조심 2014서5782 (2016.03.22)

OOO세무서장이 2014.8.8. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 OOO원의 소득금액변동통지는 OOO의 임차료 OOO원 및 권OOO에게 지급한 인건비 OOO원을 각 손금산입하여 그 과세표준, 세액 및 소득금액변동통지금액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 다수의 의약품 도매업체에서 매입한 의약품을 청구법인의 대주주 및 특수관계인이 대표인 3개 약국OOO에 전량 납품하는 도매업체로서, 2011년말 주주현황은 권OOO이고, 대표이사는 권OOO(2008.7.1.～2008.12.17.), 김OOO(2008.12.18.～2011.8.2.) 및 권OOO의 숙부.권OOO의 외삼촌, 공동대표 2011.8.3.～)인 것으로 나타난다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.4.14.～2014.6.20.기간 동안 청구법인에 대한 2011사업연도 법인세 일반통합조사를 실시하여 ① 청구법인이 2011.7.11. 권OOO로부터 OOO 외 1 소재 주택(토지 1,702㎡ 및 건물 151.3㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 감정평가액(OOO원)보다 고가(OOO원)에 매입한 것으로 보아 그 차액 OOO원을 익금산입하고, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 권OOO에 대한 상여로 소득처분하며, ② 쟁점주택을 업무무관 부동산에 해당한다고 보아 유지비용 등 OOO원을 손금불산입 및 기타사외유출로 소득처분하고, ③ 청구법인의 대표이사가 거주한 OOO(건물면적 : 88.160㎡, 이하 “쟁점임차주택”이라 한다)에 대한 임차료 OOO원을 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금불산입및 박OOO에 대한 상여로 소득처분하며, ④ 대주주이자 이사인 권OOO에게 동일직위의 임원보다 급여를 과다지급한 것으로 보아 그 차액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입 및 유보로 소득처분하는 내용의 조사결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.8.8. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하고 소득금액변동통지(상여 : 권OOO원)를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원 판례(대법원 2008.7.24. 선고 2008두3197 판결) 등을 종합하여 보면, 부당행위계산을 위한 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래 행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것으로 쟁점주택의 매매가액은 개발제한구역에 존재하는 이축권 상당액 OOO원 및 인근 부동산인 OOO 외 3필지 토지 1,483㎡(대지 569㎡, 잡종지 809㎡, 전 106㎡)가 2011.9.20. OOO원(㎡당 OOO원)에 매매된 것을 감안하여 결정된 것으로 쟁점주택의 시가를 평가함에 있어 6개월 내의 매매사례가격을 기준으로 평가하는 것이 우선되어야 하고, 이축권에 대한 사실 확인을 하여야 할 것인바, 쟁점주택의 매매가액의 경우 인근토지의 매매사례가액보다 저가양수(쟁점주택의 경우 위 토지매매가를 적용할 경우 건물을 제외한 토지매매가만 OOO원이 됨)에 해당하며, 이축권을 감안하면 시가에 준하는 가격임에도 처분청이 감정평가액과의 차액에 대하여 권OOO에게 상여로 소득처분한 것은 부당하고,

이축권은 상수원보호지역 및 그린벨트지역 등 개발제한지역에 존재하는 미래의 부동산 이축(신축)권리로서 이는 조사청의 주장대로 개발제한지역이 수용 등으로 개발하고자 이주시킬 때 주어지는 권리이지만 개발제한지역 내에서 건물신축을 위해서는 반드시 이축권을 별도로 취득해야만 가능하므로 개발제한지역 내 주택에는 부동산 가액 이외 이축권의 가액이 별도로 존재함이 현실이며, 「감정평가에 관한 규칙」 제23조 및 「상속세 및 증여세법」 제61조를 보면 무형자산의 평가는 부동산 평가와 달리 별도로 기재하여야 함에도 이에 대한 평가가 없음은 단순히 부동산만 평가했을 뿐임에도 무형자산인 이축권의 가치가 이미 쟁점주택의 감정평가액에 반영되었다는 처분청의 주장은 사실과 다르다.

(2) 쟁점주택은 직원들의 복리후생, 업무용 사무실, 창고 및 연수원으로 사용하기 위하여 취득한 업무용부동산으로 취득과 동시에 사용목적에 맞게 대수선한 후, OOO으로부터 2011.8.25. 제2종근린생활시설인 사무소로 용도변경 승인을 받아 일반건축물관리대장에 등재하였고, 재산세도 근린생활시설로 고지되고 있으며, 창고, 서류 보관창고 및 직원과 거래처의 휴식장소로 사용하고 있음에도 처분청이 현장 확인도 없이 쟁점주택의 등기부등본에 기재된 내용만으로 쟁점주택을 업무무관부동산으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(3) 청구법인은 비록 내부규정이 없었지만 실제로 ① 무주택임원(박OOO)에게 제공할 사택과 ② 무주택사용인이나 장거리 출.퇴근자(강OOO)가 사용할 국민주택 규모 이하의 주택(오피스텔) 1개씩 각각 2채를 임차하여 제공한 사실이 있음은 내부규정 보다도 명백한 내부운영사항이고, 직원들에게 월세를 부담하며 사택을 제공하고 있고, 비출자 임원에게 사택을 제공하는 것은 일반적인 상관행에 부합하는 것임에도 등기부상 대표이사에게 사택을 제공하는 것에 대하여 특수관계자란 사유만으로 처분청이 쟁점임차주택의 임차료에 대하여 과세한 처분은 부당하다.

(4) 청구법인의 지배주주인 권OOO이 등기부에는 이사로 기재되어 있으나, 실제로는 청구법인에 상근하면서 제반 관리업무, 자금결제업무, 투자 및 기업홍보 등의 주요업무를 직접 총괄하는 최종의사결정권자로서 근무하면서 급여를 수령한 것이고, 처분청이 급여수령 대상으로 비교한 권OOO은 청구법인(75%) 및 OOO(25%)에 이중으로 근무하면서, 청구법인의 물류업에 근무하던 자로서 호칭만 임원일 뿐 이사회에 참석하지 않고 있으며 권OOO의 지시를 수행하는 자이므로 청구법인에서 거의 100% 근무(OOO이 관리사장과 고용약사 5명을 고용하여 대리운영 하고 있음)하고 있는 권OOO과의 급여비교 대상이 아님에도 처분청이 이중근로자인 권OOO의 제공용역을 권OOO의 제공용역과 비교하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 주장하는 이축권이란 개발제한구역 내에 주택 등을 소유하고 있는 자가 동 지역이 공공용지로 편입, 수용되는 경우 이주대책의 일환으로 주는 “다른 개발제한구역 내에서 건축허가를 받아 건물을 신축할 권리”를 말하는 것으로 쟁점주택은 「도시계획법」상 도시지역, 자연녹지지역, 자연취락지구에 있어 주택신축이 가능한 지역이고, 지목 또한 대지로 되어 있어 이축권이 발생할 여지가 없다 할 것이고, 이축권이 존재한다 하더라도 청구법인이 쟁점주택을 취득하여 일부 수리 후 계속 사용하고 있어 그 가치가 없다 할 것이며,

청구법인이 조사청의 세무조사 시작 당시에는 이축권에 대한 언급이 없다가 세무조사가 끝날 무렵에서야 쟁점주택의 취득에 관여하지 아니하였던 세무대리인이 이축권이라는 논리를 내세운 점에 비추어 쟁점주택의 거래에 이축권이 포함되었다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없고, 설령, 이축권이 있었다 하더라도 쟁점주택의 감정평가액에 이미 반영되었다고 보는 것이 타당하므로 이축권을 이유로 청구법인이 자발적으로 실시한 감정평가액을 수용하지 않겠다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 쟁점주택은 OOO에 소재하고 있어 청구법인의 사무실 및 창고로 사용하기 곤란하고, 청구법인이 소재한 건물의 3～4층을 창고로 사용하고 있으며, 직원 대부분이 배송담당 직원이므로 원거리에 별도의 사무실이 필요 없는 구조이고, 세무조사 당시까지 쟁점주택을 업무용도로 사용한 사실을 발견할 수 없었으며, 청구법인의 직원이 쟁점주택에 대해 당초 별장 용도였다고 진술하고, 청구법인의 주주임원 및 친족들이 휴양용으로 사용한 것으로 탐문되는 점에 비추어 쟁점주택을 업무무관부동산으로 볼 수밖에 없으므로 쟁점주택의 유지관리비용에 대하여 과세한 처분은 정당하다.

(3) 쟁점임차주택은 박OOO이 직접 임대차계약을 체결하여 배우자와 함께 거주하고 있는 주택으로 임원이 직접 임차하여 가족과 살고 있는 주택은 「법인세법 시행규칙」 제42조의3에서 규정하고 있는 임차사택에 해당하지 아니하고, 청구법인이 쟁점임차주택을 무주택자인 사용인에게 제공한 사실은 확인되지 아니하는바, 지급규정도 없이 청구법인과 특수관계인인 임원이 직접 계약하여 가족과 함께 살고 있는 쟁점임차주택의 임차료를 청구법인의 비용으로 계상한 것은 부당행위계산부인 대상이므로 동 임차료에 대하여 과세한 처분은 정당하다.

(4) 청구법인은 매출처가 특수관계인이 운영하는 3개의 약국으로 영업활동이 필요 없고, 전산시스템으로 실시간 약국의 재고현황까지 파악할 수 있어 업무량이 많지 않은 반면, 약가규제 등의 이유로 이익잉여금이 많이 발생하는 구조로 되어 있으며, 권OOO은 OOO을 운영하여 청구법인에 비상근으로 근무하고 있고, 청구법인의 운영은 권OOO이 실제 사주인 권OOO의 지시에 따라 직원 몇 명과 함께 세금계산서 발행 및 신고 관련 업무 등을 하고 있는바, 실제로 권OOO이 권OOO보다 더 많은 업무를 하고 있음에도 단순히 등기가 되어 있다는 이유만으로 다른 합리적인 사유 없이 권OOO에게 권OOO보다 더 많은 급여를 지급한 것은 부당하므로 쟁점금액에 대하여 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점주택을 특수관계인으로부터 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점주택의 유지비용을 업무무관비용으로 보아 손금불산입한 처분의 당부

③ 쟁점임차주택을 청구법인의 임차사택으로 볼 수 있는지 여부

④ 쟁점금액을 과다지급한 임원급여로 보아 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인과 주주 권OOO는 2011.6.22. 쟁점주택의 매매대금을 OOO원으로 하고, 건물의 용도는 주택으로 되어 있으나 매수인이 근린생활시설로 사용하고 잔금일로부터 30일 이내에 용도변경 공사에 착공하기로 한다는 특약사항이 포함된 매매계약을 체결하였다가 2011.7.11. 쟁점주택의 매매대금을 OOO원으로 변경한 매매계약을 체결하였고, 동 매매계약서에는 2011.6.22.자 매매계약한 사항 중 쌍방사전 약정에 따른 감정평가액 확정 후 매매대금을 조정하여 매매계약서를 작성한 것으로 되어 있다.

(나) 쟁점주택에 대한 감정평가서(프라임감정평가법인 작성)의 주요내용은 아래와 같다.

OOO

(다) 청구법인이 쟁점주택의 매매사례가액에 해당한다고 주장하며, 제시한 OOO 외 1필지 토지의 현황 및 쟁점주택의 현황은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.

OOO

(라) 청구법인이 제출한 확인서(2014.5.26. OOO공인중개사사무소 김OOO 작성)에는 쟁점주택의 이축권을 OOO원 이상으로 볼 수 있는 것이나 감정평가서에는 전혀 이에 대한 평가액이 반영되지 못한 것으로 보인다는 내용이 기재되어 있다.

(마) 쟁점주택의 일반건축물대장에는 2011.8.15. 용도를 단독주택(1층 137.94㎡, 지하1층 13.36㎡)에서 제2종근린생활시설(사무실)로 변경한 것으로 나타나고, 등기부등본에는 쟁점주택의 용도가 주택으로 등재 되어 있고, 청구법인은 쟁점주택을 업무용 및 창고 등으로 사용하고 있는 사진을 제출하였다.

(바) 청구법인의 주주명부(2008년 7월 증자 후)에는 권OOO로 각 기재되어 있다.

(사) 박OOO이 2011.12.21. 송OOO과 체결한 쟁점임차주택의 임대차(월세) 계약서에는 보증금 OOO원, 월임차료 OOO원, 임차기간 2011.2.10.～2012.2.9.로 나타나고, 청구법인은 2011.4.13. 김OOO과 체결한 OOO(건물면적 40.158㎡, 업무용, 보증금 OOO원)의 오피스텔 임차계약서를 제출하였고, 동 오피스텔을 청구법인의 직원 중 무주택자(강OOO) 및 원거리 거주자(오OOO)가 이용하였다고 주장하고 있고, 위 주택들의 임차보증금은 청구법인의 임차보증금으로 회계처리한 것으로 나타난다.

(아) 2011년 귀속 근로소득원천징수영수증에 따르면 권OOO은 청구법인으로부터 OOO원을, 권OOO은 청구법인으로부터 OOO원 및 OOO으로부터 OOO원을 각 지급받았고, 처분청은 OOO원의 차액인 OOO원을 과다지급한 것으로 보아 손금불산입하여 과세하였다.

(자) 조사청이 2014년 6월 제출받은 권OOO의 확인서(날인거부) 내용은 아래와 같다.

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점주택 소재지 인근의 토지에 대한 매매사례가액과 쟁점주택이 개발행위제한지역 내에 소재하여 OOO원 상당의 이축권가액이 포함되어 있으므로 쟁점주택이 고가취득에 해당하지 아니한다고 주장하나,

청구법인이 제시한 쟁점주택 소재지 인근의 토지에 대한 매매사례가액이 쟁점주택의 부속토지와의 비교대상으로 하기에 부적합한 것으로 보이는 점, 쟁점주택의 매매계약서에 이축권가액을 포함한다는 내용이 있지 아니하는 점, 쟁점주택의 이축권가액이 OOO원임을 확인할 수 있는 객관적인 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택을 주주로부터 고가로 취득한 것으로 보아 감정평가액과의 차액(OOO원)을 익금산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점주택 취득 후 용도를 단독주택에서 제2종근린생활시설로 변경하였고, 쟁점주택을 업무용으로 사용하고 있는 촬영 사진 등의 증빙자료를 제출하였으므로 관련 유지비용을 손금산입하여야 한다고 주장하나,

쟁점주택은 청구법인의 본점소재지로부터 약 70㎞ 이상 떨어진 곳에 위치하고 있고 주변에 남이섬 및 휴양시설이 밀접하여 업무시설로 사용하기는 부적절해 보이는 점, 청구법인의 영업형태가 일부 품목을 제외하고는 대부분의 약품을 매입처에서 바로 매출처로 직배송하는 거래 형태를 취하고 있고 다수의 도매업체에서 매입한 의약품을 OOO에 위치한 약국들에게 전량을 납품하는 도매업체이므로 OOO에 소재하는 창고가 별도로 필요한 것으로 보이지 아니하는 점, 청구법인은 사무직 직원 2명(관리업무 담당)을 제외하면 대부분이 배송담당 직원이라 원거리에 있는 별도의 사무실이 불필요한 것으로 보이는 점, 처분청은 청구법인의 직원이 당초 쟁점주택을 별장 용도로 사용하였다고 진술하였고 처분청 조사자가 주변 탐문 결과 쟁점주택이청구법인의 임원 및 그 친족들의 휴양용 주택으로 사용된 것으로 조사한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택을 업무무관부동산으로 보아 관련 유지비용 등을 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제6호 나목에서 주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 부당행위계산의 부인대상에서 제외한다고 규정하고 있는바, 박OOO은 주주나 출연자가 아닌 대표이사로서 쟁점임차주택을 임차하여 거주하고 있고, 임차보증금 및 임차료를 청구법인의 비용으로 회계처리한 것으로 나타나므로 청구법인의 임차사택에 해당한다고 보는 것이 타당함에도 처분청이 쟁점임차주택을 임차사택으로 보지 아니하고 관련 임차료(OOO원)를 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(5) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인의 등기부상 임원인 권OOO과 임원인 권OOO이 동일한 직위에 있음에도 권OOO이 등기이사라는 이유로 권OOO에게 쟁점금액(OOO원)의 인건비를 과다지급하였다는 의견이나,

「법인세법 시행령」 제43조 제3항에 따라 지배주주인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액을 손금불산입함에 있어 동일직위 여부는 법인등기부상 직위 등에 관계없이 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인의 지배주주이며 등기부상 임원인 권OOO은 주요업무의 의사결정권자인 것으로 나타나고, 권OOO은 청구법인과 OOO의 업무를 겸하면서 권OOO의 지시를 수행하고 있다는 청구주장이 신빙성이 있어 보이므로 그에 따른 급여가 차등하게 지급되는 것이 사회통념에 부합한다 할 것임에도, 처분청이 청구법인의 동일 직위의 임원들간 급여차액인 쟁점금액을 손금불산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.