조심 2019지1768 (2019.12.03)

OOO이 2018.11.14. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2017.1.23. OOO 외 10필지 토지 39,225㎡상에 물류창고용 건축물 43,175.81㎡(명칭 : OOO, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 그 취득가액인 OOO원(지목변경분 OOO원 포함)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다. 나. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물의 취득세 등을 신고·납부하면서 이 건 건축물 1~3층에 설치한 매자닌 렉(Mezzanine Rack, 건물 상부 빈공간에 수납공간을 만들어 활용하는 시설물, 이하 “쟁점시설”이라 한다) 설치공사 비용 OOO원을 취득세 과세표준에서 누락한 것으로 보아, 2018.11.14. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 OOO원(가산세 포함)을 부과.고지 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 백화점 등에 의류, 핸드백, 신발류 등을 납품하기 위해 위 물건들을 입고.보관.출고.반품.가공 등을 영위하는 제3자 물류사업자로서 청구법인이 이 건 건축물내 쟁점시설을 설치하게 된 경위를 살펴보면, 청구법인(매도인)과 OOO(매수인[신탁업자], 위탁자 : 집합투자회사인 OOO 주식회사)은 청구법인이 이 건 건축물을 신축하게 되면, 그 소유권을 주식회사 OOO에게 이전하고, 이후 주식회사 OOO(임대인)이 청구법인(임차인)에게 이 건 건축물을 임대하는 내용의 양해각서(MOU, 2016.8.16.), 선 매매.선 임대차계약(2016.10.20.)을 각각 체결한 후, 위 계약에 따라 청구법인은 2016.9.1. OOO 주식회사와 쟁점시설 설치공사 계약을 하였고, 2017.1.23. 이 건 건축물이 신축이 되자 그 소유권을 2017.2.21. 주식회사 OOO에게 이전하였으며, 다시 주식회사 OOO으로부터 이 건 건축물을 임차한 후, 청구법인 목적사업인 물류.창고업(제3자 물류업)을 영위하기 위해 2017.1.31.부터 쟁점시설을 설치.운영하게 되었다. 처분청은 쟁점시설이 이 건 건축물에 부수되는 필수시설이므로 쟁점시설공사비가 취득세 등의 과세표준에 포함되어야 한다고 주장하나, 쟁점시설은 건축물 상부 구조 공간에 물건 등을 적치할 용도로 활용하기 위해 분해.조립이 가능한 자동화 장치 구조물로서 건축물의 사용승인일 이전에 건축.소방.전기설비 등과 같이 건축물의 벽면과 바닥 등에 연결하거나 부착하는 건축물의 기능과 효용을 증진시키기 위해 설치되는 필수시설에 해당하지 않는 점, 청구법인과 주식회사 OOO간에 체결된 선 매매계약서(2016.10.20.)를 보면, 쟁점시설은 이 건 건축물과 달리 매매대상 제외되는 것으로 계약이 체결된 점, 청구법인은 이 건 건축물의 임대차계약(2017.1.12.~2027.1.12.)이 만료되면 쟁점시설을 철거하여 원상복구 하기로 임대차계약이 체결된 점, 국토해양부장관은 2008.7.3. 쟁점시설(적층식 랙)은 필요에 따라 설치·해체·이전 등이 가능하므로 쟁점시설(적층식 랙)만으로 토지에 정착하거나 건축물에 영속적으로 일체화되는 구조물이 아니라 내용의 지침을 전국 시.도지사에게 통보한 점 등을 고려하면 쟁점시설은 이 건 건축물에 부수되는 필수적인 시설물이 아니라 청구법인이 물류.창고 임대업을 영위하기 위하여 설치한 별개의 영업 시설용 자동화 장치에 불과함에도 처분청이 쟁점시설을 이 건 건축물의 부수되는 필수적인 시설물로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점시설이 이 건 건축물에 부수되는 필수시설에 해당하지 않으므로 쟁점시설공사비가 취득세 과세표준에 포함되지 않는다고 주장하나, 건축물을 신축하면서 그에 부합되거나 부수되는 시설물을 함께 설치하는 경우라면 그 설치비용 역시 당해 건축물에 대한 취득세의 과세표준이 되는 취득가격에 포함된다고 할 것(대법원 2013.7.11. 선고 2012두1600 판결 등 참조)이고, 당초부터 물류센터로 사용하기 위하여 신축된 건축물로서, 이 건 건축물이 물류센터로서의 효용을 다하기 위하여는 건축물 내 각종 시설들이 갖추어졌을 때 비로소 그 용도가 효용을 다하는 것으로, 쟁점시설을 포함한 물류설비가 설치되지 아니한 경우라면 이 건 건축물의 기능과 효용은 일반 창고와 다를 것이 없다고 할 것이므로, 쟁점시설은 주체구조부인 물류 창고와 일체가 되어 이 건 건축물의 효용과 기능을 다하기에 필수적인 시설이라고 할 것인바(행심 2007-464, 2007.8.27., 같은 뜻임), 청구법인과 OOO 주식회사가 2016.9.1. 체결한 쟁점시설 설치 공사계약서에 따르면, 쟁점시설은 설치기간이 4개월 정도가 소요되는 공사로서 이 건 건축물 사용승인일(2017.1.23.) 이전부터 이 건 건축물의 높이, 면적 등을 고려하여 바닥면적 판(데크 플레이트)과 계단을 시공한 후 철골기둥과 보를 조립하는 등의 공정과 건축물 벽면에 구조물(H빔, 메인.서브 빔 등) 및 파이프가 연결되어 있어 그 자체로서 이미 이 건 건축물과 하나를 이루고 있는 점, 청구법인은 국토해양부장관(2008.7.3.)의 지침에 따라 쟁점시설은 건축물과 일체를 이루는 구조물이 아니라고 주장하나, 위 지침은 「건축법」에 따른 건축물의 바닥면적 산정과 관련한 사항으로, 이 건 건축물의 취득 간접비용 산정과는 관련성이 없으며, 오히려 위 지침에서 적층식 랙은 화물의 보관 및 유통가공 등의 물류업무 수행에 필수적인 물류설비라고 규정하고 있어 물류창고용도인 이 건 건축물의 특성상 쟁점시설은 이 건 건축물에 필수적 구조물임을 확인시켜 주었다는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점시설은 이 건 건축물과 일체를 이루고 있으면서 물류창고용도인 이 건 건축물의 효용가치를 증대시키는 필수적인 시설에 해당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 이 건 건축물 신축시 건물 내 설치한 쟁점시설 설치비용이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1994.11.23. OOO를 본점 소재지로 하고, 보관 및 창고업, 복합운송주선업 및 화물운성업 등을 영위하기 위하여 설립되었다. (나) 처분청이 청구법인에게 통보한 이 건 건축물 사용승인서(건축행정과-1511, 2017.1.23.)를 보면, 청구법인은 2015.1.30. 처분청으로부터 건축허가를 받고 2015.11.25. 이 건 건축물을 착공하여, 쟁점시설을 이 건 건축물 내에 설치한 후, 2017.1.23. 사용승인을 받은 것으로 확인된다. (다) 이 건 건축물의 층별 현황 및 쟁점시설 설치현황은 다음의 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 건축물의 층별 현황 (라) 청구법인은 2017.1.23. 이 건 건축물을 신축하여 취득한 후, 그 취득가액 OOO원(신축분 OOO원, 지목변경분 OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고.납부하였다. (마) 청구법인(매도인)과 OOO 주식회사(매수인)는 2016.8.16. 이 건 토지상에 신축중인 물류창고용 건축물이 준공되면, 매도인은 매수인에게 위 건축물과 그 부속토지를 OOO원에 매도한다는 내용의 양해각서(MOU)를 체결하였다. (바) 청구법인(발주자)은 2016.9.1. OOO 주식회사(도급인)에게 쟁점시설 설치공사 계약금으로 2016.10.31. OOO원을, 1차 중도금으로 2016.11.30. OOO원을, 2차 중도금으로 25016.12.31. OOO원을, 잔금으로 2017.1.31. OOO원 합계 OOO원을 지급하는 공사계약을 체결하였다. (사) 청구법인(매도인)은 2016.10.20. OOO 주식회사(매수인)에게 OOO원에 매매하는 선 매매계약을 체결하면서, 이 건 건축물에 설치할 예정인 쟁점시설에 대해서는 매매 목적물에 제외하였다. (아) 주식회사 OOO(신탁업자, 임대인), OOO 주식회사(집합투자기구, 위탁자)와 청구법인(임차인)은 2016.10.20. 이 건 건축물 등을 2017.1.12.부터 10년(지층.지상 1층은 5년)간 임대보증금으로 OOO원, 월 임대료 OOO원에 임대하되, 위의 임대차 계약기간이 만료(해약)되는 경우 청구법인 소유 재산(쟁점시설 포함) 등을 원상복구 또는 반출하여야 하며, 이를 이행하지 않을 경우 임대인은 원상복구를 위해 청구법인 소유 재산(쟁점시설 포함)을 임의 장소로 이동시킬 수 있다는 내용의 선 임대차 계약을 체결하였다. (자) 등기부등본을 보면, 이 건 건축물은 2017.2.14. 청구법인 명의로 소유권보존등기 되었고, 2017.2.21. 신탁재산처분에 의한 신탁을 원인으로 OOO 주식회사 명의로 소유권이 이전등기된 것으로 나타난다.

(차) OOO이 2000.7.15. 고시한 산업용 랙(코드번호 KS A 2163)과 관련한 산업표준심의회 심의자료를 보면, 건물상부의 빈 공간을 활용하여 물건을 적치하는 시스템을, 산업용 랙(Industrial Rack), 파렛트 랙(Pallet Rack), 적층 랙(Mezzanine Rack)으로 정의하고 있다. 세부 심의내용(발췌)은 다음과 같다. (카) 청구법인의 2016년, 2017년 법인장부(계정별 원장)을 살펴보면, 청구법인은 2016.12.31. 쟁점시설의 공사비를 이 건 건축물과 구분하여 건설중인 자산(임차자산개량권)으로, 2017.7.13. 건설중인자산(임차자산개량권)에서 시설장치로 회계처리를 한 것으로 나타난다. (타) 국토해양부장관은 2008.7.3. 다음과 같이 시.도 지방자치단체장에게 물류센터 내 적층식 랙의 바닥면적 산정 적용 지침을 다음과 같이 통보(건축기획과-2216, 2008.7.3.)하였다. (파) 처분청이 2018.6.21. 현지에 출장한 후 작성한 출장복명서를 보면, 다음과 같이 기재되어 있다. (하) 청구법인은 이 건 건축물에서 메자닌 랙 공사 관련 표준시방서 상 공사 개요 및 제작과정은 다음과 같다.(요약) (거) 처분청은 2018.6.20.부터 2018.7.20.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 이 건 건축물 취득신고 당시 취득가액 중 쟁점시설 설치를 취득세 등의 과세표준에서 누락한 것으로 보아, 2018.11.14. 위 공사비 중 OOO원을 제외한 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 청구법인에게 부과.고지하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴 본다. 처분청은 쟁점시설이 이 건 건축물의 가치를 증대시키는 부수시설로서 쟁점시설의 설치비용은 취득세 등의 과세표준에 포함된다는 의견이나, 쟁점시설은 이 건 건축물에 부수되는 소방·전기설비 등과는 별개로 랙(선반, 각종 걸이 등)을 설치한 것으로 확인이 되는 점, 쟁점시설은 건축물 벽면에 구조물(H빔, 메인.서브 빔 등) 및 파이프 등과 연결되어 있으나 나사와 볼트를 이용한 것이라 이를 철거하면 쟁점시설도 같이 철거하여야 하고 이설이 가능하도록 설계되어 있는 점, 청구법인이 이 건 건축물을 임차하는 계약을 하면서 그 임대차 계약이 만료되는 경우 이 건 건축물에서 쟁점시설을 철거하여 원상복구하도록 임대차 계약을 체결한 점 등에 비추어, 쟁점시설은 이 건 건축물과 별개로 설치·해체·이전이 가능한 물류시설로서 이 건 건축물의 일부로 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점시설 설치비용을 이 건 취득세 등의 과세표준에 포함되는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세법(법률 제14475호로 2016.12.27. 개정된 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다. 4. "건축물"이란 「건축법」제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수·배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 6. "개수"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 가. 「건축법」제2조 제1항 제9호에 따른 대수선 나. 건축물 중 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수·배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 수선하는 것 다. 건축물에 딸린 시설물 중 대통령령으로 정하는 시설물을 한 종류 이상 설치하거나 수선하는 것 제7조(납세의무자 등) ③ 건축물 중 조작(造作) 설비, 그 밖의 부대설비에 속하는 부분으로서 그 주체구조부(主體構造部)와 하나가 되어 건축물로서의 효용가치를 이루고 있는 것에 대하여는 주체구조부 취득자 외의 자가 가설(加設)한 경우에도 주체구조부의 취득자가 함께 취득한 것으로 본다. (2) 건축법(대통령령 제27710호로 2016.12.30. 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. "건축물"이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소·공연장·점포·차고·창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.