조심 2021부2421 (2021.12.15)

OOO서장이 2020.12.7. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일을 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 소재 일원의 주택재개발정비사업에 대하여 2006.7.10. 사업시행인가를, 2008.2.4. 관리처분계획인가를 받아 2015년 11월에 준공하였고, 조합원으로부터 현물출자 받은 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 사업시행인가일을 기준으로 감정평가받은 OOO원(이하 “종전 감정가액”이라 한다)을 취득가액으로 하여 2015사업연도 법인세를 신고하였다. 나. 이후 청구법인은 2019.10.18. 쟁점부동산의 가액을 관리처분계획인가일을 기준으로 감정평가한 OOO원(이하 “쟁점 감정가액”이라 한다)으로 OOO원을 증액하여 이 중 수익사업에 해당하는 OOO원을 분양원가에 산입하여, 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 다. 처분청은 쟁점부동산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 보기 어렵고, 청구법인이 주장하는 관리처분계획인가일로 취득시기로 보더라도 쟁점 감정가액은 합리성·객관성이 결여된 소급감정가액으로 시가로 인정할 수 없다 하여, 2020.12.7. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 경정청구 거부통지를 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) (조합원이 현물출자한 쟁점부동산의 취득시기) 「법인세법」제40조 제2항 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따르면 상품 등외의 자산의 양도의 경우 그 대금을 청산한 날, 소유권 등의 이전등기(등록을 포함)일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 자산의 취득시기로 하고 있다. (가) 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제49조 제6항에 따르면 관리처분계획인가일부터 종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 소유권 이전고시가 있은 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없다. 따라서 도시정비법에 따라 설립된 정비사업조합은 종전의 토지 또는 건축물의 소유자(조합원)의 토지 등을 현물출자 받아서 관리처분계획인가일부터 소유권 이전고시일까지 사용ㆍ수익하게 된다. (나) 따라서 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에 따른 자산의 취득시기를 이 건에 적용하면 대금청산일 및 사용수익일은 관리처분계획인가일이 되고, 소유권이전등기일은 청구법인이 소유권 이전등기를 한 2014년이 되므로 조합원이 현물출자한 자산의 취득시기는 관리처분계획인가일과 소유권이전등기일 중 빠른 날인 관리처분계획인가일이 되는 것이다(조심 2015부4909, 2018.3.14., 같은 뜻임). (2) (쟁점부동산의 취득가액 관련) 「법인세법」제41조 제1항 제3호와 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목에 따르면 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 해당 자산의 시가를 취득가액으로 하며, 「법인세법」제52조 제2항과 같은 법 시행령 제89조 제2항에 따르면 시가가 불분명할 경우 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 적용함을 알 수 있다. 따라서 「법인세법 시행령」제72조 제2항 제3호 나목과 같은 법 시행령 제89조 제2항에 따른 자산의 취득가액을 이 건에 적용하면, 조합원이 현물출자한 자산의 취득가액(시가)은 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액으로 한다는 것을 알 수 있다(조심 2015부4909, 2018.3.14.). (가) 청구법인이 조합원이 현물출자한 자산을 취득한 시기는 관리처분계획인가일이고, 그 가액(시가)은 감정평가액임을 알 수 있다. 따라서 그 가액은 관리처분계획인가일의 감정평가액으로 정리할 수 있다. (나) 소급감정평가를 인정할 수 있는가의 문제가 발생할 수 있으나, 이에 대하여 대법원은 “구 「상속세법 시행령」제5조 제1항에서 말하는 ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기간의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달리 볼 수는 없다 할 것이다. 그러나 위와 같이 감정가격을 시가로 볼 수 있기 위해서는 어디까지나 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 한다”고 판단하고 있다(대법원 2002.6.28. 선고 2000두6244 판결). (다) 청구법인은 기 법인세 신고시 조합원 현물출자 자산의 취득가액은 조합원들의 권리가액을 산정하기 위한 목적으로 사업시행인가일을 기준으로 평가한 종전 감정가액을 적용하였는데, 사업시행인가일은 「법인세법」상 현물출자일도 아니고, 조합원들의 권리가액을 산정하기 위한 목적으로 평가한 종전 감정가액은 「법인세법」상 취득가액도 아니다. 나. 처분청 의견 (1) (조합원이 현물출자한 쟁점부동산의 취득시기) 도시정비법상 조합이 조합원으로부터 현물출자로 취득한 종전자산의 취득시기에 대한 명문 규정은 없으나, 판례를 보면 조합원의 현물출자 양도시기를 조합원이 조합에 현물출자를 이행한 때로 보고 있고(대법원 2002.4.23. 선고 2000두5852 판결), 신축 분양 사업을 위한 실질적인 공동경영 약정이나 어느 정도 구체화된 조합관계가 성립되고 부동산관리신탁계약이 있었다면 동 계약에 의하여 현물출자하였다고 보는 것을 알 수 있다. (가) 조합은 조합원이 조합의 설립과 소유토지의 현물출자 등에 동의하면 그에 따른 권리 및 의무를 정관에 작성하며, 조합은 설립인가 신청시 도시정비법 제16조 (조합의 설립인가 등)에 따라 해당 내용이 기재되어 있는 정관을 제출하는 바, 조합이 설립인가를 받은 날을 어느 정도 구체화된 조합관계가 성립된 것으로 볼 수 있고, 이 건과 같이 부동산관리신탁이 없는 경우에는 종전자산에 대한 취득시기를 조합설립인가일로 보는 것이 타당하다. (나) 청구법인은 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호의 상품 등의 자산 양도의 귀속시기를 ‘그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다’는 규정을 근거로 관리처분계획인가일이 취득시기라고 주장하나, 동 조항에서 원칙적인 귀속시기로 명시하는 대금청산일이 현물출자에는 있을 수 없으며, 도시정비법 제101조 (국·공유지의 무상양여 등) 제1항에 따르면 해당 구역에서 국가 또는 지방자치단체가 소유하는 토지는 제50조 제7항에 따른 사업시행계획인가의 고시가 있은 날부터 종전의 용도가 폐지된 것으로 보는 바, 조합이 재개발 사업을 수행하기 위하여 조합원으로부터 취득한 종전자산도 사업시행계획인가의 고시가 있은 날부터 종전의 용도가 폐지되고 조합이 사용수익하는 시점으로 보는 것이 타당하다. (다) 기획재정부는 재개발정비사업조합이 조합원으로부터 현물출자로 취득하는 토지의 취득시기를 회신일(2020.11.24.) 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 관리처분계획인가일과 신탁등기접수일 중 빠른 날로 해석하는바, 이 건 재개발사업은 기획재정부의 회신일 이전에 관리처분계획인가를 받은 경우에 해당하므로 쟁점부동산의 취득시기는 기존 기획재정부의 해석(기획재정부 재산세제과-571, 2009.3.23.)에 따라 조합설립인가일 또는 출자한 토지의 신탁등기접수일 중 빠른 날로 보는 것이 타당하다. (2) (쟁점부동산의 취득가액 관련) 도시정비법 제48조 제5항 및 같은 법 시행령 제52조 제1항 제7호에서 조합원이 정비사업조합에 출자하는 토지와 건축물의 가액은 관리처분계획에 의하여 정하여진 가액에 의하여야 하고 이는 사업시행인가의 고시가 있는 날을 기준으로 하여 평가한 가액으로 규정하고 있다. (가) 청구법인은 조합원 분담금 산정 시에도, 쟁점부동산을 사업시행인가일 기준으로 감정평가한 가액에 비례율을 반영하여 계산한 바, 부동산 매매에 있어 양도자와 양수자의 거래가액이 동일한 것처럼 쟁점부동산의 현물출자에 있어서도 아래 그림과 같이 현물출자한 종전 자산가액과 현물출자 받은 취득가액은 일치하여야 하고, 청구법인이 당초 감정평가업자로부터 사업시행인가일을 기준으로 하여 감정평가 받아 장부에 계상한 취득가액은 도시정비법에 따라 시공사, 조합원 및 현금청산 대상자의 이해관계가 합리적으로 반영된 객관적인 시가로서 쟁점부동산의 취득가액으로 적정한 것이다. ＜그림1 재개발조합 이익과 조합원 분담금 계산식＞ OOO (나) 청구법인은 대법원 2002.6.28. 선고 2000두6244 판결에 의거하여 소급감정가액을 쟁점부동산의 시가로 볼 것으로 주장하나, 동 대법원 판결에서 소급감정가액을 시가로 볼 수 있기 위해서는 어디까지나 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 한다는 단서가 있으나, 청구법인은 법인세를 재산출하기 위하여 임의로 감정평가법인을 선정하고 수수료를 지급하여 소급감정을 실시한 경우로서 청구법인이 주장하는 쟁점 감정가액은 객관적이고 합리적으로 평가된 것으로 인정하기 어려워 종전 감정가액을 해당 자산의 시가로 인정하기가 어렵다. (다) 청구법인이 제출한 2개의 감정평가서는 그 작성일이 2018.11.27.과 2018.12.10.로서 평가기준일인 관리처분계획인가일인 2008.2.4.로부터 약 10년 9개월이 경과한 이후에 소급하여 감정평가한 것인바, 그 가액은 「상속세 및 증여세법」제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제49조 제1항에서 규정한 시가 평가기간인 평가기준일 전·후 6개월 이내의 기간에 평가한 가액에도 해당하지 않는다. 국세청 및 조세심판원은 소급감정가액을 시가로 인정할 경우 법적 안정성을 해치고 조세행정 집행상 혼란을 초래할 우려가 있어 일관되게 소급감정가액을 시가로 인정하지 아니한바, 청구법인이 주장하는 쟁점 감정가액은 「법인세법」제41조 및 같은 법 시행령 제72조에서 규정하는 해당 자산의 시가로 인정하기가 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 쟁점부동산의 취득가액은 관리처분계획인가일을 기준으로 평가한 쟁점 감정가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속 사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 부대비용을 더한 금액, 2.자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가에 부대비용을 더한 금액 3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 ② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다).인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. 제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 3. 합병.분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. (3) 도시 및 주거환경정비법 제48조【관리처분계획의 인가 등】① 사업시행자(제6조 제1항 제1호부터 제3호까지의 방법으로 시행하는 주거환경개선사업 및 같은 조 제5항의 방법으로 시행하는 주거환경관리사업의 사업시행자는 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장.군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경.중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조 제3항 제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장.군수에게 신고하여야 한다. 4.분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행인가 전에 제48조의2 제2항에 따라 철거된 건축물의 경우에는 시장ㆍ군수에게 허가 받은 날을 기준으로 한 가격) ⑤ 주택재개발사업 또는 도시환경정비사업에서 제1항 제3호ㆍ제4호 및 제7호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 의한다. 1. 「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자 중 시장ㆍ군수가 선정ㆍ계약한 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. 다만, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에는 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 이를 산정할 수 있다. (4) 상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙 등】① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다. ② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다. ③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다. ④ 제1항을 적용할 때 제13조에 따라 상속재산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따른다. ⑤ 제2항에 따른 감정가격을 결정할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 둘 이상의 감정기관(대통령령으로 정하는 금액 이하의 부동산의 경우에는 하나 이상의 감정기관)에 감정을 의뢰하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 감정기관이 평가한 감정가액이 다른 감정기관이 평가한 감정가액의 100분의 80에 미달하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 대통령령으로 정하는 절차를 거쳐 1년의 범위에서 기간을 정하여 해당 감정기관을 시가불인정 감정기관으로 지정할 수 있으며, 시가불인정 감정기관으로 지정된 기간 동안 해당 시가불인정 감정기관이 평가하는 감정가액은 시가로 보지 아니한다. (5) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조【평가의 원칙등】① 법 제60조 제2항에서 "수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 "납세자"라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에 따라 상품 등의 자산의 경우 그 대금을 청산한 날, 소유권 등의 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 취득시기로 하고 있고, 도시정비법 제49조 제6항에 따라 조합의 사용 또는 수익일을 관리처분계획인가일로 볼 수 있다는 사유로 관리처분계획인가일 기준으로 소급평가한 쟁점 감정가액을 조합원으로부터 현물출자 받은 토지 및 건물의 취득가액으로 손금산입하여 2015사업연도 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. (2) 처분청은 조합원이 조합설립과 현물출자에 동의하면 조합은 설립인가일까지 그 자산의 급부에 대한 채권을 가지게 되므로 사실상 출자효력은 조합설립인가일에 발생하고, 따라서 조합설립인가일을 현물출자 시점으로 보아야 하고, 「도시 및 주거환경정비법」에 의하면 조합원이 정비사업조합에 출자하는 토지와 건축물의 가액은 관리처분계획에 의하여 정하여진 가액에 의하고 이는 사업시행인가의 고시가 있는 날을 기준으로 하여 평가한 가액이므로 조합원이 현물출자한 부동산의 취득가액으로는 종전 감정가액이 적정하며, 조합원이 현물출자한 자산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 보더라도 쟁점 감정가액은 소급감정가액으로서 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다고 볼 수 없다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (3) OOO 및 OOO의 쟁점부동산에 대한 감정평가서(2018.12.21.)에 의하면, 청구법인의 의뢰에 따라 현물출자 자산의 시가를 관리처분계획인가일(2008.2.4.) 기준으로 조사하여 평균 OOO원으로 평가한 것으로 나타나는바, 종전 감정가액과의 비교내용은 아래와 같다. OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있으므로 신탁등기를 하지 아니한 이 건의 경우 사용수익일인 관리처분계획인가일을 취득시기로 봄이 타당하다 할 것(조심 2015부4909, 2018.3.14. 외 다수, 같은 뜻임)이고, 종전 감정가액은 사업시행인가일을 기준으로 평가한 것으로 관리처분계획인가일과 1년 6개월 기간 이상 차이가 있어 쟁점부동산의 시가로 보이지 아니하는 점, 쟁점 감정가액은 청구법인이 수익사업인 일반분양이 완료된 이후에 2015사업연도 법인세 경정청구를 위한 목적에서 이루어진 감정가액으로 객관적이고 합리적으로 평가된 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 관리처분계획인가일을 기준으로 취득가액(시가)을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.