서울행정법원-2024-구합-62790 (2025.09.11)

사 건

2024구합62790 종합소득세등부과처분취소

원 고

YYY

피 고

JJ세무서장

변 론 종 결

2025. 7. 10.

판 결 선 고

2025. 9. 11.

주 문

피고가 2023. 5. 3. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 106,598,760원(가산세 포함) 및 2023. 6. 12. 원고에 대하여 한 2018년 1기분 부가가치세 13,335,260원(가산세 포함) 각 부과처분을 취소한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 배우자인 LLL과 서울 JJ구 JJ*가 ***번지 외 11 필지 소재 지상 건물인 ‘YYJ빌딩’의 대지 652.83㎡를 각 1/2 지분씩 공유하고 있고, 서울 JJ구 JJ*가 ***외 3필지 소재 지상 건물인 ‘DY타워’의 대지 434.5㎡를 각 1/2 지분씩 공유하고 있다. 위 각 건물(이하 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 하고, 그 대지 중 원고 소유 부분을 통틀어 ‘이 사건 토지’라 하며, YYJ빌딩의 대지 부분만을 일컬을 때에는 ‘제1토지’, ‘DY타워의 대지 부분만을 일컬을 때에는 ’제2토지‘라 한다)은 원고의 배우자인 LLL의 소유이다.

나. 원고는 2013년경부터 이 사건 토지를 이 사건 건물 소유자인 배우자 LLL에게 아래와 같이 임대하여 왔다(이하 ’이 사건 임대‘라 한다).

<표 생략>

다. 피고는 LLL에 대한 세무조사를 실시하면서, 이 사건 임대와 관련하여 LLL이 이 사건 토지의 공유자인 원고에게 과다한 임대료를 지급했다고 보아 그에 대한 소명을 요구하였다.

라. LLL은 PP감정평가법인에 이 사건 토지의 적정 임대료에 관한 감정평가를 의뢰한 후, 그 감정평가 결과를 피고에 제출하였다(갑 제8호증, 이하 ’이 사건 감정평가‘라 한다). 이 사건 감정평가는 기준시점을 2013. 1. 1.로 하여 이 사건 토지의 적정임대료(이하 ’이 사건 감정평가액‘이라 한다)를 아래와 같이 산정하였다.

<표 생략>

마. 피고는 이 사건 세무조사 결과, LLL이 제출한 이 사건 감정평가에 따른 감정평가액이 시가임을 전제로, 원고가 특수관계인이 LLL에게 이 사건 토지를 저가임대 하였다고 보아 소득세법 제41조 제1항 및 부가가치세법 제29조 제4항에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여, 2023. 5. 3. 원고에 대하여 2017년 귀속 종합소득세 ***,598,760원을, 2023. 6. 12. 2018년 제1기분 부가가치세 **,335,260원(= 제1토지 임대에 관한 부가가치세 **,523,610원 + 제2토지 임대에 관한 부가가치세 *,811,650원)을 각 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 각 처분‘이라 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는, ① 이 사건 임대가 정상적인 거래가 아닌 저가임대로서 부당행위계산에 해당한다고 볼 수 없을 뿐 아니라, ② 이 사건 감정평가액은 소급감정에 의한 것이고 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액도 아니어서 이를 ’시가‘라고 볼 수도 없으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관련 법리

1) 소득세법 제41조의 부당행위계산 부인 규정은 거주자의 행위 또는 계산이 특수관계인 간의 거래로서 객관적으로 같은 조 제2항 각호 소정의 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당하는 경우에는 세법상 이를 부인하여 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산함으로써 공평과세를 실현하고자 함에 그 취지가 있다. 따라서 특수관계인 사이의 거래가 사회통념이나 거래관행에 비추어 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 충분하고 반드시 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009두7462 판결 참조). 위와 같은 법리는 부가가치세법 제29조 제4항에 규정된 부당행위계산부인 규정을 적용하는 경우에도 마찬가지로 적용된다.

2) 사업자가 특수관계 있는 자에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우에 있어서 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가는 사업자와 특수관계 없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격을 기준으로 하여야 하고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있지만, 그러한 감정가액은 부동산의 위치, 주위환경, 이용상황, 인접 및 유사지역내의 부동산에 대한 적정거래 가능가격 등을 참작하여 객관적이고 합리적인 방법으로 산정한 것이어야 한다(대법원 1997. 9. 9. 선고 97누1570 판결 참조)

3) 부당행위계산 부인에 있어서 과세관청이 납세의무자의 행위가 부당행위계산에 해당한다는 점을 증명하여야 하고, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’ 또는 ‘적정 임대료’에 대한 주장ㆍ증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 취지 참조).

다. 구체적인 판단

앞서 본 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거, 갑 제9 내지 11호증의 각 기재, 증인 GGG의 서면증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 임대가 부당하게 낮은 대가를 지급한 것으로서 부당행위계산에 해당한다고 보기 어려울 뿐 아니라, 이 사건 감정평가액이 사건 토지 임대료의 정당한 ‘시가’라고 보기도 어렵다. 따라서 이와 전제를 달리한 이 사건 각 처분은 위법하다.

1) 소득세법 제41조, 같은 법 시행령 제98조 제3항은 부당행위계산의 기준이 되는 ‘시가’의 산정에 관하여 법인세법 시행령 제89조 제1, 2항을 준용하고 있고, 법인세법시행령 제89조 제1항 본문은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다’고, 같은 조 제2항은 ‘시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다’고 하면서, 제1호에서 ‘감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)’이라고 정하고 있다.

이 사건 토지에 대하여는 유사한 상황에서 특수관계인 외 제3자와 일반적으로 거래된 가격 등이 존재하지 않으므로, 감정평가법인 등이 객관적이고 합리적인 방법으로 감정한 가액이 있다면 이를 ‘시가’로 인정할 수 있기는 하다.

2) 그런데 앞서 본 법리에서와 같이, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’ 또는 ‘적정 임대료’에 대한 주장ㆍ증명책임은 과세관청인 피고에게 있다고 할 것인데, 피고는 단지 LLL이 제출한 이 사건 감정평가 결과만을 근거로 이 사건 토지의 임대료가 ‘부당하게 낮은 임대료’에 해당한다고 판단하였다.

그러나 ① 피고는 당초 이 사건 세무조사시 ‘LLL이 이 사건 토지의 공유자인 원고에게 부당하게 높은 임대료를 지급했다’고 보아 소명을 요구하였던 점, ② 원고 역시 사건 감정평가의 부당함 등을 지적하고 있는 점, ③ 아래서 보는 바와 같이 이 사건 감정평가액을 그대로 적정한 시가라고 볼 수 있는지에 대하여 의문이 있는 점 등에 비추어 보면, 피고로서는 이 사건 감정평가액이 이 사건 토지의 적정 임대료를 객관적이고 합리적으로 평가한 결과로서 적정한 시가에 해당한다는 점에 대하여 보다 주장ㆍ증명하였어야 할 것인데, 피고는 이 사건 감정평가 결과 외에는 이 사건 시가에 대한 아무런 주장ㆍ증명을 하지 않고 있다.

3) 한편 이 사건 감정평가는 아래와 같은 점에서 이 사건 각 처분의 대상이 된 2017년 및 2018년경 이 사건 토지의 적정 임대료를 객관적이고 합리적으로 평가한 것이라고 보기 어렵다.

① 이 사건 감정평가는 소위 사감정의 결과로 그 내용의 객관성과 공정성을 담보하기 어렵다. LLL이 피고의 소명요구에 따라 원고에게 지급한 임대료가 높은 수준이 아님을 소명하기 위하여 감정평가법인에 의뢰하여 이루어진 것이라는 감정평가의 경위를 고려하면, 의뢰인인 LLL의 요청에 따라 적정 임대료 수준을 다소 높게 산정하였을 가능성이 높다. LLL의 당시 세무대리인으로서 이 사건 감정평가를 의뢰하였던 세무사 증인 PPP의 서면 증언도 같은 취지이다.

② 피고는 당초 이 사건 토지 임대에 관하여 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에 따른 평가액 등을 기초로 LLL이 이 사건 토지의 공유자인 원고에게 과다한 임대료를 지급했다고 보아 소명을 요구하였던 것으로 보이는데, 위 시행령에 따른 이 사건 토지의 임대료 평가액은 이 사건 임대료보다 훨씬 낮은 것으로 보인다. 따라서 이 사건 감정평가만을 근거로 이 사건 토지 임대료가 사회통념이나 거래관행에 비추어 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 볼 수 있는지 의문이다.

③ 이 사건 토지의 임대와 관련하여 과세를 하기 위해서는 그 가격산정기준일을 과세의 귀속연도를 기준으로 함이 감정평가의 기본원칙에 부합한다 할 것인데, 이 사건 각 처분은 이 사건 임대에 관한 2017년 귀속 종합소득세 및 2018년 1기분 부가가치세에 대한 것임에도, 이 사건 감정평가는 2013. 1. 1.을 평가기준일로 하고 있고, 위와 같이 정한 2013. 1. 1.을 평가기준일로 정한 데 대한 합리적 이유를 찾기 어렵다. 평가기준일인 2013년과 이 사건 각 처분에 따른 과세 귀속년도인 2017년 및 2018년 사이의 시간적 간격을 고려하면, 위 2013. 1. 1.기준으로 한 이 사건 감정평가액이 이사건 각 처분의 전제가 되는 적정한 시가라고 보기 어렵다.

④ 이 사건 토지는 원고와 LLL의 공유이고, LLL 소유 이 사건 건물의 대지로 이용되고 있다. 원고와 LLL이 특수관계인이 아니라 하더라도, 공유 지분으로 소유하는 이 사건 토지는 단독 소유일 때에 비하여 그 이용이 제한을 받을 수 밖에 없고, 이러한 점은 임대료의 산정에도 영향을 줄 수 밖에 없음에도 이 사건 감정평가는 이 사건 토지가 이 사건 토지가 원고와 LLL의 공유라는 점 등 임대료에 영향을 줄 만한 사정 등을 반영하고 있지 않다.

4) 결국 위와 같은 점을 종합하여 보면, 피고가 제출한 자료만을 이 사건 임대가 ‘사회통념이나 거래관행에 비추어 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래’로 볼 수 없어 부당행위계산에 해당한다고 볼 수 없다(설령 이 사건 각 처분의 과세기간 전체에 걸쳐 LLL이 원고에게 지급한 임대료가 정당한 ‘시가’보다 낮다는 사실 자체가 인정된다고 하더라도, 이 사건 토지 임대료의 정당한 ‘시가’가 피고가 주장하는 이 사건 감정가액과 동일하다고 단정하기 어렵고, 달리 피고가 제출한 자료만으로 정당한 시가를 기준으로 정당세액을 계산할 자료도 없다). 따라서 이와 전제를 달리하는 이 사건 각 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.