조심 2014중5091 (2015.02.26)

OOO

세무서장이 2014.9.1. 청구법인

에게 한

2012년 귀속 근로소득세

OOO부과

처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가.

청구법인은 OOO의과대학의 부속병원으로서 제약회사 등과

임상시험연구용역계약을 체결하고, OOO대학교에서 교수로 재직중인 OOO외 14명의 임상교수를 연구책임자로 지정하여 임상시험을 수행하게 하고 임상교수들에게 2012년도 귀속분 연구용역비로 OOO(이하 “쟁점연구비”라 한다)을 지급하고 기타소득으로 원천징수하여 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점연구비를 기타소득이 아닌 근로소득으로 보아, 2014.8.6. 청구법인에게 2012년 귀속 원천세(근로소득세) OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 근로소득은 고용관계에 의하여 근로제공에 의한 대가를 근로제공의 일수 등에 따라 지급받는 형태로서 근로제공에 대한 사후조건이나 관리기간이 필요 없고, 근로의 제공에 따른 책임소재가 따르거나 크게 중요하지 않으며, 그 지급받은 대가는 수령 후 별도의 필요경비가 지출되지 않는 소득자의 가처분 소득으로 보아야 하나, 청구법인의 경우 연구용역의 형태와 실태를 구체적으로 살펴보면, 연구용역은 계약의 수탁부터 진행 및 종료의 전 과정을 통하여 청구법인의 통제나 간섭 없이 독립적인 형태를 띠고 있고, 그 대가는 근로소득과 같이 일정한 급여 형태로 보수가 지급되는 것이 아니며, 연구비가 용역 의뢰기관으로부터 승인일에 입금되는 것이 아니고 연구자가 환자 임상진료를 하고 기록을 하면 의뢰자는 결과물을 수령한 다음 이를 확인한 후 활동한 만큼의 실비를 향후에 최종 지급하므로 특히 임상 초기에는 연구자의 개인적인 비용이 필연적으로 지출되고 있으며, 연구비를 청구법인이 직접 관리하지만 연구자회의 때에는 연구 간호사나 부연구자 등 보조 연구자들과 회의 및 교육을 진행함은 물론 대부분의 경우에 개인 연구 간호사를 고용하므로 연구비 집행가능기간 전에 연구자가 각자의 부담으로 연구보조원들의 인건비를 지급하고 있으며, 연구자들은 연구와 관련하여 독립적인 형태를 유지하고 있는바, 임상시험이 실패하여 조기에 끝나는 경우에는 초기 연구 개시 집행비용보다 연구비가 적게 들어오는 경우가 있는바, 고용관계에서는 있을 수 없는 구조이며 임상연구는 직접적인 연구 참여자가 아닌 “해당과 내의 기타 인원”(연구비 지급 대상이 아님)에 대해서도 연구진행비가 사용되는 경우가 흔히 발생하고 있다.

(2) 연구비가 용역 의뢰기관으로부터 승인일에 입금되는 것이 아니고 연구자가 환자 임상진료를 하고 기록을 하면 의뢰자는 결과물을 수령한 다음 이를 확인 후 활동한 만큼의 실비를 향후에 최종 지급하므로 특히 임상 초기에는 연구자의 개인적인 비용이 필연적으로 지출되고 있는바, 임상시험은 책임연구자의 책임하에 이루어지나, 실제 환자는 일상적인 진료와 다를 바 없는 검사실 검사, 영상검사, 타과 협진 등을 하게 되므로 “타과와의 협조”가 필요하므로 이에 대한 업무추진 및 홍보비용 처리도 책임연구자가 사용하게 되는 것이고, 임상연구는 신약의 개발로 이어지므로 사전준비가 필요할 뿐 아니라 예상치 못한 연구개시의 지연 또는 개시 후 진행과 종료시에도 흔히 지연 작업이 생기며 연구원의 책임 소재가 따르므로 연구가 끝난 뒤에도 오랫동안 해당 감독 및 허가관청의 감독 및 실사문제를 지속적으로 대응해야 하는바, 임상연구의 모든 활동이 끝나도 논문을 작성하거나 국내 OOO이나 미국 OOO이런 임상 결과가 모두 보고된 후에 무작위 실사를 실시하므로 보통 연구가 끝나고 1～3년 후까지 실사를 준비해야 하며 이 경우의 연구활동비는 별도로 지급이 되지 않고, 실제 다국적 글로벌임상시험에 대한 자료보관의 계약은 대개 15년 정도를 약정하게 되는바, 자료보관의 직접비용 이외 추가 발생하는 장기적인 비용에 대하여는 연구원이 책임을 지는 것이며 약정 기간 동안의 임상시험 참여자의 관리와 회의비 및 일시적 용역비 등도 병원의 연구비 처리가 불가하므로 연구자가 지출하는 것이 관례이다.

나. 처분청 의견

(1) 임상교수들은 OOO대학교와 근로계약을 체결하고 동 대학의 인사규정에 따라 청구법인에 겸직 발령 후 진료용역을 제공하고 있는 형태로 해당 용역이 청구법인에서 이루어지고, 청구법인으로부터 진료에 대한 근로소득을 받고 있는 점 등을 고려하면 청구법인과 임상교수들의 고용관계가 없다고 할 수 없고, 청구법인과 제약회사 등이 체결한 임상연구용역계약서를 보면 청구법인은 연구용역 수탁자로서 청구법인이 근로소득을 지급하고 있는 임상교수를 책임연구원으로 하여 임상시험을 수행하고 그 결과는 위탁자인 제약회사 등에게 인도하며 그 대가를 청구법인이 직접 받고 있어, 청구법인이 연구주체가 된다고 할 수 있으며, 제약회사 등과 연구개발용역을 체결한 후 받은 연구용역대가를 청구법인이 직접 관리하면서 자체 연구관리비 규정에 따라 해당 연구용역대가에서 외부인건비, 직접비 및 간접비를 공제한 나머지 금액 중 일부를 해당 청구법인에서 연구책임자인 임상교수에게 연구수당으로 지급하고 있어 임상교수들이 필요경비를 개인적으로 지출한다고 볼 수 없으며, 쟁점용역비를 지급받은 후 연구결과에 대한 사후관리로 지출되어지는 개인적인 필요경비가 있다는 주장은 증빙이 없어 신빙성이 없으며, 또한 해당 용역의 특성상 용역계약이 6∼12개월 이상이며 계약 등이 수차례, 수개월 또는 다수연도에 걸쳐 반복적으로 인적용역을 제공하고 있어 일시적 특성의 기타소득 성격과는 관련이 없다.

(2) 2010.12.30.

「소득세법 시행령」제41조

제11항을 신설한 개정취지는 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역을 사업소득으로 과세하는 경우가 있어 이에 대한 과세기준을 명확히 한 것으로, 시행령에서 명시한 대상이 청구법인과 같은 대학병원이 아닌 대학임으로 처분청이 법을 확장 또는 유추하여 해석한 것이 아니고, 임상교수들은 자신과 고용관계가 있는 OOO대학교의 부설기관인 대학병원 곧, 청구법인에서 이미 환자진료에 대한 근로소득을 받고 있으며, 이와 부수적으로 계속적·반복적 수행하는 임상실험연구용역에 대한 대가를 받는 것이므로,

「소득세법」제20조

제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제38조 제1항 8호의 규정에 의한 근로소득에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 제약회사 등과 체결한 임상시험연구를 임상교수에게 수행하게 하고 지급한 쟁점연구비가 기타소득인지, 아니면 근로소득인지 여부

나. 관련 법령

(1)

소득세법 제20조

【근로소득】① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

제21조【기타소득】① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

19. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인적용역(제15호부터 제17호까지의 규정을 적용받는 용역은 제외한다)을 일시적으로 제공하고 받는 대가

다. 변호사, 공인회계사, 세무사, 건축사, 측량사, 변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역

라. 그 밖에 고용관계 없이 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받고 제공하는 용역

(2)

소득세법 시행령 제38조

【근로소득의 범위】① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

8.

기술수당ㆍ보건수당 및 연구수당, 그 밖에 이와 유사한 성질의 급여

제41조【기타소득의 범위 등】⑪ 법 제21조 제1항 제19호 다목에 따른 용역에는 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역이 포함된다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO외 14명에게 OOO쟁점연구비를 지급하고 기타소득으로 원천징수하여 신고·납부하였고, 처분청은 쟁점연구비를 기타소득이 아닌 근로소득으로 보아 경정·고지하였는 바, 청구법인의 2012년 귀속 원천징수 신고내역은 아래의 <표>와 같다.

(2) 청구법인은 쟁점연구비가 근로소득이 아닌 기타소득이라는 의견으로 청구법인의 외부연구비 관리규정, OOO대학교 교원인사규정 등을 제시하였는바, 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 외부연구비 관리규정은 모두 20개조로 구성되어 있으며, 2005.10.15. 시행되어 2012.11.1. 개정한 것으로 나타나며, 주요 조문은 아래와 같다.

제1조(목적) 이 규정은 OOO대학교 의과대학 부속병원(이하 “병원”이라 한다) 및 의생명연구원 교직원의 연구활동을 효율적으로 지원하기 위하여 외부 연구비의 관리 및 운영에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. “연구비”라 함은 연구활동을 지원하기 위하여 연구비지원기관(이하 “지원기관”이라 한다)에서 본 병원 및 의생명연구원의 교직원 및 기타 연구인력에게 지급하는 각종 연구활동 지원비(현금, 현물 등)를 말한다.

2. “연구간접비”라 함은 연구수행과 관련하여 건물, 연구시설, 연구인력 등 병원과 의생명연구원이 가진 유·무형의 자원을 이용함에 따라 징수하는 경비 또는 지원기관에서 연구간접비 명목으로 지급하는 경비를 말한다.

3. “기타연구수익”이라 함은 연구비 중 OOO이용료, 약제관리비, 문서보관료, 시설이용료 등의 수익을 말한다.

제4조(연구비의 관리) ① 연구비는 연구의 효율성과 신뢰성을 제고하며, 연구 활동의 자율성을 최대한 보장하는 범위 내에서 관리한다.

② 연구비는 병원에서 통합관리하며, 의생명연구원이 이에 관한 업무를 담당한다.

제10조(연구비의 집행) 연구책임자는 연구과제 수행을 위한 실행예산을 편성하여 의생명연구원장의 승인을 얻은 후 연구비를 집행하여야 하며, 이에 관한 세부기준 등은 병원의 재무업무처리에 준하여 행한다.

제12조(연구비의 사용 및 책임) ① 연구책임자는 연구 계획에 따라 연구비를 사용하여야 한다.

② 연구책임자는 연구비를 사용한 후 영수증 기타 증빙서류를 의생명연구원에 제출한다.

③ 연구비 사용에 대한 1차적 책임은 연구책임자가 진다.

제15조(가지급금) ① 원활한 연구 수행을 위하여 필요한 경우에는 연구책임자의 신청에 따라 가지급금을 지급할 수 있다.

② 전항의 가지급금은 영수증 기타 증빙서류를 첨부하여 정산한다.

③ 정산되지 아니한 가지급금의 총액은 원칙적으로 수입된 연구비의 50%를 초과할 수 없다.

제16조(장부의 비치) ① 의생명연구원 또는 연구 책임자는 연구비 지급 및 사용에 따르는 각종 경리 장부 및 지출관계 증빙서류를 비치·관리하여야 하며, 보관 기간은 관련 규정에 따른다.

② 연구비의 수입·지출 상황은 연구비 지급 기관, 연구비 수혜년도, 연구책임자, 연구과제별로 그 내용을 구분하여 기재한다.

(나) OOO대학교의 교원인사규정은 1984.1.1. 제정되어 2014.2.27. 개정되었으며, 총 30개의 조로 되어 있고 제4조의 외부겸직 조문에서 “교원은 본교의 기관이 아닌 타 기관에 전속하는 직을 겸할 수 없다”라고 규정하고 있다.

(3) 교수의 연구용역 소득에 대한 과세기준을 마련하기 위한

「소득세법 시행령」제41조

제11항에 대한 기획재정부의 개정세법 해설책자의 개정요강의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 개정이유에는 교수 등의 연구용역 소득에 대해 예규에도 불구하고 일부 과세관청에서 사업소득으로 과세하는 경우가 있어 과세상 혼란을 방지하기 위함으로 되어 있다.

(나) 개정사항은

대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리

하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역은 기타소득으로 과세하도록 명문화 하였고, 2011.1.1.

이후 발생하는 소득분부터 적용하도록 하였다.

(4)

청구법인의 대리인과 청구법인에 근무하는 OOO교수는 2015.2.3. 개최된 조세

심판관회의에 출석하여, 청구법인은 「사립학교법」에 의하여 설립된 학교법인 OOO학원이 「교육기본법」및「사립학교법」에 따라 의료인력 양성을 위하여 설치한 실습목적의 교육기관이고, OOO대학교의 부설기관 OOO대학교의과대학 임상교수는 임상강사 등을 포함하여 200여명 정도이며, 조교수 이상의 경력으로 실제 임상에 참가 할 수 있는 경우는 160명 정도로 처음 임상교수나 강사로 임용이 되어도 임상시험에 바로 참가하는 경우는 거의 없으며, 2015년 현재도 조교수급 이상의 경력이 있는 교수들도 160명 중 40명 정도가 임상연구에 관여를 하고 있고, 이번에 문제가 된 경우는 그 중에서도 15명에 불과한 바와 같이 소수의 임상교수만 임상시험에 참가하였다는 사실은 임상시험의 수행이 교수임용이나 병원과의 고용관계와는 별개라는 취지로 의견진술을 하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 임상교수들이 청구법인과 고용관계에서 진료용역을 제공하고 근로소득을 받고 있어 쟁점연구비가 근로소득에 해당한다는 의견이나,

「소득세법」제21조

제1항 제19호 다목에서 변호사·공인회계사·세무사·건축사·측량사·변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역은 기타소득으로, 같은 법 시행령 제41조 제11항에서 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역은

「소득세법」제21조

제1항 제19호 다목의 기타소득으로 규정하고 있는 바, 쟁점연구비는 청구법인이 외부기관과 계약하고 연구책임자를 지정하여 연구를 수행한 것에 대하여 OOO대학교에 소속된 임상교수들에게 지급한 것으로, 청구법인은 OOO대학교 의과대학의 부설기관에 해당하고, 청구법인이 자체 연구관리비 관리규정에 따라 연구비를 지급·관리하고 있는 점, OOO등의 임상교수들에게 지급한 연구비는 동 교수들의 근로소득금액을 초과하는 반면, OOO등의 임상교수에게 지급한 금액은 근로소득금액 대비 소액으로 쟁점연구비가 근로소득과 같이 일정한 급여 형태가 아닌 용역계약에 따른 인적용역 소득으로 보

이는 점, 쟁점연구비 중 일부는 연구원들이 연구진행 과정에서 각자의 부담으로 지출한 필요경비를 공제한 것이 연구자들의 실질 소득금액이라는 청구주장이 신빙성이 있어 보이는 점, 연구용역 계약의 진행 및 종료의 전 과정에서 청구법인의 통제나 간섭 없이 독립적인 형태를 띠고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점연구비는 기타소득으로 보는 것이 관련 법령에 부합하는 것으로 보이므로 처분청이 이를 근로소득으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.