조심 2017서1161 (2017.06.14)

OOO세무서장이 2016.10.14. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 공공용지의 협의취득을 원인으로 2008.5.8. 경기도 OOO 전 1,154㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 같은 동 370-12 전 906㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 함께 “쟁점토지”라 한다)를 경기도 과천시에 소유권이전등기하고, 2008.5.30. 양도가액을 OOO원으로 하여 처분청에 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고 및 납부하였다. 나. 청구인은 쟁점토지와 관련하여 2009.7.31. 경기도 과천시를 상대로 협의매매가 취소되었음을 사유로 하여 수원지방법원 안양지원에 부당이득금 반환의 소를 제기하였고, 그 결과 동 법원이 경기도 과천시는 청구인에게 원물반환이 불가능한 쟁점①토지의 수용대가로 OOO원을 추가로 지급하고, 원물반환이 가능한 쟁점②토지는 경기도 과천시가 청구인으로부터 기 지급한 보상금액을 지급받음과 동시에 소유권이전등기를 말소하고 반환하는 내용의 판결(수원지방법원 안양지원 2012.2.16. 선고 2009가합5259)을 하였다. 다. 청구인은 위 판결에 따라 2012.2.23. 추가 보상금 OOO원 수령하고, 2013.5.24. 쟁점토지에 대한 양도소득세 OOO원을 1차 수정신고하고 추가로 납부하였다. 라. 청구인은 2012.4.3. 수원지방법원의 판결에 대해 항소한 결과, 서울고등법원은 2014.3.18. 경기도 과천시가 청구인에게 합계 OOO원)을 추가로 분할(2014.6.30.까지 50%, 2015.1.31.까지 50%를 지급)하여 지급하라는 내용으로 조정을 갈음하는 결정(서울고등법원 2012나30320)을 하여 청구인은 OOO원)을 추가 보상금으로 수령한 후 2014.8.25. 쟁점토지에 대한 양도소득세를 2차 수정신고하였으나, 추가 납부할 세액 OOO원을 납부하지 아니하였다. 마. 처분청은 2014.10.17. 청구인이 2차 수정신고를 한 후 무납부한 쟁점토지 관련 2008년 귀속 양도소득세 OOO원에 대해 무납부 고지하였고, 청구인은 이에 대해 2014.10.27. 처분청에 이의신청을 제기한 결과, 처분청은 2014.11.26. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 고지처분을 취소하는 것으로 결정하였다. 바. 한편, OOO지방국세청장은 2015.7.1.～2015.7.16. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점토지의 양도시기를 청구인이 최종보상금 OOO원을 수령한 2015.1.23.로 보아 쟁점토지의 양도에 대해 경기도 과천시로부터 수령한 총 OOO원을 양도가액으로 하여 2016.1.6. 청구인에게 양도소득세를 과세하도록 처분청에 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2016.10.14. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정.고지하였다. 사. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.24. 이의신청을 거쳐 2017.2.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점토지의 양도시기에 대한 처분청의 이의신청결정이 있었음에도 양도시기를 번복하고 이 건 양도소득세 과세처분을 한 것은 불복결정의 기속력을 부인하는 위법한 처분이다. 청구인이 제기한 이의신청에 대해 처분청은 2014.11.26. 쟁점토지의 양도일자가 2008.5.8.이라고 결정한바 있다. 그리고 청구인이 쟁점토지의 양도과정에서 2차 수정신고 후 무납부한 양도소득세를 과세한 것에 대한 이의신청서를 제출할 당시 제출한 자료 중 사기 기타 부정한 방법으로 작성된 것은 없었고, 처분청의 이의신청결정 이후 이 건에 대해 새로운 사실관계가 발생하지도 아니하였다. 이와 같이 이 건 과세처분의 양도일자를 판단한 사실관계가 이의신청결정에서 판단할 당시의 사실관계와 동일함에도 불구하고, 처분청이 쟁점토지의 양도일에 대한 판단을 번복하여 양도일자를 2015.1.23.로 보아 2015년 귀속 양도소득세를 부과한 것은 불복결정의 기속력을 부인하는 위법한 처분이다. OOO지방국세청 감사관은 납세자가 신고한 양도시기가 잘못되어 이를 바로잡는 것은 국세부과제척기간 내에 언제든지 가능한 것으로 신의성실원칙과는 무관한 것이라는 국세청의 법령해석을 근거로 이 건 과세처분이 정당하다고 주장하고 있다. 그리고 당초 처분청의 이의신청결정이 이 건 과세처분에 대한 불복결정이 아니라는 이유로 서로 상이하다고 보고 있다. 그러나 이 건 과세처분은 단순히 납세자가 잘못 신고한 양도시기를 바로잡는 것이 아니고 심의위원회의 심의를 거친 이의신청의 결정의 내용을 변경하는 것이며, 과세표준이 상이한 이유는 이의신청당시 아직 수령하지 아니한 보상금이 신고되지 않았기 때문이다. 즉, 이 건의 쟁점은 양도시기에 대한 판단을 번복하였는지 여부이다. 이 건 과세처분과 이의신청결정의 과세물건은 동일하고 이의신청결정에서 쟁점토지의 양도시기를 판단하였으므로 과세표준의 차이가 이의신청결정과 다르다는 이유로 양도시기를 번복할 수 없는 것이다. 대법원의 판례(대법원 2014.7.24. 선고 2011두14227 판결)에서도 이의신청결정의 판단에 오류가 있어 감사에서 지적을 하였다 하더라도 행정관청이 특별한 사유 없이 이의신청에 의하여 결정한 처분을 번복하는 과세처분은 위법하다고 판단하고 있다. (2) 쟁점토지의 양도일은 소유권 이전등기를 완료한 2008.5.8.이다. 대법원 판례(대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 판결) 등에 의하면 「소득세법」제88조 에서 양도란 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환 및 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있을 뿐, 그 원인인 매매 등의 계약이 법률상 유효할 것까지 요구하고 있지 않는 것으로 판단하고 있다. 쟁점토지의 소유권이 최종적으로 경기도 과천시에 귀속되었고, 청구인은 경기도 과천시로부터 보상금을 수령하였다가 소송을 거쳐 보상금을 추가로 수령하여 쟁점토지의 소유권 이전에 따른 대가를 얻음으로써 쌍방 모두 이행된 급부에 기한 경제적 이익을 그대로 보유하고 있다. 「소득세법 시행령」에서 부동산의 양도시기는 등기이전일과 잔금청산일 중 빠른 날로 규정하고 있고, 쟁점토지의 협의매매가 취소되었다고 하더라도 소유권 등기를 환원하지 아니한 상태에서 추가보상금을 수령하였으므로 양도시기는 등기부등본상 소유권 이전등기일이 되는 것이다. 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 부당이득금 반환청구를 하였고, 서울행정법원(2015.12.18. 선고 2015구단53605 판결)에서는 협의매매가 취소되었다는 이유로 잔금청산일을 양도일로 판단하여 쟁점토지의 양도소득에 대한 귀속을 2015년으로 보았다. 그러나 서울고등법원(2016.8.10. 선고 2016누32796 판결)에서는 일반적인 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날이지만, 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 경우에는 등기부등본에 기재된 등기접수일이 양도시기인바, 쟁점토지의 양도시기는 과천시 명의로 소유권 이전등기가 경료된 2008.5.8.이라 할 것이므로 양도소득세의 귀속을 2008년이라고 판단하였고, 이 판결은 대법원에 상고하지 아니하여 2016.9.2. 확정되었다. (3) (예비적 청구) 이 건 과세처분이 정당한 것으로 본다고 하여도 신고 및 납부불성실가산세를 과세하는 것은 부당하다. 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 3회(수정신고 2회 포함)에 걸쳐 양도시기를 2008년으로 하여 자진신고하였으나, 처분청은 양도소득의 귀속시기가 잘못되었다고 지적한바 없고, 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세에 대하여 청구인은 2014.10.27. 이의신청을 제기하였으며, 2014.11.26. 쟁점토지의 양도일자가 2008.5.8.이라는 처분청의 이의신청결정서를 수령하였다. 이와 같이 처분청의 이의신청결정에 대해 청구인이 번복하여 쟁점토지의 양도시기를 2015년으로 보아 양도소득세를 신고.납부할 것을 기대하는 것은 어렵고, 처분청의 결정에 따라 쟁점토지에 대한 양도소득세를 2015년 귀속으로 자진신고 및 납부하지 아니한 것이므로 「국세기본법」 제48조 에서 규정하고 있는 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것이다. 처분청이 자신의 결정을 번복함으로 인하여 발생하는 가산세를 귀책사유가 없는 청구인에게 부과하는 것은 신의성실의 원칙을 위배하는 부당한 처분이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 잘못 신고한 양도시기를 바로잡는 처분은 「국세기본법」 제15조 에 따른 신의성실원칙에 위배되지 아니한다. 청구인은 2008년 5월 과천시와 협의매수에 응하여 쟁점토지의 소유권을 이전하였으나, 보상가액 산정과정의 문제로 2009년～2014년 기간 동안 2차례에 걸친 민사소송을 제기하였고, 그 결과 당초 보상액 OOO원을 최종 보상가액으로 수령하였다. 쟁점토지의 보상가액에 대한 소송에서 제1심 및 항소심 판결서를 보면, 2009.3.16. 청구인이 취소 의사표시가 담긴 조정신청서 사본을 과천시에 송달하여 당초 협의매수가 적법하게 취소된 것에 대해 청구인 및 경기도 과천시 모두 이의가 없었고, 소송의 주요쟁점도 쟁점토지의 적정매매가액 산정여부에 대한 것으로 확인된다. 쟁점토지 인근의 토지의 소유자가 질의한 것에 대한 국세청 예규(부동산거래관리과-619, 2012.11.15.)에서도 양도시기를 소유권이전등기일이 아닌 잔금청산일로 해석하고 있다. 청구인은 쟁점토지와 유사한 거래의 양도시기를 판단한 국세청 예규가 생성되었음에도 이를 무시하고 제1심이 종결된 후 추가로 받은 보상금에 대해 2008년 귀속 양도소득으로 보아 2008년 귀속 양도소득세에 대한 수정신고서를 제출하였다. 또한, 2014.4.8. 항소심이 종결된 후 추가로 받은 절반의 보상금에 대해 2014.8.25. 2008년 귀속 양도소득세에 대한 수정신고를 하고 양도소득세를 납부하지 아니하였으며, 처분청은 이에 대해 당연 경정고지 처분을 하였다. 청구인은 이에 대해 이의신청을 제기하였고, 2014.11.26. 처분청은기생성된 예규 및 청구인과 같이 소송에 참여한 40명의 납세자의 신고 및 결정내용을 확인하지 않고 청구주장을 인용하는 잘못된 결정을 하였다. 청구인은 이의신청에 대한 인용결정에 대해 이를 취소하고 재결정하는 것은 기판력을 부인한 위법한 처분이라고 주장하나, 당초 청구인이 신고한 거래는 양도시기가 2008년이고, 양도가액이 OOO원이나, 처분청이 과세한 양도시기는 2015년이며, 양도가액은 OOO원이다. 즉, 청구인이 잘못 신고한 양도시기를 바로잡기 위해 처분청이 새로운 과세연도 및 과세표준으로 양도소득세를 결정한 처분은 귀속시기를 바로잡는 것으로 「국세기본법」 제15조 에 따른 신의성실원칙에 위배되지 아니한다. (2)쟁점토지의 양도시기는 양도대금이 완납된 2015.1.23.이다. 쟁점토지와 동일한 양도거래에 대한 국세청 예규(부동산거래관리과-619, 2012.11.15.)와 조세심판원 선결정례(조심 2016중194, 2016.5.9.)에서 최종 잔금일자를 양도시기로 보고 있으므로 2015.1.23.을 양도시점으로 보아 고지한 처분은 정당하다. 청구인은 쟁점토지에 대한 양도시기를 판단하는 것과 별개로 경기도 과천시로부터 받은 금원이 부당이득금이므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하면서 아래 ＜표1＞와 같이 불복을 진행하였다. ＜표1＞ 쟁점토지의 양도소득에 대한 귀속시기를 2015년으로 보는 것은 서울고등법원 판결(서울고등법원 2016.8.10. 선고 2016누32796)에 반하여 부당하다고 주장하나, 청구인이 제시한 판결결과는 쟁점토지에 대한 보상금이 일부만 지급된 시점에서 확인된 사실관계에 기초한 것으로 주요쟁점은 청구인이 과천시로부터 부당이득금을 수령한 것이 양도에 해당하는지 여부여서 양도시기와는 무관하므로 청구주장의 근거가 될 수 없다. (3)(예비적 청구) 청구인은 법령의 부지.착오로 인해 쟁점토지의 귀속연도를 잘못 신고한 것이므로 가산세 감면의 정당한 사유가 없다. 청구인은 제1심 판결결과에 따라 추가보상금을 받은 2012년 2월을 양도시기로 하여 양도소득세 신고했어야 하나, 2008년을 양도시기로 하여 수정신고만 하였으므로 이는 법령의 부지(不知) 및 착오로 인한 신고이므로 가산세 감면에 대한 정당한 사유로 볼 수 없다. 한편, 처분청은 쟁점토지의 양도소득을 2015년 귀속으로 보아 양도소득세 무신고에 대한 결정.결의시 당초 납부한 세액(환급세액 제외)을 기납부세액으로 차감한 후 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 계산하였으므로 청구인에게 불이익이 없는 정당한 처분이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 처분청의 이의신청결정에 따라 쟁점토지의 양도에 대한 과세처분을 직권취소한 후 서울지방국세청의 감사지적 사항을 이유로 재과세한 처분의 당부 ② 청구인이 쟁점토지의 추가보상금을 수령한 날(2015.1.31.)을 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부 ③ (예비적 청구) 청구인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제55조[불복] ② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다. 1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자 2. 제42조에 따라 물적납세 의무를 지는 자로서 납부통지서를 받은 자 3. 보증인 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 자 제66조[이의신청] ① 이의신청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 불복의 사유를 갖추어 해당 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 관할 지방국세청장(제2호의 경우 과세처분한 세무서장의 관할 지방국세청장)에게 하여야 하며, 세무서장에게 한 이의신청은 관할 지방국세청장에게 한 것으로 본다. 1. 지방국세청장의 조사에 따라 과세처분을 한 경우 2. 조사한 세무서장과 과세처분한 세무서장이 서로 다른 경우 3. 세무서장에게 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구한 경우 ④ 제1항 및 제2항에 따라 이의신청을 받은 세무서장과 지방국세청장은 각각 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정하여야 한다. ⑥ 이의신청에 관하여는 제61조 제1항·제3항 및 제4항, 제62조 제2항, 제63조, 제64조 제1항 단서 및 제2항과 제65조 제1항 및 제3항부터 제6항까지, 제65조의2를 준용한다. (2) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제88조[양도의 정의] ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (4) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것) 제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 나타난 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점토지는 당초 개발제한구역인 자연녹지지역에 속하였으나, 중규모 취락 우선해제지역으로 선정되어 2005.5.30. 개발제한구역에서 해제되고 제1종 일반주거지역으로 변경되었고, 경기도 과천시의 GB우선해제지역 내 주차장확충사업 지구에 편입되었다. (나) 청구인은 쟁점토지를 2008.5.8. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 경기도 과천시에 소유권을 이전하고 2008.5.30. 아래 ＜표2＞와 같이 양도소득세를 예정신고하였다. ＜표2＞ (단위 : 원) OOO (다) 청구인은 경기도 과천시가 2007년 5월경 개발제한구역이 해제되기 전의 상태를 기준으로 각 토지의 가액을 평가한 보상금을 제시하여 쟁점토지의 협의매수보상금액이 현저히 과소(주변 시세의 1/3)하다는 사유로 2009.7.31. 경기도 과천시를 피고로 하여 협의매매가 취소되었음을 주장하며 수원지방법원 안양지원에 부당이득금 반환의 소를 제기하였다. (라) 수원지방법원은 청구인의 협의매수계약 취소의 의사표시가 담긴 조정신청서의 부본이 피고에 송달된 2009.3.16. 동 협의매수계약은 적법하게 취소된 것으로 보고, 경기도 과천시는 청구인에게 원물반환이 불가능한 쟁점①토지의 수용대가로 OOO원을 추가로 지급하고, 원물반환이 가능한 쟁점②토지는 경기도 과천시가 청구인으로부터 기 지급한 보상금액을 지급받음과 동시에 소유권이전등기를 말소하고 반환하는 내용의 판결(수원지방법원 안양지원 2012.2.16. 선고 2009가합5259)을 하였다. (마) 청구인은 수원지방법원의 판결에 따라 2012.2.23. 추가 보상금 OOO원 수령하고, 아래 ＜표3＞과 같이 2013.5.24. 쟁점토지에 대한 양도소득세를 1차로 수정신고하고 추가 납부하였다. ＜표3＞ (단위 : 원) * 증액된 OOO원은 쟁점①토지에 해당 ** 양도가액 변경으로 취득환산가액 재계산 (바) 청구인은 수원지방법원의 판결에 불복하여 항소하였고, 그 결과 경기도 과천시가 청구인에게 OOO원을 추가로 분할(2014.6.30.까지 50%, 2015.1.31.까지 50%)하여 지급하라는 내용의 서울고등법원의 조정결정(서울고등법원 2012나30320 사건, 2014.4.8.)에 따라 2014.6.24. OOO원을 추가보상금으로 수령한 후 2014.8.25. 아래 ＜표4＞와 같이 수정신고하였으나, 추가납부할 세액 OOO원을 무납부하였다. ＜표4＞ (단위 : 원) *증액된 OOO원 중 50% OOO원을 수령한 후 수정신고함 (사) 청구인은 2014.9.16. 쟁점토지의 당초 양도시기(2008.5.8.)에 대한 국세부과제척기간이 2014.5.31.로 만료되었으므로 2차 보상금 OOO원을 받은 후 2014.8.25. 수정신고한 것은 착오라는 이유로 관련 경정청구를 하였다. (아) 처분청은 2014.10.17. 청구인이 2차로 수정신고한 후 무납부한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 고지하였고, 청구인은 2014.10.27. 처분청에 이의신청을 제기하면서 2014.10.30. 관련 양도소득세를 납부하였다. (자) 처분청은 2014.11.10. 청구인에게 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 법정신고기한인 2009.5.31.로부터 3년이 경과한 후 경정청구를 하여 경정청구요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구 거부통지하였다. (차) 청구인이 2014.10.27. 제기한 이의신청에 대해 처분청은 2차 보상금을 수령한 2014년 6월은 당초 양도시기로부터 국세부과제척기간 5년(2008년 귀속으로 보아 2009.6.1.부터 5년)이 지났으므로 2014.10.17. 2차 수정신고에 대한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 당연경정 고지는 취소하는 것으로 2014.11.26. 결정하였고, 2014.11.27. 2차 수정신고분에 대한 무납부 고지분 OOO원을 직권취소하였다. (카) 청구인은 2015.1.23. 보상금 OOO원을 추가로 수령한 후 양도소득세를 무신고하였다. (타) OOO지방국세청 감사관은 2015.7.1.～2015.7.16. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과 쟁점토지의 양도시기를 2015.1.23.로 하고, 양도가액을 보상금액 총 합계 OOO원으로 하여 과세처분을 지시하였고, 2015.7.24. 국세청 법령해석과에 과세연도 및 과세표준을 달리하여 고지할 경우 「국세기본법」상 신의·성실규정에 위반되는지 여부에 대해 과세기준자문신청하여, 2015.9.22. 양도시기를 2015년으로 정정하여 과세하는 것은 귀속시기를 바로잡는 처분으로 「국세기본법」제15조 에 따른 신의성실원칙이 적용되지 아니하는 것으로 회신(법령해석기본-0143, 2015.9.22.)받았다. (파) 청구인은 2016.8.23. OOO지방국세청에 과세전적부심사를 청구하였으나, 2016.9.29. 불채택 결정됨에 따라 처분청은 2016.10.14. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정.고지하였다. (하) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 쟁점토지의 소유권은 공공용지의 협의취득을 등기원인으로 하여 2008.5.8. 경기도 과천시에 이전되었고, 현재까지 경기도 과천시가 소유한 것으로 나타난다. (2) 청구인은 쟁점토지와 동일한 사유로 협의매수에 응한 인근 토지소유자들과 공동으로 2009.3.16. 착오를 이유로 한 협의매수 계약의 취소의사표시가 담긴 조정신청서 부본을 경기도 과천시에 송달하였으나, 조정이 불성립되어 2009.7.31. 수원지방법원 안양지원에 부당이득금 반환소송을 제기하였고, 이에 대한 제1심 판결서(수원지방법원 안양지원 2012.2.16. 선고 2009가합5259 판결)를 보면, 협의매수계약 취소의 의사표시가 담긴 조정신청서의 부본이 경기도 과천시에 송달된 2009.3.16. 동 협의매수계약은 적법하게 취소되었다 할 것으로, 원물반환이 불가능한 경우에는 토지의 시가에서 경기도 과천시가 청구인 등에게 지급한 보상금을 공제한 나머지 잔액을 부당이득으로 반환하고, 원물반환이 가능한 경우에는 경기도 과천시가 기보상금액을 지급받음과 동시에 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행하고 각 토지를 인도하여야 한다고 판시한 것으로 되어 있다. (3) 위 판결의 항소심(서울고등법원 2012나30320)에서 서울고등법원은 2014.3.18. 청구인 사건의 공평한 해결을 위하여 당사자의 이익, 그 밖의 모든 사정을 참작하여 경기도 과천시는 청구인에게 OOO원을 지급하되, 제1심 청구금액인 OOO원은 가지급금으로 변제충당한 것으로 간주하고, 항소심에서 추가한 금액 합계 OOO원을 2회에 걸쳐 분할하여 지급하되 그 중 50%는 2014.6.30.까지 지급하고, 나머지 50%는 2015.1.31.까지 지급한다는 내용으로 조정을 갈음하는 결정을 하였고, 2014.4.8. 그 결정이 확정되었다. (4) 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 경기도 과천시로부터 수령한 보상금은 경기도 과천시와의 협의매매계약이 취소됨으로써 원상회복의 방법으로 부당이득금을 받은 것이지 양도소득이 아니라는 취지로 2014.6.2. 경정청구를 하였으나, 2014.7.30. 처분청은 거부처분을 하였고, 이에 대해 청구인은 우리 원의 결정(조심 2014서5106, 2014.12.26.)을 거쳐 양도소득세 경정청구 거부처분 취소소송을 제기하였으며, 서울고등법원은 쟁점토지의 소유권이전은 양도에 해당하고 쟁점토지의 양도시기는 2008.5.8.로 봄이 타당하다고 판시(서울고등법원 2016.8.10. 선고 2016누32796 판결)하였고, 이 판결은 상고하지 아니하여 2016.9.2. 확정되었다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구인의 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 신고와 처분청의 과세처분은 양도시기 및 그 가액이 다르고 양도시기를 바로잡는 처분은 「국세기본법」 제15조 에서 규정한 신의성실원칙에 위배되지 않는다는 의견이나, 이의신청 절차에서 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 경정처분을 직권으로 취소하였음에도 특별한 사유없이 상급관청의 감사지적 사항이라 하여 이를 번복하고 재경정한 처분은 위법한 것인바(대법원 2010.6.24. 선고 2007두18161 판결 등 다수, 같은 뜻임), 청구인이 쟁점토지의 양도과정에서 양도소득세를 2차 수정신고한 후 부과제척기간이 도과하였다는 이유로 경정청구를 하였고, 2014.11.10. 처분청은 경정청구에 대해 거부처분을 하였으며, 청구인이 2014.10.27. 이의신청을 제기한 결과, 처분청은 쟁점토지의 양도와 관련하여 청구인이 한 2차 수정신고 및 서울고등법원의 강제조정결정(서울고등법원 2012나30320, 2014.4.8.)을 포함한 내용을 심리하였고, 이에 따라 청구인이 수령한 보상금에 대한 국세부과제척기간의 만료일을 2014.5.31.로 판단하여 청구주장을 인용결정하였으며, 청구인은 동 결정에 따라 2차 수정신고에 따른 세액을 부담하지 아니하게 된 점, 2015.1.23. 추가로 보상금을 수령하였다고 할지라도 이는 동일한 토지의 양도사실에 따른 것으로, 청구인의 이의신청 당시와 처분청의 2015년 귀속 양도소득세를 과세처분한 시점 간에 쟁점토지의 양도에 대한 기본적인 사실관계가 동일하여, 처분청의 이의신청결정 후 쟁점토지의 양도와 관련한 특별한 사유가 발생하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세를 결정.고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점② 및 쟁점③은 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.