조심 2021인2790 (2022.10.19)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1986.10.1. 개업하여, OOO에서 동관 이음쇠를 제조하는 법인이다. 나. 청구법인과 청구법인의 최대주주 AAA 등은 2016.2.12. BBB(이하 “BBB”라 한다)와 청구법인이 보유한 자기주식 146,998주와 청구법인의 주주 AAA 등이 보유한 청구법인 발행 주식 33,002주를 OOO원에 매각하는 SHARE PURCHASE AGREEMENT(이하 “SPA계약”이라 한다)를 체결하고, SPA계약 부속약정(Schedule 7. Non-Core Assets Subject to Divesture Prior to Closing)에 따라 주식 매각 전 청구법인 비영업부문 자산(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 분할하기로 약정하였다. 다. 청구법인은 2016.4.12. 쟁점자산을 분할할 목적으로 CCC 주식회사(이하 “분할신설법인”이라 한다)를 비적격 인적분할하여 신설하고, 분할신설법인에게 쟁점자산을 OOO원으로 평가하여양도(현물출자)하면서 쟁점자산 양도대가로 분할신설법인 발행 주식 30,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원으로 평가하여 인수한 후 분할신설법인의 주주에게 배정하였으며, 위 분할에 따른 양도손실 OOO원을 분할차손으로 계상한 후, 분할신설법인의 사업 영위기간을 분할 전 청구법인의 사업개시일인 1986.10.1.로 보아 쟁점자산 양도대가로 인수한 쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조 제1항의 규정에 의하여 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3대 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하였다. 라. 청구법인은 2016.4.13. 특수관계에 있는 DDD 주식회사(이하 “DDD”이라 한다)와 쟁점주식 중 청구법인 배정분 14,700주(이하 “쟁점주식 중 자기 배정분”이라 한다)를 쟁점주식 1주당 청구법인이 분할신설법인으로부터 쟁점주식을 인수할 당시와 동일하게 평가(순자산가치와 순손익가치의 가중평균)하여 OOO원에 양도하는 내용의 계약을 체결한 후, 2016.4.30. DDD에게 이를 양도하였는데, 이후 DDD은 2016.6.30. 분할신설법인을 흡수합병하였다. 마. OOO청장은 2020.7.6.~2020.9.17. 기간 동안 청구법인에 대한 법인사업자 통합조사(대상기간 : 2014~2018사업연도, 이하 “이 건 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점자산 양도대가로 인수한 쟁점주식의 취득가액을 OOO원에서 OOO원으로 경정하였고, 특수관계인인 DDD에게 양도한 쟁점주식 중 자기배정분에 대하여 「법인세법」제52조 에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 그 양도가액을 OOO원에서 OOO원으로 경정하는 내용으로 처분청에 자료통보를 하였으며, 처분청은 2021.1.8. 청구법인에게 2016년 4월분 증권거래세 OOO원, 2017~2018사업연도 법인세 OOO원(2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원) 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다(이하 “이 건 처분”이라 한다). 바. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 분할신설법인의 비상장주식 평가와 관련하여, 사업영위기간을 분할 전 청구법인의 사업개시일부터 기산하여야 하고, 이와 달리 본다면 신의성실 원칙에 위배되므로, 이 건 처분은 부당하다. (가) 「상법」제530조의10 에 따르면, 적격분할, 비적격분할을 구분하지 않고 분할신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계약에서 정하는 바에 따라 승계한다. (나) 분할신설법인의 주식 평가기준일(2016.4.30.) 현재 관계법령인 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목, 같은 법 시행령 제54조 제1항, 「법인세법」제46조 제1항 및 관계 예규인 “서면상속증여 2015-1201, 2015.8.10.)에 의하면, 적격 인적분할, 비적격 인적분할 구분 없이 인적분할(물적분할 제외)시 분할신설법인의 사업영위기간은 분할법인의 사업개시일부터 기산한다고 규정하고 있다. (다) 분할신설법인의 주식평가 기준일은 2016.4.30.이고, 개정 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후단 신설 규정은 2017.2.7. 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용하므로, 분할신설법인의 주식평가에는 개정 상증세법령 제54조 제4항 제2호 후단 신설 규정이 적용될 수 없다. (라) 인적분할시 분할신설법인의 사업영위기간은 분할 전 분할법인의 사업개시일부터 기산한다는 기존 세법해석 사례는 과세관청의 공적인 견해 표명이고, 납세자가 그 견해 표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 귀책사유가 없으며, 실제 납세자가 신뢰에 기한 주식평가를 하였으므로, 이와 다른 입장에서 과세한다면 「국세기본법」제15조 신의성실의 원칙에 반하는 것이다. (마) 결국 청구법인이 분할신설법인의 사업영위기간을 분할 전 분할법인인 청구법인의 사업개시일(1986.10.1.)부터 기산하여 분할등기일(2016.4.12.)까지 약 29년 6개월로 보아 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가한 청구법인의 처리는 정당한바, 분할신설법인의 사업영위기간을 분할신설법인의 사업개시일(2016.4.26.)부터 기산하여 사업개시 후 3년 미만으로 보아 상증세법 시행령 제54저 제4항 제2호의 규정과 같이 쟁점주식을 순자산가치로 평가한 이 건 처분은 부당하다. (2) 청구법인에 대한 세무조사 과정에서, 분할신설법인에 대하여 세무조사 통지 및 세무조사 결과 통지 없이 분할신설법인의 주식 평가 방법에 대하여 조사한 것은 위법한 세무조사에 해당하므로, 이 건 처분은 부당하다. (가) 「국세기본법」제81조의7 제1항 및 같은 법 시행령 제63조의6은 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 서면으로 통지하여야 한다고 규정하고 있다. 또한, 「국세기본법」제81조의12 는 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 대법원은 「국세기본법」상의 세무조사 관련 규정을 위반한 세무조사에 대하여 “중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하여 그 과세처분은 무효”라고 판시하였다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결 등 참조). 그러나, 처분청은 2020년 7월경 청구법인을 조사하면서 분할신설법인에 대한 조사통지도 없이 분할신설법인을 조사하였고, 이 건 처분에 대한 조사결과통지도 하지 않고 청구법인에게 이 건 처분은 부과하였으므로, 이 건 처분은 중대한 절차적 하자가 존재하여 무효라 할 것이다. (3) 분할신설법인에 대한 조사는 「국세기본법」제81조의4 제2항의 재조사금지 및 조사권 남용금지 위반에 해당하므로, 이 건 처분은 부당하다. (가) 분할신설법인에 대한 조사는 동일 사업연도의 같은 사항에 대하여 3차례 이상을 조사한 중복조사에 해당하여, 「국세기본법」제81조의4 제2항의 재조사금지 및 조사권 남용금지 위반에 해당한다. (나) 「국세기본법」제81조의4 및 같은 법 시행령 제63조의2는 재조사 금지에 대하여 규정하고 있는데, 대법원은 같은 세목 및 같은 기간에 대하여 중복하여 세무조사를 실시하면 위법한 세무조사라고 인정하고 있다(대법원 2006.6.2. 선고 2003두12070 판결 참조). (다) 또한, 과세기간의 특정항목에 대한 세무조사 후 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 중복조사에 해당하고(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 참조), 감사관서가 감사권 행사의 일환으로 세무조사의 오류 및 시정을 위하여 거래 상대방에게 부분적인 질문권을 행사한 것은 중복조사에 해당한다(대법원 2015.5.28. 선고 2014두43257 판결 참조). (라) 처분청은 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료에 기하여 3차에 걸쳐 세무조사를 실시한 것이므로, 위법한 중복조사에 해당한다. (마) 청구법인은 자기주식 취득 및 처분 관련 사항, 분할신설법인 관련 사항 등에 대하여 OOO국세청 감사관실, OOO세무서, OOO국세청 조사2국, OOO국세청 감사관실, OOO국세청으로부터 중복조사 또는 감사를 받았는데, 당시 각 지적사항은 자기주식 취득자금을 주주에 대한 업무무관가지급금으로 보아 법인세를 부과하거나(OOO국세청 감사관실 지적, 조세심판원 인용), 자기주식을 보충적 평가방법에 따른 평가금액보다 저가 매수한 것으로 보아 법인세를 부과하거나(OOO국세청 감사관실 지적 : 행정소송 진행 중), 이 건 처분과 같이 분할신설법인의 사업개시일을 분할 전 법인인 청구법인을 기준으로 하지 아니하고 분할신설법인의 사업개시일부터 기산하여 사업개시 3년 미만의 법인으로 보아 순자산가액으로 쟁점주식의 주식자치를 평가하여 이 건 처분을 하였다. (바) 결국 OOO청장이 2020년 7월경 청구법인을 조사하면서 분할신설법인을 조사한 것은 위법한 중복조사에 해당하여 이 건 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 분할신설법인의 비상장주식 평가와 관련하여, 사업영위기간을 분할 전 청구법인의 사업개시일부터 기산하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없고, 이를 신의성실 원칙에 위배된다고 할 수도 없다. (가) 관련법령 및 예규?판례 등의 취지에 비추어 보았을 때, 비적격 인적분할에 따른 분할신설법인의 사업 영위기간은 청구법인이 아닌 분할신설법인이 처음으로 재화?용역을 공급하는 날부터 기산하는 것이 타당하다. (나) 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호는 비상장주식을 순자산가치로 평가하여야 하는 대상을 “사업개시 후 3년 미만의 법인”으로 규정하고 있다. 그러나, 분할신설법인인 경우 평가기준일 현재 사업영위기간의 판단이 모호하기 때문에, 국세청 및 기획재정부는 “적격 인적분할”과 “적격 물적분할”인 경우에 한하여 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것으로 해석해 왔으므로, “비적격 인적분할”의 경우에 있어 분할신설법인의 사업영위기간은 당해 분할신설법인이 처음으로 재화?용역을 공급하는 날부터 기산하는 것이 타당하다. (다) 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호는 분할신설법인의 사업기간 판단과 관련하여 기존의 해석을 변경한 것이 아니라, “적격 인적?물적분할”의 경우에만 분할 전 법인이 재화?용역을 처음으로 공급하는 날부터 사업개시일을 기산하도록 해석한 그동안의 행정해석 기조를 감안하여 판단기준을 법령에 명문화하였다고 보는 것이 타당하다. (라) 청구법인은 비적격 인적분할에 따른 분할신설법인의 사업영위기간을 청구법인이 처음으로 재화?용역을 공급하는 날부터 기산하여야 한다고 주장하면서, 그 근거로 서면상속증여 2015-1201, 2015.8.10. 등의 예규를 제시하였으나, 서면상속증여 2015-1201, 2015.8.10.에서 인적분할의 경우 분할신설법인의 사업영위기간은 분할 전 분할법인의 사업개시일부터 기산한다고 회신하면서, 회신내용에는 “붙임의 기존 해석사례(기획재정부 재산세제과-118, 2009.1.21.)를 참고”하라고 하였는데, 기획재정부 재산세제과-118(2009.1.21.)은 적격 인적분할을 전제(예규 생산 당시 「법인세법」 제46조 제1항은 적격 인적분할에 대한 과세특례 규정임)로 하여 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산한다는 해석으로, 비적격 인적분할과는 관련이 없는 예규이다. (마) 조세심판원은 “비적격 물적분할로 설립된 법인의 사업개시일을 언제로 볼 것인지 여부”를 판단하면서, 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후단의 규정은 분할로 설립된 신설법인의 사업개시일을 보다 명확히 규정하기 위한 것이므로, 비록 개정 전에 분할로 신설된 법인의 사업개시일에 대한 명문 규정이 없었더라도 위 개정된 규정을 적용하는 것이 합리적이라고 판단하였다(조심 2017서708, 2017.9.21. 참조). (바) 청구법인은 순자산가액 OOO원(자산 중 현금 및 현금성자산은 OOO원, 토지 및 건물 OOO원)을 분할신설법인에 양도하면서, 분할대가로 수취한 분할신설법인 주식가액을 OOO원으로 평가하였는데, 분할신설법인을 순자산가치(OOO원)로 평가하는 것이 가중평균하여 평가(OOO원)하는 것보다 분할신설법인의 객관적인 교환 가치(순자산가액 OOO원)를 보다 잘 반영한다고 보아야 한다. (사) 청구법인은 분할신설법인이 설립될 당시의 세법규정과 기존의 예규가 비적격 인적분할도 분할 전 법인의 사업개시일부터 기산하는 것으로 해석해 왔기 때문에, 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 기존의 예규 등의 대부분은 적격 인적분할을 전제로 해석해 왔고, 이는 일반론적인 견해표명에 불과하여 신의성실의 원칙 적용을 위한 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니한다. (2) 청구법인의 세무조사 과정에서 분할신설법인에 대한 세무조사 통지 및 세무조사 결과 통지 없이 분할신설법인 주식 평가 방법에 대하여 조사한 것은 위법한 세무조사에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 분할신설법인의 발행 주식을 보유하던 중 특수관계인에게 양도하였고, 이러한 사실을 전제로 분할신설법인의 발행 주식을 어떻게 평가하는가에 따라 청구법인의 법인세 과세표준 및 세액에 변동이 발생하므로, 분할신설법인에 대한 세무조사 통지 등이 없었기 때문에 이 건 처분이 위법하다는 청구주장은 합리적이지 않다. (나) 「국세기본법」제2조 제21호는 “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동으로 규정하고 있고, 「조사사무처리규정」제3조는 “세무조사”를 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위로 정의하고 있다. (다) 청구법인에 대한 세무조사는 청구법인의 사업과 관련하여 신고 의무가 있는 모든 세목에 대한 과세표준과 세액의 결정?경정을 목적으로 청구법인에게 정식의 세무조사 통지 후 실시한 것이고, 청구법인이 분할신설법인 발행 주식을 취득?양도할 당시 취득가액과 양도가액을 적정하게 계산하였는지 여부를 검토하기 위해 청구법인이 분할신설법인 발행 주식 취득?양도 당시의 주식 평가가액에 대해 청구법인에게 청구법인이 보유하고 있는 자료의 제출을 요구하고 청구법인의 동의를 구하여 과세기준자문 등을 통해 검토한 것이서, 이는 청구법인에 대한 정식의 세무조사 과정에서 청구법인의 신고대상 세목의 과세표준 및 세액의 결정?경정을 위해 청구법인을 상대로 정상적인 질문?조사권을 행사한 것으로 적법한 세무조사 절차에 해당한다. (라) 처분청은 청구법인이 아닌 분할신설법인에 대한 신고의무 있는 세목에 대해 과세표준?세액의 결정?경정을 목적으로 세무조사를 실시한 것이 아니다 (3) 분할신설법인에 대한 조사가 「국세기본법」제81조의4 제2항의 재조사금지 및 조사권 남용금지 위반한다고 볼 수 없다. (가) 이 건 이전 선행된 과세관청의 감사 및 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인에 대한 본 사건 부과처분의 원인이 된 조사청의 청구법인에 대한 세무조사는 중복조사에 해당하지 아니한다. (나) 이 건 처분의 원인이 된 OOO청장의 청구법인에 대한 세무조사가 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따라 중복조사가 금지되는 세무조사에 해당하기 위해서는 청구법인에 대한 실질적인 세무조사가 존재하여야 한다. 그러나, 청구법인, DDD 등에 대한 감사 및 세무조사가 청구법인에 대한 선행된 실질적인 세무조사에 해당하지 아니하므로, 이 건 세무조사 이전에 실시된 감사 및 조사는 청구법인에 대한 실질적인 세무조사로 볼 수 없다. (다) OOO국세청 감사는 청구법인을 대상으로 실시된 것이기는 하나, 당시 청구법인은 자기주식 취득자금 관련 자료와 분할신설법인의 비적격 인적분할시 승계한 골프회원권 관련 자료 등 및 이에 대한 해명자료 등을 단순히 서면 제출한 것에 불과하여, 이러한 감사는 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하여 이를 「국세기본법」에 따른 청구법인에 대한 실질적인 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다(조심 2019인4516, 2020.7.21. 참조). (라) OOO세무서의 세무조사는 청구법인이 제출한 세무조사 사전 통지서에 따르면 조사대상자가 주식회사 EEE, FFF, GGG, HHH으로 되어 있어, OOO세무서의 세무조사는 청구법인이 아닌 자에 대한 신고 대상 세목 및 증여세 과세표준과 세액의 결정?경정을 목적으로 실시한 세무조사임이 명확하다. (마) OOO국세청 조사2국 세무조사는 그 조사대상자가 DDD으로 되어 있고, 조사대상자인 DDD이 주식회사 EEE와 발행주식을 포괄적 교환한 사실에 대해 실시한 세무조사임이 확인된다. (바) OOO국세청 감사는 청구법인을 대상으로 실시된 것이기는 하나, 당시 청구법인은 자기주식 취득자금 관련 자료와 분할신설법인의 비적격 인적분할시 의제배당 관련 자료 등 및 이에 대한 해명자료 등을 단순히 서면 제출한 것에 불과하다. 즉, OOO국세청이 청구법인의 과세표준과 세액의 결정?경정을 위해 청구법인 등을 상대로 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 조사하였다고 보기 어렵고, 청구법인 또한 제출한 서면 자료 외에 OOO국세청이 실질적인 세무조사를 하였다고 보기도 어렵다. 또한, 청구법인은 위 감사에 결과에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 해당 심판사건에서 OOO국세청의 감사가 「국세기본법」 제81조의4 에서 금지하는 중복조사에 해당한다고 주장하였으나, 조세심판원은 OOO국세청의 감사는 청구법인에 대한 실질적인 세무조사에 해당하지 않는다고 판단하였다(조심 2019인4516, 2020.7.21. 참조). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 비적격 인적분할에 따라 신설한 분할신설법인이 발행한 쟁점주식 평가시 분할신설법인의 사업영위기간을 분할 전 청구법인의 사업개시일부터 기산한 처분의 당부 ② OOO청장이 청구법인을 조사하면서 분할신설법인에 대한 세무조사 통지 및 세무조사결과 통지 없이 분할신설법인 발행 주식의 평가방법에 대하여 조사한 것이 위법한 세무조사에 해당하는지 여부 ③ 이 건 분할신설법인이 발행한 쟁점주식에 대한 조사가 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따라 금지되는 중복조사에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. (가) 청구법인과 처분청 사이에 청구법인과 분할신설법인 및 DDD은 「법인세법」 및 같은 법 시행령에 따른 특수관계인에 해당한다는 사실에는 다툼이 없다. (나) 청구법인과 청구법인 최대주주 AAA 등은 2016.2.12. BBB와 청구법인이 보유한 자기주식 146,998주 및 AAA 등이 보유한 청구법인 주식 33,002주를 OOO원에 매각하는 SPA계약을 체결하였고, SPA계약 부속약정 Schedule 7. Non-Core Assets Subject to Divestture Prior to Closing에 따라 주식 매각 전 쟁점자산을 분할하기로 약정하였다. (다) 청구법인은 2016.4.12. 쟁점자산 분할을 목적으로 분할신설법인을 비적격 인적분할하여 신설하였다. (라) 청구법인은 쟁점자산을 OOO원으로 평가하여 분할신설법인에 양도(현물출자)하였고, 쟁점자산의 양도대가로 쟁점주식을 OOO원으로 평가하여 인수한 후, 분할신설법인의 주주인 청구법인과 및 청구법인의 주주에게 배정하였으며, 청구법인은 분할에 따른 양도손실 OOO원을 청구법인의 분할차손으로 계상하였다. (마) 청구법인이 분할신설법인으로부터 승계한 쟁점자산의 순자산 장부가액 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 현금 및 현금성자산과 토지, 건물 합계액 약 OOO원으로 확인된다. ＜표1＞ 쟁점자산의 순자산 장부가액 내역 OOO (바) 청구법인은 분할신설법인의 사업 영위기간을 분할 전 청구법인의 사업개시일인 1986.10.1.로 보아, 양도대가로 인수한 쟁점주식을 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목, 상증세법 시행령 제54조 제1항에 따라 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3대 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하였다. (사) 청구법인은 2016.4.13. 특수관계에 있는 DDD에게 쟁점주식 중 청구법인 배정분 14,700주를 OOO원에 양도하면서, 1주당 평가금액을 청구법인이 쟁점주식을 분할신설법인으로부터 인수할 당시와 동일하게 평가하기로 약정하였고, 2016.4.30. DDD에게 쟁점주식 중 자기 배정분 14,700주를 양도하였다. (아) OOO청장의 장부·서류 등 자료제출요구서(2020.7.6.)는 아래와 같다. OOO (자) OOO청장은 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 청구법인과 쟁점주식의 평가방법에 관하여 2020.9.7. 과세기준자문을 신청하였고, 2020.12.9. “「법인세법」(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것) 제46조 제2항의 요건을 갖추지 않은 인적분할에 의하여 신설된 분할신설법인이 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 사업 개시 후 3년 미만의 법인에 해당하는지 여부는 분할신설법인이 처음으로 재화 또는 용역을 공급을 개시하는 날부터 기산하여 판단하여야 한다”는 내용의 회신을 받았다. 한편, OOO청장은 세무조사 기간 동안에 쟁점주식의 평가방법에 대한 과세기준자문 신청 절차가 진행 중이어서 쟁점주식의 평가방법에 따른 조사결과를 당초 세무조사 종료일(2020.9.17.)로부터 20일 이내에 통지할 수 없으므로, 「국세기본법」제81조의12 제2항에 따라 쟁점주식의 평가방법에 따른 조사결과를 제외한 세무조사 결과를 청구법인의 동의를 받아 2020.9.28. 청구법인에 우선 통지하였다. 처분청은 2020.12.9. 쟁점주식 평가방법에 대한 회신이 도착하자 「국세기본법」제81조의12 제3항에 의하여 과세기준자문 회신일로부터 20일 이내인 2020.12.29. 쟁점주식 평가방법에 따른 조사결과(이 건 처분 내용임)를 세무조사결과통지로 청구법인에게 통지하였다. (차) 청구법인은 2021년 8월경 우리 원에 청구이유의 변경을 신청하면서, 청구법인과 특수관계인들이 2017~2020년 중 청구법인의 분할 및 분할신설법인의 합병 등과 관련하여 아래 ＜표2＞와 같이 과세관청의 감사 또는 세무조사 과정에서 관련 자료를 제출하고 일부 항목에 대해서는 과세되었음을 사실관계에 추가로 적시하였다. ＜표2＞ 청구법인 및 특수관계인의 주식변동 관련 감사 및 조사 내역 OOO (카) 처분청이 제출한 판결서{OOO법원 2022.6.8. 선고 2021누OOO 판결, 2022년 10월 현재 상고심(대법원 2022두OOO) 계속 중}에 의하면, 위 ＜표2＞ 중 ④ OOO국세청 감사관실의 감사에 따른 청구법인에 대한 2015~2017사업연도 법인세 부과처분과 관련된 조사행위는 감사를 통해 지적된 사항에 관하여 이루어졌고, 처분청이 청구법인과 별도로 접촉한 사실이 없으며, 처분청이 감사결과에 따른 후속조치로 청구법인에게 해명자료 안내문을 발송하고 관련 자료를 받았을 뿐이어서 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 질문 또는 해명의 기회를 준 것에 불과하여 세무조사와 차이를 보이므로, 청구법인에 대한 2015~2017사업연도 법인세 부과처분 이전에 행해진 조사행위는 재조사로서 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기 어렵다고 판단한 사실이 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 분할신설법인의 비상장주식 평가와 관련하여 사업영위기간을 분할 전 청구법인의 사업개시일부터 기산하여야 하고 이와 달리 본다면 신의성실 원칙에 위배된다고 주장하나, 아래와 같은 사정에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 1) 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 상증세법 시행령을 개정하면서 제54조 제4항 제2호 후문에 「법인세법」 제46조의3 , 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업개시일은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다는 규정을 신설하였는바, 위 규정은 분할로 설립된 신설법인의 사업개시일을 보다 명확히 규정하기 위한 것으로, 비록 위 규정 개정 전에 분할로 신설된 법인의 사업개시일에 대한 명문 규정이 없었더라도 위 규정의 내용을 따르는 것이 합리적이라 하겠다(조심 2017서708, 2017.9.21., 같은 뜻임). 2) 2016.4.12. 신설된 분할신설법인의 경우 비적격 인적분할로 설립된 법인에 해당하여, 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산하는 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후문 규정의 적용대상에 해당하지 아니한바, 쟁점주식 평가기준일 당시 분할신설법인은 사업개시일로부터 3년 미만의 법인에 해당하여 순자산가치로만 평가하는 것이 타당하다 하겠다. 3) 나아가 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조), 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙을 적용할 수 없다고 하겠다(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결). (나) 다음으로 쟁점② 및 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 분할신설법인에 대하여 세무조사 통지 및 세무조사 결과 통지 없이 분할신설법인의 주식 평가 방법에 대하여 조사한 것과 분할신설법인에 대한 조사는 재조사금지 및 조사권 남용금지 위반 규정을 위반하여 위법한 세무조사에 해당한다고 주장하나, 아래와 같은 사정에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 1) 세무조사는 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위로( 「국세기본법」제2조 제21호), 과세관청이 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 검사·조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우를 의미한다 하겠다(조심 2018서3210, 2018.10.23., 대법원 2017.4.13. 선고 2016두64043 판결, 같은 뜻임). 2) 한편, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있으나, 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 것은 아니다. 따라서, 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없다 하겠다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임). 3) OOO청장의 장부·서류 등 자료제출요구서(2020.7.6.) 등을 보면, OOO청장은 청구법인에 대한 세무조사를 진행하면서 조사대상인 청구법인이 보유하고 있는 쟁점주식의 양도 당시의 주식 평가 자료 등의 제출을 요구하였을 뿐이므로, 이를 분할신설법인에 대한 세무조사를 실시한 것으로 볼 수는 없다 하겠다. 4) 나아가 청구법인이 주장하는 중복조사와 관련된 내용 중 그 대상이 청구법인인 경우는 OOO국세청 감사관실의 감사와 OOO국세청 감사관실의 감사가 있으나, 청구법인이 제기한 행정소송(OOO법원 2022.6.8. 선고 2021누OOO 판결)에서 위 감사과정에서의 과세관청의 조사행위가 청구법인에게 해명자료 안내문을 발송하고 관련 자료를 받았을 뿐이어서 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 질문 또는 해명의 기회를 준 것에 불과하여 세무조사와 차이를 보인다고 판시한 점, 청구법인이 제출한 ＜표2＞에 의하면 위 감사과정에서 청구법인에 대하여 청구법인의 자기주식 취득 및 처분사항 그리고 분할신설법인 관련 골프회원권 등을 조사하였을 뿐이므로 청구법인에게 쟁점주식과 관련한 직접적인 조사행위를 하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 위 감사과정에서의 과세관청의 조사행위가 청구법인에 대한 세무조사에 해당한다고 평가하기는 어렵다 하겠으므로, 이 건 세무조사가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기는 어렵다 하겠다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 상속세 및 증여세법(2016.12.20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것) 제63조[유가증권 등의 평가] ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다. 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령 (가) 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것 제54조[비상장주식의 평가] ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인( 「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. (계산식 생략) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다. 2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업·폐업 중인 법인의 주식등 (나) 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된 것 제54조[비상장주식의 평가] ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다. 2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업·폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 「법인세법」제46조의3 , 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다. (3) 법인세법 (가) 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것 제46조[분할평가차익상당액의 손금산입] ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(物的分割을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(大統領令이 정하는 資産에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. 1. 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것 2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(分割合倂의 경우에는 第44條 第1項 第2號의 比率 이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것 3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 (나) 2016.12.20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것 제46조[분할 시 분할법인등에 대한 과세] ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액 2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액 (4) 국세기본법 (가) 2018.12.31. 법률 제16097호로 개정된 것 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. (나) 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것 제81조의4[세무조사권 남용 금지] ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의12[세무조사의 결과 통지] ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. ② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 제1항에 따른 기간 이내에 조사결과를 통지할 수 없는 부분이 있는 경우에는 납세자가 동의하는 경우에 한정하여 조사결과를 통지할 수 없는 부분을 제외한 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지할 수 있다. 1. 「국제조세조정에 관한 법률」및 조세조약에 따른 국외자료의 수집ㆍ제출 또는 상호합의절차 개시에 따라 외국 과세기관과의 협의가 진행 중인 경우 2. 해당 세무조사와 관련하여 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위하여 기획재정부장관 또는 국세청장에 대한 질의 절차가 진행 중인 경우 ③ 상호합의절차 종료, 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위한 질의에 대한 회신 등 제2항 각 호에 해당하는 사유가 해소된 때에는 그 사유가 해소된 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 제2항에 따라 통지한 부분 외에 대한 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. (5) 국세기본법 시행령 제63조의2 [세무조사를 다시 할 수 있는 경우] 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우 3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우 4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. 제63조의13[세무조사의 결과 통지 및 예외] ① 법 제81조의12 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다. 1. 세무조사 대상 세목 및 과세기간 2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다) 2의2. 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거 3. 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실 4. 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실 ② 법 제81조의12제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 2. 법 제65조 제1항 제3호 단서(법 제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 의한 조사를 마친 경우 3. 세무조사결과통지서 수령을 거부하거나 회피하는 경우