서울고등법원-2025-누-8570 (2026.07.10)

사 건

2025누8570 종합소득세등부과처분취소

원 고

ㅇㅇㅇ

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 29.

판 결 선 고

2026. 7. 10.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지·항소취지

1. 청구취지

피고가 2023. 5. 3. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 98,919,772원(가산세 포함)의 부과처분 및 2023. 6. 12. 원고에 대하여 한 2018년 1기분 부가가치세 12,295,320원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 배우자와 서울 ○○구 ○○○가 ○○번지 외 11 필지 소재 지상 ‘○○○빌딩’의 대지 689.3㎡ 중 같은 구 ○○동 ○○○-○, 같은 구 ○○○가 ○○-○ 토지를 제외한 나머지 10개 필지를 각 1/2 지분 또는 1/3 지분(전체 토지의 공유 지분 합계는 326.43/652.83이다)씩 공유하고 있고, 서울 ○○구 ○○○가 ○ 외 3필지 소재 지상 ‘○○타워’의 대지 453.9㎡ 중 같은 구 ○○○가 ○○○-○ 토지를 제외한 나머지 3개 필지를 각 1/2 지분(전체 토지의 공유 지분 합계는 217.25/434.5이다)씩 공유하고 있다. 위 각 건물(이하 위 각 건물을 통틀어 ‘이 사건 건물들’이라 하고, 그 대지들 중 원고 소유 지분 부분을 통틀어 ‘이 사건 토지’라 하며, ○○○빌딩의 대지 중 원고의 공유지분만을 일컬을 때에는 ‘제1토지’, ○○타워의 대지 중 원고의 공유지분만을 일컬을 때에는 ‘제2토지’라 한다)은 원고의 배우자 소유이다.

나. 원고는 2013년경부터 이 사건 토지를 이 사건 건물들의 소유자인 배우자에게 아래와 같이 임대하여 왔다(이하 ’이 사건 임대‘라 한다).

다. 피고는 원고의 배우자에 대한 세무조사를 실시하면서, 이 사건 임대와 관련하여 이 사건 임대가 ’고가임대‘이어서 원고의 배우자가 이 사건 토지의 공유자인 원고에게 과다한 임대료를 지급했다고 보아, 그에 대한 소명을 요구하였다.

라. 이에 원고의 배우자는 2022. 10.경 감정평가법인에 이 사건 토지의 적정 임대료에 관한 감정평가를 의뢰한 후, 그 감정평가결과(갑 제8호증, 이하 ‘이 사건 감정평가’라 한다)를 피고에게 제출하였다. 이 사건 감정평가는 기준시점을 2013. 1. 1.로 하여 이 사건 토지의 적정 임대료(이하 ’이 사건 감정평가액‘이라 한다)를 아래와 같이 산정하였다.

마. 피고는, 원고의 배우자가 제출한 이 사건 감정평가에 따른 감정평가액이 임대료 시가임을 전제로 보면, 원고가 특수관계인인 배우자에게 이 사건 토지를 ’고가임대‘한 것이 아니라 ’저가임대‘한 것으로 보아야 한다고 입장을 변경한 다음, 이 사건 감정평가에 따른 감정평가액과 이 사건 임대에서 정해진 연간 임대료 금액(임대차보증금을 제외한 금액이다)을 기준으로 소득세법 제41조 제1항 및 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 부가가치세법‘이라 한다) 제29조 제4항에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여, 2023. 5. 3. 원고에 대하여 2017년 귀속 종합소득세 106,598,760원을, 2023. 6. 12. 2018년 제1기분 부가가치세 13,335,260원(=제1토지 임대에 관한 부가가치세 11,523,610원 + 제2토지 임대에 관한 부가가치세 1,811,650원)을 각 경정·고지하였다가, 제1심판결이 선고된 이후인 2026. 3.경 이 사건 토지에 대한 임대보증금 1억 원을 임대료로 전환하여 월 임대료에 합산한 가액과 이 사건 감정평가액과의 차이를 부당행위계산 부인에 따른 소득금액으로 수정하여, 원고에 대한 종합소득세와 부가가치세 부과처분을 아래 표와 같이 일부 직권취소함으로써 위 세금들을 감액처리하였다(이하 직권 취소 후 남은 종합소득세 및 부가가치세 부과처분을 ’이 사건 각 처분‘이라 한다).

< 표 생략 >

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 3, 6호증의 각 기재(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 당사자의 주장

가. 원고

이 사건 임대는 정상적인 거래이고, ’저가임대‘로서 부당행위계산 대상에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가 이 사건 감정평가액은 소급감정에 의한 것으로서 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액이 아니어서 이를 ’시가‘라고 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 피고

비록 이 사건 감정평가가 2017년이나 2018년 당시의 이 사건 토지 임대료를 감정한 것이 아니지만, 2017년과 2018년의 이 사건 토지 임대료는 이 사건 감정평가액보다 높은 것이 명백하므로, 이 사건 감정평가액을 시가로 보아 이루어진 이 사건 각 처분을 하더라도 위법하다고 할 수 없다. 또한, 원고의 배우자가 피고에게 이 사건 감정평가를 근거로 제시하면서 이 사건 토지 임대료를 과다하게 지급하지 않았다고 주장하여 피고로부터 이 사건 감정평가액을 시가로 인정받아 과세처분을 면한 상황에서, 원고가 이 사건 감정평가액은 시가에 해당하지 않는다고 주장하는 것은 서로 모순되는 행위로서 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다.

4. 판단

가. 이 사건 감정평가액을 시가라고 보아 처분하는 것이 적법한지 여부

1) 소득세법 제41조의 부당행위계산부인 규정은 거주자의 행위 또는 계산이 특수관계인 간의 거래로서 객관적으로 같은 조 제2항 각호 소정의 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당하는 경우에는 세법상 이를 부인하여 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산함으로써 공평과세를 실현하고자 함에 그 취지가 있다. 따라서 특수관계인 사이의 거래가 사회통념이나 거래 관행에 비추어 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 충분하고 반드시 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009두7462 판결 참조). 위와 같은 법리는 부가가치세법 제29조 제4항에 규정된 부당행위계산부인 규정을 적용하는 경우에도 마찬가지로 적용된다.

2) 소득세법 제41조, 같은 법 시행령 제98조 제3항은 부당행위계산의 기준이 되는 ‘시가’의 산정에 관하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제89조 제1항, 제2항을 준용하고 있고, 이에 따라 ‘시가’에 관하여 규정하고 있는 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 본문은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다’고 정하고 있으며, 같은 조 제2항은 ‘시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다’고 하면서, 제1호 본문에서 ‘「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)’을 규정하고 있다.

한편, 구 부가가치세법 제29조 제4항, 제12항, 구 부가가치세법 시행령(2021. 2.17. 법률 제31445호로 개정되기 전의 것) 제62조는 부가가치세법 제29조 제4항에 규정된 부당행위계산의 기준이 되는 ‘시가’는, 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을(위 시행령 제1호), 위 가격이 없는 경우에는 공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 대가로 받은 재화나 용역의 가격을(위 시행령 제2호), 위 가격들이 모두 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격을 적용하도록 규정하고 있다.

3) 위와 같은 소득세법과 구 부가가치세법이 정한 부당행위계산부인에 관한 법령들에 비추어 보면, 사업자가 특수관계에 있는 자에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우에 있어서 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가는 사업자와 특수관계가 없는 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 기준으로 하여야 하고, 그와 같은 거래가격이 없는 경우에는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 감정가액을 시가로 볼 수 있다(대법원 1997. 9. 9. 선고 97누1570판결 참조, 대법원 2009. 9. 24. 선고 2007누7505 판결 등 참조).

그런데 이 사건 토지에 대하여는 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격은 물론 그와 같은 거래로 받은 대가 등이 존재하지 않으므로, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 감정평가법인 등이 객관적이고 합리적인 방법으로 감정한 가액이 있다면 그 가격이 ‘시가’로 인정될 수 있다.

4) 이 사건 토지의 임대료가 ‘부당하게 낮은 임대료’에 해당하여 소득세법 제98조 제2항 제2호나 구 부가가치세법 제29조 제4항 제2호가 규정하고 있는 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부를 판단함에 있어 이 사건 토지 임대료에 관한 감정가액이 이사건 토지의 적정 임대료로서의 ‘시가’로 사용할 수 있는 것인지 여부는, 그 감정가액이 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 감정평가법인 등이 부동산의 위치, 주위환경, 이용상황, 인접 및 유사지역 내의 부동산에 대한 적정거래 가능가격 등을 참작하여 이 사건 임대 당시의 임대료를 객관적이고 합리적인 방법으로 감정한 가액에 해당하는지 여부에 의하여 판단되어야 하므로, 여기에서 말하는 감정가액이란 원칙적으로 이 사건 각 처분의 과세대상이 되는 2017년도와 2018년도의 이 사건 토지 임대료에 대한 감정가액, 즉 2017년과 2018년을 가격산정기준일로 한 감정가액을 의미한다고 보아야 하고, 그 이전의 날짜를 가격산정기준일로 한 감정가액을 두고 곧바로 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따른 감정가액이라고 단정할 수는 없다. 하지만, 2017년과 2018년보다 이전 날짜를 가격산정기준일로 하여 산정된 감정가액이라고 하더라도 그 가격산정기준일과 과세대상연도인 2017년도과 2018년도 사이에 부동산 임대료 시세의 상승으로 인해 2017년도와 2018년도 당시의 이 사건 토지 임대료 시가가 기존 감정가액보다 높다고 명백하게 인정할 수 있는 특별한 사정이 있다면, 피고가 기존 감정가액을 2017년도와 2018년도 당시 이 사건 토지의 임대료 시가로 보아 과세처분을 하였더라도 이는 납세자에게 유리한 것이므로 이를 두고 위법한 것이라고 할 수는 없다고 할 것이다[대법원 1989. 4. 11. 선고 88누551 판결; 1992. 2. 11. 선고 91누12301 판결, 대법원 1993. 10. 8. 선고 93누10293, 93누10309(병합) 판결 각 참조]. 이러한 특별한 사정이나 시가에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결, 대법원 2018. 7. 20. 선고 2015두39842 판결 등 참조).

5) 이 사건에서 보건대, 이 사건 감정평가는 2022. 10.경 원고의 배우자가 요청하여 이루어진 것으로서, 2013. 1. 1.을 가격산정기준일로 하여 그 당시의 이 사건 토지 임대료를 감정평가한 것일 뿐이고, 이 사건 각 처분의 과세대상이 되는 2017년도와 2018년도의 토지 임대료를 감정한 것이 아니다. 따라서 이 사건 감정평가액은 원칙적으로 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 정해진 2017년도와 2018년도의 이 사건 토지 임대료에 관한 감정가액이라고 할 수 없다.

6) 이에 대하여 피고는, 이 사건 감정평가액이 2017년도나 2018년도의 이 사건 토지 임대료를 감정한 것은 아니지만, 2013년 이후에 이 사건 토지의 임대료가 지속적으로 상승한 사실에 비추어 2017년도와 2018년도의 이 사건 토지 임대료가 이 사건 감정평가액보다 높다는 것이 명백하다는 특별한 사정이 있으므로, 소득세법이나 구 부가가치세법에 정해진 부당행위계산 부인을 판단함에 있어 이 사건 감정평가액을 2017년도와 2018년도의 이 사건 토지 임대료 시가로 사용하더라도 위법이 아니라고 주장한다. 하지만, 앞서 든 증거, 갑 제9 내지 11호증, 을 제4, 5, 7 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 2017년도와 2018년도의 이 사건 토지 임대료가 이 사건 감정평가액보다 높다는 사실이 명백하다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 주장은 받아들이기 어렵다.

가) 부동산 임대료를 감정평가하는 방법으로는 적산법, 수익분석법, 임대사례비교법이 있고, 관계 법령과 감정평가 실무기준 등에 의하면, 이 사건 토지에 대한 임대료 감정은 임대비교사례법으로 하는 것이 원칙이다. 하지만, 이 사건 토지의 경우, 인근 유사 임대사례를 포착하기 어렵다는 이유로 적산법으로 감정평가 되었다. 적산법은 임대 목적 토지의 기초가액에 기대이율을 곱하고 필요제경비를 더하여 임대료를 산정하는, 즉 “기초가액 × 기대이율 + 필요제경비”라는 산식에 의하여 산출하는 평가방법이다.

나) 이 사건 토지의 임대료를 적산법에 의해 감정함에 있어 감정평가액을 결정하는 3대 인자 중 하나인 ‘기초가액’이란 임대료의 기준시점에 있어서 대상물건이 가지는 원본가치를 의미한다. 이 사건 감정평가 당시 감정인은 이 사건 토지의 비교표준지를 선정한 후, 그와 같이 선정된 비교표준지의 공시지가에 시점수정치, 지역요인비교치, 개별요인비교치, 인근지역의 정상지가 등 그 밖의 요인 보정치를 곱하여 이 사건 토지의 기초가액을 산출한 후, 거래사례기준법에 의해 그 기초가액 산출의 타당성을 검토하였다. 그런데 제1토지 중 서울 ○○구 ○○○가 ○○ 토지의 공시지가는 2013년의 25,200,000원과 대비하여 2017년에는 30,000,000원으로 19%, 2018년에는 30,600,000원으로 21% 상승하였고, 제2토지 중 서울 ○○구 ○○○가 ○○○ 토지의 공시지가는 2013년의 26,500,000원과 대비하여 2017년에는 29,200,000원으로 10%, 2018년에는 30,800,000원으로 16% 상승하였는바, 위 각 토지의 비교표준지나 인근의 이 사건 토지들의 공시지가도 위와 유사한 비율로 상승하였을 것이라고 추정된다. 비록 공시지가 상승률을 결정하는 요인으로 토지가격 상승률 외에 공시지가 현실화율도 있고, 피고가 제출한 증거에 의하더라도 2017년보다 2018년에 공시지가 현실화율이 높은 것에 비추어 보면, 위와 같은 공시지가 상승률이 토지가격 상승률과 동일하다고 볼 수는 없다고 할 것이지만, 통상 공시지가 상승률과 토지가격 상승률은 같은 경향성을 가진다는 측면에서 볼 때, 이 사건 토지의 2017년과 2018년의 기초가액이 공시지가 상승률만큼은 아니더라도 2013년의 기초가액보다 높았으리라는 점은 인정할 수 있다. 위와 같은 이 사건 토지의 기초가액 상승은 그 무렵 이 사건 토지의 임대료를 상승시키는 요인으로 작용했으리라는 사실 또한 예상할 수 있다.

다) 하지만, 이 사건 토지의 임대료를 감정함에 있어 감정평가액을 결정하는 인자로 는 ‘기초가액’ 외에도 ‘기대이율’과 ‘필요제경비’가 있다. 그러므로 만약 ‘기초가액’의 상승률이 ‘기대이율’이나 ‘필요제경비’의 하락률에 미치지 못한다면, 이 사건 토지의 ’기초가액‘ 상승에도 불구하고 2017년도나 2018년도의 토지 임대료가 2013년의 임대료보다 높다고 단정할 수 없게 된다.

라) 그러므로 이 사건 토지에 관한 ’기대이율‘과 ‘필요제경비’의 변동에 관하여 보건대, 이 사건 감정평가 당시 감정인은 감정평가 실무매뉴얼에 있는 적용기준율표, CD금리를 반영한 기대이율표, 금리수준 및 최근 추이, 지역특성 및 실제이용상황 등을 종합적으로 고려하여 이 사건 토지에 관한 ‘기대이율’을 산출하였다. 당시 매장용으로 표준적으로 이용되는 상업용 건물부지에 관하여 보면, 감정평가 실무매뉴얼에 있는 임대료 적용기준율표상 적용기준율은 “3.0~6.0%”이었고, CD금리를 반영한 기대이율표상의 기대이율은 “CD 금리 + -0.5%~2%”이었는데, 감정인은 위와 같은 적용기준율과 2012. 2.부터 2013. 1.까지 사이의 평균 CD금리 3.24%를 고려하여 ‘기대이율’을 산출하면서, 여기에 ‘필요제경비’를 포함시켜 이 사건 토지의 ‘기대이율 + 필요제경비’의 값을 3.5%로 판단하였다. 그런데 피고가 제출한 자료만으로는 2017년과 2018년에 위 적용기준율과 CD금리를 반영한 기대이율표상의 기대이율 및 필요제경비가 어떻게 변동하였는지, 만약 그것이 감소하였다면 그 감소분이 이 사건 토지의 기초가액 상승분을 상쇄할 정도에 이르는 것인지 등에 관하여 확인할 수 없다(오히려 원고가 이 사건 변론종결 이후에 제출한 2012년 이후의 CD금리 변동자료에 의하면, CD금리는 2017년에는 1.44%로, 2018년에는 1.68%로 하락하였는바, 이는 이 사건 감정 당시 적용된 평균 CD금리 3.24%와 비교할 때 약 48% 내지 55% 하락한 것이다. 이러한 CD금리 하락은 CD금리를 기초로 한 기대이율을 같은 정도로 하락시켰을 것으로 예상되고, 이는 이 사건 토지의 기초가액 상승률을 훨씬 초과하는 수준이다). 따라서 앞서 본 이 사건 토지의 기초가액 상승 가능성만으로 이 사건 토지의 임대료도 당연히 상승하였다고 단정하기 어렵다.

마) 피고는 2017년과 2018년의 이 사건 토지 임대료가 2013년의 임대료보다 상승하였다는 근거로 한국부동산원 홈페이지에 기재된 상업용 부동산 임대동향 통계지도(을 제5호증)를 제시하고 있기도 하다. 위 임대동향 통계지도에 의하면, ○○ 지역의 상업용 부동산 임대가격지수는 2013년 1분기에 101.07에서 2017. 1분기에는 105.28로, 2018. 1분기에는 106.93으로 약간 오른 사실을 인정할 수 있기는 하다. 그러나 위와 같은 가격지수의 산정대상, 산정방법 등이 명확하지 않고, 그 가격지수가 이 사건 토지의 개별적인 사정까지 고려하여 산출된 것이 아니어서, 위 가격지수를 두고 이 사건 토지의 임대료 변동상황을 객관적으로 반영한 것이라고 인정하기 어렵다. 나아가 위 통계지도상 가격지수의 대상 부동산이 ‘오피스, 중대형, 소규모, 집합’으로 구분되어 있고, ‘공실률’이 병기되어 있는 점에 비추어 보면, 위 가격지수는 상업용 건물의 임대가격변동률을 조사한 자료로 보일 뿐 이 사건 토지와 같은 상업용 건물 부지의 임대가격변동률을 조사한 자료라고 보이지도 않는다. 따라서 이와 같은 자료를 이유로 이 사건 토지의 2017년과 2018년의 임대료가 2013년의 임대료보다 명백하게 높았다고 인정할 만한 특별한 사정이 있다고 볼 수 없다.

나. 신의성실의 원칙을 위반하였는지 여부

조세법률관계에 있어서는 조세법률주의의 원칙에 의하여 합법성의 원칙이 보다 강하게 요구되는 특성이 있고, 과세요건에 관한 증명책임은 과세관청인 피고에게 있으며, 신의성실의 원칙과 금반언 여부는 납세의무자와 과세관청 사이에서 판단됨이 원칙이라는 점을 고려하여 보면, 원고의 배우자가 피고에게 이 사건 감정평가액을 근거로 제시하여 자신에 대한 과세처분을 면한 바 있다고 하더라도, 피고의 원고에 대한 이 사건 처분에 대하여 원고가 이 사건 감정평가액을 이 사건 토지의 2017년과 2018년의 임대료 시가로 인정하여서는 아니 된다고 다투었다고 하여 그것이 신의성실의 원칙이나 금반언에 반하는 것이라고 할 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.