조심 2014전2261 (2014.09.30)

OOO이 2014.1.9. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO의 각 부과처분은, 2006년부터 2012년까지 청구법인이 지출한 연구소인건비 OOO을 「조세특례제한법」제10조 제1항의 연구.인력개발비 세액공제 대상으로 하고, 2008년부터 2012년까지의 여비교통비 OOO, 동 기간의 복리후생비 OOO 및 차량유지비 OOO을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 소스류 등 조미식품을 제조하는 법인으로서, OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.10.17. 청구법인에 대한 2010사업연도 법인세 정기조사를 실시하여, 청구법인이 연구전담업무를 하지 않는 임직원에 대한 2006～2012사업연도 인건비 OOO(이하 “쟁점연구인력개발비”라 한다)을 연구인력개발비세액공제시 반영한 것으로 보아 연구인력개발비세액공제를 배제하고, 청구법인이 2008～2012사업연도에 여비교통비, 복리후생비, 차량유지비 등으로 처리한 OOO(이하 “쟁점경비”라 한다)을 접대성경비로 보아 이를 손금불산입하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였다. 나. 처분청은 이에 따라 2014.1.9. 청구법인에 대해 2010～2012사업연도 법인세 합계 OOO과 농어촌특별세 합계 OOO을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 세무조사 당시에 제출한 청구법인의 확인서는 세무업무가 미숙한 직원이 잘못 작성한 확인서로서 처분청이 이를 과세의 근거로 삼는 것은 부당하며, 청구법인의 쟁점연구인력개발비는 실제 신상품 등의 연구개발을 위한 활동에 대하여 지급된 인건비임에도 불구하고 연구원이 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 업무를 수행한 것에 대하여 연구 외 일반업무를 겸직한 것으로 보아 이에 대한 연구인력개발비세액공제를 배제한 것은 부당하며, 청구법인의 쟁점경비는 실제 사업과 관련된 지출액으로서 접대성경비에 해당하지 않으므로 이에 대한 처분청의 손금불산입 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 업무분장표상 연구관리팀 직원의 업무에 일상업무인 “OEM제품점검”이 포함되어 있는 점, 연구소장인 임원들이 OEM제품점검 업무 부서를 관리하였고 연구실적 관련 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인이 연구개발과제 수행의 근거로 제시하는 기업부설연구소인정서 및 연구개발활동조사표는 「조세특례제한법」 제10조 의 연구인력개발비세액공제에 준용할 수 없는 점 등을 종합하면 쟁점연구인력개발비는 세액공제에서 배제하는 것이 타당하며, 쟁점경비가 접대성경비에 해당함은 세무조사 당시 청구법인 스스로 확인서를 통해 인정하였으므로 이를 손금불산입한 당초 처분은 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 연구소의 연구원이 연구전담인력으로 근무한 것으로 보아 쟁점연구인력개발비를 세액공제대상으로 인정할 수 있는지 여부 ② 쟁점경비를 손금산입할 수 있는 경비로 인정할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제10조 (연구.인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구.인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당과세연도에 발생한 연구.인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구.인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당과세연도에 발생한 연구.인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기억 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구.인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구.인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당과세연도에 발생한 연구.인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구.개발비외의 연구.인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구.인력개발비 외의 연구.인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 해당하는 금액 (2) 기술개발촉진법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료.제품.장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다. (3) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 (기업부설연구소의 신고 등) ② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호의 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. ③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다. 제8조(기업의 연구개발전담부서의 신고 등) ① 영 제15조 제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서를 신고하려는 자는 별지 제8호의2 서식의 연구개발전담부서 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. ② 협회장은 제1항에 따른 신고를 받고 연구개발전담부서로 인정한 때에는 별지 제8호의3 서식의 연구개발전담부서인정서를 교부하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 식품 첨가물인 드레싱류, 소스류 등 조미식품 제조업체로 1998.1.24. 개업하여, 2005년 3월 현 사업장인 OOO로 공장 및 본사를 이전하여 2012년 6월 제2공장 인수하는 등 지속 투자 및 영업중이며, 2012.12.31. 현재 임직원 정원은 150명(계약직 5명 포함, 연구소 15명)으로 확인된다. (나) 청구법인은 2005.9.23.(인정일자 기준) 기업부설연구소를 설립하였고, 연구소 소속 직원들은 「조세특례제한법 시행규칙」 제6조 제1항의 규정에 따라 연구개발전담부서에 근무하는 것으로 과학기술부 장관에게 신고하였으며, 연구개발 관련 인건비를 지급받은 직원명세는 2006～2012년 연구소 조직도상으로 확인되며, 연구소는 개발팀(4～5명), 연구팀(4～5명), 연구관리팀(4～5명)으로 구성되어 있다. (다) 청구법인의 전체 연구인력개발비 지급현황은 다음 ＜표1＞과 같으며, 처분청은 연구소장의 업무관리 범위에 연구관리팀(OEM제품점검 업무 수행부서)이 포함되고, 일부 연구소장의 재임기간이 중복되는 점 등을 이유로 해당 인건비를 공제대상에서 제외OOO하고, 연구관리팀 소속 연구원 12명(2008년～2012년)에 대하여 OEM제품 등의 생산공정을 겸직한다는 이유로 해당 인건비를 연구인력비 공제대상에서 제외OOO하였다. ＜표1＞ 청구법인 연구인력개발비 지급현황 (라) 연구소장이었던 OOO은 연구소를 총괄하는 업무를 담당한 사실이 확인되나, OOO은 업무기간이 중복(2007.8.1.～2008.6.10.)되며, OOO에 보고하는 연구개발인력현황의 인력현황(연구전담요원, 보조요원, 관리직원)에서 연구소장은 제외(명단상 연구소장으로만 보고)되어 있고, 청구법인은 2012.6.1.부터 현재까지 연구소장으로 근무중인 유OOO에 대해서는 연구인력개발비세액공제 대상에서 제외하여 법인세를 신고하였다. (마) 주요업무현황표상 업무분장은 다음 ＜표2＞와 같으며, 청구법인은 세무조사당시 제출한 업무분장표에서, 연구관리팀 업무에 OEM제품점검을 포함(연구관리성과지표로 설정하여 지속 관리)하였으나, 심판청구 단계에서 제출한 자료에서는 OEM제품점검을 삭제하였다. ＜표2＞ 청구법인 연구소 업무분장 (바) 연도별 직접제조판매 및 위탁생산판매비중표에 의하면 OEM(위탁생산)제품 비중은 12～26%에 해당하는 것으로 확인된다. ＜표3＞ 위탁생산 제품 비중(매출 기준) (사) 청구법인은 세무조사 과정에서 쟁점연구인력개발비와 관련하여 아래 내용의 확인서를 제출하였으나, 심판청구과정에서 이를 부정하고, 연구관리팀(OEM제품점검 업무 수행부서)이 연구개발업무에 참여하였다는 증빙으로서 연구관리팀 구성원의 결재 등이 포함된 신제품 개발 및 연구관련 서류를 제출하였고, OEM제품의 생산과 관련된 일반적인 점검 등은 다른 부서(품질팀)에서 하였음을 입증하기 위해 품질팀의 OEM제품에 대한 제품검사일지 등의 서류를 제출하였다. (아) 청구법인의 사업연도별 여비교통비.복리후생비.차량유지비 현황은 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 여비교통비.복리후생비.차량유지비 현황 (자) 청구법인은 세무조사 과정에서 쟁점경비와 관련하여 아래와 같은 내용의 확인서를 제출하였으나, 심판청구과정에서 이를 부정하고, 위 쟁점경비가 접대성경비가 아닌 일반 판매관리비 등에 해당한다는 증빙으로서 계정리스트, 대체전표, 지출결의서, invoice, 관련공문, 카드이용명세서(사용처 표시) 등의 사본을 제출하였다. (3) 청구법인의 주장은 다음과 같다. (가) 쟁점연구인력개발비 및 쟁점경비와 관련한 확인서는 세무조사 당시 입사 3개월차에 불과한 직원OOO이 대표이사 결재 없이 독단적으로 서명날인하여 제출한 것으로서, 세무조사 과정에서 관련 지식이 부족하여 사실과 다른 확인서를 제출한 것에 불과하며, 쟁점연구인력개발비와 쟁점경비와 관련된 실제 증빙과 대조하면 허위의 확인서임이 확인된다. (나) 연구개발과 관련한 견적서, 발주업체와의 이메일내역, 계약검토서, 원가산출요청서, 배합비, 공정지시서, 원산지 통보서 등의 내용상 연구개발을 통한 시제품 생산과정 일체가 확인되는바, 이는 연구소의 연구실적으로 보아야 하며, 해당 결재서류 등에 서명한 직원 성명을 확인하면 연구업무에 연구관리팀이 참여하고 있음이 확인된다. (다) 처분청은 연구관리팀이 수행한 OEM제품점검 업무는 세액공제의 대상이 되는 연구개발과는 무관한 것이라고 판단하고 있으나, OEM제품점검은 OEM 제품개발을 위해 주문업체와 함께 제품의 레시피 배합 등을 변경[ODM(Original development manufacturing : 하청업체가 제품의 개발과 생산을 모두 담당하는 방식) 제품개발 포함]하고 그 시제품을 점검하는 업무를 의미하는바 이는 연구개발에 해당하며, 최종 완성제품의 점검은 별도의 품질팀에서 수행하고 있으므로 연구관리팀은 연구개발과 관련한 업무를 수행하고 있는 것이다. (라) 전 연구소장 재임기간(2007.8.1.～2008.6.10.)이 일부 중복된 것은 강OOO(2003.9.1.～2008.6.30.)이 연구소장으로 재직하던 중 신규사업인 OOO 분야에 진입하기 위해 김OOO(2007.8.1.～2008.6.10.)을 연구이사로 영입하였기 때문이며, 현 연구소장인 유OOO 상무를 연구인력개발비 대상에서 제외한 이유는 영업팀 책임자로서 겸임하여 업무를 맡고 있기 때문이므로 이는 쟁점연구인력개발비에 대한 세액공제 배제의 근거가 될 수 없다. (마) 쟁점경비는 여비교통비, 복리후생비, 차량유지비로서 모든 지출내역마다 관련 증빙이 온전히 구비되어 있음에도 불구하고, 쟁점경비를 접대성경비로 보아 손금불산입한 것은 세무지식이 부족한 담당자의 잘못된 확인서에서 비롯된 것이므로, 이에 대한 과세는 부당하다. (4) 처분청은 이와 같은 청구법인의 주장에 대하여, 청구법인이 세무조사 당시 연구관리팀의 업무에 OEM제품점검이 포함된 업무분장표를 제출하였으나 심판청구 과정에서 이 부분을 고의로 삭제하여 제출한 점, 청구법인이 연구개발의 근거로 제시하는 기업부설연구소인정서 및 연구개발활동조사표는 엄격히 적용해야할 「조세특례제한법」 제10조 의 연구인력개발비세액공제에 준용하기 어려운 점, 납세자가 스스로 과세요건의 성립사실을 자인하는 내용의 확인서는 특별한 사정이 없는 한 그 증거가치를 부인할 수 없는 점 등을 고려하면, 쟁점연구인력개발비의 세액공제를 부인하고 쟁점경비를 손금불산입하여 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점①과 관련하여, 청구법인은 2005년 부설연구소를 설립하여 연구원들을 「조세특례제한법 시행규칙」에 따라 연구개발전담부서에 근무하는 것으로 신고한 사실이 확인되는 점, 청구법인은 연구개발 관련자료를 보유하고 있으며 연구관리팀이 이에 참여한 것으로 확인되는 점, 거주자가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 「조세특례제한법 시행령」상 연구 및 인력개발비용에 해당되는 것이며, 기술개발은 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다고 보아야 하는바, 청구법인 연구관리팀의 OEM제품 개발 및 점검업무를 이와 달리 볼 이유가 없는 점 등에 비추어 쟁점연구인력개발비는 「조세특례제한법」 제10조 에 따라 세액공제의 대상이 되는 연구.인력개발비로 판단되며, 쟁점②와 관련하여, 쟁점경비는 여비교통비, 복리후생비, 차량유지비로서 관련 증빙이 구비되어 있는 점, 청구법인 세무조사 담당자가 작성한 확인서는 전문지식 부족 및 세무조사기간 연장가능성에 대한 압박 등으로 인해 잘못 작성되어진 것이라는 청구법인의 주장에 신빙성이 있는 점 등에 비추어 쟁점경비를 접대성경비로 보아 손금불산입하여 한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.