국심1993전0024 (1993.04.30)

심판청구를 기각합니다.

1. 원처분개요

청구법인은 대전직할시 유성구 OO동 O OOO에 주소를 두고 OO고등학교와 OO여자고등학교를 운영하고 있는 비영리법인으로서 91.3.1～92.2.29 사업년도분의 결산을 92.4.29 확정함에 있어 학교회계부분에서 발생된 이자소득 20,251,561원(OO고등학교 4,912,129원, OO여자고등학교 15,339,432원, 이하 “쟁점이자소득”이라 한다)에 대하여 다른 수익사업소득과 합산 및 고유목적사업 지급준비금을 설정하지 아니하고 결산을 확정, 재무제표를 작성하였다.

청구법인은 91.3.1～92.2.29 사업년도분의 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서

① 92.5.29 당초 신고에 있어서는 위와 같이 작성된 재무제표를 첨부하고, 쟁점이자소득에 대하여 원천납부한 법인세 4,016,410원(OO고등학교 982,310원, OO여자고등학교 3,034,100원)을 기납부세액으로 공제하여 환급 받을 세액을 3,984,191원(과세표준 153,429원, 산출세액 32,219원, 기납부세액 4,016,410원, 자진납부세액 △3,984,191원)으로 기재한 신고서를 제출하였다가,

② 92.8.10 수정신고를 함에 있어, 쟁점이자소득에 대하여 다른 수익사업소득과 합산 및 고유목적사업 지급준비금을 새로이 설정한 결과에 따라 수정된 재무제표를 첨부하고 수정신고서상에는 과세표준과 산출세액·기납부세액·자진납부세액을 당초신고내용과 변동없이 똑같게 기재하여 환급받을 세액을 3,984,191원으로 신고하였다.

처분청은 청구법인의 위 수정신고에 대하여 청구법인이 법인세 당초 신고시 쟁점이자소득에 대하여 다른 수익사업소득과 합산 및 고유목적사업 지급준비금을 설정하지 아니하였으므로 그 후 수정신고의 대상이 되지 아니하고, 한편

법인세법 제27조

제1항 및 제2항에 의거 과세표준에 산입하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법에 의한 분리과세로서 그 과세가 종결되므로 이 경우 원천납부된 세액은 환급대상이 아니라는 이유를 들어 92.10.1 청구법인에게 위 청구법인이 신고한 환급세액에 대한 환급거부처분을 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 92.10.13 심사청구를 하고 92.11.20 심사결정서를 받은 후 92.12.31 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 OO고등학교와 OO여자고등학교의 이자소득에 대한 원천납부세액에 대하여,

법인세법 제27조

제1항의 신고납부방법을 택하였으며, 동 학교의 경우 다른 소득이 없기에 이자소득만 있는 경우로 보아

법인세법 시행규칙 제45조

제8항에서 규정하고 있는 별지 제56호 서식 법인세 과세표준(조정계산) 및 세액신고서, 별지 제57호 서식(甲) 고유목적사업 지급준비금 조정명세서, 별지 제3(3)호 서식(甲)원천납부 세액명세서를 포함한 세무조정계산서(

법인세법 시행령 제83조

)를 작성하여 처분청에 제출한데 대하여 처분청은 청구법인이 고유목적사업 지급준비금을 수익사업에 관련한 재무제표에 설정 계상하지 아니하였으므로

법인세법 제12조

및 동 법시행령 제16조에서 규정하는 지급준비금의 손금산입을 하지 아니한 경우이며, 이는 수정신고에 의한 설정 계상으로 치유될 수 없는 경우에 해당된다는 이유를 들어 청구법인의 환급신고 법인세를 환급할 수 없다고 청구법인에게 통보하였다. 그러나

(1) 청구법인은

법인세법 제1조

및 동 법시행령 제2조에서 규정하고 있는 수익사업(기본재산수익사업)과 학교 고유목적 사업의 예금이자를

법인세법시행령 제2조

제4항, 제5항의 규정에 따라 수익사업(기본재산수익)과 비영리사업(학교)의 회계처리로 각각 구분하여 명확히 회계처리하고 있으며, 동 법시행규칙 제1조에서도 구분회계처리를 명문화하고 있다. 따라서 청구법인이 당초 신고시 수익사업회계와 학교회계를 구분하여, 수익사업회계에 대하여는 적법한 결산절차에 따라 세무조정계산서를 첨부 제출하였고, 학교회계는 이자소득만 있기에

법인세법시행규칙 제45조

제8항 규정에 의한 고유목적사업 지급준비금명세 등을 제출하였다.

그러므로 처분청의 경정과 같이 수익사업회계와 학교회계를 합산한 결산서의 작성과 세무조정계산서의 제출은 근본적으로 구분회계를 규정한

법인세법 시행령 제2조

제4항과 부합되지 아니한다.

청구법인은 사립학교 운영으로 매년 대전직할시 교육청에 예산편성과 결산내용을 제출하도록 규정하고 있어 예산, 결산서 제출도 법인비(수익사업)와 학교비(학교)로 구분하여 제출하도록 규정되어 있는 바(1992년도 사학기관 예산편성, 결산 기준규정) 청구법인도 이를 준용하여 당초 신고와 같이 수익사업회계 및 학교회계로 구분하여 제출하였으므로 적법한 법인세 신고를 한 것이라 하겠고,

(2) 청구법인의 경우 “지급준비금을 설정하여야 손금으로 인정할 수 있다”라는

법인세법 제12조

의 규정은 수익사업의 경우에 한하여 적용함이 타당하며, 학교회계와 같은 비영리사업회계의 경우는(청구법인의 학교수업료, 육성회비수입금)결산 및 세무조정을 요하지 아니한 경우로 학교운영상 수업료, 육성회비의 관리상 발생하는 예금이자 수입의 원천징수, 법인세환급을 위한 종합 재무제표의 작성은 조세감면의 사후관리규정이전에 위 (1)의 이유와 같이 실무적, 현실적으로 어려움이 있을 뿐더러, 구분회계의 규정과 대전직할시 교육청에 제출하는 법인비, 학교비의 구분결산과도 부합되지 아니한 독자적인 규정의 해석적용으로서 부당한 것이라 하겠으며,

(3) 청구법인은 당초 신고시 세무조정상 고유목적사업 지급준비금 명세서 등을 제출하였으며, 학교비와 관련한 수업료, 육성회비등 수입금액과 학교 운영상 필요한 지출내용에 대해서는 처분청에 결산서를 제출할 의무가 없으므로 학교이자소득에 관련한 신고서류를 제출한 바 있고, 또한 종합(수익사업+학교사업) 세무조정계산서를 제출하고 있으므로 92.8.10 처분청에 제출한 수정신고는 새로운 지급준비금의 손금산입에 의한 설정계상이 아님에도 불구하고, 이를 손금산입으로 확대해석하여 적법한 수정신고가 아니라 함은 청구법인의 신고서 내용을 명확히 이해하지 못한 것으로서 부당한 것인 바,

이상과 같은 이유로 본건 환급거부처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

학교법인으로서 비영리법인인 청구법인에게 발생된

소득세법 제17조

제1항의 모든 이자소득은 그 원천이 수익사업이나 비영리사업중 어느 부분에서 발생하였음을 불문하고 법인세 과세대상인 소득이 되며 다만 동 법인이 이자소득을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 손금에 산입될 뿐으로서 위 지급준비금은 법인이 결산에 의하여 손금으로 설정한 경우에 한하여 손금산입할 수 있는 것이므로 당초 결산시 계상되지 아니한 이자소득을 수정신고에 의하여 추가신고하는 경우에는 동 누락이자소득에 대하여 지급준비금을 추가로 손금산입할 수 없는 것이고(국세청예규 법인 22601-2133, 90.11.10도 같은 취지임),

비영리법인이 이자소득을 당초 신고시에는 과세표준에 포함시키지 않았다가, 수정신고시 포함시켜 신고하는 것까지

국세기본법 제45조

제1항에 규정하는 기재사항의 누락, 또는 오류가 있어서 한 수정신고로는 볼 수 없는 것으로서(심판결정례 국심 92서810, 92.5.29로 같은 취지임),

청구법인이 이자소득을 손금으로 인정받기 위하여 지급준비금을 결산서상 설정하지 아니하고 추후 수정신고에 의하여 설정한 것은 적법한 수정신고가 아니므로 본건 환급을 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 사건은 이자소득과 다른 수익사업소득이 있는 청구법인이 동 이자소득에 대하여 이를 다른 수익사업과 합산 및 고유목적사업 지급준비금을 설정하지 아니한 채 결산을 확정, 재무제표를 작성하고 다른 수익사업소득에 대하여만 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 동 이자소득에 대한 원천징수된 세액을 기납부세액으로 공제하여 초과납부한 세액이 있는 것으로 신고하였다가 그 후 동 이자소득에 대하여 지급준비금을 설정한 수정 재무제표와 고유목적사업 지급준비금 조정명세를 첨부하여 수정신고한 경우, 이를 적법한 신고로 보아 청구법인 신고의 초과납부세액을 환급할 수 있는지 여부에 다툼이 있다 하겠다.

먼저 관련 법규정을 보면

88.12.26 신설(개정)된

법인세법 제12조

(법령등에 의한 준비금의 손금산입)제4항에 의하면 「의료보험·연금관리·공제사업 기타 공익목적사업을 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 이자소득(증권투자신탁수익의 분배금을 포함한다)을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 대통령령이 정하는 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다.」고 하였고, 동 제5항에서는 「제1항 내지 제4항의 규정에 적용을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고서에 당해 준비금에 관한 명세서를 첨부하여야 한다.」고 하였으며, 동 법시행령 제16조(법령등에 의한 준비금의 손금범위) 제8항 및 제42조의2(비영리공익법인의 범위) 제2호에 의하면

동법 제12조

제4항에서 정한 “대통령령이 정하는 법인”의 하나로 사립학교법에 의하여 설립한 학교법인이 게기되어 있고, 같은

법인세법 제27조

(비영리법인 과세표준신고)는 「① 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(이하 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다.」고 각각 규정하고 있다.

한편,

국세기본법 제45조

(과세표준수정신고)는 제1항에서 「과세표준신고를 법정기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락, 오류가 있는 때는 다음 각호에 게기하는 기한내에 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한 경과후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한 경과후 3월)내

2. 제1호 이외의 국세의 경우에는 법정신고기한 경과후 1월내」라고 규정하고 있다.

다음 사실관계를 보면

① 청구법인은 비영리법인인 학교법인으로서 OO고등학교와 OO여자고등학교를 운영하고 있다.

② 청구법인의 익금에는 법인의 기본재산을 관리운영하는 법인회계에서 발생된 수익사업소득과 학교회계에서 발생된 이자소득이 있으며, 학교회계 이자소득의 경우 법인세를 원천징수 당하였다.

법인회계 익금내용

(단위 : 원)

학교회계 익금내용

(단위 : 원)

③ 92.4.29 : 청구법인은 법인회계분에 대하여만 결산을 확정 재무제표를 작성하였고, 학교회계의 이자소득부분에 대하여는 법인회계의 수익사업소득에 합산 및 고유목적사업 지급준비금을 설정하지 아니하였다.

④ 92.5.29 : 법인세 당초신고

청구법인은 법인회계분과 OO고등학교, OO여자고등학교의 각 학교회계별로 나누어 작성된 3개의 법인세 과세표준 및 세액신고서를 함께 철하여 제출하였고, 위 92.4.29 확정, 작성된 재무제표를 첨부하였다.

○ 법인회계분에 대한 신고는 일반영리법인용 법인세과세표준 및 세액신고서를 사용하고 학교회계의 이자소득을 제외한 다른 수익사업소득만에 의하여 계산한 과세표준(153,429원)과 산출세액(30,685원) 가산세액(1,534원)을 기재하였으나 동 이자소득에 대한 원천징수된 세액 4,016,410원을 기납부세액으로 공제하여 초과납부세액을 3,984,191원으로 기재하였으며, 법인세과세표준 및 세액조정계산서를 첨부하였다.

○ 학교회계분의 OO고등학교와 OO여자고등학교에 대한 신고는 각각 이자소득만이 있는 비영리 법인신고용 법인세 과세표준(조정계산) 및 세액신고서를 사용하고 각각의 이자소득금액 4,912,129원, 15,339,432원에서 각각의 준비금 손금산입액 4,912,129원, 15,339,432원을 차감하여 각 과세표준과 산출세액을 각각 0으로 계산한 후 각각의 원천납부세액 982,310원, 3,034,100원을 공제하여 각각의 초과납부세액을 982,310원, 3,034,100원으로 기재하였으며 각각 고유목적사업 지급준비금 조정명세와 원천납부 세액명세서를 첨부하였다.

⑤ 92.8.10 : 법인세 수정신고

수정신고서상의 과세표준과 세액기재내용은 다음과 같이 당초 신고서상의 법인회계분(수익사업소득분) 신고내용과 달라진 바 없고 다만 “결산서상 지급준비금수정” 사유로 수정신고를 하였으며 고유목적사업 지급준비금 조정명세와 수정재무제표를 첨부하였다.

○ 수정재무제표는 학교회계의 이자소득을 법인회계(수익사업소득)에 합산하고 동시에 고유목적사업 지급준비금을 설정함으로써 당기순이익에는 변동이 없으며, 당초 92.4.29 확정, 작성한 재무제표를 수정하여 작성하였다.

(단위 : 원)

살피건대 위 관련 법규정과 사실관계에 의하면

비영리법인은 이자소득이 있는 경우 동 이자소득을 다른 수익사업소득에 합산하고 원천납부세액을 공제하여 과세표준신고를 하는 방법(신고납부방법)과 수익사업소득에 합산하지 아니하고 원천징수로서 과세절차를 종결하는 방법(원천분리과세 방법) 중에서 이를 선택할 권한이 인정되고, 이와 같은 선택권한은 법인세 당초 신고시에 있어서 그 신고방법의 선택이 가능한 것을 인정한 것이지, 당해 이자소득을 당초 신고시에는 과세표준에 포함시키지 아니하였다가 수정신고시에 포함시켜 신고하는 것까지 인정하는 것은 아니라 하겠으며(국심 92서810, 92.5.29 같은 취지임), 신고납부방법을 택하는 경우로서 당해 이자소득에 대하여 고유목적사업 지급준비금을 설정한 경우에는 동 이자소득이 손금에 산입되고, 한편 이자소득에 대한 고유목적사업 지급준비금의 설정은 결산확정전에 “설정”하여야 하는 것으로서 결산조정사항이지 신고조정사항이 아님을 알 수 있다.

이 건의 경우

첫째, OO고등학교와 OO여자고등학교는 독립법인이 아니라 청구법인의 단위 조직에 불과할 뿐이므로 법인은 청구법인(학교법인 OO학원) 하나 뿐이며, 이자소득만이 있는 법인에 해당하지 아니하고,

둘째, 청구법인은 92.5.29 법인세 당초 신고시 쟁점이자소득을 다른 수익사업소득에 합산하지 아니하여 과세표준에 포함시키지 아니하였는 바, 이는 동 이자소득에 대하여 신고납부방법을 택한 것이 아니라, 원천분리과세방법을 택한 것으로 보아야 하므로, 청구법인이 동 이자소득에 대한 원천납부세액을 기납부세액으로 공제하여 초과납부세액을 계상신고한 것은 잘못된 것이라 하겠으며,

셋째, 청구법인은 92.8.10 법인세 수정신고시, 쟁점이자소득을 다른 수익사업소득에 합산함과 동시에 그에 대한 지급준비금을 설정하여 당기순이익에는 아무런 변동사항이 없는 수정재무제표를 작성하여 제출하고 고유목적사업 지급준비금 조정명세서를 제출하였으나 당초 신고시 선택하지 아니한 신고납부방법이 그 후 수정신고시 선택하였다 하여 신고납부방법으로 치유될 수는 없는 것이고, 또한 동 지급준비금 설정은 신고조정사항이 아니라 결산조정사항이므로 적법한 설정 및 수정신고라 할 수 없다.

따라서 이상내용을 모두어 볼 때 청구법인은 쟁점이자소득에 대하여 원천분리과세방법을 택한 것으로 인정되고, 한편 동 이자소득에 대한 원천납부 세액을 기납부 세액으로 공제하여 환급받을 세액이 있는 것으로 신고 및 수정신고한 것은 적법한 것으로 인정되지 아니하는 바, 처분청이 본 건 환급 거부한 처분은 정당한 반면, 이와 다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.