서울고등법원 2008누37680 (2010.08.19)

【원고, 항소인】 대륙머신파트 주식회사 (소송대리인 변호사 김동윤)

【피고, 피항소인】 성동세무서장

【제1심판결】 서울행정법원 2008. 11. 12. 선고 2007구합21426 판결

【변론종결】2010. 7. 15.

【주 문】

1. 당심에서 변경된 청구를 포함하여 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2004. 10. 1. 원고에게 한 별지 1 제1목록의 ‘고지세액’란 기재 각 금액의 법인세 및 부가가치세의 부과처분 중 같은 목록의 ‘정당한 세액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

나. 피고가 2004. 10. 15. 원고에게 한 별지 1 제2목록의 ‘소득금액변동통지금액’란 기재 각 금액의 소득금액변동통지 중 같은 목록의 ‘올바른 소득금액변동통지금액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

다. 원고의 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용 중 85%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 주위적으로, 피고가 원고에 대하여 2004. 10. 1. 한 별지 1 제1목록 ‘고지세액’란 기재 각 금액의 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 ‘원고 주장의 정당한 세액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분을 모두 취소하고, 피고가 원고에 대하여 2004. 10. 15. 한 별지 1 제2목록 ‘소득금액변동통지금액’란 기재 각 금액의 소득금액변동통지 중 ‘원고 주장의 올바른 소득금액변동통지금액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다. 예비적으로, 피고가 원고에 대하여 2004. 10. 1. 한 별지 1 제1목록 ‘고지세액’란 기재 각 금액의 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 ‘원고 주장의 정당한 세액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분을 모두 취소하고, 2005. 5. 13. 한 2000년 귀속 근로소득세 97,603,810원, 2001년 귀속 근로소득세 42,006,120원, 2002년 귀속 근로소득세 27,613,150원, 2003년 귀속 근로소득세 28,104,250원, 2005. 6. 10. 한 2000년 귀속 근로소득세 89,308,620원, 2001년 귀속 근로소득세 42,006,120원, 2002년 귀속 근로소득세 26,984,490원, 2003년 귀속 근로소득세 28,104,250원의 각 부과처분을 모두 취소한다(원고는 제1심에서 법인세 및 부가가치세, 2005. 6. 10.자 근로소득세 부과처분의 취소를 구하다가, 당심에 이르러 이를, 새로 추가한 2005. 5. 13.자 근로소득세 부과처분의 취소청구와 함께 예비적 청구로 하고, 제1심에서 구한 법인세 및 부가가치세 부과처분의 취소에 소득금액변동통지의 취소를 추가한 것을 주위적 청구로 하는 것으로 청구취지를 변경하였다).

【이 유】 1. 처분의 경위

① 원고는 1999. 12. 24. 편직기 부품 제조·판매업 및 부대사업 일체를 목적으로 설립된 법인으로서 원고의 대표이사 소외 2와 그의 배우자인 소외 3으로부터 특허권에 관한 전용실시권을 부여받았다.

② 피고는 원고에 대하여 2004. 5. 24.부터 2004. 7. 5.까지 2000 사업연도부터 2003 사업연도까지의 법인세 통합조사를, 2004. 7. 6.부터 2004. 9.경까지 조세범 범칙조사(이하 위 각 조사를 일괄하여 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 후, 원고가 세금계산서를 발행하지 않고 거래명세표만 교부하여 거래한 매출금액 609,511,350원, 소외 2의 아들인 소외 1 명의의 신한은행 예금계좌{(계좌번호 1 생략), 이하 ‘이 사건 제1계좌’라 한다}와 소외 2의 아들인 소외 4 명의의 신한은행 예금계좌{(계좌번호 2 생략), 이하 ‘이 사건 제2계좌’라 한다}에 입금된 금액 중 784,152,023원을 원고의 매출누락액으로 보고 이를 각 익금산입하는 한편, 2000 사업연도 경비에 계상된 국제특허출원비용 28,765,394원을 업무무관비용으로 보아 손금불산입을 하고, 2000. 5. 31. 원고 명의의 예금계좌에서 인출되어 원고 대표이사 소외 2의 종합소득세 납부에 사용된 3,300만 원에 대하여 손금불산입을 하는 등 위 과세대상금액을 과세기간별로 아래 표 기재와 같이 구분하였다.

과세기간별 과세대상금액 (단위 : 원, 이하 모두 표에서 같다)

과세기간매출누락액업무무관비용거래명세표 이 사건 각 계좌 국제특허출원비용소득세 대납액 2000. 1.기 279,865,2009,203,000 28,765,394 33,000,000 2000. 2기 329,646,150？？？2001. 1기 ？163,933,252？？2001. 2기 ？146,346,445？？2002. 1기 ？78,298,650 ？？2002. 2기 ？149,980,900？？2003. 1기 ？122,325,735？？2003. 2기 ？114,064,091？？계 609,511,350784,152,02328,766,514 33,000,000

③ 피고는 2004. 10. 1. 원고에게 부가가치세 및 법인세를 아래 표 기재와 같이 결정하여 고지하고, 2004. 10. 15. 위 매출누락액과 손금불산입한 비용(특허출원비용 및 소득세 대납비용)을 포함한 합계 1,455,428,767원을 원고의 대표이사 소외 2에 대한 인정상여로 소득처분한 소득금액변동통지를 하였다.

2004. 10. 1.자 부가가치세, 법인세 부과처분 및 2004. 10. 15.자 소득금액변동통지

부가가치세법인세 인정상여금액(원) (대표자 소외 2)과세기간 고지세액(원)사업연도 고지세액(원)2000. 1기 54,252,840 2000 303,431,080 680,479,744 2000. 2기 59,111,540 2001. 1기 28,047,480 2001 129,807,880 310,279,697 2001. 2기 23,814,550 2002. 1기 12,097,130 2002 75,251,880 228,279,500 2002. 2기 21,917,660 2003. 1기 15,913,650 2003 69,705,040 236,389,826 2003. 2기 14,258,000 합계 229,412,850 ？ 578,195,880 1,455,428,769

④ 원고는 위 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지에 대하여 불복하여 2005. 1. 3. 피고에게 이의신청을 하였으나 2005. 6. 8. 기각결정을 받았고, 2005. 9. 2. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007. 3. 22. 국세심판원으로부터 ‘소외 2에 대한 2000년 귀속 소득금액 680,479,744원의 소득금액변동통지처분은 그 소득금액 14,382,697원을 소외 2의 소득금액에서 제외하여 이를 경정하고 나머지 청구를 기각한다’는 결정을 받았다.

⑤ 한편 피고는 2005. 5. 13.과 2005. 6. 10. 원고에 대하여 2004. 10. 15.자 소득금액변동통지에 의하여 각 근로소득세 징수처분을 아래 표 기재와 같이 하였다가, 2007. 4. 2. 위 국세심판원 경정결정에 따라 소외 2에 대한 2000년 귀속 인정상여금액을 666,097,047원{=680,479,744원-14,382,697원(소외 3의 기타 소득으로서 국제특허출원비용의 1/2 상당)}으로 정정하는 소득금액변동통지를 하였으며 그 무렵 원고의 2000년 귀속 근로소득세를 91,275,420원으로 경정하여 고지하였다.

2004. 10. 15.자 소득금액변동통지에 의한 근로소득세 징수처분 내역

귀속연도근로소득세 징수처분근로소득세 경정·고지2005. 5. 13.자 2005. 6. 10.자 2007. 4. 2.자 2000년97,603,810 89,308,620 91,275,420 2001년42,006,120 42,006,120 ？2002년27,613,150 26,984,490 ？2003년28,104,250 28,104,250 ？

⑥ 피고는 이 사건 소송 계속중인 2008. 9. 22. 원고의 2000년 거래내역 중 □□상사에 대한 입력착오로 중복 계상되었던 122만 원과 대성상사의 계좌입금액 325만 원의 합계 447만 원을 2000년 과세대상금액에서 제외하여 2000년 제1기 부가가치세를 53,599,710원으로, 2000년 제2기 부가가치세를 58,934,020원으로, 2000 사업연도 법인세를 301,341,640원으로, 2000년 귀속 근로소득세를 89,308,620원으로 감액 경정하였다(이하 피고가 이 사건과 관련하여 위와 같은 감액결정과정을 거쳐 아래 표 기재와 같이 원고에 대하여 최종적으로 한 각 법인세와 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지를 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

최종적인 부가가치세, 법인세 부과처분 및 근로소득세 징수처분 내역

부가가치세사업연도 법인세 근로소득세 과세기간 고지세액 2000년 1기 53,599,710 2000 301,341,64089,308,620 2000년 2기 58,934,020 2001년 1기 28,047,480 2001 129,807,88042,006,120 2001년 2기 23,814,550 2002년 1기 12,097,130 2002 75,251,880 26,984,490 2002년 2기 21,917,660 2003년 1기 15,913,650 2003 69,705,040 28,104,250 2003년 2기 14,258,000 합계 228,582,200？576,106,440186,403,480☞ 2000년도 소득금액변동통지금액은 2008. 9. 22. 최종적으로 661,627,047원(=666,097,047원 - 4,470,000원)으로 되었다.

[인정 근거] 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 15, 갑 제3호증, 갑 제24호증의 1, 갑 제39, 44호증, 갑 제45호증의 1, 2, 갑 제48호증, 갑 제53호증의 1, 2, 갑 제84호증의 1 내지 8, 갑 제86호증의 1 내지 5, 갑 제87, 88호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1 내지 을 제5호증의 2, 을 제6, 7, 8호증, 을 제11, 12, 13호증의 각 1, 2, 3, 을 제15호증의 1, 2, 을 제16호증, 을 제17호증의 1 내지 4, 을 제18 내지 23호증, 을 제24호증의 1 내지 62, 을 제25, 26호증, 을 제27호증의 1 내지 395, 을 제28호증, 을 제37호증의 1 내지 4, 을 제38 내지 42호증, 을 제44호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 부과처분이 아래와 같은 이유로 위법하다고 주장한다.

가. 이 사건 거래명세표의 거래주체는 원고가 아닌 소외 1이라는 점에 관하여

소외 1은 원고의 직원이나, 원고가 1999. 12. 28. 소외 3으로부터 ○○○○공업사 영업을 양수하면서 배제한 위 회사의 폐업시점의 재고자산이나 매출채권 중 현물로 회수한 제품을 개인적으로 보관하다가 처분하고 그 물품대금을 소외 1 명의의 은행계좌로 지급받았는데, 2000년에 원고 명의의 거래명세표를 작성하여 거래하다가 외상규모가 늘어나자 2001년부터 더 이상 거래명세표를 작성하지 않고 현금 및 약속어음만으로 거래했으며, 2002. 1. 21.부터 2003. 6. 30.까지 △△△△△△△라는 상호로 개인사업체를 운영하여 거래해 왔으므로, 그로 인한 매출액은 실질적으로 소외 1에게 귀속되어야 한다. 가사 그렇지 않더라도 거래 상대방이 원고가 아닌 소외 1 개인과 거래하였다고 소명한 부분까지 원고의 매출액으로 산정한 것은 부당하다.

나. 이 사건 각 계좌의 입금액은 원고의 매출수입이 아니라는 점에 관하여

피고가 원고의 총수입금액을 결정하기 위한 실지조사 방법으로 원고 명의의 은행계좌가 아니라 소외 1, 4 명의의 이 사건 각 계좌에 입금된 금액을 조사하였고, 더욱이 위 각 계좌에 입금된 돈의 성격이 거래처와 개인적으로 이루어진 금전대차상의 채무변제이거나 개인 사이의 통상적인 돈거래일 가능성이 있음에도, 이러한 사정을 전혀 고려하지 않은 채 원고의 자금이 일부 입금되었다는 사정만으로 이 사건 각 계좌의 입금액 전체를 원고의 매출수입으로 산정한 것은 부당하다. 특히 이 사건 각 계좌 입금액 중 입금인의 인적사항이 밝혀지지 않아 그 돈의 성격을 전혀 알 수 없는 254,572,725원도 원고의 매출누락액으로 산정한 것은 단지 그 입금액이 원고의 매출누락액일 것이라는 막연한 짐작만으로 과세한 것으로서 근거과세원칙에 명백히 위배된다.

다. 원고의 매출누락액은 형사판결의 조세포탈금액으로 한정된다는 점에 관하여

원고가 2000. 1. 1.부터 2003. 12. 31.까지 이 사건 거래명세표와 이 사건 각 계좌를 통해 조세포탈한 금액은 이미 확정된 관련 형사판결에 의해 특정되었고, 그 형사판결의 사실인정을 배제할 만한 특별한 사정이 없으므로, 결국 원고의 매출누락액은 형사판결에서 인정된 금액을 초과할 수 없다.

라. 국제특허출원비용 등이 원고를 위한 비용이라는 점에 관하여

원고가 특허권자인 소외 2, 3으로부터 전용실시권을 부여받아 영업활동을 하고 있는 상황에서 그 특허권을 둘러싸고 독일 업체와 소외 2, 3 사이에 소송이 벌어지고 있어 향후에도 특허권 침해를 원인으로 미국 회사에 의해 제소될 위험성이 있다고 판단하여 그 위험성을 사전에 제거하고자 비용을 들여 위 특허를 미국에 출원하였고, 그 국제특허의 이익을 현실적으로 향유하여 왔으므로, 국제특허출원비용을 원고의 업무와 무관한 비용으로 볼 수 없다.

마. 종합소득세 납부액 3,300만 원의 손금불산입의 부당성에 관하여

원고의 현금보유액 변화 추이 등에 비추어 보면, 2000. 5. 31. 예금 인출된 3,300만 원은 소득세 납부에 사용되지 않았고, 그렇지 않다 하더라도 곧바로 동액 상당의 돈이 대표자 또는 그 가족에 의해 원고에 입금되었음이 명백하므로, 위 3,300만 원은 사외유출되지 않았다. 그리고 문제의 종합소득세는 소외 3이 신고납세의무자이고, 소외 2는 그 배우자로서 연대납세의무만이 있으므로, 위 3,300만 원은 소외 3의 소득세 납부에 사용되어 소외 3에게 실질 귀속되었음이 밝혀졌고, 따라서 원고의 대표자인 소외 2에 대한 상여로 소득처분한 것은 위법하다. 또한, 위 3,330만 원은 예금 자산이 현금보유액으로 보유형태만 바뀌었고 원고의 자산이나 소득에 영향이 없으므로 익금에 산입할 금액이 없어 소득처분의 대상이 없고, 3,300만 원은 세무신고 당시 손금산입된 사실이 없으므로, 위 돈이 손금산입된 것을 전제로 한 손금불산입은 위법하다.

3. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

피고는, 원고가 이 사건 소 제기 당시 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 청구하지 않다가 당심에 이르러 청구의 변경을 통해 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하고 있으므로 이 사건 소 중 소득금액변동통지 취소청구부분은 제소기간 도과 후에 제기되었고, 원고가 2005. 5. 13.자 근로소득세 징수처분과 2005. 6. 10.자 근로소득세 징수처분에 관하여 심판청구의 전심절차를 거치지 않았으므로, 이 사건 소 중 소득금액변동통지와 근로소득세 징수처분의 각 취소청구부분은 모두 부적법하다고 항변한다.

조세소송에 있어서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적, 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통되게 되는 경우에 선행처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 한다(대법원 1998. 6. 9. 선고 96누17998 판결, 대법원 2000. 9. 26. 선고 99두1557 판결 등 참조). 그리고 행정소송법 제22조가 정하는 소의 변경은 그 법조에 의하여 특별히 인정되는 것으로서 민사소송법상의 소의 변경을 배척하는 것이 아니므로, 행정소송의 원고는 행정소송법 제8조 제2항에 의하여 준용되는 민사소송법에 따라 청구의 기초에 변경이 없는 한도에서 청구의 취지 또는 원인을 변경할 수 있고(대법원 1999. 11. 26. 선고 99두9407 판결 참조), 이 경우 변경된 소의 제소기간 준수 여부는 당초 변경되기 전의 소의 제기일을 기준으로 판단하여야 할 것이다.

이 사건으로 돌아와 살피건대, 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 48호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있거나 기록상 명백한 바, 위 인정사실을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 소장으로 청구한 2005. 6. 10.자 근로소득세 징수처분의 취소청구부분은 위 제2항에서 살펴본 바와 같은 원고의 주장사실에 터 잡아 피고가 2004. 10. 15. 원고에게 한 소득금액변동통지가 위법하다는 것을 청구원인으로 하고 있어 그 청구의 기초에 동일성이 인정된다 할 것인바, 국세심판원이 이 사건 소득금액변동통지에 대한 원고의 국세심판청구에 의하여 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여받은 이상 원고로 하여금 이 사건 각 근로소득세 징수처분에 관하여 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것은 원고에게 가혹하다고 보이므로, 원고는 이 사건 각 근로소득세 징수처분에 대한 전심절차를 거치지 않고 이 사건 2005. 6. 10.자 근로소득세 징수처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다 할 것이고, 이 사건 소 중 2005. 6. 10.자 근로소득세 징수처분의 취소를 청구하는 부분이 적법한 제소기간 내에 제기된 이상 원고는 민사소송법 제262조 제1항에 의하여 이와 청구의 동일성이 인정되는 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 추가적으로 청구하는 것으로 청구취지를 변경할 수 있을 뿐만 아니라 2005. 5. 13.자 근로소득세 징수처분의 취소까지 함께 청구하는 것으로 청구취지를 확대할 수 있다 할 것이므로, 피고의 위 항변은 모두 이유 없다.

① 피고는 2004. 10. 1.과 2004. 10. 15. 이 사건 부과처분을 한 후 2005. 1. 3. 원고로부터 위 각 부과처분에 대한 이의신청을 받아 이의신청 사건이 계속중이던 2005. 5. 13. 원고에게 2004. 10. 15.자 소득금액변동통지에 따른 근로소득세 수정신고 미납부액 중 일부에 대하여 근로소득세 징수처분을 하였고, 2005. 6. 8. 위 이의신청을 기각한 후인 2005. 6. 10. 원고에게 나머지 부분에 대하여 근로소득세 징수처분을 하였다.

② 원고는 2005. 9. 2. 국세심판원에 “피고가 원고에 대하여 한 법인세 및 부가가치세 부과처분과 대표자에 대한 상여로 소득처분한 금액 중 원고가 수입금액누락을 인정하는 공급대가 17,686,700원에 관한 법인세, 부가가치세 부과처분 및 대표자 상여 소득처분을 초과하는 부분을 전부 취소하여 줄 것을 구한다”는 취지로 국세심판청구를 하였다.

③ 원고는 2005. 5. 13.자 및 2005. 6. 10.자 각 근로소득세 징수처분에 대한 이의신청 또는 심판청구를 한 바 없이 곧바로 이 사건 소를 제기하면서 2005. 6. 10.자 근로소득세 징수처분의 취소만을 청구하였다가 당심에 이르러 2010. 7. 13.자 청구취지변경신청서를 통해 비로소 주위적 청구를 추가하여 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 청구하고 예비적 청구를 일부 추가하여 2005. 5. 13.자 및 2005. 6. 10.자 근로소득세 징수처분 모두의 취소를 청구하고 있다.

4. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 인정사실

① 원고의 주식은 설립 이래 줄곧 원고의 대표이사 소외 2가 35%, 소외 2의 처인 감사 소외 3이 15%, 소외 2의 아들들인 이사 소외 4, 1이 각 20%, 그 밖에 소외 5가 10%를 각 소유하고 있었다.

② 소외 1은 1999. 12. 24. 원고의 이사로 취임 및 등기를 한 이후 적어도 2004. 12.경까지 원고 내에서 실장이라는 직책으로 원고의 판매, 구매, 인사까지 담당하면서 원고를 총체적으로 운영하였고, 한 달에 한 번 정도 매출, 매입 등을 대표이사 소외 2에게 구두로 보고하는 한편, 2002. 1. 2.경 양주시 율정동 (지번 생략)에 사업장을 둔 △△△△△△△를 개설하여 그 영업에 관한 거래대금을 소외 1 명의의 회전농협 계좌(계좌번호 3 생략)로 수취하다가 2003. 6. 30. 폐업하였다.

③ 원고는 1999. 12. 28. ○○○○공업사의 사업자인 소외 3과 사이에, 원고가 소외 3으로부터 편직기부품 제조업체인 ○○○○공업사의 자산인 받을 어음 240,729,700원, 외상매출금 883,523,251원, 제품, 반제품, 공기구 등 합계 1,366,780,339원 등을 포함하여 ○○○○공업사 사업을 양수하기로 하는 사업양도양수계약을 체결하였고, 소외 3은 1999. 12. 31. ○○○○공업사를 폐업하고, 2000. 1. 24.경 관할세무서장에게 법인전환을 폐업사유로 들어 ○○○○공업사 폐업신고를 하였다.

④ 피고는 이 사건 조사 과정에서 원고 제시의 2000년 거래명세표 885장외에 세금계산서가 발행되지 않은 원고 명의의 2000년 거래명세표 395장(공급대가 595,279,124원, 이하 ‘이 사건 거래명세표’라 한다)을 별도로 입수하였는데, 이 사건 거래명세표는 위 2000년 거래명세표 885장과 비교하여 그 형태, 결재양식, 인영 및 일련번호 부여방식 등이 동일할 뿐만 아니라 그 일련번호가 중복되지 않고, 원고의 대표이사, 전무 등 인장이 날인되어 있었으며, 이 사건 거래명세표상 거래처 141곳 대부분이 위 거래명세표 885장의 거래처에 포함되어 있었다.

⑤ 피고는 이 사건 거래명세표상 거래처 141곳 가운데 68곳의 인적사항을 확보하여 이 중 24곳으로부터 이 사건 거래명세표가 원고와의 거래에 관한 것이라는 취지의 확인서를 제출받고, 7곳으로부터 구두로 위와 같은 사실을 확인받았으며, 3곳으로부터 반품거래임을 확인받는 한편, 이 사건 거래명세표의 공급대가 중 445,805,000원 상당 부분은 원고가 국내에서 독점 생산한 D.P.F 신제품을 정상가격 상당액으로 판매한 것이고 22,914,500원 상당은 D.P.F 중고품을 판매한 것으로 각 확인한 후, 반품거래분 거래명세표 6장을 제외한 거래명세표 389장의 공급대가 합계 593,804,650원과 원고 보관의 거래명세표 885장 중 2000년 사업연도 세금계산서 미발행분 15,706,700원의 합계 609,511,350원이 원고의 2000 사업연도 매출에서 누락된 것으로 보았다.

⑥ 원고는 이 사건 거래명세표상 거래처에 그 거래금액을 이 사건 각 계좌에 입금할 것을 요청하여 매출금액 등을 지급받아 왔는데, 이 사건 각 계좌에 2000. 1. 1.경부터 2003. 12. 31.까지 입금된 돈은 합계 1,276,003,360원이고, 그 구체적인 입금내역은 아래 표 기재와 같다.

이 사건 각 계좌의 2000. 1. 1.부터 2003. 12. 31.까지 입금인 상황별 입금액

내역 금액 ㉠ 입금 총액(㉡+㉢) 1,276,003,360㉡ 원고가 입금인으로 표시된 총액 539,083,335 ㉢ 원고 이외의 자가 입금인으로 표시된 총액(㉣+㉤) 736,920,025 ㉣ 입금인이 원고 대표이사 소외 2의 친인척으로 확인된 총액 44,270,010 ㉤ ㉣항 이외에 상호 또는 성명이 표시된 총액(㉥+㉬) 692,650,015 ㉥ 입금인의 인적사항이 확인된 총액(㉦+㉧+㉨+㉩+㉪+㉫)438,077,263 ㉦ 이 사건 거래명세표에 의한 매출누락액 중 입금액 94,012,720 ㉧ 원고가 세금계산서를 발행한 금액 51,303,720 ㉨ 원고의 거래처 거래사실을 시인한 금액 83,851,400 ㉩ 소외 1이 개인사업자 명의로 세금계산서를 발행한 금액 4,300,000 ㉪ 미수거래금액 수취금액 22,041,860 ㉫ 소외 2의 금전거래 102,000,000 ㉬ 입금인의 인적사항이 확인되지 않은 총액 254,572,752

⑦ 피고는 이 사건 각 계좌 입금액 중 가족 또는 거래처와 이루어진 금전대차관계로 확인되거나 이미 원고 명의로 세금계산서가 발행된 거래처 입금액의 합계 337,723,000원과 2000년 입금액 중 이 사건 거래명세표에 의하여 매출누락으로 산정된 금액과 중복가능성이 있는 154,128,337원을 제외한 784,152,023원(= 1,276,003,360원 - 337,723, 000원 - 154,128,337원)을 원고의 매출누락액으로 보고, 이를 위 제1항의 ②의 표 기재와 같이 과세기간별로 구분하였다.

⑧ 원고는 소외 2, 3이 가지고 있는 특허권의 전용실시권자로서 2000. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 특허권자인 소외 2, 3과 독일 메밍거-아이알오 게앰베하(MEMMINGER-IRO GMBH)와 사이의 특허 관련 소송{서울고등법원 98나47520호 손해배상(기) 사건과 특허법원 99허4187호 등록무효(특) 사건}에 관한 비용과 위 특허의 미국출원을 위한 비용으로 합계 28,765,394원을 지출하였고, 2000. 5. 31. 원고 명의의 금융기관 계좌에서 3,300만 원을 인출하여 원고 대표이사인 소외 2의 종합소득세 납부에 지출하였다.

⑨ 피고는 2004. 9. 10. 서울동부지방검찰청에 이 사건 거래명세표와 이 사건 각 계좌에 의한 매출누락을 조세포탈로 보고 원고를 고발하였다. 이에 서울동부지방검찰청 검사는 원고의 대표이사 소외 2에 대하여 소외 1의 조세포탈행위를 인식하지 못하였다는 이유로 무혐의처분을 하면서 원고와 소외 1을 조세범처벌법위반으로 기소하였다.

⑩ 원고와 소외 1은 2005. 7. 21. 서울동부지방법원 2005고단429, 2005고정1060(병합) 조세범처벌법위반 사건에서 ‘소외 1이 원고의 이사로서 원고를 실질적으로 운영하면서, 2000년 초경 원고가 □□상사에 편직기 부품 35,199,000원 상당을 판매하면서 세금계산서 교부 없이 거래명세표만 교부하는 등 2000년 제1기에 물품 공급가액 82,304,091원 상당의 거래를 은닉한 다음 이를 누락한 채 부가가치세 확정신고를 하여 부가가치세 8,230,409원을 포탈한 것을 비롯하여 2000. 1. 1.경부터 2003. 12. 31.경까지 위와 같은 방법 내지 거래명세표조차 교부하지 않고 소외 1 명의의 예금계좌로 판매대금을 직접 지급받는 방법으로 물품 공급가액 합계 226,370,909원(= 이 사건 거래명세표 395장 중 거래상대방이 거래를 시인하거나 문서로 거래사실이 인정된 매출누락액 186,994,100원 + 이 사건 각 계좌 입금액 중 입금인이 거래를 시인하거나 인적사항이 거래처로 확인된 매출누락액 62,195,900원) 상당의 거래를 은닉한 다음 부가가치세 및 법인세 신고를 하면서 매출을 누락하여 부가가치세와 법인세 합계 86,020,945원 정도를 포탈하였다’는 범죄사실로 유죄판결을 선고받은 후, 이에 각 항소하였으나 서울동부지방법원 2005노817호 사건에서 2005. 10. 13. 항소기각판결을 각 선고받았으며, 이에 다시 각 상고하였으나 대법원 2005도8144호 사건에서 2006. 1. 12. 상고기각판결을 각 선고받았다.

[인정 근거] 갑 제1호증, 제4호증의 1, 2, 3, 갑 제5, 29 내지 32, 39 내지 43호증, 갑 제46호증의 1 내지 9, 갑 제48호증, 갑 제51호증의 1 내지 12, 을 제6, 7호증, 을 제9호증의 1 내지 을 제18호증, 을 제21호증, 을 제24호증의 1 내지 을 제27호증의 395, 을 제30, 31, 38 내지 41호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 주위적 청구에 대한 판단

1) 이 사건 거래명세표상 매출누락액의 귀속자가 원고인지에 대하여

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 참조).

위 인정사실과 이에 의하여 알 수 있는 다음 각 사정 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 이 사건 거래명세표상 매출거래의 주체로서 해당 각 거래처에 물품을 공급하여 매출수입의 귀속자에 해당한다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 거래명세표상 거래주체를 판단함에 있어서 이 사건 거래명세표의 일련번호 등에 비추어 모두 동일한 거래주체에 의한 것으로 봄이 경험칙에 부합한다.

② 소외 1과 원고에 대한 유죄판결에서 이 사건 거래명세표 중 상당 부분에 관하여 그 거래명세표가 원고의 거래에 의해 발행, 교부된 것으로 확정되었다.

③ 원고가 소외 3으로부터 ○○○○공업사의 사업을 양수할 당시 그 사업 일체를 양수하면서 당시 이미 부도난 거래처의 약속어음 및 공급물품 반품 등까지 양수받았던 것으로 봄이 상당하고, 갑 제7호증의 기재는 위 판단에 방해가 되지 않는다.

④ 소외 1이 이 사건 거래명세표의 거래처 중 ◇◇섬유 대표자 소외 6, ☆☆상사 대표자 소외 7, ▽▽상사 대표자 소외 8, ◎◎섬유 대표자 소외 9 등과 사이에 개인적으로 거래하였다는 원고의 주장사실에 부합하는 듯한 갑 제34호증의 1, 2, 3, 갑 제35호증, 갑 제37호증의 1 내지 7, 갑 제49호증의 1, 3, 갑 제90호증, 을 제17호증의 2의 각 기재는 위 인정사실, 앞서 든 여러 사정 및 그 작성 시기와 경위 등에 비추어 믿기 어렵거나 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하다.

2) 이 사건 각 계좌 입금액 중 입금인 인적사항 미확인 부분 254,572,725원을 원고의 매출누락액으로 산정하는 것의 부당성에 관하여

가) 납세의무자의 총수입액 결정에 관한 법리

납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는데, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 방법으로서 적법한 실지조사방법에 속한다(대법원 1998. 3. 24. 선고 97누9895 판결 등 참조).

나) 이 사건 각 계좌 입금액 중 입금인의 인적사항이 확인되는 부분에 관하여

위 인정사실을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 계좌에 2000. 1. 1.경부터 2003. 12. 31.경까지 입금된 금액의 총액이 1,276,003,360원이었는데, 이 중 입금인의 인적사항이 확인되지 않는 254,572,752원을 제외한 나머지 1,021,430,608원(= 1,276, 003,360원 - 254,572,752원) 가운데 가족간 또는 거래처와 이루어진 금전대차관계로 확인되거나 이미 원고 명의로 세금계산서가 발행된 337,723,000원 및 2000년 입금액 중 이 사건 거래명세표에 의하여 매출누락으로 산정된 금액과 중복가능성이 있는 154,128,337원을 제외한 529,579,271원(= 1,021,430,608원 - 337,723,000원 - 154,128, 337원)은 원고의 매출누락액으로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

이에 대하여 원고는 소외 1이 2002. 1. 21.부터 2003. 6. 20.까지 원고와 별도로 △△△△△△△라는 상호의 사업체를 운영하였으므로 위 기간 동안 이 사건 제1계좌에 입금된 돈은 원고의 매출누락액에 해당하지 않는다고 주장하나, 소외 1은 위 기간 동안에도 원고의 운영에 실제로 관여하였고, △△△△△△△에 관한 거래대금을 소외 1 명의의 회전농협 계좌로 수취하였으며, 이 사건 제1계좌의 입금액 중 상당 부분이 원고의 매출누락액임은 앞서 살펴본 바와 같은 이상 이 사건 제1계좌의 입금액 중 입금인의 인적사항이 확인되는 부분 중에서 소외 1이 원고와 무관하게 △△△△△△△의 계산으로 거래하였음에도 그 거래대금을 위 회전농협 계좌가 아닌 이 사건 제1계좌로 수취할 사정이 있었다는 점에 관한 원고의 주장, 입증이 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

다) 이 사건 각 계좌의 입금액 중 입금인 인적사항이 확인되지 않는 부분에 관하여

이 사건 각 계좌가 원고의 매출누락에 이용된 사정이 있기는 하지만, 위 인정사실 등을 통하여 알 수 있는 다음 각 사정에 비추어 보면, 이 사건 각 계좌가 원고의 계좌라고 단정하기 어렵고, 따라서 이 사건 각 계좌의 입금액 중 입금인의 상호·성명이 기재되어 있으나 그 인적사항이 확인되지 않는 254,572,725원은 원고의 매출누락액으로 보기 어려우므로, 이 사건 부과처분 중 위 254,572,725원에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

① 이 사건 각 계좌는 원고나 대표이사가 아닌 소외 4, 1 명의로 개설된 계좌로서 원칙적으로 원고만이 돈을 입출금할 수 있다거나 원고의 매출수입만이 입금된다고 보기 어렵고, 그 입금액 중 상당 부분이 원고의 매출누락이라는 사정만으로는 이 사건 각 계좌가 경험칙상 원고의 계좌라고 보기 어렵다.

② 이 사건 각 계좌의 입금액에는 실제로 원고와 거래처 사이의 단순한 금전대차관 계에 기인한 부분뿐만 아니라 친인척 사이 및 개인 사이의 금전거래 부분까지 포함되어 있고, 또한 원고가 정당하게 세금계산서를 발생한 부분도 상당한 정도로 포함되어 있는 점에 비추어 보면 그 입금액 모두가 원고의 매출누락으로 보기 어렵다.

③ 이 사건 거래명세표 공급대가 합계 593,804,650원 중 2000년에 154,128,337원만이 이 사건 각 계좌를 통해 회수되었고, 나머지 439,676,313원(= 593,804,650원 -154,128,337원)의 회수관계가 나타나고 있지 않아(원고는 이 사건 거래명세표 공급대가 중 293,434,641원을 이 사건 각 계좌 및 현금으로 지급받았다고 주장하고 있다), 외상매출금 중 상당 부분이 2001년 이후에 이 사건 각 계좌를 통해 지급되었을 개연성이 있음을 경험칙상 인정할 수 있다 할 것이다.

⑤ 위 인정사정을 종합하여 보면, 이 사건 각 계좌의 입금액 중 입금인의 인적사항이 확인되지 않는 부분에 관하여 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀졌다고 보기 어려우므로, 세금부과처분취소송에 있어서의 일반 원칙에 따라 이 부분에 관한 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자인 피고에게 있다 할 것이다.

3) 원고 매출액이 형사 판결의 조세포탈금액으로 한정되어야 한다는 주장에 대하여

행정소송에 있어서 형사판결이 그대로 확정된 이상 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없으나(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 참조), 이는 공소사실의 범위 내에서 위 형사판결에 의하여 사실관계가 확정된 부분의 경우 이와 배치되는 사실인정이 제한된다는 취지일 뿐이고, 형사재판에서는 공소사실에 대한 거증책임이 검사에게 있고 유죄의 인정은 법관으로 하여금 합리적인 의심을 할 여지가 없을 정도로 공소사실이 진실한 것이라는 확신을 가지게 하는 증명력을 가진 증거에 의하여야 할 것이나, 앞서 본 바와 같이 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없는바(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 참조), 그 결과 선행 형사판결에서 확정된 부분 이외에 추가로 부과처분이 이루어진다고 하더라도 이를 위 형사판결의 확정사실에 반하는 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

한편, 원고는 이 사건 형사판결의 확정된 범죄사실 중에서 ① ◁◁섬유소외 10의 입금인정액 2002년 1기분 5,884,000원, 2002년 2기분 4,520,000원 중 이 사건 제1계좌에 실제 입금된 2,136,000원과의 차액 상당인 8,268,000원, ② ▷▷섬유소외 11의 입금인정액 2001년 1기분 286,000원, 2003년 2기분 140,000원 중 위 286,000원, ③ ▽▽상사소외 8의 입금인정액 16,446,500원 중 2002년 1기분 4,575,000원, 2002년 2기분 1,070,000원 합계 5,645,000원, ④ 소외 12의 2002년 1기분 입금인정액 3,422,000원 중 이 사건 제1계좌에 실제 입금된 846,000원과의 차액 상당인 2,576,000원, ⑤ ♤♤♤♤♤♤♤소외 13의 입금인정액 2003년 1기분 1,185,000원, 2003년 2기분 1,127,500원 중 2003년 2기분 입금액 1,127,500원 등은 각 세금계산서가 발행되었거나 이 사건 제1계좌에 입금된 적이 없어서 과세대상이 아니므로, 그 사실인정에 하자가 있다는 취지로 주장하므로 살피건대, 이 사건 형사판결의 사실인정이 객관적인 사실관계와 다소 배치되는 부분이 있다고 하더라도, 갑 제30호증, 을 제14호증의 1, 을 제17호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 형사판결의 오류라고 주장하는 위 사항들은 세금계산서의 발행, 입금내역의 부존재 등으로 이미 이 사건 부과처분의 과세대상에서 제외된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

다음으로 원고는, □□상사소외 14가 2001년부터 2003년까지 이 사건 제1계좌에 입금한 합계 16,374,000원에 대하여 이 사건 형사판결에서 조세포탈거래로 인정하고 피고가 매출누락액으로 산정하였으나 이는 전년도 이월 미수잔액이 나중에 입금된 것에 불과하므로 부당하다는 취지로 주장하므로 살피건대, 을 제14호증의 1의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, □□상사소외 14는 2001년부터 2003년까지 이 사건 제1계좌에 합계 16,374,000원을 입금한 사실을 인정할 수 있고, 앞서 본 바와 같이 위 계좌의 입금액 중 입금자의 인적사항이 확인되는 부분에 대하여 과세요건사실이 추정된다고 할 것이므로, 원고가 이에 반하여 전년도 이월잔액이 2001년부터 2003년까지 위 계좌에 입금된 내역을 구체적으로 입증하여야 할 것인바, 을 제27호증의 261, 299의 각 기재만으로 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

4) 국제특허출원비용 등이 원고를 위하여 지출되었다는 주장에 대하여

위 제4항의 가.의 인정사실에 의하면, 원고가 소외 2, 3 소유의 특허권을 전용 실시함에 있어 특허권자의 특허분쟁을 원활히 해결하고 추가 분쟁의 소지를 사전에 제거함으로써 결국 특허사용의 이득을 얻을 수 있었다 하더라도, 그러한 비용은 원고에게 전용실시권을 부여한 특허권자가 부담하여야 할 것이므로, 원고가 2000. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 특허관련 소송비용과 국제특허출원비용으로 지출한 합계 28,765,494원은 원고의 업무와 무관한 비용으로서 손금불산입되어야 할 것이고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5) 2000. 5. 31.자 예금인출액 3,300만 원의 손금불산입에 대하여

원고가 2000. 5. 31. 원고 대표이사의 종합소득세 3,300만 원을 원고의 금융기관 계좌에서 인출한 돈으로 대납한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 소외 2 또는 그 친인척이 원고에게 위 돈을 반환하였음을 인정할 만한 증거가 없다.

그리고 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 삭제되기 전의 것) 제2조 제3항은 “법 제61조의 규정에 의하여 합산과세하는 자산소득에 대하여는 주된 소득자와 그 배우자가 연대하여 납세의무를 진다.”고 규정하고 있으므로, 소외 2는 그의 배우자인 소외 3과 사이에 자산소득에 관하여 합산과세납부를 하되, 다만 합산되는 자신의 소득 부분에 한하여 납세의무자라 할 것이므로, 문제의 종합소득세에 대하여 주된 소득자인 소외 3만이 납세의무를 부담한다는 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

또한, 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는, 원고가 2000. 5. 31. 대표이사 소외 2의 배우자 소외 3의 종합소득세 확정신고 세액납부를 하면서 자산소득 합산과세로 인하여 대표이사 소외 2가 부담할 소득세 상당액 3,300만 원을 장부에 기장하지 않고 원고 계좌에서 인출하여 납부하였으므로 대표이사 상여로 소득처분한 사실을 인정할 수 있는바, 이는 원고가 위 3,300만 원을 장부상 기재 없이 부당하게 사외 유출한 것이므로 일반 부외 경비로서 원고에게 손금 3,300만 원(유보)으로 귀속시키는 동시에 이 금액이 대표이사의 종합소득세로 사용되었으므로 손금불산입 3,300만 원(상여)로 대표이사에게 귀속되도록 소득처분한 것으로서, 이것을 부당한 세무조정으로 볼만한 사정이 엿보이지 않는다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

라. 예비적 청구에 대한 판단

이 사건 주위적 청구와 예비적 청구는 동일한 청구원인에 기초하고 있으면서 다만 주위적으로는 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하고 예비적으로는 이 사건 각 근로소득세 징수처분의 취소를 구하는 것일 뿐이므로, 주위적 청구에 관한 원고의 주장사실은 이 사건 각 계좌의 입금액 중 입금인의 인적사항이 확인되지 않는 금액 254,572,752원 부분에 한하여 이유 있고, 나머지 부분은 모두 이유 없음은 앞서 살펴본 바와 같은바, 주위적 청구 중 인정되지 않는 부분에 관한 예비적 청구도 동일하게 이유 없다 할 것이므로, 예비적 청구에 관한 원고의 주장도 모두 이유 없다.

마. 소결

따라서 이 사건 각 계좌의 입금액 중 입금인의 인적사항이 확인되지 않는 금액 254,572,752원 부분이 원고의 매출누락액임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위 254,572,752원 부분에 대한 과세기간별 법인세, 부가가치세 및 소득금액변동통지금액에 한하여 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.

나아가 위 254,572,752원 부분에 대한 과세기간별 법인세, 부가가치세 및 소득금액변동통지의 각 수액에 관하여 살피건대, 위 254,572,752원 부분에 대한 과세기간별 법인세와 부가가치세 부과처분금액은 별지 1 제1목록 중 ‘감액할 세액’란 기재 각 해당 과세기간별 금액과 같고, 위 254,572,752원 부분에 대한 과세기간별 소득금액변동통지금액은 별지 1 제2목록 중 ‘감액할 금액’란 기재 각 해당 과세기간별 금액과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 주위적 청구는 피고가 2004. 10. 1. 원고에게 한 별지 1 제1목록의 ‘고지세액’란 기재 금액의 법인세 및 부가가치세의 부과처분 중 같은 목록의 ‘정당한 세액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분과 피고가 2004. 10. 15. 원고에게 한 별지 1 제2목록의 ‘소득금액변동통지금액’란 기재 각 금액의 소득금액변동통지 중 같은 목록의 ‘올바른 소득금액변동통지금액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분의 각 취소를 구하는 부분에 한하여 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 주위적 청구 및 이에 상응하는 예비적 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 일부 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여, 당심에서 변경된 청구를 포함하여 제1심 판결을 주문 제1항과 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 이대경(재판장) 정재오 김재형