조심 2011서5084 (2012.06.29)

OOO세무서장이 2011.10.11. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO 대지 1,150.4㎡ 및 건물 708.3㎡의 취득가액을OOO원으로 산정하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.4.29. 서울특별시 OOO 소재 대지 1,150.4㎡ 및 건물 708.3㎡(지층 근린생활시설, 점포, 1층.2층 주택으로, 이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 쟁점주택 내에 식재되어 있던 주목 등(주목 1주, 향나무 2주, 백송 1주, 이하 “쟁점고목”이라 한다)을 포함하여 주식회사OOO 등으로부터 OOO원에 취득하고, 2004년 5월경 쟁점주택에 식재되어 있던 쟁점고목을 서울특별시 OOO주택(2003.6.13. 경매로 취득한 것, 이하 OOO이라 한다)으로 이식한 후에, 2009.6.18. 쟁점주택을 OOO 주식회사에게 OOO원에 양도하였으며, 2009.8.14. 양도가액을 OOO원, 취득가액을OOO원, 양도소득금액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 서울지방국세청장(조사4국, 이하 “조사청 4국”이라 한다)은 2006. 11.28. 주식회사 OOO에 대한 법인세 조사 결과, OOO가 2003.4.29. 청구인에게 쟁점주택과 쟁점고목을 OOO원에 양도한 것으로 하여 법인세를 신고한 사실을 조사하고, 쟁점주택 양도가액 OOO원 중에 OOO원을 과소하게 신고한 것으로 보아 동 과세자료를 역삼세무서장 및 처분청에게 통보하였다.

다. 역삼세무서장은 위의 과세자료를 통보받고 OOO가 쟁점주택 및 쟁점고목의 양도가액 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 과소 신고한 것으로 보아 2008.6.2. OOO에게 법인세 등 OOO원을 과세예고하는 한편, 쟁점주택의 토지와 건물의 일괄양도가액인 OOO원을 양도일 현재 기준시가에 따라 안분한OOO원을 양도한 건물에 대한 부가가치세 과세표준으로 하여 2008.7.8. OOO에게 2003년 제1기 부가가치세OOO원을 경정.고지하였는바, 이에 대하여 OOO는 2008.8.21. 국세청장에게 심사청구를 제기하여 2008.10.9. 국세청장으로부터 OOO가 쟁점주택을 OOO원에 양도한 것(쟁점고목은 이OOO이 양도한 것)으로 하여 과세표준과 세액을 경정하였다.

라. 역삼세무서장은 위 결정내용에 따라 쟁점금액을 청구인에 대한 소득세 과세자료로 하여 이OOO의 거주지인 노원세무서장에게 통보하였으며, 노원세무서장은 쟁점금액을 이OOO이 소유하는 쟁점고목의 매도대가인 일시재산소득OOO으로 보아 2009.8.6. 이OOO에게 2003년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

마. 서울지방국세청장(조사2국 “이하 조사청 2국”이라 한다)은 위의 OOO에 대한 심사청구결정에 근거하여 청구인이 신고한 쟁점주택의 취득가액 중 쟁점금액의 과다계상혐의에 대하여 2011.3.18.부터 2011. 4.26.까지 양도소득세에 대한 세무조사를 실시하여 2003.4.29. 청구인이 OOO로부터 쟁점주택을OOO원에, 또한 쟁점고목을 이OOO으로부터OOO원에 각각 취득한 것으로 보아 2011.5.27. 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 조사청 2국으로부터 위 과세자료를 통보받고, 청구인이 신고한 쟁점주택의 취득가액(OOO원) 중 OOO원을 과다하게 신고한 것으로 보아 2011.10.11. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세OOO원을 경정.고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 OOO원을 쟁점주택의 취득가액으로 지급한 사실이 명백함에도 처분청은 OOO원이 OOO에게 OOO원, 이OOO의 예금계좌로 OOO원이 각각 구분 입금된 사실을 근거로 쟁점주택과 쟁점고목을 별도로 거래한 것으로 주장하고 있으나, 이는 OOO측에서 임의로 배분하여 발생한 내부적인 문제일 뿐 청구인과는 관련이 없는 것이고, 쟁점주택 내에 식재되어 있던 종물인 쟁점고목이 쟁점주택의 소유자인 OOO가 아닌 이OOO[재단법인 OOO의 어머니가 이사장으로 있는 비영리법인, 이하 OOO이라 한다)에게 1998.1.13. 쟁점고목이 식재된 쟁점주택을 출연한 자]의 소유이며, 청구인과 쟁점주택의 양도자인 OOO의 대리인 조OOO대학교 감사)은 2003년 4월 중개업자인 OOO의 물건소개 및 가격조정(당초에 OOO원을 요구)으로 쟁점고목을 포함하여 쟁점주택을OOO원에 일괄양도.양수하기로 합의하고 매매목적물을 쟁점주택 및 정원에 식재된 쟁점고목의 일체로 약정하여 실지매매계약서를 작성한 이후에, 조OOO측의 요구로 실지매매계약서와 별도로 매매가액을 OOO원으로 하는 다운계약서를 작성하면서, 총 OOO원 중 매매계약서상의 잔금 OOO원과 계약당시 수령한 OOO원의 차액인 OOO원에 대하여 채권.채무로 변경하여 약속어음을 공증하여 달라고 함에 따라 이를 실행하여 매매당사자가 각각 보관하기로 하고 잔금지급과 함께 등기에 관한 서류를 교환한 후에 당사자 입회하에 실지매매계약서는 폐기한 사실이 있으며, 이 때 쟁점주택 내에 식재되어 있던 쟁점고목은 쟁점주택의 종물이라 매매계약서상 매매대금에 포함되는 것으로 기재한 것일 뿐, 계약당시 쟁점고목이 이OOO의 소유라는 사실을 중개업자 또는 매도자로부터 고지 받은 바도 없고, OOO에 대한 2006.11.28. 조사청 4국 및 2008.3.6. 역삼세무서 조사과가 조사한 결과와 같이 청구인이 쟁점주택과 쟁점고목의 대가로 OOO의 대리인인 조OOO재단 소속인 OOO대학교 감사)에게 2003.4.17. 계약금OOO원(10%) 및 2003.4.29. 잔금 OOO원(90%)을 지급한 후 등기이전에 필요한 서류를 받아 소유권을 이전한 것으로,

위 다운계약서대로 쟁점주택의 양도가액이 OOO원이고 쟁점고목의 양도가액이 OOO원이라는 OOO측의 주장은 OOO가 쟁점고목과 관련된 부가가치세 과세처분에 대하여 심사청구를 한 2008년 8월에서야 알게 되었는바, 일반적으로 주택 내 정원수는 주택의 종물로 소유자가 동일한 것으로 각 소유자가 다르다고 하려면「입목에 관한 법률」에 따른 입목등기를 하거나 매매계약 당시에 별도로 합의하여야 함에도 증빙이 없고, 2011년 4월 청구인이 OOO 등 2의 감정법인에 쟁점고목을 의뢰한바 평균OOO원으로 감정된 사실로 볼 때 OOO가 제기한 심사청구단계에서 처분청은 청구인과 공인중개사 및 쟁점고목에 대한 시가에 대한 구체적 확인이 없이 다운계약서만을 근거로 쟁점주택의 거래가액을OOO원으로 하고, 이와 별도로 쟁점고목의 거래가액을 OOO원으로 하여 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세를 청구인에게 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

일반적으로 쟁점주택에 식재된 고목을 분리하고 부동산만 양도한 경우에는 고목의 취득가액을 제외한 금액을 취득가액으로 하는 것이고(대법원 1990.1.25. 선고 89누53 판결 참조), 청구인이 쟁점고목이 식재되어 있는 쟁점주택을 OOO원에 취득하고 2004년 5월에 쟁점고목을 OOO으로 이식한 후 2009.6.18. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 사실에 관하여 다툼이 없고, 청구인은 OOO로부터 쟁점주택과 종물인 쟁점고목 일체를 OOO원에 일괄 취득하였다고 주장하나, 2003.4.29. 청구인과 OOO가 매매계약을 체결할 당시에 작성되어 공증 받은 검인계약서에는 쟁점주택의 매매대금이OOO원으로 기재되어 있으며, OOO가 실제 수령한 대금도 OOO원으로 확인되는 반면, 청구인은 쟁점주택을 OOO원으로 취득한 객관적인 증빙서류(실지매매계약서 등)을 제시하지 못하고 있고, 또한 청구인이 OOO로부터 OOO원에 쟁점주택과 쟁점고목을 매수하였다면 대금도 단순하게 인터넷뱅킹이나 특정인 예금계좌에 무통장입금으로 지급하면 됨에도 쟁점주택의 소유자도 아닌 양도자의 대리인 조OOO과 청구인의 대리인 맹OOO부장으로 하여금 액면금액이 다른 여러 종류의 수표로 지급하면서 수표분할에 스스로 협조하여 그 결과 쟁점주택 양도자라는 OOO에게 OOO원이, 쟁점고목의 매도자라는 이OOO에게 OOO원이 입금된 사실이 확인되고 있는 점 등으로 볼 때 쟁점주택과 쟁점고목은 각각 소유자가 다르게 별개 형식으로 매매된 것으로 보이므로 쟁점주택의 취득가액을 OOO원으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주택의 취득가액을 OOO원(총 OOO원 지급액 중 쟁점고목 대가가 OOO원)으로 보고 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택은 고급주택지대로 남서측 인근OOO역 주변)변에 각종 상가, 금융기관 및 업무시설 등이 소재하고 북측으로 동대문시장 상권이 형성된 일반주거지로, 이OOO이 1976.7.10. 쟁점주택 중에 토지를 취득하고 1991.12.5. 지상에 건물을 신축하여 사용승인을 받은 후 1994.10.24. 소유권보존등기를 한 뒤 쟁점주택의 정원에 쟁점고목을 이식한 사실이 있으며, 이OOO은 1998.1.6. 쟁점주택을 OOO(이사장은 최OOO의 어머니이며 2003.12.7. 사망하였고, 이후 이OOO이 2004.3.22. 당해 재단의 이사장으로 취임)에게 쟁점주택을 증여(출연)하였고, OOO는 OOO으로부터 공동주택 및 문화.집회시설(전시장)을 신축하여 판매할 목적으로 쟁점주택을 2002.11.7. 취득한 뒤에 2002.12.31. 중구청장에게 건축[(연건평 5,846.38㎡의 공동주택(아파트) 및 문화.집회시설(전시장)]허가를 신청하여 2003.1.17. 건축허가를 받았으나 2004.2.3. 허가가 취소됨에 따라 빌라신축계획이 여의하지 아니하게 되자 이OOO 측에게 매도를 일임하여 매수자를 물색하던 중 청구인과 2003.4.17. 매매계약을 체결하여서 2003.4.29. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 한 후에 공가상태로 소유하다가 2009.7.7. 매매원인으로 OOO주식회사에게 소유권이전된 것으로 나타난다.

(2) 이OOO 등은 쟁점고목에 대하여「입목에 관한 법률」에 의하여 토지와 별도로 등기한 사실이 없고, 명인방법 등으로 공시하였는지에 대하여는 증빙서류의 제시가 없으며, 쟁점고목은 쟁점주택의 종물인 점 등으로 보아 실제 이OOO이 쟁점주택을 OOO에 출연할 당시 쟁점고목을 대상에서 제외한 것인지 여부는 처분청이 제시하는 증빙만으로 확인되지 아니하고, 현재까지 유일하게 남아 있는 증거자료인 2003.4.17. 작성된 청구인과 OOO 간의 검인계약서(공증 받은 것으로 매매금액이OOO원)에는 쟁점주택의 매매대금을 OOO원으로 하고 매매대상의 표시 란에 쟁점주택이 기재되어 있으나, 동 계약서 제4조에 “갑(OOO)은 매매계약 후에 을(청구인)에게 인도할 때까지 목적부동산[① 매매목적물에 포함된 종물(부속물), 나무일체(사례 : 천년 주목, 육백년 향나무, 이백년 백송 외), 장식물(골동품을 제외한 물품) 포함]을 현 상태로 유지관리를 책임진다. 다만, 집기.비품 등 갑의 소유에 해당하는 유체동산은 갑이 이를 반출하기로 한다.”라고 기재되어 있어, 매매목적물에는 쟁점주택의 종물(부속물)인 나무일체(쟁점고목을 포함)와 장식물(다만, 골동품을 제외한 물품)을 포함하되 갑(OOO) 소유의 집기.비품 등의 유체동산은 제외하는 것으로 약정한 것으로 되어 있고, 계약서 약정일 후 OOO 또는 이OOO측이 쟁점고목을 반출한 사실은 확인되지 아니하며, 쟁점고목의 경우 매매계약서 외에 청구인과 OOO 또는 이OOO 간에 별도 매매계약을 체결한 사실은 없다.

(3) 처분청의 2008년 6월경 작성한 조사서에 의하면, 이OOO이 1998. 1.8. 쟁점주택을 최OOO이 이사장으로 재직하고 있는 OOO에 기부할 때에 수목과 조각품을 목록에서 제외한 ‘출연재산증서’를 제출하였으나, 그 내용(기타특약사항)과 기타 기재내용의 인쇄상태(글씨의 크기, 글꼴, 글씨의 농도)가 달라 진위 여부에 의문이 있어, 이를 확인하기 위하여 원본을 보관하는 문화체육관광부를 방문하여 확인하였으나, 원본이 존재하지 아니하여서 OOO가 제시하는 ‘재산출연증서’를 진실한 것으로 인정할 수 없다고 조사되어 있다.

(4) 청구인은 2012.4.26. 조세심판관 회의당시 당초 쟁점주택 거래가액이 OOO원이라는 사실이 기재된 실지매매계약서가 존재하였다가 2003.4.29. 등기소 부근에서 잔금 OOO원을 지급함과 동시에 등기에 필요한 서류를 건네받고 거래당사자의 대리인 입회하에 즉석에서 실지계약서를 파기하여 실지매매계약서를 제시할 수는 없으나, 2003.4.17. 쟁점고목을 포함한 쟁점주택을 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하였으며 계약서도 사실 그대로 작성하였으나, 계약금 OOO원을 받은 양도자(대리인 조OOO)의 요구로 당시의 일반적 관행에 따라서 실지매매계약서상에 약정된 매매조건은 동일하게 하고 단지 대금을 OOO원에서 OOO원으로 축소한 계약서를 작성한 것이며, 동 매매계약서 제4조에 “매매목적물에 포함된 종물은 나무일체와 장식물(골동품을 제외한 물품)”이라 기재한 사실로 보아 매매목적물에는 골동품을 제외한 쟁점고목 및 장식물 전체가 포괄적으로 포함되었음을 알 수 있고, 만약 쟁점고목과 장식물의 소유자가 다른 사람(이OOO)이라면 OOO와 청구인이 체결한 쟁점주택 매매계약서상에 쟁점고목을 매매목적물에 포함된 종물로 명기할 수 없는 점에서 다운계약서지만 매매대금만을 축소한 것일 뿐 대상물의 합의사항에 대하여는 사실 그대로 이며 쟁점고목 등의 부속물 일체가 포괄적으로 포함된 쟁점주택의 취득가액은OOO원인 것이고, 수표내역 및 약속어음 공정증서에 청구인이 OOO원을 쟁점주택 취득가액으로 지급한 사실이 명백함에도 조OOO과 처분청은 OOO원이 OOO에게 OOO원을, 나머지 OOO원을 이OOO의 예금계좌로 각각 구분하여 입금한 사실을 근거로 쟁점주택및 쟁점고목을 별도로 거래한 것이라는 의견이나, 쟁점주택 거래당시 청구인이 쟁점고목의 취득대가로 OOO원을 지불하였다는 것은 사실을 완전히 왜곡한 것으로 이는 OOO측에서 대금을 임의로 배분한 내부적인 문제일 뿐 청구인과는 관련 없는 것이며, 쟁점고목을 별도로 평가하여서 이OOO과 별개의 매매계약을 체결하거나 고목의 거래대금을 이OOO에게 직접 지급한 사실은 없다는 등의 내용을 진술하였다.

(5) 청구인이 쟁점주택의 취득대금을 지급한 내역을 보면, 아래의〈표〉와 같이 2003.4.17. 계약금으로 OOO원을, 2003.4.29. 잔금 OOO원을 수표로 지급하였고, 처분청의 조사서에는 2006.11.28. 맹OOO(청구인의 배우자 김OOO이 운영하고 있는 OOO 주식회사의 부장으로 쟁점주택 매입당시 조력자)이 조사공무원에게 확인한 내용에 의하면 김OOO의 지시로 2003.4.29. 12시경 서울특별시 OOO 소재 등기소에서 OOO의 대리인 조OOO일행을 만나서 수표금액의 분할을 위하여 인근 OOO은행 서소문지점으로 이동하여 OOO권 수표 1매를 OOO권 1매와 OOO권 1매로 분할하여 발행받아 조OOO과 동행한 직원에게 잔금 OOO원을 지불하고, 당초 계약서는 그 자리에서 파기한 사실, 2011.5.20.자 확인서에 의하면 OOO원에는 쟁점고목 일체가 포함된 점, 쟁점고목을 OOO원으로 하여 별도로 평가하였다는 말은 전혀 들은 적 없음을 확인한 내용 등이 나타난다.

OOO

(6) 쟁점주택을 중개한 김OOO 이사)는 2006.11.27. 조사청 공무원에게 “2003년 4월 쟁점주택의 매도자 OOO(OOO대학교 이사장으로 기억하고, 참여 당사자는 대리인 조OOO 등이 한 것으로 기억)로부터 매수자인 청구인이 매매대금 OOO원에 매수한 것 ”으로 확인한 사실이 있으며, 2011.7.1. 및 2012.5.15. 확인서, 2012.4.26. 조세심판관 회의당시 진술한 내용에 의하면, 중개물건인 쟁점주택은 OOO, 쟁점고목은 이OOO이 각각 소유한 것이 아니라 쟁점고목은 쟁점주택의 종물로 별도의 가액 산정 없이 매매한 것이고, 만약에 별도의 소유라면 중개인으로서 당연히 각각 매매계약을 체결하였을 것이나 그러한 사실이 없으며, 매도자인 OOO의 대리인인 조OOO과 매수자인 청구인의 대리인 김OOO 간의 매매거래로 본인이 중개한 물건은 쟁점주택으로 매매대금은OOO원이며, 2003.4.17. 당사자 간에 일괄매매대금 OOO원에 계약을 체결하고, 매수인 대리인은 계약금 OOO원을 지급하며, 매도인의 대리인 조OOO은 이를 수령한 후 대금을OOO원으로 하는 다운계약서를 재작성함과 동시에 매매대금인 OOO원에서 계약금OOO원과 계약서상 잔금OOO원을 차감한 잔액인 OOO원은 채권확보차원에서 채권.채무계약을 작성하여 공증할 것을 요구하여 2003.4.17. OOO사무소에 가서 OOO권 약속어음(지급일자 2003.4.30.)에 대한 공정증서를 작성하는 등 매수인 측 대리인 김OOO이 이에 협조하는 이면합의를 한 사실이 있는바(매매대금 OOO원의 실제매매계약서는 상호간 파기함), 쟁점주택 매매대금은 건전한 사회통념 및 상거래 관행에 따라 토지, 건물, 지상물인 나무일체와 장식물을 일괄하여 OOO원(나무만을 OOO원에 별도로 거래한 적이 없음)임을 확인하고 있다.

(7) 청구인이 이면합의의 증빙서류로 제시하는 2003.4.17. 작성하여 공증된 약속어음 공정증서 내용(청구인은 이를 이면합의의 증빙이라 주장)을 보면, 어음공정증서는 청구인 대리인 김OOO 대리인 조OOO이 작성한 것으로, 첨부된 약속어음OOO원은 2003.4.17. 청구인(서울특별시OOO)이 발행한 것이고 지급기일은 잔금지급약정일인 2003.4.30.로 되어 있으며, 내용은 “대리인 김OOO은 본직에 대하여 증서에 부착된 어음의 발행 및 기명날인을 자인하며, 위 어음 소지인에게 어음금의 지급을 지체할 때에는 즉시 강제집행을 받더라도 이의가 없음을 인낙하는 취지인 공정증서의 작성을 수취인 대리인 조OOO과 함께 촉탁하고 각각 서명날인을 하였다.”는 것이고, 조OOO이 서명.날인한 것으로 확인된다.

(8) 청구인이 쟁점주택에 대한 취득계약일(2003.4.17.) 이전에OOO은행으로부터 대출받을 목적으로 쟁점주택에 대하여 OOO 주식회사에 의뢰하여 받은 감정가액(기준일 2003.4.4., 평가서 작성일 2003.4.7.)을 보면, 쟁점주택의 감정가액은 OOO원[토지 1,150.4㎡로 OOO원(㎡당OOO원), 건물 708.3㎡로OOO원(㎡당OOO원)]이고, 건물에 대한 감정평가방법에는 “건물은 구조, 용재, 시공의 정도 및 관리.이용 상태 등을 참작하여 복성식의 평가방법으로 하되, 지상에 식재된 조경수, 조경석, 내부인테리어 설비(수입 나무, 대리석 등)는 단가에 포함하였다.”고 기재되어 있으며, 청구인은 양도소득세 문제가 발생하자 기준일자를 2011.4.25.로 하여 OOO사무소에 쟁점고목을 의뢰하여 OOO원(주목 1주OOO원, 향나무 1주 OOO원, 향나무 1주 OOO원, 백송 1주OOO원)으로 감정한 사실과 기준일을 2011.4.25.로OOO사무소에 의뢰한 결과 OOO원(주목 1주 OOO원, 향나무 OOO원, 향나무 OOO원, 백송 OOO원)으로 감정한 사실이 확인된다.

(9)

「소득세법」제97조

(양도소득의 필요경비계산) 제1항 제1호에서 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하되 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제100조 제2항에 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라서 안분계산(안분계산)하며, 같은 법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) 제6항에 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는

「부가가치세법 시행령」제48조의2

제4항 단서에 의하여 안분 계산하도록 규정하고 있고,

「부가가치세법 시행령」제48조의2

제4항 단서에 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우에 공급가액은 실지거래가액에 의하되 실지거래가액 가운데 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 토지와 건물 등에 대한

「소득세법」제99조

에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분하여 계산하되, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산하도록 규정하고 있는바, 토지 등을 일괄하여 양도한 결과 필지별 양도가액이 불분명한 경우에 기준시가에 의하여 그 양도가액을 구분하나 감정평가가액이 있는 경우 그 가액을 우선하여 적용하도록 하는 특례규정을 두고 있음을 알 수가 있으며(대법원 1997.2.13. 선고 96누19550 판결, 국심 2004중2100, 2004.11.29. 같은 뜻임), 또한 같은 법 시행령 제48조의2 제4항 단서 및 제1호에 규정된 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액)의 범위를 보면, 2006.2.9. 전에 공급(양도)한 것에 대하여는 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분하여 계산하도록 규정하고 있을 뿐 적용할 감정가액의 범위(소급감정가액의 포함 여부)에 대하여 제한하는 규정이 없어 소급감정가액이라도 적법성과 적정성이 있다면 실지거래가액과 시가의 안분기준으로 적용할 수 있다 하겠고(국심 2004중2100, 2004.11.29, 감심 2004-31, 2004.4.14, 대법원 1998.7. 10. 선고 98두7206 판결 같은 뜻임), 청구인이 제시한 감정평가서상 감정평가법인은 OOO 주식회사 등으로서 같은 법 시행령 제48조의2에서 규정하는「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률」(부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률로 개정되기 이전의 것)에 의한 감정평가법인인 것으로 확인된다.

(10) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴보건대, 청구인과 OOO간 작성된 다운계약서상에 쟁점부동산 매매대금인 OOO원에 쟁점고목이 포함된 것으로 기재되어 있고, 실제 청구인이 지급한 대금이 OOO원인 것에 대하여 다툼이 없으며, 실제 쟁점고목의 가치가OOO원 상당인지는 의문이 있고, 처분청의 조사내용을 보면 쟁점고목을 별도로 OOO원에 하여서 매매계약을 체결한 것으로 인정할 만한 증빙이 없어서 청구인이 이OOO으로부터 쟁점고목을 OOO원에 취득한 것인지 여부가 명백하지 아니한 점, 대금도 총 OOO원네서 계약금 OOO원을 제외한 OOO원 중 계약서상 잔금OOO원을 제외한 나머지OOO원에 대하여 양도자의 제의에 따라 채권.채무방식으로OOO권 어음(잔금지급일을 지급일자로 지정)을 공증한 사실이 나타나는 점, 통상적으로 주택을 거래할 때 정원에 식재되어 있는 나무의 가치를 별도로 평가하여 계약하는 사례는 흔하지 아니하며, 굳이 쟁점고목을 별개 자산으로 보아 취득하였다 하더라도 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 OOO은행으로부터 대출받을 목적으로 감정평가법인이 감정한 가액이OOO원이며, 이 중 쟁점고목이 포함된 건물가액을 OOO원으로 감정한 사실과 청구인이 의뢰하여 쟁점고목에 대하여 2개 감정기관이 감정한 가액의 평균이OOO원인 점으로 보아 2003.4.17. 쟁점고목을 포함한 쟁점주택을OOO원에 일괄하여 취득하는 매매계약을 체결하였으나, 양도자(대리인 조OOO)측의 요구로 당시의 관행에 따라 다른 매매조건은 동일하고 하고 매매대금만 OOO원에서 OOO원으로 축소하는 계약서를 작성하였고, 당초 쟁점주택의 거래가액이OOO원인 실지매매계약서가 존재하였다가 2003.4.29. 등기소 부근에서 잔금 OOO원을 지급하면서 등기에 필요한 서류를 건네받고 거래당사자 대리인의 입회하에 그 자리에서 실지계약서를 파기하였다는 청구인의 진술이 신빙성이 있다고 보이는 점에서 OOO원 중 이OOO에게 OOO원이 입금된 사실만을 근거로 쟁점고목의 거래가액을 OOO원으로 단정하기는 어려우므로 쟁점주택 및 쟁점고목의 취득가액은 불분명한 것으로 보이고, 청구인이 제시한 감정평가가액이 비록 소급한 것이나 이에 따라 쟁점주택과 쟁점고목의 실지거래가액을 산정하는 것이 타당하다 하겠다.

「소득세법」제10조

제2항, 같은 법 시행령 제166조 제6항 및

「부가가치세법 시행령」제48조의2

제4항 단서에 의하여 쟁점주택의 일괄취득가액 OOO원을 토지의 감정가액(OOO원 85.55 %)과 건물(쟁점고목 포함)의 감정가액(OOO원 14.45%)을 기준으로 토지(OOO원)와 건물(OOO원)로 안분하여 계산한 후, 건물의 안분가액(OOO원)을 쟁점고목 OOO원(8.29%)및 건물(OOO원으로 91.71%이며, 동 금액은 건물의 감정가액 OOO원에서 쟁점고목의 감정가액 OOO원을 차감한 것)로 안분하여 쟁점고목을 OOO원으로, 건물을OOO원으로 계산하고 토지와 건물의 가액을 합계한 금액을 쟁점주택의 취득가액으로 산정하는 것이 합리적이라고 인정됨에도 처분청이 쟁점주택의 취득가액을 OOO원으로 보고 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.