조심 2019서3821 (2020.12.01)

OOO세무서장이 2019.7.19.에 청부법인의 경정청구를 (일부)거부한 처분은

1. OOO은행의 2013사업연도 법인세 신고 중 보증기관으로부터 지급받은 대위변제금의 원리금 충당순서를 회계장부상 원금, 이자 순에서 이자, 원금 순으로 충당된 것으로 세무조정하여 익금산입한 금액에서 대위변제일까지 “정상이자상당액×보증율”로 계산된 이자소득금액을 차감한 금액을 익금산입 대상에서 제외하되, 보증기관으로부터 수령한 대위변제금이 세무상 이자, 원금 순으로 충당된 것으로 봄에 따라 대위변제 이후 미회수된 대출채권 원금 증가분에 대해 금융감독원장의 대손승인을 받은 사업연도의 손금에 산입한 경우 이를 손금산입 대상에서 제외하여 OOO은행의 대위변제금 중「법인세법」상 2013사업연도에 익금귀속시기가 도래한 적정한 이자소득금액을 재산정하고,

2. OOO은행 글로벌사업본부 소속 직원 중 해외현지법인에 파견근무 중인 직원에 대한 퇴직급여충당금전입액 OOO원을 익금산입금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은「금융지주회사법」에 따라 금융업을 영위하는 회사 등에 대한 지배ㆍ경영관리, 종속회사에 대한 자금지원 등을 주요 사업목적으로 2001.9.1. 설립된 금융지주회사로서 은행업을 영위하는 주식회사 OOO은행(이하 “OOO은행”이라 한다) 등의 완전모법인이고, 2010사업연도부터

「법인세법」제76조의8

규정에 따라 완전자법인을 연결자법인으로 하여 연결납세방식으로 법인세를 신고·납부해 오고 있다.

＜보증기관 대위변제금의 원리금 충당 순서 관련＞

(1) OOO은행은 담보능력이 부족한 채무자들로부터 신용보증기금 및 기술신용보증기금(이하 “보증기관”이라 한다)이 발행한 신용보증서를 제출받아 대출을 실행하고 있는데, 보증기관으로부터 대출원리금의 대위변제금을 지급받은 경우 원금이 먼저 회수된 것으로 회계처리하였다가 세무조정을 통해 이자가 먼저 회수된 것으로 하여 2013사업연도 법인세를 신고.납부하였다.

OOO

＜수입배당금 익금불산입 적용 여부＞

(1) OOO은행은 OOO자동차 주식회사(이하 “OOO차”라 한다)에 대하여 대출채권을 보유하고 있었는데, OOO차가 경영악화로 회사정리절차가 개시되자 2002.4.30. OOO은행을 포함한 채권자들(이하 “채권단”이라 한다)은 OOO차 및 OOO과 OOO차를 정리하기 위한 기본거래계약을 체결하였고, 2002.9.30. ‘OOO차 회사정리계획 변경계획안’(이하 “회사정리계획안”이라 한다)이 법원에서 인가되었으며, 그 과정에서 OOO차는 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)에 상용차생산시설을 매각하는 대가로 약속어음(이하 “쟁점약속어음”이라 한다)을 수취하였다.

(2) OOO차(위탁자), OOO은행(이하 “OOO은행”이라 한다) 및 채권단(수익자)은 2002.10.17. 유가증권신탁계약(이하 “쟁점신탁계약”이라 한다)을 체결하여, OOO차는 수탁자에게 쟁점약속어음을 관리.운용 및 처분할 목적으로 신탁하고, 수탁자는 쟁점약속어음을 OOO에 현물출자하여 상환우선주를 취득.보유하는 방법으로 운용하기로 하였으며, 채권단은 회사정리계획안 및 쟁점신탁계약에 따라 대출채권 OOO원 중 OOO원은 수익권증서(이하 “쟁점수익권증서”라 한다)를 교부받아 변제에 갈음하고, OOO원은 OOO에 출자전환하였으며(나머지는 추가로 출자전환을 하는 등의 방법으로 처리), 수탁자는 2002.10.22. 회사정리계획안 및 쟁점신탁계약에 따라 쟁점약속어음을 수탁받은 후 이를 OOO에 출자하여 상환우선주를 취득하였다.

(3) OOO은행은 OOO은행으로부터 교부받은 쟁점수익권증서를 “수익증권”으로 회계처리하였고, 쟁점수익권증서에 터잡아 2013사업연도 중 지급받은 현금배당금 OOO원은 배당금으로, 상환우선주 상환에 따라 증권 취득가액을 초과하여 지급받은 반환금 OOO원[(OOO원(현금수령액)-OOO원(수익증권취득가액)]은 “수익증권 처분이익”으로 하여 합계 OOO원(이하 “쟁점분배금”이라 한다)을 각 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 신고.납부하였다.

OOO

＜OOO은행 해외현지법인 파견직원 퇴직급여충당금 관련＞

(1) OOO은행은 해외에 거주하고 있는 한국기업, 교민, 현지인 등을 대상으로 금융서비스 제공을 위해 다수 해외현지법인을 설립.운영하면서 본사 글로벌사업본부 소속 직원(이하 2013년말 기준 파견직원을 “쟁점해외파견직원”이라 한다)을 파견하고 있다.

(2) 한편, 2013년말 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액 OOO원(이하 “쟁점퇴직급여충당금전입액”이라 한다) 상당액을 익금산입하여 2013사업연도 법인세를 신고.납부하였다.

＜차세대전산시스템개발비의 연구.인력개발비 세액공제 관련＞

(1) OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)는 소매금융의 확대와 신규사업 진출 등 핵심 사업라인의 다각화, 영업 네트워크 기반 확대 등을 지원하기 위한 차세대시스템(이하 “쟁점차세대시스템”이라 한다)을 구축하기 위해 2013사업연도 중 OOO원(이하 “쟁점위탁개발비”라 한다)을 지급하였다.

OOO

나. 청구법인은 2019.4.30. OOO은행이 ① 신용보증기관 등으로부터 대위변제받은 금액은 원금부터 회수된 것으로 보아야 하고, ② 쟁점분배금에 대해

「법인세법」 제18조의3

의 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하여야 하며, ③ 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액은 2013사업연도 익금산입 대상이 아니고, ④ OOO의 쟁점위탁개발비는「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제9조 제5항의 연구.인력개발비 세액공제 대상이라는 취지 등으로 2013사업연도 법인세 환급OOO을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 일부사항을 제외하고, 2019.7.19. 이를 거부하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

＜보증기관 대위변제금의 원리금 충당 순서 관련＞

(1) (주위적 청구) 원금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 그 원리금의 일부만을 변제한 경우에는

「법인세법 시행규칙」제56조

,

「민법」제479조

등의 규정에 따라 이자를 먼저 회수한 것으로 보는 것이나, 당사자 간에 약정이 있는 경우에는 동 약정에서 정하는 충당순서에 따르는 것인데, 여신거래기본약관 제13조 제1항에 의하면 채무자가 채무를 변제하거나, 은행이 상계를 하는 경우에 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 하되, 다만 은행이 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있다고 규정하고 있고, OOO은행의 여신업무지침 제551조에서는 여신거래기본약관 제13조 제1항에 따라 고객에게 불리하지 않은 범위 내에서 대손상각된 특수채권, 법적절차에 의한 여신회수금 등에 대해서는 가지급금, 원금, 이자, 연체이자 순으로 회수하도록 정하고 있으므로 이는 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 있는 경우에 해당하며, 보증채무는 주채무에 종속되고, 신용보증기관이 주채무를 대위변제하였다고 하더라도 그 대위변제로 인한 효과는 주채무의 감축이며, OOO은행과 주채무자 간에 남아 있는 주채무의 구체적인 내용은 금전소비대차계약(그 계약의 일부로 편입된 은행 여신거래기본약관)에 따라 결정되어야 함이 마땅한바, 신용보증기관의 대위변제금이라고 하여 OOO은행과 주채무자 간에 약정된 변제충당의 순서가 달라질 수는 없는 것이므로, OOO은행과 주채무자간의 약정에서 정한 순서에 따라 원금부터 회수된 것으로 봄이 타당함에도 처분청이 쟁점대위변제금의 충당순서에 관한 특별한 약정이 없는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

(2) (예비적 청구) 원금이 우선 변제된 것으로 보지 않는다 하더라도 보증기관 대위변제 금액은 약정에 따라 구분 지급되는 원금과 이자로,

「법인세법 시행규칙」제56조

및

「민법」제479조

제1항을 적용하기 위해서는 “변제자가 원금 및 이자의 일부에 해당하는 금원만을 지급하였을 것”이라는 조건이 전제되어야 하는 바, 보증기관 대위변제와 관련해서는 이를 적용할 대상이 아니므로OOO

최소한 보증기관 약관을 적용하여 익금산입하는 이자를 계산하여야 할 것이라서 OOO은행이 2013사업연도 법인세 신고시 보증기관 대위변제 대출채권에 대해 연체이자율 징수 기준을 적용하여 계산한 세무조정상 익금산입한 금액(이하 “연체이자율 징수 기준 이자상당액”이라 한다)과 대위변제일까지의 “정상이자상당액 × 보증율”로 계산된 이자금액(이하 “대위변제된 정상이자상당액”이라 한다)의 차액 OOO원은 익금산입 대상에서 제외하여야 한다.

＜수입배당금 익금불산입 적용 여부＞

(1) 쟁점신탁은 투자신탁이 아니라 OOO 상환우선주를 신탁재산으로 취득.보유하는 목적의 신탁으로

「법인세법」제5조

제1항 적용대상이다.

(가) 쟁점신탁계약에서 신탁재산은 OOO은행이 수탁받은 약속어음을 현물출자하여 취득한 상환우선주이고, OOO은행은 그 신탁의 이익을 받을 수익자이므로 OOO은행이 상환우선주를 가진 것으로 보아「법인세법」을 적용하여야 한다.

(나) 이 건 신탁재산은 쟁점약속어음을 신탁원본으로 하였다가 쟁점약속어음을 현물출자하여 취득.보유하는 상환우선주인 것이 명확하고, 수탁자가 수익자인 OOO은행에게 교부한 신탁수입금 지급 안내문에서도 신탁재산을 상환우선주로 표시하고 있다.

(다) 또한, 최초 쟁점신탁계약 체결시에 이미 신탁재산의 원본이 쟁점약속어음에서 상환우선주로 전환되는 것으로 약정된 신탁은

「법인세법」제5조

제1항의 적용에서 제외되는 투자신탁에 해당하지 아니함이 명백하다.

(라) 따라서 신탁재산인 상환우선주에 귀속되는 소득인 쟁점분배금은 OOO은행이 상환우선주를 가진 것으로 보고「법인세법」을 적용하여야 한다.

(2)

「법인세법」제5조

제1항은 신탁에 귀속되는 이익을 수익자가 가진 것으로 보고「법인세법」을 적용하도록 규정하고 있으므로, 수입배당금 익금불산입에 관한

「법인세법」제18조의3

제1항 역시 수익자에게 적용되어야 한다.

(3)

「법인세법」제18조의3

은 수입배당금 익금불산입을 적용받기 위하여 반드시 직접 출자하여 배당을 받아야 한다고 적용 대상을 제한하지 않았으므로, 신탁을 통하여 출자 및 배당받은 경우를 배제할 아무런 근거가 없다.

(4) OOO은행이 실제 얻는 수입배당금액은 동일함에도 회사정리절차상 필요에 따라 신탁을 통하였다는 이유로 수입배당금 익금불산입 적용을 받을 수 없다면 조세 형평에도 심각한 문제를 초래하게 된다.

＜OOO은행 해외지점 및 현지법인 파견직원 퇴직급여충당금 관련＞

(1) OOO은행은 직원의 해외파견기간에 대한 퇴직급여 지급의무를 부담하고 있으며, 이는 고용노동부 행정해석에도 부합한다.

(가) 쟁점해외파견직원은 해외파견 중에도 OOO은행과 고용관계가 유지되고, 파견기간 종료 후 OOO은행에 복귀하여 계속 근무한다.

1) OOO은행은 해외지점 및 해외현지법인에 주재원으로 직원을 파견하고 있고, 파견직원은 글로벌사업본부 소속 정직원으로 OOO은행과 고용관계가 유지된다.

2) 파견기간 급여는 해외현지법인이 전액 지급하나 퇴직금은 OOO은행에 복귀해 계속 근무한 이후 고용관계가 종료되는 시점에 지급하게 된다.

(나) OOO은행 퇴직급여규정 및 고용노동부 행정해석에 따라 파견직원이 퇴직급여충당금 설정대상자에 포함되는 것은 당연하다.

1) OOO은행 퇴직급여규정 상 근속기간은 휴직 및 정직기간을 포함하여 입행한 날로부터 퇴직한 날까지의 기간으로 해외파견기간도 근속기간에 포함된다.

2) 고용관계가 유지되는 해외현지법인 파견기간을 근속연수에 포함한 것은 고용노동부 행정해석OOO에 부합하고, 고용관계를 기준으로 근속기간을 정한 규정은 실제 근로 제공 기간만을 근속기간으로 하는 것에 비하여 근로자에 유리한 규정으로 “근로자의 안정적인 노후생활 보장”이라는「근로자퇴직급여 보장법」(이하 “퇴직퇴직급여법”이라 한다)의 목적에도 부합한다.

(다) 한편, 쟁점해외파견직원이 실제 근로를 제공하지 않아 퇴직급여충당금 설정대상자에서 제외된다는 처분청 의견은 다음과 같은 사유로 타당하지 않다.

1) 퇴직급여규정에 지급대상이 규정되어 있으므로「근로기준법」의 근로자 개념을 원용해서 판단할 이유나 필요가 전혀 없다.

2) 처분청은 형식이 아닌 실질에 따라 근로자 해당 여부를 판단하기 위한「근로기준법」규정을 오해하여 임의로 축소해석하고 있는데,「근로기준법」상 근로제공 없는 휴직자도 근로자에 포함하고 있다.

3) 처분청은 또한 휴직 및 정직 중인 직원의 경우에는 근로제공이 없었음에도 퇴직급여 설정대상자에서 제외하는 것으로 처분한 사실이 없는 등 의견에 일관성이 결여되어 있다.

(2) 쟁점해외파견직원의 퇴직급여충당금전입액을 해외현지법인이 부담할 이유도 없고, 손금으로 인정된 비용도 없어 잘못된 세무조정이므로 취소되어야 한다.

(가) 해외현지법인은 파견직원의 근로제공 대가로 급여를 지급하면 충분하고, OOO은행이 정한 퇴직급여규정에 따른 의무를 부담할 의무가 없다.

1) OOO은행 퇴직급여제도는 국내 관련 법령에 따라 OOO은행이 근로자에 대해 부담하는 의무를 정한 것으로 해외현지법인과 무관하고, 해외현지법인 소재 국가에서는 통상 퇴직급여 지급의무도 없는데, 직원과 OOO은행의 고용관계가 유지된다 하여 OOO은행의 의무를 대신 부담하는 것은 타당하지 않으며, 해외현지법인이 OOO은행에 퇴직급여 상당액을 지급할 계약상의 근거도 없다. 즉, 해외현지법인으로부터 받을 돈을 받지 않거나 해외현지법인 대신 비용을 부담한 것이 아니므로 익금산입 대상으로 볼 수 없다.

(나) 쟁점퇴직급여충당금전입액을 익금산입하게 되면「법인세법」에 따라 이미 손금불산입된 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액을 이중으로 조정하는 효과가 발생된다.

1) OOO은행 2013사업연도 법인세 신고서상 퇴직급여충당금 세무조정시 회계상 비용계상액 OOO원이 전액 한도초과액으로 계산되어 손금불산입하였다.

2) 따라서 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금 전입액 OOO원도 OOO은행 전체의 퇴직급여충당금 세무조정시 손금불산입된 금액에 포함되어「법인세법」상 손금으로 산입하지 않았음에도 이를 재차 익금에 산입하게 되면 이중으로 손금 부인하는 효과가 발생되므로 동 세무조정은 취소되어야 한다.

(다) OOO은행은 국제기구 또는 외국기관 파견기간을 계속근무기간으로 인정하고, 공무원의 경우도 국제기구 등 파견기간에 대해서도 공무원연금지급대상 근무기간에 산입하고 있는 것과도 배치되어 불합리하다.

(3)「법인세법」상 직원에 대한 퇴직금은 한도 없이 손금인정되는데 처분청 의견대로라면 다음과 같이 쟁점해외파견직원에 대한 해당기간 발생되는 퇴직금상당액을 어떤 명목으로 지급하는지 여부에 따라 손금산입 여부가 달라져 형평에도 맞지 않게 된다.

(가) 파견시점에 전적격려금으로 지급하면 손금으로 인정OOO되고, 파견기간동안 퇴직급여충당금을 적립하지 않았다가 파견기간 종료 후 실제 퇴직 시점에 공로금 등으로 지급해도 한도 없이 손금인정되어 동일한 명목의 지급에 대해 손금인정대상 금액이 달라지게 된다.

OOO

(4) 조세심판원 선결정례OOO에서 고용관계가 유지되는 해외파견직원에 대한 퇴직금 부담을 인정한 바 있으므로 이 건의 경우 쟁점해외파견직원이 근로장소 및 근로형태에 따라 차등적으로 퇴직급여를 적용받지 않도록 한 OOO은행 퇴직급여제도는 선결정례와 같이 인정되어야 한다.

＜차세대전산시스템 연구.인력개발비세액공제 관련＞

(1) 쟁점차세대시스템 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 조세심판원 및 법원도 전산시스템 구축활동을 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 인정한 바 있다.

(가)

조특법 제9조

제5항에서 연구개발활동을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 규정하고 있다.

(나) 조세심판원에서는 차세대시스템 개발 관련 비용의 성격에 대하여 지식정보기술을 바탕으로 카드, 보험, 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경 등에 불과한 것은 아니라고 결정한 바 있다OOO

(다) 대법원OOO에서는 생명보험업을 영위하는 법인이 지출한 전산개발용역비가 “대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진보를 이루기 위한 활동인 점”을 근거로 연구개발비에 해당한다고 판시하였고, 금융기관의 차세대시스템 구축에 소요된 위탁비용이 연구개발비 세액공제 대상이라는 전제 하에 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 재위탁 비용도 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다고 판시OOO한 바 있다.

(라) OOO의 쟁점차세대시스템 개발은 2010.1.1. 이후 이루어진 것이기는 하나, 기존 대법원 판단 등에 비추어 여전히 기술적 진전을 위한 것이므로 연구개발에 해당한다는 점에 대해서는 이견이 있을 수 없다. 다만,

조특법 제9조

제5항에서 구체적인 연구개발의 범위를 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 [별표 6]에서는 전사적 기업자원 관리 시스템 개발을 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 있으므로 이 개정과 관련된 점만 문제된다고 할 것이다.

(2) 2010.2.18. 조특법 시행령의 개정으로 인하여 모든 시스템 개발비용이 연구인력개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것이 아니다.

(가) 개정의 배경 등을 감안하였을 때 조특법 시행령 [별표6]은 모든 시스템이 아니라 전사적 기업자원 관리설비 개발비용을 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다.

(나) 조특법 시행령 [별표6] 개정 당시의 기획재정부의 의사는 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는지 논란이 있던 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 관련 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외하고자 함에 있었다. 기획재정부는 ERP 도입 위탁비용이 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는지 명확하지 않고, 다만 실무상으로는 이를 위탁 연구인력개발비의 일종으로 해석·운용하고 있어 당해 비용을 세액공제 대상에서 제외하는 것을 명문화하기 위해서 조특법 시행령 [별표6]을 개정하였다. 당시 그러한 개정에는, ERP 위탁 도입비용이 단순 자산취득행위로 연구인력개발비 대상으로 보기 힘들다는 점과 ERP 시스템은 생산성향상투자 세액공제 적용대상이므로 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는 경우 중복지원의 결과를 초래한다는 점 등이 그 배경이 되었다. 2010년 조특법 시행령 [별표6] 개정 당시의 생산성 향상 투자세액공제 관련 규정에는 전사적 기업자원 관리설비(ERP)가 대상 중 하나로 규정되어 있었는데, 당시 기획재정부는 ERP 도입비용이 생산성향상투자 세액공제와 연구개발비 세액공제 대상에 중복 해당한다는 문제의식을 가지고 있었고, 이를 해결하기 위하여 연구개발비 세액공제 대상에서 이를 제외하는 내용을 명문으로 규정하였다. 따라서 조특법 시행령 [별표6]도 동일한 표현을 사용하여 “전사적 기업자원 관리설비” 등 시스템을 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 규정하게 된 것이다. 그렇다면, 2010년의 조특법 시행령 [별표6]의 개정으로 세액공제 대상에서 제외되는 비용은 단순 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입 비용을 의미하는 것이라고 해석되어야 하며, 그 범위는 생산성향상투자세액공제의 대상이던 전사적 기업자원 관리설비의 범위와 동일하다고 해석되어야 할 것이지, 당해 개정으로 모든 시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 배제할 것을 그 목적으로 하였다고 볼 수는 없다.

(다) 조세심판원에서도 “기업의 전사적기업자원관리설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 대해서는 위탁연구개발비용의 일종으로 해석하여 세액공제를 적용하여 오다가, 기업의 ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 2010.2.18. 조특법 시행령 [별표6]을 개정하여 ‘전사적기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 공제대상에서 제외’하였다”고 명시하여, 연구개발시 세액공제대상에서 제외되는 비용은 자산 취득행위에 해당하는 ERP 등으로 한정한다는 점을 명확히 하고 있다OOO

(라) 아울러 전사적 기업자원 관리설비에 대하여, (ⅰ) 전사적 기업자원 관리설비가 R＆D 세액공제 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나온 시점OOO과 (ⅱ) 조특법 시행령 [별표 6]에서 전사적 기업자원 관리설비를 제외한 시점(2010.2.18.), (ⅲ) 조세심판원에서 전사적 기업자원 관리설비가 세액공제 대상이라고 인정한 시점OOO 및 (ⅳ) 생산성 향상 세액공제의 범위에서 제외한 시점(2010.12.27.)을 비교하여 보면, 2010년의 조특법 시행령 [별표6] 개정 취지는 전사적 기업자원 관리시스템(ERP) 도입비용은 Software 구입비용의 일종인 단순자산취득 위에 불과하여, 더 이상 모법인 조특법이 연구개발비의 대상으로 규정한 “기술적 진전을 이루기 위한 활동”으로 보기 곤란하기 때문에 연구개발비 세액공제 대상으로 볼 수 없기 때문이라는 점을 알 수 있다.

(마) 나아가 현행 조특법 역시 아래에서 보는 바와 같이 각각의 설비 또는 시스템에 대하여 그 설비 및 시스템의 내용에 따라, 세액공제의 내용 및 취지에 따라 여러가지 세액공제의 혜택을 부여하고 있으며, 시스템 투자 전부를 일괄적으로 각 세액공제 대상에서 제외하고 있지 않다. 즉, 이들 설비 및 시스템은 전사적 기업자원 관리설비와 대등하거나 병렬적으로 존재하는 것이지, 전사적 기업자원 관리설비에 포함되거나 그에 종속되는 개념이 아닌 것이다.

＜표4＞ 조특법상 설비 또는 시스템

(2) 이 건 경정청구 거부처분대로 전산시스템 개발비용을 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하게 되면 마이크로소프트(안드로이드시스템), 구글(안드로이드 페이 시스템, 클라우드 시스템) 등을 따라잡기 위해 국내기업들이 지출한 연구·인력개발비도 세액공제 대상에서 제외된다는 비상식적인 결론에 이르게 된다.

(가) 국내 굴지의 한 기업은 스마트폰에 탑재하는 안드로이드 시스템 사용료 명목으로 OOO에 2013년 한 해에만 OOO원의 로열티를 지급하였고, OOO은 OOO에서 이루어진 연례개발자 회의에서 클라우드 시스템, 안드로이드 페이 시스템의 개선된 기능을 공개한바 있다. 이처럼 세계 유수의 글로벌 기업들은 시스템 개발을 통한 수익창출 활동에 매진하고 있고, 성공적인 시스템의 개발은 실제 큰 수익으로 이어지고 있는 것이 현실이다.

(나) 위와 같이 현실적으로 기업들의 연구개발활동은 전산시스템 개발을 위주로 이루어지는데, 처분청 의견대로라면 이 같은 전산시스템 개발 비용도 세액공제 대상에서 전부 제외되는바, 그러한 해석은 현실을 도외시한 것으로 도저히 수긍하기 어렵다. 당초 조특법에 연구인력개발비 세액공제를 두고 있는 입법취지는 국내 기업들의 연구개발활동을 촉진하여 기업경쟁력 강화를 지원하기 위한 것인데, 사실상 모든 시스템 개발비용을 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외한다면 이는 연구개발을 장려하고자 도입된 조특법 규정의 입법취지에도 배치된다.

(3) 쟁점연구인력개발비에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다고 보는 것은

조특법 제9조

제5항에도 반하는 해석이다.

(가)

조특법 제9조

제5항은 연구개발에 대하여 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있다. 앞서 본바, 금융기관의 전산시스템 위탁개발용역은 조특법상의 연구개발에 해당함에도 불구하고 조특법의 하위 규정에 해당하는 조특법 시행령 [별표6]의 규정을 모든 시스템 개발비용을 연구인력개발비 세액공제의 대상에서 제외한다고 해석하는 것은 상위 규정을 형해화하는 해석으로써 허용될 수 없다.

(나) 만약 처분청 의견과 같이 ‘시스템’에 해당하는 것을 위탁개발하는 비용은 모두 세액공제 대상이 아니라고 해석할 경우 가령, 제조업체들의 생산관리시스템이나 공장자동화 시스템 개발비용 등도 역시 세액공제의 대상에 해당할 수 없다는 이상한 결론으로 귀결된다. 제조업체들의 공장들 역시 현대화되면서, 생산 공정 및 생산 장비의 제어, 생산품의 검사, 모니터링, 불량률 및 품질 검사 등의 모든 작업이 전산시스템으로 통제되고 있다. 이는 일반적으로 통합생산관리시스템(MES, Manufacturing Execution System)이라고 불리는데, 생산시스템을 자동화하여 고품질의 소량 맞춤형 제품의 생산을 가능하게 하고, 생산비용을 절감하고, 불량률을 낮추는 등의 효과를 가져오고 있다.

(다) 이러한 시스템의 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 가져오는 활동임은 분명하고 그로 인하여 새로운 제품이나 서비스 생산이 가능해짐에도, 처분청 의견에 따르면 관련 비용이 전산시스템과 관련이 있다는 이유로 이들 모두 세액공제 대상에서 제외된다. 그러나 이는 연구인력개발비 세액공제 규정을 사실상 사문화시키는 해석으로 결국 시행령 규정으로 법에서 정한 세액공제 규정을 형해화하게 된다.

(4) 조특법 규정을 엄격해석 하더라도 OOO의 쟁점위탁개발비는 연구인력개발비 세액공제 대상이다.

(가) 조특법 시행령 [별표6]은 전사적 기업자원 관리설비 등을 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 있는데, 이는 전사적 기업자원 관리설비 및 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하라는 의미로 해석된다. 여기서 “등”은 의존명사로서, “그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말”로 쓰이는데, 법에서 세액공제 대상에서 제외하는 대상을 단순히 “시스템”이라 규정하지 아니하고 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템”이라 규정한 것은, 전사적 기업자원 관리설비 및 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템만을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 것으로 보아야 한다.

(나) 이외에도 “등”의 의미를 “모든”이라는 의미로 이해한다면, 그 의미가 불명확하여 납세자로서는 도대체 어떤 행위가 과세대상인지 여부를 예측하기 어렵게 되며 이러한 입법은 결국 조세법률주의에도 위배된다고 할 것이다.

(다) 기업의 ERP 등 개발을 위한 위탁비용은 연구개발비 세액공제에서 제외되는데, 이는 ERP 등 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 판단되기 때문이다OOO. 그러나, 쟁점차세대시스템 도입은 OOO의 전사적 역량이 총 동원된 프로젝트로 약 80여 명의 인력 투입, 사전준비에 약 3개월, 현황분석에 약 3개월, 시스템 본격 구축에 약 10개월이 소요되었으며, 프로젝트의 중요성, 전문성을 감안하여 컨설팅 업체에서 거액이 소요된 PMO(Project Management Office)컨설팅 용역까지 제공받은 바 있다.

(라) 만약, 쟁점차세대시스템이 범용성 있는 일반 ERP시스템에 해당했다면 시스템 설치 업체 측에 이미 정형화된 구축 체계가 존재했을 것으로 위와 같이 장기간ㆍ대규모 인력 및 비용이 투입된 프로젝트 진행체계를 갖추지 않았을 것이다.

(마) 쟁점차세대시스템이 범용성 있는 시스템이 아니라는 사실은 OOO과 시스템 개발 수탁업체의 계약서 내용상에서도 확인할 수 있다.

1) OOO과 시스템 개발 수탁업체 중 하나인 ㈜OOO시스템의 쟁점차세대시스템 구축 프로젝트 수행계획서에는 수행범위가 당사의 전사업무 프로세스를 아우르며 프로세스별 요구사항 정의를 통한 분석단계부터 시작되고 있어 이미 시스템 개발 위탁자와 수탁자 모두 기존에 없던 새롭게 개발되는 시스템임을 인지하고 있었음을 알 수 있다.

2) 또한, 프로젝트 계약서 제23조에 본 계약 산출물의 소유권, 저작권, 사용권 및 기타 모든 지적 재산권은 모두 OOO캐피탈에 귀속되는 것으로 기재되어 있어, 개발업체는 수탁개발을 통해 구축 완료한 쟁점차세대시스템을 상품화하거나 단순 커스터마이징하여 외부시장에 판매할 수는 없었던 구조임을 확인할 수 있다

3) 범용성 있는 일반 ERP시스템의 경우 통상 시스템 도입에 따른 프로그램 ‘사용권’만을 부여 받을 뿐 그 ‘저작권’이나 ‘소유권’까지는 갖지 못한다는 점을 근거로 판단해 보더라도 쟁점차세대시스템이 범용성 있는 일반 ERP 시스템과는 성격이 다르다는 것을 알 수 있다.

OOO

나. 처분청 의견

＜보증기관 대위변제금의 원리금 충당 순서 관련＞

(1) (주위적 청구) 신용보증기금 약정 등은 원금 우선충당의 특별한 약정에 해당하지 않는다.

(가) OOO은행은 보증부대출금에 대한 채권담보를 위하여 신용보증기관의 원리금 보증을 대출 실행의 조건으로 하고 있으며, 대출이 실행된 뒤에 차주로부터 변제가 이루어지지 않은 경우, OOO은행은 이들 보증기관으로부터 보증변제를 받아 원금 및 이자에 충당하고 있다.

(나) 신용보증기금 약정 제12조는 보증기관이 청구법인에게 지급하여야 할 보증채무의 이행범위에 대하여 규정하고 있을 뿐 청구법인이 보증기관으로부터 지급받은 보증채무이행금의 충당순서에 관하여 규정하고 있지 않다.

(다) 은행여신거래기본약관, 여신규정 및 여신관리지침의 내용이 대출계약의 당사자가 아니고 보증인에 불과한 보증기관에도 적용된다고 보기 어려우므로 쟁점대위변제금의 충당순서에 관한 특별한 약정이 없는 것으로 보아

「법인세법 시행규칙」제56조

를 적용하여 이자부터 충당한 것으로 보아야 한다.

(2) 대법원에서 은행이 신용보증기금 등으로부터 수령한 보증채무이행금 중 이자수익으로 인식하여야 할 금액의 범위에 대하여 판시한 판례에 따르더라도 이 건 처분은 정당하다.

(가) 신용보증기관 등의 보증채무이행시 주채무 및 종속채무의 소멸범위가 문제된 사안에서 대법원은 “신용보증계약 등에 의하여 보증되는 주채무 및 종속채무는 부보율 내지 보증비율 범위 내의 원금 채무 및 이자채무라고 할 것이고, 보증책임의 대상이 아닌 주채무 및 종속채무는 보증인의 보증채무이행으로 소멸될 수 없다”고 판시한 바 있다OOO

(나) 즉, 보증채무이행금은 ① 보증부대출채권액 중 미회수액에 보증비율을 곱한 금액으로 보증금액을 초과하지 아니하는 원금과 ② 이에 대한 보증채무 이행일까지의 약정이자율에 의한 미수이자금액으로 명확하게 특정되어 있으므로 신용보증기관이 보증채무이행금을 지급하게 되면 위와 같이 특정된 원금채무와 이자채무가 각 소멸하는 것이고, 일부변제를 전제로 하는 변제충당의 법리가 적용될 수 없다.

(다) 대법원은 대위변제에 의해 이자로 충당할 금액은 대위변제약정에 따라 수취한 금액 즉「연체시점부터 대위변제약정일까지의 정상이자상당액 × 보증율」을 충당할 이자로 판단하였으나, 청구법인은 대위변제에 의해 수취한 금액에 대한 구분 없이 원금에 우선 충당하여 줄 것을 청구하였다.

(3) (예비적 청구) 이 건과 동일한 쟁점의 다수 사례에서 대위변제에 의한 이자로 충당할 금액은 보증기관 대위변제 약정에 따라 수취한 금액, 즉 “연체시점부터 대위변제약정일까지의 정상이자상당액×보증율”을 충당할 이자로 판단하여 처분청도 청구법인 주장대로 익금산입을 조정하고자 금액 산정을 요구하였으나, 경정청구시 제시하지 아니하였고, 심판청구시 제시한 산정금액은 추가적인 확인이 필요하다.

또한, 조세심판원은 보증기관으로부터 수령한 대위변제금이 이자, 원금 순으로 충당된 것으로 경정함에 따라 발생하는 대위변제 이후 잔여채권 원금의 증가분에 대하여 금융감독원장의 대손승인을 받은 사업연도의 손금에 산입하여야 한다는 취지의 결정OOO에 따라 손금에 산입한 대손채권 금액의 감액경정 처분 또한 취소되어야 한다.

＜수입배당금 익금불산입 적용 여부＞

(1) 청구법인은

「법인세법」제18조의3

제1항에 따른 수입배당금 익금불산입 적용 주체에 해당되지 않는다.

(가) 수입배당금 익금불산입 제도는 자회사로부터의 배당금이 주된 수입원인 지주회사제도가 도입되면서 그 걸림돌인 배당소득에 대한 이중과세조정을 위해 1999.12.28.

「법인세법」제18조의2

가 신설되어 2000년부터 시행되었고, 이어서 지주회사가 아닌 일반법인들 간의 배당소득에 대한 과세의 불형평 문제를 해소하기 위해 2000.12.29.

「법인세법」제18조의3

이 신설되어 2001년부터 시행되었는바,

주식출자비율과 차입금이자, 주식보유액, 자산총액 등에 따라 익금불산입금액이 달라지도록 되어있고, 또한 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식 등을 보유함으로써 발생하는 수입배당금액 등에 대하여는 그 적용을 배제하도록 엄격하게 규정하고 있다. 즉, 수입배당금 익금불산입 규정은 주식을 보유함으로써 발생하는 모든 수입배당금액에 대하여 소득 귀속자에게 무조건 적용하는 것이 아니라 법에 정한 엄격한 요건을 충족한 경우에만 적용하는 것이다.

(나)

「법인세법」제18조의3

제1항에 따른 수입금액 익금불산입 규정은 해당 법인이 다른 내국법인에 직접 출자한 경우를 전제로 하여 규정하고 있는 바, OOO은행은 주주로서 OOO가 발행한 상환우선주를 소유한 사실이 없고, 단지 채권을 회수하기 위한 목적으로 소유한 수익권증서에 기하여 수익분배금을 받은 수익자에 불과하기 때문에 OOO은행의 쟁점분배금은「법인세법」규정의 “해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금”에 해당된다고 볼 수 없다.

(2) 쟁점분배금은 이자소득과 그 실질이 같다.

(가)

「법인세법」제5조

제1항은 신탁소득의 귀속자가 수익자라는 “소득귀속의 문제”를 규정한 것에 불과하고, 이는 신탁재산의 납세의무자를 누구로 할 것인가에 대한 논란을 없애기 위해 법적 형식을 떠나 경제적 실질에 따라 수익자를 납세의무자로 보기 위해 실질과세의 내용을 별도의 규정으로 명문화한 것이다.

(나) 즉,

「법인세법」제5조

는 신탁소득의 귀속만 규정하고 있을 뿐 소득구분에 대하여는 아무런 규정도 두지 않고 있고, 쟁점분배금은 신탁재산 운용소득으로 발생한 분배금에 불과하며, 이를 “수입배당금 익금불산입” 적용 대상인 실제 배당으로 보기 어렵고, 오히려 국민은행이 당초 채권을 보유하고 있다가 이를 대체하여 약속어음에 대한 수익권증서를 받은 것이어서 신탁재산은 주식이 아닌 약속어음을 현물출자하여 배당을 받은 것이므로 이자소득의 성격과 같다.

＜OOO은행 해외지점 및 현지법인 파견직원 퇴직급여충당금 관련＞

(1) 쟁점해외파견직원은

「법인세법」제33조

및 같은 법 시행령 제60조 규정에 따른 퇴직급여충당금 손금산입대상에 해당되지 않는다.

(가) 퇴직급여충당금 설정대상자가 되는 사용인의 범위에 관하여는「법인세법」상 명시적인 규정을 두고 있지 아니하므로「근로기준법」에서 규정하고 있는 근로자의 개념을 원용하여 사용인의 범위를 판단하여야 할 것인데,

「근로기준법」제2조

제1항 제1호에서 “근로자”란 직업의 종류와 관계없이 임금을 목적으로 사업이나 사업장에 근로를 제공하는 자로 정의하고 있으나, 쟁점해외파견직원은 2013사업연도종료일 현재 OOO은행에 근로를 제공하고 있지 않다.

(나) 또한 퇴직급여충당금은 당해 법인의 사용인이 퇴직할 때에 지급하여야 할 퇴직급 상당액을 사용인의 재직기간이 속하는 사업연도마다 손금으로 인식하기 위해 기말 결산시점에 계상하는 부채성충당금의 일종으로 퇴직급여법 또는 법인 내부 퇴직급여지급규정에 따라 계상한 금액은

「법인세법 시행령」제60조

규정에 따른 일정한 한도 내에서 손금에 계상할 수 있고, 같은 조 제1항에서 “퇴직급여의 지급대상이 되는 임직원에게 해당 사업연도에 지급한 총급여액의 100분의 5에 상당하는 금액”으로 규정하고 있다. 따라서 “퇴직급여충당금 설정대상자”는 퇴직급여의 지급대상이 되는 자로서 사업연도 종료일 현재 당해 법인에 재직하는 임직원으로 보아야 할 것인데, 쟁점해외파견직원은 2013사업연도말 현재 청구법인에 재직하고 있지 아니하므로 이에 해당되지 않는다.

(다) 청구법인은 쟁점해외파견직원이 현지 시장조사, 글로벌 트렌드 분석 및 전략수립 등 본사 관련 업무를 병행하고 있다고 주장하면서도 해당 사실을 입증할 수 있는 어떠한 자료도 제시하지 못하였다.

(라) 청구법인도 쟁점해외파견직원은 파견기간 동안 OOO은행 글로벌사업본부 소속 정직원으로 그 지위가 유지되지만, 급여 및 복리후생비 등은 전액 해외현지법인에서 지급한다는 취지로 사실관계를 밝히고 있어 이는 쟁점해외파견직원이 청구법인과 무관한 근로관계에 있음을 명확히 밝히고 있는 것이다.

(2)

「법인세법 시행령」제87조

에 따라 특수관계법인 간에 사용인(임원 포함)이 상호 전출입하는 것은 현실적인 퇴직의 범위에 해당되고, 특수관계법인에 근무한 기간은 합산하여 퇴직급여를 지급하는 경우 마지막으로 근무한 법인에서 퇴직할 때 현실적으로 퇴직하는 것으로 보아 해당 퇴직급여 상당액을 각 법인별로 안분하여 손금에 산입하도록 하고 있다.

(가) 특수관계에 있는 다른 법인에 전출한 자의 경우 사업연도종료일 현재 전출법인에 재직하고 있지 않아 원칙적으로 전출법인에서 퇴직급여충당금을 설정할 수 없으나, 법인이 현실적인 퇴직으로 보지 아니하여 퇴사시 전출입법인이 퇴직급여를 안분계산하여 지급하기로 한 경우에는 전출법인도 그 임직원이 전입법인에서 현실적으로 퇴직할 때까지 매 사업연도 퇴직급여충당금의 손금산입범위액 계산시 적용할 퇴직급여추계액에 전출한 임직원의 퇴직급여추계액 중 전출법인이 부담할 안분계산액을 합하여 계산하게 된다.

(나) 따라서 사용인이 해외특수관계법인에 파견근무하면서 해외특수관계법인의 업무만 전적으로 수행하는 경우 당해 사용인의 퇴직금을 전출한 법인에 근무한 기간을 통산하여 계산할 수 있는 것이고, 해외현지법인 파견근로자에 대한 퇴직급여는 해외현지법인이 파견기간 동안 안분계산하여 부담하여야 할 비용이므로 파견기간 동안 적립한 퇴직급여충당금은 청구법인의 손금이 아닌 것이다.

＜차세대전산시스템개발비의 연구.인력개발비 세액공제 관련＞

(1) 조특법에서 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한다라고 명확하게 규정하고 있다.

(가)

조특법 제10조

제1항은 “내국인이 각 과세연도에 연구.인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 “(중간 생략) 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)”이라 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제8조 제1항은 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다고 규정하고 있고, 조특법 시행령 [별표6]은 “연구.인력개발비세액공제를 적용 받는 비용(제8조 제1항 관련)”을 구체적으로 정의하고 있는바,

(나) 조특법 시행령 [별표6] 제1호 “연구개발” 중 나목 “위탁 및 공동연구개발” ①은 “다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용”이라고 정하고 있다가, 전사적 기업자원 관리설비 등 위탁개발 비용은 시설투자인 단순한 자산의 취득에 해당하고 같은 법 제24조의 생산성향상시설투자 세액공제와 중복 적용되는 등의 불합리한 점을 해소하기 위하여 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 [별표6] 제1호 나목 ①을 “다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용”이라고 개정하여 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외시켰다.

[조특법 시행령 [별표 6] 개정사항 비교]

- 1호 ‘연구개발’ 중 나목 위탁 및 공동연구개발

* 시행시기 : 2010.1.1 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용함.

(다) 조세심판원에서도 차세대시스템 구축비용은 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용’에 해당하여 연구인력개발비 세액공제 불가하다고 보고 있다OOO

(2) 조특법상 “전사적 기업자원 관리 설비 등 시스템”은 기업의 인적·물적 모든 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 시스템을 의미한다.

(가)

조특법 제5조의2

제1호에서 구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "전사적(全社的) 기업자원 관리설비"라 한다)로 정의하고 있다.

(나)

조특법 시행령 제8조

제1항 [별표6] 제1호 나목 ①은 연구인력개발비 세액공제 대상 중 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다.”고 규정하여, “시스템”이라는 상위 개념 아래 “등”이라는 용어를 통하여 “전사적 기업자원 관리설비”를 시스템의 예시로 들고 있다.

(다) 즉, 문법적으로 “시스템 개발을 위한 위탁 비용”은 “전사적 기업자원 관리 설비 개발을 위한 위탁 비용”보다 상위개념이고, “전사적 기업자원 관리 설비 개발”은 “시스템 개발”에 포함된다.

(라) 기획재정부에서도 조특법 시행령 [별표 6]의 “전사적 기업자원 관리설비 등”이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 설비를 의미한다고 해석OOO하여 “전사적 기업자원 관리설비 등”에는 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 설비까지도 포함됨을 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 청구법인이 신용보증기관으로부터 보증계약에 따른 대위변제금액을 수령한 경우 이자보다 원금을 먼저 회수한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

(예비적 청구) 대법원 판례에 따라 연체이자율 징수 기준 이자상당액과 대위변제된 정상이자상당액과의 차액은 익금산입 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점분배금이

「법인세법」제18조의3

제1항의 수입배당금 익금불산입 규정의 적용대상인지 여부

③ 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액 상당액을 OOO은행 본사의 손금에 계상할 수 있는지 여부

④ 쟁점위탁비용이 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당되는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) OOO은행은 담보능력이 부족한 기업 등에 대한 대출과 관련하여 채무자가 원리금 상환을 이행하지 못할 경우에 대비하여 보증기관이 채무를 담보하는 내용의 신용보증약정을 기초로 대출하였고, 대출실행 후 채무불이행될 경우 OOO은행은 보증기관으로부터 신용보증약정에 따른 쟁점대위변제금을 수령한 후 원금을 먼저 회수한 것으로 회계처리한 이후 이자를 먼저 회수한 것으로 세무조정하여 2013사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

(나) 신용보증기금의 신용보증약관의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

(다) OOO은행이 채무자와 체결하는 ‘은행여신거래기본약관(기업용)’의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(라) OOO은행 내부 관리규정상 정리여신 변제 충당순서는 다음과 같다.

OOO

(마) OOO은행의 2013사업연도 대위변제채권에 대한 법인세 신고 및 이 건 예비적 청구의 원리금 변제충당순서 등 비교내역은 다음과 같다.

OOO

(바) 예비적 청구와 관련하여 청구법인은 OOO은행의 2013사업연도 중 7,298건의 대위변제 채권의 회수내역, OOO원의 익금산입 제외대상 산정내역 등의 계산근거 엑셀파일을 제시하였다.

(사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1) 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 이자의 변제에 관한 특별한 약정에 따라 보증채무이행금으로 연체된 채무에 충당시 원금, 이자의 순서로 충당하여야 한다고 주장하나, 신용보증기금 약정 제12조는 보증기관이 청구법인에게 지급하여야 할 보증채무의 이행범위에 대하여 규정하고 있을 뿐 청구법인이 보증기관으로부터 지급받은 보증채무이행금의 충당순서에 관하여 규정하고 있지 아니한 점, 은행여신거래기본약관, OOO은행의 여신규정 및 여신관리지침 등의 내용이 대출계약의 당사자가 아니고 보증인에 불과한 보증기관에도 적용된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 대위변제금의 충당순서에 관한 특별한 약정이 없는 것으로 보아

「법인세법 시행규칙」제56조

를 적용하여 이자가 먼저 회수된 것으로 봄이 타당해 보이므로, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

2) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살피건대,

쟁점① 주위적 청구에서 판단한 바와 같이 설령, 각 신용보증약관의 규정은 충당 순서에 관한 약정에 해당하지 않는다고 하더라도 OOO은행이 각 채무자들에게 대출함에 있어 각 대출약정서에는 은행여신거래기본약관의 적용을 승인한다는 점이 명시되어있는 사실, 은행여신거래기본약관 제13조 제1항에는 채무자가 기한의 이익을 상실한 채무를 변제하는 경우 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하되, 은행은 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당 순서를 달리할 수 있다고 규정되어 있는 사실이 인정되며, 이러한 대출약정서의 규정과 은행여신거래기본약관의 규정은 원고가 신용보증기금 등으로부터 대위변제받은 경우에도 적용된다고 할 것이므로, OOO은행이 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 대위변제금을 원금과 원금에 상응하는 이자의 변제에 우선 충당하였다고 하더라도

「법인세법 시행규칙」제56조

에 위반한 것이라고 할 수 없는 것OOO인바, OOO은행이 2013사업연도 법인세 신고시 보증기관 대위변제 대출채권 중 세무조정상 익금산입한 연체이자율 징수 기준 이자상당액과 대위변제된 정상이자상당액과의 차액은 익금산입 대상에서 제외하여야 할 것인 점,

다만, 청구법인이 2013사업연도 법인세 신고시 연체이자율 징수 기준 이자상당액과 대위변제된 정상이자상당액과의 차액을 익금산입 대상에서 제외한 금액 중 보증기관으로부터 수령한 대위변제금이 이자, 원금 순으로 충당된 것으로 당초 신고함에 따라 발생했던 대위변제 이후 잔여채권 원금의 증가분에 대해 금융감독원장의 대손승인을 받은 사업연도의 손금에 산입하여야 한다는 취지의 우리 원 결정OOO에 따라 이후 손금에 산입한 금액이 있는 경우 이는 손금산입 대상에서 제외하여야 할 것인 점,

OOO은행이 2013사업연도 법인세 신고시 보증기관 대위변제 대출채권 중 세무조정상 익금산입한 연체이자율 징수 기준 이자상당액과 대위변제된 정상이자상당액과의 차액으로 제시한 금액이 적정한지 여부에 대해 처분청 확인이 이루어지지 아니한 점 등에 비추어 OOO은행의 2013사업연도 각 사업연도 소득금액에 계상하여야 할 적정한 이자소득금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료의 주요내용은 아래와 같다.

1) OOO와 OOO은행이 2002.10.17. 체결한 유가증권 신탁계약서의 내용은 아래와 같다.

OOO

2) OOO와 OOO은행이 2002.10.17. 체결한 유가증권 신탁계약에 대한 특약의 주요내용은 아래와 같다.

OOO

3) 청구법인이 2013사업연도 중 쟁점수익권증서 보유에 따라 지급받은 쟁점분배금 내역은 다음과 같다.

OOO

(나) 이상의 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은

「법인세법」제5조

제1항에 의거하여 쟁점분배금을 같은 법 제18조의3에서 규정한 익금불산입 대상 수입배당금으로 보아야 한다고 주장하나,

「법인세법」제18조의3

제1항에 따른 수입배당금의 익금불산입 규정은 해당 법인이 다른 내국법인에 직접 출자한 경우를 전제로 하여 규정하고 있는 점, 신탁계약에 의하여 신탁재산의 소유권이 위탁자로부터 수탁자에게 이전시 신탁재산이 위탁자 및 수익자로부터 독립되는 것이어서 신탁재산에 귀속되는 소득의 수익자에게 과세하기 위하여

「법인세법」제5조

제1항의 규정을 두어온 것인데, 이를 확장해석하여 투자신탁 외의 신탁을 도관으로 보아 그 이익의 분배금의 원천이 배당인 경우 신탁에 따른 수익권자가 해당 배당금을 지급한 다른 내국법인에게 직접 출자하는 법률행위를 하였던 것으로 의제하기는 어려운 점,「상법」상 주권과「신탁법」에 따른 수익권증서의 법적.경제적 실질이 다른 것인바, 신탁의 이익에 대한 분배 순위 및 비율을 정하여 다수의 수익자들에게 그 이익을 분배하는 등의 경우에 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하기 위하여 필요한 출자 인정비율 산정방법 등에 관한 법령이 부존재하는바,

「법인세법」제5조

제1항 및 같은 법 제18조의3 제1항의 입법목적이 신탁의 이익에 대한 분배금까지 수입배당금 익금불산입 적용대상에 포함하려 한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점분배금에 대하여 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) OOO은행이 제시한 해외현지법인에 쟁점해외파견직원을 파견하게 된 경위는 다음과 같다.

1) OOO은행은 다수의 해외지점 및 현지법인을 통해 한국계 기업, 현지기업, 교민, 유학생, 현지인 등을 대상으로 금융서비스를 제공하고 있다.

2) OOO은행의 해외현지법인은 대부분 지점형태로 진출하였다가 사업상 필요에 따라 현지법인으로 전환하여 설립되었고, 최근에는 현지은행을 인수하여 합병하기도 하였는데, 해외지점 뿐 아니라 대부분의 해외현지법인의 주요 고객은 해당 국가에 진출한 한국기업 및 교민이다.

3) OOO은행은 해외지점 및 해외현지법인에 직원을 파견하여 고객에게 양질의 금융서비스를 제공하도록 하고 있고, 쟁점해외파견직원은 해외 파견기간이 종료되면 OOO은행에 복귀하여 계속 근무하게 된다. 이때, 해외현지법인 파견직원은 주재원으로 파견된 기간에도 OOO은행의 글로벌사업본부 소속 정직원으로 그 지위가 유지되고, 급여 및 복리후생비 등은 전액 해외현지법인에서 지급하고 있다.

(나) OOO은행의 퇴직급여제도는 다음과 같다.

1) OOO은행은 퇴직급여법에 따라 근로자의 안정적인 노후생활에 이바지하기 위하여 노동조합의 동의를 받아 퇴직급여제도를 설정·운영하고 있다.

2) OOO은행 퇴직급여규정 제5조 제1항에서 퇴직급여 지급액 계산의 근거가 되는 근속기간을 “휴직기간 및 정직기간을 포함하여 입행한 날로부터 퇴직한 날까지의 기간”으로 정하고 있고, 제한적인 경우에만 근속기간에서 제외하도록 규정하고 있는데, 그 내용은 다음과 같고, 쟁점해외파견직원의 경우에도 그 파견기간을 근속연수에 포함하고 있다.

OOO

(다) 청구법인이 쟁점퇴직급여충당금전입액을 익금산입(기타사외유출)로 소득처분하여 2013사업연도 법인세 신고를 하게 된 경위에 대해 OOO지방국세청장의 2013년 청구법인에 대한 세무조사 당시 해외현지법인 파견직원의 2008～2012사업연도 퇴직급여충당금전입액 발생분 OOO원을 손금불산입하여 과세한 방법대로 산정하였고, 이에 대해서 별도 불복제기는 없었다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점퇴직급여충당금전입액을 익금산입금액에서 제외하여야 한다는 청구법인 경정청구를 거부한 처분이 정당하다는 의견이나,

쟁점해외파견직원은 해외현지법인 파견기간 동안 OOO은행 본사 소속으로서 고용계약이 유지되므로 해당 기간 동안 증가되는 쟁점해외파견직원들에 대한 퇴직금에 대한 지급의무는 OOO은행 내부 퇴직급여지급규정에 따라 OOO은행에 있는 점, 통상 해외현지법인 소재 국가의 고용관계에 따른 퇴직금 지급 제도가 우리나라와 상이하므로 쟁점해외파견직원의 파견기간 동안 증가되는 퇴직금을 해외현지법인이 부담하는 경우 세무상 손금으로 인정받을 수 있는지 여부도 불분명한 점, OOO은행 소속 직원의 해외현지법인 파견시 직접적인 현지법인 업무 외에도 본사와의 유관업무도 일부 수행하고 있고, 해외현지법인 파견은 OOO은행의 인사관리상 소속 직원의 글로벌 직무능력 향상 등의 효과도 있는 등 파견기간 동안 청구법인 업무와 무관한 업무만 수행하는 것으로 단정하기도 어려운 점, OOO은행은 2013사업연도 법인세 신고시 퇴직급여충당금 전입액 손금산입 한도액 초과로 각 사업연도 소득금액 계산상 손금에 반영된 금액이 없는데도 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액 상당액을 익금산입하는 것은 불합리한 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가) 기획재정부가 발간한 ‘간추린 개정세법’상 연구 및 인력개발비 세액공제 개정내용 관련 주요내용은 아래와 같다.

OOO

2) 2010 간추린 개정세법

OOO

3) 2011 간추린 개정세법

OOO

4) ‘2010 간추린 개정세법 설명자료’의 내용은 아래와 같다.

OOO

(나) 기획재정부장관은 국세청장에 대한 질의회신OOO에서 “조특법 시행령 [별표 6]의 ERP 등이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 ERP 및 이와 유사한 설비를 의미하는 것”이라고 답변하였다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 시행령 [별표 6]에서 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하고 있는 점, 쟁점차세대시스템은 신규사업 진출 등 핵심 사업라인의 다각화, 영업 네트워크 기반 확대 등을 지원하기 위해 기존 시스템을 고도화 한 것이므로 이는 본질적인 속성에서 전사적 기업자원 관리설비 등과 유사한 것으로 보이는 점, 입법자는 본질적인 속성에서 차이가 없는 유사시스템에 대한 위탁비용도 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하기 위하여 “전사적 기업자원 관리설비 등”으로 규정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점위탁비용을 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

＜쟁점① : 보증기관 대위변제금의 원리금 충당 순서 관련＞

(1) 법인세법 시행규칙

제56조【원천징수대상 이자소득금액의 계산】법 제73조 및 제73조의2를 적용할 때 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는

「소득세법 시행령」제51조

제7항의 규정을 준용한다.

(2) 소득세법 시행령

제51조【총수입금액의 계산】⑦ 법 제16조 제1항 제11호에 따른 비영업대금의 이익의 총수입금액을 계산할 때 해당 과세기간에 발생한 비영업대금의 이익에 대하여 법 제70조에 따른 과세표준확정신고 전에 해당 비영업대금이

「법인세법 시행령」제19조의2

제1항 제8호에 따른 채권에 해당하여 채무자 또는 제3자로부터 원금 및 이자의 전부 또는 일부를 회수할 수 없는 경우에는 회수한 금액에서 원금을 먼저 차감하여 계산한다. 이 경우 회수한 금액이 원금에 미달하는 때에는 총수입금액은 이를 없는 것으로 한다.

(3) 민법

제479조【비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서】⑦ 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

＜쟁점② : 수입배당금 익금불산입 적용 여부＞

(1) 법인세법

제18조의3【수입배당금의 익금불산입】① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2를 적용받는 수입배당금액은 제외한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식총수 또는 출자총액 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.

2. 내국법인이 제1호에서 정한 비율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액

3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호를 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액

② 제1항은 제18조의2 제2항 각 호에 따른 수입배당금액에 대하여는 적용하지 아니한다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 출자 비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제5조【신탁소득】① 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자(수익자가 특정되지 아니하거나 존재하지 아니하는 경우에는 그 신탁의 위탁자 또는 그 상속인)가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다.

②「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 법인의 신탁재산(같은 법 제251조 제1항에 따른 보험회사의 특별계정은 제외한다. 이하 같다)에 귀속되는 수입과 지출은 그 법인에 귀속되는 수입과 지출로 보지 아니한다.

＜쟁점③ : 쟁점헤외파견직원 퇴직급여충당금적립액 관련＞

(1) 법인세법

제33조【퇴직급여충당금의 손금산입】① 내국법인이 각 사업연도에 임원이나 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 임원이나 사용인에게 퇴직금을 지급하는 경우에는 그 퇴직급여충당금에서 먼저 지급하여야 한다.

③ 제1항에 따라 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 합병 또는 분할한 경우 그 법인의 합병등기일이나 분할등기일 현재의 해당 퇴직급여충당금 중 합병법인ㆍ분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 “합병법인 등”이라 한다)에 인계한 금액은 그 합병법인등이 합병등기일이나 분할등기일에 가지고 있는 퇴직급여충당금으로 본다.

④ 사업자가 그 사업을 내국법인에게 포괄적으로 양도하는 경우에 관하여는 제3항을 준용한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 퇴직급여충당금에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 퇴직급여충당금의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제44조의2【퇴직보험료 등의 손금불산입】① 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직급여를 지급하기 위하여 불입하거나 부담하는 보험료ㆍ부금 또는 부담금(이하 이 조에서 “보험료등”이라 한다) 중 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 손금에 산입하는 것 외의 보험료 등은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직을 퇴직급여의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 수급자로 하는 연금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 “퇴직연금 등”이라 한다)의 부담금으로서 지출하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

③ 제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등(

「근로자퇴직급여 보장법」제13조

에 따른 확정기여형 퇴직연금, 같은 법 제25조에 따른 개인형퇴직연금제도 및「과학기술인공제회법」에 따른 퇴직연금 중 확정기여형 퇴직연금에 해당하는 것을 말한다. 이하 같다)의 부담금은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 부담금은 법인이 퇴직 시까지 부담한 부담금의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입 한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입 한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다.

④ 제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등의 부담금을 제외한 금액은 제1호 및 제1호의 2의 금액 중 큰 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입하며, 둘 이상의 부담금이 있는 경우에는 먼저 계약이 체결된 퇴직연금등의 부담금부터 손금에 산입한다.

1. 해당 사업연도종료일 현재 재직하는 임원 또는 사용인(확정기여형 퇴직연금 등이 설정된 사람은 제외한다)의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액(제44조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다)에서 해당 사업연도종료일 현재의 퇴직급여충당금을 공제한 금액에 상당하는 연금에 대한 부담금

1의2.

「근로자퇴직급여 보장법」제16조

제1항 제1호에 따른 금액에서 해당 사업연도 종료일 현재의 퇴직급여충당금을 공제한 금액에 상당하는 연금에 대한 부담금

2. 직전 사업연도종료일까지 지급한 부담금

⑤ 제2항에 따라 부담금을 손금에 산입한 법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 퇴직연금부담금조정명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제60조【퇴직급여충당금의 손금산입】① 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 퇴직급여의 지급대상이 되는 임원 또는 사용인(확정기여형 퇴직연금등이 설정된 자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에게 해당 사업연도에 지급한 총급여액(제44조 제4항 제2호에 따른 총급여액을 말한다)의 100분의 5에 상당하는 금액을 말한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입하는 퇴직급여충당금의 누적액은 해당 사업연도종료일 현재 재직하는 임원 또는 사용인의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액과

「근로자퇴직급여 보장법」 제16조

제1항 제1호에 따른 금액 중 큰 금액(제44조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다)에 다음 각 호의 비율을 곱한 금액을 한도로 한다.

1. 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 30

2. 2011년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 25

3. 2012년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 20

4. 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 15

5. 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 10

6. 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 5

7. 2016년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 : 100분의 0

③ 제2항 각 호의 한도 내에서 손금에 산입한 퇴직급여충당금의 누적액에서 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도 중 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직금을 뺀 금액이 제2항에 따른 추계액에 같은 항 각 호의 비율을 곱한 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액은 익금으로 환입하지 아니한다.

④ 내국법인이 「국민연금법」에 의한 퇴직금전환금으로 계상한 금액은 제2항의 규정에 불구하고 이를 손금에 산입하는 퇴직급여충당금의 누적액의 한도액에 가산한다.

⑤ 법 제33조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 퇴직급여충당금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

＜쟁점④ : 쟁점위탁개발비의 연구인력개발비 세액공제 관련＞

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것)

제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】①내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제

4. 삭제

5. 삭제

6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "공급망관리 시스템설비"라 한다)

7. 고객자료의 통합·분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "고객관계관리 시스템설비"라 한다)

8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

9. 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24271호로 개정된 것)

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

[별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)