조심2012서5269 (2013.03.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.

청구인은 1997.5.18. 서울특별시 OOO에 소재

한 주택

(이하 ‘종전주택’이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 재개발사업으로 인하여 종전주택을 멸실하고 서울특별시 OOO OOOO OOO

OOOOOOOOO OOO-OOOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를

2003.4.30.

취득하여 보유하다가, 2007.5.25. OOO원에 양도한 후 양도

소득

세 과세표준 예정신고시

「조세특례제한법」제99조의3

(신축주택

의

취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액

을 감면신고하였다.

나. 처분청은 신축주택의 양도소득세 신고내용 중 종전주택의

취득

일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상

에 해

당

하지 아니한다는 서울지방국세청장의 감사지적에 따라

2012.7.13. 청구

인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고

지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이의신청을 거쳐 2012.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「조세특례제한법」에 의한 신축주택 취득자에 대하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 전액감면하고, 5년이 지나 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것으로 세법을 해석하는 국세행정이 관행적으로 이루어져 왔음

에도, 처분청이 변경된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거

래관리과-127, 2011.2.10.)를 근거로 종전주택의 취득일로부터 신축

주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면되지 아니하는 소득으로

보

는

것은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 반하는 위법·부당

한 처

분이다(주위적 청구).

(2) 청구인은 재개발에 따른 신축주택을 취득하기 위하여 청산금

OO,OOO,OOO원을 납부하였는바,

「조세특례제한법 시행령」제40조

제1항

의 감면소득 계산식에서 분모의 ‘취득당시 기준시가’를 산정할 때,

청

산금을 납부한 신축주택의 경우에는 ‘종전주택의 취득당시 기준시

가’에 ‘청산금 납부분에 해당하는 건물분의 신축주택 취득당시 기준시가’를

더한 값을 분모의 취득당시 기준시가로 보아 5년간 발생한 양도소득

을

계산하여야 한다(예비적 청구).

(3) 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액 결정한 경

우 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 납부불성실가산세를 부과한 것은 신의성실 원칙에 반하는 부당한 처분이다(예비적 청구).

나. 처분청 의견

(1)

「조세특례제한법」제99조의3

에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정에 따르면 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것이다.

(2) 청산금을 납부한 신축주택의 경우

「조세특례제한법 시행령」 제40조

제1항에 따라 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은

「소득세법 시행령」제166조

제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 금액으로, 청구인의

주장과 같이 청산금 납부분을 재계산한 값을 분모의 종전주택기준시

가에 합산하여 산식을 적용해 양도소득금액을 자의적으로 산정할 수 없다.

(3) 국세청예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소

득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라, 현행

국

세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-127, 2011.2.10.

외)

는 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득

금액을 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 일관되게 이를 유지하

고 있어 소급과세금지의 원칙에 반하지 않으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

①

「조세특례제한법」제99조의3

적용시, 종전주택의 취득일부터 신

축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에 포함하여야 하는지 여부

②

청산금을 납부한 경우

「조세특례제한법 시행령」 제99조의3

제2항에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 분모의 취득

당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해

당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가를 합한 금액으로 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법 제99조

3 【신축주택의 취득자에 대한 양도

소

득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국

소

비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격

이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당

하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후

에

양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소

득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해

신축주택이

「소득세법」 제89조

제1항제3호의 규정에 의하여 양도

소

득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그

러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우.

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득

하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계

약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거

환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원

이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

②

소득세법 제89조

제1항제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의

규

정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신

축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따

라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간

발

생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한

다.

(2)

조세특례제한법 시행령 제99조의3

【신축주택의 취득자에 대한

양도소득세의 과세특례】②법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용

함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(이하생략)

(3)

조세특례제한법 시행령 제40조

【구조조정대상부동산의 취득자

에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은

「소득세법」제95조

제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세

법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

·{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4)

소득세법 제90조

【양도소득세액의 감면】제95조의 규정에 의한

양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금

액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에

제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면

소

득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후

의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

(5)

국세기본법 제18조

【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)

청구인은 1997.5.18. 취득한 종전주택이 재개발됨에 따라

2003.4.30. 신축주택을 취득하였다가 2007.5.25. 양도한 후, 양도소득세 예정신고시 「조세특례제한

법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)

규

정을 적용하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 신고하였

으나, 처

분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전

체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일(1997.5.18.)부터 신축주택 취득일 전일(2003.4.29.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 보면, 같은 법 제99조의3 소정의

신

축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택

에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일

부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택

의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전

주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액

은 같

은 법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고,

조세관행 존중원칙은 헌법상 법치국가 원리에서 파생된 법적 안

정

성

원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성 원칙을 희생하여서라도 납세자

신뢰

를

보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있

을

경우에 한하여 적용된다 할 것이고,

「국세기본법」제18조

제3항에 의하

면,

“세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여

진

후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보

며,

새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되

어

있는 바, 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지

아

니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받

아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야

하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있

다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간

과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어

야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히

세법해석 기준에 관한 공적견해 표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규

가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있

다고 볼 수는 없고(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서

3764, 2006.11.1. 참고),

과세관청이 새로운 해석에 따라 과세한 이 건은 합법성의 원칙

을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 과세관청이 단순한 과세누락과 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 보면, 청구인은 감면되는 분자의 양도소득은 분모의 값인 양도물건 전체의 기준시가 차액에 대한 감면기간의 감면비율인 바, 납부한 청산금에 대한 신축주택의 취득당시 기준시가는 당연히 분모의 값을 정하는 취득당시의 기준시가에 포함되는 것이 합리적이라고 주장하나, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를

적용하여 계산하는 것이 타당한 바, 관련 청구주장을 받아들이기 어려

운 것으로 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임).

(4) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 보면, 세법상 가산세는 과세

권의 행

사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당

한

이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하

는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한

금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금

융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어

있는 것이므로, 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세

를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2007중5316, 2008.5.29. 및 조심 2011중4909, 2012.4.25. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본

법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.