사 당시에 확인하지 못한 사실은 인정하였고, <표9>의 매출 및 매출총이익률 분석자료상 청구법인의 소매업체에 대한 매출이 포함된 사실을 인정하면서 다음 <표13>을 제시하며 쟁점거래처와 거래를 시작한 2010년 이후 청구법인의 매출총이익률이 감소한 사실, 도매업체인 쟁점거래처의 매출총이익률이 소매업체와 도매업체에 의약품을 공급하고 있는 청구법인의 매출총이익률보다 전반적으로 높은 사실 등을 근거로 청구법인이 쟁점거래처에 의약품을 저가양도한 것이라고 주장하였다. (나) 청구법인의 대리인은 청구법인이 2013년 중 쟁점거래처와의 거래 당시 상당 부분을 장부상 매입원가 그대로 매출한 것으로 기재한 사실은 인정하면서도 이는 거래실적에 따라 제약회사로부터 매입할인을 받기 때문에 최초 장부에 기재된 매입원가에서 매입할인을 반영할 경우 쟁점거래처에 원가대로 매출한 것으로 볼 수는 없고, 더군다나 2013사업연도의 경우 보험약가 인하분을 일시에 소급하여 보상한 영향도 있어 거래 당시 임의적인 장부상 기재사항은 부당행위계산부인 규정 적용의 근거로 부족하다고 주장하였다. (4) 「 법인세법」 제52조 에 따른 부당행위계산부인은 법인이 특수관계에 있는 자와 거래시 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 정상적인 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하여 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 인정되는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 이 경우 경제적 합리성의 유무에 관한 판단은 그 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계자가 아닌 사람과의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 할 것(대법원 2010.1.14. 선고 2209두12822 판결, 대법원 2006.5.11. 선고 2004두7993 판결 등, 같은 뜻임)이며, 어떠한 거래가 경제적 합리성을 결한 비정상적인 행위에 해당하는지 여부에 대한 일차적인 기준은 「법인세법」 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항 등에서 규정하고 있는 ‘시가’로 보아야 할 것인데, 당해 거래가 시가와 부합한다면 다른 요소를 고려할 필요 없이 경제적 합리성이 있는 행위로 보아야 할 것이나, 반면 시가와 상당히 차이가 나는 가액으로 거래가 이루어진 경우에는 당해 거래가 이루어진 경위 등 다른 사정을 종합하여 경제적 합리성 유무를 판단하여야 하며, 이러한 시가에 대한 입증책임은 과세관청이 부담하므로 과세관청은 당해 거래가격이 시가와 부합하지 아니함을 입증하여야 할 것(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결, 같은 뜻임)이다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 채 특수관계에 있는 쟁점거래처에게 2013사업연도 중 비 상적으로 낮은 가격에 의약품을 판매함으로써 쟁점거래처에 이익을 분여하였다는 의견이나, 청구법인은 제약회사 매입원가 그대로 쟁점거래처에 매출하였다가 월말에 당월 실제 매출금액의 일정률 상당액을 추가로 매출한 것으로 계상한 것에 대하여 거래 당시 제약회사로부터 거래실적 등에 비례하여 받게 될 매입할인 및 보험약가 인하분 보상을 반영하지 않았기 때문이라고 소명하고 있는바, 처분청은 청구법인의 쟁점거래처에 대한 매출총이익률이 비교대상 매출처에 대한 매출총이익률보다 낮음을 주된 과세근거로 삼고 있으면서도 매입할인 및 보험약가 인하분 보상액을 각각 반영한 매출총이익률의 분석자료를 제시하지 못하고 있는 점, 처분청도 쟁점거래처 거래를 포함한 경우와 제외되는 경우의 매출 및 매출총이익률 분석자료상 청구법인의 소매업체에 대한 매출이 포함된 사실을 인정하고 있는바, 통상 도매업체보다 소매업체에 대한 매출의 이익률이 높아 도매업체인 쟁점거래처와의 거래를 제외할 경우 매출총이익률이 높아지게 되는 것은 자연스러운 현상으로 보이는 점, 처분청은 청구법인이 쟁점거래처에 판매한 의약품의 시가를 쟁점거래처를 제외한 도매업체 중 거래규모가 큰 OOO 등 3개 업체의 보험약가 대비 실제 판매가격을 평균하여 산정한 할인율에 쟁점거래처에 판매한 의약품의 보험약가 합계액을 곱한 금액으로 산정하였으나, 의약품 도·소매업의 특성상 보건복지부에서 보험약가로 정한 소비자에 대한 최종 판매가격과 제약회사의 매출액과의 차액을 각 거래단계 업체들이 나누어 갖게 되는 구조로 영업정책상 거래규모나 거래시기, 의약품의 종류 등에 따라 매출총이익률은 수시로 변경될 수 있을 것으로 보이는바, 쟁점거래처와 비교대상 3개 업체의 거래규모나 거래대상 의약품 수의 차이가 크고, 각 업체별 보험약가 인하분 보상액의 지급시기가 다른데도 이에 대한 영향을 반영하지 아니한 채 3개 업체들에 대한 단순 매출총이익률의 평균을 기준으로 산정한 금액을 시가로 하여 쟁점거래의 경제적 합리성을 판단한 점, 청구법인이 2013사업연도 중 쟁점거래처에 판매한 의약품 중 타 거래처에도 판매가 이루어진 의약품이 상당부분 존재하는바, 동 의약품들의 쟁점거래처 매출액(2010년～2012년 보험약가 인하분 보상액을 합산)과 타 거래처 판매가액을 적용하여 산정된 매출액을 비교하는 경우 청구법인이 타 거래처보다 쟁점거래처에 높은 가격으로 의약품을 판매한 것으로 나타난 점 등에 비추어 처분청이 제시한 자료만으로 2013사업연도에 이루어진 청구법인과 쟁점거래처 간의 의약품 거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래라고 단정하기 어려운 것으로 보이므로 처분청이 부당행위계산부인 규정 및 「부가가치세법」 제29조 제4항 제1호를 적용하여 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.