조심 2023관0011 (2023.12.18)

부산세관장이 2022.9.26. 수입신고번호 OOO호 등 394건, 인천세관장이 2022.10.5. 수입신고번호 OOO호 등 3건, 광양세관장이 2022.9.23. 수입신고번호 OOO호 등 4건, 용당세관장이 2022.10.5. 수입신고번호 OOO호 및 인천공항세관장이 2022.10.6. 수입신고번호 OOO호 등 2건에 대하여 청구법인에게 한 수정수입세금계산서 발급 거부처분은 각각 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.7.24.부터 2022.5.30.까지 인도네시아 소재 생산공장인 OOO(이하 “쟁점수출자①”이라 한다) 및 OOO(이하 “쟁점수출자②”라 하고, 쟁점수출자①과 함께 “쟁점수출자”라 한다)와 임가공계약을 체결하고, 쟁점수출자에게 원단 등의 원자재를 무상으로 공급하여 생산한 남성용 브리프 등 각종 내의류(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입신고번호 OOO호 등 450건으로 수입하면서 「대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정 하의 상품무역에 관한 협정」(이하 “한-아세안 FTA”라 한다)에 따른 협정관세율(0%)을 적용하여 신고하였고, 처분청은 이를 수리하였다.

나. 서울세관장은 청구법인에 대한 외국환거래 검사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점물품을 수입하면서 쟁점수출자에게 무상으로 공급한 원자재 가격을 신고 누락하거나(이하 “가격신고오류”라 한다), 실제 수입 수량과 달리 수입신고한 사실(이하 “수량신고오류”라 한다)을 확인하고, 2022.7.14. 청구법인에게 위 조사결과를 통지하였다.

다. 청구법인은 2022.7.25. 처분청에 위 조사에 따라 누락된 것으로 확인된 부가가치세 OOO원 및 가산세(보정이자 포함) OOO원 합계 OOO원을 보정신청 및 수정신고 후 납부하였다. 처분청은 위 신고건 중 수정신고에 따른 납부세액에 대하여는 수정수입세금계산서를 미발급하였고, 보정신청에 따른 납부세액에 대하여는 수정수입세금계산서를 발급하였다가, 2022.10.19. 그 발급을 취소하였다.

라. 청구법인은 2022.8.5. 및 2022.9.5. 처분청에 수정수입세금계산서가 발급되지 않은 450건에 대하여 수정수입세금계산서 발급신청을 하였으나, 처분청은 2022.9.26. 등 세액 증액 사유에 따라 수량신고오류에 대해서는 수정수입세금계산서를 발급하고, 가격신고오류에 대해서는 수정수입세금계산서를 미발급하였다.

마. 서울세관장은 2022.11.4. 부산세관장에게 보정신청의 경우 수정수입세금계산서 발급대상임을 확인하여 청구법인이 보정신청한 43건의 증액된 세액 전체에 대하여 수정수입세금계산서를 발급하도록 통지하였고, 이에 따라 부산세관장은 2022.11.7. 보정신청한 43건의 부가가치세 OOO원에 대한 수정수입세금계산서를 발급하였다.

바. 부산세관장이 보정신청건에 대하여 수정수입세금계산서를 발급조치한 후, 청구법인이 2022.7.25. 수정신고 및 보정신청하여 납부한 부가가치세 OOO원 중에서 OOO원에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었고, 나머지 OOO원에 대하여는 OOO 미발급되었다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점물품에 대한 청구법인의 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 이 건 처분은 위법하다.

(가) 신고가격 오류의 근거인 송품장을 발행한 수출자에게 귀책사유가 있으므로 처분청은 쟁점물품에 대한 수정수입세금계산서를 발행하는 것이 타당하다.

1) 쟁점물품에 대한 원자재 가격 신고오류는, 청구법인이 ① 각 쟁점수출자로부터 원부자재 계약단가와 다른 원자재 가격을 적용한다는 사실을 안내받지 못하였을 뿐만 아니라, ② 청구법인이 계약서를 전달하고 ERP에 그 내역을 입력하여 원자재 가격을 정확하게 각 쟁점수출자에게 안내하였음에도 불구하고, 쟁점수출자가 자체적으로 산정한 가격을 적용하여 송품장을 발행하였을 것을 예상하지 못하였으며, ③ 관세가 없이 무상으로 제공되는 원자재 가격이 잘못되었을 가능성을 생각하지 못하였기 때문에 발생한 것이므로 ‘수출자의 귀책’으로 발생한 사안임이 명백하다.

2) 관세청 납세자보호위원회는 완제품 수량신고오류 건에 대해서는 이미 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다고 결정하였는데, 신고오류가 발생한 이유를 살펴보면, ‘원자재 가격신고오류’와 ‘완제품 수량신고오류’가 발생한 사유가 모두 수출자가 송품장을 잘못 발행하였기 때문이다.

＜표2＞ 각 쟁점수출자의 원자재 가격 계산방법 요약

3) 아울러, 만일 청구법인이 각 쟁점수출자로 하여금 송품장의 원자재 가격을 잘못 기재하게 할 의도를 가졌거나 이와 관련된 영향력을 행사하였다면, 쟁점수출자①과 쟁점수출자②가 동일한 방법으로 원자재 가격을 산정하였을 것인데, 청구법인이 그러한 의도를 가졌거나 영향력을 행사하지 않았기 때문에 위 ＜표2＞와 같이 각 쟁점수출자가 원자재 가격을 상이한 방법으로 산정한 것으로 보인다.

(나) 청구법인은 업무프로세스 상 신고오류를 예상하지 못했다.

1) 청구법인은 원자재 가격이 기재된 ‘임가공 계약서’를 각 쟁점수출자에게 전달하고, 쟁점수출자와 연결된 ERP시스템에 ‘각 원자재 가격’을 입력하여 쟁점수출자가 원자재 가격을 정확히 확인할 수 있도록 업무프로세스를 마련하였다.

그럼에도 불구하고, 쟁점수출자는 업무상 편의를 위해 계약단가가 아닌 다른 원자재 가격을 기재하여 청구법인에게 송품장을 발행하였고, 청구법인은 그 송품장을 신뢰하여 원자재 가격을 수입신고하여 원자재 가격신고오류가 발생하게 된 것이다.

이에 쟁점수출자가 청구법인이 고지한 원자재 가격을 사용하지 않고, 자체적으로 산정한 원자재 가격을 사용한 경위를 확인해 본 결과, 쟁점수출자는 취급하는 많은 원자재 가격을 일일이 기재하는 것에 비해, 자체적으로 산정된 원자재 가격을 적용하여도 그 차이가 크지 않을 것이라 판단하였던 것으로 확인되었다.

2) 청구법인은 위와 같이 각 쟁점수출자가 송품장상 원자재 가격을 잘못 발행하였다는 사실을 2022년 외국환거래 검사 과정에서 처음 인지하게 되었다. 즉, 그 동안 쟁점수출자가 임의의 원자재 가격을 기재하여 송품장을 발행한 것은, 청구법인과 아무런 상의도 없이, 청구법인의 의도와 전혀 무관하게 발생한 것인바, 청구법인은 이와 같이 송품장 발행오류가 발생한 사실을 전혀 알지 못하였고, 이로 인하여 원자재 가격 신고오류가 발생한 것이다.

3) 청구법인은 원자재가 FTA로 인하여 관세가 부과되지 않는 물품이고 무상으로 각 쟁점수출자에게 제공하는 물품인 관계상 원자재의 가격을 잘못 신고할 이유가 전혀 없어 쟁점수출자가 청구법인이 고지한 원자재 가격대로 송품장을 정확히 발생하였을 것이라고 생각하였다. 또한 청구법인이 계약서 전달 및 ERP를 통해 정확하게 원자재 가격을 쟁점수출자에게 안내했음에도 불구하고, 쟁점수출자가, 청구법인과 어떠한 상의도 없이, 임의의 가격으로 송품장을 발행했을 것이라 생각조차 하지 못하였는바, 수출자가 발행한 송품장이 청구법인이 안내한 원자재 가격을 근거로 발행되었을 것이라고 신뢰하여 수입신고를 한 것이다.

4) 위와 유사한 사안에 대하여 법원 및 조세심판원은 수정수입세금계산서를 발급해 주는 것이 타당하다고 판결하였다(부산지방법원 2014.10.16. 선고 2014구합20866 판결 및 조심 2016관164, 2017.3.30. 결정 등 다수, 같은 뜻임)

(2) 원자재 가격신고오류에 대해 과세관청은 이미 선행조사를 통해 검토를 한 사실이 있음에도, 후행조사를 통해 동일한 사실관계에 대해 다른 처분을 하면서, 이를 오롯이 청구법인의 귀책으로 보아 수정수입세금계산서의 발급을 거부하는 것은 부당하다.

(가) 청구법인은 2014년 정기법인심사를 받을 당시 현재와 동일하게 각 인도네시아 임가공 공장이 자체적으로 마련한 원자재 가격이 적용된 송품장을 기준으로, 임가공거래, 원자재 거래, 수입통관을 수행한 사실이 있었음에도 불구하고, 인천세관장으로부터 일부 임가공비 과세가격 신고누락 이외에는 지적을 받은 사실이 없다.

(나) 실제로, 청구법인이 과거 정기법인심사의 대상기간 내에 쟁점수출자①로부터 수입신고한 건을 금번 외환검사를 진행하는 과정에서 사후적으로 확인해 본 결과, 쟁점수출자①이 자체적으로 산정한 원자재 가격을 기준으로 송품장을 발행한 관계상, 실제 계약한 가격과 차이가 발생한 사실이 과거부터 현재까지 동일하게 존재하고 있었음을 알 수 있다.

(다) 인천세관장은 청구법인의 모든 수입통관과 관련된 자료 및 업무 프로세스를 확인하였으나, 과세처분이 발생한 일부 임가공비 산정오류를 제외하고는 특별한 문제가 없다고 판단하였는바, 청구법인은 임가공거래, 원자재 거래 및 이에 따르는 수입통관에 특별한 문제가 없다고 판단하여, 그 이후에도 2014년 정기법인심사를 받을 당시와 동일한 절차 및 방법으로 업무를 수행하여 왔을 뿐이다.

2014년 당시 청구법인의 임가공거래 비율은 약 3% 정도로 미미한 수준이었음에도 불구하고, 인천세관장은 임가공거래와 관련된 계약서, 원가계산서 등 구체적인 자료를 모두 확인하였으며, 임가공거래에 대해 과세처분까지 한 사실이 있는바, 2014년 당시 청구법인의 임가공거래에 대해 검토하지 않았다고 볼 여지가 없다. 만일, 2014년 인천세관장이 원자재 가격 및 완제품 수량에 대해서도 과세처분을 하였다면, 청구법인은 당연히 문제점을 인식하고 업무프로세스를 개선하였을 것이다.

(라) 청구법인은 FTA 등으로 인하여 수입한 물품에 관세를 납부하고 있지 않고 있고, 부가가치세법령상 면세사업자가 아니므로 수입통관 당시 납부한 부가가치세는 과세관청으로부터 모두 공제ㆍ환급받고 있었던바, 부당한 이득을 취할 목적으로 원자재 가격을 사실과 달리 신고할 유인조차 없으므로, 2014년 정기법인심사 당시 지적을 받았거나, 부서간의 업무상 공백만 없었다면 원자재 가격을 과다하거나 과소하게 신고하는 경우가 발생하지 않았을 것이다.

조세심판원도 이와 유사한 사례 등에 대하여 수정수입세금계산서를 발행하는 것이 타당하다고 결정하였다(조심 2019관135, 2020.6.8. 결정 등 다수, 같은 뜻임).

(3) 수량신고오류와 원자재 가격신고오류는 근본적으로 발생 원인이 동일하다.

(가) 관세청 납세자보호위원회는 완제품의 수량신고오류에 대해서는 쟁점수출자가 송품장상 수량을 잘못 기재한 것을 청구법인이 인지할 수 없었다는 점을 수용하여 수정수입세금계산서를 발급한다는 결정을 내린 반면, 원자재 가격신고오류에 대하여는 쟁점수출자가 송품장상 수량을 잘못 기재한 것을 청구법인이 인지할 수 있었을 것으로 추정된다는 이유로 수정수입세금계산서를 발급하지 않았다.

(나) 그러나 위 두 가지 오류는 동일한 사정 내지 사유로 발생한 것이므로, 완제품 가격신고오류에 대해서도 수정수입세금계산서를 발행하여야 한다. 단지 청구법인과 쟁점수출자가 특수관계에 해당한다는 이유만으로, 청구법인이 쟁점수출자가 발행한 송품장을 지휘·통제할 수 있다는 명백한 증거자료도 없이, 수정수입세금계산서를 발급하지 않는다는 것은 부당하다.

(다) 나아가, 쟁점수출자는 합리적인 기준에 의거 원자재 가격을 결정한 것으로, 이를 성실하게 신고한 청구법인에게 수정수입세금계산서의 발급까지 거부하는 것은 과도한 처분이다.

1) 관세평가 목적상 수입물품의 과세가격에 가산되어야 하는 생산지원비는 생산 및 수출거래를 위하여 투입된 물품만을 대상으로 산정되어야 하며, 조세심판원에서도 “원자재를 임가공업자에게 보내는 과정 및 보관 중에 발생한 자체 불량품은 정상적인 생산과정이 아닌 부분의 손실량으로 생산지원비로서 과세할 수 없다”고 결정(조심 2014관361, 2015.2.5.)하기도 하였는바, 청구법인이 쟁점수출자에게 제공한 원자재 중 임가공공정에 직접적으로 투입되지 못한 불량품 등은 생산지원비에 해당하지 않고, 원자재 가격 산정시 제외되어야 한다.

2) 청구법인이 쟁점수출자에게 제공하는 원재료에는 쟁점수출자가 완제품으로 임가공하기 이전에 이미 불량품이 발생하는 경우가 OOO 존재하고 있는바, 청구법인이 쟁점수출자에게 제공하는 원자재 가격에서 임가공 공정에 투입되기 이전에 발생한 불량품의 가격은 생산 및 수출거래를 위하여 투입된 물품이 아니므로, 생산지원비 신고시 제외한 후 신고하는 것이 타당하다.

3) 쟁점수출자가 청구법인이 제공한 계약서상에 기재된 원자재 가격에서 생산과정에 투입되지 않은 불량품 등의 가격을 제외하는 것이 실무적으로 힘들기 때문에, 쟁점수출자의 입장에서 아래와 같은 이유로 원자재 가격을 산정한 것을 두고 관세평가 목적상 전혀 받아들여질 수 없는 비합리적인 방법이라 단정하기는 어렵다.

가) 원자재의 불량률을 고려한 투입된 원자재 가격을 선적 건별로 구분하여 산정하기 어려운 관계로 (대체적인 방법으로써) 원가명세서상의 표준가격, 또는 계약서상의 평균단가와 같이 나름의 합리적인 방법으로 원자재 가격을 산정한 것이다.

나) 통상 각 개별물품의 실제원가를 정확히 산정하기 어려운 업체들의 경우, 그 물품의 평균원가에 해당하는 표준원가를 사용하여 원가를 산정하는 것이 일반적인 회계원칙에서도 인정된다.

다) 청구법인이 공급한 직물(인도산, 중국산) 중 운송 및 보관 과정에서 발생한 ‘자체불량품’도 많을 것으로 추정된다.

4) 처분청의 과세방법과 다르다는 사정만으로 그 차액을 과세하면서, 청구법인에게 수정수입세금계산서 발급까지 거부하는 것은 과도한 처분이다.

가) 처분청이 규정에 의거 청구법인과 같이 선적 건별로 정확한 불량품의 가격을 산정한 후, 이를 생산지원비에서 제외하기 힘들기 때문에 계약서상 기재된 원자재 가격을 그대로 신고하는 것이 바람직하다고 판단할 수는 있다.

나) 그러나 쟁점수출자는 임가공공정에 직접적으로 투입되지 않는 불량품 등을 고려하여 나름대로 합리적인 기준에 의해 그 금액을 산정하여 송품장을 발행하고자 하였고, 청구법인은 쟁점수출자가 발행한 송품장 금액을 신뢰하여, 모든 임가공거래 건에 대해 생산지원비를 누락함이 없이 성실히 신고를 해온 것이다.

다) 이러한 사정을 고려하면, 관세법령에 따라 선적 건별로 생산지원비 산정이 어려워 처분청에서도 대체적인 방법인 계약단가를 기준으로 과세처분을 내릴 수밖에 없었음에도 청구법인이 신고한 가격이 처분청의 과세방법과 다르다는 사정만으로 그 차액을 과세하면서, 청구법인에게 수정수입세금계산서 발급까지 거부하는 것은 부당하다.

(4) (항변서 요지) 처분청의 추가 답변내용은 아래와 같은 이유로 타당하지 않다.

(가) 처분청은 원자재 가격과 임가공비는 청구법인이 보유한 자료이고, 청구법인은 보유한 자료에 의해 원자재 가격을 확인할 수 있다고 답변하였으나, 청구법인은 쟁점수출자에게 원자재 가격을 확인할 수 있도록 ERP 및 임가공계약 자료를 모두 전달하였고, 임가공 계약서 및 수입송품장에서는 생산에 투입되지 않은 불량원자재 및 잔여물이 반영되지 않았으므로, 청구법인은 정확한 원자재 가격을 알 수 없었다.

무역거래에서 송품장이란, 수출업자가 자신의 책임 하에 수입자에게 제공하는 상업서류로서 수출자에게는 상품대금이나 비용의 청구서 역할을 하고, 수입업자에게는 수입계산서의 역할을 하므로 일반적인 무역거래에서 송품장은 객관적인 자료로서 통용되는 자료인데, 쟁점수출자는 자신이 발행한 송품장을 토대로 임가공비를 청구법인으로부터 수령하고 있기 때문에, 송품장이 정확히 발행되었다고 청구법인은 믿을 수밖에 없었다.

(나) 청구법인이 원자재 가격신고 오류를 검증이 가능할 수 있는 프로세스를 가지고 있었다는 처분청의 의견은 실제 사실과 다르다. 원자재 가격의 경우, 청구법인은 쟁점수출자가 발행한 송품장을 신뢰하여 송품장 금액 그대로 원자재 가격을 신고하던 방식은 기존 관세심사를 진행한 인천세관장으로부터 인정받은 방식이었으므로, 이후에도 동일한 방식을 적용하였으며, 쟁점수출자에게 무상으로 제공한 원자재가 제조과정에 정확히 얼마나 투입되었는지를 알 수 없었으므로, 계약서와 발행된 송품장을 검증하는 것만으로는 원자재 가격(즉, 생산지원비) 산정이 잘못되었다는 것을 알 수 없는 구조이다.

(다) 처분청은 선행 조사로 인해 청구법인이 원자재 가격신고 오류를 인지하였다는 의견이나, 선행 조사 당시 원자재 가격 산정 방법에 대해 지적을 받은 사실이 없었기 때문에, 직원들은 원자재 가격에 대한 차이를 인지하지 못하였다. 청구법인 소속 직원들의 확인서 내용이 서로 상반된다는 처분청의 의견은 “2014년 정기법인심사 당시 인천세관장이 청구법인의 원자재 가격(즉, 생산지원비)과 수량 오차에 대한 지적이 없어, 당시 수검한 청구법인의 담당자와 이후 임가공거래를 담당한 담당자가 원자재 가격에 대한 차이를 인지하지 못하고 있었다”는 확인서 내용을 잘못 해석한 것에 불과하다.

(라) 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있는 경우에는 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에 해당하므로, 수정수입세금계산서를 발급하도록 규정하고 있다. 청구법인은 송품장으로만 확인할 수 있었기 때문에 원자재 가격신고 오류를 청구법인만의 귀책으로 볼 수 없다. 조세심판원 결정사례(조심 2015관218, 2015.12.21.)에서도 임가공비에 대해서는 수입자가 알 수 있었으므로 가산세 부과가 정당하다고 하였으나, 원자재 가격은 수입자가 알 수 없었으므로 의무해태가 없어 가산세 부과처분이 부당하다고 하였다.

(마) 처분청이 제시한 판례(부산지방법원 2014.10.16. 선고 2014구합20866 판결)에서 법원은 거래별로 송품장에 기재된 금액이 거래의 실질을 반영하여 합리적인 범위 내에서 작성된 경우에는 수입자가 송품장을 신뢰하여 신고하는 것에 정당한 사유가 있음을 인정하고 있다. 법원의 판단기준을 토대로 청구법인의 경우를 판단해보면, i) 쟁점수출자가 발행한 송품장상의 임가공비가, 계약서와 동일하게 정확히 기재된 사실이 확인될 뿐만 아니라, ii) 청구법인이 원자재 가격에 대해 과소신고한 경우 뿐만 아니라 과다신고한 경우도 많이 존재하고, iii) 송품장상에 기재된 원자재 가격이, 계약서에 따라 청구법인이 제공한 원자재 가격과 미화 1달러 미만 차이나는 비율이 약 66% 정도로 크게 차이가 나지 않는 점을 보았을 때, 청구법인이 쟁점수출자가 발행한 송품장을 신뢰할 만한 충분한 이유가 있었다.

(바) 처분청은 청구법인이 선행 관세조사에 따라 원자재 가격신고 오류를 인지하였고, 그 이후 발생한 오류에 대해서는 청구법인이 성실신고 의무를 해태한 것이라는 의견이나, 오히려 처분청의 이러한 의견은 2014년 인천세관장이 이미 원자재 가격신고 오류를 인지하고 있었음에도 이에 대한 어떠한 조치도 이행하지 않은 ‘부작위’가 있었음을 인정한 것이므로, 이 건에 대하여 청구법인의 성실신고 의무해태가 있다고 보기 어렵다

(사) 청구법인은 청구법인이 쟁점수출자에 무상으로 제공한 원자재가 어느 발주 건에 투입되는지 알 수 없고, 생산지원비로 가산되어야 하는 원자재 가격에는 불량 원자재나 생산과정에서 발생하는 잔여물이 제외되어야 하는데 이를 알 수 없었으며, 생산지원비 금액 역시도 수입한 수량과 맞물려 정확한 수입수량이 확정된 이후에 정확한 금액의 산정이 가능한 점 등을 비추어 볼 때, 쟁점수출자의 잘못 발행된 송품장에 가격신고오류의 근본적인 원인이 있는 것이다.

(아) 처분청은 쟁점수출자가 발행한 송품장 가격을 합리적인 가격으로 볼 수 없다는 의견이나, 통상의 제조업체들은, 물품 제조시 투입된 원재료의 양과 그 과정에서 발생하는 손모량, 불량률을 일일이 개별물품별로 산정하는 것이 사실상 불가능하므로, 제조공정별·일정기간별로 생산된 총 완제품 대비 투입된 원재료와 불량률 등을 고려하여 원가를 산정하는 것이 일반적이므로 쟁점수출자의 표준단가 또는 평가단가를 적용한 산정방식은 합리적이라고 보아야 한다.

(자) 외환검사시 서울세관의 원자재 가격 과세처분은 관세평가 목적상 적정하다고 볼 수 없다. 직접 외환검사를 진행한 서울세관장도 해외 임가공거래에 있어서 정확한 생산지원비 가산금액의 산정을 하지 못할 정도로, 해외 임가공거래의 생산지원비 가산금액은 관세평가 목적상 고려해야 할 사항들이 많고, 실무적으로도 정확한 금액을 산정하는데 어려움이 많은 사안임에도 불구하고, 쟁점수출자는 합리적인 기준을 통해 원자재 가격을 계산하여 송품장을 발행하고자 노력하였으며, 청구법인은 이를 정확하게 신고하기 위해 노력해 온 사정을 종합하면 이 건 처분은 과한 처분에 해당한다.

(차) 납세자의 편의를 위하여 수정수입세금계산서를 최대한 발급하도록 하는 현 「부가가치세법」(2022.12.13. 법률 제19189호로 개정된 이후의 건)의 개정 취지로 볼 때도, 청구법인은 수정수입세금계산서 발급 대상에 해당하므로 본 건에 대해 수정수입세금계산서가 발급되는 것은 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 수정수입세금계산서 발급대상에 해당하지 않는다.

(가) 쟁점물품의 수입신고오류는 청구법인의 착오 또는 경미한 과실로 확인된 경우에 해당하지 않는다.

1) 청구법인의 신고누락은 착오에 의한 것이 아니다.

「부가가치세법」 제35조

에 따라 수정수입세금계산서 발급 여부에 대한 기준을 명확하게 하고자 관세청은 ‘수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침’[심사정책과-381(2022.2.7.), 이하 “수정수입세금계산서지침”이라 한다] 을 마련하였다. 수정수입세금계산서지침에서 착오 또는 경미한 과실에 관하여 ‘세관에 수입신고시 제출한 부속서류에 기재된 내용과 달리 수입신고서를 착오로 잘못 작성한 것이 확인된 경우’ 또는 ‘수입자가 그간 과세가격 및 세율 등을 제대로 신고하여 왔으나 수입자 내부 부서간 또는 수입자와 신고인(관세사 등) 간 업무착오로 일부 수입신고건에 대하여 신고오류가 발생된 경우로서 수입신고 시점 전후에 작성된 서류, 이메일 등을 통해 업무착오였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우’ 등으로 제시하고 있다.

위 지침에 비추어 청구법인이 송품장이나 선하증권의 기재내용과 달리 착오로 신고한 것도 아니고, 과세가격 등을 성실하게 수입신고하여 오다가 일부 수입신고 건에 대해 업무착오가 있었던 경우에도 해당하지 않으므로 신고누락이 착오에 의한 것이라고 보기 어렵다.

2) 청구법인의 신고누락에 대해 청구법인의 과실이 경미하다고 볼 수 없다. 쟁점수출자가 청구법인에게 보낸 쟁점물품의 송품장을 살펴보면, 수입물품의 거래가격은 원자재 가격과 임가공비로 구성되어 있다. 원자재는 청구법인이 쟁점수출자에게 공급한 것으로 청구법인은 원자재 가격을 누구보다 잘 알고 있다고 할 것이고, 청구법인과 쟁점수출자 사이의 임가공계약서에도 물품별 임가공비와 함께 청구법인이 쟁점수출자에 공급하는 원자재의 목록과 가격, 중량 등이 기재되어 있다.

또한 청구법인과 쟁점수출자 사이에 ERP 시스템이 연계되어 있고, 해당 시스템을 통해 각 원자재 가격을 쉽게 확인할 수 있음을 알 수 있다. 위 ERP 시스템에서의 원자재 가격은 청구법인이 쟁점수출자에게 제공하는 자료이고, 임가공비는 청구법인이 스스로 쟁점수출자와의 사이에 체결한 계약서에 물품별로 상세하게 기재되어 있는 자료이다. 즉, 쟁점물품의 거래가격을 결정하는 요소인 원자재의 가격과 임가공비는 모두 청구법인이 보유한 자료에 의하여 확인할 수 있는 것이다.

청구법인은 “각 쟁점수출자가 발행한 송품장에 기재된 임가공비와 계약서상에 기재된 임가공비가 정확히 일치하는지 여부를 일일이 대조하여 확인하는 업무 프로세스를 마련하였다”라고 진술하고 있어, 청구법인이 쟁점물품이 수입되기 이전부터 쟁점수출자가 발행한 송품장과 임가공계약서를 대조하는 절차를 거치고 있다는 것을 알 수 있다.

결국 청구법인은 쟁점수출자에 무상공급한 원자재 가격이 송품장에 올바르게 기재되어 있는지와 관련하여 자신이 보유한 자료에 의해 검증할 수 있고, 송품장 검증 절차까지 보유하고 있으면서도 원자재 가격을 적정하게 신고하지 않아 장기간의 수입거래에서 과세가격을 과소신고하게 된 것으로, 성실신고와 관련한 청구법인의 의무해태가 경미한 과실에 해당한다고 보기는 어렵다.

(나) 청구법인은 쟁점물품의 수입신고오류와 관련하여 청구법인에게 귀책이 없음을 입증하지 못했다.

1) 수정수입세금계산서 발급 제한 제도는 부가가치세법령상의 신고납부 의무를 성실하게 이행하지 않은 수입자에 대한 제재로서, 세액을 낮게 신고하고자 하는 세액 탈루 목적의 존부는 그 요건이 아니고, 청구법인이 쟁점물품의 수입신고 시 과세가격을 포함한 신고사항을 정확하게 신고하기 위하여 성실신고 의무를 다하였는지 여부가 쟁점이라 할 것이다.

청구법인은 쟁점물품의 과세가격에 포함되는 무상공급한 원자재의 가격을 정확하게 신고하기 위하여 별다른 노력을 기울이지 않았고, 이로 인하여 쟁점물품의 과세가격을 과소신고하였으며, 쟁점수출자가 발행한 송품장을 무작정 신뢰하는 것이 아니라 송품장 항목 중 임가공비에 대해서는 검증 절차를 마련해놓고 있었던바, 송품장상 물품의 가격을 구성하는 두 가지 요소 중 나머지 하나인 원자재 가격과 관련하여서만 아무런 검증을 하지 않아 과소신고하게 된 것이 수출자의 귀책사유라고 볼 수는 없다.

2) 청구법인이 제시한 판례(부산지방법원 2014.10.16. 선고 2014구합20866호 판결)는 이 건에 원용할 수 없다. 위 판례에서 수출자와 수입자 사이의 거래는 수출자로부터 기계를 수입하여 우리나라에 설치하기로 하는 거래로, 수입자는 수입신고시 송품장에 기재된 ‘수입 후 설치비용 및 훈련비용(기술지원비용)’을 과세가격에서 공제하고 수입신고하였다. 수입자에 대한 관세심사 결과 송품장에 기재된 설치비용 등이 정확하지 않았으므로 과세관청은 공제요소가 명백히 구분가능한 경우에 해당하지 않는 것으로 보아 관세 및 가산세 등을 부과하였고, 청구법인이 인용한 내용은 이때 부과된 가산세의 적법 여부와 관련한 법원의 판단 부분이다.

해당 판례에서 법원은 수출자별로 판단을 달리하였는데, 송품장에 기재된 설치비용이 합리적인 범위를 벗어나지 않고 실제 수입신고 이후 지출된 설치비용이 송품장 상의 설치비용에 근접한 수입건에 대해서는 원고에게 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 보았으나, 계약서에 기재된 설치비용 및 실제로 지출한 설치비용과 송품장에 기재된 설치비용이 현저한 차이를 보이는 건에 대해서는 송품장에 기재된 설치비용을 공제금액으로 신고한 납세의무자에게 가산세 면제의 정당한 사유가 없다고 보았다.

이 건 심판청구의 경우 거래형태는 해외임가공 거래이고 쟁점은 수정수입세금계산서 발급사유가 있는지 여부로, 사실관계도 쟁점도 달라 위 판례를 그대로 인용하기는 어렵다.

(2) 청구법인의 기타 주장도 타당하지 않다.

(가) 2014년 인천세관장의 선행 관세조사와 관련한 청구법인의 주장을 그대로 신뢰하기 어렵다.

청구법인은 2014년 당시 관세조사를 받았던 직원이 ‘당시 인천세관장이 인도네시아 임가공 거래에 대해 매우 구체적으로 확인하였고, 무상으로 공급한 원자재 단가, 수입한 완제품 수량 오차에 대해 관세 세수에 미치는 영향이 거의 없으므로 청구법인의 적시생산시스템에 의한 입고(수입)관리에 문제점이 없다고 하였다’고 진술한 확인서를 제시하면서 마치 인천세관장이 2014년 관세조사에서 원자재 가격신고오류와 완제품 수량신고오류에 대해 인지한 것처럼 주장한다.

그런데 청구법인이 제출한 사실확인서에서는 청구법인 소속 직원들이 원자재 가격신고오류와 수량신고오류에 대해 전혀 인지하지 못하였다고 진술하고 있어 2014년 인천세관장의 관세조사에 대한 청구법인의 주장을 그대로 신뢰하기는 어렵다.

가사 2014년의 관세조사를 수검하였던 직원의 진술을 인정하더라도, 2014년 관세조사 당시 청구법인이 이미 쟁점수출자와의 임가공 거래에 있어 문제점이 있음을 인지한 것을 자백하는 것이 되며, 그러한 문제점이 세액에 영향을 미쳐서는 안 된다는 점까지 인지하였다고 할 것이므로 청구법인으로서는 인천세관장의 2014년 관세조사 이후 원자재 가격 및 수입신고 수량까지 정확하게 신고하기 위해 노력했어야 하는 것이다.

(나) 수량신고오류와 가격신고오류는 발생 원인이 동일하지 않다.

수량신고오류는 각 포장박스 안의 내용물이 수량 차이를 보이는 것으로 청구법인은 수입신고가 수리된 이후 청구법인의 창고에 실제로 반입된 수량을 검수한 이후에 수량문제에 대해 인지하였을 것이고, 선적되는 포장박스 단위의 수량이 상이한 것이 아니라 포장박스 안의 수량이 쟁점수출자의 송품장 및 수입신고와 일치하지 않는 것으로 우리나라에서의 수입통관 단계에서 바로 인지하기에는 다소 어려움이 존재할 수 있는 문제이다. 반면 원자재 가격신고오류의 경우 수입신고 이전에 수입신고를 위하여 관련 서류를 준비하고, 해당 서류의 정확성 여부를 검증하는 수준의 절차만으로도 충분히 예방이 가능한 문제이다.

수량신고오류와 가격신고오류에 대해서 청구법인이 인지할 수 있는 시점, 예방을 위한 수단의 난이도를 고려할 때, 두 가지 유형의 문제에 대하여 과세가격 과소신고의 원인이 상이한바, 수정수입세금계산서 발급 사유로서 청구법인의 과실이 경미한 정도인지를 판단한 결과 또한 상이할 수밖에 없다.

(다) 쟁점수출자가 발행한 송품장 가격이 합리적인 기준에 의해 작성된 것은 아니다.

청구법인은 쟁점수출자의 송품장 금액 그대로 수입신고한 청구법인에게 수정수입세금계산서 발급까지 제한하는 것은 부당하다는 취지로도 주장하나, 명확한 계산근거도 없이 불량품 가격이라는 명목으로 무상공급한 원자재의 가격에서 임의적인 금액을 차감하여 수입물품의 과세가격을 결정·신고하는 것을 두고 그 수입신고가 정당하다고 볼 여지는 없다.

백보 양보하여 청구법인이 쟁점수출자에 무상공급한 원자재 가격 중에서 생산지원비에서 공제되어야 하는 금액이 있다고 하더라도, 이는 수량화 할 수 있는 명확한 계산 근거와 입증자료를 제시하여 경정청구를 함으로써 과세가격에서 공제해 줄 것을 요청해야 하는 문제이지 수정수입세금계산서 발급 사유가 존재하는지를 다툼에 있어 고려할 문제가 아니다.

(3) 판례에 비추어 보아도 이 건 처분은 적법하다. 법원은 해외 임가공거래 관련하여 “원고가 수년간 하네스 제품을 수입하면서도 수입신고 시 중국 현지 조달 원부자재의 가격이나 수량 등을 전혀 확인하지 않은 채 2008년 상반기 기준 전체 전선 구매금액 대비 중국 현지 조달 전선 구매금액의 비율인 60%를 일률적으로 적용하여 생산지원비로 신고하여 온 점 등을 고려하여 보면, 위 과소신고와 관련하여 원고의 귀책사유를 충분히 인정할 수 있다”라고 판시하였다OOO. 위 판례의 취지에 비추어 쟁점물품의 수입신고시 쟁점수출자에게 무상공급한 원자재 가격을 확인하지 않아 과세가격을 과소신고한 청구법인에게도 귀책사유가 인정된다.

(4) (추가 답변서 요지) 청구법인의 항변 내용은 타당하지 않다.

(가) 청구법인이 쟁점수출자와 체결한 계약서 및 쟁점수출자에 제공하는 ERP 시스템에도 원자재 가격이 모두 기재되어 있어 청구법인은 원자재 가격 정보를 보유하고 있다. 더욱이 어떤 물품을 만들기 위해 어떤 원재료가 얼마만큼 투입되어야 완성품이 만들어지는지를 산정하고 원자재를 공급한 자는 바로 청구법인이다.

청구법인과 쟁점수출자가 특수관계에 있고, 쟁점수출자는 청구법인의 위탁을 받아 쟁점물품을 제조하고 있으며, 위탁가공무역에 의해 무상공급한 원재료의 가격을 수입물품의 가격에 가산하여 수입신고하여야 할 청구법인이 아무런 확인도 없이 쟁점물품의 과세가격을 과소신고하여 부족세액을 발생시킨 것이므로 청구법인에게 귀책사유가 있는 것은 당연하다.

(나) 청구법인은 쟁점수출자와 2013년경부터 거래를 시작하였고, 임가공거래가 본격적으로 수행되기 시작한 것은 2014년경의 일이다. 인천세관장의 관세조사 당시 청구법인은 남북교역의 비중이 크고 중국과도 임가공거래를 하고 있었으므로, 현재와는 거래상황이 상이하다. 따라서 2014년 당시 임가공거래와 관련한 자료를 제출하였다는 사정만으로 인천세관장이 청구법인의 자의적인 생산지원비 결정방식을 인지하였고, 그 가격결정방식을 인정해주었다고 보기는 어렵다.

청구법인의 직원은 2014년 당시 마치 인천세관장이 관세조사 과정에서 원자재 단가오류나 수량오류에 대하여 인지하였음에도 세수에 미치는 영향이 없으므로 문제점이 없다고 판단한 것처럼 진술하고 있으나, 처분청은 기본적으로 인천세관장의 관세조사와 관련한 청구법인의 진술이 일관되지 않아 신뢰할 수 없음을 지적하는 한편, 과거 관세조사 수검직원의 진술을 인정한다고 가정하더라도 청구법인이 원자재 가격신고오류 및 수량신고오류에 대해 이미 인지하였다는 것이 된다.

청구법인은 항변서에서도 여전히 관세조사 당시 원자재 가격신고오류에 대해 지적받았다는 취지의 진술과 원자재 가격신고오류를 전혀 알지 못했다는 취지의 진술을 동시에 제시하고 있으나 위와 같은 주장은 상호모순되는 것으로 양립할 수 없는 주장이고, 따라서 과거 인천세관장이 관세조사에서 쟁점물품에 대한 생산지원비 결정방식을 인정해주었다는 청구법인 주장은 모두 부당하다.

(다) 불량품 발생에 대한 구체적인 입증 없이 생산지원비 일부를 과세가격에서 임의적으로 공제할 수는 없다. 쟁점수출자는 불량품의 실제 발생량에 대한 고려 없이 대략적이고 임의적인 기준으로 송품장을 발행한 것에 불과하고, 실제로 생산지원비에서 공제되어야 하는 불량품이 어느 정도 발생한 것인지는 알 수 없으며, 청구법인 또한 공제되어야 하는 불량품의 가격이나 수량을 객관화하여 확인할 수 있는 구체적인 입증자료를 제시하지 못하고 있다. 결국 과세가격에서 공제되어야 할 항목이 있음을 주장하는 납세의무자가 그에 대한 입증을 제시하지 못한 것으로, 아무런 입증도 없이 청구법인이 쟁점수출자에 무상공급한 원자재의 가격 일부를 과세가격에서 임의적으로 공제하는 것은 오히려 관세평가 목적에 어긋난다고 할 것이다.

1) 청구법인은 원단을 재단하고 남은 잔여물의 사진을 입증으로 제시하고, 그 잔여물의 가격까지도 과세가격에서 제외되어야 한다는 취지의 주장을 하고 있으나 생산과정에서 발생하는 손모량(loss)의 경우,

「관세법」 제30조

제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제1호 “수입물품에 결합되는 재료·구성요소·부분품 및 그 밖에 이와 비슷한 물품”과 제3호 “수입물품의 생산과정에 소비되는 물품”에 해당하므로 과세가격에 해당하여 공제하는 항목이 아니다. 청구법인 스스로 ‘잔여물’이라고 지칭하고 있는 점에서 알 수 있는 바와 같이 원단을 잘라낸 이후의 잔여물은 생산과정에서 생산을 위하여 발생한 것으로 생산과정에 소비되는 물품이라고 보아야 하고, 따라서 과세가격에 포함되어야 하는 것이다.

2) 생산과정에서 발생한 잔여물은 생산지원비에 포함되어야 하므로 원단을 잘라내고 남은 부분과 같이 일반적인 생산손실에 해당하는 부분을 공제할 수는 없고, 쟁점수출자가 원자재를 수령하였을 때 불량이라는 점이 확인된 원자재를 ‘생산이 완료되었을 때 남은 원자재’로 보아 그 가격을 생산지원비에서 공제할 수 있는지를 살펴보더라도 불량 원자재가 있고 그 원자재를 매각하거나 폐기하였다는 점은 청구법인의 주장일 뿐 그와 같은 사실을 확인할 수 있는 명확한 자료가 존재하지 않으므로 생산지원비에서 공제할 비용 또한 확인할 수 없다.

(라) 청구법인이 제시한 조세심판원 결정사례에서 수입자는 보세공장이자 수탁자로서 ‘원자재를 공급받아 위탁받은 물품을 생산’하는 지위에 있는 자이다(조심 2015관218, 2015.12.21. 결정). 거래형태면에서 위탁자인 청구법인과는 정반대의 지위에 있으며, 원자재를 공급받는 자이므로 원자재의 가격을 잘 알지 못했던 것이다. 이에 반해 청구법인은 위탁자이며 원자재 가격 정보를 보유한 자이므로 청구법인이 인용한 심판 결정례를 이 건에 적용하여 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수는 없다.

더하여 청구법인은 처분청이 인용한 판례(부산지방법원 2017.7.6. 선고 2016구합23647 판결)에 대해 이 건과는 사실관계가 다르다는 취지로 주장하나, 가격산정방법 부분에서 쟁점수출자에게 원자재를 공급하는 지위에 있으면서도 실제 원자재의 가격을 반영하지 않은 점은 동일하다.

(마) 개정 「부가가치세법」에 따라 청구법인에게 수정수입세금계산서를 발행해 주어야 한다고 주장하나, 해당 법령에서 개정 이전의 처분에까지 소급하여 적용하도록 하는 규정을 두지 않고 있고, 처분 당시의 법령에 의할 때 청구법인에게는 수정수입세금계산서 발행 사유가 존재하지 않는다는 것은 명백하다.

청구법인은 쟁점물품의 수입과 관련하여 과다신고와 과소신고가 혼재하고 있음을 언급하면서 청구법인에게 세액을 과소신고하고자 하는 등의 고의가 있는 것은 아니라고 주장하나, 과다·과소 신고가 혼재하고 있다는 점은 청구법인이 쟁점물품의 수입신고와 관련하여 주의의무를 다하지 않았다는 것을 입증하는 것에 불과하다. 더하여 쟁점물품의 경우 관세율은 0%이고 부가가치세에 대해서는 수입 당시 발행된 수입세금계산서를 통해 매입세액공제를 받았음을 고려하면, 과다신고 또한 청구법인의 부주의로 인한 것임에도 청구법인이 특별히 세액을 더 부담하게 되었다거나, 불이익이 있었다고 보기도 어려운바 과다신고가 일부 존재한다는 사정은 이 건 처분의 적법성을 다툼에 있어 고려할 사항이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인과 임가공계약을 체결하고 쟁점물품을 생산·수출한 쟁점수출자①은 청구법인이 지분을 OOO% 보유하고 있고, 쟁점수출자②는 청구법인의 비상장 계열사인 주식회사 AAA과 BBB이 각각 지분의 OOO씩을 공동소유하고 있는 업체이다.

청구법인은 쟁점수출자에게 쟁점물품의 임가공을 위한 원자재를 무상공급하고, 쟁점수출자가 생산한 물품에 대한 임가공비를 지급하는 방식으로 완제품을 우리나라로 수입하고 있다.

(나) 수입물품의 생산에 소요되는 원·부자재와 관련되어 발생한 비용은 수입물품의 대가를 구성하는 요소로서 수입물품에 대한 과세가격에 가산하여 신고하여야 한다. 즉, 해외임가공을 위하여 원·부자재를 무상수출하여 완제품을 수입하는 경우

「관세법」 제30조

및 같은 법 시행령 제18조에 따라 무상수출한 원·부자재비, 원·부자재를 가공장소까지 운송하는데 소요되는 제반경비, 현지 구매자재비와 임가공비, 수입 시의 운임과 보험료 등을 합한 금액을 과세가격으로 신고하여야 한다.

(다) 인천세관장은 2014년에 청구법인에 대한 정기 법인심사를 실시하고 임가공비 산정 부적정을 이유로 약 OOO원을 추징하였다. 청구법인은 위 관세조사 당시 개성공단에서 OOO%, 인도네시아에서 OOO%의 임가공 수입비중을 가지고 있었다.

(라) 서울세관장은 청구법인에 대한 외국환거래 검사(2022.6.2.~2022.6.30.) 결과, 청구법인이 임가공 물품의 수입신고시 쟁점수출자에게 무상으로 공급한 원자재의 가격을 과세가격에 정확하게 반영하지 않아 원자재 가격이 실제보다 과소하게 신고되었고, 이에 따라 세액이 과소하게 신고되었음을 확인하였다. 청구법인은 위 외국환거래 검사 당시 쟁점수출자①로부터 81%, 쟁점수출자②로부터 19%의 해외임가공 수입비중을 가지고 있었다.

(마) 청구법인은 서울세관장의 외국환거래 검사결과에 따라 처분청에 부족세액에 대하여 보정신청 및 수정신고를 하고, 관련 세액을 납부하였으나, 처분청은 수정수입세금계산서를 발급하지 않았다. 이에 따라 청구법인이 처분청에 수정수입세금계산서 발급을 신청하자, 처분청은 외국환거래 검사를 실시한 서울세관장에게 발급 여부를 조회하였고, 청구법인은 2022.7.20. 서울세관장을 통해 관세청 납세자보호위원회에 수정수입세금계산서 발급과 관련한 심의를 요청하였다.

청구법인은 쟁점수출자가 청구법인의 의사와는 관계없이 계약된 원자재 가격 및 완제품 수량대로 송품장을 발행하지 않았고, 나아가 현재와 동일한 거래구조 및 업무처리 구조 하에서 동일한 신고오류가 발생하였음에도 불구하고, 인천세관장의 2014년 정기법인심사 당시 문제점을 전혀 지적받지 못하여, 청구법인의 신고방법 및 신고내용에 오류가 있을 것으로 생각하지 못하였기 때문에 청구법인에게 귀책사유가 없다고 보아 수정수입세금계산서 발급신청을 하게 되었다고 제시하고 있다.

(바) 관세청 납세자보호위원회는 2022.9.2. 세액 증액 사유에 따라 가격신고오류에 대해서는 수정수입세금계산서를 미발급하고, 수량신고오류에 대해서는 발급하는 것으로 결정하여 청구법인과 서울세관장에게 통지하였다. 서울세관장은 2022.9.19. 처분청에 수정수입세금계산서 발급대상 수입신고건과 금액을 확인하여 통지하였고, 처분청은 가격신고오류로 세액이 증액된 부분은 수정수입세금계산서를 발급하지 않고, 수량신고오류로 인해 세액이 증액된 부분에 대해서만 수정수입세금계산서를 발급하였다.

(사) 서울세관장은 2022.11.4. 처분청에게 보정신청의 경우 수정수입세금계산서 발급대상임을 확인하여 보정신청한 43건의 증액된 세액 전체에 대하여 수정수입세금계산서를 발급하도록 통지하였고, 처분청은 이에 따라 2022.11.7. 보정신청한 43건의 부가가치세 OOO원에 대한 수정수입세금계산서를 발급하였다. 이로 인해 처분청은 수입신고번호 OOO호 등 404건 합계 OOO원에 대한 수정수입세금계산서를 발급하지 않은 것이다.

(아)

「부가가치세법」 제35조

제1항에서는 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때 수입된 재화에 대한 수입세금계산서를 발행하도록 하고 있고, 같은 조 제2항은 “세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다”라고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제2항 제2호에서 “세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우”를 규정하고 있고, 다목에서는 “수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”를 규정하고 있다.

1) 같은 법 시행령 제72조 제4항에서는 같은 법 제35조 제2항에 따라 대통령령으로 정하는 경우에 대하여 규정하면서 제9호에 “제1호부터 제8호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우”라고 규정하고 있다.

2) 따라서 관세조사 이후 세액이 정정될 것을 미리 알고 수정신고하는 경우에는 같은 법 제35조 제2항 제2호의 각 목에서 정한 바에 해당하는 경우에만 수정수입세금계산서가 발행되고, 그렇지 않으면 수정수입세금계산서의 발급이 제한되므로 서울세관장의 외국환거래 검사 결과통지에 따라 수정신고를 하였던 청구법인에게는 원칙적으로 수정수입세금계산서의 발급이 제한되며, 청구법인이 쟁점물품의 수입신고시 과세가격에 원자재 가격의 일부가 누락된 것이 착오 또는 경미한 과실로 인한 경우이거나 청구법인의 귀책사유가 없음을 청구법인이 증명하는 경우에만 수정수입세금계산서가 발급될 수 있다.

3) 또한 수정수입세금계산서지침 제4조 제2항에서 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 지침 제11조 제2항에서 ‘수입자의 착오 또는 경미한 과실’을 수입자로서의 통상의 주의의무를 태만히 하거나 해태한 경우 등으로 규정하고 있으며, 같은 지침 제12조 제1항 제1호 가목에 따라 수입자가 가산요소 금액의 누락 가능성을 직ㆍ간접적으로 인식하고 완전하지는 않더라도 이를 보완하려는 노력을 하였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우와 같은 지침 제12조 제1항 제4호에 따라 세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있으며 과세처분을 하지 아니한 경우로서 과세가격 결정 관련 중요한 사실관계가 동일한 경우에는 같은 지침 제4조 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급하도록 규정하고 있다.

(자) 청구법인은 인천세관장이 2014년 청구법인에 대한 관세조사시 청구법인과 쟁점수출자 간 임가공 거래에 대하여 임가공 계약서, 소요량 계산서, 원가계산서 등 일체의 자료를 제출할 것을 요청하고, 이를 검토하였음에도 청구법인이 과소신고한 임가공비에 대해서만 과세처분을 하였으므로 수정수입세금계산서지침 제12조 제1항 제4호에서 규정하는 ‘세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있으며, 과세처분을 하지 아니한 경우로써 과세가격 결정관련 중요한 사실관계가 동일한 경우’에 해당한다고 주장한다. 청구법인은 위 주장을 입증하는 취지로 인천세관장의 ‘자료제출 요청서’ 및 2014년 당시에도 존재했던 ‘원재료 가격 오류 예시’를 제출하였다.

이에 대하여 처분청은 청구법인과 쟁점수출자 간 임가공 거래는 2013년경부터 본격적으로 이루어졌을 뿐만 아니라, 청구법인은 2014년 인천세관의 관세조사 당시 쟁점수출자와의 임가공 거래 규모가 현재와 비교하였을 때 그 거래비중이 많지 않아 거래상황이 상이하므로 과거 인천세관장이 관세조사 후 결과 통지한 것은 청구법인의 원재료 가격 결정방식에 대한 인정으로 보기는 어렵다는 의견이다.

(차) 청구법인은 쟁점수출자가 청구법인이 발주한 원재료(원단 및 원사)를 원재료 공급업체로부터 수령할 당시부터 Bulk 형태로 선적되는 물품의 특성상 청구법인과의 임가공 계약서상 기재된 수량과 정확하게 일치하는 수량을 전달받을 수 없고, 쟁점수출자의 제조공정에 투입하는 실제 원재료의 양을 정확히 측정하는 것이 불가능하므로, 제조공정에 투입된 실제 원재료 단가와 임가공 계약서상 단가가 정확하게 일치할 수 없다고 주장한다. 또한 청구법인은 위와 같은 사정상, 쟁점수출자가 (1) 원가명세서상의 표준가격, 또는 계약서상의 평균단가와 같이 나름의 합리적인 방법으로 원재료 가격을 산정한 것이고, (2) 통상 각 개별물품의 실제원가를 정확히 산정하기 어려운 경우, 해당 물품의 표준원가를 사용하여 원가를 산정하는 것이 일반적이며, (3) 과소신고 이외에 과다신고한 건도 많을 뿐만 아니라, 원재료 가격 신고오류 건의 경우 미화 1달러 이하의 단가 차이 건이 약 66%를 차지할 정도로, 실제 계약단가와 거의 차이가 없다는 사실을 고려해 보았을 때, 쟁점수출자의 원재료 가격 산정방법이 무조건 잘못된 방법이라고 볼 수도 없으므로, 청구법인이 계약서에 기재된 단가와 다르게 신고하였다는 사정만으로, 수정수입세금계산서의 발급까지 거부하는 것은 부당하다고 주장한다.

이에 대하여 처분청은 쟁점수출자가 불량품 및 잔여물에 대한 고려 없이 자의에 의해 대략적이고 임의적인 기준을 통해 송품장을 발행하고, 청구법인은 이에 대한 검토 없이 수입신고한 것에 지나지 않으므로 쟁점물품의 수입신고가 정당하다고 볼 여지는 없으며, 백보 양보하여 청구법인이 쟁점수출자에 무상공급한 원자재 가격 중에서 생산지원비에서 공제되어야 하는 금액이 있다고 하더라도, 이는 수량화 할 수 있는 명확한 계산 근거와 입증자료를 제시하여 경정청구를 함으로써 과세가격에서 공제해 줄 것을 요청해야 하는 문제이지 수정수입세금계산서 발급 사유가 존재하는지를 다툼에 있어 고려할 문제가 아니라는 의견이다.

(카) 청구법인은 원재료 가격 신고오류와 관련하여 청구법인이 쟁점수출자에게 정확한 원재료 가격이 기재된 계약서를 송부하였을 뿐만 아니라, ERP시스템을 연결하여 쟁점 해외공장에서도 이를 확인할 수 있도록 하였으므로, 개별 수입신고 건별로 정확한 원재료 가격의 산정이 불가능한 쟁점물품의 특성상 수출자가 발행한 송품장이 적정하게 발행되었을 것이라고 신뢰하여 수입신고를 한 것이라고 주장하면서 ‘메일 송부한 원재료 가격 포함 계약서’ 및 ‘쟁점 해외공장과 연결된 ERP로 원재료 가격 확인 가능 화면’을 제출하였다.

청구법인은 송품장이 수출업자가 자신의 책임 하에 수입자에게 제공하는 상업서류로서 수출자에게는 상품대금이나 비용의 청구서, 수입업자에게는 수입계산서의 역할을 하여 무역거래에서 객관적인 자료로서 통용되는 자료로써, 쟁점수출자는 자신이 발행한 송품장을 토대로 임가공비를 청구법인으로부터 수령하고 있고, 청구법인이 발행된 송품장의 임가공비를 건별로 확인해 본 결과, 그 금액이 정확히 일치하였으므로, 청구법인은 송품장이 정확하게 발행되었다고 믿을 수밖에 없었다고 주장한다(부산지방법원 2014.10.16. 선고 2014구합20866 판결, 같은 뜻임).

또한 청구법인은 서울세관장의 외국환거래 검사시 청구법인의 임가공 거래에 대하여 임직원 및 쟁점수출자로부터 구두 및 확인서 형태의 서면으로 모두 설명을 듣고 검토한 뒤, 임가공 거래시 수량 및 원재료 가격을 잘못 신고할 고의가 없고, 그 귀책이 쟁점수출자에게 있다고 보아, 허위신고죄에 해당하지 않는다고 판단하였으므로 청구법인에게 귀책사유가 없다고 주장하면서 외국환거래 검사시 청구법인의 임직원 및 쟁점수출자가 제출한 확인서를 제출하였다.

처분청은 이에 대하여 수정수입세금계산서지침에서 “착오 또는 경미한 과실”에 대하여 ‘세관에 수입신고시 제출한 부속서류(Invoice, B/L 등)에 기재된 내용과 달리 수입신고서를 착오로 잘못 작성한 것이 확인되는 경우’ 및 ‘수입자가 그간 과세가격 및 세율 등을 제대로 신고하여 왔으나 수입자 내부 부서간 또는 수입자와 신고인(관세사 등) 간 업무착오로 일부 수입신고건에 대하여 신고오류가 발생된 경우로서 수입신고 시점 전후에 작성된 서류, 이메일 등을 통해 업무착오였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우’를 규정하고 있으나, 청구법인에게 착오 또는 경미한 과실이 있었다고 볼 수 없다는 의견이다. 더욱이 청구법인과 쟁점수출자는 특수관계에 있고, 원재료 가격은 청구법인이 임가공 거래에서 위탁자로서 쟁점수출자에게 제공하는 자료이므로, 청구법인은 수입신고 당시 과세가격이 정확한 것인지 여부를 보유한 자료에 의해 충분히 확인할 수 있었을 것인바, 청구법인이 수입신고를 하면서 어떠한 검증도 하지 않았으므로 이는 수입자의 주의의무를 충분히 다하지 않아 발생한 것이므로 청구법인에게 그 귀책사유가 있다는 의견이다.

(타) 청구법인은 관세청 납세자보호위원회에서 수량신고오류에 대해 수정수입세금계산서의 발급을 허용한바 있으며, 수량신고오류와 원재료 가격신고오류는 근본적으로 청구법인이 쟁점수출자가 생산한 수량 및 그 원재료 단가를 알 수 없는 상황에서 쟁점수출자가 발행한 송품장을 신뢰하여 수입신고함에 따라 발생한 오류로서 발생 원인이 동일함에도 청구법인과 쟁점수출자가 단지 특수관계에 있다는 사정만으로, 청구법인이 원재료 가격과 관련된 모든 정보를 알 수 있었을 것이라 단정하여 수정수입세금계산서의 발급을 거부하는 것은 부당하다고 주장한다.

처분청은 이에 대하여 수량신고오류 및 가격신고오류는 청구법인이 쟁점수출자가 송품장을 잘못 발행하였다는 것만으로 발생한 문제가 아니라, 청구법인이 수입신고를 함에 있어 이를 바로잡지 못했기 때문에 발생한 것이고, 더욱이 수량신고오류의 경우 청구법인이 수입신고 하기 전에 이를 인지할 수 없었던 반면, 원재료 가격신고오류는 수입신고 전 청구법인이 보유한 자료를 통해서도 충분히 예방할 수 있는 문제이므로 원재료 가격 신고오류에 대한 청구법인의 과실이 경미하다고 볼 수 없어, 수정수입세금계산서를 발급할 대상에 해당하지 않는다는 의견이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 청구법인이 자신의 귀책사유가 없음을 증명한 경우에 해당하지 아니하므로 수정수입세금계산서의 발급신청을 거부한 처분이 적법하다는 의견이나, 청구법인은 2014년 인천세관장의 관세조사 과정에서 청구법인과 쟁점수출자간 체결한 임가공 계약서, 소요량 계산서 및 원가계산서 등 일체의 자료를 제출하였고, 2022년 서울세관장의 외국환거래 검사과정에서도 동일한 형태의 거래내용에 관한 자료를 제출한 것으로 나타나는 점, 인천세관장은 청구법인에 대한 2014년 관세조사 결과, 청구법인이 과소신고한 임가공비에 대해서만 과세처분을 하고, 임가공 계약서의 원자재 가격과 쟁점수출자 발행 송품장의 원자재 가격이 상이한 점에 대하여는 지적한 사실이 없는 것으로 나타나고, 청구법인은 위 조사결과를 신뢰하여 원자재 가격의 차이가 허용되는 범위의 오차 수준이라고 오인하고 서울세관장의 지적이 있기 전까지 같은 방식으로 수입신고를 하였던 것이라고 주장하고 있는 점, 쟁점물품은 적용 관세율이 0%로 청구법인에게 조세포탈 등의 실익이 없는 것으로 보이고, 원재료 가격의 과소신고 뿐만 아니라 과다신고된 사실도 많아 서울세관장이 이러한 사실에 대하여 허위신고죄 적용을 하지 않은 것으로 확인되는 점, 송품장이란 수출업자가 자신의 책임 하에 수입자에게 제공하는 상업서류로서 수출업자에게는 상품대금이나 비용의 청구서 역할을 하고, 수입업자에게는 수입계산서 역할을 하며 수입지에서 통관을 할 때 필요한 서류이므로, 일반적인 무역거래에서 송품장은 객관적인 자료로서 통용되고, 청구법인의 수량신고오류와 가격신고오류는 근본적으로 쟁점수출자가 발행한 송품장을 신뢰하여 수입신고함에 따라 발생한 오류로 그 발생 원인이 동일한 점, 수량신고오류는 입고과정에서 그 확인이 용이하고, 청구법인이 그 오류를 발견한 시점에서 보정신청 또는 수정신고를 해야 함에도 이를 이행하지 않았는바, 통상의 주의의무만으로 발견하기 어려운 가격신고오류를 관세청 납세자보호위원회가 수정수입세금계산서 발급대상으로 결정한 수량신고오류에 비하여 중대한 과실이 있는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「관세법」제131조

와

「국세기본법」 제80조의2

, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 관세법

제30조(과세가격 결정의 원칙) ① 수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 한다.

3. 구매자가 해당 수입물품의 생산 및 수출거래를 위하여 대통령령으로 정하는 물품 및 용역을 무료 또는 인하된 가격으로 직접 또는 간접으로 공급한 경우에는 그 물품 및 용역의 가격 또는 인하차액을 해당 수입물품의 총생산량 등 대통령령으로 정하는 요소를 고려하여 적절히 배분한 금액

(2) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 것)

제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우

나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 수입하는 자는 제2항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우

「국세기본법」 제26조의2

제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다.

(3) 부가가치세법(2022.12.31. 법률 제19194호로 개정된 것)

제35조(수입세금계산서) ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우(제3호에 따라 수정신고하는 경우는 제외한다)

2. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우(수입하는 자가 해당 재화의 수입과 관련하여 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우로 한정한다)

가.

「관세법」 제270조

(제271조제2항에 따른 미수범의 경우를 포함한다), 제270조의2 또는 제276조를 위반하여 고발되거나 같은 법 제311조에 따라 통고처분을 받은 경우

나.

「관세법」 제42조

제2항에 따른 부정한 행위 또는 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조제1항제1호 단서에 따른 부당한 방법으로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우

다. 수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 대통령령으로 정하는 중대한 잘못이 있는 경우

3. 수입하는 자가 세관공무원의 관세조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액이 결정 또는 경정될 것을 미리 알고 그 결정ㆍ경정 전에 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우(해당 재화의 수입과 관련하여 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우로 한정한다)

③ 세관장은 제2항 제2호 또는 제3호의 결정ㆍ경정 또는 수정신고에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 후 수입하는 자가 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사실을 알게 된 경우에는 이미 발급한 수정수입세금계산서를 그 수정 전으로 되돌리는 내용의 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다. ＜신설 2022. 12. 31.＞

④ 세관장은 제2항 제2호 가목에 해당하여 같은 항 제2호 또는 제3호에 따라 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하였거나 제3항에 따라 수정수입세금계산서를 다시 발급한 이후에 수입하는 자가 무죄 취지의 불기소 처분이나 무죄 확정판결을 받은 경우에는 당초 세관장이 결정 또는 경정한 내용이나 수입하는 자가 수정신고한 내용으로 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다. ＜신설 2022. 12. 31.＞

⑤ 수입하는 자는 제2항 또는 제4항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우

「국세기본법」 제26조의2

제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다.

⑥ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 부가가치세법 시행령(2022.7.1. 대통령령 제32734호로 개정된 것)

제72조(수입세금계산서) ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2 제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.

「관세법」 제9조

제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우

3. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조 제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 아니하는 경우

4.

「관세법」 제37조

에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

5.

「관세법」 제38조

제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

6. 수입자가 수입물품의 거래조건 또는 해당 거래와 관련된 회계처리기준 및 방법 등이 변경된 것을 반영하지 못하여 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우로서 수입자가 그 밖의 수입신고에 대해서는 과세표준 및 세액을 적정하게 신고한 것이

「관세법」 제110조

제2항 제2호에 따른 관세조사 결과 확인되는 경우

7. 수입자가 거래가격에

「관세법」 제30조

제1항 각 호의 금액(이하 이 호에서 “가산요소”라 한다)을 포함하지 않은 경우로서 해당 가산요소를 거래가격에 포함하려면 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

8. 수입자가

「관세법」 제30조

제3항 각 호의 사유가 있어 같은 법 제31조부터 제35조까지의 규정에 따른 방법으로 과세가격을 신고해야 하는 경우로서 수입자가 해당 사유를 인식하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

9. 제1호부터 제8호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다.

⑥ 법 제35조 제3항에 따라 수정수입세금계산서를 발급받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 수정수입세금계산서 발급신청서를 해당 부가가치세를 징수한 세관장에게 제출하여야 한다.

(5) 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침(관세청, 2022.2.7.)

제4조(수정수입세금계산서의 발급) ② 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 및 영 제72조 제2항 단서에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 세관공무원의 관세조사 통지 등 제5조 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우라 하더라도 세관장은 수정수입세금계산서를 발급한다.

제11조(공통 분야) ① 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

4. 영 제72조제4항제6호에 해당하는 경우로서 기타 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

③ 제1항 제4호에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

2. 수입자가 그간 과세가격 및 세율 등을 제대로 신고하여 왔으나 수입자 내부 부서간 또는 수입자와 신고인(관세사 등) 간 업무착오로 일부 수입신고건에 대하여 신고오류가 발생된 경우로서 수입신고 시점 전후에 작성된 서류, 이메일 등을 통해 업무착오였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

(예시) 수입자가 그간 생산지원비를 과세가격에 포함하여 성실하게 수입신고하여 왔으나 일부 수입건(전체 수입건수의 1.5% 등)에 대하여 내부부서간 업무착오로 신고를 누락한 경우 등

제12조(과세가격 분야) ① 수입물품의 과세가격이 변경된 경우로서 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 수입자가 거래가격에

「관세법」 제30조

제1항 각 호의 금액(이하 이 호에서 “가산요소”라 한다)을 포함하지 않은 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

나. 수입자가 가산요소 금액의 누락 가능성을 직ㆍ간접적으로 인식하고 완전하지는 않더라도 이를 보완하려는 노력을 하였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

4. 세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있으며 과세처분을 하지 아니한 경우로써 과세가격 결정관련 중요한 사실관계가 동일한 경우

(예시) 세관장이 선행 관세조사를 할 때에 권리사용료 계약과 지급액을 검토하여 비과세 의견을 표명하였으나, 차기 관세조사를 할 때에 사실관계는 동일하나 수입물품과의 관련성이 있다고 판단하여 과세한 경우

② 세관장은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.

1. 수입자가 수입신고를 할 때 반드시 검토ㆍ확인이 필요한 기초적인 내용에 대하여 상당한 전문성을 요하지 않고 통상적인 주의의무만으로도 충분히 인식할 수 있음에도 불구하고 정확한 납세신고를 하기 위한 노력이 없는 경우

(예시) 수입자가 외국 수출자에게 의류 임가공을 의뢰하면서 직접 구입해 제공한 원단 등의 가격(생산지원비), 수입자 본인이 직접 외환송금한 로열티ㆍ운송비 등을 과세가격에 포함시키지 않은 경우