조심 2021인1164 (2021.04.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 2019년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 보유하고 있는 종합합산과세대상 토지에 대하여 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 「종합부동산세법 시행령」(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 일부개정되기 전의 것) 제5조의3 제1항에서 규정하는 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율](이하 “이 건 시행령 산식”이라 한다)에 따라 계산하여 2019.11.28. 청구법인에게 OOO을 결정·고지하였다. 나. 청구법인은 2020.2.20. 종합부동산세 중 재산세 납부분에 대한 공제액이 과소 공제되었음을 이유로 종합부동산세 OOO 및 농어촌특별세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.4.20. 거부처분하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.17. 이의신청을 거쳐 2021.1.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 처분청이 종합부동산세 OOO 및 농어촌특별세 OOO의 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다. (1) 처분청이 고지한 종합부동산세 및 농어촌특별세는 해당 토지에 부과된 재산세액을 과소 공제한 금액이다. 대법원은 “종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산 세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 것을 뜻하므로 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’ 보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다”고 판시하면서, “재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다.”고 판단하였다(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결). (2) 이 사건 시행령 산식은 위임 입법의 한계를 위반하였다. (가) 위 대법원 판결의 취지에 따르면, 주택 등의 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등 종합부동산세액에서 공제하도록 규정한 「종합부동산세법」 제9조 제3항과 같은 법 제14조 제3항 및 제6항에 내포된 공제한 재산세액은 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 경우, 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액 비율×재산세율’의 산식으로 계산된 금액이라고 할 것이다. (나) 그럼에도 불구하고 이 건 시행령 산식은 상위 법령인 「종합부동산세법」의 취지에 반하여 공제할 재산세액을 [(감면후 공시가격 과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세율]의 산식으로 계산하도록 강제하여 공제할 재산세액을 축소하였는바, 「종합부동산세법」에 위배되어 무효이다. (다) 최근 OOO고등법원도 종합부동산세 법률 조항은 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 시행령에 위임한 것은 아니고 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액을 전부 공제하도록 규정한 것으로 보아야 하는바, 이 건 시행령 산식은 입법자의 의사에 반하여 위법하여 효력이 없다고 판단하였다(OOO고등법원 2019.4.3. 선고 2018두47310 판결). (3) 결국 이 건 시행령 산식에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세는 상위 법률인 「종합부동산세법」의 입법취지에 위배되므로 처분청이 결정한 청구인의 2019년분 종합부동산세 고지세액 중 공제받지 못한 재산세 등의 환급과 관련된 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 처분청의 당초 부과처분 및 경정청구에 대한 거부처분은 잘못이 없다. 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있으며, 이를 위하여 「종합부동산세법」에서는 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서는 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 이 사건 시행령 산식 중 분자에 해당하는 “종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있으므로 처분청의 당초 부과처분 및 경정청구에 대한 거부처분은 잘못이 없다. (2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액에 도시분 재산세액 및 지방교육세는 포함되지 않는다. 청구법인은 2019년 OOO시청에 납부한 재산세는 총 OOO(지방교육세 포함)이나, 처분청에서 고지한 종합부동산세 중 재산세액 공제액은 OOO으로 OOO이 과소공제 되었으며, 관련 농어촌특별세 또한 OOO이 과다 고지되었다고 경정청구를 통해 주장하나, 종합부동산세에서 공제할 재산세액 계산에 관하여 규정하고 있는 이 건 시행령 산식에 따르면, 「지방세법」 제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 상당액이 전체 공시가격에 대한 재산세액에서 차지하는 비율만큼 공제하도록 규정되어 있는바, 청구법인에 대한 재산세 납세고지서상 종합합산과세분 재산세액이 OOO, 도시지역분 재산세액이 OOO, 지방교육세가 OOO으로 각각 기재되어 있으므로 이 중 종합합산분 재산세액으로 기재되어 있는 OOO이 「지방세법」 제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액에 해당되는 것이 명확하다. 그럼에도 불구하고 재산세 납세고지서상 합계 세액인 OOO 전체(도시분 재산세액 및 지방교육세 포함)를 종합부동산세에서 공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 법적 근거가 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 과세표준(과세기준금액 초과분 × 공정시장가액비율)에 부과된 재산세 상당액으로 산정한 처분의 당부 ② 종합부동산세액에서 공제한 재산세액에 도시지역분 재산세액 및 지방교육세가 포함되는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2019년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2019.6.1. 당시 OOO 외 32필지의 종합합산토지를 보유하고 있었다. (2) 처분청은 2019.11.18. 청구법인에게 2019년 귀속 OOO을 결정·고지하였으며, 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 OOO으로 계산하였다. (3) 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 재산세 납세고지서 상의 합계금액 OOO(도시지역분 재산세 및 지방교육세 포함)을 종합부동산세액에서 공제할 재산세액으로 하여 2019년 귀속 OOO을 환급받을 세액으로 2020.2.20. 경정청구 하였으나, 처분청은 2020.4.20. ‘종합합산과세대상 토지분 재산세 상당액만 공제할 재산세액에 해당한다’는 내용으로 경정청구에 대해 거부처분하였다. OOO (4) 청구법인은 2019년 포천시청에 납부한 재산세액(지방교육세 포함) 전액을 종합부동산세액에서 공제해야 한다고 주장하며, 아래 ＜표2＞와 같은 재산세(토지) 납세고지서를 제출하였다. OOO (5) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산식 관련규정의 개정경과는 다음과 같다. (가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전 시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다. (나) 그런데 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전 시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 뜻한다고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다. (다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전 시행령 산식을 아래 ＜표3＞과 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 OOO을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다. OOO (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 ‘과세표준’ 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것으로서, 이를 위하여 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 「종합부동산세법 시행령」제5조의3 제1항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있는바, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2017중884, 2017.4.24. 외 다수, 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세액에서 공제한 재산세액에 도시지역분 재산세액 및 지방교육세가 포함되어야 한다고 주장하나, 「종합부동산세법」제14조 제3항에서 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다고 규정하고 있는바, 종합부동산세에서 공제되는 재산세액은 종합합산과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액으로 한정하여야 할 것이고, 토지에 대한 도시지역분 재산세는 종합합산과세대상으로 과세대상이 구분되어 부과된 것이 아니라 지방자치단체의 장이 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 지역 안에 있는 소정의 토지 등에 대하여 과세하는 조세로서 위 조항에서 규정하고 있는 종합합산과세대상 토지분 재산세와는 세목의 성격 및 과세요건 등이 상이한 조세이므로 동 세액은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액에 해당하지 아니한다고 판단된다(조심 2016서0706, 2017.3.3., 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정된 것) 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법(2007.1.11. 법률 제8235호로 개정되기 전의 것) 제13조 (과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 3억원을 공제한 금액으로 한다. 제14조 (세율 및 세액) ③ 토지분 종합합산 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제188조 제3항의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다. 1. 2019년: 100분의 85 ② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다. 1. 2019년: 100분의 85 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(4) 종합부동산세법 시행령(2009.4.21. 대통령령 제21432호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ①법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(5) 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ①법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(6) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제112조(재산세 도시지역분) ① 지방자치단체의 장은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 지역(이하 이 조에서 "재산세 도시지역분 적용대상 지역"이라 한다) 안에 있는 대통령령으로 정하는 토지, 건축물 또는 주택(이하 이 조에서 "토지등"이라 한다)에 대하여는 조례로 정하는 바에 따라 제1호에 따른 세액에 제2호에 따른 세액을 합산하여 산출한 세액을 재산세액으로 부과할 수 있다. 1. 제110조의 과세표준에 제111조의 세율을 적용하여 산출한 세액 2. 제110조에 따른 토지등의 과세표준에 1천분의 1.4를 적용하여 산출한 세액