조심 2021서1529 (2021.05.31)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 2018.3.30. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO 외 1인에게 거래가액 OOO에 양도한 후, 2018.5.31. 양도소득세 예정신고시 쟁점주택의 양도차익 OOO에 구 「소득세법」제95조 제2항 (표1)의 장기보유특별공제율(10년 이상 30%)을 적용하여 양도소득금액 OOO을 산정하였다. 나. 이후, 청구인은 쟁점주택 양도일 현재 보유중이었던 OOO 관련 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 1주택으로 잘못 인식하여, 당초 쟁점주택의 양도에 대한 양도소득금액 계산시 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액을 위 규정 단서의 1세대 1주택의 공제율(80/100)을 적용하여 산정하여야 함에도 공제율을 잘못 적용하여 장기보유특별공제액을 과소하게 산정하였다는 취지로 2020.10.19. 처분청에 경정청구를 제기하였다. 다. 처분청은 청구인이 국내에 1주택과 1조합원입주권을 소유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우로, 구 「소득세법」제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 규정하는 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’에 해당하지 않는다라는 이유로 2020.12.21. 청구인의 경정청구를 거부처분하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.1.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 장기보유특별공제 제도는 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 장기보유에 따른 물가상승분을 공제하여 세부담의 불균형을 완화해 주기 위한 취지에서 마련된 제도로서(대법원 2015.4.23. 선고 2014두36921 판결 및 서울고등법원 2017.6.14. 선고 2016누79849 판결 등 참조), 구 「소득세법」제95조 제1항은 양도가액에서 취득가액 등 같은 법 제97조에 따른 필요경비를 공제한 금액을 양도차익이라 하였고, 그 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액을 양도소득금액이라 규정하면서 양도차익에서 차감할 장기보유특별공제액을 아래와 같이 규정하였다. 구 「소득세법」제95조 제2항 본문에서 장기보유특별공제액이란 구 「소득세법」제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산(1세대 1주택 외 토지 또는 건물)에 대하여 양도소득금액 산정 시 공제할 금액 즉 그 자산의 양도차익에 (표1)에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 100분의 10부터 100분의 30까지이고, 이하 “낮은 공제율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 하였고, 같은 항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 (표2)에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 100분의 24부터 100분의 80까지이고, 이하 “높은 공제율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액이라고 하였다. 또한, 구 「소득세법」제95조 제2항 단서 규정의 위임에 따른 구「소득세법 시행령」(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제159조의3은 “법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.”라고 규정하였다. 즉, 장기보유특별공제액 계산시 높은 공제율을 적용하는 1세대 1주택이란 구 「소득세법 시행령」제159조의3 본문에서 규정한 “1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택”에 해당하거나, 1세대가 주택 양도일 현재 국내에 2주택 이상을 소유하고 있어 위에서 말하는 1세대 1주택을 소유하고 있는 경우에 해당하지 아니하더라도 괄호에서 열거하고 있는 ‘1세대 1주택으로 보는 주택’에 해당하는 주택 중 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다 할 것이다. (2) 구 「소득세법」제88조 제7호에서 주택이란 ‘허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물’을 말한다고 규정하였고, 같은 법 제89조 제2항에서 조합원입주권이란 「도시 및 주거환경정비법」제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」제29조 에 따른 사업시행계획인가로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」에 따른 소규모 재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득하는 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다]라 규정함으로써 주택과 조합원입주권을 별도로 구분하여 달리 정의하고 있는바, 구 「소득세법」제89조 , 제94조, 제95조 및 제104조 등에서도 조합원입주권과 주택을 구분하여 규정함으로써 조합원입주권은 주택이 아님을 분명히 하고 있다. 감사원은 「소득세법」제89조 제2항에서 조합원입주권을 주택과는 별도로 정의하고 있는데도 불구하고 주택의 전신이라는 조합원입주권의 성격만을 이유로 이 사건 입주권 양도를 주택의 양도로 보아 양도소득세 비과세에 해당한다고 확장해석 하는 것은 조세법률주의의 엄격해석의 원칙에 반하는 것임을 들어 심사청구를 기각(감사원 2019심사714, 2019.12.17.)하였는바, 이는 조합원입주권이 주택이 아님을 분명히 한 결정사례라 하겠다. 위와 같이 조합원입주권은「도시 및 주거환경정비법」제74조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위, 즉 주택이 완성되는 때에 그 주택과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리일 뿐, 주거용으로 사용하는 건물이 아니므로「소득세법」상 주택으로 보아서는 아니된다. (3) 주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 재산임을 감안하여 1세대 1주택에 해당하는 경우 그 주택의 양도 시 양도소득세 비과세를 허용하여 국민의 주거생활 안정을 지원하는 1세대 1주택 비과세 제도와 1세대가 1주택을 소유하고 있지만 비과세 요건을 갖추지 못하여 양도소득세가 과세되는 1주택에 대하여 장기보유에 따른 양도소득세 부담을 완화하기 위하여 높은 공제율을 적용하도록 한 1세대 1주택 장기보유특별공제 제도는 그 입법취지와 목적이 같지 아니하여 적용할 법규 또한 서로 달리 규정하고 있으므로 장기보유특별공제시 높은 공제율을 적용하는 1세대 1주택에 해당하는지 여부를 판단할 때에는 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수가 없는 것인바(대법원 1997.7.8. 선고 95누9822 판결 참조), 따라서 1주택과 1조합원입주권을 소유하다가 주택을 양도한 경우에 양도소득세 비과세 대상여부는 구 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 구 「소득세법 시행령」제156조의2 의 규정에 따라야 하고, 장기보유특별공제시 높은 공제율 적용 대상여부는 구 「소득세법」제95조 제2항 단서 및 구 「소득세법 시행령」제159조의3 의 규정에 따라야 한다. 구 「소득세법」제89조 제1항 제3호는 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택과 일시적으로 2주택 이상을 보유하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 주택의 양도소득은 비과세하되 같은 조 제2항에서는 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다고 하여 주택과 조합원입주권을 보유한 경우에는 1세대 1주택에 해당하더라도 그 양도주택은 비과세하지 않는다고 규정하면서 그 단서에서 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다라고 하였고, 이의 위임에 따른 구 「소득세법 시행령」제156조의2 에서는 주택과 조합원입주권을 소유한 경우에도 1세대 1주택으로 보아 비과세하는 특례를 열거하고 있는데, 이 규정은 1세대 1주택 비과세 대상여부를 판단하는 비과세규정이므로, 장기보유특별공제액 계산시 높은 공제율을 적용하는 1세대 1주택에 해당하는지 여부를 판단할 때는 적용할 수가 없다. 만약, 구 「소득세법 시행령」제159조의3 본문에 규정한 1세대 1주택에는 해당하나, 괄호에서 열거하고 있는 주택에는 해당하지 않을 경우, 이를 이유로 높은 공제율 적용대상이 아니라고 한다면 이는 괄호 규정을 둔 취지에도 어긋날 뿐아니라 조세법률주의 엄격해석의 원칙에 위배되고, 장기보유특별공제 시에는 적용할 수 없는 비과세 특례규정인 구 「소득세법 시행령」제156조의2 를 장기보유특별공제에 적용한 것이므로 이 또한 위법한 것이 된다. 앞에 언급한 바와 같이 구 「소득세법 시행령」제156조의2 의 규정은 비과세 규정인 구 「소득세법」제89조 제2항 단서의 위임에 따라 주택과 조합원입주권을 소유한 경우에도 그 양도주택에 대하여 비과세할 수 있는 주택을 열거한 비과세 특례규정이므로 이에 해당하지 아니하면 양도소득세를 과세하여야 하는 것이지, 이에 해당하지 않는다는 이유만으로 높은 공제율 적용대상이 아니라고 판단한다면 이는 1세대 1주택 비과세 판정시 적용할 규정을 장기보유특별공제에 적용하였으므로 구 「소득세법 시행령」제156조의2 의 규정에 위배되는 것이다. 한편, 구 「소득세법 시행령」제159조의3 의 규정은 장기보유특별공제에 대하여 규정한 구 「소득세법」제95조 제2항 단서의 위임에 따라 높은 공제율을 적용하는 1세대 1주택이 무엇을 말하는지를 규정하고 있으므로 높은 공제율 적용 대상 여부를 판단할 때는 이 규정을 따라야 하는바, 1세대가 1주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도한 경우에 구 「소득세법 시행령」제156조의2 에 해당하지 아니하면 양도소득세는 과세하여야 하나, 그 양도한 주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있다가 그 주택을 양도한 경우로서 구 「소득세법 시행령」제159조의3 의 본문에 규정한 1세대 1주택에 해당하므로 장기보유특별공제액 계산시에는 구 「소득세법」제95조 제2항 단서의 규정에 따라 높은 공제율을 적용하여야 하는 것이고, 구 「소득세법 시행령」제159조의3 의 괄호 규정에서 포함한다는 문언이 기술된 바와 같이 괄호 규정은 같은 조 본문에 해당하지 아니할 때에만 적용하는 특혜 규정이므로 쟁점주택과 같이 본문의 규정에 해당하는 경우에는 괄호 규정은 아예 적용할 필요가 없다. (4) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것인바(대법원 2008.2.15. 선고 2006두8969 판결 참조), 구 「소득세법 시행령」제159조의3 본문에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택이라고 규정하고 있으므로 1주택 소유여부는 양도일을 기준으로 판단하여야 하는 것이고, 앞에서 언급한 바와 같이 종전 주택은 관리처분인가된 2015.5.21.에 주택에서 조합원입주권으로 변환되었고 2017.2.14.에 철거·멸실되었으므로 쟁점주택의 양도일(2018.3.30.) 현재 조합원입주권이 아닌 주택은 존재하지 아니하며, 이처럼 조합원입주권은 주택이 아님이 명확함에도 쟁점주택 양도일 현재 주택이 존재하는 것이라고 한다면 이는 구 「소득세법 시행령」 제159조의3 을 확장해석한 것으로 조세법률주의 엄격해석의 원칙에 반하여 부당하다. 결국, 앞에서 언급한 바와 같이 구 「소득세법 시행령」제159조의3 본문은 “1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택”을 1세대 1주택으로 규정하여 높은 공제율을 적용하도록 규정하고 있는데, 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 쟁점주택 외에는 주택을 소유하지 아니하였으므로 구 「소득세법 시행령」제159조의3 본문 규정에 따라 당연히 높은 공제율인 80/100을 적용하여야 한다. 나. 처분청 의견 청구인은 이 건 조합원입주권이 주택이 완성되는 때에 그 주택과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리일 뿐, 주거용으로 사용하는 건물이 아니므로「소득세법」상 조합원입주권은 주택이 아니고, 또한 장기보유특별공제 관련 규정에 조합원입주권을 주택으로 볼 수 있는 근거가 없고, 양도일 현재 1주택과 1조합원입주권을 보유하고 있으므로 1세대 1주택자의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 이 건에 있어 청구인이 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 것이 아니라, 2003.11.15.부터 소유하던 1세대 2주택 중 1주택이 2015.5.21. 조합원입주권으로 전환됨에 따라 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 것이므로 조합원입주권은 기존주택의 연장으로 보아야 할 것이다(조심 2009서3554, 2010.1.21. 같은 뜻임). 또한, 구「소득세법 시행령」(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제159조의3은 “법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.”라고 규정하고 있는바, 즉 장기보유특별공제액 계산시 구 「소득세법」제95조 제2항의 (표2) 공제율을 적용하는 1세대 1주택이란 구 「소득세법 시행령」제159조의3 본문 규정과 같이 1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택에 해당하거나, 1세대가 주택 양도일 현재 국내에 2주택 이상을 소유하거나 조합원입주권 등을 소유한 경우라도 괄호 규정에 따라 구 「소득세법 시행령」제155조 ·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 경우에는 (표2) 공제율을 적용하는 것이다. 한편, 청구인은 쟁점주택과 이 건 조합원입주권을 소유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우 쟁점주택이 구「소득세법」및 구「소득세법시행령」에 따라 비과세 되는 1세대 1주택으로 보는 주택은 아니라는 점에 대하여는 인정하고 있는바, 따라서 청구인이 양도한 쟁점주택은 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에 따라 1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택에 해당하지 않으며, 괄호 규정의 제156조의2 규정을 포함하여 그 밖의 규정을 적용하더라도 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하지 않아 (표2) 공제율로 계산할 수 없고, 당초에 양도소득세를 예정신고한 내용대로 (표1) 공제율로 계산하여야 하는 것이다. 위와 같이 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에서 규정하는 “양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택”이란 양도일 현재 다른 주택뿐만 아니라 다른 조합원입주권이 없는 경우로 해석함이 상당할 것이고, 이처럼 해석해야만 조합원입주권이 있는 경우 등 ‘1세대 1주택으로 보는 그 밖의 규정을 포함한다.’라는 괄호규정을 둔 취지에도 맞다 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 1세대 2주택을 보유하던 중 하나의 주택이 조합원입주권으로 전환된 상태에서 나머지 주택(쟁점주택)을 양도하는 경우 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용하여 양도소득을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제88조 [정의] 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제89조 [비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다. 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업,「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조 [양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 나. 지상권 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 (표1)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 (표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제154조 [1세대 1주택의 범위] ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제156조의2 [주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례] ① 삭제＜2017. 2. 3.＞ ② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다. ③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다. ④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것 2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것 제159조의3[장기보유특별공제] 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 이 사건 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 1976.1.6.에 OOO에 소재한 단독주택을 취득하여 14년간 보유ㆍ거주하여 오다가 1990.2.20.에 단독주택을 재건축하여 2003년 11월까지 13년 9개월 동안 재건축 단독주택에서 거주하였고, 이후 2003.12.31. OOO(쟁점주택)를 취득하여 14년 6개월 동안 보유(12년 10개월 거주)하다가 2018.3.30.에 쟁점주택을 양도하였다. (나) 2011.1.6. OOO은 위 재건축 단독주택이 포함된 OOO으로 지정하였고, 2015.5.21. OOO에 대하여 관리처분계획을 인가(2016.11.10. 변경인가)함으로써 청구인이 보유하고 있던 재건축 단독주택은 조합원입주권으로 변환되었으며. 이후 재건축사업의 시행으로 재건축 단독주택은 2017.2.14.에 철거·멸실되었다. (다) 청구인은 OOO이 진행 중인 2018.3.30. 쟁점주택을 OOO 외 1인에게 거래가액 OOO에 양도한 후, 2018.5.31. 아래 ＜표1＞과 같이 양도소득세를 예정신고 하였다가 2020.10.19. 쟁점주택의 양도가 구 「소득세법」제95조 제2항 단서에 규정한 1세대 1주택의 양도에 해당한다 하여 양도차익에 단서 관련 (표2)에 따른 보유기간별 공제율인 100분의 80을 적용하여 산정한 OOO을 장기보유특별공제 하여야 한다고 주장하며 경정청구를 제기하였다. ＜표1＞ 당초 양도소득세 예정신고와 경정청구 내역 ( (라) 쟁점주택 양도 당시 청구인 세대의 주택 및 조합원입주권 보유 현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구인 세대의 주택 및 조합원 입주권 보유현황 (마) 청구인은 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하며 주소 및 거주기간에 대한 증빙으로 OOO이 2020.9.15. 발급한 주민등록표초본을, 정비구역 지정과 조합원입주권 변환과 관련된 증빙으로 OOO이 2011.1.6. 고시한 정비구역지정고시문과 OOO이 2015.5.21.과 2016.11.10. 고시한 관리처분계획인가 및 관리처분계획변경인가 고시문을, 정비구역으로 지정된 당초 단독주택과 재건축단독주택의 취득 또는 신축·멸실 등에 대한 증빙으로 OOO 건물 및 토지 등기사항전부증명서 등을 제시하였다. (2) 청구인은 처분청이 제시한 심판사례 등을 이 건에 적용할 수 없고, 비과세되는 1세대 1주택과 장기보유특별공제가 구분 적용되는 1세대 1주택은 다르다고 주장하며 2021.3.25. 우리 원에 다음과 같이 항변서를 제출하였다. (가) 처분청이 제시한 대법원 판례(대법원 2011.11.24. 선고 2010두13807 판결)와 심판결정례(조심 2008중0203, 2008.8.28., 조심2009서3554 , 2010.1.21.), 심사청구결정례(국세청 심사양도2011-0033, 2011.5.22., 국세청 심사기타2013-0010, 2013.6.10.)는 모두 1세대 1주택 비과세 대상 여부와 관련된 것으로, 이 건의 경우 구 「소득세법」제95조 제2항 단서 및 구 「소득세법 시행령」제159조의3 의 규정에 의거 장기보유특별공제액 계산시 (표2)의 공제율을 적용하는 1세대 1주택에 해당하는지 여부가 쟁점이 되므로 이 사건에 원용하기 어렵다. (나) 처분청은 심판결정례(조심 2009서3554, 2010.1.21.)를 언급하면서 청구인이 소유한 조합원입주권이 일시적으로 소유하게 된 것이 아니라 기존주택의 연장으로 보아야 한다고 하였으나, 동 사례는 1세대 2주택자의 주택 중 1주택이 조합원입주권으로 전환된 경우에는 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 「소득세법 시행령」제156조의2 제4항에 정하는 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용할 수 없다는 심판결정으로, 장기보유특별공제액 계산시 (표2) 적용대상인 1세대 1주택에 해당하는지 여부를 가리는 이 건과는 사안이 다르고, 「소득세법」제89조 제2항은 1세대 1주택에 해당함에도 불구하고 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하면 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하지 아니한다고 규정하여 조합원입주권을 보유한 경우라고 법령에서 특정하고 있으나, 장기보유특별공제시 (표2)의 공제율을 적용하는 규정인 구 「소득세법」제95조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제159조의3에는 조합원입주권 보유 여부를 규정하고 있지 않아 (표2) 적용대상 1세대 1주택 해당 여부를 판단할 때에는 조합원입주권 보유여부가 아무런 영향을 미치지 아니한다. (다) 처분청은 청구인이 쟁점주택과 조합원입주권을 소유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우 쟁점주택은 비과세 되는 1세대 1주택으로 보는 주택이 아니므로 쟁점주택이 구 「소득세법 시행령」 제159조의3 에 따라 “1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택”에 해당하지 않는다고 하나, 조합원입주권은 원시 취득한 것이든 승계 취득한 것이든 불문하고「소득세법」상 주택이 아니므로 청구인이 양도한 쟁점주택은 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에 규정한 1세대 1주택에 해당한다. (라) 비과세 대상 1세대 1주택과 장기보유특별공제액 계산시 (표2)의 공제율을 적용하는 1세대 1주택을「소득세법」에서 달리 규정하고 있음에도 불구하고, 쟁점주택이 구 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2의 양도소득세 비과세 특례규정에 해당하지 않으므로 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에 따라 장기보유특별공제액 계산시 (표2)의 공제율을 적용하는 1세대 1주택에 해당하지 않는다고 한 처분청의 의견은 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에서 규정한 1세대 1주택을 판단하면서 제156조의2의 규정을 따른 것이 되어 결과적으로 제159조의3을 사문화시키는 결과를 초래하여 부당하다. (마) 마지막으로, 처분청은 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에서 규정하는 “양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택”이란 양도일 현재 다른 주택뿐만 아니라 다른 조합원입주권이 없는 경우로 해석함이 상당할 것이라고 하면서, 이와 같이 해석해야만 조합원입주권이 있는 경우 등 ‘1세대 1주택으로 보는 그 밖의 규정을 포함한다’는 괄호 규정을 둔 취지를 이해할 수 있다고 하나, 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에서는 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다고 하여 괄호 규정을 둔 취지가, 원칙인 1주택을 소유하고 있는 그 주택에 해당하지 아니하는 경우 즉 2주택 이상을 소유하고 있는 경우로서 괄호 규정에 해당하면 예외적으로 1세대 1주택에 포함하여 (표2)의 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산하겠다는 것으로, 괄호에 규정하고 있는 구 「소득세법 시행령」제156조의2 의 규정 중 제3항 및 제4항에서는 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우로서 이 규정에서 정하고 있는 요건을 충족하는 경우에는 1세대 1주택으로 본다고 규정하였는데, 이는 비과세에 관한 규정임에도 처분청이 이에 해당하지 않으면 장기보유특별공제 규정의 1세대 1주택에 해당하지 않는다고 하고 있으므로 이는 부당하다. 「소득세법」에서는 주택과 조합원입주권을 별개의 자산으로 규정하고 있어 조합원입주권은 주택으로 볼 수 없고, 비과세제도와 장기보유특별공제제도는 그 입법취지와 목적이 같지 아니하여 적용할 법규 또한 달리 규정하고 있으므로 비과세 규정을 장기보유특별공제에 원용하여서는 아니되며, 비과세규정처럼 장기보유특별규정에도 조합원입주권을 보유한자를 1세대 1주택에서 제외한다는 취지의 특례를 두어야 장기보유특별공제시 조합원입주권 보유자를 1세대 1주택에서 배제할 수 있는 것인바, 따라서 법규에 규정하지 않았음에도 임의로 조합원입주권 보유자를 1세대 1주택에서 제외한 처분청의 거부처분은 구 「소득세법」제95조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제159조의3을 위배한 것이므로 부당하다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 조합원입주권이 주택에 해당하지 아니하고,「소득세법」상 장기보유특별공제 관련 규정에 조합원입주권을 주택으로 볼 수 있는 근거가 없으므로 쟁점주택의 양도 관련 장기보유특별공제 적용시 1세대 1주택 관련 공제율을 적용하여야 한다고 주장하나, 이 건 조합원입주권은 종전에 소유하던 주택이 입주권으로 전환됨에 따라 소유하게 된 것으로 보유한 쟁점주택을 양도한 경우, 쟁점주택은 1세대 1주택에 해당하지 아니한다고 보이는 점, 구 「소득세법 시행령」제159조의3 에서 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 하면서 괄호에서는 제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다고 규정하고 있는데, 제156조의2 규정은 주택과 조합원입주권을 소유한 경우에 있어서의 1세대 1주택 판정 관련 특례규정으로 괄호 규정에 의하더라도 조합원입주권이 장기보유특별공제 관련 공제율의 구분 적용 여부에 관련이 있는 것으로 보이는 점, 이 건 조합원입주권을 소유한 상태에서 양도한 쟁점주택은 「소득세법 시행령」제156조의2 의 특례규정에 포함되지 아니한 경우 1세대 1주택으로 인정하기 어려운 점 등에서 처분청이 쟁점주택의 양도와 관련하여 청구인의 1세대 1주택 장기보유특별공제율 적용신청을 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.