조심 2022인5863 (2022.10.20)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 AAA이라는 상호로 주택신축판매업을 영위하기 위하여 2017.1.11. 면세사업자로 등록하였으며, 2017.12.14. OOO(오피스텔, 이하 “이 건 오피스텔”이라 한다)와 공동주택 8세대(국민주택 규모 이하의 연립주택, 지하 2층 및 지상 11층)의 건축물을 신축하여 2018~2019년 중에 분양하고, 그 분양수입금액을 면세수입금액으로 신고하였다(부가가치세는 무신고함). 나. 처분청은 OOO청장이 종합감사를 실시하고 이 건 오피스텔의 분양수입금액 중 건물분에 대하여 부가가치세를 과세하도록 처분지시하자, 2021.7.2. 청구인을 과세사업자로 직권등록한 다음, 2021.11.1. 청구인에게 2018년 제1기～2019년 제2기 부가가치세를 결정?고지하였다. 다. 청구인은 부가가치세가 과세되자, 2017년 제1기 및 제2기에 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서의 매입세액 OOO원, OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 2021.8.6. 부가가치세 2017년 제1기분 OOO원 및 2017년 제2기분 OOO원의 환급을 청구하는 기한후 신고를 하였으며, 처분청은 2022.1.17. 이를 거부하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 이 건 오피스텔을 면세대상으로 신뢰하여 면세사업자로 사업자등록을 하였으므로, 처분청은 신뢰보호의 원칙에 따라 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정이 있기전까지 수취한 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다. (가) 이 건 오피스텔은 처음부터 방, 주방, 거실, 욕실, 바닥 난방시설 등을 갖춘 주거용으로 설계·건축되어 분양되었고, 입주자들도 주거용으로 사용하여 실질적으로 주택에 해당한다. 따라서 청구인은 2017년에 사업자등록을 하였고, 그 무렵 조세심판원은 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호의 적용에 있어 실질적으로 주택으로 사용되는 오피스텔에 대하여 면세대상으로 판단하였다(조심 2015중5668, 2016.3.9. 등). 최근 2021년 1월 대법원 판결이 있기 전까지 법원은 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호의 적용에 있어 실질적으로 주택으로 사용되는 오피스텔에 대하여 면세대상으로 판단하였다(서울고등법원 2018누77441, 2020.6.18. 및 인천지방법원 2018구합53713, 2020.8.21. 판결 등). (나) 신뢰보호 원칙이 성립하기 위해서는 먼저 신뢰의 대상이라 할 수 있는 선행조치가 있어야 한다. 선행조치란 행정청의 공적 견해표명을 의미하는데 이에 대한 입증은 신뢰이익을 주장하는 개인에게 책임이 있다. 공적 견해표명에 대한 신뢰는 보호가치가 있어야 하며 개인에게는 신뢰를 한 데에 귀책사유가 없어야 한다. 또한 개인의 신뢰는 단순히 내적인 의사에 그쳐서는 안 되고 특정한 행위로 나아가야 한다. 행정기관은 개인의 신뢰에 반하는 행정작용을 하고, 행정기관의 선행조치와 개인의 신뢰, 신뢰를 기반으로 행한 개인의 행위 사이에는 상당한 인과관계가 있어야 한다고 보면, 행정기관인 조세심판원은 2015.11.25. 조심 2015중4669 사건을 결정하면서 “쟁점오피스텔은 부가가치세 면제 대상인 국민주택 규모 이하의 주택에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.”라고 판단하였다. ㆍㆍㆍ (다) 청구인은 이 건 오피스텔을 국가기관의 결정에 따라 면세사업자로 사업자등록을 한 후에 납세자로서 성실히 의무를 수행하였다. 청구인은 면세사업자로 이 건 오피스텔을 건축.분양하면서 모든 거래관계에 있어 매입세금계산서를 수수하였고, 사업자현황 신고를 하면서 매입처별세금계산서 합계표를 제출하였다. 처분청은 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정에 따라 청구인에게 소급하여 오피스텔 분양에 대하여 부가가치세를 과세하였다. 따라서 처분청이 과세사업자로 소급적용함에 따라 2017.12.20. 심판관합동회의 이전에 매출에 대응하여 청구인이 성실하게 수취한 매입세금계산서에 대하여도 매입세액공제를 소급하여 적용함이 신의성실의 원칙에 따라 적정하다고 판단된다. (2) 청구인은 이 건 오피스텔을 조세심판원이 면세대상으로 결정한 내용을 신뢰하여 면세사업자로 사업자등록을 하였으므로 선의의 피해자에 해당한다. (가) 「부가가치세법」에서 사업자등록 전의 매입세액을 불공제하는 취지는 사업자등록을 하기 전의 매입은 사업과 관련이 없을 개연성이 농후하기 때문에 불공제하는 것인데(그래서 준비기간에 해당되는 매입세액은 공제가 가능하도록 정함), 쟁점매입세액 중 사업과 관련이 없는 것은 없다. 물론 과세사업자임에도 납세자의 과실로 면세사업자로 사업자등록을 했다면 이때 받은 세금계산서는 공제하지 아니함이 타당하나, 청구인은 행정기관인 조세심판원의 결정(조심 2015중4669, 2015.11.25.)을 신뢰하였고, 과세관청도 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정이 있기까지는 오피스텔이 부가가치세 과세대상인지에 대하여 혼란이 있었으므로 쟁점매입세액을 불공제하는 것은 부당하며, 과세관청이 납세자를 과세사업자로 직권등록하는 것은 납세자의 의사와 무관한 것이므로 그 이전에 발생한 매입세액을 불공제하는 것 또한 이치에 맞지 않는다. (나) 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호가 적용되는 건축물이 되기 위해서는 대법원(1993.8.24. 선고 93누7075 판결, 1996.10.11. 선고 96두8785 판결)에 따르면 ‘당초부터 주택의 용도로 적법하게 사용할 수 있는 건축허가를 받아 건축되어 불법개조나 용도변경 없이 실질적 의미의 주택으로 사용되는 건축물’에 해당하여야 하는바, 이 건 오피스텔은 주택으로 적법하게 사용할 수 있도록 한 시책에 따라 건축.분양된 것이고, 청구인은 이 건 오피스텔에 대하여 건축허가를 받아 건축하고 분양함에 있어서 불법행위를 하지 않았으며, 이 건 오피스텔은 그와 같이 불법행위를 하지 않더라도 실질적인 주택의 용도로 사용될 수 있게 건축되어 주택에 해당하므로 청구인은 행정기관인 조세심판원의 결정을 신뢰하였고, 면세사업자로써 납세의무를 성실히 수행하였다. 따라서 처분청은 “단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과세할 수 없다”고 판시한 대법원의 판례에 비추어(2002.8.23. 선고 2002두66 판결), 그 동안 이 건의 쟁점과 유사한 ‘공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부’에 대하여 납세자와 과세관청 간에 세법해석 상 견해의 대립이 있었고, 이러한 견해의 대립이 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것이어서 조세심판원도 위 면세적용 여부에 대한 결정이 엇갈리다가, 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정으로 ‘오피스텔의 공급이 위 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 판단한 점 등으로 볼때, 청구인이 위 조세심판관합동회의의 결정이 있기 전인 2017년 제1기 및 2017년 2기 부가가치세 과세기간에 이 건 오피스텔을 공급한 후 오피스텔을 국민주택으로 인정한 심판결정례를 신뢰하여 면세사업자로 사업자등록을 발급받아 납세의무를 성실히 수행한 행위에 대하여 청구인의 책임이 있다고 보기는 어렵다(조심 2019인4190, 2020.1.29.). 이는 심판결정례를 인용해 보더라도 청구인은 국가기관의 책임 있는 결정을 신뢰하여 면세사업자 사업자등록을 교부받았고, 그에 따른 납세의무를 성실히 수행하였으므로 처분청이 일반과세자로 사업자등록을 하지 않았다는 것을 터잡아 기한후 신고를 거부통지한 것은 신뢰보호의 원칙 뿐만 아니라 청구인은 국가기관의 결정에 의한 선의의 피해자에 해당한다. 따라서 2017년 제1기 및 2017년 제2기 부가가치세 기한후 신고를 거부한 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 면세사업자등록증 발급 여부와 관계 없이 사업의 실질에 따라 납세자의 신고·납부의무가 존재한다. 청구인은 사업자등록증을 면세사업자로 발급한 세무서에 귀책사유가 있어 신의성실의 원칙이 적용되어야 한다고 주장하나, 청구인이 ‘법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서’를 제출하였음을 언급하지 않더라도 부가가치세 납세의무는 사업자등록의 여부나 어떠한 유형의 사업자등록을 하였는지에 따라 결정되는 것이 아니라 사업자가 실제로 하게 된 사업이나 거래의 내용에 따라 결정되고 신고납세 방식인 부가가치세의 경우 1차적으로 사업자가 자신의 사업이 과세거래인지 면세거래인지 판단하여 부가가치세를 신고·납부하여야 할 의무가 있으므로 사업자가 재화나 용역을 공급하면서 상대방으로부터 부가가치세를 거래징수 할 것인지 여부도 사업자등록 여부나 종류와 관계없이 사업자 스스로 판단해야 하며(대법원 2008.4.10. 선고 2005다48994 판결 등), 부가가치세의 과세사업(오피스텔 신축분양)과 면세사업(국민주택규모 이하 주택 분양)을 겸업하는 사업자인 과·면세 겸업자가 처음에 면세사업자로 사업자등록번호를 발급받은 경우 사업자등록 정정신고서 제출 등을 통해 과세사업을 추가하여 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고를 이행할 수 있으므로 청구인이 제출한 ‘법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서’에 의거 처분청이 면세사업자 등록번호를 발급해주었다는 사실이 청구인의 과세사업자 미등록을 정당화 할 수는 없다. (2) 면세사업자번호로 받은 매입세액은 ‘등록 전 매입’으로 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없다. 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호는 “제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제8조 제1항의 사업자등록 의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은 법 제39조 제1항 제8호의 ‘제8조에 따른 등록’이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이며, 사업자가 ‘면세사업자용’이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 같은 법 제8조에 따른 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로 면세사업자로 사업자 등록을 하고 있던 기간에 발생한 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호의 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결 등). 또한 청구인이 제출한 매입처별 세금계산서합계표상의 사업자번호가 면세사업자용 고유번호인 점, 공급받는 자의 등록번호는 세금계산서의 필요적 기재사항으로서 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것인 점, 매입세액을 매출세액에서 공제하기 위해서는 공급받는 자의 등록번호를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있을 것을 전제로 하고 있는 점(대법원 2019.11.7. 선고 2019서2451 판결 등 다수) 등에 비추어 면세사업자번호로 수취한 세금계산서는 매입세액 공제할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 신의성실의 원칙에 따라 조세심판관합동회의(2017.12.20.) 결정이 있기 전까지의 매입세액인 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제5조(과세기간) ① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다. 2. 일반과세자

② 신규로 사업을 시작하는 자에 대한 최초의 과세기간은 사업 개시일부터 그 날이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다. 다만, 제8조 제1항 단서에 따라 사업개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청한 날부터 그 신청일이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다. 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. (2) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 주택신축판매업을 영위할 목적으로 2017.1.17. 다음과 같이 면세사업자로 사업자등록을 하였다. ㆍㆍㆍ (2) 매입처별 전자세금계산서 합계표 명세목록에 의하면, 청구인은 면세사업자 등록번호(556-96-0****)로 2017년 제1기에 공급가액 OOO원(매입세액 OOO원), 2017년 제2기에 공급가액 OOO원(매입세액 OOO원)의 매입세금계산서를 각각 발급받은 것으로 나타난다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 신뢰보호의 원칙에 따라 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제8조 제1항은 사업자가 사업을 개시한 경우에는 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는바, 「부가가치세법」 상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하려고 하는데 입법 취지가 있는 것으로서, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할 세무서장에게 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서 교부행위에 불과하며, 「부가가치세법」 제8조 제1항에서의 사업자등록의무는 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자에게 있고 면세사업자는 사업자등록의무가 없으므로 여기서 말하는 사업자등록이란 과세사업자의 사업자등록만을 의미한다고 보아야 하고, 따라서 사업자가 과세 또는 면세 사업을 영위하였는지 여부를 불문하고 면세사업자로 등록한 경우에는 동 규정의 사업자등록을 한 것이라고 볼 수는 없으므로, 쟁점매입세액은 사업자등록 전 매입세액에 해당하므로 공제대상으로 보기는 어려운 점, 과세관청에 대한 신의칙 적용의 요건은 ① 과세관청이 납세자에게 공적인 견해표명을 하였을 것, ② 납세자가 그 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 신뢰에 기한 어떤 행위를 하였을 것, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 하여 납세자의 이익이 침해되었을 것 등인데, ①의 요건과 관련하여, 과세관청이 납세자의 신고를 이의 없이 시인한 것만으로는 공적인 견해표명이 있었다고 볼 수 없고, 과세관청이 오피스텔에 대하여 부가가치세 면제대상이라는 공적인 견해를 표명한 사실도 달리 확인되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.