조심 2009서4301 (2010.11.12)

OOO세무서장이 2009.11.4. 청구인에게 한 2004사업연도 법인세(지급조서미제출가산세)359,593,660원의 부과처분과 2004.11.18. 청구인에게 한 원천징수불이행가산세 269,695,240원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 금속제품 제조.판매업을 영위하는 법인으로 2004.4.12. 청구법인의 발행주식 24,920주[강OOO 13,843주, 정OOO 1,536주, 서OOO 33주, 강OOO 399주, 한OOO 2,500주, 강OOO 399주, 정OOO(2004.11.9. 사망으로 상속인인 안OOO외 2인에게 납세의무 승계) 6,210주]와 법인주주의 주식 7,450주(OOO장학재단 350주, 주식회사 OOO건설 4,600주, 주식회사 OOO 2,500주)를 합한 32,370주(청구법인의 발행주식총수로 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO회사 OOO건설(이하 OOO이라 한다)에 17,979,683천원(1주당 평균가액 555,443원)에 양도하고 주주들과 청구법인은 각각 양도소득세 및 법인세를 신고.납부하였다.

나. 처분청은 청구법인의 주식변동에 대한 세무조사결과, 쟁점주식의 양도거래에 대하여 청구법인의 주주들이 법인청산시 의제배당에 따라 부담할 높은 세율의 배당소득세를 회피하기 위하여 청구법인의 주주들과 OOO이 주식을 매매한 것처럼 가장 매매거래한 것으로 보아 청구법인의 주주들이 OOO로부터 수령한 주식양도대가에 대하여 양도소득세를 신고한 것을 부인하고 감자 또는 청산에 따른 배당소득으로 보아 이를 과세자료로 청구법인 주주들의 주소지 관할 세무서장에게 통보하는 한편, 2009.11.4. 청구인에게 2004사업연도 법인세(지급조서미제출가산세) 359,593,660원 및 2004.11.18. 원천징수불이행가산세 269,695,240원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

① 청구법인의 개인주주 중 대표이사 강OOO는 이 건 양도거래 당시 72세의 고령으로 회사 운영에 건강상 문제가 있었고, 정OOO(2004년 11월 사망)은 건강이 매우 악화되어 빠른 시일내에 주식을 매각하고자 하였으며, 법인주주인 OOO은 당시 진행 중인 기업개선작업의 사정으로 투자금을 조기 회수하고자 하는 목적이 있었는데 일부 개인 주주들의 매각의사를 접하고 쟁점주식을 일괄 매각하는 경우 성사가 용이한 것으로 판단하여 청구법인의 법인주주이면서 OOO의 100% 출자법인인 OOO에 쟁점주식의 처분을 일임하여 OOO의 이OOO 관리팀장이 OOO에 본사를 두고 주택건설 및 그 부대사업을 영위하면서 수도권으로 사업확장을 위해 인수법인을 물색하던 OOO의 대표이사 강OOO과 협의끝에 2004.4.12. 쟁점주식(32,370주)을 OOO에 일괄 양도하게 되었다.

OOO은 청구법인의 예금을 담보로 한 대출금으로 주식대금의 일부를 지급하였고, 처분청은 이를 가장거래의 이유로 보고 있으나, 이와 같은 거래형태는 M＆A 거래를 원활하게 성사시키는 일반적인 패턴이라 할 수 있고 주주들 입장에서는 주식양도대금을 조기지급받기 위하여 법인의 자산이 금융기관에 담보로 제공되더라도 문제가 없으므로 담보제공 안건을 승인하여 거래한 정상적인 거래행위임에도 불구하고 처분청이 쟁점주식거래행위를 가장거래로 보아 청구법인에게 법인세(가산세)를 부과한 처분은 부당하다.

② 가사, 쟁점주식의 양도가 의제배당에 해당한다 하더라도 사기 .기타 부정한 행위에 해당하지 아니하므로 국세부과의 제척기간이 경과하였다.

나. 처분청 의견

① 청구법인은 2003년초 제조공장을 매각한 후 사실상 폐업상태이었고, 2005년 8월 해산등기를 거쳐 2005.12.9. 폐업되었으며, 2002년 OOO로부터 매입한 OOO 토지를 2003년 중 OOO에 양도하고 그 양도대금을 보유하던 중 법인청산을 위하여 2004.2.17. 1차 감자를 실시하여 전체 발행주식 647,400주 중 615,030주를 균등감자하고, 2004.4.12. OOO은 쟁점주식을 전량 인수하고 인수대금은 청구법인의 예금(177억원)을 담보로 한 금융기관 대출금(176억원)으로 개인주주 및 법인주주들에게 지급하였으며, 2004.5.8. 2차 감자를 실시하여 감자대가 153억원과 청구법인의 차입금(37억원)으로 2004.5.10. 대출금 전액을 상환하였다.

청구법인의 대주주인 강OOO와 당시 거래를 주도하였던 OOO의 관리팀장 이OOO의 확인서 및 OOO 자산관리실장에게 발송한 문서(청구법인의 주식인수방안에 대한 의견송부)에 의하면, OOO가 2004년 중 개인 주주들의 주식을 132억 5,400만원에 인수한 후, 같은 해 27,370주를 감자하고 2005년 청산하는 내용이었으나, OOO가 OOO의 100% 자회사로 출자총액 제한으로 인수할 수 없게 되자 OOO의 주주 겸 임직원이었다가 OOO에서 OOO을 설립하여 OOO과 함께 아파트 시행사로 참여하고 있던 강OOO과 협의하여 OOO이 쟁점주식을 인수한 것으로 거래과정이 사전에 짜여진 각본에 의하여 진행된 사실이 확인되며, 청구법인의 근로소득에 대한 원천세 신고내역을 보면, 2004년 1월부터 4월까지 기간 중 급여를 지급받은 자를 2명으로 신고한 점 등으로 보아 사실상 폐업상태로 쟁점주식의 양도거래 당시 청산진행 중에 있었다고 보는 것이 타당하고, OOO은 쟁점주식의 취득사유에 대하여 수도권 지역으로 사업확장을 위한 것이라고 하나, 2005년 이후 특별한 사업추진내역 등이 없어 사실상 휴업 내지 폐업상태이었으며, 주식의 취득 즉시 감자를 실시하고 2005년 8월 해산등기를 한 점으로 보아 동 주장은 신빙성이 없으며, 따라서, OOO은 청구법인 주주들에 대한 배당소득세를 줄여주기 위한 단순 도관법인으로 봄이 타당하므로 쟁점주식거래행위를 가장거래로 보아 주주들에게 종합소득세를 부과하고 청구법인에게 법인세(가산세)를 부과한 처분은 정당하다.

② 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서「납세자가 사기.기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급.공제받는 경우 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년간」이라고 규정하고 있는 바, 당해 거래는 청구법인과 주주, OOO이 사전 공모하여 국세를 포탈한 사실이 2004.3.17. OOO과 2004.3.19. 법무법인 OOO의 법률자문 공문상으로 확인되어 청구법인의 주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점주식의 양도행위를 법인에게 유보된 이익잉여금을 배당한 것으로 보아 청구법인에게 지급조서미제출가산세와 원천징수불이행가산세를 부과한 처분의 당부

② 원천징수 불이행가산세 등의 국세부과제척기간 경과여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법 제17조 【배당소득】① 배당소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 상법 제463조의 규정에 의한 건설이자의 배당

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당 또는 분배금

3. 의제배당

4. 법인세법에 의하여 배당으로 처분된 금액

② 제1항 제3호의 규정에 의한 의제배당이라 함은 다음 각호의 금액을 말하며 이를 당해 주주ㆍ사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다.

1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 기타 재산의 가액 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 당해 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

3. 해산한 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 주주ㆍ사원ㆍ출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 당해 주식 및 출자 또는 자본을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

③ 배당소득금액은 당해연도의 총수입금액으로 한다.(단서 생략)

④ 제2항 제1호ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 규정을 적용함에 있어서 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액이 불분명한 경우에는 당해 주식 또는 출자의 액면가액 또는 출자금액을 당해 주식 또는 출자의 취득에 소요된 금액으로 본다.

제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.(후단 생략)

제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식 등

(3) 소득세법 시행령 제46조【배당소득의 수입시기】배당소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다

4. 법 제17조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 제5호의 의제배당

주식의 소각, 자본의 감소 또는 자본에의 전입을 결정한 날(이사회의 결의에 의하는 경우에는 상법 제461조 제3항의 규정에 의하여 정한 날을 말한다)이나 퇴사 또는 탈퇴한 날

5. 법 제17조 제2항 제3호ㆍ제4호 및 제6호의 의제배당

가. 법인이 해산으로 인하여 소멸한 경우에는 잔여재산의 가액이 확정된 날

(4) 법인세법

제73조【원천징수】① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에게 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1.「소득세법」 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

2.「소득세법」 제127조 제1항 제2호에 따른 배당소득금액(단서 생략)

제76조【가산세】② 제73조의 규정에 의한 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부하는 경우에는 다음 각호에 해당하는 금액 중 큰 금액을 가산세로서 가산한 금액을 납부하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 국가 또는 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율. 이 경우 당해 금액은 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)의 100분의 10을 한도로 한다.

2. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)의 100분의 5

⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의2 또는「소득세법」 제164조ㆍ제164조의 2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 같은 법 제164조 제1항ㆍ제164조의 2 제1항에 따른 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.

제120조【지급명세서의 제출의무】① 제73조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 지급명세서를 제출하여야 한다.

②「소득세법」제164조의 규정은 제1항에 따른 지급명세서의 제출에 관하여 이를 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 2004년 중 1차 감자내역, 쟁점주식의 양수도 거래내역 및 2차 감자내역은 아래 ＜표1, 2＞와 같다.

＜표1＞ 청구법인의 1차 감자내역 및 쟁점주식의 양수도 거래내역

OOO

＜표2＞ 청구법인의 2차 감자내역(2004.5.10.)

OOO

(나) 처분청의 청구법인에 대한 주식변동조사 종결보고서, OOO과 법무법인 OOO의 의견송부문서, OOO의 내부검토서, 강OOO와 이OOO의 문답서 내용 등을 보면, 다음과 같다.

1) 청구법인의 주식변동조사 종결보고서(2009년 5월)를 보면, 양수법인인 OOO의 대표 강OOO은 1998년 주식회사 대우 퇴사후 주식회사 OOO 등에서 근무하다 2002년 OOO을 설립하였고, 청구법인의 예금을 담보로 OOO에서 176억원을 대출받아 쟁점주식의 양수대금을 지급한 이후 청구법인의 2차 감자대가 153억원과 청구법인으로부터 차입금 37억원으로 위 대출금을 상환하였으며, 청구법인은 OOO과 업종이 상이하고 2003년 중 공장을 처분하여 계속사업이 불투명한 상태로서 OOO이 사업확장 및 재무적 투자목적으로 청구법인을 인수하였다고 보기 어렵고, 쟁점주식의 인수자금은 금융기관을 매개로 청구법인이 대여하여 실질적으로 개별주주가 인수할 감자대가를 거래형식으로만 OOO이 인수한 것으로 보았으며, 청구법인이 2003년 OOO 소재 토지를 OOO에 매각한 유형자산처분이익이 자금원천이므로 이익잉여금 처분으로 청구법인의 유보이익을 주주들에게 배당한 것으로 보았고, 청구법인은 2004.2.17. 1차 감자시 총발행주식 95%를 감자하고 쟁점주식을 양도한 후 즉시 2차 감자하였다가 2005년 8월 해산등기한 것으로 볼 때, 청구법인이 감자를 통한 실질적인 청산절차를 진행 중에 있었던 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점주식의 양도거래는 자본거래인 실질적인 청산절차로 봄이 마땅하다는 등으로 조사되어 있다.

2) OOO의 의견송부 문서(2004.3.17.)를 보면, 동 법인의 OOO 이OOO이 수신자를 OOO 자산관리실장(참조자 OOO 관리부장)으로 한 청구법인의 주식인수방안에 대한 의견송부 문서로 청구법인의 개인주주 보유주식을 OOO가 인수하여 청구법인을 정리하는 방안으로 할 경우 절세효과와 그 금액을 산출하는 목적으로 검토한다고 되어 있고, 청구법인의 현황은 2004.3.15. 현재 재무상태는 자산 279억 6,800만원, 부채 91억 6백만원, 자본금 3억 2,400만원, 이익잉여금 185억 3,800만원으로 이익잉여금 중 최소한 183억원은 사외유출이 가능하며, 절세효과의 핵심은 ① 배당방식으로 청산할 경우, 배당수익에 대한 배당세액공제(Gross-up) 효과를 감안하더라도 약 25%의 세금부담을 하게 되고 ② 양도후 정리방식을 취할 경우, 양도차익에 대해 11%(중소기업주식)의 세금을 부담하게 되는 결과가 되므로 위 ①보다 유리하며, 결론으로 위 ①과 ②의 세율차이로 인한 효과를 통하여 약 20억원의 절세효과가 있으며, OOO 입장에서의 절세효과 분석내용을 보면, 위의 ① 배당방식으로 정리시 세후 귀속금액은 11억 2,850만원이고, ② 개인지분의 인수후 감자 및 배당방식의 혼합시는 25억 8,900만원으로 그 차액은 14억 6,065만원이며, 결론으로 위와 같이 주식양도와 배당에 대한 세율차이 등으로 인한 세금절감효과가 있으므로 개인지분을 OOO가 인수후 정리하는 방식이 훨씬 유리하다고 판단된다는 등으로 의견을 송부한 것으로 되어 있다.

3) 법무법인 OOO의 의견송부 문서(2004.3.19.)를 보면, 법무법인 OOO의 변호사 이OOO, 정OOO이 OOO 이OOO 관리팀장(참조자 OOO 법무팀 강OOO 과장)에게 송부한 청구법인의 자본감소 관련 질의회신 문서로, 사안의 개요 및 질의요지는 청구법인의 주주가 개인주주 8명, 귀사, OOO건설이며, 한번 더 유상감자를 실시하여 자본금을 5천만원으로 감축하고자 하고, 개인주주 8명은 감자이전에 보유주식을 모두 귀사에 매각하고자 하며, 이와 같이 계속하여 유상감자를 하는 것은 상법에 따라 청산을 하는 경우 그 절차가 복잡하고 시일이 오래 걸리며 특히 개인주주의 조세부담이 크다는데 있으며, 현재 보유 부동산 및 설비를 모두 처분하여 사실상 영업을 중지한 상태에 있고 위와 같이 자본감소절차를 선택하는 것이 상법에 위배되는지 여부 및 개인주주의 주식을 취득함에 있어 유의할 사항에 대하여 검토를 의뢰한 것으로 되어 있고, 이에 대한 검토의견으로 자본감소에 대하여, 상법상 청산절차에 앞서 또는 청산절차에 갈음하여 자본감소절차를 진행하는 것을 금지하거나 제한하는 규정은 없으므로 주주의 조세부담을 경감하기 위하여 청산절차에 갈음하여 자본감소절차를 진행하는 것은 채권자보호절차 등을 거치는 경우 상법에 위배되지 아니하는 것으로 판단되고, 다만 이러한 절차를 선택하므로써 개인주주가 이익을 얻고 법인에 손해가 발생한다면 이를 결정한 대표이사나 기타 이사가 법적 책임이 있을 수 있으나, 회사가 사실상 영업을 폐지한 시점에서는 그 책임이 인정될 가능성은 높아 보이지 않으며, 주식매매에 대하여, 본 건은 청구법인이 사실상 영업을 폐지한 상태에 있을 뿐 아니라 귀사가 자산.부채현황을 자세히 인지하고 있으므로 주식을 인수함에 있어 특별히 주의할 사항은 없어 보이나, 우발채무에 대하여 사전에 조사가 필요하고, 유상감자 또는 청산시에 귀사가 지급받을 수 있는 주당 환급금액보다 고가로 주식을 취득하는 것은 지양하여야 한다는 내용으로 되어 있다.

4) OOO의 청구법인주식 관련 내부검토서(2004.2.26.)를 보면, OOO가 청구법인의 개인주주 보유주식 78.07%를 인수시에 유상감자 후 배당 및 향후 청산과정을 진행할 경우 주식인수와 미인수에 따른 절세효과 및 발생가능한 조세문제를 검토하는 것으로 되어 있고, …거래유형에 따른 절세효과(2004.3.15. 기준)… (생략)… 결론으로 본 사항을 검토한 결과 청구법인 개인주주들의 요청대로 OOO에서 개인주주 지분을 인수후 유상감자, 잔여배당하는 절차로 청구법인이 정리되는 안이 OOO에 유리하다는 등으로 기재되어 있다.

5) 2009.4.23. 강OOO와 이남기가 처분청에서 공동진술한 문답서를 보면, 2004년 2월 감자 관련 주주총회 시기는 2003.12.19.이고 참석자는 OOO, OOO, 강OOO(일가인 정OOO, 강OOO, 강OOO 일괄위임), 한OOO(대리인 참석)이고, 감자결의를 하게 된 사유는 OOO이 투자금의 회수목적으로 감자를 제의하였고 개인주주들도 투자금 조기회수 목적하에 동의하였으며 1차 감자후 곧 바로 2차 감자를 하지 않고 주식을 양도하게 된 사유는 투자금의 반환방법으로 감자, 청산, 이익배당 등의 방법이 있었으나 위 방법들은 시간, 절차, 비용상 문제로 보다 간소한 방법인 양도방법을 택하게 되었으며, 개인주주들의 세금문제를 고려한 적이 있었는지에 대하여 고려한 적이 없다고 하였고, OOO의 대출시에 청구법인의 예금을 담보로 제공한 사유는 주식대금 조기회수를 목적으로 제공하였으며, OOO(대표 강OOO)을 믿을 수가 없어 강OOO, 이OOO, 한OOO이 강OOO과 함께 OOO의 주거래 은행인 OOO OOO지점에 가서 대출금을 받은 강OOO으로부터 주식대금을 받아 바로 각 주주들에게 배분하였다는 등의 내용으로 진술한 것으로 되어 있다.

청구법인의 개인주주 중 한OOO(변호사, 당시 71세)의 문답서(2009.4.21.)를 보면, 이 건 주식은 OOO 임직원의 소개로 공매취득하였고, 2004년 청구법인의 감자시 임시주주총회는 대리인이 참석하였으며, 주식양도계약서는 미리 작성되어 미리 서명된 상태에서 본인이 날인한 것으로 기억한다고 진술한 것으로 되어 있다.

(다) 강OOO는 쟁점주식의 양도와 관련하여 OOO 및 다른 주주들과 사전공모한 사실이 없고, OOO과 특수관계에 있지 아니하며, OOO은 사업상의 필요에 의하여 청구법인을 양수한 것임을 주장하면서, 주식매매계약서, 청구법인.OOO의 법인등기부등본, OOO의 청구법인 인수이유서, OOO 도시개발사업시행대행계약서, OOO 도시개발사업개요, 청구법인과 OOO의 합병후 도시개발사업에 따른 환지토지에 대한 소유권이전등기시 등록세 등 절감효과 산출내역서, OOO의 사업포기이유서 등을 증빙자료로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다.

1) 주식매매계약서 사본을 보면, 2004.4.12. 강OOO가 청구법인의 보통주 13,843주를 매매대금 72억 5,096만원(1주당 523,800원)에 OOO에 양도하는 매매계약을 체결하는 것으로 되어 있고, 청구법인의 법인등기부등본을 보면, 1978.2.9. 금속제품.기계류 제조 및 판매업, 관광레저 개발업을 사업목적으로 하여 설립하였고 2001.3.31. 부동산에 대한 투자 등의 개발사업을 사업목적에 추가한 것으로 나타나며, 발행주식 총수는 2004.1.27. 보통주 647,400주(자본금 64억 7,400만원)에서 32,370주(자본금 3억 2,370만원)으로 변경되었고 2004.5.8. 5,000주(자본금 5천만원)으로 변경되었으며, 2005.8.26. 임시주주총회 결의에 따라 해산등기하여 2005.12.21. 청산종결로 등기폐쇄된 것으로 나타난다.

2) OOO의 청구법인 인수이유서를 보면, OOO은 2004년 당시 OOO 도시개발사업(환지방식)의 공동시행대행사로 참여하였는데, 동 사업은 환지방식의 개발사업으로 사업단지 조성 후 환지토지에 대한 소유권등기시점에 지방법인인 OOO의 명의로 소유권이전등기시는 약 40억여원 정도의 등록세가 소요되나, 수도권 소재법인으로 설립후 5년이 경과한 법인인 청구법인을 인수.합병한 이후 청구법인의 명의로 토지를 취득하게 된다면 등록세 중과배제요건에 해당되어 등록세 등의 절감효과가 약 26억에 이르며, 또한 OOO은 결과적으로 쟁점주식을 취득하였다가 처분(청산)한 결과 11억원(투자 수익율 6.01%) 정도의 차익을 남긴 거래라는 점 등으로 보면, OOO이 청구법인을 인수할 만한 이유가 충분하였다는 내용으로 되어 있다.

OOO 도시개발사업시행대행계약서를 보면, 2004.8.28. OOO OOO조합(가칭) 조합장 허OOO(갑)과 OOO 대표이사 강OOO(공동참여사인 주식회사 두OOO 및 주식회사 OOO을 대표)이 OOO 시행대행계약을 체결한 것으로 그 주요내용은 OOO번지 일원 사업면적 219,080㎡(66,272평)를 주거용지(143,320㎡) 및 공공시설용지(75,760㎡)로 개발하여 지주들의 이익증대와 주거환경개선이 사업목적이고, 총사업비 예상액은 기술용역비 일체 16억 5,680만원(평당 25,000원), 단지조성비(감리비 포함) 99억 4,080만원(평당 150,000원)이며, 보상비(이주대책비 포함) 분담금과 금융비용 및 조합운영비 등은 갑과 을이 협의책정하며, 사업기간은 도시개발법 제10조(도시개발구역 지정의 해제) 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 날까지 한다는 등으로 되어 있다.

용역계약서를 보면, 2004.11.1. 도급인인 OOO(대표 강OOO), 주식회사 OOO, 주식회사 두OOO와 수급인인 주식회사 OOO 대표 성OOO이 체결한 것으로 용역명은 OOO OOO 조사설계용역이고, 계약금액은 7억 4천만원이며, 계약기간은 2004.11.1.～2005.8.30.로 되어 있고, OOO의 사업 포기이유서를 보면, OOO에 2차례 사업승인 신청(2005.5.12. 및 2005.7.27.)결과, ‘OOO 2020계획(OOO 2020년 도시기본계획)’에 따라 사업지구의 최소면적(13만평) 기준에 미달하는 경우(도시개발구역지정제안서 기준 당해 사업지구면적은 70,300평) 사업승인을 불허한다는 OOO의 방침 등에 따라 사업승인이 반려(OOO 2005.10.26.)되었고, 계속 추진할 경우 당초 예상보다 사업규모가 방대해짐으로써 이를 감당할 수 없게 되었으며, 사업기간도 장기간이 소요될 것으로 예상되는 등 불확실성도 증가함에 따라 2005.11.22. 공동시행대행사인 주식회사 두OOO에게 사업권 일체를 양도하고 위 사업의 추진을 포기하게 되었다는 내용으로 되어 있다.

등록세 등 절감효과 산출내역서를 보면, OOO의 환지예정면적은 33,136평이고 그 중 OOO의 사업권 지분면적은 11,045평(3개 회사가 공동시행대행사로 지분이 각각 3분의 1씩임)으로 토지가액은 552억 2,666만원인데 지방법인인 OOO의 명의로 환지토지를 등기하는 경우 등록세율은 일반세율(2.4%)의 3배인 7.2%이고 세액은 39억여원이 되나, 수도권 소재법인으로 설립 후 5년이 경과(「지방세법」제138조 및 같은 법 시행령 제102조 제7항의 등록세중과 배제요건)한 청구법인으로 합병한 후 환지토지를 등기하는 경우 등록세는 일반세율의 적용으로 13억여원으로 약 26억여원의 차이가 나는 것으로 산정되어 있다.

OOO의 쟁점주식 거래에 따른 수익분석표를 보면, 취득비용은 180억 6,600만원(주식취득대금 179억 8천만원, 이자비용 8,600만원)이고, 회수금액은 191억 6,700만원(감자대가 153억 2,700만원, 배당수익 35억 4,400만원, 청산 회수액 6,500만원, 법인세 등 절감효과 2억 3,100만원)으로 쟁점주식의 거래로 인한 차익은 11억 1백만원(투자수익율 60.1%)으로 나타난다.

(라) 청구법인의 법인주주인 OOO가 OOO 및 법무법인 OOO에 대한 입금증 및 이들로부터 교부받은 매입세금계산서를 보면, OOO가 용역수수료 명목으로 2004.3.17. 및 2004.3.19. OOO 및 법무법인 OOO에 각 50만원 및 34만 5천원(각 부가가치세 별도)을 지급한 것으로 되어 있다.

(마)「소득세법」제17조 제2항 제1호 및 제3호는 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 기타 재산의 가액 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 당해 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액 또는 해산한 법인의 주주ㆍ사원ㆍ출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 당해 주식 및 출자 또는 자본을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액은 이를 당해 주주ㆍ사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다고 규정하고 있고, 제88조 제1항에 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있다.

「지방세법」(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호는 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점.주사무소.지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립.설치.전입 이후의 부동산등기’를 각 등록세 중과대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호에서 ‘그 설립.설치.전입 이후의 부동산등기’라 함은 ‘법인 또는 지점 등이 설립.설치.전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기’를 말한다고 규정하고 있다.

(바) 살피건대, 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는지 또는 자본거래인 주식의 감자 내지 청산에 따른 자본의 환급에 해당하는지 여부는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이나, 실질과세의 원칙상 단순히 당해 계약서 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 할 것이고(대법원 1992.11.24. OOO 같은 뜻임), 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것인 바(대법원 2001.8.21. OOO 같은 뜻임), 실질과세 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 명백하고 구체적인 과세근거를 제시하여야 할 것이다. 이 건의 경우 처분청은 청구법인이 2003년경 보유하던 공장 및 토지를 매각한 점, 청구법인이 OOO에 예금액을 담보로 제공하고 37억원을 대여하여 주식의 대금을 실질적으로 금융기관을 이용하여 우회지급한 것으로 보이는 점, 쟁점주식의 양도거래이후 청구법인을 감자 및 청산한 점, OOO이 청구법인을 양수할 이유가 없었던 것으로 보이는 점, 청구법인의 법인주주들이 회계법인 등에 쟁점주식을 양도한 후 청산하는 방안 등에 대한 사전자문을 받아 그 각본에 따라 거래한 것으로 보여진다는 점 등의 이유로 쟁점주식 거래의 실질을 양도거래가 아닌 청구법인을 실질적으로 청산하면서 이익잉여금을 주주들에게 투자비율에 따라 배분한 자본거래로 보았으나, 처분청이 들고 있는 이유들은 위와 같은 사실에 근거한 추정에 의한 것으로 쟁점주식의 거래가 양도.양수자간에 사전공모에 의한 거래로서 거래의 실질이 주식의 양도.양수거래가 아닌 자본거래라는 사실이 명백하고 구체적으로 입증되는 과세근거로 보기 어렵고, 달리 청구법인의 주주들이 사전에 공모한 것으로 볼 수 있는 구체적인 반증이 없는 점 등으로 볼 때, 쟁점주식의 거래는 청구법인 주주들이 특수관계 없는 OOO과「상법」등에 따라 적법하게 거래한 정상적인 주식의 양도.양수거래로 보는 것이 타당한 것으로 보인다(OOO 2010.10.25. 같은 뜻).

(사) 그렇다면, 처분청이 이 건 주식의 거래를 배당소득을 회피하기 위한 양도거래로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이므로 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점 ②는 쟁점 ①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.