조심 2020광1715 (2020.09.10)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1982.1.1. 전력자원의 개발과 발전ㆍ송전ㆍ변전ㆍ배전 및 이와 관련되는 영업 등을 목적으로 설립되어 2007.4.1. 공공기관으로 지정된 법인으로, 2014.12.1. 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따라 본사를 지방으로 이전(서울특별시 → 전라남도 나주시)한 후,

2016∼2017사업연도에 법인세를 신고하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제63조의2 제2항에 따라 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등의 감면(이하 “본사지방이전세액감면”이라 한다)을 적용하였고, 같은 법 제127조 제4항(중복지원의 배제) 따라 나주로 이전하지 않은 사업장에 대하여 적용되는

조특법 제11조

의 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등(이하 “투자세액공제”라 한다)을 신청하지 아니하였다.

나. 이후 청구법인은 2019.11.20. 처분청에 청구법인이

조특법 제127조

제10항에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하였으므로 본사지방이전세액감면과 투자세액공제를 중복 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.1.20. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

조특법 제63조의2

제2항은 제1호에서 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득을, 제2호에서 본사를 이전한 경우에는 해당 과세연도의 소정의 과세표준에 일정비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득을 각각 감면대상 소득으로 정하고 있고, 같은 법 제127조 제10항에서는 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우에는 세액감면과 세액공제의 중복지원이 가능하도록 규정하면서 이를 공장지방이전에 따른 세액감면으로 한정하지 않고 있는바,

조특법 제127조

제10항을 해석함에 있어 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하였다면 본사지방이전세액감면에 대하여도 세액공제와 중복지원을 허용하여야 하는 것이다.

대법원(대법원 2015.5.14. 선고 2014두47662 판결)과 조세심판원(조심 2014중3200, 2015.10.26.)은 공장지방이전세액감면과 세액공제가 중복지원으로서 배제되지 않는다고 판결ㆍ결정한 바 있고, 입법취지 측면에서도

조특법 제127조

제4항 및 제10항의 중복지원 판정기준은 ‘사업자’ 기준이 아니라 ‘사업(또는 사업장)’ 기준이며, 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업이 구분경리 가능하다면 중복지원에 해당하지 않는 것이다.

(2)

조특법 제127조

제10항에서 규정한 구분경리의 의미는 물리적 공간 개념의 장소에서 발생하는 소득의 구분경리가 아니라, 사업에서 발생하는 소득의 구분경리를 의미하는 것으로, 이 사업이란 위 조항에서 규정하기를 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업으로 구분하고 있는바, 공장지방이전세액감면의 경우는 세액감면을 적용받을 수 있는 지방이전공장의 사업에서 발생하는 사업에서 발생하는 소득과 그 밖의 사업에서 발생하는 소득이 구분경리의 대상이 될 것이고, 본사지방이전세액감면의 경우는 현실적으로 본사는 관리기능이 대부분이고 본사라는 물리적 장소에서 발생하는 소득이 없어 해당 과세연도 소정의 과세표준에 이전본사 근무인원 비율 등 일정비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득이 지방이전본사 귀속소득으로 구분경리되는 개념이다.

즉 본사지방이전세액감면 적용시 지방이전본사 귀속소득은 해당 과세연도의 전체 과세표준에 이전본사 근무인원비율 등을 곱하여 산출하게 되는데, 여기서 이전본사 근무인원비율 등이 곧 법인 전체의 소득을 지방이전본사 귀속소득과 그 밖의 소득으로 나누는 안분기준에 해당하는 것이며, 이 안분기준에 따라 소득을 나누는 과정 그 자체가 구분경리에 해당하는 것이다.

청구법인은 위와 같이 지방이전본사 귀속소득을 안분하여 구분경리하였으므로

조특법 제127조

제10항에 따라 세액감면과 세액공제를 중복적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 공장의 지방이전에 대한 세액감면은 지방으로 이전한 사업장(공장)에서 발생된 소득에 한하여 세액감면이 적용되므로 감면대상소득이 명확하게 구분되고, 그에 따라 감면대상 사업과 그 밖의 사업을 서로 구분하여 경리함으로써 산출세액 중 사업별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 반면,

본사지방이전세액감면은 “해당 과세연도의 과세표준”에서 부동산 양도차익 등을 차감한 후 이전본사 근무인원 비율 등을 곱하여 산출한 소득에 대해 감면하는 것으로, “해당 과세연도의 과세표준”은 법인 본사 및 지점을 포함한 “법인 전체의 각 사업연도 소득”에 대한 법인세 과세표준을 말하는 것이어서 감면대상 사업은 각 지점(지역본부, 사업소 등)을 포함한 전체 사업이며, 감면소득 또한 법인 전체 사업장의 소득으로 보아야 한다.

즉 공장의 지방이전에 대한 세액감면은 납세의무자의 전체 소득을 기준으로 하는 것이 아니라 ‘지방이전공장에서 발생하는 소득’을 대상으로 그 소득에 한하여 세액감면을 받고, 나머지 소득에 대해 법인세를 과세하면서 감면대상 공장이 아닌 다른 공장에 대한 투자액 중 일정금액을 공제받는 것은 이중지원이라고 볼 수 없으나, 본사지방이전세액감면은 납세의무자의 전체 소득을 대상으로 하고, 법인세의 과세단위가 사업자 기준이므로 중복지원 될 여지가 완전히 제거되었다고 볼 수 없다(예를 들어 법인의 전체 인원이 지방으로 이전할 경우 전체 소득이 감면대상 소득이 될 수 있다).

(2) 조특법상 구분경리는 「법인세법」상 구분경리 규정을 준용하여 구분하여야 할 사업별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의해 구분 기장하여야 하는데, 청구법인이 계산한 감면대상 소득은 법인의 익금ㆍ손금을 하나의 사업으로 보아 회계처리한 소득을 지방으로 이전한 인원비율로 안분한 것에 불과하여 이를 사업별로 구분경리된 소득으로 볼 수 없다.

조세심판원에서도 동일쟁점 심판청구에 대하여 조특법상 세액감면 대상은 특정 소득단위가 아니라 특정 사업단위이고, 동일한 사업 중 일부 소득을 특정기준(이전본사 근무인원 등)으로 구분하였다 하여 이를 조특법상 구분경리된 소득으로 볼 수 없다고 판단한 바 있다(조심 2018부5004, 2019.5.23.).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

본사 지방이전법인이 동일한 과세연도에 ‘본사지방이전세액감면’과 ‘투자세액공제’를 중복하여 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 「한국전력공사법」에 의해 1982.1.1. 설립되어 전력자원의 개발과 발전ㆍ송전ㆍ변전ㆍ배전 및 이와 관련되는 영업 등을 영위하는 공공기관(시장형 공기업)으로서,

2014.12.1. 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따라 본사를 OOO이전하였고, 지역본부ㆍ사업소ㆍ건설본부ㆍ건설지사 등 264개 사업장은 이전하지 아니하였다.

(나) 청구법인은 2016∼2017사업연도에 법인세를 신고하면서 본사지방이전세액감면(

조특법 제63조의2

제2항)을 적용하여 다음 ＜표1＞의 산식에 따라 해당 과세연도 전체 과세표준에 이전본사 근무인원비율 등을 곱하여 감면대상 소득을 안분[전체 과세표준 중 가면대상 소득 비율(당초 신고기준) : 2016년 8.62%, 2017년 8.76%]한 후 다음 ＜표2＞와 같이 세액감면을 신청하였다.

＜표1＞ 본사지방이전세액감면 대상 소득

＜표2＞ 본사지방이전세액감면 내역

(단위 : 백만원)

(다) 청구법인은 2016∼2017사업연도에 법인세를 신고하면서 본사 외 이전하지 않은 사업장(264개)과 관련하여 지출한 설비투자 등과 관련하여 투자세액공제를 신청하지 아니하였다가 2019.11.20. 다음 ＜표3＞과 같이 투자세액공제의 적용을 구하는 경정청구를 하였다.

＜표3＞ 투자세액공제 경정청구 내역

(단위 : 백만원)

① 환급신청세액

② 투자세액공제 내역

(라) 청구법인의 사업별 구분회계 정보에는 본사소득이 해외사업부문과 기타사업부문으로 구분ㆍ공시되어 있고, 전체 사업소득(매출액)에서 본사소득(매출액)이 차지하는 비중은 4.5%(2017)∼5.7%(2016)를 차지하는 것으로 나타난다.

＜표4＞ 사업별 구분회계 공시내역

(단위 : 백만원, %)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 본사지방이전세액감면의 적용을 받는 소득을 법인의 전체 소득(과세표준)을 기준으로 지방으로 이전한 인원비율로 안분하여 계산하였으므로 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리한 경우로서

조특법 제127조

제10항에 따라 본사지방이전세액감면과 투자세액공제를 중복적용하여야 한다고 주장하나,

조특법 제127조

는 중복지원을 배제하기 위하여 제4항에서 본사지방이전세액감면을 규정한 법 제63조의2 제2항과 투자세액공제를 규정한 법 제11조 등을 동시에 적용할 수 없도록 규정하고 있고, 본사지방이전세액감면은 납세의무자의 전체 소득을 대상으로 하고, 법인세의 과세단위가 사업자 기준이므로 해당 세액감면과 세액공제를 동시에 적용할 경우 중복지원이 될 수 있는 점, 조특법상 구분경리는 「법인세법」상 구분경리 규정을 준용하여 구분하여야 할 사업별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의해 구분 기장하여야 하는데, 청구법인이 계산한 본사지방이전세액감면의 감면대상 소득은 전체 법인의 익금ㆍ손금을 하나의 사업으로 보아 회계처리한 소득을 별도의 특정 기준(지방으로 이전한 인원비율)을 적용하여 안분한 것에 불과하여 이를 특정 감면대상사업에서 발생한 소득으로 보거나 사업별로 구분경리된 소득으로 볼 수 없고, 이러한 점은

조특법 제143조

제1항에서 “감면대상사업과 그 밖의 사업을 겸업하는 경우 구분하여 경리하여야 한다”라고 규정하여 명시적으로 확인되는 점, 본사지방이전세액감면의 감면대상 소득을 법인의 전체 소득 중 지방으로 이전한 인원 비율로 안분 계산하는 것은 법인의 전체 소득 가운데 지방이전 기여분을 구하기 위한 것으로, 특정 감면대상사업 소득을 계산한 것이라기보다는 세액감면율을 보완하여 조정(지방으로 이전한 인원이 적을수록 실효 감면율이 낮아지는 효과)하는 개념으로 봄이 타당한 점 등에 비추어,

처분청에서 청구법인의 본사지방이전세액감면과 투자세액공제를 중복적용하여 달라는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 2018년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 6)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에서 "연구 및 인력개발을 위한 시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

2. 직업훈련용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

3. 삭제

③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

④ 제3항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항이나 제3항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2017년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.

1. 기본공제금액 : 중소기업의 경우 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액으로 하고, 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우 다음 각 목에서 정한 바에 따른다.

가.

「수도권정비계획법」 제6조

제1항 제2호의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역(이하 이 조에서 "수도권과밀억제권역 외 수도권"이라 한다) 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 1에 상당하는 금액

나. 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 2에 상당하는 금액

2. 추가공제금액 : 수도권과밀억제권역 외 수도권 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업 및 중견기업은 100분의 4)에 상당하는 금액으로 하고, 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 4(중소기업 및 중견기업은 100분의 5)에 상당하는 금액으로 하되, 대통령령으로 정하는 서비스업을 영위하는 경우에는 각각 해당 투자금액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 가목부터 다목까지의 금액을 순서대로 더한 금액에서 라목의 금액을 뺀 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

가. 해당 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 「초·

중등교육법」 제2조

에 따른 학교로서 산업계의 수요에 직접 연계된 맞춤형 교육과정을 운영하는 고등학교 등 직업교육훈련을 실시하는 대통령령으로 정하는 학교(이하 "산업수요맞춤형고등학교등"이라 한다)의 졸업생 수 × 2천만원(중소기업의 경우는 2천500만원)

나. 해당 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 가목 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 1천500만원(중소기업의 경우는 2천만원)

다. (해당 과세연도의 상시근로자 수 - 직전 과세연도의 상시근로자 수 - 가목에 따른 졸업생 수 - 나목에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수) × 1천만원(중소기업의 경우는 1천500만원)

라. 해당 과세연도에 제144조 제3항에 따라 이월공제받는 금액

② 내국법인이

「법인세법」 제63조

에 따른 중간예납[같은 법 제63조 제1항 단서 및 같은 조 제5항에 따라 중간예납(中間豫納)하는 경우는 제외한다] 또는 같은 법 제76조의18에 따른 연결중간예납(같은 법 제76조의18 제1항 단서 및 같은 조 제3항에 따라 중간예납하는 경우는 제외한다)을 할 때 그 중간예납기간에 제1항이 적용되는 투자를 한 경우에는 그 중간예납세액에서 제1항을 준용하여 계산한 중간예납기간의 투자분에 해당하는 세액공제액을 뺀 금액을 중간예납세액으로 하여 납부할 수 있다. 이 경우 "해당 과세연도"는 "중간예납기간"으로 본다.

③ 거주자가

「소득세법」 제65조

에 따른 중간예납을 할 때 그 중간예납기간에 제1항이 적용되는 투자를 한 경우에는 그 중간예납세액에서 제1항을 준용하여 계산한 중간예납기간의 투자분에 해당하는 세액공제액(그 중간예납세액 중 사업소득에 대한 세액을 한도로 한다)을 뺀 금액을 중간예납세액으로 하여 11월 1일부터 11월 30일까지의 기간에 납세지 관할 세무서장에게 신고할 수 있다. 이 경우 "해당 과세연도"는 "중간예납기간"으로 본다.

④ 거주자가 제3항에 따라 신고를 한 경우에는

「소득세법」 제65조

제3항에 따라 신고한 것으로 보고 같은 법(제65조제9항 후단은 제외한다)을 적용한다.

⑤ 제2항 또는 제3항에 따라 납부 또는 신고하는 중간예납세액이 제132조에 따라 계산한 직전 과세연도 최저한세액(最低限稅額)의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 중간예납기간의 투자분에 해당하는 세액공제액은 빼지 아니한다.

⑥ 제1항 또는 제144조 제3항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 그 공제받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 공제받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑦ 제2항 및 제3항에 따라 공제받은 중간예납기간의 투자분에 해당하는 세액공제액이 해당 과세연도의 제1항이 적용되는 투자분에 해당하는 세액공제액을 초과하는 경우에는 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 그 초과하는 부분에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑧ 제1항부터 제3항까지, 제6항 또는 제144조 제3항을 적용할 때 상시근로자 및 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자의 범위와 상시근로자, 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 및 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑨ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2020년 12월 31일까지 보유하고 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

제94조(근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 내국인이 그 종업원의 주거 안정 등 복지 증진을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 2018년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 경우에는 해당 시설의 취득금액(해당 시설에 딸린 토지의 매입대금은 제외한다)의 100분의 7(취득주체가 중소기업인 경우와 제1호 또는 제2호의 시설로서 수도권 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 주택과 제3호의 시설을 취득한 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세로 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 무주택 종업원(출자자인 임원은 제외한다)에게 임대하기 위한 국민주택

2. 종업원용 기숙사

3. 「영유아보육법」에 따른 직장어린이집

4. 장애인·노인·임산부 등의 편의 증진을 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

5. 종업원의 휴식 또는 체력단련 등을 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

6. 종업원의 건강관리를 위하여

「의료법」 제35조

에 따라 개설한 부속 의료기관

② 제1항 제1호의 국민주택과 그 밖의 주택을 함께 취득하는 경우 또는 제1항 제2호의 기숙사와 그 밖의 건물을 함께 취득하는 경우에 공제세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 해당 자산의 준공일 또는 구입일부터 5년 이내에 그 자산을 다른 목적에 전용한 경우에는 전용한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 그 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은

「소득세법」 제76조

또는

「법인세법」 제64조

에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

제127조(중복지원의 배제) ④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항 및 제121조의22제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제11조, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 제2항, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조 제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7을 동시에 적용하지 아니한다.

⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.

제143조(구분경리) ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산·부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제136조(구분경리) ① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는

「법인세법」 제113조

의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은

「소득세법」 제19조

의 규정을 준용하여 계산한다.

(3) 법인세법

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

② 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신탁재산에 귀속되는 소득과 그 밖의 소득을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(4) 법인세법 시행령

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

② 법 제113조 제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우 외에는 한국표준산업분류에 따른 세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.

(5) 법인세법 시행규칙

제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우

「조세특례제한법」 제74조

제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.