조심 2020광0255 (2021.01.25)

OOO세무서장이 2019.9.17. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원과 2017사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은

「조세특례제한법」제63조의2

에 따른 감면세액 계산시 청구법인의 특수사업소 중 OOO 소속 직원으로서 이전본사에서 근무한 인원을 이전본사 근무인원에 포함하는 것으로 이전본사 근무인원 비율을 재산정하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은OOO 전력자원의 개발과 발전ㆍ송전ㆍ변전ㆍ배전 및 이와 관련되는 영업 등을 목적으로 설립되어OOO 지정된 법인으로, 2014.12.1. 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」(현 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」, 이하 “혁신도시법”이라 한다)에 따라 본사를 OOO로 이전하였고,

2016ㆍ2017사업연도 법인세를 신고하면서

「조세특례제한법」제63조의2

에 따른 세액감면(이하 “본사지방이전법인에 대한 세액감면”이라 한다)을 적용하면서 해당 과세연도 전체 과세표준에 다음 ＜표1＞의 이전본사 근무인원 비율 등을 곱하여 감면대상 소득을 안분[전체 과세표준 중 감면대상 소득 비율(당초 신고기준) OOO하여 산정한 후 다음 ＜표2＞와 같이 법인세 감면을 신청하였다.

＜표1＞ 이전본사 근무인원 비율

(단위 : 명, %)

＜표2＞ 법인세 감면 신청내역

(단위 : 백만원)

나. 국세청장(감사담당관실)은 2018.12.3.부터 2018.12.21.까지 OOO지방국세청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 본사 직원이 아닌 종된 사업장으로 등록된 특수사업소 소속 OOO(해당 특수사업소를 이하 “쟁점특수사업소”라 한다)의 직원이 본사지방이전법인에 대한 감면세액의 이전본사 근무인원에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이전본사 근무인원수에서 쟁점특수사업소 소속의 직원 수를 차감한 후 감면세액을 재계산하도록 처분지시하였고,

처분청은 이에 따라 2019.9.17. 청구법인에게 OOO원을 각각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2014년 12월 경 혁신도시법에 따라 본사를 OOO 이전할 당시 같은 법 제4조에 따라 본사 지방이전계획을 세워 주무관청OOO에게 제출하였고, OOO 동 계획을 검토하여 국토교통부장관에게 제출하였으며, 국토교통부장관은

「국가균형발전 특별법」제22조

에 따른 대통령 직속 국가균형발전위원회의 심의를 거쳐 위 지방이전계획을 최종 승인하였다.

청구법인이 최종 승인받은 본사 지방이전계획에는 OOO 본사에서 근무한 본사 OOO인원과 같은 곳에서 근무한 특수사업소 OOO근무인원이 포함되어 있었으며, 이후 청구법인의 본사OOO 근무인원과 쟁점특수사업소 소속 근무인원이 함께 OOO본사로 이전하였다.

(2) 쟁점특수사업소 근무인원은 OOO 소재 본사에서 근무하다가 본사가 OOO 이전할 당시 함께 이전하여 현재까지 OOO 본사에서 근무하고 있으며, 본사 업무에 종사하고 있으므로 이전본사 근무인원으로서 세액감면대상에 포함되어야 한다.

(가)

「조세특례제한법」제63조의2

제3항은 “이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원”을 말한다고 규정하고 있고, 청구법인의 경우 “이전본사에서”는 “물리적 장소인 OOO본사 건물에서”를 뜻하며, “본사 업무에 종사하는 상시 근무인원”이란 “본사 건물에서 본사 업무를 계속적으로 수행하는 자”를 의미한다 할 것이다.

“이전본사 근무인원”에 해당하는지 여부는 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 하는 것(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 같은 뜻임)으로서, 이전본사 근무인원은 처분청 의견과 같이 「부가가치세법」상 종된 사업장 등록 여부 등 외관상 형식에 따라 판단하는 것이 아니라 OOO 본사에서 근무하는 직원들의 실질적 본사 업무 수행 여부에 따라 판단하여야 하는 것이다.

(나) 혁신도시법, 「조세특례제한법」, 「지방세법」 관련 규정 및 판례, 해석례 등을 종합적으로 고려할 때 본사 업무를 수행하는 조직이라면 본사에 해당하는 것으로 보아야 하고,

본사 업무란

혁신도시법 제4조

제2항에서 지방이전 대상을 “수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직”으로 규정하고 있고, 국세청에서도 법인이 본사이전에 대한 세액감면을 적용함에 있어서 “이전본사 근무인원”에는 근무지를 기준으로 수도권 과밀억제권역 안의 본사 업무에 종사하는 영업소 및 서울 본사 직원은 해당되나 연구소 직원, 용역회사직원, 계약직 직원과 수도권 과밀억제권역 밖의 공장 및 영업소 직원은 해당되지 않는다(법인세과-926, 2009.8.27.)고 해석하고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 지점ㆍ사무소 등 명칭에 불구하고 경리ㆍ인사ㆍ감사ㆍ재산관리 업무는 물론 총무, IT, 연구, 경리, 인사, 노무, 회계 등 관리 업무도 포함하는 개념이며, 다른 본사 조직과 유기적으로 연관된 업무, 본사가 그 기능을 원활히 수행할 수 있도록 지원하는 업무 또한 본사 업무에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(다) 쟁점특수사업소의 구체적 업무내용을 살펴보면 해당 특수사업소가 본사 업무를 수행하는 조직임이 더욱 명확하게 확인된다.

1) 쟁점특수사업소 중 OOO는 일반회사의 총무팀과 동일한 업무를 수행하고 있다. OOO는 대표적인 본사 업무로서 ① 본사 문서 수발신 및 인쇄물 발간, ② 피복 및 비품 등 각종 사무용품 보급 및 운영관리, ③ 본사 사택(경영진 사택, 합숙소 포함), 사옥, 부대 건축물 및 구내식당, 본사 내 카페, 마트 등 후생시설 관리, ④ 본사 통근 교통편(버스 및 고속철도) 운영 및 관리, ⑤ 본사 행사 지원 업무, ⑥ 본사 차량 관리 및 배차 지원, 차량 유류구매 업무 등을 수행하고 있고, 청구법인의 본사에는 OOO 이외에 위의 문서수발신, 인쇄물 발간, 사무용품 구매 등 행정사무 지원업무를 수행하는 별도의 본부 조직이 전혀 없으며, 본사 사택, 구내식당, 카페, 마트 등과 같은 복리후생시설을 관리하는 조직도 없다. 이와 같이 OOO는 원활한 본사 업무 수행을 위해 반드시 필요한 업무를 수행하고 있는 부서이므로 본사 업무를 수행하는 것으로 보아야 한다.

2) 쟁점특수사업소 OOO는 일반회사의 IT팀과 동일한 업무를 수행하고 있다. OOO는 ① 전사 정보통신설비 증설, 보강 및 운영관리 총괄, ② 전국 정보통신계통 감시 및 통제OOO, ③ 전사 정보시스템 운영 및 유지ㆍ보수, ④ IT인프라/DB 운영 및 관리, ⑤ 통합 Data Center 및 백업센터 운영 관리, ⑥ 전사 정보통신회선 구성계획 수립 및 네트워크 운영총괄 등의 업무와 본사 내 OA설비와 LAN설비를 운영하고, 각종 정보통신서비스를 지원하는 역할을 수행하고 있다. 본사 내 조직이 전사에 필요한 자산의 투자 및 관리를 전담하는 것이 일반적인데, OOO는 본사에서 전사 정보통신설비 자산의 투자와 운영, 관리 업무를 담당하고 전국의 정보통신계통을 감시하고 통제할 수 있는 중앙OOO를 운영하고 있고, 청구법인의 주요 본사 업무OOO에 필요한 다양한 정보시스템, 예를 들어 전사적 자원관리OOO, 영업정보 통합DB서버, 전기요금 청구시스템, 송변전 통합설비관리, 자재정보 장비관리, 전자세금계산서 서버, 전자조달시스템 등 OOO서버를 운영, 유지ㆍ보수하는 업무도 수행하고 있다. 또한 직접적인 본사 직원을 위한 업무로서, 본사 내 OA설비와 LAN설비를 운영하고 있고,OOO 각종 정보통신서비스를 지원하는 업무를 수행하고 있으므로OOO 일반회사의 IT팀과 동일한 업무를 하는 조직이라고 할 것이다. 이와 같이 OOO 청구법인 본사의 필수불가결한 조직으로서OOO본사 직원이 서버, 정보시스템, OA기기, 각종 소프트웨어 제공 등 OOO정상적으로 활용하지 못해 본사 업무를 수행할 수 없는 상태가 될 것이므로OOO 본사 업무를 하고 있는 것이 명백하다.

3) 쟁점특수사업소 중 OOO은 일반회사의 전략기획실과 동일한 업무를 수행하고 있다. OOO은 청구법인 본사의 미래 경영환경 분석 및 대응방안을 연구하고, 경영진에 대한 주요 경영정보를 제공하며 경영정책ㆍ전략개발 수립지원을 연구(경영진 보좌) 등을 수행하는 조직으로서, 일반회사의 전략기획실과 유사한 기능을 수행하고 있다. OOO 근무인원은 본사 업무의 일환으로 청구법인의 경영연구계획을 경영진에게 보고하고, 경영진, 다른 본사 부서 등에서 요청하는 각종 연구과제를 수행하며, 경영진 대외활동(CEO 강연 및 특강 자료 작성업무)을 지원하는 업무 역시 수행하고 있는 등 다른 본사 조직과 상호 유기적으로 협력관계에 있는 업무를 수행하고 있다. 또한 OOO의 장은 청구법인 투자심의위원회의 당연직 위원으로 참여하여 주요 경영의사결정에 관여하고 있는 등 청구법인의 주요 경영의사결정에 관여하는 본사 업무 수행 조직임이 분명하다.

(라) 쟁점특수사업소 중 OOO는 OOO 신성장기술본부 산하, OOO은 기획본부 산하 특수사업소로, 각각 본사 관리본부장, 신성장기술본부장, 기획본부장으로부터 업무 지시를 받고 수행한 업무도 이들에게 직접 보고하고 있으므로 업무보고 체계나 지시복명관계가 다른 본사 조직과 다르지 않다.

이처럼 쟁점특수사업소는 세액감면 적용대상인 다른 본사 본부 조직 등과 동일한 업무보고 체계, 지시복명관계를 가지고 있는바, 쟁점특수사업소만 세액감면 적용대상 이전본사 근무인원에서 제외하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점특수사업소 근무인원이 이전본사 근무인원에 해당한다고 주장하나,

「조세특례제한법」제63조의2

제3항에서 규정한 ‘이전본사 근무인원’이란 ‘이전본사’에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원이라고 명백하게 규정하고 있는바, 청구법인의 특수사업소는 대내ㆍ외적으로 본사가 아님을 표방하고 있고, 지점에서 전환된 종된 사업장이므로 이를 “이전본사”로 볼 수 없다.

쟁점특수사업소는 당초 지점으로 개업하였다가 사업자단위과세 종된사업장으로 전환하여 현재까지 유지 중인 사업장으로, 청구법인의 사업보고서 등에도 “본사”가 아닌 “사업소 중 특수사업소”로 구분ㆍ편제되어 있고, 언론에 보도된 인사발령 사항 또는 직원 채용공고에도 본사와 구분되어 보도되거나 공고되고 있으며, 청구법인의 감사실에서도 본사는 제외하고 특수사업소와 지역본부 등만을 감사하고 있는 것으로 보아 내부에서도 쟁점특수사업소를 본사로 인식하고 있지 않은 것을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 ‘본사 업무’란 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 업무로서 노무ㆍ영업ㆍ재무ㆍ기획ㆍ부동산이나 자회사 주식의 관리 등 업무 등 뿐 아니라 본사가 그 기능을 원활히 수행할 수 있도록 지원하는 업무도 본사 업무에 해당하고, 쟁점특수사업소에서 근무하는 직원이 실질적인 본사 업무를 수행하고 있으므로 이전본사 근무인원에 해당한다고 주장하나,

「조세특례제한법」제63조의2

규정은 본사 업무에 상시 종사하는 근무인원으로 엄격하게 해석해야 하므로 ‘본사 업무’가 아닌 ‘본사 지원 업무’를 수행하는 종된 사업장 소속 직원이 본사 업무에 상시 종사한다고 볼 수 없고, 쟁점특수사업소에서 수행하는 업무가 본사 업무에 해당한다고 보기 어렵다.

(가) 청구법인은 쟁점특수사업소 중 OOO가 일반회사의 총무팀과 동일한 업무를 수행하고 있다고 주장하나,

OOO에서 본사의 기획본부, 관리본부 등이 수행하는 업무와 중복되는 업무인 ‘운영계획, 심사분석 및 내부성과평가관리’, ‘예산편성, 운영 및 통제’, ‘정원관리’, ‘감사, 신고 및 공직기강 확립업무’, ‘관내외 홍보 및 공보업무’, ‘송무 및 공정거래업무’, ‘품질경영업무’를 수행하고 있고, 그 밖에 ‘총무, 노무, 안전관리, 보상 및 산재보험 업무’, ‘회계, 관재, 자재 및 계약업무’, ‘본사 및 본사사택 시설운영 및 관리 업무’를 수행하고 있는 것으로 확인되는바, OOO가 본사 소속 총무팀 역할을 하는 부서라면, 운영계획 수립, 예산 편성, 정원 관리, 본사 및 본사사택 시설운영 및 관리 업무 등 본사 타 조직에서 수행하고 있는 업무를 수행하는 조직을 별도로 구성(OOO하여 중복된 업무를 하는 사유를 납득할 수 없다.

OOO의 전신은 OOO 개업한 OOO로서 2007.6.30. 폐업하였다가 2007.7.1. 재개업한 후 2009.12.31. 종된 사업자로 전환되었고, 종된 사업자 전환 전 지점으로 운영될 당시 독립된 사업자로서 OOO등 자회사에 대한 지원 업무 매출을 발생시키고 부가가치세 신고OOO를 하였다. 종된 사업자로 전환된 현재는 청구법인의 사업자번호로 세금계산서를 발행하고 있기는 하나, 여전히 본사 업무와 구별되는 자회사 지원업무OOO, 즉 지점 업무를 수행하고 있는 것이다.

따라서 OOO는 본사 조직이 아닌 별도 조직인 종된 사업장으로, 과거 지점에서 수행하던 업무를 현재도 그대로 수행하고 있는 것이다.

(나) 청구법인은 쟁점특수사업소 중OOO 일반회사의 IT팀과 동일한 업무를 수행하고 있다고 주장하나,

OOO OOO와 같이 본사조직인 기획본부, 관리본부 등의 업무인 ‘운영계획 및 내부 성과평가 관리’, ‘예산편성, 운영 및 자금계획 관리’, ‘조직 및 정원 관리’, ‘감사, 신고 및 공직기강 확립업무’, ‘일반홍보 및 공보업무’, ‘송무 및 공정거래 업무’, ‘총무, 노무, 회계, 계약업무’ 등 및 본사 조직인OOO 보조업무를 수행하고 있다.

또한 종된 사업자로 전환 전 지점 사업자로서 독자적으로 세금계산서를 발행하고 부가가치세 신고OOO를 하였다.

따라서OOO별도 조직인 종된 사업장에 해당하고, 본사 업무를 수행하고 있지 않은 것으로 보인다.

(다) 청구법인은 쟁점특수사업소 중 OOO이 일반회사의 전략기획실과 동일한 업무를 수행하고 있다고 주장하나,

OOO은 기업부설연구소인 OOO에서 분리되어 설립되었고, 연구개발 담당조직으로 연구업무를 수행하고 있으며, 이전 본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원에는 연구소의 연구전담요원은 제외되는 것(국세청 서이 46012-10045, 2003.1.7. 등 다수 예규, 같은 뜻임)이므로 OOO에서 근무하는 직원을 이전본사 근무인원으로 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 「공공기관의 운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공기업으로, 같은 법 제52조 제1항에 따라 업무와 회계에 관하여 감사원 감사 수감대상이나, 같은 법 제52조 제2항에 따라 본사 외 별도조직의 경우 자체감사를 실시할 수 있고, 청구법인은 쟁점특수사업소에 대하여 자체감사기구인 본사 감사실을 통해 종합감사를 대행하게 하였다. 또한 기획재정부는 매년 “공공기관 경영실적 평가”를 통해 성과급 등 지급기준으로 활용(공공기관 경영실적 평가결과 등에 따르면 본사 인력의 증가를 억제하는 경우 긍정적 평가를 받으나 본사 인력이 비대화되는 경우 좋은 평가를 받지 못하고 있음)하고 있는데, 쟁점특수사업소에서 본사 기능을 수행한 것이라면 이는 본사 조직을 임의로 축소하여 공공기관 경영실적 평가와 감사원의 종합감사를 편법으로 수감한 것을 의미하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 특수사업소 소속 OOO 근무인원이 이전본사 근무인원에 해당하는지

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 나타나는 청구법인의 현황 및 지방이전 경과는 OOO과 같다.

(2) 청구법인이 제출한 자료에 따르면 쟁점특수사업소의 조직, 연혁, 인사ㆍ감사 등 현황 및 주요업무는 OOO과 같다.

(3) 쟁점특수사업소는 2007년 제2기∼2009년 제2기 부가가치세 과세기간까지 별도 사업자로 부가가치세 신고를 하였고, 2016년 제1기∼2017년 제2기 부가가치세 과세기간까지 품목명을OOO로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은 2016∼2017사업연도에 법인세를 신고하면서 본사지방이전법인에 대한 세액감면을 적용하여 다음 ＜표4＞의 산식에 따라 해당 과세연도 전체 과세표준에 이전본사 근무인원 비율 등을 곱하여 감면대상 소득을 안분[전체 과세표준 중 감면대상 소득 비율OOO한 후 다음 ＜표5＞와 같이 세액감면을 받았다.

(5) 처분청은 쟁점특수사업소의 직원을 이전본사 근무인원이 아닌 것으로 보아 이전본사 근무인원수에서 쟁점특수사업소 소속의 직원 수를 차감한 후 감면세액을 재계산하여 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점특수사업소 소속직원을 이전본사 근무인원수에서 제외하여 청구법인의 법인세 감면세액을 계산하였으나,

「조세특례제한법」제63조의2

는 지방이전법인에 대한 법인세 감면에 대하여 규정하면서 같은 조 제2항은 본사지방이전세액감면 대상 소득을 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물의 양도차익 등을 뺀 금액에 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이전본사) 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율 및 위탁가공무역 외 매출비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득으로 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘이전본사 근무인원’이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말한다고 규정하고 있고, 감면의 적용에 있어 ‘이전본사 근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시ㆍ복명 관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 같은 뜻임).

이 건의 경우,

혁신도시법 제4조

제2항에서 이전공공기관의 장은 “수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직”을 지방으로 이전하는 것을 목적으로 수립하여야 한다고 규정하고 있고, OOO 쟁점특수사업소는 본사 지방이전 이전부터 본사 건물OOO을 함께 사용하며 본사 지원 업무를 수행하다가 본사 지방이전 당시 본사 기능의 수행을 위한 조직으로서 지방이전대상에 포함된 점,

본점 또는 본사는 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미하고, 이는 등기가 아니라 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 뜻한다 할 것이므로(조심 2016지370, 2016.11.25., 같은 뜻임), 본사 업무에는 경영계획, 재무ㆍ투자, 전사 자산ㆍ부채의 관리는 물론, 총무, IT, 연구, 경리, 인사, 노무, 회계 등 본사가 그 기능을 원활히 수행할 수 있도록 관리ㆍ지원하는 업무도 이에 해당하는 것으로 보아야 할 것인데,

쟁점특수사업소 중 OOO는 사실상 관리본부에 소속되어 본사 문서 수발신 및 인쇄물 발간, 각종 사무용품 보급 및 운영관리, 본사 사택ㆍ사옥ㆍ부대건축물 및 후생시설 관리 등 대(對)본사 지원업무를 수행하고 있는바, 이는 본사의 업무수행을 위해 필요한 업무로서 실질적으로 본사의 업무에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, OOO 기타 본사 내 각종 정보통신서비스를 지원하는 역할을 수행하고 있는바, 이는 본사 업무 수행을 위해 필요한 업무로서 실질적 본사업무에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, OOO은 청구법인의 기업부설연구소인 OOO과 별개로 기획본부 소속으로 설립된 특수사업소로서, 경영진에 대한 주요 경영정보를 제공하며 경영정책ㆍ전략개발 수립 지원을 위한 연구를 수행하고 있고, 이는 일반회사의 전략기획실과 유사한 기능에 해당하는 것으로서 실질적 본사업무에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점,

쟁점특수사업소는 본사와 근무장소가 동일할 뿐 아니라 소속 직원에 대하여 본사와 같은 내용의 연봉체계가 적용되고, 본사 일상감사 대상에 본사의 경영평가ㆍ예산운영 등뿐만 아니라 본사 소재 특수사업소의 직무 관련 사항을 포함하고 있는 등 인사ㆍ급여ㆍ복리후생ㆍ감사 등과 관련하여 본사와 같은 기준이 적용되는 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 쟁점특수사업소 소속 직원 중 이전본사와 함께 지방으로 이전하여 본사 업무를 수행하고 있는 직원을 이전본사 근무인원수에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서 처분청에서 쟁점특수사업소 소속 직원(중 이전본사 근무인원)을 이전본사 근무인원수에서 제외하는 것으로 본사 지방이전법인에 대한 감면세액을 재계산하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2020년 12월 31일까지 보유하고 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.

1. 삭제 ＜2008. 12. 26.＞

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

⑤ 지방이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조 제2항ㆍ제4항ㆍ제6항 또는 제61조제3항ㆍ제5항ㆍ제6항을 준용한다.

⑪ 제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 일부개정되기 전의 것)

제60조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ② 법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음ㆍ진동관리법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

④ 법 제63조의2 제1항 제2호에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

2. 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2017년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2020년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

4. 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2017년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2020년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

⑤ 법 제63조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 제60조 제2항에 따른 지역을 말한다.

⑥ 법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 고정자산처분익, 유가증권처분익, 수입이자, 수입배당금 및 자산수증익을 합한 금액[금융 및 보험업을 영위하는 법인(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사는 제외한다)의 경우에는 기업회계기준에 따라 영업수익에 해당하는 유가증권처분익, 수입이자 및 수입배당금은 제외한다]에서 고정자산처분손, 유가증권처분손 및 지급이자를 합한 금액[금융 및 보험업을 영위하는 법인(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사는 제외한다)의 경우에는 기업회계기준에 따라 영업비용에 해당하는 유가증권처분손 및 지급이자는 제외한다]을 뺀 금액(그 수가 음수이면 영으로 본다)을 말한다.

⑨ 법 제63조의2 제4항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 임원"이란

「법인세법 시행령」 제20조

제1항 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다.

⑪ 법 제63조의2 제7항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 기준 이상"이란 본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다.

⑬ 법 제63조의2 제2항의 규정에 의하여 법인세의 감면을 받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(2) 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법

제4조(이전공공기관 지방이전계획의 수립) ① 이전공공기관의 장은 다음 각 호의 사항을 포함하는 지방이전계획을 수립하여야 한다.

1. 이전의 규모 및 범위에 관한 사항

2. 이전시기에 관한 사항

3. 이전비용의 조달 방안에 관한 사항

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 제1항의 규정에 따른 지방이전계획은 수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직을 지방으로 이전하는 것을 목적으로 수립되어야 한다.

③ 이전공공기관의 장은 제1항의 규정에 따라 지방이전계획을 수립한 때에는 그 계획을 소관 행정기관의 장에게 제출하여야 한다. 그 계획을 변경하는 경우에도 또한 같다.

④ 소관 행정기관의 장은 제3항의 규정에 따라 제출된 지방이전계획을 검토ㆍ조정하여 국토교통부장관에게 제출하여야 하며, 국토교통부장관은

「국가균형발전 특별법」 제22조

에 따른 국가균형발전위원회의 심의를 거쳐 승인하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 국가균형발전위원회의 심의를 거치지 아니한다.