조심 2008지0483 (2008.12.09)

처분청이 2007.11.12. 청구인에게 한 취득세 57,972,880원, 농어촌특별세 4,733,630원, 등록세 14,355,590원, 지방교육세 2,657,950원, 합계 79,720,050원의 부과처분 중 취득세 22,151,950원, 농어촌특별세 1,811,000원, 합계 23,962,950원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.

1. 처분 개요

가. 청구인은 청구인이 소유하고 있던 OOO 외 1필지의 토지 20,824㎡(이하 “이 건 토지 ”라 한다)상에 건축물 17,370.54㎡(제1동 9,391.7㎡, 제2동 7,978.84㎡, 이하 “이 건 공장 ”이라 한다)를 2006.5.26. 신축.취득한 후, 이 건 공장의 취득가액 3,091,406,847원을 과세표준으로 하고

지방세법 제112조

제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 2006.6.26. 신고.납부 하였으나, 2007.9.3. OOO 세무담당공무원의 세무조사 결과 이 건 공장의 취득가액 4,423,588,811원에서 기 신고한 취득가액 3,091,406,847원을 공제한 1,332,181,964원과 이 건 토지의 지목변경 공사비 823,187,079원이 취득신고시 취득세 등 과세표준에서 누락되었음을 확인하고 이를 처분청에 통보하자, 처분청은 이 건 공장 등의 취득누락가액 1,332,181,964원을 과세표준으로 하고

지방세법 제112조

제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,820,930원, 농어촌특별세 2,922,630원, 등록세 14,355,590원, 지방교육세 2,657,950원과 이 건 토지 지목변경 소요공사비 823,187,079원을 과세표준으로 하고

지방세법 제112조

제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 22,151,950원, 농어촌특별세 1,811,000원을 포함하여 합계 79,720,050원(가산세포함)을 2007.11.12. 부과고지 하였다.

나. 청구인은 이 건 공장건축물 중 클린룸은 공장건축물과는 무관한 의료기 제조에 필수적인 기계장치이기 때문에 이는 취득세 과세대상이 아니며, 또한 이 건 토지를 취득한 이후 토목공사에 지출된 비용은 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하면서 2008.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 의료기 제조업체로서 의료기.의약품주입기의 제조를 위하여 클린룸을 설치하였으며 이는 기존 건축물의 일부도 아니고 언제든지 철거가 가능하며 클린룸 설치는 공장 건축물의 신축과 전혀 무관한 의료기 제조에 필수적인 기계장치이므로 취득세 과세대상에 해당되지 아니하는 것이다.

(2) 이 건 토지 취득 이후에 토목공사 등을 진행하여 지출된 비용은 토지 지목변경과 직접적으로 관련된 비용이라 할 수 없는 단순한 자본적 지출에 해당되므로 이는 지목변경에 따른 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 클린룸은 공장의 목적에 맞게 특화하여 운영되도록 한 것으로 신축 당시부터 계획.의도된 것일 뿐만 아니라, 공장에 연결되거나 부착하는 방법으로 설치되어 공장의 생산품인 의료기 제조와 밀접하게 관련되어 있어 공장건축물과 별도로 분리하여 판단할 수 없고, 그 설치된 위치와 용도, 건축물의 형태, 목적 등을 종합적으로 판단해 볼 때, 이 건 공장의 효용과 기능을 다하기에 필요불가결한 시설들로서 공장의 상용에 제공된 종물에 해당하므로 취득세 과세대상에 해당하는 것이다.

(2) 청구인은 공부상 지목이 전 인 이 건 토지를 2005.1.27.과 2005.2.11. 취득한 후 2006.6.5. 토지대장상 지목을 전 에서 공장용지 로 지목을 변경하였으며, 청구인이 작성한 원장.보조장.출납전표.결산서 등 법인장부 계정별원장에 지목변경에 소요된 제반비용이 823,187,079원으로 사실상 취득가격이 입증되고 있으므로 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 납세의무가 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

의료기 생산을 위하여 설치한 클린룸 설치비가 취득세 과세표준에 포함되는지 여부와 공장신축으로 토지의 지목이 전 에서 공장용지 로 변경된 경우 그 지목변경에 소요된 비용이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제104조【정의】

취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. 부동산 : 토지 및 건축물을 말한다.

4. 건축물 :

「건축법」제2조

제1항제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급.배수시설, 에너지 공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다)로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척지에 의한 토지에 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득, 또는 유상.무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

제105조【납세의무자 등】

① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

④ 건축물을 건축한 것에 있어서 당해건축물중 조작 기타 부대설비에 속하는 부분으로서 그 주체구조부와 일체가 되어 건축물로서의 효용가치를 이루고 있는 것에 대하여는 주체구조부 취득자이외의 자가 가설한 경우에도 주체구조부의 취득자가 함께 취득한 것으로 간주한다.

⑤ 선박.차량과 기계장비의 종류의 변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 이를 취득으로 본다

제111조【과세표준】

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1.「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.

2. 제1호외의 건축물(새로 건축함으로써 건축당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다)과 선박·항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액

③ 건축물을 건축(신축 및 재축을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박.차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및

「소득세법」 제101조

제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5.「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여

동법 제28조

의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득

(2) 구 지방세법시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것)

제73조【취득의 시기 등】

④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만,「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을

「도시개발법」제41조

의 규정에 의한 환지처분 또는 「도시 및

주거환경정비법」제54조

의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

⑧ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날(사실상 변경된 날이 불분명한 경우에는 공부상 지목이 변경된 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다. 이 경우 지목변경일 이전에 임시로 사용하는 부분에 대하여는 사실상 사용한 날에 취득한 것으로 본다.

제82조【토지의 지목변경에 대한 과세표준액】

법 제111조제3항의 규정에 의한 토지의 지목변경으로 인하여 증가한 가액은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 하여 지목변경 전의 시가표준액과 지목변경 후의 시가표준액(지목변경 후의 개별공시지가가 결정.공시되지 아니한 때에는 지방자치단체의 장이 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 지방자치단체의 장이 산정한 가액을 말한다)의 차액으로 한다. 다만, 제82조의2의 규정에 의한 판결문.법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다

제82조의2【취득가격의 입증 등】

① 법 제111조제5항제3호에서 "판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

제82조의3【취득가격의 범위】

① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다

(3) 법인세법

제23조【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.

(4) 법인세법시행령

제24조【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산

가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다)

나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품

다. 선박 및 항공기

라. 기계 및 장치

마. 동물 및 식물

바. 기타 가목 내지 마목의 자산과 유사한 유형고정자산

〈세무용어사전 - 국세청〉

기계장치 : 기계장치에는 동력을 이용해서 원재료를 물리적으로 가공하기 위한 공작장치, 작업기계 등의 기계류·원재료를 화학적으로 가공하기 위한 화학장치, 냉동장치 등의 장치류 및 컨베이어, 호이스트, 기중기 등 반송설비, 그 외의 부속설비가 포함된다. 기계장치의 취득원가에는 운송, 설치, 시운전 등의 매입부대비용이 가산된다. 기계와 장치는 구분이 곤란하기 때문에 일반적으로 1개의 용어로서 사용되고 있다. 세법상 기계장치는 사업용 고정자산으로 분류되어 내용연수에 따라 감가상각 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO 외 1필지에 소재한 의료기 제조 법인으로서 이 건 토지상에 공장을 신축하기 위하여 OOO 소재 OOO(주)와 2005.8.10. 공사금액 4,410,000,000원(부가가치세 등 제외)으로 건축공사표준계약을 체결하였고, 같은 날 OOO 소재 (주) OOO와 공사금액 1,300,000,000원(부가가치세 제외)으로 이 건 클린룸에 대한 건설공사.도급계약을 체결하였으며, 2006.5.26. 이 건 공장 신축에 따른 사용승인을 받은 후, 청구인은 OOO 토지 905㎡를 기 취득한 상태에서 2006.6.5. 공부상 지목을 전 에서 공장용지 로 변경하여 형질변경 비용 등은 823,187,079원이 지출된 사실이 토지계정별원장에 나타나 있으며, 이 건 공장에 대하여 2006.6.10. 소유권보존등기를 하였음이 제출된 관계 증빙서류에서 알 수 있다.

(2) 클린룸설비는 의약품주입기 생산시 필수적으로 요구되는 항온.항습.청정 상태 유지 및 관리를 위하여 생산라인과 직접적으로 연계된 공정체계의 일부인 기계장치로서, 이 건 건축물과 일체가 되어 건축물의 효용가치를 증대시키는 시설이라기보다는 의약품주입기 생산을 위하여 이 건 건축물 내부에 설치된 기계장치에 불과하다고 보아야 할 것이어서 건축물에 종속되어 건축물 자체의 효용가치를 구성하고 있는 부대설비가 아니며, 또한 클린룸 설비는 회계처리상 계정과목이 시설장치로 분류되어 있고, 설비자체도 분리 및 재설치가 가능하여 의약품주입기 생산에 필수불가결한 구성요소가 되는 일종의 기계장치에 해당하는 것이다.

(3) 이 건 클린룸은 공장동 건물(1,2층으로 구성)의 청정도를 자동제어시스템에 의해 통제하고 있고 공장동 1층 측면 내의 직팽식 공기조화기 6대를 이용하여 의약품주입기 제조에 필요한 청정도를 유지하기 위한 지원설비들로 구성되어 있으며, 클린룸 내.외부는 우레탄판넬로 되어 있어 공조실의 직팽식 공기조화기로부터 필터 등을 거쳐 정화된 공기가 급기(공장 내부 상부측)홴과 배기(공장 내부 측면)홴을 통해 외부 공기유입 및 공기중의 먼지, 미립자 등을 최소화하여 의료기기 제조 특성상 외부오염으로부터 생산제품인 의약품주입기의 청정도를 유지하기 위한 설비 조건을 갖추고 있는 공간이며, 공조실의 직팽식 공기조화기에서 공장 내부로 유입되는 공기는 닥트를 통해 필터를 거치면서 먼지 등이 제거되어 닥트안의 급기홴을 통해 공급되고, 다시 클린룸 내부의 공기는 배기홴을 거쳐 외부로 순환되므로, 계절적.환경적 요인으로 인한 제조환경의 변화를 차단하고 1년 내내 동일한 의료기 제조환경 유지를 위해 온도.습도.내부압력.기류의 분포 및 속도 등을 자동제어프로그램을 사용하여 통제하고 있으므로, 클린룸 설비와 클린룸 설비를 제외한 건축물은 별개로 관리되고 있으며 일반적인 부대시설인 승강기 및 냉.난방장치의 유지보수와는 다른 고도의 기술이 포함된 유지보수를 취하고 있는 바, 당해 건축물은 클린룸 설비가 설치된 공간일 뿐이고, 클린룸 설비는 건축물의 부속설비로서 건축물의 경제적 효용을 다하기 위하여 존재하는 종물이 아닌 그 자체가 의료기주입기 제조에 필요불가결한 기계장치에 해당하는 것이므로, 이는 취득세 등 과세대상에 해당하지 아니하기 때문에 이 건 클린룸 설치비용인 클린룸 본체공사비 1,300,000,000원, 클린룸 전기공사비 116,500,000원, 클린룸 공사감독관 임금 42,452,830원, 합계 1,458,952,830원은 취득세 등의 과세표준에서 제외하여야 할 것으로 판단된다.

(4)

지방세법 제105조

제5항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 이를 취득으로 보아 취득세 납세의무가 있는 것으로 규정하고,

지방세법시행령 제73조

제8항 및 제82조에서 토지의 지목변경에 따른 취득시기를 토지의 지목이 사실상 변경된 날(사실상 변경된 날이 불분명한 경우에는 공부상 지목이 변경된 날)로 규정하고 있는바, 여기서 가액의 증가란 법인의 경우

지방세법시행령 제82조의 2

의 규정에 의한 법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 하는 것이므로, 청구인은 공부상 지목이 전 인 이 건 토지를 2005.1.27.과 2005.2.11. 취득한 후 2006.6.5. 토지대장상 지목을 전 에서 공장용지 로 변경하였으며,

지방세법 제111조

제5항 제3호 및

지방세법시행령 제82조의2

제1항 제2호의 규정에 의하여 법인이 작성한 원장.보조장.출납전표.결산서 등의 법인장부에서 지목변경을 위한 토목공사, 석축공사 등의 제비용으로 823,187,079원을 지불한 사실이 입증되고 있는 이상, 처분청에서 이 건 토지의 지목변경에 대하여 법인장부에 의하여 입증된 가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 부과한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

따라서, 처분청에서 이 건 공장의 신축에 대하여 취득세 과세표준을 산정하면서 클린룸 설치비용을 취득세 등의 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 하겠으나, 이 건 토지의 지목변경에 대한 취득세 등 부과처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로

지방세법 제77조

제5항과

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008. 12. 9.