서울행정법원-2007-구합-21426 (2008.11.12)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2004. 10. 1. 원고에 대하여 한 2000사업연도 법인세 301,341,640원 중 7,344,930원을 초과하는 부분, 2001사업년도 법인세 129,807,880원 중 613,570원을 초과하는 부분, 2002사업연도 법인세 75,251,880원, 2003사업연도 법인세 69,705,040원, 2000년 1기분 부가가치세 53,599,710원 중 1,583,820원을 초과하는 부분, 2000년 2기 분 부가가치세 58,934,020원 중 1,196,960원을 초과하는 부분, 2001년 1기분 부가가치세 28,047,480원 중 302,760원을 초과하는 부분, 2001년 2기분 부가가치세 23,814,550원, 2002년 1기분 부가가치세 12,097,130원, 2002년 2기분 부가가치세 21,917,660원, 2003년 1기분 부가가치세 15,913,650원, 2003년 2기분 부가가치세 14,258,000원 및 피고가 2005. 6. 10. 원고에 대하여 한 2000년 귀속 근로소득세 89,308,620원 중 7,344,930원을 초과하는 부분, 2001년 귀속 근로소득세 42,006,120원 중 792,000원을 초과하는 부분, 2002년 귀속 근로소득세 26,984,490원, 2003년 귀속 근로소득세 28,104,250원을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 12. 24. 편직기 부품 제조ㆍ판매업 및 부대사업 일체를 목적으로 설립된 법인으로서 대표이사인 장○인이 35%, 장○인의 처로서 감사인 장○순이 15%, 장○인의 아들로서 각 이사인 장○곤, 장○곤이 각 20%, 소외 장○정이 10%의 각 주식을 소유하고 있다. 원고는 1999. 12. 28.경 장○순이 운영하던 ○○전기공업사로부터 공장, 설비, 직원 등을 영업양수하였다.

나. 피고는 원고의 2000년 내지 2003년 사업년도에 대하여 2004. 5. 24.부터 2004. 7. 5.까지 법인세통합조사를, 2004. 7. 6.부터 2004. 9.경까지 범칙조사(이하, ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하였다. 그 결과 피고는 ① 원고가 세금계산서를 발행하지 않고 거래명세표만으로 거래하면서 매출누락한 금액 609,511,350원과 ② 원고의 계좌가 아닌 원고 대표이사의 아들인 장○곤의 신한은행예금계좌(계좌번호 A, 이하 ‘제1계좌’라 한다)와 장일곤의 신한은행예금계좌(계좌번호 B, 이하 ‘제2계좌’라 한다)로 입금된 금액 중 매출누락한 것으로 보아 과세표준에 산입한 784,152,023원 및 ③ 원고가 2000년 사업년도 경비로 계상한 장○인, 장○순 공동 명의의 특허권에 대한 국제특허출원비용 28,765,394원을 업무무관비용으로 보아 손금불산입한 부분, ④ 2000. 5. 31. 원고의 예금계좌에서 3,300원을 출금하여 장○인의 종합소득세를 대납한 것에 대하여 손금불산입한 부분 등을 아래 표 기재와 같이 과세대상금액으로 구분하였다.

과세기간

매출누락액(원)

업무무관비용(원)

거래명세표

계좌

국제특허출원비용

소득세대납액

2000. 1기

279,865,200

9,203,000

28,765,394

33,000,000

2000. 2기

329,646,150

2001. 1기

163,933,252

2001. 2기

146,346,445

2002. 1기

78,298,650

2002. 2기

149,980,900

2003. 1기

122,325,735

2003. 2기

114,064,091

계

609,511,350

784,152,023

28,765,394

33,000,000

다. 이에 따라 피고는 2004. 10. 1. 원고에게 아래 표 기재와 같이 부가가치세 및 법인세를 결정고지하고, 대표이사 장○인에게 위 매출누락액과 손금불산입한 제 경비(특허출원비용 및 소득세 대납비용)를 포함한 합계 1,455,428,767원을 인정상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2005. 1. 3. 성동세무서장에게 이의신청을 하였으나 2005. 6. 8. 기각결정을 받았고, 2005. 9. 2. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007. 3. 22. 국세심판원으로부터 ‘장○인에 대한 2000년 귀속 소득금액 680,479,744원의 소득금액 변동통지처분은 그 소득금액 14,382,697원을 장○인의 소득금액에서 제외하여 이를 경정하고 나머지 청구를 기각한다’는 결정을 받았다.

마. 피고는 2005. 6. 10. 원고에 대하여 2004. 10. 1.자 소득금액변동통지에 의하여 2000년 귀속 근로소득세 97,603,800원, 2001년 귀속 근로소득세 42,006,120원, 2002년 귀속 근로소득세 26,984,490원, 2003년 귀속 근로소득세 28,104,250원의 각 부과처분을 하였다가, 위 국세심판원 경정결정에 의하여 2007. 4. 2. 장○인에 대한 2000년 귀속 인정상여금액을 666,097,047{=680,479,744원-14,382,697원(장○순의 기타 소득으로서 국제특허출원비용의 1/2 상당)}으로 정정하는 소득금액변동통지를 하고 그 무렵 원고의 2000년 귀속 근로소득세를 91,275,420원으로 경정ㆍ고지하였다.

바. 한편, 피고는 이 사건 소송 계속 중인 2008. 9. 22. 원고의 2000년 거래내역 중 ○명상사에 대한 입력착오로 인하여 중복 계상되었던 1,220,000원과 ○성상사의 계좌입금액 3,250,000원을 2000년 과세대상금액에서 제외하여 2000년 제1기 부가가치세를 53,599,710원으로, 2000년 제2기 부가가치세를 58,934,020원으로, 2000년 귀속 법인세를 301,341,640원으로, 2000년 귀속 근로소득세를 89,308,620원으로 감액경정하였다(이하 피고가 이 사건과 관련하여 위와 같은 감액결정과정을 거쳐 아래 표 기재와 같이 원고에 대하여 최종적으로 한 각 법인세, 부가가치세, 근로소득세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1~15, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 갑 제24호증의 1, 갑 제39호증, 갑 제44호증, 갑 제45호증의 1, 2, 갑 제48호증, 갑 제53호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 을 제8호증, 을 제11호증의 1 내지 을 제28호증, 을 제37호증의 1 내지 을 제42호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 당사자들의 주장

피고는 이 사건 처분이 각 처분사유와 관계법령에 따라 이루어진 것으로서 적법하다고 주장하는 한편, 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 다툰다.

(1) 이 사건 부과처분의 대상인 매출누락액의 귀속자가 장○곤이라는 주장

장○곤은 원고의 직원이나, 원고가 1999. 12. 28. 장○순 운영의 ○○전기공업사로부터 영업을 양수하면서 배제한 위 회사의 폐업시점의 재고자산이나 매출채권 중 현물로 회수한 제품을 개인적으로 보관하다가 처분하면서 자신의 은행계좌로 그 물품대금을 지급받았는데, 2000년에는 원고 명의로 거래명세표를 작성하여 거래를 해 오다가 외상규모가 늘어나자 2001년부터 더 이상 거래명세표를 작성하지 않고 현금 및 약속어음만으로 거래를 해왔으며, 2002. 1. 21.부터 2003. 6. 30.까지 ○○북부영업소라는 상호로 개인사업체를 운영하여 거래를 해 왔으므로, 그로 인한 매출액은 실질적으로 장○곤에게 귀속되어야 한다. 가사 그렇지 않더라도 거래 상대방이 원고가 아닌 장○곤 개인과 거래하였다고 소명한 부분까지 원고의 매출액으로 산정한 것은 부당하다.

(2) 장○곤, 장○곤 명의의 금융기관 계좌에 입금된 금액을 원고의 매출액으로 산정하는 것은 부당하다는 주장

피고가 원고의 총수입금액을 결정하기 위한 실지조사의 방법으로 납세의무자인 원고의 금융기관 계좌가 아닌, 원고 대표이사의 아들로서 직원에 불과한 장○곤, 장○곤 명의의 금융기관 계좌에 입금된 금액을 조사하여 원고의 매출액으로 산정하고, 더욱이 위 금융기관 계좌에 입금된 금액의 성격이 거래처간 사적 채무의 변제일 가능성이나 개인간 정상적인 자금거래일 가능성을 고려하지 않은 채 원고의 자금이 입금되었다는 사유만으로 원고가 신고를 탈루한 매출액으로 산정하거나 입금자의 인적사항이 전혀 확인되지 않은 입금액을 원고의 매출액으로 산정하는 것은 부당하다.

(3) 형사판결에서 조세포탈로 인정된 부분을 초과하여 원고의 매출액을 산정하는 것은 부당하다는 주장

이 사건 부과처분은 해당 기간 동안의 거래내역에 대하여 이미 확정된 관련 형사판결에서 조세포탈부분을 특정하였는데도 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정없이 원고가 인정하지 않는 사실에 대하여 진정 성립과 내용의 합리성이 없는 자료를 근거로 원고가 누락한 매출액을 산정하였다.

(4) 원고가 부담한 국제특허출원비용 등 28,765,394원은 실질적으로 원고를 위하여 지출된 비용이라는 주장

원고는 특허권자인 장○인, 장○순으로부터 전용실시권을 부여받았을 뿐이나, 독일업체인 ○○○-아이알오(IRO)사가 위 특허권자에 대하여 특허등록무효소송과 특허침해를 원인으로 한 손해배상청구소송을 제기함에 따라 원고의 영업상 이익을 침해받지 않기 위하여 관련 소송비용과 국제특허출원비용을 부담하였을 뿐이므로 원고의 업무와 무관하게 지출된 비용으로서 손금불산입의 대상이라고 볼 수 없다.

(5) 원고의 종합소득세 대납액 3,300만 원이 반환되었다는 주장

원고가 2000. 5. 31. 편의상 원고의 예금계좌에서 인출하여 대표이사 장○인의 종합소득세 3,300만 원을 대납하였다가 반환받아 원고의 현금잔액 증가액으로 계상하여 현금출납부상의 잔액과 현금 시재액 사이에 착오가 없도록 하였으므로 이를 상여로 인정한 것은 부당하다.

나. 관계법령

국세기본법 제16조 (근거과세)

법인세법 제14조 (각 사업연도의 소득)

법인세법 제15조 (익금의 범위)

법인세법 제19조 (손금의 범위)

법인세법 제27조 (업무와 관련없는 비용의 손금불산입)

법인세법 제66조 (결정 및 경정)

법인세법 제67조 (소득처분)

법인세법 시행령 제106조 (소득처분)

부가가치세법 제21조 (경정)

소득세법 제20조 (근로소득)

소득세법 제127조 (원천징수의무)

다. 인정사실

(1) 피고가 이 사건 조사를 하는 과정에서 원고가 제시하는 거래명세표 885장외에 피고가 별도로 입수하여 보관하던 2000년 거래명세표 395장 합계 595,279,124원은 세금계산서가 교부되지 않았는데, 위 395장의 거래내역 중 445,805,000원 상당이 원고가 장○인, 장○순의 특허권에 기하여 독점적으로 생산하는 D.P.F 신제품을 정상가격으로 판매한 것이고 22,914,500원 상당이 D.P.F 중고품을 판매한 것이었으며, 위 395장의 거래명세표의 형태, 결재양식, 인영, 일련번호 등이 원고가 보관 중인 2000년 거래명세표 885장의 형태, 결재양식, 인영과 동일하고 일련번호가 중복되지 않으며 그 부여방식이 동일하고, 위 395장의 거래명세표에 기재된 거래업체들이 대부분 원고가 보관하는 거래명세표 885장에 기재된 거래업체들에 포함되었다. 이에 피고는 위 거래명세표 395장의 매출내역이 원고에게 귀속된다는 전제 아래 반품거래된 것으로 판단된 거래명세표 6장을 제외한 거래명세표 389장 합계 593,804,650원과 원고가 보관한 거래명세표 중 2000년도 세금계산서 미발행분 15,706,700원 합계 609,511,350원을 원고의 2000년 사업연도 매출누락액으로 산정한 후, 2000년 사업년도 매출금액으로 산정한 609,511,350원에서 ○명상사의 거래분으로 중복 계상된 1,220,000원과 ○성상사의 거래분으로서 계좌입금액상 매출누락액으로 반영된 3,250,000원을 공제하여 이 사건 부과처분을 하였다.

(2) 또한 원고는 장○곤 명의의 제1계좌와 장○곤 명의의 제2계좌를 이용하여 거래처로부터 매출금액 등을 지급받아 왔는데, 2000년부터 2003년까지 위 각 계좌에 입금된 돈은 합계 1,276,003,360원이고, 그 중 가족간 또는 거래처와의 금전대차관계가 확인되었거나 원고 명의로 세금계산서가 발행된 337,723,000원과 2000년 입금액 163,331,337원 중 이미 거래명세표에 의하여 매출누락으로 산정된 금액과 중복가능성이 있는 154,128,337원을 제외한 784,152,023원(그 중 254,572,725원은 입금자의 상호ㆍ성명이 기재되어 있으나 입금자 인적사항의 확인이 불가능하다)을 매출누락액으로 보고, 2000년 1기분 매출누락액으로 9,203,000원, 2001년 1기분 매출누락액으로 163,933,252원, 2001년 2기분 매출누락액으로 146,346,445원, 2002년 1기분 매출누락액으로 78,298,650원, 2002년 2기분 매출누락액으로 149,980,900원, 2003년 1기분 매출누락액으로 122,325,735원, 2003년 2기분 매출누락액으로 114,064,091원을 인정하여 이 사건 부과처분을 하였다.

(3) 원고는 전용실시권자로서 특허권자인 장○인, 장○순과 독일 ○○○-아이알오사와 사이에 발생한 특허분쟁{서울고등법원 98나47520호 손해배상(기)사건과 특허법원 99허4187호 등록무효(특)사건}의 해결을 위한 소송비용과 국제특허출원비용으로서 2000. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 합계 28,765,394원을 지출하였고, 2000. 5. 31. 원고 대표이사인 장○인의 종합소득세 3,300만 원을 원고의 금융기관 계좌에서 인출하여 대납하였다.

(4) 피고는 2004. 9. 10. 서울동부지방검찰청 검사장에게 위 (1), (2)항의 매출누락행위를 조세포탈로 보아 원고를 고발하였고, 서울동부지방검찰청은 대표이사인 장○인에 대하여 장○곤의 조세포탈행위를 인식하지 못하였다는 이유로 무혐의처분을 하면서 원고와 장○곤을 조세범처벌법위반죄로 기소하였다. 원고와 장○곤은 2005. 7. 21. 서울동부지방법원 2005고단429, 2005고정1060(병합) 조세범처벌법위반 형사사건에서 장○곤이 원고 회사를 실질적으로 운영하면서, 위 (1)항의 거래명세표 395장 중 거래상대방이 거래를 시인하거나 문서로 거래사실이 인정된 매출누락액 186,994,100원과 위 (2)항의 계좌입금액 중 입금자가 거래를 시인하거나 인적사항이 거래처로 확인된 매출누락액 62,195,900원 합계 226,370,909원 상당의 거래를 은닉하고 관할 세무서장에게 부가가치세 및 법인세 신고를 하면서 매출신고를 누락하여 납부기간을 경과함으로써 부가가치세와 법인세 합계 86,020,945원 상당을 포탈하였다는 범죄사실에 관하여 장○곤은 징역 8월에 집행유예 2년, 원고는 벌금 5,000만 원에 각 처하는 판결(이하 ‘이 사건 형사판결’이라 한다)을 선고받았고, 이에 각 항소하였으나 서울동부지방법원 2005노817호 사건에서 2005. 10. 13. 항소기각판결을 각 선고받았으며, 이에 다시 각 상고하였으나 대법원 2005도8144호 사건에서 2006. 1. 12. 상고기각판결을 각 선고받아 그 무렵 이 사건 형사판결이 확정되었다.

[인정근거] 갑 제29 내지 32호증, 갑 제40 내지 43호증, 갑 제46호증의 1~9, 갑 제51호증의 1~12, 을 제 9호증의 1 내지 을 제18호증, 을 제21호증, 을 제24호증의 1 내지 을 제27호증의 395, 을 제30, 31호증, 을 제38 내지 41호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 위 가항의 원고 주장 중 (1), (2) 부분 주장에 대한 판단

(가) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두 6392 판결 참조). 또한 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 다른 자료에 의하여 그 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는데, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 방법으로서 적접한 실지조사방법에 속한다(대법원 1998. 3. 24. 선고 97누9895 판결 등 참조).

살피건대, 원고는 이 사건 부과처분의 기초가 된 2000년 거래명세표 395장과 제1계좌, 제2계좌의 입금액이 원고와 별도로 장○곤이 개인적으로 재고물품을 처분하는 과정에 작성되었거나 입금된 금액이라고 주장하나, ① 위 395장의 거래내역 중 445,805,000원 상당이 원고가 장○인, 장○순의 특허권에 기하여 독점적으로 생산하는 D.P.F 신제품을 정상가격으로 판매한 것이고 22,914,500원 상당이 D.P.F 중고품을 판매한 것이며, 그 거래업체들이 대부분 원고가 보관하는 거래명세표 885장에 기재된 거래업체에 해당하는 점, ② 위 395장의 거래명세표의 형태, 결재양식, 일련번호 등이 원고가 보관 중인 2000년 거래명세표 885장의 형태, 결재양식과 동일하고 일련번호가 중복되지 않으며, 원고의 대표이사, 전무 등의 인장이 날인되어 있는 점, ③ 을 제17호증의 2의 기재에 의하면, 원고의 거래처들이 원고로부터 물건을 구입한 후 원고의 요구에 따라 장○곤의 계좌에 물품대금을 입금한 사실을 인정할 수 있는 점, ④ 을 제24호증의 1~62의 각 기재에 의하면, 원고가 제1계좌에 입금한 수표, 어음 중 일부에 대하여 금융거래내역을 조회한 결과 원고가 최종배서인이거나 직전 배서인이 원고의 거래처로 이 사실을 인정할 수 있는 점, ⑤ 을 제17호증의 3의 기재에 의하면, 제2계좌가 원고의 신한은행 법인대출금의 상환계좌로 사용되거나 원고 명의로 각 개인에게 대체 송금되는 계좌로 사용된 사실을 인정할 수 있는 점, ⑥ 장○곤은 원고 대표이사인 장○인의 아들이자 위 회사의 주주 겸 과장으로서 장○인이 원고 회사를 운영함에 있어서 실질적으로 영업실무를 관장해 왔다고 보이는 점, ⑦ 원고가 가족회사의 특징을 가지고 있고 원고가 영업을 양수한 ○○전기공업사가 원고의 감사이자 장○인의 처인 장○순에 의하여 운영되어 왔기 때문에, 장○곤이 원고와 별개로 ○○전기공업사의 재고 제품을 보관, 판매하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 제1계좌와 제2계좌가 사실상 원고의 거래계좌로 사용되었고 위 거래명세표 395장에 따른 매출누락이나 위 계좌들의 입금액 상당의 매출누락은 원고에게 귀속되었다고 봄이 상당하며, 그로 인한 이득이 장○곤에게 귀속된다고 볼 수는 없다 할 것이다.

또한 원고는 제1계좌와 제2계좌에 입금된 금액이 거래처간 사적 채무의 변제이거나 개인간 정상적인 자금거래일 가능성이 있는데도 이를 고려하지 않고 입금자의 인적사항이 확인되지 않은 입금액에 대하여도 원고의 매출액으로 산정하는 것은 부당하다는 취지로 다투나, 위 인정사실에서 본 바와 같이 2000년부터 2003년까지 위 각 계좌에 입금된 돈은 합계 1,276,003,360원이었는데, 피고가 그 중 가족간 또는 거래처와의 금전대차관계가 확인되었거나 원고 명의로 세금계산서가 발행된 337,723,000원 및 2000년 입금액 163,331,337원 중 이미 거래명세표에 의하여 매출누락으로 산정된 금액과 중복가능성이 있는 154,128,337원을 제외한 나머지인 784,152,023원만을 매출누락액으로 산정하였고, 그 중 254,572,725원은 입금자의 상호ㆍ성명이 기재되어 있으나 입금자 인적사항의 확인이 불가능한 경우이지만 이미 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀졌다고 볼 것이므로, 원고가 해당 입금내역을 구체적으로 입증하지 못하는 이상, 피고의 이 사건 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다.

(나) 이에 원고는 장○곤이 김○선, 이○희, ○림상사 대표자 이○락, ○원섬유 대표자 박○균 등과 사이에 개인적으로 거래를 하였으므로 위와 같이 소명된 매출액을 이 사건 부과처분의 매출누락액에서 배제하여야 한다고 주장하나, 갑 제34호증의 1~3, 갑 제35호증, 갑 제37호증의 1~7, 갑 제49호증의 1, 3, 을 제17호증의 2의 기재만으로는 앞서 든 여러 사정에 비추어 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

또한 원고는 장○곤이 2002. 1. 21.부터 2003. 6. 20.가지 원고와 별도로 ○○북부영업소라는 상호의 사업체를 운영하였으므로 위 기간 동안 제1계좌에 입금된 돈은 원고의 매출누락액에 해당하지 않는다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 제1계좌가 원고의 거래계좌로 이용된 사실이 인정된 이상, 원고가 위 기간 동안 장○곤이 개인사업자로서 거래처에 세금계산서나 거래명세표 등을 발행, 교부하고 제1계좌로 입금받은 내역을 입증하여야 할 것인데도 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(다) 다라서 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

(2) 형사판결에서 조세포탈로 인정된 부분을 초과하여 원고의 매출액을 산정하는 것은 부당하다는 주장에 대한 판단

행정소송에 있어서 형사판결이 그대로 확정된 이상 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없으나(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 참조), 이는 공소제기된 범죄사실의 범위내에서 위 형사판결에 의하여 사실관계가 확정된 부분의 경우 이와 배치되는 사실인정이 제한된다는 취지일 뿐이고, 형사재판에서는 공소된 범죄사실에 대한 거증책임이 검사에게 있는 것이고 유죄의 인정은 법관으로 하여금 합리적인 의심을 할 여지가 없을 정도로 공소사실이 진실한 것이라는 확신을 가지게 하는 증명력을 가진 증거에 의하여야 할 것이나, 조세소송에서는 현실적으로 조세의 납부와 관련하여 국민들 사이에 조세회피의 심리가 만연되어 있고, 과세요건사실을 뒷받침해주는 과세자료들이 모두 납세자가 직접 지배하는 생활영역 내에 있어 과세관청이 납세자의 협력 없이 과세자료를 찾아낸다는 것이 극히 어려운 상황이므로 조세소송에 있어서 형사소송에서 요구되는 정도의 입증을 요구할 수 없다고 할 것이고, 그 결과 선행 형사판결에서 확정된 부분 이외에 추가로 부과처분이 이루어진다고 하더라도 이를 위 형사판결의 확정사실에 반하는 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

한편, 원고는 이 사건 형사판결의 확정된 범죄사실 중에서 ① ○명섬유 하○길의 입금인정액 2002년 1기분 5,884,000원, 2002년 2기분 4,520,000원 중 제1계좌에 실제 입금된 2,136,000원과의 차액 상당인 8,268,000원, ② ○리섬유 하○용의 입금인정액 2001년 1기분 286,000원, 2003년 2기분 140,000원 중 위 286,000원, ③ ○림상사 이○락의 입금인정액 16,446,500원 중 2002년 1기분 4,575,000원, 2002년 2기분 1,070,000원 합계 5,645,000원, ④ 이○수의 2002년 1기분 입금인정액 3,422,000원 중 제1계좌에 실제 입금된 846,000원과의 차액 상당인 2,576,000원, ⑤ ○○콤텍스타일 김○학의 입금인정액 2003년 1기분 1,185,000원, 2003년 2기분 1,127,500원 중 2003년 2기분 입금액 1,127,500원 등은 각 세금계산서가 발행되었거나 제1계좌에 입금된 적이 없어서 과세대상이 아니므로, 그 사실인정에 하자가 있다는 추지로 주장하므로 살피건대, 이 사건 형사판결의 사실인정이 객관적인 사실관계와 다소 배치되는 부분이 있다고 하더라도, 갑 제30호증, 을 제14호증의 1, 을 제17호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 형사판결의 오류라고 주장하는 위 사항들은 세금계산서의 발행, 입금내역의 부존재 등으로 이미 이 사건 부과처분의 과세대상에서 제외된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요가 없다.

다음으로, 원고는 ○명상사 이○우가 2001.부터 2003.까지 제1계좌에 입금한 합계 16,374,000원에 대하여 이 사건 형사판결에서 조세포탈거래로 인정하고 피고가 매출누락액으로 산정하였으나, 이는 전년도 이월 미수잔액이 나중에 입금된 것에 불과하므로 부당하다는 취지로 주장하므로 살피건대, 을 제14호증의 1의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○명상사 이○우는 2001년부터 2003년까지 원고의 거래계좌로 사용되는 제1계좌에 합계 16,374,000원을 입금한 사실을 인정할 수 있고, 앞서 본 바와 같이 위 계좌의 입금액에 대하여 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정된다고 할 것이므로, 원고가 이에 반하여 전년도 이월잔액이 2001.부터 2003.까지 위 계좌에 입금된 내역을 구체적으로 입증하여야 할 것인바, 을 제27호증의 261,299의 각 기재만으로 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 원고가 부담한 국제특허출원비용 등 28,765,394원이 실질적으로 원고를 위하여 지출된 비용이라는 주장에 대한 판단

살피건대, 앞서 본 사실관계에 의하면, 원고가 장○인, 장○순 소유의 특허권을 전용 실시함에 있어 특허권자의 특허분쟁을 원활히 해결하고 또 다른 분쟁의 소지를 방지하여 간접적으로 특허사용의 이득을 얻을 수 있다고 하더라도, 원고에게 전용실시권을 부여해 준 특허권자가 그러한 비용을 부담해야 할 것이므로, 원고가 2000. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 특허관련 소송비용과 국제특허출원비용으로 지출한 합계 28,765,494원은 원고의 업무와 무관한 비용으로서 손금불산입되어야 할 것이어서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 원고의 종합소득세 대납액 3,300만 원이 반환되었다는 주장

원고가 2000. 5. 31. 원고 대표이사의 종합소득세 3,300만 원을 원고의 금융기관 계좌에서 인출하여 대납한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 장○인이 원고에게 위 돈을 반환하였다고 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(5) 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.