조심 2014중1069 (2015.12.16)

OOO세무서장이 2013.11.1. 청구법인에게 한 법인세 OOO원의 각 부과.환급처분은 청구법인이 2006년 4월 OOO와 체결한 OOO지구택지개발사업 관련 제2차 변경사업협약서 제8조에 따라 OOO사업의 총회수금액에서 총투자금액을 뺀 추정개발이익(재투자금액)이 분양매출에 대응되는 손금에 해당되는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 각 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO가 100% 출자하여 택지개발 등을 위한 토지취득.개발.공급과 주택의 건설.판매 등을 사업목적으로 하는 공기업으로, 2005년부터 2017년까지 OOO지구택지개발사업(이하 “OOO사업”이라 한다)을 OOO와 공동으로 수행하고 있다.

나. 청구법인은 2006년 4월 위의 지방자치단체들과 OOO사업시행으로 발생하는 개발이익을 사업지구 내에 사용하는 것을 원칙으로 한다고 약정한 OOO사업 관련 제2차 변경사업협약서(이하 “쟁점협약서”라 한다)에 따라 OOO사업의 총회수금액에서 총투자금액을 뺀 개발이익을 추정한 후 그 개발이익과 같은 금액(이하 “재투자금액”이라 한다)을 OOO지구 내의 공공시설 설치 등으로 재투자하기로 하였고, 아래 ＜표1＞과 같이 산출된 재투자금액을 청구법인의 매출원가 및 장기미지급 비용으로 하여 재무제표에 계상하고 그 중 미집행금액을 손금에 불산입하되, OOO사업 진행에 따라 먼저 준공되는 일부 택지들의 사용승낙일이 속하는 사업연도에 분양매출을 인식하며 대응하는 원가를 추정하여 그 중 그 때까지 미집행한 재투자금액을 대응시켜 같은 사업연도에 손금으로 산입하였다.

OOO

다. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인이 산정한 개발이익금 중 2012사업연도에 지방자치단체의 재정소요사업비로 합의된 OOO원을 제외한 나머지 개발이익금은 수익에 대응할 수 없는 미확정 부채로 보아 분양률 등에 따라 매출원가로 반영한 금액을 손금에 불산입하도록 아래 ＜표2＞와 같이 처분청에 과세자료를 통보하였고,

처분청은 이에 따라 2013.11.14. 청구법인에게 법인세 OOO원을 각 경정.고지(환급)하였다.

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO사업을 시행하여 얻을 것으로 예상되는 개발이익을 해당 지구 부동산개발사업에 재투자한다고 다른 공동시행자들과 합의하였으며, 이에 따른 재투자의무를 이행하기 위하여 OOO사업 개발이익을 추정한 뒤에, 재투자금액을 OOO지구 내에서 먼저 준공되어 청구법인이 분양매출을 인식하는 토지의 조성원가에 포함시킨 것으로 그 금액은「법인세법」상 손금에 해당하고 분양매출을 인식할 때 수익·비용 대응원칙에 따라 손금으로 산입하여야 한다.

(가) 재투자의무는 쟁점협약서에 의하여 지출의무가 이미 확정된 것으로, OOO지구와 관련하여 공동시행자들 간에 처음부터 성립한 전제일 뿐만 아니라 구속력을 갖는 것이라 관련 비용의 지출의무는 객관적으로 확정되었다. 재투자금액은 (i) 개발이익이 발생하는 것을 전제로 특정 부동산의 개발이익을 공공의 이익을 위하여 회수하는 개발부담금 및 (ii) 개발사업 관련 인허가권한을 가지는 지방자치단체장의 요구 또는 협의에 따라 사업시행자가 개발사업 관련 공공시설 등을 신축하는 기부채납과 유사한데, 이들 비용은 모두 공사원가에 해당하여 손금산입이 가능한바, 재투자금액을 달리 취급할 이유가 없다.

청구법인은 외부감사법인과의 협의, 공동시행자들과의 합의 및 외부회계법인의 용역 등을 거쳐 OOO지구 사업비용을 지속적으로 관리하여 재투자금액을 합리적으로 추정

하였다. 하나의 분양택지개발사업에 있어 (i) 예상이익이 충분하게 성숙·확정되었다고 보아 이를 사용수익시점에 익금으로 산입한다면, (ii) 같은 약정에 따라 지출하기로 예정된 재투자금액은 손금으로 인식되어야 한다.

(나) 법원은 수익·비용대응의 원칙에 따라 자산의 양도로 인한 익금이 조기에 확정되는 경우, 지출이 예상되는 비용을 미리 당해 사업연도 손금에 산입할 수 있음을 인정하고 있다. 대법원은 사용승낙이나 인도 등의 원인으로 인하여 자산의 양도에 의한 익금이 조기에 확정되는 경우 관련 비용도 함께 확정된다고 보아, 지출이 예상되는 비용은 수익과의 대응성이 인정되는 한 미리 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있다고 판시(2004.10.28. 선고 2003두10831 판결 참조)하였고, 특히나 이 건과 유사한 토지분양 개발약정 및 조례에 근거하여 토지개발사업에서 발생하는 이익의 40%를 지방자치단체에 배분하기로 한 건에 대하여 법원은 “최종지급금액이 구체적으로 정하여지지 아니하더라도, 개발이익의 규모를 산정할 수 있는 이상, 지급의무 역시 확정된 것”으로 보아, 개발이익금의 익금산입시점에 배분금액 또한 손금으로 인식하여야 한다고 판시(OOO법원 2007.2.15. 선고 2006구합405 판결)하였다.

처분청은 이 건 처분 당시 재투자금액 세부항목 중 각 공동사업자 간의 협의에 따라 구체적으로 사용항목이 확정된 지방자치단체 재정소요사업 지원사업비 예정금액 OOO원을 매출원가로 보아 2012사업연도 손금에 산입하였는바, 이는 재투자예상금액이 수익 ·비용대응원칙에 의하여 손금에 산입하는 항목이라는 점을 처분청도 인정한 것이므로, 동일한 전제에서 재투자금액은 각 사업연도 손금으로 하여야 한다.

(다) 규모가 변동할 수 있다거나 실제 사용 여부가 불확실하여 개발이익만 익금에 산입하고, 재투자금액은 손금에 산입할 수 없다는 처분청 의견은 논리적으로 모순되며, 오히려 그에 따르면 가공이익에 대하여 과세하게 된다.

쟁점협약서상의 재투자의무는 이익이 생기는 것을 전제로 모두 OOO지구에 재투자하기로 하여 발생하는 것인바, 재투자가 되지 아니하였다는 것은 결국 실제 개발이익이 전혀 없다는 의미이므로 처분청 의견과 같이 익금에 비하여 손금이 과다하여 법인세를 탈루하는 결과는 전혀 발생할 여지가 없다. 즉, 개발이익을 전액 재투자하기로 하는 법률상 구속력 있는 약정이 존재하는 이상, 수익·비용대응원칙상 청구법인에게는 OOO사업에서 이익이 발생하지 아니하므로 재투자금액을 손금으로 인정하지 아니할 경우 처분청의 의견과 달리 청구법인에게 발생하지도 아니한 가공이익이 과세되고, 이는 실질과세원칙 및 수익·비용대응원칙에 반한다.

나아가 심리일 현재까지 실제 지출된 사실이 확인되거나 사실상 확정된 재투자금액(2014년 1월 OOO원)을 각 사업연도 손금에 산입하지 아니할 경우 손익의 왜곡을 가져오게 되므로 적어도 해당 과세처분은 취소되어야 한다.

(2) 정당한 사유가 존재하므로 가산세는 취소되어야 한다.

(가)

「국세기본법」제48조

제1항에 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우, 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다 라고 규정되어 있다.

(나) 대법원은 지출이 확정되지 아니한 비용 역시 수익·비용대응원칙에 의하여 익금과 함께 손금에 산입됨을 밝히고 있으며, 청구법인은 그 법리에 따라 관련 수익을 익금에 산입하는 때에 향후 지출할 것으로 예상되는 비용을 손금에 산입하였는바, 청구법인의 예측이 부정확한 것으로 확인되었거나 과세처분 때까지 지출되지 아니하였다고 하여 당초의 신고가 잘못된 것으로 보아 청구법인에게 책임을 물을 수는 없다.

(다) 청구법인 예측이 정확한지, 부정확한지는 OOO사업이 마무리되는 때에 예상금액이 모두 지출되었는지, 실제 OOO사업에서 이익이 있었는지가 밝혀져야 알 수 있는데, 사업이 완료되지 아니한 현재 단순히 과세처분 때까지 관련 비용이 지출되지 아니하였다는 이유로 모두 각 사업연도의 손금에서 부인하면서 가산세까지 부과하는 것은 지나치게 가혹하다.

(라) 특히 심리일 현재까지 지출되었거나 사실상 확정된 비용은 청구법인 예측이 잘못되지 아니한 점이 확인된 것인바, 가산세를 과세하는 것은 처음부터 존재하지도 아니한 의무를 이행하지 아니하였다 하여 책임을 청구법인에게 부담시키는 것과 같으므로 불합리하다.

나. 처분청 의견

(1) 개발이익의 사용예상금액을 토지조성원가로 보는 경우 그 원가는 합리적인 방법으로 계산되어야 하고 해당 금액은 실제 발생할 원가와 크게 차이가 나지 아니하여야 한다(국심 1997서768, 1998.10.8. 참조). 청구법인이 추정한 개발이익금의 예상금액은 합리적으로 추정된 것이 아니므로 손금에 불산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

(가) 개발이익의 사용예상액에 대한 추정의 비합리성

청구법인은 2008년부터 2012년까지 처음 2년 동안은 사용수익이 가능한 토지의 매출이익 중 80%를 개발이익으로 추정하고, 다음 2년 간은 전체개발이익을 OOO원으로 보며, 2012사업연도에는 외부용역보고서에 따른 8가지 금액 중에 하나인 OOO원으로 하는 등 추정방법과 추정금액을 5년 간 3번에 걸쳐 변경한 점, 토지매출이익의 80%와 OOO원의 산정에 대한 세부내역이 없으며 8가지 금액 중 하나를 선택한 것에 대한 내부승인절차와 사업시행자 간의 합의가 없었던 점, 전체개발이익을 OOO원으로 하여 면적비율로 안분계산하면 2008사업연도에 OOO원 정도를 과다하게 손금에 산입한 점, 외부용역보고서도 변수가 많아 개발이익의 추정이 어려워 OOO원부터 OOO원까지로 제시한 점, 소송결과에 따라 최대 OOO원 정도까지 감소할 수 있고 예비비 변동가능성으로 최대 OOO원이 변동되는 점, 청구법인의 100% 주주인 OOO는 2012년 외부용역의 결과에 따라 개발이익금을 OOO원으로 보고 OOO는 최소 OOO원이라 하는 등 공동시행자들 간에도 이견이 있는 만큼, 2008년부터 2012년까지의 개발이익을 합리적.객관적으로 추정할 수는 없다 하겠다.

(나) 판례에 의하여 수익.비용 대응원칙에 따라 자산의 양도로 인한 익금이 조기에 확정되는 경우, 지출이 예상되는 비용을 미리 당해 연도 손금에 산입할 수 있다. 그러나 해당 금액을 합리적.객관적으로 추정하여야 한다.

청구법인은 OOO법원 판결(2007.2.15. 선고 2006구합405)을 근거로 수익.비용대응원칙에 의하여 개발이익의 인식시점에 지급의무를 장래 배분할 손금으로 인식하여야 한다 고 주장하나, 위 사안에서 법원이 개발이익 배분금액(40%)을 1998.12.31. 전에 확정된 것으로 본 이유은 그 때까지 토지분양이 거의 완료되어 비율이 95.65%에 달하고 1998년 12월에 추정한 개발이익이 1999년 9월에 협약한 금액과 일치하기 때문이므로 2012사업연도까지는 실질적인 분양비율이 63%에 불과하고 사업시행자 간에 추정이익에 대해 상당한 이견이 있는 OOO사업과는 사안이 다르다.

(다) 청구법인은 개발이익을 전액 재투자하기로 한 법률상의 구속력 있는 약정이 존재하므로 OOO사업에서는 이익이 발생할 수 없다고 주장하나, 2010년 11월의 공동사업자 회의

에서 청구법인에게 최소한도의 적정이익을 보장하기 위하여 보상비의 1%, 공사비의 4.5%, 분양금액의 3.5%를 지급받기로 합의하였으며, OOO이 추정한 집행수수료는 OOO원이므로 OOO사업을 수행하는 2005년부터 2017년까지 이익이 발생하지 아니한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다. 개발이익금을 과다하게 추정하여 미래에 지출되지도 아니할 가공비용을 손금에 산입하면 소득이 감소하여 실제의 소득에 과세할 수 없으므로 오히려 실질과세원칙에 위배되며, 수익에 대응되지도 아니하는 가공비용을 손금에 산입하는 것은 수익 .비용대응의 원칙에도 어긋난다.

(라) 법인세는 법인의 존속기간을 구획하여 사업연도별로 과세하는 원칙을 채택하고 있는바, 개발이익금을 과다하게 추정하여 손금에 산입하더라도 정산시점에는 그 금액이 사용되지 아니하고 남아 익금에 산입되므로 사업연도별 소득에는 차이가 있으나 개발사업기간 전체의 소득은 동일하게 된다.

그러나 미래에 지출하지도 아니할 금액을 손금산입하면 사업기간의 초기에는 소득이 감소하다 끝에는 증가하여 법인세 과세이연효과가 발생하는데, 이는 세법상 충당금 및 준비금을 과다하게 손금에 산입하면 미래에는 익금에 산입되게 되어 법인세 탈루가 없다는 주장과 같은바, 개발이익금을 과다하게 추정하여 손금에 산입하면 사업연도 손익이 왜곡되어 과세원칙에 위배되는 과세이연효과가 발생하므로 재투자금액에는 법인세의 탈루가 없다는 청구법인 주장은 타당성이 없다.

청구법인은 심리일 현재 이미 지출되었거나 그리할 것으로 확정된 재투자금액은 각 사업연도 손금으로 인정되어야 손익의 왜곡을 막을 수가 있다고 주장하나, 이미 인식한 과거 사업연도 손익을 모두 수정하여야 한다면 사업기간이 2005년부터 2017년까지인 OOO사업의 경우 사업이 모두 종료된 후 심리하여 앞의 손익을 모두 수정하여야 하는 불합리한 결과가 발생되고, 결국 사업이 모두 종료되기 전까지 손익을 인식할 수 없게 된다. 매출을 인식할 때 발생하였거나 그러하리라는 합리적.객관적 추정이 가능한 원가는 인식하고 그렇지 아니한 원가는 합리적인 추정이 가능한 사업연도 비용으로 인식하는 것이 기업회계기준의 손익인식방법이므로 심리일을 기준으로 앞에서 인식한 모든 손익을 수정하여야 한다는 주장은 기업회계기준의 수익.비용대응원칙에 부합하지 아니한다.

(마) 또한, 청구법인이 주장하는 2014년 1월까지 지출된 사실이 확인되거나 또는 사실상 확정된 재투자금액OOO원)은 2012년 6월에 청구법인과 지방자치단체장이 협의한 OOO원 중 일부의 공사를 선수행하여 집행된 금액으로 처분청의 경정 당시에 손금으로 인정한 OOO원의 개발이익금의 범위 내에 포함된 금액이므로 추가적인 손금산입대상이 아니다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 의무를 위반한 경우 부과하는 행정상의 제재로, 납세의무자에게 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 부과하여야 한다(대법원 1998.7.24. 선고 96누18076 판결). 매출을 인식하는 사업연도에 수익.비용대응의 원칙에 따라 예상원가를 합리적.객관적으로 추정한 경우에 그 후에 실제 지출금액과 차이가 있더라도 의무해태에 정당한 사유가 있으므로 가산세의 부과대상이 아니나, 청구법인은 그와 같이 추정하지 아니하고 자의적으로 산정한 금액을 손금에 산입한 만큼, 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어 가산세를 취소하여야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 사실관계 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 추정한 개발이익금 중 일부만을「법인세법」상 손금으로 인정한 처분의 당부

② 이 건 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

(2) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

(3) 국세기본법

제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO사업의 개요는 아래와 같다.

OOO

(2) OOO지구 분양현황은 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO

(3) 청구법인의 손익인식은 기업회계기준의 작업진행률에 따르는 수익.원가 인식과 세법상 소득금액 조정에 따른 사용수익 분양택지에 대한 수익.원가인식으로 구분된다.

OOO

(나) 사용수익 분양택지와 관련한 수익.원가(소득금액의 조정)는 사용수익일·잔금청산일에 수익·비용(원가)을 일시에 인식하여야 하므로 작업진행률에 따라 인식하지 못한 수익과 원가를 소득금액의 조정(유보)을 통하여 추가 매출(익금산입, 계약된 총 공급가액 - 진행률로 인식한 누적매출액), 추가 원가〔손금산입, 계약 면적 × (총 단위당 추정원가 - 작업진행률 계산의 단위원가)〕항목으로 각 사업연도 소득금액에 산입한 것으로 총 단위당 추정원가(총 추정원가 합계 / 총 유상면적)는 아래 ＜표6＞과 같다.

OOO

(다) 청구법인이 신고 당시에 반영한 총 공사예정원가(총사업비) 및 개발이익금 추정금액은 아래 ＜표7＞과 같고, 당해 추정금액은 2008～2009사업연도는 사용수익 분양택지의 (총매출 - 총 원가) × 80%로, 2010～2011사업연도는 공동시행자 회의(2010.11.4.) 결과로, 2012사업연도는 2012년 6월 회계법인 용역보고서상의 개발이익금 추정금액 중에 선택(1안 : OOO원)한 것으로 나타난다.

OOO

(라) 청구법인의 각 사업연도 사용수익 분양택지에 대한 소득금액 조정내역은 아래 ＜표8＞과 같다.

OOO

(4) OOO사업의 공동시행자 협약서를 보면, 공동시행자들은 2003년 12월 이의신도시 개발사업 공동시행협약을 약정하고 2006년 4월 OOO신도시 개발사업 공동시행협약(쟁점협약서)을 체결하여 청구법인이 수탁시행자 지위에서 사업을 추진함에 어려움(자금 확보 등)이 있어 공동시행자로 지위가 승격되었으며, 쟁점협약서 제8조(개발이익금 사용)에는 사업지구 개발사업의 시행으로 발생한 개발이익은 당해 지구 내에서 사용하는 것을 원칙으로 하되, 필요시에 시지역의 공공사업 등에 협의하여 사용할 수 있으며, “갑”(OOO)은 사업면적 등을 감안하여 합리적으로 협의 조정할 수 있다고 되어 있다.

2007년 11월 OOO도의회(기획위원회)는 협약서 내용이 불공정하므로 청구법인에게 적정 이익을 보장하여야 한다는 취지의 발언이 있어 이후 대행사업 수수료에 상응하는 적정수익을 보장하는 것으로 개정이 추진되어 2010년 4월에 집행 수수료(적정이익) 산정을 위한 용역이 수행되고, 2010년 9월 공동시행자 실.국장실무회의에서 집행수수료율에 대한 잠정 합의(보상비 1%, 공사비 4.5%, 분양금액 3.5%)가 되었으며, 2010년 11월 부지사가 주재한 공동사업시행자회의에서 집행수수료율에 대한 최종합의(실제로는 공동시행자 간에 이견이 있어 현재도 협의 중)가 아래와 같이 되었다.

OOO

(가) 2010년 11월 OOO 부지사가 주재하는 공동시행자회의에서 언급된 지방자치단체에의 지원금액(지원사업비용)은 OOO 정도이며 실무자협의에서 도출되는 지원사업(추정금액OOO원)에 대하여 2012년 6월 개발이익금 중간정산과 지원대상 토지면적의 정산 등을 통하여 OOO원으로 도출한바, ⓛ 용지의 무상공급 OOO원(OOO지구 내의 주차장 부지, 주민센터 부지 등을 무상공급, 총 계약서 작성금액 OOO원 / 2012년말 기준 작성금액 OOO원)과 ② 기반시설공사비 예상금액 OOO원(OOO지구 연결도로 등 공사비 추정금액으로 현재 집행완료금액 OOO원)으로 구성되어 있다.

(나) 2012년 6월 개발이익금 중간정산에 따른 용역보고서를 보면, 청구법인은 2008～2011사업연도에는 개발이익금을 임의 추정하여 공사원가 계산 당시 반영하였고, 2012사업연도에는 아래 ＜표9＞와 같이 용역보고서상 제1안(OOO원)을 반영한 것으로 나타난다.

OOO

(다) 조사청의 조사 당시 문답서(OOO관리팀장 김OOO)를 보면OOO원을 선택한 과정을 확인한 바, 청구법인의 내부회의나 관리자의 결재를 득한 사실이 없으며 현재 미확정인 금액이므로 단순히 그동안 예측한 OOO원에 가장 근접하며 도출과정이 유사하여 적용하였다고 진술하였고, 개발이익금을 정확히 확정하는 것은 현재 단계에서 불가능하며 2018년에나 가능할 것으로 예상된다고 진술한 것으로 나타난다. 2개 용역보고서에도 개발이익금 추정금액에 대하여 여러 가지 변수가 잔존하여 확정된 금액이 아님을 명시하였고, OOO회계법인의 경우 2015년 이후에야 정확한 산출이 가능하다고 기재하였고, OOO 세무회계사무소의 용역보고서상에도 추정금액의 변동가능성을 동일하게 기재하였으며, 용역기준일 현재(2012년 6월) 공동사업자 간 일부 합의내용(집행수수료 지급대상)의 문구상 해석에서 이견이 존재하며, 추후 공동사업자 간의 합의결과에 따라 용역의 결과가 달라질 수 있다고 기재하여 청구법인에게 귀속될 집행수수료 또한 미확정상태인 것으로 나타난다.

(라) 지방자치단체 지원사업비와 관련하여 개최한 실무자 협의의 주요내용은 아래와 같다.

OOO

(마) 지방자치단체의 지원사업비에 대한 공동시행자 간의 입장 차이를 보면, OOO와 청구법인은 개발이익금 및 집행수수료율이 현재는 미확정된 상태이며, 미분양 등으로 인하여 자금여력이 없고 개발이익금이 불분명하므로 과다한 금액의 선집행은 불가능하다는 주장이고, 수원시, 용인시는 예상되는 개발이익금을 선집행하여야 한다고 주장하고 있다.

(5) 이상의 관련 법령과 사실관계를 종합하여 쟁점ⓛ.②에 대하여 살피건대, 청구법인이 추정한 개발이익금 사용예상금액(재투자금액)을 토지조성원가로 보는 경우 그 원가는 합리적인 방법으로 계산하여야 하고 실제 발생할 원가와 크게 차이가 없어야만 할 것인바, OOO사업의 2012년 현재 분양률이 67% 정도이고 사업에 영향을 줄 수 있는 일부의 변수가 잔존하는 점, 공동시행자들 사이에서도 집행수수료.개발이익금 산출기준에 대하여 의견이 일치하지 아니하여 개발이익금이 변동될 가능성이 있는 점, 재투자금액을 산정할 때에 2008.2009사업연도는 사용수익 분양택지에 대한 총매출에서 총비용을 뺀 금액의 80% 상당액으로, 2010.2011사업연도는 공동사업자 간의 회의 결과에 따라 추정한 금액으로 각각 산정하였는바, 이와 같이 산정한 데에 법적인 근거나 일관성이 없어 보이는 점, 회계법인이 중간정산(2012년 6월)한 것도 변동의 범위가 과다한 점 등에 비추어 개발이익금이 실현될 가능성이 있으며 또한 손금에 산입할 만큼 충분히 성숙.확정되었다고 보기 어렵다 하겠으나, 청구법인이 OOO사업을 시행하여 얻을 것으로 예상되는 개발이익을 OOO지구에 재투자하기로 공동시행자들과 합의한 바 있으므로 그에 따르는 재투자의무를 이행하기 위하여 개발이익을 추정한 뒤, OOO지구 내에서 먼저 준공되어 청구법인이 분양매출을 인식하는 토지조성원가에 포함시킨 재투자금액은 수익·비용대응원칙에 따라 손금에 산입하는 것이 타당한 면이 있고, 처분청 또한 2012년에 공동시행자회의에서 언급한 지방자치단체 재정소요사업비 OOO원을 손금으로 인정하였다.

따라서, 처분청이 제2차 변경사업협약서 제8조에 의하여 산정한 OOO사업 총회수금액에서 총투자금액을 뺀 추정개발이익(재투자금액)이 분양매출에 대응되는 손금인지를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 법인세의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.