조심 2024서5899 (2026.09.08)

성북세무서장이 2024.4.15. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2019.9.20. 주식회사 A(이하 “매수법인”이라 한다)에게 서울특별시 중랑구 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 매도하는 매매계약을 체결하였고, 청구인의 자녀 등이 주주(지분율 70.66%)인 주식회사 B(이하 “B”라 한다)는 2019.9.26. 매수법인에게 쟁점토지 지상 건물 4개동 연면적 합계 OOO㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 OOO원에 매도하는 매매계약을 체결하였으며(2021.3.23. 매매가액을 OOO원으로 변경), 청구인과 B는 2021.6.10. 쟁점토지와 쟁점건물을 매수법인에게 양도하였다.

나. 서울지방국세청장은 청구인에 대한 2021년 귀속 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인과 B가 쟁점토지와 쟁점건물을 함께 양도한 것으로서 그 구분가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 가액 구분이 불분명하다고 보아 안분계산한 가액을 양도가액으로 하는 내용의 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.4.15. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.31. 이의신청을 거쳐 2024.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적) 쟁점토지와 쟁점건물의 개별거래를 일괄 양도로 볼 만한 사정이 없으므로 이 건 처분은 위법·부당하다.

(가) 본 건 처분에서 쟁점토지와 쟁점건물의 개별매매계약을 부인하려면 ① 개별매매계약서와 별도로 일괄매매계약(이중계약)이 존재함을 증명하거나 ② 대금의 흐름을 통해 위 개별매매계약서가 실질계약이 아님을 증명하거나 ③ 합리적인 경제인이라면 선택하지 않았을 비정상적인 거래라는 사실을 명백한 자료를 통해 증명해야 한다.

이와 관련하여 처분청이 제시한 판례들(대법원 2013.2.14. 선고 2012두22119 판결 및 대법원 2009.11.16. 선고 2009두15913 판결 등)은 일괄매매계약(이중계약)이 존재하거나 매매대금의 흐름에서 이상을 발견하는 등의 증명이 충분히 이루어진 상태에서 나온 사례들로서, 처분청은 이러한 증명을 충분히 하지 못한 상태에서 그 법리만 차용하고 있으므로 부당하다.

일괄매매계약(이중계약)의 존재를 증명할 만한 증거서류나 관련자의 진술 등도 확보되지 않은 데다가, 거래대금의 흐름이 개별매매계약서에 따라 청구인과 B에게 각각 지급되어 귀속·사용된 사실에 대해서는 다툼조차 없다.

또한, 일괄양도계약일(공급계약일)이 확인되어야만 기준시가 안분계산이 가능하나, 처분청은 일괄양도 계약시점을 특정하지도 못하고 있다.

(나) 처분청은 청구인이 B 및 주주(청구인의 가족들) 등에게 증여할 목적으로 쟁점토지의 가액은 낮게, 쟁점건물의 가액은 높게 계약한 것으로 그 실질은 ‘일괄 양도’임에도 탈세를 목적으로 개별계약서를 작성하였다고 일방적으로 추정하였는바, 수증자로 지목된 자의 재산이 증여와 상관없이 단독사유로 증가한 경우에는 증여에 해당되지 않고, ‘토지가액은 낮게, 건물가액은 높게’라는 증여 목적 여부를 판단하기 위하여 쟁점토지의 양도가액 외에 평가기준인 시가를 먼저 알아야 하나, 처분청은 시가를 제시하지 못하여 정상거래의 판단기준 자체가 없다.

(다) 쟁점토지의 감정가액은 약 OOO～OOO원 정도이고, 따로 매매사례가액이 없으므로 이를 시가로 볼 수밖에 없다. 그리고 청구인이 매수법인과 매매계약을 한 이유는 토지매매를 위해 제시된 가액 중 매수법인이 제시한 OOO원이 가장 높은 가액이었기 때문이다.

청구인과 매수법인은 2019.2.20. 양해각서 작성 시 쟁점토지의 거래가액을 OOO원으로 정하였고, 일반적으로 매도인 책임으로 정하는 지상권 문제도 매수법인이 해결하기로 하였기 때문에 양도가액 OOO원이 고스란히 청구인에게 귀속되었다. 이처럼 청구인은 쟁점토지를 제값을 다 받고 팔아서 쟁점건물에 무상이전할 부분이 존재하지 않았으므로 증여 목적으로 토지가액을 낮게 거래하였다는 처분청의 의견은 억지에 불과하다.

(라) 쟁점건물의 양도가액이 높게 책정된 이유는 사업장의 이전에 따른 손실 및 이전비용 등을 감안한 것으로서, 증여와 상관없이 B의 단독사유로 그 가액이 증가한 것이다. 즉, ‘토지가액을 낮게’ 책정하고 그만큼의 자산이 건물로 무상이전되어 ‘건물가액을 높게’ 책정한 것이 아니다.

쟁점건물은 B가 10여 년 동안 100명이 넘는 직원들과 함께 사업을 영위해온 건물로서, 쟁점건물을 양도하려면 대체부지와 건물 확보, 생산라인 휴무로 인한 손실, 이전으로 인한 퇴사인원 등 고려해야 할 사항이 많고, 실제 이전에도 상당한 비용이 소요되는바, 위와 같은 이전비용을 보전받지 못한다면 건물을 양도할 필요가 없기 때문에 이를 모두 감안하여 쟁점건물의 양도가액이 2019.9.26. 매매계약 시 OOO원으로 책정되었고, 2021.3.23. 수정계약 시 OOO원으로 감액되었다.

처분청은 쟁점건물의 적정가액이 기준시가로 안분한 약 OOO원 정도라는 취지의 의견이나, 현실적으로 OOO원은 물론이고, 그 2～3배를 제시하더라도 절대로 쟁점건물을 매수할 수 없다. 설령, 매수법인이 쟁점토지만 매수한 후 토지소유자가 되어 B와 사이에 지상권과 관련된 갈등이 생긴다고 하더라도, 이전비용 등을 보전해 주지 않는 한 B는 이와 같은 갈등을 감수하였을 것이다.

(마) 처분청은 청구인이 매수법인에게 쟁점건물을 높은 가액에 거래해 달라고 부탁하기 위해 2019.2.20.자 양해각서상 매수법인의 벌칙규정이 없는 것으로 함으로써 불이익을 감수하였다는 의견이나, 양해각서에서 정한 가장 중요한 내용은 ‘지상권 문제 해결 및 그 비용부담’이고, 이를 매수법인이 단독으로 책임지기로 하였기 때문에 청구인으로서는 손해될 것이 없었다. 즉, 청구인이 감수할 불이익 자체가 없는 유리한 계약이라서 매수법인의 벌칙규정을 정할 필요가 없었고, 오히려 매수법인에게 일방적으로 불리한 계약이었다.

또한, 지상권 문제는 B를 운영하는 청구인의 가족들과 만나 해결해야 하는바, 이를 전적으로 매수법인에게 일임한 것만 보더라도 청구인과 청구인의 가족들 사이에 문제가 있었음을 짐작할 수 있다.

(바) 처분청은 2019.9.20.자 쟁점토지 매매계약서에서 지상권 문제를 청구인의 책임으로 정한 것을 두고, 청구인과 청구인의 가족들 사이에 불화가 있었다는 주장에 반하는 사실이라는 의견이나, 이는 사실을 오인한 것이다.

기존 지상권 문제는 이미 매수법인의 노력과 비용으로 모두 해결되었기 때문에 2019.9.20. 매매계약을 체결한 것이므로 청구인이 B 및 청구인의 가족들과 지상권 문제로 협의할 일은 없었고, 매매계약서에서 ‘지상권 문제’를 청구인의 책임으로 정한 이유는 단지, 계약일(2019.9.20.)부터 잔금청산일(약정 2022.3.20., 실제 2021.6.10.)까지의 수년의 기간 중 쟁점토지의 소유자인 청구인의 고의 또는 과실로 인해 새로운 지상권이 발생할 수도 있기 때문에 이를 미연에 방지하고자 마련한 안전장치였을 뿐이다.

더군다나, 부동산매매계약 시 계약일부터 잔금청산일까지 오랜 기간이 소요되는 경우 지상권 문제를 매도인의 책임으로 정하는 것은 일반적인 거래관행이다.

(사) 처분청은 쟁점토지의 매매를 앞두고 체결된 2019.1.2.자 토지임대차계약이 양해각서 체결을 사전에 인지하고 이를 이용하여 탈세할 목적으로 한 행위로 정상적이지 않다는 의견이나, 토지소유자가 임대차계약을 연장하지 않는다고 하더라도 건물소유자는 소유권을 행사할 수 있고, 법적 다툼이 발생 시 건물소유자가 밀린 토지사용료를 지급하는 것으로 다툼이 종결되는 경우가 대부분이므로 토지소유자 입장에서는 장기임대차계약을 통해 안정적으로 사용료를 확보하는 것이 더 합리적인 선택이다.

게다가, 국세청은 특수관계인 간에도 임대차계약서 작성을 권장하고 있는바, 2018.4.1. 체결한 당초 계약에 수정사항이 발생되어 2019.1.2. 수정계약을 체결한 것은 정상적인 법률행위였다.

수정계약의 주요 수정사항은 보증금 증액, 임대차 기간 연장(2년→10년), 계약만료 3개월 전 해지 미통보 시 자동연장된다는 내용의 추가 등인바, 보증금 증액은 청구인이 B로부터 빌린 돈(단기대여금) OOO원을 토지임차보증금으로 전환한 것으로, 2018.7.19. 대표이사에서 사임한 청구인과 B 사이의 금전관계를 확실히 매듭짓는 과정이었고, 임대차 기간 연장과 자동연장 항목의 추가는 장기적으로 B라는 가족사업의 안정적인 운영을 위한 결정이었으며, 한편으로는 청구인과 청구인의 가족들 사이의 장기간의 불화로 인해 2년마다 만나서 계약을 갱신하는 것조차 껄끄러웠기 때문이기도 하였다.

즉, 위와 같은 장기계약의 체결은 처분청의 의견처럼 가까운 시일 내에 토지와 건물을 양도할 의도로 한 것이 아니라, 오히려 반대로 B를 쟁점토지에서 장기간 운영하고자 하는 의도로 결정된 것이었고, 처분청은 청구인이 탈세 목적으로 B의 지상권을 강화해주었다는 취지의 의견이나, 설령 장기계약으로 인해 쟁점건물의 지상권이 강화되었다고 하더라도 이는 쟁점건물의 절대가치가 증가한 것일 뿐, 증여와는 전혀 관계가 없다.

(아) 청구인이 2018.7.19. B의 대표이사 지위를 청구인의 자녀 C에게 넘긴 것, 2019.2.1. B의 주식을 모두 가족들에게 증여한 것 및 그 후 B의 사업부지인 쟁점토지를 매수법인에게 양도한 것은 청구인이 일선에서 은퇴하는 과정으로서, 그 사이 B라는 가족사업을 지키려는 C 등의 종용이 있었던 것도 사실이나, 전무 D이 청구인과 가족들 사이를 이간질하고, 그가 주도한 계약이 잘못되어 관련자들에게 민·형사상의 책임을 묻는 등의 문제가 발생하였던 것이 그 원인이었다.

2011년 초 B의 최대주주는 C로서 지분율이 55%였고, 대표이사였던 청구인의 지분율은 20%에 불과하였다. 청구인이 최대주주가 되면서 가족들과 의견차가 생겼고, 청구인의 상담역을 하던 D이 갈등을 증폭시켰다. 심지어 청구인과 D이 2013.6.1. 장기 컨설팅계약을 체결한 후 D은 실권을 휘두르며 회사에 큰 손해를 입히고 장부상의 부실을 초래하였다.

이와 같은 상황은 청구인이 편법 증여를 위해 의도적으로 만든 것이 아니라 청구인과 가족들 사이의 수년간의 갈등과 불화의 결과물이며, 그 갈등의 중심에 D이 있었다. 이처럼 2019.2.1.자 주식 증여는 쟁점토지의 양도와는 전혀 관계가 없는바, 처분청이 양해각서를 작성(2019.2.20.)하기 약 20일 전에 있었던 주식증여를 양해각서 체결을 사전에 인지하고 탈세목적으로 한 행위로 매도하는 것은 부당하다.

(자) C가 2018.7.19. B의 대표이사에 취임하면서 D의 영입 이후 E게 운영되어 온 사업의 정상화를 추진하였고, 새로 지정된 감사인의 문제 제기에 따라 2018사업연도 재고자산폐기손실 OOO원을 장부에 계상하였는바, 이는 적법한 회계처리였다.

처분청은 2018년 말 당시 B에 OOO원의 금융부채가 있음에도 결손이 발생되는 상황을 회피하지 않고 재고자산폐기손실을 장부에 계상한 것은 B의 결손을 만들고 건물가액을 높여서 탈세할 목적으로 한 행위라는 의견이나, 처분청이 감사인의 문제 제기도 무시한 채 회사가 건실해 보이도록 채권자를 속이라고 권장하는 것은 부당하다. 또한 위 회계처리 이후 수년간 관할 법인세과에서도 문제를 제기한 적이 없다.

(2) (예비적) 설령, 양도가액을 기준시가로 안분계산하는 것이 적법하다고 하더라도 공급계약일이 아닌 대출실행(잔금청산)을 위해 신탁계약을 체결한 날 현재의 기준시가를 적용하여 안분계산한 것은 잘못된 것이다.

처분청은 ‘전체 매매가액이 최종 확정된 시기’가 신탁계약을 체결한 2021.6.4.라는 의견이나, 쟁점토지의 매매가액이 확정된 시기는 계약일인 2019.9.20.이고, 쟁점건물의 매매가액이 확정된 시기는 수정계약일인 2021.3.23.이다.

처분청은 매수법인이 대출을 받지 못하면 매매가액이 재차 변경되었을 가능성이 있으므로 대출실행을 위해 신탁계약을 체결한 날을 매매계약일로 보아야 한다는 의견이나, 처분청의 의견에 따르면 매수자가 잔금청산을 위해 신탁계약을 체결한 모든 부동산의 매매계약일이 신탁계약일이라는 결론이 되므로 이는 어느 모로 보나 이유없다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적) 같은 날짜에 같은 양수인에게 토지와 건물이 함께 양도된 이상 간주규정인 「소득세법」 제100조 제3항에 따라 납세자가 구분한 양도가액이 개별적인 합의에 의해 구분된 가액이라 할지라도 기준시가 비율에 따라 양도가액을 안분하는 것이므로 이 사건 부과처분은 정당하다.

(가) 매수법인은 쟁점건물을 멸실하고 쟁점토지상에 부동산 개발사업을 하고자 토지와 건물을 함께 취득하였어야만 했고, 전체 매매가액이 중요할 뿐이었으며, 경제적 일체로서 전체 매매가액에 의사 합치가 이루어져 쟁점토지와 쟁점건물은 같은 날짜에 등기이전이 이루어져 같은 양수인에게 ‘함께 양도’된 것이다.

「소득세법」 제100조 제3항은 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지, 조세회피 목적 등으로 그와 같이 기재한 것인지를 명확히 입증하기 어렵다는 사정을 감안하여 납세자가 구분 기장한 가액이 통상의 거래관행에 따른 합리적 의사합치의 결과라 할지라도 30% 이상 차이가 나면 기준시가 비율에 따라 양도가액을 안분하여야 하는 ‘구분이 불분명한 때’로 반드시 보라는 간주규정으로(대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결, 같은 뜻임),

쟁점토지와 쟁점건물 각각의 매매가액 결정 경위 등을 살펴볼 때, 함께 양도한 것이 아니라는 청구주장은 ‘납세자가 통상의 거래관행에 따라 합리적인 의사합치의 결과로 각각의 가액을 구분하여 계약 후 양도한 것임을 입증하면 함께 양도된 것이라 할지라도 「소득세법」 제100조 제2항 및 제3항을 적용하지 않을 수 있다’는 주장과 동일하므로 반증을 허용하지 않는 간주규정의 효력에 반하는 주장이다.

(나) 매매계약서상 구분된 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액은 조세부담을 최소화하고 B, 나아가 주주인 청구인의 자녀 등에게 이익을 분여하기 위해 경제적 일체를 이루고 있는 쟁점토지와 쟁점건물에 대해 쟁점토지의 양도가액은 낮게, 쟁점건물의 양도가액은 높게 정한 것으로 보일 뿐, 합리적인 가액구분이라고 볼 수 없다.

1) OOO원대의 고액의 부동산거래가 성사되기 위해서는 상당 기간에 걸쳐 사전협의가 필요하므로 청구인은 양해각서 체결일(2019.2.20.) 이전부터 쟁점토지와 쟁점건물의 매매사실을 인지하고 있었을 것임에도, 청구인은 2019.1.2. 쟁점토지를 B에 10년간 장기 임대하는 것으로 임대차계약을 하였는바, 매각 진행 중인 토지 위에 소재한 타인 소유 건물의 지상권은 매각의 걸림돌이 되므로 임대계약을 연장하지 않을 것이 정상적임에도 오히려 청구인은 양해각서 체결 직전 장기간의 임대계약을 체결하여 의도적으로 B의 쟁점토지에 대한 지상권 등 권리를 강화시켜 주었고,

2) 2019.2.1. 주식을 증여하였어야 할 불가피한 이유가 확인되지 않음에도 쟁점건물이 고액으로 매각되어 주식가치가 증가될 것으로 예측되는 시점에 청구인이 보유하고 있던 B의 주식 전부를 자녀 등에게 증여하여 자녀 등이 막대한 이익을 얻을 수 있도록 하였으며,

3) 양해각서상 쟁점건물의 지상권 문제가 해결된 이후 쟁점토지 매매계약을 체결하는 것으로 되어 있음에도 쟁점건물 매매계약이 체결(2019.9.26.)되기도 전인 2019.9.20. 쟁점토지의 매매계약을 먼저 체결하였을 뿐만 아니라, 쟁점토지 매매계약서를 보면 쟁점건물의 이전 및 명도, 근저당권의 말소 등의 책임을 청구인에게 부과하고 있음에도 계약조건에 동의하였는바, 이는 청구인이 쟁점건물 매매에도 직·간접적으로 관여하고 있었거나, B와 상호 소통하고 있어 쟁점건물 매매와 관련된 문제가 발생하지 않을 것이라는 확신이 없었다면 이루어질 수 없는 일이다.

4) 청구인은 가족 간 불화로 본인의 의사에 반해 반강제적으로 B 주식을 증여하고 회사 경영에서도 축출되었다고 주장하나, 청구주장처럼 자녀 등과 극도로 사이가 벌어졌다면 B의 안정적인 운영을 위해 임대계약 갱신을 해줄 이유가 없음에도 청구인은 갱신을 해주었고, 물가상승률 등에 따른 임대료 조정 조항 등도 없이 10년이라는 장기간의 계약을 해주었으며, 건물 매매계약 체결 전 쟁점건물과 관련된 제반 책임을 부담하면서까지 쟁점토지 매매계약을 먼저 체결하여 주는 등 청구인이 B 주식 증여를 강요받았는지 등은 확인되지 않는 것에 반해, 청구인이 B 나아가 자녀 등에게 이익을 준 사실만 확인된다.

5) B는 2018사업연도 법인세 신고 시 재고자산폐기손실 OOO원 등으로 인해 OOO원의 결손이 발생하였다고 신고하여 쟁점건물 양도로 인해 얻은 이익에 대해 세부담이 발생하지 않는 상황을 만들었는바,

청구인은 재고자산폐기손실 계상이 회사 실정이 재무보고서에 충실히 반영될 수 있도록 하기 위한 것이라고 주장하나, B는 2018년 말 당시 OOO원의 금융기관 대출금 부채가 있었고, 채무자의 고액 결손 발생 시 금융기관에서는 대출 회수 또는 대출기간 연장 거부 등을 할 수 있으므로 채무자는 결손이 발생하는 상황을 최대한 회피하고자 함이 당연한 것임에도 B는 강제적인 사유가 없음에도 고액의 재고자산을 1개 사업연도만에 폐기하여 고액의 결손상태를 만든 것으로, 이는 쟁점건물이 고액에 양도될 것임을 미리 알지 않았다면 이루어지기 어려운 행태이다.

6) 매수법인은 부동산 개발사업을 위해 쟁점건물을 멸실하고 쟁점토지에 새로운 건물을 신축할 목적으로 취득하였는바, 청구인이 쟁점건물이 고가에 양도될 수 있도록 쟁점토지의 매매가액을 낮추어 주지 않았다면 멸실할 것이어서 이용가치가 전무한 쟁점건물을 기준시가 대비 고가(당초 OOO원은 기준시가 대비 OOO%, 변경된 OOO원은 기준시가 대비 OOO%)에 취득할 합리적 이유가 없으며,

양해각서상 청구인에게는 본 계약 체결 강제와 양해각서 파기 시 배상책임 의무를 규정하고 있으나, 매수법인에게는 양해각서 불이행에 대한 배상책임 등을 전혀 규정하고 있지 않은바, 이는 낮게 책정된 쟁점토지 매매가액이 청구인의 변심으로 상승되는 것을 방지하기 위한 것으로, 쟁점건물을 고가로 사 줄 것을 전제로 쟁점토지의 매매가액을 낮게 책정한 것으로 보인다.

(2) (예비적) 쟁점토지와 쟁점건물의 계약이 달라 전체 매매가액이 확정된 시기의 기준시가 비율로 안분계산하여 과세한 이 사건 부과처분은 정당하다.

쟁점토지의 계약일은 2019.9.20.로, 쟁점건물의 계약일은 2021.3.23.로 되어 있어 각각의 계약일상 기준시가를 가지고 비율을 계산하는 것은 동일한 기준에 따라 가치 배분의 공정성을 기하고자 하는 계산 취지에 맞지 않고,

매수법인은 2020년 말 기준으로 순자산가액이 OOO원에도 미치지 못하여 자력으로는 쟁점토지와 쟁점건물을 매입할 수 없어 부동산 PF 대출이 필수적이었으므로 부동산 PF 대주단의 의향이 매입 의사결정에 중대한 영향을 미칠 수밖에 없던 것인바, 쟁점건물의 매매가액 변경 계약 이후 매수법인이 변경된 전체 매매가액을 가지고 대주단과 협의 후 승낙을 득하여 전체 매매가액이 확정된 것으로, 만약 변경된 전체 매매가액마저도 대주단의 승낙을 득하지 못하였다면 재차 변경되었을 것으로, 등기부등본상 2021.6.4. 신탁계약이 체결되고 2021.6.10. 대출이 실행되어 잔금청산이 이루어졌으므로 2021.6.4. 즈음 공급계약이 확정되었다고 봄이 타당하다. 따라서 전체 매매가액이 최종 확정된 시기의 기준시가 비율로 쟁점토지와 건물의 매매가액을 안분계산한 이 사건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 토지와 건물이 일괄 양도된 경우로서 그 가액 부분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분 계산하여 양도가액을 산정한 것이 타당한지 여부

② 공급계약일이 아닌 신탁계약일 현재의 기준시가에 따라 산정한 양도가액이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것)

제92조[양도소득과세표준의 계산] ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득, 퇴직소득 및 금융투자소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

제100조[양도차익의 산정] ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 소득세법 시행령(2016.3.31. 대통령령 제27074호로 개정된 것)

제166조[양도차익의 산정 등] ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(4) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것)

제64조[토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산] 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 쟁점건물은 근린생활시설(제조업소, 사무소 등)이었던 한편, 처분청의 양도가액 안분계산 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 쟁점토지의 2021.1.1. 기준 개별공시지가는 아래 ＜표2＞와 같은바, 처분청이 양도가액 안분계산 시 공급계약일(2019.2.20.) 현재의 기준시가를 적용하지 아니한 점에 대해서는 다툼이 없다.

＜표1＞ 처분청의 양도가액 안분계산 내역

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＜표2＞ 쟁점토지의 개별공시지가 내역

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(나) 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도 관련 시간별 사건의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도 관련 시간별 사건 주요 내용

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(다) 청구인과 F 사이 2019.2.20. 체결된 양해각서의 주요 내용은 아래와 같다.

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(라) 청구인과 매수법인 사이 2019.9.20. 체결된 쟁점토지 매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

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이와 관련하여 서울중앙지방법원 홈페이지에 게재된 토지매매계약서 양식 중 일부 내용은 아래와 같고, ‘매도인은 매수인에게 소유권을 이전할 때 아무런 제한이 없는 완전한 소유권을 이전해 주어야 한다’고 해설하고 있다.

(마) 청구인과 B가 2018.4.1. 및 2019.1.2. 체결한 쟁점토지 임대차계약의 내용을 비교하면 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구인과 B 간 쟁점토지 임대차계약 내용 비교

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이와 관련하여 B의 거래처 원장상 B의 청구인에 대한 보증금은 2019.3.31. 기존 OOO원에서 OOO원이 증액되어 OOO원으로 되었는바, 적요란에는 ‘단기대여금 보증금 전환’이라고 기재되어 있다.

(바) 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액과 관련된 내용은 아래와 같다.

1) 청구인은 이의신청 당시 쟁점토지의 탁상감정(현장조사 없이 실시한 감정) 자료라며 2020.3.24.자 전자메일 자료를 제출하였는바, 해당 메일에는 ‘대화감정평가’로부터 감정받았다는 내용과 함께 쟁점토지의 예상가격이 아래 ＜표5＞와 같이 기재되어 있고, 국토교통부 토지이음 시스템상 토지이용계획 열람내역에 따르면, 쟁점토지의 용도지역은 2021.10.6.자 지도상 제3종 일반주거지역에서 2022.1.10.자 지도상 근린상업지역으로 변경된 것으로 나타난다.

＜표5＞ 쟁점토지 예상가격 : 청구인의 이의신청 당시 제출 메일자료

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2) B의 2019.8.29.자 기안서의 내용은 아래와 같다.

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3) B의 2021.1.25.자 기안서의 내용은 아래와 같다.

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4) 등기사항전부증명서에 따르면 쟁점토지와 쟁점건물을 공동담보로 하여 2019.2.28. 채권최고액 OOO원의 근저당권이 설정(채무자 : B)되었는바, 다른 근저당권(채권최고액 합계 OOO원)의 등기를 말소하면서 해당 근저당권이 설정되었고, 해당 근저당권 설정 이후 다른 근저당권이 설정되지는 않은 것으로 나타난다.

5) 청구인은 쟁점건물 매매가액 OOO원 중 영업손실보상금이 OOO원이므로 실제 건물가액은 OOO원이고, 이를 계약 당시인 2019년의 기준시가를 적용하여 안분계산하면 구분가액이 안분계산액과 100분의 30 이상 차이가 나지 않는다고 주장하며 자료를 제출하였는바, 청구인의 양도가액 안분계산 내역 및 청구인이 제출한 영업손실보상금 산정 내역은 각각 ＜표6＞ 및 ＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 청구인의 양도가액 안분계산 내역

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＜표7＞ 청구인의 영업손실보상금 산정 내역

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이에 대하여 처분청은 ‘B의 2019.8.29.자 기안서상 “이전예상 비용 OOO원 : 약 10일간의 생산 라인 휴무로 인한 생산 및 영업손실, 이전으로 인한 퇴사인원 20% 예상”이라고 되어 있어 4개월이라는 기간은 이와 상반되며, B가 2021.12.24. 새로운 공장으로 이전하였으므로 영업손실이 발생하였다면 2022년 영업이익이 감소하여야 하나 B의 손익계산서 내용과 같이 2022년에는 오히려 영업이익이 큰폭으로 증가하였음이 확인되므로 B가 받은 비정상적인 높은 양도가액은 영업손실액으로 인한 것이 아님이 확인된다’라는 의견과 함께 B의 손익계산서 내역을 제출하였는바, 그 내역상 매출액, 매출총손익 및 영업손익은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ B의 손익계산서 내역 : 처분청 제출

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(사) B는 2011년 이후 2019년까지 청구인과 청구인의 친족이 지분 100%를 소유한 회사로, 2011년 초 청구인의 아들 C가 최대 주주였으나, 2011년 중 출자전환으로 청구인이 최대주주가 되었고, 청구인은 2019.2.1. 자신의 지분 70.66%를 친족들에게 증여할 때까지 B의 최대주주 지위를 계속하여 유지하였다.

(아) 청구인은 B(당시 대표이사 청구인)가 D에게 제품개발계획의 사업타당성 수립 등에 관한 컨설팅을 의뢰하는 내용의 ‘경영 컨설팅계약서’(2013.6.1.)를 제출하였던 한편, 이의신청 당시 가족 간 갈등 관련 증빙으로 SNS 대화자료를 제출하였는바, 대화상대방은 ‘와이프’로 나타나고, 해당 대화자료에는 ‘내 목적은 예전의 우리 가족을 되찾으려면 아빠 곁에 D이 없어야 된다고 생각했는데’ 등의 내용이 나타나나, 대화일시는 확인되지 아니한다.

(자) 아래 ＜표9＞ 및 ＜표10＞과 같이, B는 2018사업연도에 재고자산폐기손실 OOO원을 장부에 계상하여 당기순손실이 발생하였고, B의 2021사업연도 법인세 과세표준의 경우, 건물처분이익 OOO원이 각 사업연도 소득금액에 포함되어 있으나, 이월결손금 공제로 인하여 OOO원으로 나타난다.

＜표9＞ B의 2018사업연도 표준손익계산서 내역

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＜표10＞ B의 2021사업연도 법인세 신고 내역

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(차) 매수법인은 2020.12.31. 기준 자산이 OOO원, 부채가 OOO원(차입금 OOO원 포함)으로 순자산가액이 OOO원이고, 이에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)「소득세법」제100조 제2항 및 제3항, 같은 법 시행령 제166조 제6항은 양도소득세의 부과를 위하여 양도차익을 산정할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 하면서, 그 토지와 건물 등의 구분 기장한 가액이 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있는바, 이는 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 토지와 건물 등을 일괄하여 취득하거나 양도하였으나 그 가액의 구분이 불분명한 경우에만 적용되는 것이고, 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정한 것은 그 입법취지, 문언의 내용, 조세법률주의 원칙 등에 비추어 볼 때 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석된다고 할 것이다(대법원 2020.11.5.자 2020두42798 심리불속행 판결, 서울고등법원 2020.8.7. 선고 2019누58799 판결, 참조).

(나)한편, 위와 같이 간주 규정에 따라서 토지와 건물의 양도가액을 기준시가 등으로 안분계산하도록 강제한다면 적어도 그 전제가 되는 요건인 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우”는 보다 엄격하게 해석함이 타당하다고 할 것인바,「국세기본법」제14조 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하도록 하고 있고, 이에 토지와 건물의 일괄 양도 여부가 불분명한 경우에 있어 일부 정황상 추정 또는 의심된다고 하여 이를 일괄 양도로 단정한다면「소득세법」제100조 제2항 및 제3항에 따라 기준시가 등으로 안분한 가액을 토지와 건물 각각의 양도가액으로 간주하기 위하여 그 거래의 태양마저 간주하게 되는 결과가 발생하여 불합리하므 로 위 규정을 적용하기 위해서는 그 전제가 되는 사실관계가 통상의 경우에 비해 더욱 구체적으로 입증되어야 한다.

(다)아울러,「국세기본법」제14조 제2항에 따라 거래의 법적 형식이나 법률관계를 재구성하여 일괄 양도에 해당하는 것으로 보기 위해서는 거래에 참여한 여러 주체가 선택한 거래의 법적 형식이나 과정이 처음부터 해당 거래 당사자의 양도소득세 경감 목적을 달성하기 위한 수단에 불과한 것이어서 토지와 건물의 구분 양도의 실질이 일괄 양도를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 하고, 이는 당사자들이 각각 별도로 매매계약을 하는 형식을 취한 목적, 그와 같은 거래 방식을 취한 데에 조세부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 거래 사이의 시간적 간격, 그러한 거래 형식을 취한데 따른 손실 및 위험부담의 가능성 등 관련 사정을 종합하여 판단하여야 한다.

(라)이 건의 경우, 처분청은 청구인이 자녀 등에게 이익을 분여하고자 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 조정하였고, 쟁점토지와 쟁점건물이 같은 날짜에 소유권이 이전되어 일괄 양도된 것이므로 이 건 양도소득세 부과처분이 타당하다는 의견이나, 처분청이 제출한 자료만으로는 청구인과 B가 매수법인과 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도에 관하여 일괄 가격협상을 하였음을 입증할 수 있는 직접적인 증빙이 확인되지 아니하고, 매수법인이 쟁점토지 및 쟁점건물의 일괄 매매에 대하여 인정하였다거나, 청구인과 B가 쟁점토지와 쟁점건물의 매매대금을 공동으로 수취·사용한 정황 등이 확인되지 아니하는 점, B는 청구인으로부터 2004.12.26. 쟁점건물을 증여받은 후 매수법인에게 양도하기까지 주요 사업용 자산으로 이용하여 온 사실에 비추어 청구인과 F(매수법인을 설립하여 대표이사를 역임)가 쟁점토지 매매계약 체결 관련 양해각서를 작성(2019.2.20.)하기 이전인 2019.1.2. B가 쟁점토지의 임대차계약을 갱신하여 지상권을 확보하고자 한 것은 경제적 주체로서의 합리적인 결정이라고 보이는 점, 청구인과 매수법인 간 쟁점토지 매매계약상 쟁점건물의 지상권 등 문제를 청구인이 해소하기로 한 것은 토지 매매계약서 작성시 통상적으로 기재하는 문구이며 실제 동 계약 조건이 쟁점토지 양도에 부정적 영향을 미친 정황은 나타나지 아니하는 점, 청구인이 제출한 전자메일(2020.3.24.자) 내용상 당해 메일을 주고받은 시점의 쟁점토지 탁상감정 가액이 최대 최대 OOO원으로 나타나는 등 쟁점토지 거래가격(OOO원)이 당시 시세에 비해 현저한 차이를 보이지 아니하는 점, 가사 쟁점건물의 가액이 장부가액 또는 기준시가보다 높다고 하더라도 사업용 주요 자산인 쟁점건물을 대신하여 신축건물을 확보하는 데에 필요한 공사비용, 이전에 따른 손실비용 등을 고려하면 쟁점건물의 매매가액이 시세에 비해 과다하게 책정되었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점토지와 쟁점건물의 매매가액이 경제적으로 비합리적이라거나 쟁점토지와 쟁점건물이 일괄 양도되었다고 보기 어려우므로 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(마) 쟁점②는 쟁점①에서 청구주장이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.