대구지방법원-2009-구합-2513 (2011.11.25)

사 건

2009구합2513 법인세 등 부과처분취소

원 고

주식회사 AAA

피 고

포항세무서장 외1명

변 론 종 결

2011. 9. 23.

판 결 선 고

2011. 11. 25.

주 문

1. 피고 포항세무서장이 별지 1 ’법인세 및 가산세 부과내역’의 ’처분일'란 기재 각 처 분일자에 원고에게 한, 같은 내역의 ’법인세 귀속연도 및 부과세액’란 기재 각 법인세 및 가산세의 부과처분 중 같은 내역의 ’이 법원이 인정한 정당한 세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 피고 ○○지방국세청장이 2006. 3. 10. 원고에게 한 별지 2 ’소득금액변동 통지내역’ 기재 소득금액변동통지처분을 취소한다.

3. 원고의 피고 포항세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 원고와 피고 포항세무서장 사이에 생긴 부분은 4/5는 원고가, 나머지는 피고 포항세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 ○○지방국세청장 사이에 생긴 부분은 피고 ○○지방국세청장이 부담한다.

청구취지

주문 제2항, 피고 포항세무서장이 별지 1 ’법인세 및 가산세 부과내역’의 ’처분일’란 기 재 각 처분일자에 원고에게 한, 같은 내역의 ’법인세 귀속연도 및 부과세액’란 기재 각 법인세 및 가산세의 부과처분(소장의 청구취지에는 이 사건 소송의 대상인 처분이 주문 제1항 기재 부과처분의 세액으로부터 원고의 신고세액을 공제한 나머지 세액의 부과처분인 것처럼 기재되어 있으나 이는 착오이고, 이 사건 소송의 대상인 처분은 주문 제1항 기재 부과처분이다) 중 같은 내역의 ’원고가 주장하는 정당한 세액’란 기재 세액 을 초과하는 부분(이 초과부분은 소장의 청구취지에 기재된 원고가 취소를 구한 세액과 같다)을 모두 취소한다.

이 유

판결 이유의 목차는 다음과 같다.

1. 처분 전체의 경위

가. 원고는 제선, 제강, 압연재 생산 및 판매업을 하는 법인으로 미국, 호주, 캐나다 등에 원고가 100% 출자한 자회사를 두고 있다.

나. 원고는 피고 포항세무서장(이하 줄여서 ’피고 서장’이라 한다)에게 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세를 다음과 같이 신고하였다.원고는, 피고 서장이 2006. 3. 10. 아래와 같이 경정부과처분을 하기 전까지 당초 신고한 과세표준과 세액을 아래 표와 같이 수정신고하였다.

다. 피고 ○○지방국세청장(이하 줄여서 ’피고 청장’이라 한다)은 원고에 대하여 2005 년도 정기 세무조사를 실시하였다. 피고 서장은 위 세무조사 결과에 따라 원고의 법인 세 신고를 부인하고 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 다음 표와 같이 산출한 다음, 2006. 3. 10. 원고가 신고한 법인세와 비교하여 2000사업연도 법인세 및 가산세를 184，077，185，904원 증액된 772.108.459.637원으로, 2001사업 연도 법인세 및 가산세를 7，162，923，341원 감액된 244，968，199，638원으로, 2002사업연도 법인세 및 가산세를 15，711，595，016원 감액된 385，222，527，974원으로, 2003사업 연도 법인세 및 가산세를 4，203，226，229원 감액된 643，790，971，347원으로, 2004사업연도 법인세 및 가산세를 22，291，491，186원 증액된 1，169，914，002，031원으로 각 경정하는 부과처분을 하였다(이하 위 경정부과처분을 통틀어 ’당초처분’이라 한다). 또 피고 청장은 위 세무조사결과에 따라 2006. 3. 10. 원고에게, 원고로부터 사외유출 된 익금의 귀속자를 원고의 미국자회사인 CCCCC(이하 ’CCCCC'이라 한다)으로 하여 별지 2 ’소득금액변동 통지내역’ 기재와 같이 소득금액변동 통지처분을 하였다(이하 통틀어 ’이 사건 소득처분’이라 한다).

라. 원고는 2006. 6. 5. 당초처분과 이 사건 소득처분에 모두 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 당초처분에 대한 원고의 청구를 일부 인용하는 결정 과 당초처분 중 2000사업연도 임시투자세액공제 부인액에 대하여는 생산성향상시설세 액공제, 특정설비투자세액공제가 충족되는지를 확인하여 그 세액공제를 하도록 재조사결정을 하고, 나머지 청구를 기각하였다(이 사건 소득처분에 대한 심판청구는 기각되었다).

마. 피고 서장은 당초처분에 대한 위 심판결정에 따라 2009. 7. 2. 원고에게 별지 3-1 내지 3-5 각 ’구체적인 부과처분 경위’ 기재와 같이 법인세과 가산세를 경정부과하는 처분을 하였는데, 그 결과는 별지 1 ’법인세 및 가산세 부과내역’의 ’법인세 귀속연도 및 부과세액’란 기재와 같이 당초처분에 대한 감액 및 증액이다. 당초처분과 비교할 때 2000년도, 2004년도 귀속 각 법인세 및 가산세는 감액되었고, 2001년도, 2002년도 및 2003년도 귀속 각 법인세 및 가산세는 증액되었다. 이 사건 소송의 대상은 당초처분 중 감액되고 남은 2000년도, 2004년도 귀속 각 법인세 및 가산세 부과처분과 2009. 7. 2.자로 증액부과된 2001년도, 2002년도 및 2003년도 귀속 각 법인세 및 가산세 부과처분이다.

바. 원고는 당초처분보다 증액된 경정부과처분에 대하여 별도의 조세심판청구를 하지 않은 채 2009. 9. 9. 이 사건 소를 제기하였다(원고는 앞서 본 바와 같이 당초처분에 대하여는 이미 전심절차를 거쳤고, 원고가 이 사건 소송에서 주장하는 증액경정처분의 위법사유가 당초처분의 그것과 공통되므로 증액경정처분에 대하여 전심절차를 거치지 않고 이 사건 소송을 제기할 수 있다. 대법원 1992. 8. 14. 선고 91누13229 판결 참조).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 제3호증, 을 제1호증의 1 내지 제 5호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건의 쟁점 및 관련 세액의 구분

원고가 주장하는 당초처분과 증액경정처분의 위법사유를 기준으로 이 사건의 쟁점을 다음과 같이 나누기로 한다. 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’에 기재된 연도별, 쟁점별로 구분된 세액의 액수에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없고, 다만 위 표 중 ’쟁점 4’란 및 ’쟁점 5’란에 기재된 세액의 구분은 원고가 주장하는 세액이고, 피고는 증거 부족을 이유로 그 세액 구분을 다투고 있다.

가. 원고는, 원고의 원고가 1999 사업연도에 투자한 임시투자액을 2000년도 귀속 법인세에서 공제하지 아니하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 ’쟁점 1’이라 한다). 원고 의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ’쟁점 1'란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 원고는, 원고가 미국의 DDDD.(이하 ’DDDD’라한다)로부터 캐나다산 석탄을 매입하면서 시가보다 고가로 매입하여 특수관계자인 CCCCC에게 이익을 분여하였다고 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 ’쟁점 2’라 한다). 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표1의 각 연도별 !쟁점 2’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.

다. 원고는, 원고가 특수관계자인 CCCCC이 DDDD에 대하여 가지는 미국의 EEE.(이하 ’EEE’라 한다)의 발행주식의 매매대금채권을 CCCCC으로부터 현물배당조로 받아 포기한 것을 가지고 CCCCC에게 이익을 분여한 것으로 인정하는 것이 위법하고(이하 ’쟁점 3’이라 한다), 따라서 쟁점 3 관련 익금을 CCCCC의 기타소득으로 처분한 것은 위법하다(이하 ’쟁점 12’라 한다)고 주장한다. 원고의 주장을 인용 할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ’쟁점 12’란에 기재된 소득 금액에 대한 소득금액변동통지처분은 취소되어야 한다.

라. 원고는, 원고가 신설한 포항 및 광양 LNG 발전소의 각 일부인 가스터빈기들의 각 전력공급개시일을 가스터빈기들의 각 감가상각개시일로 인정하지 아니한 것이 위법하고(이하 ’쟁점 4’라 한다), 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표의 각 연도별 !쟁점 4’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

마. 원고는, 원고가 호주 자회사인 FFFF.(이하 ’FFFF’라한다)로부터 호주산 석탄을 매입하면서 정상가격보다 고가로 매입하였다고 인정하는 것이 위법하다고 주장한다(이하 ’쟁점 6’이라 한다). 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표1의 각 연도별 ’쟁점 6’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다

.

바. 원고는, 원고가 캐나다 자회사인 GGGGGG. (이하 'GGGGGG’이라 한다)으로부터 캐나다산 석탄을 매입하면서 정상가격보다 고가로 매입하였다고 인정하는 것이 위법하다(이하 ’쟁점 7’이라 한다)고 주장한다. 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ’쟁점 7’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.

사. 원고는, 원고가 원고의 국외특수관계자들과 공동으로 HHH(이하 ’HHH은행’이라 한다)와 사이에 체결한 ’IIII 계약’에 따라 HHH은행에 예금한 금액 중 일부를 원고의 국외특수관계자들에게 지급한 업무무관 가지급금으로 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 ’쟁점 8’이라 한다). 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4'쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 '쟁점 8’ 란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.

아. 원고는, 원고가 원고의 국외특수관계자들과 공동으로 HHH은행과 사이에 체결한 'IIII 계약’에 따라 HHH은행에 예금한 금액 중 일부는 원고가 원고의 국외특수관계자들에게 저리로 대출한 금액이라고 인정하고, 그 금액에 대한 정상 이자와의 원고의 실제수입과의 차액을 원고의 익금으로 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 ’쟁점 9’라 한다). 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ’쟁점 9’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.

자. 원고는, 원고가 해외에서 원재료를 구입하면서 원재료 공급자들로부터 수령한 인센티브는 그 수취 사업연도의 손금에서 공제할 !매출에누리’임에도 불구하고 그 수취 사업연도의 익금에 가산할 '판매장려금’으로 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 ’쟁점 10’라 한다). 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ’쟁점 10’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.

차. 원고는, 쟁점 2 부과세액의 산출근거인 익금이 사외유출된 것으로 보아 CCCCC 의 기타소득으로 처분한 것은 위법하다고 주장한다(이하 '쟁점 11’이라 한다). 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ’쟁점 11’란에 기재된 금액은 소득금액에 대한 소득금액변동통지처분은 취소되어야 한다.

3. 쟁점 1 부과처분 (1999년도 임시투자액을 2000년도 법인세에서 공제할 수 있는지)

가. 쟁점 1 부과처분의 경위

(1) 원고의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지이다. 원고는 사업용자산을 취득하기 위하여 1999년도에 총 339，826，896，551원(이하 '쟁점1임시투자액’이라 한다)을 투자하였고, 2000년도에 투자(사업용자산의 취득)를 완료하였다. 원고는 2001. 3. 피고서장에게 2000년도 귀속 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법(이하 모든 ’조세특례제한법’을 줄여서 ’조특법’이라 한다) 제26조 제1항(2003.12.30.법률 7003호로 개정되기 전의 것), 구 조특법 시행령(2000.1. 10.대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것, 이하 ’1999조특법시행령’이라 한다) 제23조에 따라 산출한 임시투자세액 33，982，689，655원(= 쟁점1임시투자액 339，826，896，551원 x 10/100)을 2000년도 귀속 법 인세에서 공제할 것을 신청하고, 이를 공제한 후의 법인세를 신고납부하였다.

(2) 피고 서장은 2006. 3. 10. 당초처분을 하면서 쟁점1임시투자액을 2000년도 귀 속 법인세에서 공제하기를 거부하고 직권으로 2000년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과 하고(이하 1쟁점 1 부과처분’이라 한다) 동시에 임시투자액의 세액공제를 거부함에 따른 후속처분으로 원고에 대한 농어촌특별세를 감액하는 경정처분을 하였다.

(3) 원고가 쟁점1임시투자액을 2000년도 귀속 법인세에서 공제하지 아니한 것은 위법하다고 주장하면서 당초처분에 대하여 심판을 제기하였고, 조세심판원은 이를 기각 하면서 피고 서장이 쟁점1임시투자액을 2000년도 귀속 법인세에서 공제하지 아니한 것 은 적법하고, 임시투자액의 일부가 구 조특법이 정한 생산성향상시설세액공제, 특정설 비투자세액공제에 해당하는지 재조사하여 그 세액공제를 하라는 재조사결정을 하였다. 피고 서장은 위 결정에 따라 쟁점l임시투자액 중 구 조특법 제24조, 제25조 및 제25조 의2의 규정에 의한 세액공제요건을 충족하는 금액을 확인하여 2009. 7. 2.자 감액경정 처분에 반영하였다(이하 당초처분 중 감액경정 후 남은 부분으로서 쟁점1임시투자액의 공제를 거부한 부과처분을 ’쟁점 1 부과처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 갑 제3호증, 을 제1호증의 l 내지 3, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 당사자의 주장

(1) 피고 서장의 주장은 다음과 같다.

① 1999조특법시행령의 부칙 제2조가 ’제23조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999. 12. 31.까지 투자한 분에 대하여는 1999. 12. 31. 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항의 규정을 적용한다’고 명시한 이상, 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니한 쟁점1임시투자액은 원고의 1999 사업연도(1999.1. 1.- 12. 31.) 귀속 법인세에서 공제하여야 하고 2000 사업연도 귀속 법인세에서는 공제할 수 없다. ② 구 조특법시행령(2000.12.29.대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것, 이하 ’2000조특법시행령’이라 한다) 부칙 제7 조가 ’2000. 1. 1. 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 1977. 1. 1. 이후 투자가 개시 된 것에 대하여는 2000. 1. 1. 이후의 투자분에 대하여도 적용하되’라고 명시하였으므 로, 1999년도에 투자가 완료되지 아니한 임시투자액은 2000. 1. 1. 이후 투자분에 한하 여 2000년도 법인세에서 공제할 수 있다. ③ 원고는 세법상 의무 해태에 정당한 사유 가 없으므로 가산세 부과는 적법하다.

(2) 원고의 주장은 다음과 같다.

① 1999조특법시행령 제23조 제3항에 의하면 쟁점1임시투자액은 ’투자가 완료된 사업연도’인 2000년도 법인세에서 공제할 수 있고, 법령의 부칙 규정은 본칙 규정에 대한 보충적 효력을 지니므로 1999조특법시행령의 부칙 제2조를 해석함에 있어서 같은 시행령의 제23조 제3항에 반하는 해석을 할 수 없으며, 구 조세감면규제법(이하 ’조세감면규제법’을 l조감법l이라 한다) 및 구 조특법의 연혁을 보면 임시투자세액공제 시한 은 매년 연장되었다. ② 2000조특법시행령 제23조 제4항, 제4조 제3호의 문언상으로도 쟁점1임시투자액을 2000년도 법인세에서 공제할 수 있다. ③ 쟁점1임시투자액의 공제여부는 세법해석상 의의가 있는 경우에 해당하므로 최소한 가산세의 부과는 위법하다.

다.관계법령

별지 5 '쟁점 1 관계법령’ 기재와 같다.

라.판단

(1) 쟁점1임시투자액을 2000년도 법인세에서 공제할 수 있는지

(가) 구 조특법 제26조 제1항, 1999조특법시행령 제23조 제1항, 제2항의 규정에 의하면, 제조업 등을 하는 회사는 사업용자산을 취득하기 위하여 1999. 12. 31.까지 투자한 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액을 ’대통령령이 정하는 과세연도’의 법인세에서 공제받고, 여기서 ’대통령령이 정하는 과세연도’라 함은 1999조특법시행령 제23 조 제3항에 의하면 ’투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세도’를 말한다. 쟁점은 1999. 12. 31. 현재 투자(사엽용자산의 취득)가 완료되지 아니하는 경우 1999. 12. 31.까지 지출한 임시투자액을 반드시 1999년도 법인세에서 공제하 여야 하는지(피고 서장의 주장임), 납세자의 선택에 따라 ’1999년도 법인세’ 또는 ‘투자가 완료된 2000년도’의 법인세 중 어디에서든 공제할 수 있는지(원고의 주장임)이다.

(나) 살피건대, 다음과 같은 점에 비추어 볼 때, 1999. 12. 31. 현재 투자(사업용 자산의 취득)가 완료되지 아니하여 2000.에도 투자금을 지출한 경우 1999. 12. 31.까지 지출한 투자액은 반드시 1999년도 법인세에서 공제하여야 하고 2000. 1. 1.부터 지출한 투자액은 2000년도 법인세에서 공제하여야 하므로, 원고의 주장은 이유없다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고(대법원 1998. 3. 27. 선고 97 누20090 판결, 대법원 1995. 9. 26. 선고 95누7857 판결 등 참조), 부칙이란 원래 본칙 에 부수하여 그 시행기일, 경과적 조치, 그밖에 관련되는 법령의 개폐등에 관한 사항 을 그 내용으로 하고 있는 것인 만큼 본칙과 독립하여 존재할 수 없고 그 본칙에 대한 부수적, 보충적 효력을 지니고 있다(대법원 1985. 10. 22. 선고 85누500 판결).

② 임시투자액을 법인세에서 공제함에 있어서 어느 과세연도의 법인세에서 공제하는 지는 조특볍 시행령에 명시되어 있다. 1999조특법시행령은 제23조 제l항에서 ’1999. 12. 31.까지 투자한 금액’에 대하여 세액공제를 하도록 정하면서, 제23조 제3항에서 그 것을 공제할 법인세의 과세연도는 ’투자가 이루어지는 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도’라고 정하고, ’투자가 완료된 과세연도’의 의미에 관하여 부칙 제2조에서 ’제23 조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니 하는 경우 1999. 12. 31.까지 투자한 분에 대하여는 1999. 12. 31. 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항의 규정을 적용한다’라고 정하였다. 따라서 ’1999. 12. 31.까 지 투자한 금액’에 한하여 ’당해 투자의 완료일이 속하는 과세연도’에 공제할 수 있는데, ’당해 투자의 완료일이 속하는 과세연도’란 원칙적으로는 ‘당해 투자의 실제 완료일 이 속하는 과세연도’를 의미하지만 예외적으로 ’1999. 12. 31. 현재 투자가 완료되지 아니한 경우’에 한하여 ’투자가 완료된 것으로 보는 과세연도’ 즉 ’1999. 12. 31.이 속하는 과세연도’를 말한다고 해석된다. 개정된 2000조특볍시행령 제23조 제1항은 ’2000. 6. 30.까지 투자한 금액에 대하여’ 공제를 받도록 규정하면서, 공제할 투자금의 범위에 관하여 부칙 제7조에서 깨1123조 제1항 및 제2항의 개정규정은 2000. 1. 1. 이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2000. 1. 1. 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 1977. 1. 1. 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000. 1. 1. 이후의 투자분에 대하 여도 적용하되’라고 규정함으로써 ’1999. 12. 31.까지 투자한 금액’에 대하여는 2000.조특법시행령에 의하여 공제할 수 없음을 명백히 하였다.

③ 임시투자세액공제 제도의 연혁은 별지 6 ’임시투자세액공제제도 연혁’의 기재와 같다. 임시투자세액공제는 일시적인 경기부양을 목적으로 기업의 신규투자를 촉진하는 조세감면제도로서 1982. 1. 1. 구 조감법에 최초로 도입되었는데, 단기간 시행된 후 종료되는 것이 원칙이므로 공제할 투자액의 지출종료시점을 6개월을 단위로 연장하여 왔고, 납세자에게 세액공제 혜택을 조기에 줄 필요가 있었으므로 실제로는 투자(사업용자 산의 취득)가 완료되지 않았더라도 투자가 완료된 것으로 의제하는 부칙 규정을 두었다. 이러한 부칙 규정으로 인하여 비록 구 조감법 시행령이 매년 개정되면서 세액공제 가 허용되는 투자액의 지출종료시점이 연장되는 경우에도 그 연장전에 지출된 투자액 이 공제되는 과세연도는 변경되지 않았다. 예들 들어 구 조감법 시행령 제57조의2(1991. 12. 31. 대통령령 제13545호로 개정된 것)는 제1항에서 ’1992. 1. 1.부터 1992. 6. 30.까지 투자한 금액에 대하여 법인세에서 공제한다’고 규정하고 제2항에서 ‘투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어진 경우 (예를 들어 1. 1.부터 6. 30.까지 투자금을 지출하였는데 과세연도가 매년 4. 1.부터 다 음해 3. 31.까지라면 2개의 과세연도에 걸쳐 지출한 경우가 된다)에는 당해 투자가 완료된 과세연도’의 법인세에서 공제할 수 있다고 규정하였는데, 위 제57조의2 제1항의 11992. 1. 1.부터 1992. 6. 30.까지 투자한 금액’이라는 규정은 그 후에 ’1992. 1. 1.부터 1992. 12. 31.까지 투자한 금액'(1992.6.30.대통령령 제13668호로 개정된 것), ’1992. 1. 1.부터 1993. 6. 30.까지 투자한 금액’(1992. 12. 31.대통령령 제13804호로 개정된 것), ’1992. 1. 1.부터 1993. 12. 31.까지 투자한 금액’(1993. 5. 27. 제13897호로 개정된 것)으로 개정됨으로써 6개월 단위로 그 지출종료시점이 연장되었다. 이에 따라 ’1992. 1. 1.부터 1992. 6. 30.까지 투자한 금액’의 공제시기를 정한 구 조감법시행령 부칙(제 13545호, 1991. 12. 31.) 제8조 제1항은 ㉮ 당초 '1992.6.30.현재 투자가 완료되지 아니한 경우에는 1992. 6. 30.까지 투자한 분에 대하여 1992. 6. 30.에 투자가 완료된 것으로 본다였으나，㉯ ’1992. 12. 31. 현재 투자가 완료되지 아니한 경우에는 1992. 12. 31.까지 투자한 분에 대하여 1992. 12. 31.에 투자가 완료된 것으로 본다’로 개정되었고(1992. 6. 30. 대통령령 제13668호로 개정된 것), ㉰ ’1993. 6. 30. 현재 투자가 완 료되지 아니한 경우에는 1993. 6. 30.까지 투자한 분에 대하여 1993. 6. 30.에 투자가 완료된 것으로 본다’로 개정되었다(1992. 12. 31.대통령령 제13804호로 개정된 것).

위 부칙 ㉮㉯㉰ 규정들에 의하면, 과세관청이 어느 법인에 대하여 '1992.6.30.이 속하는 과세연도’의 법인세를 경정부과할 경우에 '1992.6.30.까지 투자한 분’을 어느 과세연도에서 공제할 것인가가 문제되는데, 만일 '1992.6.30.현재 투자가 완료되지 아니하였으면’ 위 부칙 ㉮ 규정을 적용하여 ’투자가 완료된 것으로 보는 1992. 6. 30.이 속하는 과세연도’의 법인세에서 공제하여야 하고, 위 부칙 맨 또는 땐 규정을 적용하여 투자가 완료된 것으로 보는 ’1992. 12. 31.이 속하는 과세연도’ 또는 ’1993. 6. 30.이 속 하는 과세연도’의 법인세에서 공제할 수는 없었다고 해석된다(구 조감법 시행령 제57조 의2 제1항의 개정으로 투자금지출의 종료시점이 ’1992. 6. 30.까지’ 또는 ’1993. 6. 30. 까지‘로 연장되었더라도 그 종료시점의 연장은 각 개정시행령 공포일부터 시행되었으므로, 개정전 시행령 제57조의2 제1항이 정한 ’1992. 6. 30.까지 투자한 금액’에 대하여는 위 부칙 ㉮ 규정만 적용되고 위 부칙 ㉯㉰ 규정은 적용될 수 없었기 때문이다).

④ 2000조특법시행령 제23조 1항 부칙 제7조에 의하면, ’2000. 1. 1.부터 2000. 6. 30.까지’의 투자금액은 2000조특법시행령 제4조 제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액 으로 하여야 하는데, 2000조특법시행령 제4조 제3항에 의하면, ’투자금액‘은 ’총투자금액에 법인세법 시행령 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액’ (제1호)과 ’당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액’(제2호) 중 큰 금액으로부터 ’당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액과 투자세액공제제도를 적용받기 전에 투자한 분에 대하여 제1호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 합한 금액’(제3호)을 차감한 금액으로 한다. 그러나 2000조특법시행령 제4조 제3항을 ’적용’하는 것이 아니라 ’준용’ 한다고 규정되어 있으므로, ’2000. 1. 1.부터 2000. 6. 30.까지’의 투자금액을 산출하는 과정에서 ‘당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받을 수 있었으나 납세자가 공제신청 을 하지 않음으로 인하여 세액공제를 받지 못한 투자금액’은 ’당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액'(2000조특법시행령 제4조 제3항 제3호)으로 보아 이를 차감하여야 한다.

(2) 가산세의 부과가 위법한지

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 · 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있으나(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 등 참조), 납세자의 고의 · 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 · 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545 판결, 대법원 2009. 4. 23. 선고 2007 두3107 판결 등 참조).

(나) 살피건대，① 원고가 1999년도 및 2000년도 귀속 법인세 신고를 하면서 ’1999.

12. 31.까지 지출한 투자금’을 1999년도가 아니라 2000년도의 법인세에서 공제한 것은 법령의 부지 또는 오해에서 비롯된 것인 점，② 원고는 2000년도의 법인세 신고액이 588，031，273，733원에 이를 정도로 많은 소득을 얻는 대기업으로서 세법의 규정을 면밀히 검토하여 법리오해를 방지할 능력이 충분한 점，③ 원고의 잘못된 세액공제로 인하여 정당한 세액의 납부가 1년간 지체된 점，④ 국세청이 2001. 1. 발간한 ’법인세 신고 안내 세무조정 및 신고서 작성요령’ 책자에는 '2000 사업연도에 신고할 임시투자 세액 공제의 공제금액은 1999년 투자분의 공제율은 10%이며 2000. 1. 1.- 2000.6.30.투자 분은 7%’라고 기재되어 있고, 국세청이 2001. 3. 발간한 ’조세특례제한법 해석편람’에는 '1999 사업연도에 수입한 사업용 고정자산을 다른 기계와 결합하여 가동하는 경우 2000 사업연도에 공제받을 수 있는가’라는 질의에 대하여 ‘투자가 2개 이상의 과세연도 에 걸쳐서 이루어지는 때에는 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도에 세액공제 가능함’이라는 답변(국세청 법인 46-123-1664, 2000.7.28，)이 기재되어 있기는 하나, 위 각 기재는 공제율이나 공제시기에 관한 일반적인 설명에 불과하고 11999. 12. 31.까지 지출한 투자금’을 '1999 사업연도‘가 아니라 ’2000 사업연도’에 공제 할 수 있다고 분명히 한 것으로 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 원고의 의무해태에 정당한 사유가 있다고 하기 어려우며, 그 밖에 피고 서장이 1999년도 법인세에 대한 부과 제척기간이 이마 종료된 후에 2000년도 법인세에 대한 경정부과처분을 하였다는 사정만으로 달리 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 소결

따라서 쟁점 1 부과처분은 적법하다.

4. 쟁점 2 부과처분 및 쟁점 11 소득처분(DDDD로부터 캐나탄을 구입한 거래), 쟁점 3 소득처분(EEE 주식대금채권을 현물배상조로 취득한 후 포기한 거래)

가.기초사실

(1) JJJJJ은 원고가 100% 출자하여 미국에서 설립한 회사이고, KKKKK(이하 ’KKKKK’이라 한다)은 JJJJJ이 100% 출자한 미국 자회사(원고의 손자회사)이다.

(2) 원고는 석탄의 안정적인 확보를 위하여 미국 펜실베니아주 소재 Q노마 탄광을

개발하려고 1979. KKKKK을 통해 Q노마 탄광 개발회사인 EEE를 설립하였는데 QQQQQQ은 EEE 발행주식의 100%를 소유하였다.

(3) KKKKK은 자회사인 EEE의 적자가 계속 늘어나자 1988. 5. 31. 미국의 석탄중 개회사인 DDDD와 사이에, KKKKK은 그 소유 EEE 발행주식(이하 ’쟁점3EEE주식’이라 한다)의 100%를 DDDD에게 미화 4，900만 달러에 이전하고 DDDD는 그 대금(이하 ’쟁점3EEE주식대금!이라 한다)을 QQQQQQ의 모회사인 CCCCC에게 20년간 분할하여 지급하 기로(이하 CCCCC이 DDDD에 대하여 가지는 위 주식대금 채권을 ’쟁점3EEE주식대금채권'이라 한다) 하는 주식매도계약을 체결하고(갑 제7호증), 그 무렵 EEE 발행주식의 100%를 DDDD에게 인도하였다. 원고는 같은 날 DDDD와 사이에, 원고가 DDDD로부터 1988.부터 1997.까지는 매년 75만 내지 125만 톤의 미국탄과 49만톤의 캐나다탄을 구 입하고, 1998.부터 2007.까지는 매년 125만 톤의 미국탄과 45만톤의 캐나다탄(이하 ’쟁점2캐나다탄’이라 한다)을 구입하기로 하는 장기(20년) 석탄공급계약을 체결하였는데, 위 계약에 의하면 ’쟁점2캐나다탄’의 가격은 일본철강업체가 LLLLL (이하 ’LLLLL’이라 한다LLLLL은 2003.부터 2008.까지 ’MMMMMM'을 지배하였는데 이하 ’MMMMMM'도 편의상 ’LLLLL’이 라 부른다)로부터 구입하는 석탄의 가격으로 정하기로 하고, 쌍방이 가격을 합의하지 못하는 경우 중재에 의하여 정하기로 약정하였다(갑 제11호증의 1, 2).

(4) 원고는 위 계약에 따라 DDDD로부터 미국탄과 캐나다탄을 구입하던 중 철강생산 기술의 발달로 고가의 미국탄 대신 저가의 호주탄을 사용하는 것이 가능하게 되자 2001. 더 이상 미국탄을 구입하지 않기 위하여 DDDD와 협상을 시작하였다. 위 협상 도 중 DDDD가 쟁점3EEE주식대금 중 3차 분할금을 채권자인 CCCCC에게 지급하지 않자, QQQQQQ은 위 주식매도계약을 해지하였다. 그 후 QQQQQQ은 DDDD를 상대로 마국법원에 민사소송을 제기하였고, DDDD는 QQQQQQ을 상대로 반소를 제기하면서 원고와 CCCCC을 피고로 추가하였다. 위 소송 도중인 2003. 2. 7. 원고 및 CCCCC, QQQQQQ과 DDDD사이에 합의(이하 ’위 소송종결 합의’라 한다)가 성립되었다. CCCCC, QQQQQQ과 DDDD사이의 합의의 요지는, DDDD는 원고, CCCCC 또는 QQQQQQ에 대하여 쟁점 3 EEE 주식대금의 지급채무를 면한다는 것으로 구체적인 내 용은 다음과 같다. CCCCC, QQQQQQ과 DDDD사이의 합의서(갑 제51호증) 제5조 : QQQQQQ은 본 건 어읍(갑 제10호증, DDDD가 쟁점3EEE주식대금의 지급을 위해 CCCCC에게 작성교부한 것이다)을 CCCCC에게 양도하였고, CCCCC은 원고에게 이를 다시 양도하였으며, 원고는 본건 어음의 소유자이다. CCCCC - JJJJJJ은 본건 어음상의 DDDD의 채무 이행에 대해 어떠한 추가 권리도 갖지 아니하며, DDDD는 원고, QQQQQQ 또는 CCCCC에 어떠한 추가의무도 부담하지 아니한다. 원고와 DDDD 사이의 합의의 요지는 ① 원고는 DDDD로부터 캐나다탄을 구입할 의무 는 그대로 유지하되, 미국탄을 구입할 의무를 면하고 ② DDDD는 EEE 주식대금의 지급 채무를 면한다는 것으로 구체적인 내용은 다음과 같다. 원고와 DDDD사이의 합의서(갑 제20호증) 제6조 : 원고는 본 계약 체결에 따라 NNNNN.(DDDD의 스위스 자회사)에게 원고가 미국탄 판매계약에 따라 소유 하는 일체의 권리, 소유권 및 이권을 양도한다(단, NNNNN.가 이러한 양도 와 동시에 원고를 미국탄 판매계약상의 일체의 책임으로부터 면제하는 것을 조건 으로 한다). 이러한 양도에 따라, 원고는 미국탄 판매계약에 따른 어떠한 추가 의 무도 부담하지 아니 하며 , CCCCC이 나 QQQQQQ은 본 건 어 음(갑 제 10호증) 상의 DDDD의 채무 이행에 대한 어떠한 추가 권리도 가지지 아니한다.

(5) 위 합의 의 이행으로, QQQQQQ은 2003. 2. 12. CCCCC에 게 쟁 점 3EEE주식 대 금채권을 양도하였고(갑 제52호증의 1), CCCCC은 2003. 2. 12. 원고에게 위 채권을 현물 배당 형식으로 양도하였으며(갑 제52호증의 2), 원고는 2003. 쟁점3EEE주식대금채권을 DDDD의 스위스 자회사인 NNNNN.에게 양도하고, 이를 원고의 대손상각비로 계상하였다가 법인세를 신고하면서 위 대손상각비를 부인함으로써 이에 대한 법인세를 신고납부하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증 내지 제24호증, 갑 제29호증 내지 제30호 증의 2, 갑 제51호증 내지 제53호증, 갑 제58, 59호증, 을 제7, 8, 9호증, 을 제17호증 내지 제24호증, 제50호증의 각 기재, 증인 한PP의 일부증언, 변론 전체의 취지

나. 처분의 경위

(1) 쟁점 2 부과처분, 쟁점 11 소득처분

피고 서장은, DDDD는 아무런 자산가치가 없는 쟁점3EEE주식을 원고의 자회사인 CCCCC에게 대금을 20년간 분할지급하는 조건으로 매수하였고, 원고는 그 대가로 DDDD로부터 시가보다 높은 가격으로 20년간 석탄을 매수하기로 약정한 것으로 보고, 원고가 2000.부터 2004.까지 직접 LLLLL으로부터 캐나다탄을 구입하였다면 DDDD가 LLLLL으로부터 구입한 석탄가격과 통일한 가격으로 구입할 수 있었음에도 불구하고, DDDD가 LLLLL으로부터 구입한 가격보다 고가(톤당 미화 6달러씩 비싸다)로 DDDD로 부터 캐나다탄을 구입함으로써 위 두 거래가격의 차액 상당의 이익을 특수관계자인 CCCCC에게 분여한 것으로 판단하여, 법인세법 제52조 부당행위계산부인 규정을 적용 하여 위 가격간의 차액 상당의 손금을 부인하고 이를 익금에 산입하여 원고에게 2000 년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 경정부과하였다(이하 ’쟁점 2 부과처분’

이라 한다). 그 후속처분으로 피고 청장은 원고의 익금 17，229，467，809원이 사외유출되어 특수관계자인 CCCCC에게 귀속된 것으로 보아(2000년도 3，877，286，268원, 2001년도 2，941，103，738원, 2002년도 4，032，374，192원, 2003년도 2，339，323，348원, 2004년도 4，039，380，263원) 2006. 3. 10. 원고에게 소득금액변동 통지를 하였는데(이하 ’쟁점 11 소득처분’이라 한다), 그 소득금액은 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ’쟁점 11’란에 기재된 금액이다.

(2) 쟁점 3 소득처분

피고 청장은, 원고가 DDDD로부터 미국탄을 구입할 의무를 면하는 대가로 CCCCC 이 DDDD에 대하여 EEE 주식대금의 지급채무를 면제하여 주기로 합의하였으므로 그 무렵 쟁점3EEE주식대금채권은 아무런 가치가 없게 되었음에도 불구하고, 원고는 CCCCC으로부터 유상(현물배당)으로 쟁점3EEE주식대금채권을 이전받아 포기함으로써 특수관계자인 CCCCC에게 그 채권액 상당의 이익을 분여한 것으로 판단하고, 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2003년도 귀속 익금 19，988，976，772원에 산업한 다음 위 익금이 원고의 특수관계자인 CCCCC의 기타소득으로 귀속된 것으로 보아 소득금액변동통지를 하였다(이하 !쟁점 3 소득처분’이라 한다)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 제3호증, 을 제1호증의 1 내지 제5호증의 2, 을 제61, 62호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 쟁점 2 부과처분 및 쟁점 11 소득처분의 위법 여부

(1) 당사자의 주장

(가) 피고들의 주장은 다음과 같다.

① 석탄의 고가 구입을 부인함으로 인한 법인세부과 제척기간은 원고가 실제로 석탄을 구입한 각 연도별로 기산된다· ② QQQQQQ은 자회사인 EEE를 통하여 미국 Q노마 탄광에 투자하여 수백억 원의 손실이 발생하였고 탄광폐쇄에 소요되는 비용의 과다로 탄광폐쇄조차 불가능한 상황에서 경제적 가치가 전혀 없는 쟁점3EEE주식을 DDDD에게 매도하였고(QQQQQQ의 모회사인 CCCCC이 20년간 대금을 분할지급받는 조건임), 위 매매는 DDDD에게 불리한 것이지만 DDDD는 원고에게 석탄을 고가로 20년간 공급하기로 하였으므로, 결국 원고는 DDDD를 통하여 자회사인 CCCCC에게 이익을 분여한 것이다. ③ 원고가 적용한 법률은 ㉮ 쟁점 2 부과처분 중 2000년도 내지 2002년 도 귀속 법인세에 대하여는 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1 호 · 제9호, 제2항 ㉯ 쟁점 2 부과처분 중 2003년도 및 2004년도 귀속 법인세에 대하여는 구 국제조세조정에관한법률(이하 모든 ’국제조세조정에관한법률’을 줄여서 ‘국조법’이라 한다) 제3조, 구 국조법 시행령 제3조의2 제1호, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호, 제9호, 제2항 ㉰ 쟁점 11 소득처분에 대하여는 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 1항이다.

(나) 원고의 주장은 다음과 같다.

① 원고는 1988. 5. 31.자로 체결된 DDDD와 사이의 장기석탄공급계약에 따라 캐나 다탄을 공급받았으므로, 위 계약일부터 기산하면 쟁점2 부과처분 당시에는 이미 법인 세부과 제척기간이 도과하였다. ② 원고가 DDDD로부터 구입한 캐나다탄의 가격은 시가와 동일하므로, 위 거래는 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정 또는 구 국조법 시행령 제3조의2(부당행위계산부인의 적용범위)에 해당하지 않는다. ③ 구 법인세법 시행령 제88조 제2항의 ‘특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래’에 해당하지 않는다.

(2) 관계법령

별지 7 ’쟁점 2, 3, 11 관계법령’ 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 원고의 위 (1)① 주장(피고들의 위 (1)① 주장)에 대한 판단

원고가 1988. 5. 31. DDDD와 사이에 향후 20년간 석탄을 공급받기로 계약한 것 은 사실이지만 그 계약은 기본계약에 불과하고 위 기본계약에 기하여 매년 쌍방간에 구체적인 석탄의 양, 가격, 공급시기 등을 구체적으로 결정하는 개별계약이 체결되어야 비로소 석탄에 대한 구체적인 대금채무가 확정되므로, 그 대금은 액수가 확정되는 날이 속하는 사업연도의 손금으로 볼 것인데, 그 대금액수가 확정된 사업연도로부터 기산하면 부과제척기간이 경과하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고의 주 장은 이유 없다.

(나) 원고의 위 (1)②③ 주장(피고들의 위 (1)②③ 주장)에 대한 판단

1) 구 국조법 제3조(2002.12.18.법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 및 현행 국조법 제3조 제1항(2002.12.18.법률 제6779호로 개정된 것)에 의하면, 국조법은 국세 및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용하고, 구 국조법 제4조 (2002.12.18.법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 또는 구 국조법 제4조 제1항(2002.12.18.법률 제6779호로 개정되어 2008. 12. 26 법률 제9266호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래 가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세 표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다. 한편 국조법 제3조 제2항(2002.12.18.법 률 제6779호로 개정된 것)이 2003. 1. 1. 시행된 후부터, 국제거래에 대하여는 소득세 법 제41조 및 법인세법 제52조의 규정은 이를 적용하지 아니하되, 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니한다. 여기서 ‘대통령령이 정하는 자산의 증 여 등’이라 함은 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2에 의하면 ’자산의 증여, 채무의 면제, 수익이 없는 자산의 매입’ 등을 말 하므로, 구 법인세법 시행령 (2005.2.19.대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제 88조(부당행위계산의 유형 등) 제1항 제1호의 ’자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’ 또는 제9호의 ’법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’는 여기에 해당하지 아니한다.

2) 위 규정을 종합하면, 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 과세당국은 ① 2002. 12. 31.까지는 법인세법 제52조를 적용하여 ’시가’를 기준으로 하여 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있고, 국조법 제3조 제2항 (2002.12.18.법률 제6779호로 개정된 것)이 시행되는 2003. 1. 1.부터는 법인세법 제 52조에 우선하여 구 국조법 제4조 제l항(2002.12.18.법률 제6779호로 개정되어 2008. 12. 26 볍률 제9266호로 개정되기 전의 것)을 적용하여 ‘정상가격’을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하여야 한다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2004두3724 판결 등 참조). ② 또한 2002. 12. 31.까지는 법인세법 제52조를 적용하여 특수관계자에 대한 ’이익분여’를 이유로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있고, 국조법 제3조 제2항(2002.12.18.법률 제6779호로 개정된 것)이 시행되는 2003. 1. 1.부터는 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2가 정한 일정한 거래(자산의 증여 등)에 해당하지 아니하는 ’이익분여’ 등의 행위에 대하여는 법인세법 제52조를 적용할 수 없다고 할 것이다.

3) 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지의 캐나다탄 구입 거래 부분

피고들은, 원고가 비특수관계자인 DDDD를 통하여 특수관계자인 CCCCC과 거래하였 으므로 구 법인세법 시행령(2005.2.19.대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제 88조(부당행위계산의 유형 등) 제2항의 ’특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통 하여 이루어진 거래를 포함한다)’에 해당하고, 원고가 DDDD로부터 구입한 캐나다탄의 가격과 시가와의 차액이 원고의 특수관계자인 CCCCC에게 지급되도록 함으로써 CCCCC에게 이익을 분여하였다[구 법인세법 시행령(2005.2.19.대통령령 제18706호 로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제1호 및 제9호]고 주장한다. 살피건대, DDDD가 원고의 자회사인 QQQQQQ과 사이에 QQQQQQ로부터 쟁점3EEE주식을 매수(대금은 CCCCC에게 지급하기로 정함)하는 계약을 체결함과 동시에 원고와 사이에 원고에게 석탄을 장기간 공급하는 계약을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같지만, ① 위 계약들의 내용은 원고가 일방적으로 정한 것이 아니라 원고가 DDDD와 협상을 거쳐 정한 점，② 위 계약 당시 쟁점3EEE주식대금은 확정되었으나 20년간 분할공급받을 석탄의 가격은 향후 공급시마다 별도로 합의하되 쌍방이 가격을 합의하지 못하는 경우 중재에 의하여 정하기로 약정한 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 특수관계 없는 DDDD과 거래한 것을 가지고 원고가 특수관계자인 CCCCC과 거래한 것으로 볼 수는 없으므로, 피고들이 구 법인세법 시행령(2005.2.19.대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조 제2항을 적용한 것은 위법하다. 또한 원고가 DDDD로부터 구입한 캐나다탄의 가격이 시가를 초과하였다는 점은 피고 들이 입증하여야 하는데(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조),① 원고가 2003.에 LLLLL으로부터 구입한 캐나다탄의 가격이 원고가 같은 연도에 DDDD로 부터 구입한 캐나다탄의 가격보다 톤당 미화 6달러 낮았다 하더라도, 원고가 LLLLL으 로부터 석탄을 구입한 시기(2003.) 및 구입물량은 원고가 DDDD로부터 석탄을 구입한 시기(2000.1. 1.부터 2002. 12. 31.까지) 및 구입물량과 다르므로 두 석탄의 가격이 다를 수 있는 점，② 석탄중개회사인 DDDD는 제철회사인 원고에 비하여 가격협상력이 우세하므로 때 DDDD가 LLLLL으로부터의 구입한 석탄의 가격이 원고가 DDDD로부터 구입한 석탄의 가격보다 낮을 수 있는 점, 그 밖에 석탄의 시가를 입증할 증거가 부족한 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 DDDD로부터 구입한 석탄의 가격이 시가를 초과하였음이 입증되었다고 할 수 없다. 가사 원고가 DDDD로부터 구입한 석탄의 가격이 시가를 초과하였다고 하더라도, 쟁점 3EEE주식이 아무런 경제적 가치가 없었다거나(EEE가 적자 상태였다는 것만으로 EEE 주식의 자산가치가 없다고 인정할 수 없다) 쟁점3EEE주식대금이 EEE의 순자산가치를 초과하였음을 인정할 만한 증거가 부족하므로, DDDD가 쟁점3EEE주식대금을 CCCCC에게 지급함으로써 원고로부터 지급받은 석탄대금 중 일부(시가와의 차액)를 CCCCC에게 전달하였다고 볼 수도 없다. 따라서 원고가 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지 DDDD로 부터의 석탄을 구입한 거래를 가지고 원고가 CCCCC에게 ’이익을 분여'한 것으로 인정한 것은 위법하므로, 원고의 주장은 이유 있다.

4) 2003.1. 1.부터 2004. 12. 31.까지의 캐나다탄 구입 거래 부분

피고들은 이 기간 동안의 거래에 대하여, 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 (2005.2.19.대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제1호, 제9호를 적용하였다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 2002. 12. 31.까지는 법인세법 제52조를 적용하여 특수관계자에 대한 ’이익분여’를 이유로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또 는 경정할 수 있었으나, 국조법 제3조 제2항(2002.12.18.법률 제6779호로 개정된 것)이 시행된 2003. 1. 1. 이후부터는 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통령령 제19650 호로 개정되기 전의 것) 제3조의2가 정한 일정한 거래(자산의 증여 등)에 해당하지 아니하는 ’고가매입’ 또는 ’이익분여’ 등의 행위에 대하여는 법인세법 제52조를 적용할 수 없게 되었으므로, 피고들의 주장은 이유 없고, 원고의 주장은 이유 있다. 피고들은, 원고가 DDDD로부터 캐나다탄을 고가로 구입하여 DDDD로 하여금 정상 가격과의 차액을 원고의 특수관계자인 CCCCC에게 지급하도록 함으로써 특수관계자에게 ’자산을 증여’하였으므로, 위 거래는 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통령령 제 19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2 제1호의 ’자산의 증여’에 해당한다고 주장하나, 앞서 본 쟁점3EEE주식의 매매계약과 장기석탄공급계약의 체결경위, 구체적인 석탄공급 가격의 결정절차, DDDD는 원고의 특수관계자가 아닌 점, 쟁점3EEE주식대금이 EEE의 순자산가치를 초과하였음을 인정할 증거가 부족한 점 등에 비추어 볼때, 원고가 DDDD 로부터 석탄을 구입한 것을 가지고 원고가 CCCCC에게 자산을 증여한 것으로 볼 수 없으므로, 피고의 주장은 이유 없고, 원고의 주장은 이유 있다.

(4) 소결

따라서 쟁점 2 부과처분은 위법하므로 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ’쟁점 2’란에 기재된 세액은 모두 감액되어야 한다. 또한 쟁점 11 소득처분 역시 위법 하므로 취소되어야 한다.

라. 쟁점 3 소득처분의 위법 여부

(1) 당사자의 주장

(가) 피고 청장의 주장은 다음과 같다.

① 원고는 특수관계자인 CCCCC에게 이익을 분여하였으므로, 쟁점3 소득처분의 근거법령은 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호, 제9호, 제2항과 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항이다. ② CCCCC이 쟁점3EEE주식 대금채권을 포기하기로 합의함으로 인하여 위 채권은 아무런 가치가 없게 되었음에도 불구하고 그 후 원고가 이를 CCCCC으로부터 유상(현물배당)으로 이전받아 포기한 것 은 특수관계자인 CCCCC에게 이익을 분여한 것이므로, 쟁점3EEE주식대금채권액 상당 의 익금은 CCCCC의 기타소득으로 귀속되어야 한다.

(나) 원고의 주장은 다음과 같다.

① 원고가 쟁점3EEE주식대금채권을 포기할 당시에 시행되던 구 국조법 제3조 제2항에 의하면, 위 포기에 대하여는 법인세법 제52조 부당행위계산 규정을 적용할 수 없다. ② 쟁점3EEE주식대금채권을 포기하는 것은 원고에게 이익이 되므로 그로 인하여 원고가 CCCCC에게 이익을 분여한 것이 아니다.

(2) 관계법령

별지 7 ’쟁점 2, 3, 11 관계법령’ 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 원고의 위 (1)① 주장(피고 청장의 위 (1)① 주장)에 대한 판단

원고가 쟁점3EEE주식대금채권을 현물배당으로 취득하여 이를 포기한 시기는 2003. 이고, 앞서 본 바와 같이 2003. 1. 1.부터는 구 국조법 시행령(2006.8. 24.대통령령 제 19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2가 정한 일정한 거래(자산의 증여 등)에 해당하지 아니하는 ’이익분여’ 행위에 대하여는 법인세법 제52조를 적용할 수 없으므로, 피고 청장의 주장은 이유 없고, 원고의 주장은 이유 있다.

(나) 원고의 위 (1)② 주장(피고 청장의 위 (1)② 주장)에 대한 판단

피고 청장의 주장대로 ’이익분여’가 넓은 의미에서 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2가 정한 ’자산의 증여’에 포함된다고 가정하더라도, 다음과 같은 점에 비추어 볼 때 원고가 CCCCC에게 이익을 분여한 것으로 볼 수 없으므로, 피고 청장의 주장은 이유 없고, 원고의 주장은 이유 있다.

① 위 소송종결 합의의 요지는, 원고는 DDDD로부터 미국탄을 구입할 의무를 면하는 대신, DDDD는 원고, CCCCC 및 QQQQQQ에 대하여 쟁점3EEE주식대금의 지급채무를 면한다는 것이고, 그 후 원고는 자회사인 CCCCC으로부터 쟁점3EEE주식대금채권을 현물 배당 형식으로 양도받았다.

② 위 소송종결 합의에 의하여 CCCCC이 DDDD에 대하여 쟁점3EEE주식대금의 지급 채무를 면제하여 주기로 약정하였다고 하여 쟁점3EEE주식대금채권이 경제적 가치가 없게 된 것이 아니다. 원고로서는 위 소송종결 합의를 이행하기 위하여 쟁점3EEE주식

대금채권을 취득하여 DDDD의 자회사에 양도할 의무가 있고, 이를 불이행할 경우 DDDD 에게 손해배상을 하여야 하므로 쟁점3EEE주식대금채권은 원고에게는 가치가 있기 때문이다. 따라서 원고가 쟁점3EEE주식대금채권을 현물배당형식으로 양수하였다 하더라도 무가치한 재산을 유상으로 취득한 것이 아니다, ① 위 소송종결 합의에 의하면, DDDD에 대하여 쟁점3EEE주식대금의 지급채무를 면제하여 줄 의무는 CCCCC 뿐만 아니라 원고에게도 있으므로, 원고가 쟁점3EEE주식대 금채권을 포기한 것은 CCCCC의 의무를 대신 이행한 것이 아니라 원고 자신의 의무를 이행한 것이다. ② 위 소송종결 합의에 의하여, 원고는 비싼 미국탄을 구입할 의무를 면하는 이익을 얻고 CCCCC은 쟁점3EEE주식대금채권을 상실하는 손실을 입은 것처럼 보일 수도 있으나, 원고는 CCCCC으로부터 무상으로 쟁점3EEE주식대금채권을 취득한 것이 아니라 유상인 현물배당(피고 청장도 현물배당이 유상이라고 주장하고 있다)으로 이를 취득하였으므로 CCCCC의 손실을 보전하기 위하여 CCCCC에게 동등한 대가를 지급한 셈이 다.

(다) 소결

따라서 쟁점 3 소득처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 쟁점 4, 5 부과처분 (발전소의 감가상각개시일아 언제인지) 가. 쟁점 4, 5 부과처분의 경위

(1) 원고는 OO공장 및 OO공장에 각 자가전력생산용 LNG 복합발전소(이하 통틀어 ’이 사건 발전소들’이라고 한다)를 건설하기로 하고, 주식회사 AAA건설(이하 'AAA건설’이라 한다)에 공사도급을 주어 완성하였는데, 착공시부터 최종검사증(Final Acceptance Certificate, 도급인인 원고가 최종검사를 마치고 수급인인 AAA건설에게 교부하는 증서) 교부시까지 소요된 기간은 포항공장의 경우 1999. 2. 21.부터 2003. 9. 19.까지이고, 광양공장의 경우 1997. 3. 15.부터 2001. 12. 5.까지였다.

(2) 이 사건 발전소들은 ① 발전소당 가스터빈기 2기와 증기터빈기 1기로 구성되어 있고 ② LNG를 주 연료로 하여 가스터빈기에서 1차로 전기를 생산하고(1차 발전), ③ 열효율 향상을 위해 가스터빈기에서 배출되는 폐열을 이용하여 배기열(폐열)회수보 일러(Heat Recovery Steam Generator) 및 보조기기를 가열하고, 여기에서 발생되는 증기를 증기터빈기에 공급하여 추가적으로 전기를 생산(2차 발전)하는 복합발전설비이 다.

(3) 원고와 AAA건설 사이의 도급계약에 의하여, 원고는 각 터빈기별로 예비승인 시험(Preliminary Acceptance Test, PAT)을 완료한 후 AAA건설에게 발전소별로 예비승인증(Preliminary Acceptance Certificate, PAC)을 발급하였다. 원고는 그 후 이 사건 발전소들을 사용하기 위하여 전기사업법에 의하여 관할관청으로부터 사용전검사를 받았고, AAA건설에게 발전소별로 최종검사증(Final Acceptance Certificate, 이하 ’FAC'라고 한다)을 교부하였다. 위 과정을 요약하면 다음 표와 같다.

(4) 원고는 2000년도 귀속 법인세 신고를 하면서 각 터빈기에서 생산된 전력을 생산공정에 투입한 전력공급개시일을 각 터빈기의 감가상각개시일로 인정하였는데, 그 개시일은 포항발전소의 경우 가스터빈 1호기는 2000. 10., 가스터빈 2호기는 2000. 11., 증기터빈기는 2000. 12.이고, 광양발전소의 경우 가스터빈 1, 2호기 및 증기터빈기 모 두 2000. 3. 이다. 이에 대해 피고 서장은 원고와 달리 터빈기별로 감가상각개시일을 인정하지 아니 하고, 발전소별로 터빈기들의 각 예비승인시험(PAT)이 최종적으로 완료된 날을 감가상각개시일로 인정하여(포항발전소의 경우 2001. 1., 광양발전소의 경우 2000. 7. 30.이 다), 원고가 신고한 2000년도 감가상각비 중 가스터빈기의 감가상각비에 해당하는 27，171，083，195원을 부인하고, 이로 인한 2000년도 귀속 법인세 15，234，813，349원을 부과하였다(감가상각개시일과 관련된 쟁점은 1개이지만 이 쟁점과 관련된 세액은 별지 4 '쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ’쟁점 4’ 및 1쟁점 5’란에 기재된 세액이므로, 이하 편의상 ’쟁점 4, 5 부과처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 갑 제3호증, 갑 제35 내지 제40호증, 갑 제46, 47호증, 갑 제60호증, 을 제1호증의 l 내지 3, 을 제25호증 내지 32호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 당사자의 주장

(1) 피고 서장의 주장은 다음과 같다.

이 사건 발전소틀은 복합발전설비이므로 발전소별로 감가상각을 개시하여야 하고, 발전소의 터빈기들의 예비승인시험(PAT)이 모두 완료되어야 발전소를 정상적으로 사용 할 수 있고 전기사업법에 의하여 발전소에 대한 사용전검사를 받을 수도 있으므로, 터 빈기들의 예비승인시험이 최종적으로 완료된 날을 발전소의 감가상각개시일로 보아야 한다. 발전소의 시운전 기간 중에 일부 터빈기기가 전력을 생산하였다 하여 발전소의 일부가 완성되었다고 볼 수 없다.

(2) 원고의 주장은 다음과 같다.

각 터빈기는 독립적으로 설치되고 구분 가능하므로 각 터빈기별로 감가상각을 개시할 수 있다. 각 터빈기가 안정적인 전력을 생산하여 철강생산설비에 공급하였을 때 발전소의 일부가 완성되었다고 보아야 하므로, 각 터빈기의 감가상각개시일은 각 터빈 기의 전력공급개시일이다.

다.관계법령

별지 8 '쟁점 4, 5 관계법령’ 기재와 같다.

라. 판단

(1) 구 법인세법(2008.12.26.법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제23조에 의하면, 고정자산에 대한 감가상각비는 당해사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하는데, 구 법인세법 시행령(2000.12.29.대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항에 의하면 건설 중인 자산의 경우 감가상각자산에 포함하지 않고, 구 법인세법 시행규칙(2011. 2. 28.기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것) 제3호에 의하면, 설치중인 자산 또는 그 성능을 시험하기 위한 시운전기간에 있는 자산은 감가 상각자산에서 제외되지만, 건설 중인 자산의 일부가 완성되어 당해 부분이 사업에 사용 되는 경우에는 그 부분은 감가상각자산에 해당한다.

(2) 판단

을 제30, 31호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 발전소들은 발전과정에서의 열효율 제고를 염두에 두고 1차 전기생산시설인 가스터빈기와 2차 전기생산시설인 증기터빈기를 결합한 단일설비 형태로 설계된 점, ② 원고는 각 터빈기의 인도시기, 제조원가 등을 파악할 수 있는 도급계약서, 공사비지 급명세서 등의 객관적인 증거를 제출하지 아니한 점 ③ 원고가 주장하는 전력공급개시 일인 2000. 3. 1.부터 피고 서장이 감가상각개시일로 인정한 2000. 7. 24.까지의 기간 중의 광양발전소의 전력공급을 현황에 의하면, 제1가스터빈기의 운전시간은 정상운전 가능시간의 26.8%, 제2가스터빈기의 운전시간은 정상운전가능시간의 28.1%, 증기터빈 기의 운전시간은 정상운전가능시간의 31.3%에 불과하고, 위 기간 동안 발전설비 결함 등의 이유로 1개월 이상 가동중지 상태에 있었던 사실이 인정되는 점，④ 구 전기사업 법(2000.12.23.법률 제6283호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ’구 전기사업법'이라 한다) 제34조에 의하면, 전기설비의 설치 또는 변경공사를 한 자는 산업자원부장관 또 는 시·도지사의 검사를 받아 합격한 후에 이를 사용하여야 하므로, 이 사건 발전소들은관할관청으로부터 발전소별로 사용전검사를 받은 후에 비로소 사용할 수 있고 발전소 중 터빈기만을 분리하여 사용전검사를 받아 사용할 수 없는 점，⑤ 일반 건축물의 경우 완성되었는지 확인하기 위하여 성능을 시험하는 절차가 필요 없으나, 생산설비의 경우 각 부분의 성능을 순차적으로 시험하여 전체 설비의 성능이 정상이라는 것을 확인한 후 비로소 전체 설비가 완성되었다고 판단하는 것이 합리적인 점 등을 종합하면, 터빈기들의 성능을 시험할 목적으로 전력을 생산 공급하였다고 하여 그 때 발전소의 일부가 완성되었다거나 사업에 사용되었다고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(4) 소결

따라서 쟁점 4, 5 부과처분은 적법하다.

6. 쟁점 6 부과처분 (원고가 FFFF로부터 호주탄을 구입한 거래)

가. 쟁점 6 부과처분의 경위

(1) 원고는 1981. 1. 14. 호주 탄광을 개발하기 위하여 100% 출자하여 호주회사인 FFFF를 설립하였고, FFFF는 그 무렵 호주회사인 RRR(이하 ’RRR’라 한다) 와 2:8의 지분비율로 RRR 석탄광산에 투자하였다. FFFF는 RRR와 사이에, 위 광산 에서 채굴한 석탄(이하 채굴탄 중 FFFF의 지분을 ’FFFF 지분탄’ RRR의 지분을 'RRR 지분탄’이라 한다)을 호주 판매회사인 SSSS.(이하 ’SSSS’라 한다. FFFF와 RRR가 2:8의 비율로 투자하여 설립하였다)를 통하여 공급하고 그 대금 을 투자지분 비율에 따라 분배하기로 약정하였다.

(2) 원고는 1981.경 SSSS와 사이에, FFFF의 지분탄을 매년 50만 톤씩 20년간 구입하는 장기기본계약(이하 ’위 SSSS.와의 기본계약’이라 한다)을 체결하였는데, 매매가격은 ‘비교가능한 품질의 석탄이 뉴캐슬항으로부터 본선 인도가격 조건으로 일본에 있는 일본 철강업계 회사에게 수시로 공급되는 가격’으로 하기로 약정하였다(갑 제4호증). 원고는 위 SSSS와의 기본 계약에 따라 SSSS로부터 1981.부터 2000.까지 FFFF의 지분탄을 구입하였다.

(3) 원고는 2001.경 위 위 SSSS와의 기본계약을 2011. 3.까지 10년간 연장하여 매 년 50만 톤씩 구입하기로 하면서 2001.의 경우 톤당 35달러에 50만 톤을 구입하였다 (갑 제23호증). 원고는 SSSS와 사이에 위 SSSS와의 기본계약과 별도로 추가계약(이 하 ’SSSS와의 추가계약’이라 한다)을 체결하여 2001. 4. 1.부터 2003.까지 위 호주탄을 매년 50만 톤(원고의 선택으로 ±20% 차감 가능)씩 위 SSSS와의 기본계약상의 가격에 서 톤당 마화 1.5달러 할인된 가격으로 공급받았다(갑 제24호증).

(4) 한편 FFFF는 RRR가 RRR 지분탄 중 잉여물량을 판매처를 찾지 못하자 위 잉여탄을 처리하여 주기로 하고 1998.경 SSSS와 사이에, FFFF는 1998.부터 2000.까지 의 기간 동안 매년 RRR 지분탄 중 130만 톤씩을 위 SSSS와의 기본계약상의 가격보다 톤당 1.5달러 싼 가격에 구입한 다음 이를 위 SSSS와의 기본계약상의 가격과 통 일한 가격으로 원고에게 판매하였고, 또한 2001.부터 2004.까지의 기간 동안 매년 위 호주탄 중 60만 톤을 SSSS로부터 위 SSSS와의 계약상의 가격보다 1.5달러 싼 가격 에 매입한 다음 이를 위 SSSS.와의 기본계약상의 가격으로 원고에게 판매하였다(이하 2000.부터 2004.까지의 기간 동안 있었던 FFFF가 SSSS로부터 석탄을 구입한 거래를

’SSSS와의 비교대상거래’라 하고, FFFF가 SSSS로부터 구입한 석탄을 원고에게 판매 한 거래를’FFFF와의 쟁점거래’라 한다).

(5) 원고가 2000.부터 2004년까지 SSSS 및 FFFF로부터 구입한 호주탄의 물량과 가격은 다음과 같다.

(6) SSSS와의 비교대상거래와 FFFF와의 쟁점거래의 조건은 다음 비교표(이하 ’위 SSSS와의 비교대상거래 및 FFFF와의 쟁점거래 비교표’라 한다)와 같다.

피고 서장은, 원고가 2000.부터 2004.까지의 기간 동안 특수관계자인 FFFF로부터 정상가격(SSSS가 판매한 가격)보다 톤당 미화 1.5달러 높은 가격으로 호주탄을 구입하였다고 판단하여 구 국조법(2008.12.26.법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제5조의 이전가격세제를 적용하여 정상가격과의 차액을 손금부인하여 원고에게 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ’쟁점 6 부과처분’ 이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제3, 4호증, 갑 제22호증 내지 제26호증의 3, 갑 제60호증, 을 제1호증의 1 내지 을 제5호증의 2, 을 제33호증 내지 제38호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 당사자의 주장

(1) 피고 서장의 주장은 다음과 같다.

원고는 특수관계자인 FFFF를 대신하여 FFFF가 SSSS로부터 대량으로 구입하는 석탄가격을 협상한 후, 특수관계자인 FFFF로부터 그 협상가격보다 더 높은 가격으로 석탄을 공급받아 그 가격의 차액을 FFFF에게 이전하였으므로, 원고가 FFFF로부터 구입한 가격과 정상가격 사이의 차액을 손금부인한 것은 적법하다. 처분의 근거법령은 구 국조법(2008.12.26.법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제5조 제1항 제1호(비교가능 제3자 가격방법)이다.

(2) 원고의 주장은 다음과 같다.

’비교가능 제3자 가격방법’은 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법이다. 원고가 위 SSSS와의 기본계약에서 정한 가격이 정상가격인데 이는 FFFF와의 쟁점거래의 가격과 동일하다. 위 FFFF와의 쟁점거래의 가격은 일본의 제철소들이 공동구매 시스템을 이용하여 공급 회 사와 협상하여 결 정 하는 장기 공급가격 (Japanese Steel Industry long-term contract price)보다 저렴하므로 정상가격 이하이다. FFFF가 SSSS로부터 가격할인을 받은 것은 FFFF 자신의 노력으로 인한 것이다.

다. 관계법령

별지 9 ’쟁점 6, 7, 9 관계법령’ 기재와 같다.

라.판단

(1) 구 국조법(2008.12.26.법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호에 의하면, ’국제거래’라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 매매 등 자산에 관련된 모든 거래를 말하고, 제4조 제1항에 의하면, 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과 세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있는데 제5조 제1항 제1호는 정상가격을 산정 하는 방법의 하나로서 ’비교가능 제3자 가격방법’ 즉 ’거주자와 국외 특수관계자간의 국 제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 규정하고, 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통 령령 저1119650호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항은 ’법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에 고려하여야 하는 기준’으로 ’특수관계가 있는 자간의 국제 거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것’(제1호), ’특수 관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건 · 경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것’(제3호) 등을 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 앞서 본 인정사실에 의하면 FFFF와의 쟁점거래는 SSSS와의 비교 대상거래와 비교할 때, 통일한 시기에 동일한 물건을 동일한 선적지에서 동일한 도착지로 공급하는 거래이고 단지 계약당사자와 가격만 다른 점(위 SSSS와의 비교대상거래 및 FFFF와의 쟁점거래 비교표 참조), 원고가 SSSS와의 추가계약에 의하여 2001. 4. 1.부터 2003.까지 SSSS로부터 구입한 호주탄의 가격도 같은 기간 중의 SSSS와의 비교대상거래의 가격과 같은 점 일본의 제철소들이 공급받은 석탄가격이 실제로 얼마였는지 확인할 만한 증거 및 FFFF가 원고에 비하여 가격할인을 받을 만한 특별한 이유가 있음을 인정할 증거가 부족한 점(증인 한PP의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하다) 등에 비추어 볼 때, SSSS와의 비교대상거래의 가격을 FFFF와의 쟁점거래의 정상가격으로 인정하는 것이 가장 합리적이라고 할 것이므로, 피고 서장이 FFFF와의 쟁점거래의 가격이 정상가격에 마달한 것으로 인정한 것은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 소결

따라서 쟁점 6 부과처분은 적법하다.

7. 쟁점 7 부과처분 (원고가 GGGGGG으로부터 캐나다탄을 구업한 거래)

가. 쟁점 7 부과처분의 경위

(1) 원고는 1982. 3. 9. 캐나다 법인인 GGGGGG를 원고가 100% 출자하여 설립하였다. GGGGGG은 LLLLL과 캐나다 그런 힐즈(Green Hills)의 석탄광산을 2:8의 비율로 공동소유하고 있는데, 원고는 GGGGGG 또는 LLLLL으로부터 위 광산에서 채굴된 석탄 (이하 ’위 캐나다탄’이라 한다)을 구입하였다.

(2) 원고는 LLLLL으로부터 위 캐나다탄을 구입하면서 2000.까지는 일본 철강업계의 구입 할 때 적용되는 Greenhills Medium Volatile Coal의 장기 공급가격에 따라 구입 하였으나 2001. 4.부터는 그보다 톤당 미화 2.8달러 싼 가격으로 구입하였다.

(3) GGGGGG은 1992. 12. 4. LLLLL과 사이에, 그 때부터 2003. 3. 31.까지 위 캐 나다탄을 당시 일본 철강업계가 구입할 때 적용되던 Greenhills Medium Volatile Coal 의 장기공급가격보다 톤당 미화 2.8달러 싼 가격에 매입하기로 약정하고(갑 제27호증), 이에 따라 2000. 1.부터 2001. 3.까지 위 캐나다탄 총 461，524톤을 LLLLL로부터 위 약정가격으로 구입(이하 ’LLLLL과의 비교대상거래’라 한다)한 다음 같은 석탄을 원고 에게 공급하면서 그 가격보다 톤당 미화 2.8달러 비싼 가격으로 공급(이하 ’POSC따애과 의 쟁점거래’라 한다)하였다.

(4) LLLLL과의 비교대상거래와 GGGGGG과의 쟁점거래의 거래조건을 비교하면 다 음 비교표(이하 ’위 ’LLLLL과의 비교대상거래 및 GGGGGG과의 쟁점거래 비교표’라 한 다)와 같다. LLLLL과의 비교대상거래의 가격인데 원고가 특수관계자 GGGGGG으로부터 정상가격 보다 톤당 미화 2.8달러 높은 가격으로 캐나다탄을 구입하였다고 인정하여, 구 국조법 (200B. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제5조의 이전가격세제를 적용하여 정상가격과의 가격 차액을 손금부인하여 원고에게 2000년도 및 2001년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ’쟁점 7 부과처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 l 내지 5, 갑 제3호증, 갑 제13, 14호증, 갑 제27, 2B호증, 갑 제60호증, 을 제10호증 내지 제16호증, 제39호증, 제40호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 당사자의 주장

(1) 피고 서장의 주장은 다읍과 같다.

원고는 GGGGGG을 대신하여 GGGGGG이 LLLLL으로부터 대량으로 구입하는 석 탄의 가격을 협상하여 LLLLL과의 비교대상거래의 가격을 정한 다음 특수관계자인 GGGGGG과의 쟁점거래에서는 그보다 높은 가격으로 석탄을 구입하여 정상가격과의 가 격 차액을 GGGGGG에게 이전하였으므로, 위 차액을 손금부인한 것은 적법하다. 처분의 근거법령은 구 국조법(200B. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제5조 제1항 제1호(비교가능 제3자 가격방법)이다.

(2) 원고의 주장은 다음과 같다.

’비교가능 제3자 가격방법’은 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법이다. 일본 철강업계가 구입할 때 적용되던 Greenhills Medium Volatile Coal의 장기 공급가격이 정상가격이고 GGGGGG과의 쟁점거래의 가격은 위 정상가격과 동일하다. LLLLL과의 비교대상거래의 가격은 GGGGGG이 자신의 노력으로 정상가격에서 할인받은 것이다.

다. 관계법령

별지 9 ’쟁점 6, 7, 9 관계법령’ 기재와 같다.

라. 판단

(1) 구 국조법(2008.12.26.법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1 호에 의하면, ’국제거래’라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산매매 등 자산에 관련된 모든 거래를 말하고, 제4조 제1항에 의하면, 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있는데, 제5조 제1항 제1호 정상가격을 산정하는 방법의 하나로서 ’비교가능 제3자 가격방법’ 즉 ’거주자와 국외 특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 규정하고, 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항은 ’법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에 고려하여야 하는 기준’으로 ’특수관계가 있는 자간의 국제 거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것’(제1호), ’특수 관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건 · 경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것’(제3호) 등을 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 앞서 본 인정사실에 의하면 GGGGGG과의 쟁점거래는 LLLLL과의 비교대상거래와 비교할 때 동일한 시기에 통일한 물건을 동일한 선적지에서 동일한 도착지로 공급하는 거래이고 단지 계약당사자와 가격만 다른 점(위 'LLLLL과의 비교대 상거래 및 GGGGGG과의 쟁점거래 비교표 참조), 원고는 2001. 4.부터 LLLLL으로부터 위 캐나다탄을 구입하면서 LLLLL과의 비교대상거래와 동일한 가격으로 구입한 점, 일본의 제철소들이 공급받은 석탄가격이 실제로 얼마였는지 확인할 만한 증거 및 GGGGGG이 원고에 비하여 가격할인을 받을 만한 특별한 이유가 있음을 인정할 증거가 부족한 점(증인 한PP의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하다) 등에 비추어 볼 때, LLLLL과의 비교대상거래의 가격을 GGGGGG과의 쟁점거래의 정상가격으로 인정하는 것이 가장 합리적이라고 할 것이므로, 피고 서장이 GGGGGG과의 쟁점거래의 가격이 정 상가격에 미달한 것으로 인정한 것은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 소결

따라서 쟁점 7 부과처분은 적법하다.

8. 쟁점 8, 9 부과처분 (TTT계약)

가. 쟁점 8, 9 부과처분의 경위

(1) 원고의 6개 해외 자회사들인 CCCCC, PPPPP Japan, AAAAAA, GGGGGG, FFFF, PPPPP-Investment와 원고(원고를 포함하여 통틀어 ’TTT계약당사자들’라 한다) 는 2001. 9. HHH은행과 사이에 ’IIII'라는 다수당사자 계좌통합 계약(이하 ’이 사건 TTT계약’이라 한다)을 체결하였다(갑 제41호증). 이 사건 TTT계약 에 의하면, TTT계약당사자들이 HHH은행에 각자의 계좌를 개설하고 그 계좌를 연결하여 공동으로 이용하는 자금원천(pool)을 조성한 다음 각자의 계좌를 이용하여 예금을 하거나 당좌대출(overdraft)을 받으며, 대출채무를 상호간에 연대보증하고, 예대마진[= 대출이자(영업수익) - 예수금이자(영업비용)]을 HHH은행이 전부 수취하는 것이 아니라 HHH은행은 그 중 미리 약정한 일정한 금액(관리수수료, 이자)만 수취하고, 그 나머지 수입(pooling benefit)는 HHH은행의 관여 없이 TTT계약당사자들이 자체적으로 결정한 배분비율에 따라 TTT계약당사자들 각자의 예금기간 또는 대출기간 동안 자금원천 (pool)에 남아 있던 일별잔고를 기초로 계산하여 TTT계약당사자들 사이에 배분되었는 데, 그 배분비율은 일별잔고가 양수(positive)였던 회사에게 70%를 배분하고, 일별잔고 가 읍수(negative)였던 회사에게 30%를 배분하는 것이었다.

(2) 원고는 이 사건 TTT계약에 따라 원고의 HHH은행 계좌에 2001. 9. 미화 2，000 만 달러, 2002. 2. 미화 1，200만 달러를 각 예금하고 2004. 말까지 HHH은행으로부터 일정한 수입금을 수령하였고 대출은 받지 않았다. 원고를 제외한 TTT계약당사자들은 각자의 계좌를 이용하여 예금을 하거나 대출을 받았다.

(3) 원고가 2001.부터 2005.까지의 기간 중에 해외로부터 조달한 장기차입금의 이 자율은 ’Libor + 0.6%’ 내지 ’Libor + 0.8%’ 였다(갑 제57호증의 l 내지 6, 을 제64호 증의 1, 2, 3).

(4) 피고 서장은, 원고가 이 사건 TTT계약에 따라 HHH은행에 예치한 금액 중 나머지 TTT계약당사자들이 대출받은 금액예 상당한 부분을 가지고 원고가 특수관계자들 에게 지급한 업무무관 가지급금에 해당한다고 인정하고, 구 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19815호로 개정되기 전의 것) 제53조(업무무관자산 등에 대한 지급 이자의 손금불산입)를 적용하여 원고의 차입금의 지급이자 상당액을 손금부인하여 원 고에게 2001년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ’쟁점 8 부과처분’이라 한다).

(5) 피고 서장은, 원고가 이 사건 TTT계약에 따라 HHH은행에 예치한 금액 중 나머지 TTT계약당사자들이 대출받은 금액에 상당한 금액은 실질적으로 원고가 특수관계 자들에게 대출한 것이고, 그 정상이자율은 ’Libor(런던 은행간 거래 금리) + 0.6%’이라 고 인정하여, 원고가 위 대출상당 예금액에 대하여 HHH은행으로부터 지급받은 수입금 (pooling benefit의 배분액)과 위 정상이자율과의 차액을 산출한 다음, 구 국조법(2008.12.26.법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제5조의 이전가격세제를 적용하여 위 차액을 원고의 익금에 가산하여 원고에게 2001년도 내지 2004년도 법인세 및 가산 세를 부과하였다(이하 ’쟁점 9 부과처분’이라 한다). 피고 서장은 구 국조법 제5조 제1 항 제1호의 !비교가능 제3자 가격방법’ 또는 제3호의 ’원가가산방법’을 적용하여 원고가 실질적으로 특수관계자들에게 한 대출의 정상이자율은 Libor + 0.6%가 것으로 인정하였는데 그 이자율은 다음과 같다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 저H호증의 2 내지 5, 갑 제3호증, 갑 제41호증 내지 제44호증, 갑 제50호증, 갑 제57호증의 l 내지 6, 을 제2호증의 l 내지 제5호증의 2, 을 제41 내지 46호증, 을 제50호증 내지 제59호증, 을 제64호증의 1, 2, 3의 각 기재,

이 법원의 HHH서울지점에 대한 금융정보제출명령 결과, 증인 전우식의 증언, 변론 전 체의 취지

나. 쟁점 8 부과처분의 위법 여부

(1) 당사자의 주장

(가) 피고 서장의 주장은 다음과 같다.

원고의 예금과 나머지 TTT계약당사자들의 대출은 이 사건 TTT계약에 따른 것으로서 별도의 법률행위가 아니므로 원고가 특수관계자인 TTT계약당사자들에게 직접 대출한 것으로 보아야 하고, 위 대출은 원고의 사업목적과 직접적 관련성이 없으므로 업무무관 가지급금에 해당한다.

(나) 원고의 주장은 다음과 같다.

원고의 예금과 TTT계약당사자들의 대출은 별개의 법률행위이고, 이 사건 TTT 계약은 원고의 업무(해외 계열사들의 효율적인 자금운용 및 관리)와 직접적인 관련이 있으므로 원고의 예금은 업무무관 가지급금이 아니다.

(2) 관계법령

별지 9 ’쟁점 6, 7, 9 관계법령’ 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 구 법인세법 시행령(2006.12.30.대통령령 제19815호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항에서 규정한 ’업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 그와 같은 금원이 업무 와 관련 없이 지급된 이상 적정한 이자율에 의한 이자를 받았다고 하더라도 그에 해당 하며, 이 때 업무와 관련이 있는지 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기 준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두15530 판결 등 참조). 회사가 특수관계 법인들에 대한 은행 대출을 위해 정기예금을 예치하여 담보로 제공한 경우, 회사의 정기예금 예치와 은행의 특수관계 법인들에 대한 대출은 별개로 이루어진 법률행위이므로, 구 법인세법(2005.12.31. 볍률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제4호 나목에서 정한 ’업무무관 가지급금’에 해당하지 않는다(대법원 2009.4.23. 선고 2006두19037 판결 참조).

(나) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 TTT계약당사자들은 공동으로 HHH은행과 사이에 이 사건 TTT계약을 체결하였고 각자의 계좌가 연결되어 있었으며 각자의 계좌의 예금잔고가 다른 계좌의 대출금의 자금원으로 사용되기는 하였으나, 이 사건 TTT계약 을 기본을 하여 HHH은행에 각자의 계좌를 개설하여 예금과 대출을 개별적으로 한 점, 다만 TTT계약당사자들은 각자의 대출채무에 관하여 상호간에 연대보증을 한 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 TTT계약당사자들이 HHH은행으로부터 대출을 받는데 인적 · 물적 담보를 제공한 것으로 볼 수 있고, 대출과 담보제공은 별개의 법률행위이므로, 원고 의 담보제공 행위는 구 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제 28조 제1항 제4호 나목에서 정한 ’업무무관 가지급금’에 해당하지 않는다고 볼 것이고, 따라서 이와 견해를 달리 한 쟁점 8 부과처분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.

(다) 소결

따라서 쟁점 8 부과처분은 위법하므로, 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ’쟁점 8’란에 기재된 세액은 모두 감액되어야 한다.

다. 쟁점 9 부과처분의 위법 여부

(1) 당사자의 주장

(가) 피고 서장의 주장은 다음과 같다.

이 사건 TTT계약에 따라 원고는 예금을 하였고 HHH은행은 그 예금을 자금원으로 하여 TTT계약당사자들에게 정상이자율보다 낮은 이자율로 대출하였으므로, 원 고가 제3자인 HHH은행을 통하여 TTT계약당사자들에게 대출한 것으로 보아야 하고, 그 대출의 대가로 원고가 HHH은행으로부터 수령한 금액(pooling benefit의 배분금)은 원고가 특수관계 없는 자에게 대여할 경우의 정상이자율인 ’Libor + 0.6%’(원고의 외화 차입이자율은 Libor + 0.6% 이상이다)에 의한 이자보다 적었으므로, ’Libor + 0.6%’를 적용한 정상이자수입과 원고의 실제 수엽의 차액을 원고의 익금에 산입한 것은 적법하다.

(나) 원고의 주장은 다음과 같다.

① 이 사건 TTT계약은 HHH은행이 주도적으로 거래조건을 정하였고 HHH은행 은 고객유치 목적으로 자신에게 귀속될 예대마진을 TTT계약당사자들에게 지급하였으므로, 이 사건 TTT계약은 구 국조법(2002.12.18.법률 제6779호로 개정되어 2006. 5. 24. 법률 7956호로 개정되기 전의 것) 제7조(제3자 개입거래)에 해당하지 않아서 제 4조의 ’정상가격에 의한 과세조정’을 할 수 없다.(2) 원고의 정상대출이자율은 Libor + 0.6%가 아니다.

(2) 관계법령

별지 9 '쟁점 6, 7, 9 관계법령’ 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 원고의 위 (1)(나)① 주장에 대한 판단

1) 구 국조법 제7조(2002.12.18.법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 및 구 국조법 제 7조(2002.12.18.법률 제6779호로 개 정 되 어 2008. 12. 26 법률 제9266호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 거주자가 국외특수관계자가 아닌 자와 국제거래를 하는 경우에도 그 거래가 ① 거주자와 국외특수관계자간에 당해 거래에 대한 사전계약이 있을 것，② 거래조건이 당해 거주자와 국외특수관계자간에 실질적으로 결정될 것을 충족 하는 경우에는 국외특수관계자와 국제거래를 한 것으로 보아 그 거래에 대하여 ’정상가격에 의한 과세조정’(제4조 및 제5조)을 할 수 있다.

2) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 TTT계약당사자들은 원고를 모회사로 한 원고의 국외특수관계자들인 점, 이 사건 TTT계약에 의하면 예대마진(대출이자와 예금이 자의 차이)의 배분에 관하여 HHH은행은 자신이 정한 일정한 금액(관리수수료, 당좌대 출이자)만 수취하기로 하고, 그것을 제외한 나머지 수입(pooling benefit)의 배분은 TTT계약당사자들이 자체적으로 결정한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 TTT계약 전에 예대마진의 배분에 관하여 TTT계약당사자들 사이에 합의가 있었고, HHH은행은 위 합의에 관여하지 않았으며 위 합의가 그대로 이 사건 TTT계약의 내용이 되었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 TTT계약은 구 국조법(2002.12.18.법률 제6779호로 개정되어 2006. 5. 24. 법률 7956호로 개정되기 전의 것) 제7조(제3자 개업거래)에 해당한다고 볼 것이니, 원고의 주장은 이유 없다.

(나) 원고의 위 (1)(나)② 주장에 대한 판단

1) 구 국조법(2008.12.26.법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제1호는 정상가격을 산정하는 방법의 하나로서 ’비교가능 제3자 가격방법’ 즉 ’거주자와 국외 특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 규정하고, 구 국조법 시행령(2006.8.24.대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항은 ’법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에 고려하여야 하는 기준’으로 ’특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가 능성이 높을 것’(제1호), '특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건 · 경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것’(제3호) 등을 규정하고 있다.

2) 살피건대, 원고를 제외한 TTT계약당사자들(원고의 자회사들)은 국제금융시장에서 원고보다 신용도가 낮은 점, 원고의 2001.부터 2004.까지의 기간 동안의 외화차 입금리가 Libor + 0.6% 이상이었던 점에 비추어 볼 때, 같은 기간 원고를 제외한 TTT 계약당사자들이 특수관계 없는 자로부터 외화를 차입하였을 경우의 정상이자율은 ’Libor + 0.6%’ 이상이라고 인정함이 상당하므로, TTT계약당사자들이 2001.부터 2004. 까지의 기간 동안 TTT계약을 이용하여 원고의 자금으로부터 조달한 외화의 정상차입 이자율은 적어도 ’Libor + 0.6%’이라고 할 것이니, 원고의 주장은 이유 없다.

(다) 소결

따라서 쟁점 9 부과처분은 적법하다.

9. 쟁점 10 부과처분 (원재료구입 인센티브가 판매장려금인지)

가. 쟁점 10 부과처분의 경위

(1) 원고는 원재료 공급회사인 호주의 및 브라질의 , 중국의 미국의 UUU(이하 ’위 원재료 공급자들’이라 한다)와 사이에, 매년 1년(매년 4. 1.부터 다음해 3. 31.까지) 단위로 원재료 구입계약을 체결하여 철광석, 석탄 등 원재료를 공급받았는데, 위 원재료 공급자들로부터 미리 약정한 요 건(구입량, 비율)에 따라 산출되는 일정한 금액을 인센티브로 지급받았다.

(2) 위 인센티브의 산출방법, 수령시기, 수령액 등은 다음 표와 같다(금액의 단위는 미화는 달러, 원화는 원이다).

(3) 원고는 2000 사업연도부터 2004 사업연도까지의 기간 동안 수령한 인센티브 합계 53，004，430，999원(이하 ’위 인센티브’라 한다)을 ’매입에누리’로 보아 위 인센티브를 수령한 사업연도에 발생한 원재료의 취득원가에서 차감하여 회계처리를 하고 마찬 가지로 법인세 신고를 하였다.

(3) 피고 서장은, 위 인센티브는 매입에누리가 아니라 ’판매장려금’에 해당하는 것으로 보아 그 수령일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ’쟁점 10 부과처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실 갑 제1호증의 l 내지 5, 갑 제3호증, 갑 제45, 제48호 증의 기재, 을 제1호증의 1 내지 제5호증의 2, 을 제47, 48, 49호증의 각 기재, 변론 전 체의 취지

나. 당사자의 주장

(1) 피고 서장의 주장은 다음과 같다.

위 인센티브는 구입기간이 종료되기 전까지는 금액이 확정될 수 없으므로 판매 장려금(영업외 수익)으로 보아 그 수취일이 속하는 사업연도의 익금에 산입해야 한다.

(2) 원고의 주장은 다음과 같다.

위 인센티브는 원재료 구입계약에서 그 산출방법이 미리 약정되어 있고 구입계약이 종료되면 사전약정에 따라 액수가 산출되므로, 법인세법 및 기업회계기준상 인센티브의 발생이 확정되는 시기가 속하는 사업연도에 귀속되는 원재료의 취득원가에서 차감하여야 하는 ’매입에누리’에 해당하고(다만 총구입량이 일정 규모 이상일 경우에 비로소 인센티브가 발생하는 거래에서 당해 사업연도 말 현재 총구입량이 인센티브 발생조건인 일정 규모에 미달하는 경우에는 당해 사업연도에는 인센티브의 발생이 추정 되지 아니하므로 당해 사업연도에 귀속되는 원재료의 취득원가에서 차감할 수는 없다), 판매장려금이 아니다.

다.관계법령

별지 11 ’쟁점 10 관계법령’ 기재와 같다.

라. 판단

(1) 구 법인세법(2006.12.30.법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제19조에 의하면 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고, 구 법인세법 시행령(2007.2.28.대통령령 제 19891호로 개정되기 전의 것) 제19조에 의하면, 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액은 손비에 해당하지만 기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액 은 위 원료의 매입가액에서 차감되어야 한다. 한편 당시에 시행되던 구 기업회계기준 제39조 제2항에 의하면, 당기 상품매입액은 상품의 총매입액에서 매입에누리와 환출 및 매입할인을 차감한 금액으로 하고, 이 경우에 일정기간의 거래수량이나 거래금액에 따라 매입액을 감액하는 것은 매입에누리에 포함되어야 한다.

(2) 살피건대, 원고는 위 원재료 공급자들과 사이에 1년 단위로 원재료 구입계약을 체결하고 그 구입약정에서 미리 정한 조건이 성취되는 경우에 그 구입약정에서 정한 산출방법에 따라 자동으로 산출되는 일정한 금액을 인센티브로 지급받은 사실은 앞서 본 바와 같고, 아래와 같은 점을 종합하면, 위 인센티브는 ’매입에누리’에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고의 주장은 이유 있다.

1) 기업회계용어인 ’매입에누리’(allowance on purchases)는 물품의 매입에 있어 서 그 품질 · 수량 · 인도 · 판매대금결제 기타 거래조건에 따라 그 물품의 매입 당시 에 통상의 매입가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액과 매입한 상품 또는 제품에 대 한 부분적인 감량 · 변질 · 파손 등에 의하여 매입가액에서 직접 공제하는 금액을 말한 다. 매입에누리액은 매입가액에 포함되지 아니한다.

2) 위 인센티브는 원재료 구입계약이 정한 조건이 성취된 경우에 한하여 원재료 구입대금의 일부를 반환받은 것이므로 ’매업에누리’에 해당하고, 따라서 구 법인세법 (2006.12.30.법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제43조(기업회계기준과 관행의 적 용), 구 법인세법 시행령(2006.2.9.대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제19조 (손비의 범위) 제1호, 구 기업회계기준 (2006.2.6.기업회계기준서 제21호로 대체되기 전의 것) 제39조 제2항에 의하여 ’판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액’(이

하 ’매출원가’라 한다)에서 직접 차감하여야 한다.

3) 위 인센티브는 원재료 구입계약에서 미리 정한 조건이 성취되었을 때 발생하고, 그 발생이 인식된 후에도 원재료 구입량에 따라 그 액수가 증가되는 것으로 약정한 경우에는 계약기간 종료일까지의 실제 구입량이 확정된 후에 구체적인 인센티브 액수 가 인식된다. 따라서 사업연도 종료일과 원재료 구업계약 종료일이 일치하는 경우에는 그 사업연도에 인센티브 액수가 인식되므로 그 액수를 그 사업연도에 발생한 매입에누리로 인정하여 그 사업연도 귀속 매출원가에서 직접 차감할 수 있다.

4) 그러나 원고와 같이 사업연도(1. 1.부터 12. 31.까지)와 원재료 구입기간(예를 들어 7. 1.부터 6. 30.까지)이 다를 경우에는 사업연도 종료일(12. 31.) 현재로서는 인센티브의 발생여부 즉 ’인센티브 발생조건인 일정 구입량을 초과하여 구입할 것인지’ 여 부를 인식할 수 없는데, 그 경우 아직 언식이 불가능한 인센티브를 발생이 확실한 것으로 가정하여 당해 사업연도의 매출원가에서 차감할 수는 없고(그것을 요구하는 것은 납세자에게 불이익을 강요하는 것이다), 위 인센티브의 발생이 인식된 후에 비로소 그 인식한 시기가 속하는 사업연도의 매출원가에서 차감하는 것이 합리적이다.

(3) 소결

따라서 쟁점 10 부과처분은 위법하므로, 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ’쟁점 10’란에 기재된 세액은 모두 감액되어야 한다.

10. 위법한 처분의 취소범위

가. 위법한 소득처분과 취소의 범위

쟁점 11소득처분(쟁점 2 부과처분의 후속처분임)과 쟁점 3 소득처분은 전부 위법하므로, 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ’쟁점 11, 12'란에 기재된 소득금액에 대한 소득금액변동통지처분 즉 이 사건 소득처분은 모두 취소되어야 한다.

나. 위법한 부과처분과 취소의 범위

(1) 쟁점 2, 8, 10 부과처분은 위법하므로, 해당 위법세액 즉 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ’쟁점 2, 8, 10’란에 기재된 세액은 감액되어야 한다.

(2) 쟁점 1, 4 내지 7, 9 부과처분은 적법하므로 해당 세액 즉 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ’쟁점 1, 4 내지 7, 9’란에 기재된 세액은 유지되어야 한다.

(3) 정당한 세액의 산정

2000년도 내지 2004년도 귀속 각 법인세 및 가산세 경정부과처분의 세액에서 앞서 본 위법한 세액 즉 별지 4 ’쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 사업연도 귀속 ’쟁점 2, 8, 10’란에 기재된 세액을 공제한 나머지는 아래 표의 ’정당한 세액’란 기재와 같으므로, 위 경정부과처분들 중 정당한 세액을 금액을 초과한 부분은 모두 취소되어야 한다.

11. 결론

그렇다면, 원고의 피고 서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로(원고 가 주장한 정당한 세액과 이 법원이 인정한 정당한 세액을 대비한 결과는 별지1 ’법인 세 및 가산세 부과내역’ 기재와 같다) 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하며, 원고의 피고 청장에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기 로 하여 주문과 같이 판결한다.