부산고등법원-99-누-325 (2000.07.14)

【원심판결】

ㅇㅇ지방법원 1998. 12. 3. 선고 98구660 판결

【주 문】

1. 원심판결을 다음과 같이 변경한다.2. 피고가 1997. 6. 9.자로 원고에 대하여 한 1997년 1기분 부가가치세 금5,388,317,160원의 부과처분을 취소한다.3. 이 사건 소 중 피고가 1997. 6. 9.자로 원고에 대하여 한 금57,340,000,000원의 매입세액 환급거부처분에 대한 부분의 소를 각하한다.4. 소송비용은 1, 2심 모두 5분하여 그 4는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑3호증의 1 내지 11, 갑4호증의 1(을5호증의 1과 같다), 2(을6호증의 1과 같다), 3, 갑5호증의 1, 2, 갑6호증의 1(을4호증의 1과 같다), 2(을4호증의 3, 을17호증의 1과 같다), 갑7호증의 1 내지 3(갑7호증의 2, 3은 을2호증의 2, 3과 같다), 갑33호증, 을1호증, 을2호증의 1, 을4호증의 2(을17호증의 2와 같다), 을5호증의 2, 을6호증의 2, 을7호증, 을9호증, 을16호증의 각 기재에 의하면 이를 인정할 수 있다.

가. 소외 ㅇㅇ 주식회사(이하 ‘ㅇㅇ’이라 한다)는 적자누적으로 인하여 부도위기에 봉착한 소외 ㅇㅇ 주식회사(이하 ‘ㅇㅇ’라고 한다)와 사이에서 1996. 12. 18. ㅇㅇ의 사업부문 중 강판부문을 제외하고 봉강 및 강관부문의 자산을 매수하기로 하는 의향서를 교환한 데 따라 1997. 2. 14. 자(子)회사로 원고 회사를 설립하였다.

나. 원고는 1997. 2. 14. ㅇㅇ와 사이에서 기본합의서를 작성한 뒤, 같은 달 17. 매매물건을 대금7,194억 원(부가가치세 예상액 금550억 원을 합하면 금7,744억 원이 되는데, 후에 부가가치세액이 금573억 4천만 원으로 산정됨에 따라 매매대금 역시 금7,767억 4천만 원으로 변경되었다)에 매수하기로 하는 내용의 자산매매계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 이어서 원고는 1997. 2. 18. ㅇㅇ로부터 자산매각 계약금55,412,844,036원에 대한 세금계산서를 교부받은 다음, 같은 해 3. 25. 피고에게 1997년 1기분 매입세액 금5,541,284,404원의 조기환급신고를 하였다.

라. 그 후 원고는 1997. 3. 18.까지 ㅇㅇ로부터 중도금과 잔금 합계 금517,987,155,964원(비과세대상인 토지 대금을 제외한 것임)에 대한 세금계산서를 교부받은 다음, 원고의 그 밖의 다른 매입세액과 합하여, 같은 해 4. 25. 피고에게 별지 제1 목록 기재와 같이 1997년 1기분 매입세액 금52,144,398,429원의 환급예정신고를 하였다.

마. 그러자 피고는 1997. 5. 6. 원고에게, 위 자산매매는 구 부가가치세법(1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제6조 제6항 소정의 사업양도에 해당하여 재화의 공급으로 볼 수 없다는 이유로, 원고가 매입세액으로 신고한 1997. 4. 25.자 금52,144,398,429원 중 ㅇㅇ 자산 매입분인 금51,798,715,596원과 1997. 3. 25.자 금5,541,284,404원의 합계 금57,340,000,000원은 이를 매입세액으로 인정할 수 없어 환급할 수 없다고 통보한 다음, 같은 해 5. 16. 원고에게, ㅇㅇ가 같은 달 13. 위 금57,340,000,000원에 대한 부가가치세 매출세액 신고를 전부 취소하는 내용으로 감액경정청구를 하였으니, 원고 역시 1997년 1기분 부가가치세 예정신고를 수정하라고 안내하였다.

바. 그 후 원고가 수정신고를 하지 아니하자, 피고는 1997. 6. 9.자로 원고에 대하여, 원고의 2회에 걸친 1997년 1기분 부가가치세 예정신고에는 매입세액으로 인정받을 수 없는 ㅇㅇ 자산 매입분 금57,340,000,000원을 환급세액으로 잘못 신고한 오류가 있다고 하여, 별지 제2 목록 기재와 같이, 원고의 신고내용 중 ㅇㅇ 자산 매입분을 매입세액으로 인정하지 않는 대신, 원고가 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고하였다는 이유로 신고불성실가산세로 금5,734,000,000원을 가산한 다음 차감고지세액으로 금5,388,317,160원(10원 미만은 절사함)을 부과·고지하였다(이하 원고가 신고한 ㅇㅇ 자산 매입분의 부가가치세 매입세액을 인정하지 않은 부분을 ‘이 사건 환급거부처분’이라 하고, 부가가치세 금5,388,317,167원의 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

2. 당사자의 주장 및 관계법령

가. 당사자의 주장

피고가 처분경위 및 관계법령에 비추어 이 사건 환급거부처분 및 부과처분은 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 환급거부처분 등은 위법하다고 주장한다.

(1) 사업양도에 해당하지 않는다.

원고와 ㅇㅇ는 처음부터 봉강 및 강관 부문의 사업용 자산만을 매수·매각할 의사였을 뿐, ㅇㅇ의 봉강 및 강관 사업부문을 포괄적으로 양수·양도할 의사는 전혀 없었고, 이에 따라 ㅇㅇ의 자산 중 매출채권·대여금·어음금채권 등이 일체 양도되지 않았으며, ㅇㅇ의 부채 중 금융기관 부채를 포함한 차입금채무, 외상매입금채무, 지급보증으로 인한 우발채무 등이 일체 인수되지 않았고, 원자재 구입망, 판매망, 고객관계에 관한 계약상의 지위와 그 권리의무도 인수대상에서 제외되었으며, ㅇㅇ 소속 근로자로서 이직을 희망하는 2,342명 중 60.6% 정도인 1,421명만을 실업사태 방지 차원에서 신규채용한 다음, ㅇㅇ의 34부 98실 4영업소와는 전혀 다른 11부 50팀 1영업소의 새로운 체제에 배치함으로써 ㅇㅇ의 인적 조직도 그대로 인수한 것이 아니고, 그 밖에 방위ㅇㅇ체로 신규 지정받은 후 종전과는 전혀 다른 방식으로 생산 및 영업활동을 하고 있으므로, 원고는 ㅇㅇ로부터 단순히 재화를 공급받은 것에 불과하고, 이를 사업양도에 해당한다고 볼 수는 없다.

(2) 신의칙에 위배된다.

과세관청은 그 동안, 한 사업장 내의 여러 사업 중에서 특정사업만을 포괄적으로 양도하는 경우에는 사업양도가 아니라 재화의 공급에 해당하므로 부가가치세 과세대상이고, 또한 권리의무 중 일부라도 양도대상에서 제외된 경우에는 자산매매에 해당하여 부가가치세 과세대상이라는 공적견해를 여러 차례 표명하여 왔고, 원고로서는 관세관청의 위와 같은 공적견해를 신뢰하지 않을 수 없어 ㅇㅇ에게 부가가치세를 포함한 매매대금을 지급한 다음, 피고에게 부가가치세 매입세액의 환급신청을 하였음에도, 피고가 종전의 견해를 변경하여 이 사건의 경우에도 사업양도에 해당한다고 하면서, 원고가 신고한 매입세액을 인정하지 아니하고 오히려 더 나아가 신고불성실가산세를 부과함으로써 원고의 이익을 침해하는 것은 신의칙에 반하여 허용될 수 없다.

나. 관계법령

구 법 제1조 제1항은 “부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다”고 규정하면서 그 제1호로 ‘재화 또는 용역의 공급’을 들고 있고, 제6조는 제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”, 제6항에서 “재화를 담보로 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다”고 규정하며, 구 부가가치세법시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15563호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제17조 제2항은 “법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다”라고 규정하고 있다.

3. 이 사건 환급거부처분 취소청구 부분의 소에 대한 판단

가. 원고의 이 부분 주장의 당부를 판단하기에 앞서 직권으로 살피건대, 원고의 이 부분 소는 그가 1997. 3. 25. 및 같은 해 4. 25. 두 차례에 걸쳐 합계 금57,685,682,833원(금5,541,284,404원+금52,144,398,429원)의 부가가치세 환급신청을 하였는데, 피고는 원고가 매입세액으로 신고한 합계 금57,687,132,833원(금5,541,284,404원+금52,145,848,429원, 위 환급신청액수와 금1,450,000원의 차이가 생기는 이유는 매출세액 금1,450,000원 때문이다) 중금347,132,833원만을 매입세액으로 인정하고, ㅇㅇ 자산 매입분인 나머지 금57,340,000,000원은 이를 매입세액으로 인정할 수 없다는 이유로, 그 부분에 대한 원고의 환급신청을 거부하기로 한 처분은 위법하므로 이를 취소하여 달라는 것인바, 원고의 부가가치세 환급신청에 대한 피고의 위와 같은 환급거부처분이 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는지 여부에 대하여 본다.

나. 부가가치세법 제24조 제1항이 사업장 관할세무서장으로 하여금 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 사업자에게 환급하도록 규정하고 있고, 또한 국세기본법 제51조 제1항이 세무서장으로 하여금 개별세법에 의하여 인정되는 환급세액이 있는 때에 즉시 그 환급세액을 국세환급금으로 결정하도록 규정하고 있다고 하더라도, 위 각 규정은 어디까지나 부당이득으로써 그 존재와 범위가 이미 확정되어 있는 환급세액을 납세의무자의 환급신청을 기다릴 것 없이 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있는 것일 뿐, 세무서장에 대하여 환급세액의 존부 및 범위를 조사·결정할 의무, 즉 납세의무자의 권리 내지 법적 이익에 영향을 주는 행정행위를 할 의무가 있음을 규정하고 있다거나, 나아가 납세의무자에게 환급세액결정 신청권을 부여하고 있는 것이라고는 볼 수 없고, 따라서 세무서장이 납세의무자의 환급신청을 거부하였다 하여 이를 가지고 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수는 없으며(대법원 1994. 12. 2. 선고 92누14250 판결, 대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결, 대법원 1988. 11. 8. 선고 87누479 판결 등 참조), 한편, 이 사건과 같이 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 있어서는 원고가 신고한 과세표준과 세액에 대한 신고내용에 오류가 있다고 하여 피고가 증액경정처분을 하는 경우, 그 증액경정처분은 납세자의 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에다가 증액되는 부분을 포함하여 전체로서 다시 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 신고확정의 효력은 소멸되어, 납세자는 증액경정처분만을 쟁송의 대상으로 삼아야 할 것이다(대법원 1987. 3. 10. 선고 86누911 판결 참조).

다. 따라서 이 사건 환급거부처분은 행정소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없는 데다가, 증액경정처분에 해당하는 이 사건 부과처분에 흡수되어 버려 독립한 행정처분으로서의 성격도 상실하게 되었으므로, 그 취소를 구하는 이 부분 소는 부적법하다 할 것이다.

4. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 사업양도에 해당하는지 여부에 대한 판단

(1) 부가가치세법상의 사업양도 해당 여부에 대한 판단 기준

사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있는 구 법 제6조 제6항 및 구 시행령 제17조 제2항에서 말하는 ‘사업의 양도’는 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동ㅇㅇ를 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하고, 사업에 관한 권리와 의무에서 제외되는 것으로 되어 있는 미수금 또는 미지급금에는 사업의 주된 거래에 관한 것도 포함된다고 볼 것이므로, 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 설비 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동ㅇㅇ를 유지하면서 경영주체가 교체된 것이라면, 위에서 말한 미수금이나 미지급금에 해당하는 외상매출금 채권이나 외상매입금 채무가 그 양도대상에서 제외되었다거나 종전의 종업원이 그대로 인수인계되지 아니하였다고 하여 사업의 양도로 인정하는 데에 장애가 될 수 없으며(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누3224 판결, 대법원 1992. 5. 26. 선고 91누13014 판결, 대법원 1990. 5. 22. 선고 90누2376 판결 등 참조), 한 사업장 내에서 장소를 구분하여 두 종목 이상의 사업을 하다가 그 중 한 종목의 사업을 포괄하여 양도한 경우에도 이를 부가가치세법상의 사업양도라고 보아야 한다(대법원 1983. 10. 25. 선고 83누104 판결 참조).

(2) 인정사실

그러므로 이 사건의 사실관계에 대하여 보건대, 위에서 든 각 증거와 갑2호증, 갑7호증의 4, 5(을2호증의 4와 같다), 갑9호증, 갑10호증의 1, 2, 갑11호증, 갑12호증, 갑13호증의 1, 2, 갑14호증, 갑15호증의 1 내지 7, 갑16호증, 갑19호증의 1 내지 9, 갑20호증의 1 내지 6, 갑27호증, 갑28호증, 갑29호증의 1, 2, 갑30호증, 갑31호증의 1 내지 6, 갑32호증의 1 내지 21, 갑36호증의 1 내지 3, 갑37호증의 1, 2, 갑38호증의 1 내지 16(갑38호증의 6은 을25호증의 22와 같다), 갑39호증의 1 내지 4, 갑40호증, 갑42호증(을25호증의 3과 같다), 갑43호증 내지 갑47호증, 갑48호증의 1 내지 3, 을3호증, 을8호증, 을10호증의 1, 2, 을11호증의 1 내지 4, 을12호증, 을13호증의 1, 2, 을14호증, 을18호증, 을19호증, 을22호증의 1, 2(을25호증의 31과 같다), 을23호증의 1 내지 3, 을24호증, 을25호증의 1, 2, 4 내지 21, 23 내지 30, 을27호증, 을28호증, 을31호증, 을32호증, 을33호증의 1 내지 4, 을34호증의 1 내지 8, 을38호증의 1, 2, 을39호증의 1, 2, 을40호증의 각 기재, 원심증인 정ㅇㅇ, 이ㅇㅇ, 당심증인 양ㅇㅇ, 배ㅇㅇ, 황ㅇㅇ의 각 증언, 변론의 전취지 등을 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 이 사건 계약의 체결 경위

① ㅇㅇ는 원래 ㅇㅇ에 본사를 두고, ㅇㅇ·ㅇㅇ·ㅇㅇ 3곳에 공장을, ㅇㅇ와 ㅇㅇ 두 곳에 하치장을 설치하여 강판·봉강 및 강관을 생산·판매하는 특수강ㅇㅇ를 영위하여 왔는데, ㅇㅇ와 ㅇㅇ 공장에서는 강판만을, ㅇㅇ 공장에서는 강판 외에도 봉강과 강관을 생산하여 왔다.

② 강판 부문은 ㅇㅇ에서 구매하는 핫코일을 원료로 하여 제품을 생산하는 반면, 봉강 부문은 일반고철과 스텐레스 고철을 원료로 하여 제품을 생산하고, 강관 부문은 봉강제품을 원자재로 하여 제품을 생산하는 것으로서, 봉강·강관 사업부문은 강판 부문과 그 공정이 다르고, ㅇㅇ 공장의 봉강·강관 부문(토지 648,967㎡, 건물 220,304㎡)과 강판 부문(토지 213,769㎡, 건물 80,752㎡)은 공장 정문과 연결되는 사내도로를 경계로 하여 확연히 구획되어 있었으며, 각 사업부문에 근무하는 근로자들도 구분되어 있었는데, 1996.말 현재 ㅇㅇ의 총 종업원 3,267명 중 봉강·강관 사업부문에 종사하고 있던 인원은 2,342명으로 전체 인원의 72%를 차지하면서도, 매출액은 47%에 불과하여 봉강·강관 사업부문의 노동생산성은 강판 부문에 비하여 현저히 낮은 편이었다.

③ ㅇㅇ는 앞서 본 바와 같이 계속된 적자누적으로 인하여 ㅇㅇ 공장의 봉강·강관 사업부문을 매각하기로 하여, ㅇㅇ와 ㅇㅇ 사이의 앞서 본 1996. 12. 18.자 의향서 교환에 뒤이어 1997. 3. 15. 원고와 ㅇㅇ 사이에서 이 사건 계약이 체결되었는데, ㅇㅇ와 원고는 봉강·강관 사업부문에 있어서의 위와 같은 인력의 비효율성이 적자누적의 한 원인인 것으로 파악하였기 때문에, 위 사업부문의 인적조직을 그대로 승계하는 것이 아님을 ㅇㅇ에게 여러 차례에 걸쳐 밝히는 한편, 그와 같은 취지를 뒤에서 보는 바와 같이 계약서에도 명시하였다.

④ 한편, 1996. 12. 31. 현재 ㅇㅇ의 대차대조표상 총 자산은 금15,337억 원, 총 부채는 금14,513억 원 정도로서, 자산은 유동자산 금8,928억 원(당좌자산 금4,317억 원, 재고자산 3,958억 원, 기타유동자산 금652억 원), 투자와 기타자산 금2,049억 원, 고정자산 금3,940억 원, 이연자산 금419억 원 등으로 구성되어 있었고, 유동자산 중 당좌자산은 현금과 예금175억 원, 유가증권 금52억 원, 외상매출금1,037억 원, 받을어음 금2,166억 원, 단기대여금40억 원, 미수금833억 원, 미수수익 금11억 원 등이었으며, 부채는 유동부채 금8,968억 원(당좌차월 금149억 원, 외상매입금724억 원, 지급어음 금1,681억 원, 단기차입금4,685억 원, 미지급금367억 원, 선수금 및 예수금6억 원, 미지급비용 금220억 원, 유동성 사채·전환사채·장기차입금·외화장기차입금 합계 금1,132억 원) 및 고정부채 금5,545억 원(사채와 장기차입금)으로 구성되어 있었는데, 고정자산이나 재고자산을 제외하고는 봉강·강관 사업부문과 강판 사업부문 사이에서 나머지 자산과 부채를 구분하여 특정할 수는 없는 상태였다.

(나) 이 사건 계약의 내용

① 계약의 목적물: 봉강·강관 사업부문의 토지·건물·구축물·기계장치·공기구·비품·차량운반구·재고자산·리스자산·이전기술(특허권, 실용신안권, 의장권 등 ㅇㅇ재산권 및 제조에 관한 기술과 노우하우 등 포함)·건설가계정 및 기타 매매물건에 부대하는 등록에 관한 권리와 인허가 및 매매물건의 운영과 관련된 전산 소프트웨어, 업무매뉴얼 및 제반지침서 등을 포함하는 것으로 하였다(계약서 제1조 제1항 내지 제3항).

② 매매대금의 액수: 이 사건 계약에 앞선 실사와 감정을 통하여 이를 절충하였는데, 우선 토지·건물·구축물·기계장치 등 고정자산과 미착기계, 건설가계정 및 재고자산에 대하여는 그에 대한 담보물권이 모두 말소될 것을 전제로 하여 이를 금6,194억 원으로 평가하였고, 이전기술(기술이전료)에 대하여는 ㅇㅇ가 금3,000억 원 이상을 요구한 반면 원고는 금132억 원을 제시하여 의견이 대립되다가 최종적으로 이를 포괄하여 금1,000억 원으로 평가하기로 하는 합의가 이루어짐에 따라, 전체 대금을 금7,194억 원(부가가치세 별도)으로 결정하였으며, 다만 향후 정밀실사를 통하여 매매대금을 증액 또는 감액 조정할 수 있는 것으로 정하였다(계약서 제2조 및 제4조).

③ 매매대금의 지급방법: 위 금7,194억 원의 매매대금은 각각 부가가치세를 포함하여 계약금으로 금660억 원(원고가 1997. 2. 14. ㅇㅇ와 기본합의서를 체결한 후 같은 달 17.까지 지급한 금89억 원 포함)을, 중도금으로 금6,363억 원을, 잔금으로 금721억 원을 각 지급하되(위 계약금·중도금 및 잔금의 합계액이 금7,744억 원으로서 매매대금7,194억 원을 초과하는 것은 부가가치세를 금550억 원으로 계산하였기 때문이다), ㉮ 위 계약금은 ㅇㅇ가 ‘매매물건에 대한 금융기관의 근저당권 및 공장저당 등 담보권이 일정금액의 지급을 조건으로 모두 해제·말소될 것이라는 금융기관의 해제동의서’와 ‘리스자산에 대한 리스료 지급의무가 일정금액의 지급을 조건으로 모두 해제되어 시설대여이용자에게 리스자산의 소유권이 귀속될 것이라는 리스회사의 확인서’를 원고에게 제공한 다음 3일 이내에 지급하고, ㉯ 중도금6,363억 원(부가가치세 포함)은 매매물건이 담보로 제공된 금융기관에 대한 부채 및 리스자산에 대한 리스료 지급채무의 변제에 사용되어야 하고, 원고는 금융기관 및 리스회사와 합의한 조건에 따라 위 금액을 금융기관 및 리스회사에게 직접 지급할 수 있으며, ㉰ 잔금 중 100억 원은 ㅇㅇ의 ㅇㅇ에 대한 외상매입금 중의 일부로써 원고가 ㅇㅇ에게 직접 지급하기로 하였다(계약서 제3조).

④ 부채: 원고는 ㅇㅇ의 부채를 인수하지 아니하기로 하되, 매매물건이 담보로 제공된 금융기관에 대한 부채 및 리스회사에 대한 리스료 지급의무는 원고가 금융기관 및 리스회사와 협의하여 본 계약의 조건에 따라 매매대금의 일부로서 인수할 수 있다고 약정하였다(계약서 제1조 제4항).

⑤ 근로관계: 종전에 ㅇㅇ에 소속되어 봉강·강관 사업부문에 종사하던 근로자들은 원고에게 입사하기를 희망하는 자에 한하여 공개채용절차에 따라 신규채용형식으로 우선 선발하되, 원고의 채용전형에 합격한 자에 대하여는 ㅇㅇ가 책임지고 근로관계를 종식시키고, 퇴직금 등 종업원에 관련된 모든 금전사항을 청산·정리하여야 하며, 이러한 약정에도 불구하고 원고는 본 매매물건의 매수와 관련하여 ㅇㅇ의 근로자를 인수할 의무를 부담하는 것은 아니라고 하였다(계약서 제11조 제1항 내지 제6항).

⑥ 다른 계약에 대한 면책: 달리 정한 바가 없으면 원고는 ㅇㅇ가 그의 거래선 등과 체결한 어떠한 계약에 대하여도 책임을 부담하지 않는다고 약정하였다(계약서 제12조).

⑦ 부가가치세 관련: ㅇㅇ는 매매대금의 각 지급시기에 각 지급금액에 상응하는 세금계산서 및 영수증을 원고에게 교부하고, 본 계약에 따른 매매물건의 매매에 대한 부가가치세를 납부하여야 하며, 원고가 매매물건에 대한 부가가치세를 ㅇㅇ가 금융기관 등에 지고 있는 부채변제 등에 사용하고 ㅇㅇ에게 직접 지급하지 아니하는 경우에도 ㅇㅇ는 이를 이유로 원고로부터 부가가치세를 징수하지 아니하였음을 주장하지 않기로 하였다(계약서 제16조 제2항).

(다) 이 사건 계약의 이행과정 및 그 후 원고의 사업 내용

① 금융기관의 담보권 해제동의서 등에 관한 위 약정에 따라, ㅇㅇ는 ㅇㅇ은행·ㅇㅇ은행·ㅇㅇ증권·ㅇㅇ은행·ㅇㅇ보험 및 ㅇㅇ보험으로부터 ‘봉강 및 강관 사업부문 자산에 설정되어 있는 근저당권의 채권최고액 전부 또는 그 상당한 일부 금액을 변제받는 조건으로 담보권을 해지하는 데 동의한다’는 내용의 해지동의서를 받아 원고에게 교부하였다.

② 그 후 부가가치세가 처음에 계산한 것보다 금2,340,000,000원이 증가한 금57,340,000,000원으로 산정됨에 따라 매매대금 역시 금776,740,000,000원으로 증가되었고, 이에 따라 원고는 1997. 2. 20.까지 계약금으로 금660억 원을, 같은 해 3. 7.부터 같은 해 3. 17.까지 중도금으로 금6,218억 원을, 같은 해 3. 17 및 18. 잔금으로 금741억 원 등 합계 금761,963,438,221원을 각 지급하였다(나머지 금14,776,561,779원은 인수자산에 대한 정밀실사가 완료되지 않았다는 이유로 아직까지 지급되지 않고 있다).

③ 그런데 원고는 위 금761,969,640,581원 중 금660억 원의 계약금만 ㅇㅇ의 은행예금계좌로 온라인 입금시키는 방법으로 직접 지급하였고, 잔금741억 원은 ㅇㅇ의 ㅇㅇ에 대한 동액 상당의 외상매입금 채무를 원고가 대위변제하는 방식으로 지급하였으며, 그 밖의 일부 물품대금채무를 제외한 나머지 대부분은 ㅇㅇ의 요청에 의하거나 또는 원고와 금융기관 사이의 협의에 따라 금융기관이 지정하는 구좌에 원고가 직접 입금하기도 하고, 원고 직원이 ㅇㅇ 직원과 금융기관까지 동행하여 ㅇㅇ직원에게 지급한 다음 바로 금융기관이 지정한 구좌에 입금하게 하는 방법으로 이를 지급함으로써, ㅇㅇ의 금융기관에 대한 합계 금5,957억 5천만 원(ㅇㅇ은행 금1,569억 원, ㅇㅇ은행 금3,387억 원, ㅇㅇ은행 금223억 원, ㅇㅇ보험 금196억 원, ㅇㅇ보험 금162억 5천만 원, 리스회사 금420억 원) 정도의 부채가 상환되었다.

④ 한편, 이 사건 계약에서는 잔금721억 원 중 금100억 원의 지급에 갈음하여 ㅇㅇ의 ㅇㅇ에 대한 외상매입금 채무를 원고가 대위변제하는 것으로 약정하였으나, 원고가 1997. 3. 17. ㅇㅇ에게 금100억 원을 대위변제한 후인 같은 달 18.에 이르러 원고와 ㅇㅇ 및 ㅇㅇ는 부가가치세가 포함된 잔금 중 621억 원의 지급에 갈음하여 ㅇㅇ의 ㅇㅇ에 대한 변제기 미도래 외상매입금 채무를 원고가 대위변제하기로 추가 약정하여, 같은 날 14:00경 원고가 위 금액을 ㅇㅇ에게 대위변제하였고, 바로 그 날 21:30경 ㅇㅇ는 ㅇㅇ지방법원에 회사정리절차개시신청을 하였다.

⑤ ㅇㅇ는 1997. 3. 2. 봉강 및 강관 공장의 가동을 중지하였고, 원고는 같은 달 7.까지 인수자산에 대한 등기·등록 등 이전절차를 마친 다음, 같은 달 10. 경비요원을 현장에 배치하였으며, 같은 달 19. 인수자산에 대한 금융기관의 담보권이 전부 말소되었다.

⑥ 한편, 원고는 1997. 2. 26. ㅇㅇ의 계열회사로서 정비전문회사인 소외 ㅇㅇ 주식회사와 공동으로 사원모집공고를 하여, 같은 달 26.부터 같은 해 3. 4.까지 및 같은 해 3. 12.부터 같은 달 22.까지 2회에 걸쳐서 총 2,016명의 ㅇㅇ 소속 근로자들로부터 입사지원을 받은 다음, 그 중 1,770명을 각기 원고(지원자 1,626명 중 1,421명 채용), ㅇㅇ(지원자 273명 중 242명 채용), 소외 주식회사 ㅇㅇ(ㅇㅇ의 계열회사로서 경비·차량운전 등 전문회사, 지원자 77명 중 67명 채용) 및 소외 ㅇㅇ(원고의 사원식당 운영 전문회사, 지원자 40명 전원 채용)의 사원으로 선발하였고, 위와 같이 원고 등에게 선발된 근로자에 대하여 ㅇㅇ는 퇴직처리를 하였으며, 한편, 원고는 직급 및 급여체계·근무시간 등 및 사업부의 조직체계에 있어서 ㅇㅇ와는 상이하고, 신규채용 직원들에 대하여 3개월의 수습기간을 둔다고 하였으나, 위 수습기간은 형식적인 것으로 그 기간에도 인사·급여 및 후생제도에서 정규직원과 동일하였고, 급여도 총액을 기준으로 할 때 ㅇㅇ보다 약간 상회하는 수준으로 정하여 지급하였다.

⑦ 원고는 신규채용한 ㅇㅇ 출신 직원을 1997. 4. 1.부터 봉강·강관 사업부문에 바로 투입하여 특수강을 생산하기 시작하였는데, 봉강 위주로 생산하던 ㅇㅇ와는 달리 선재 및 빌레트 위주로 제품을 생산하고 있으나, 이는 원고의 경영방침과 시장여건의 변화 등에 따른 것으로서, 원고가 이 사건 계약 체결 후 새로운 생산설비를 도입한 바는 없고, 기존의 생산설비를 가동하여 제품을 생산하고 있다.

⑧ 특수강 ㅇㅇ는 그 특성상 근로자들의 기술과 경험이 큰 역할을 하므로 근로자의 숙련도에 따라 불량률이나 품질에 차이가 나게 되는데, 원고 채용 직원 중 관리직은 471명 중 254명이, 기능직은 1,871명 중 1,516명이 채용되어 공장을 운영하기 위한 기능직의 비율이 월등히 높은 편이고, 한편 영업인원 총 48명 중 44명이 ㅇㅇ 출신이며, 봉강 및 강관 부문에 관한 ㅇㅇ의 종전 유통망 중 원고의 봉강 생산 감축에 따라 스스로 거래를 중단한 일부 유통망을 제외하면, 기존 거래선이 대체로 유지되고 있다.

(다) 기타 관련 사항

① ㅇㅇ는 1997. 3. 18. ㅇㅇ지방법원 97파1944호로 회사정리절차개시신청을 하였고, 그 다음날 당좌거래가 정지되었으며, 위 법원에서 같은 해 3. 24. 회사재산보전처분결정을, 같은 해 12. 4. 회사정리절차개시결정을 각 받았으며, 1998. 12. 17. 관계인집회에서 정리계획안이 가결되어 그 무렵 정리계획인가결정을 받았다.

② ㅇㅇ는 앞서 본 바와 같이 원고로부터 부가가치세가 포함된 계약금과 중도금 및 잔금으로 합계 금761,969,640,581원을 지급받았으나, 그 대부분을 원고와의 약정에 따라 금융기관의 대출금 등의 변제에 사용하거나 ㅇㅇ에 대한 외상매입금 변제에 사용하는 바람에, 1997. 4. 25. 피고에게 1997년 1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 계약으로 인한 매출세액을 신고하기는 하였으나, 자금이 없어 부가가치세를 납부하지 못하였다.

③ 한편, 원고와 피고는 ㅇㅇ에 대한 위 회사정리절차에서, 이 사건 소송의 결과에 따라 취득 여부가 결정되는 부당이득금 반환채권 또는 조세채권을 조건부 정리채권으로 신고하였고, ㅇㅇ의 관리인 역시 이를 조건부 정리채권으로 시인하였으며, ㅇㅇ의 정리계획에는 원고 또는 피고가 채권자로 확정되는 경우 이를 변제하는 방법이 규정되어 있다.

④ 정리회사 ㅇㅇ특수강 주식회사의 관리인은 원고가 1997. 3. 18. 이 사건 계약의 잔금 중 금641억 원의 지급에 갈음하여 원고가 ㅇㅇ의 ㅇㅇ에 대한 외상매입금 채무를 대위변제한 것에 대하여, 1999. 1. 23. ㅇㅇ를 상대로 ㅇㅇ지방법원 99가합6314호로 회사정리법에 의한 부인의 소를 제기하여 1999. 10. 1. 승소판결을 선고받았고, ㅇㅇ가 이에 불복하여 항소하였으나, ㅇㅇ고등법원 99나58367호 사건에서 2000. 5. 3. 일부 지연손해금 부분을 제외한 ㅇㅇ의 나머지 항소가 기각되어 그 판결이 그 무렵 확정되었으며, 이에 따라 ㅇㅇ는 2000. 5. 24. 위 판결에서 지급을 명한 금82,320,205,479원 중 ㅇㅇ의 퇴직 근로자들이 가압류한 금37,892,262,658원은 ㅇㅇ지방법원에 공탁하고, 나머지 금44,427,942,821원은 ㅇㅇ에게 반환하였다.

(3) 판단

(가) 당사자의 의사에 대하여

위 인정사실 및 변론의 전취지에 의하면, 이 사건 계약에 대한 원고의 의사는 사업양도가 아니라 개별자산매수에 맞추어져 있었음은 분명한 것으로 보인다.

그런데, 이 사건에 적용될 구 법이 1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되고, 구 시행령 역시 1998. 12. 31. 대통령령 제15973호로 개정됨으로써, 그 시행일인 1999. 1. 1.부터는 비록 사업양도에 해당한다 하더라도 사업자가 세금계산서를 교부하고 거래징수한 세액을 신고납부하는 경우에는 부가가치세 과세대상에서 제외하지 않는 것으로 변경되어, 근로관계의 승계 여부는 별론으로 하고 적어도 부가가치세법상으로는 당사자의 의사가 존중될 수 있는 방안이 마련되었으나, 이러한 특별규정이 없던 구 법령 하에서는 당사자의 의사에 관계없이 거래의 실체가 사업양도에 해당하는지 여부에 따라 부가가치세 과세대상 여부를 판단하여야 할 것이고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(나) 물적·인적 시설 및 권리의무의 포괄적 승계 여부에 대하여

① 먼저, 사업용 재산을 비롯한 물적 시설 및 권리에 대하여 보건대, ㉮ 이 사건 계약의 목적물은 앞서 본 바와 같이, 봉강·강관 사업부문의 토지·건물·구축물·기계장치·공기구·비품·차량운반구·재고자산·리스자산·이전기술(특허권, 실용신안권, 의장권 등 ㅇㅇ재산권 및 제조에 관한 기술과 노우하우 등 포함)·건설가계정 및 기타 매매물건에 부대하는 등록에 관한 권리와 인허가 및 매매물건의 운영과 관련된 전산 소프트웨어, 업무매뉴얼 및 제반지침서 등을 포함하는 것으로서, 봉강·강관 사업부문과 관련된 물적 시설과 권리관계가 망라되어 있는 점, ㉯ 특히 위 이전자산(기술이전료)에 대하여 이를 포괄하여 금1,000억 원으로 평가하여 원고가 이를 전부 인수한 점, ㉰ 1996. 12. 31.자 ㅇㅇ의 대차대조표 상의 자산으로서 이 사건 계약과 관련이 있을 것으로 보이는 자산 중 원고가 인수하지 않은 것은 외상매출금·받을어음·미수금 등인데, 이러한 권리는 위 사업의 주된 거래에 관한 것으로서 구 법령의 규정에 의하여 사업에 관한 권리에서 제외되는 것이므로, 이러한 권리가 제외되었다 하여 권리를 포괄적으로 양도받았다고 인정하는 데 아무런 장애가 될 수 없는 점, ㉱ 그 밖에 원고가 인수하지 않은 권리나 자산은 그것이 반드시 봉강·강관 사업부문에 대한 것이라고 보기 어려운데다가, 그 액수 또한 이 사건 계약의 매매대금에 비하여 극히 소액인 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 계약을 통하여 봉강·강관 사업부문에 관한 물적 시설 및 권리를 포괄적으로 양도받았다고 봄이 상당하다.

② 다음으로 의무에 대하여 살피건대, ㉮ 이 사건 계약의 매매대금 중 리스회사를 포함한 금융기관에 대한 채무변제에 사용된 금액과 ㅇㅇ에 대한 외상매입금 채무변제에 사용된 금액은 앞서 본 바와 같이 합계 금6,698억 5천만 원으로서 ㅇㅇ의 총 부채 금14,513억 원의 46.1%에 달하여 봉강·강관 사업부문의 매출액 비중인 47%와 거의 일치하는 데다가, 위와 같은 금융기관에 대한 부채상환을 통하여 원고는 모든 담보물권이 말소되어 온전한 상태의 자산을 취득한 사실을 감안하면, 위 금6,698억 5천만 원의 부채는 봉강·강관 사업부문의 물적 시설과 권리에 대응하는 부채 총액이라고 볼 수 있는 점, ㉯ 원고가 비록 봉강·강관 사업부문의 물적 시설과 권리를 양도받으면서 그에 따르는 부채를 동시에 인수한 것은 아니라 하더라도, 원고는 이 사건 계약에서 담보권해제 동의서 등을 제공받은 다음에야 계약금을 지급하기로 하였고, 매매물건이 담보하는 금융기관 부채를 원고가 매매대금의 일부로서 인수할 수 있으며, 금융기관과 합의한 조건에 따라 직접 지급할 수도 있고, 또한 중도금은 반드시 금융기관 부채상환에 사용되어야 한다고 약정하였을 뿐만 아니라, 그 이행과정에서도 위와 같은 약정에 따라 금융기관이 지정하는 구좌에 원고가 직접 입금하는 등의 방법으로 매매대금의 대부분을 피담보채무의 상환자금으로 사용할 수 밖에 없게 함으로써, 봉강·강관 사업부문의 자산이 담보하는 금융기관 부채를 원고가 인수하여 변제한 것이나 실질적으로 다를 바가 없는 점, ㉰ 1996. 12. 31.자 ㅇㅇ의 대차대조표 상의 부채로서 이 사건 계약과 관련이 있을 것으로 보이는 부채 중 원고가 인수하지 않은 것은 외상매입금·지급어음·미지급금·미지급비용 및 선수금과 예수금 등인데, 이러한 부채는 위 사업의 주된 거래에 관한 것으로서 구 법령의 규정에 의하여 사업에 관한 의무에서 제외되는 것이므로, 이러한 의무가 제외되었다 하여 의무를 포괄적으로 양도받았다고 인정하는 데 아무런 지장이 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 계약을 통하여 봉강·강관 사업부문에 관한 의무 역시 포괄적으로 양도받았다고 하여야 할 것이다.

③ 나아가 인적 조직에 대하여 살펴보건대, ㉮ 원고가 신규채용한 ㅇㅇ 근로자 1,770명은 ㅇㅇ의 종전 근로자 2,324명의 75.6%, 입사지원자 2,016명의 87.8%에 달하는 점, ㉯ 신규채용 직원 중 관리직은 471명 중 254명이, 기능직은 1,871명 중 1,516명이 채용되어 공장을 운영하기 위한 기능직의 비율이 월등히 높은 편이고, 영업인원 총 48명 중 44명이 ㅇㅇ 출신이라서, 원고가 이 사건 잔금지급 직후인 1997. 4. 1.부터 봉강·강관 사업부문에 위와 같은 ㅇㅇ 출신 근로자를 투입하여 곧바로 사업을 정상적으로 영위할 수 있었던 점 등을 감안하면, 원고가 ㅇㅇ의 종전 근로자 전원을 그대로 인수인계하지 않았다 하여, 그것만 가지고서 사업의 양도로 인정하는 데에 장애가 될 수는 없다 할 것이다.

(다) 그 밖의 요소에 대하여

원고의 생산품목별 비중이 시장여건의 변화 등에 따라 종전과 일부 달라진 것에 불과한 점, 원고가 새로운 생산설비를 도입한 바 없이 기존의 생산설비를 가동하여 종전과 같은 종류의 제품을 생산하고 있는 점, ㅇㅇ의 종전 거래선이 대체로 유지되고 있는 점과 앞에서 살펴본 제반 사정을 종합하면, 원고와 ㅇㅇ 사이의 이 사건 계약은 결국 봉강·강관 사업부문에 관한 물적·인적 시설과 권리의무를 포괄적으로 양도하여 사업의 동ㅇㅇ를 유지하면서 경영주체만을 교체시킨 것이라고 봄이 상당하다.

(라) 따라서, 원고가 ㅇㅇ로부터 그 강판 사업부문과는 구분되는 봉강·강관 사업부문의 자산을 매수한 것이 구 법 제6조 제6항 소정의 사업양도에 해당한다는 이유로, 이를 부가가치세 비과세대상이라고 하여 그 매입세액을 공제하지 아니한 피고의 이 사건 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.

나. 신의칙 위배 주장에 대한 판단

(1) 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 반한다고 하기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래됨을 요한다고 할 것이다(대법원 1997. 7. 11. 선고 97누553 판결 참조).

(2) 그러므로 과연, 바로 이 사건과 같은 계약관계에 대하여 과세관청이 납세자에게 이를 부가가치세 과세대상이라는 공적견해를 표명한 바 있었는지에 대하여 살펴보건대, 갑24호증의 1, 2, 갑26호증의 1, 3 내지 10, 갑41호증의 각 기재와 원심증인 정ㅇㅇ, 당심증인 배ㅇㅇ의 각 증언만으로는 이 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유가 없다.

다. 신고불성실 가산세 부분에 대한 판단

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것이다(대법원 1996. 10. 11. 선고 95누17274 판결 참조).

(2) 그런데, 이 사건에 있어서 원고가 이 사건 계약을 부가가치세 부과대상이라고 판단한 것이 결과적으로 잘못된 것이라 하더라도, 그와 같은 판단에 따라 ㅇㅇ에게 부가가치세로 금57,340,000,000원을 실제 지급하였고, 이에 대한 세금계산서까지 교부받은 상태에 있었던 이상, 그럼에도 불구하고 이를 매입세액으로 신고하지 않았어야 한다고 요구하는 것은 지나치게 가혹하고, 따라서 환급세액을 정확하게 신고할 것을 원고에게 기대하는 것은 무리라고 할 것이어서, 원고에게는 환급세액을 바르게 신고하지 못한 데에 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 부과처분에서 신고불성실가산세로 금5,734,000,000원을 가산한 부분은 위법하다 할 것이다.

라. 정당한 세액

따라서, 이 사건 부과처분 중 피고가 신고불성실가산세로 가산한 금5,734,000,000원을 제외하고 나면, 별지 제2 목록의 ‘정당한 세액’란 기재와 같이 피고가 원고에게 오히려 금345,682,833원(매출세액 금1,450,000원 - 매입세액 금347,132,833원)을 환급하여야 하고, 원고가 피고에게 1997년 1기분 부가가치세로 납부할 세액은 전혀 없게 되므로, 이 사건 부과처분은 위법한 것으로 된다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 피고가 1997. 6. 9.자로 원고에 대하여 한 1997년 1기분 부가가치세 금5,388,317,160원의 부과처분의 취소를 구하는 부분(이 사건 소장에 기재된 청구취지에는 1997. 6. 9.자 가산세 금5,734,000,000원의 부과처분의 취소를 구하는 것으로 되어 있으나, 원고의 부가가치세 예정신고의 내용과 이에 대한 피고의 경정처분 내용 및 원고가 이 사건 환급거부처분의 취소를 구함과 아울러 위 가산세 부과처분의 취소를 구하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 부분에 대한 원고의 청구는 원고가 매입세액으로 주장하는 금57,340,000,000원을 피고가 공제하지 않고 오히려 신고불성실가산세로 금5,734,000,000원을 가산하여 최종적으로 금5,388,317,160원을 1997년 1기분 부가가치세로 부과한 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 것이라고 봄이 상당하다)은 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 이 사건 소 중 피고가 1997. 6. 9.자로 원고에 대하여 한 금57,340,000, 000원의 매입세액 환급거부처분에 대한 소는 부적법하므로 이를 각하할 것인바, 원심판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 원심판결을 이 사건 주문 제2항 내지 제4항과 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.