조심2010서2935 (2011.06.30)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1973.11.3. OOO 소재 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하였다가 이를 멸실한 후, 2003.4.4. 다세대주택 8세대(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축하여 사용승인을 받아 부동산임대업을 영위하던 중 2008.7.9. ～ 2009.2.11. 기간 동안 위 신축주택 8세대를 순차적으로 양도하고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 신축(사용승인일) 후 5년간의 양도소득금액에 대하여「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 2010.6.15. 청구인에게 2008년 ～ 2009년 귀속 양도소득세 합계 66,370,040원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3 등에서 신축주택의 수요진작을 위하여 취득일로부터 5년 내에 양도하는 경우에는 양도소득금액 전액을, 5년을 초과하여 양도하는 경우에는 5년이 초과한 이후의 양도소득금액에 대하여만 과세특례를 배제하는 것으로 명확히 규정하고 있고, 국세청의 종전예규OOO 등에서도 동일하게 해석하고 있음에도 변경된 예규OOO를 소급적용하여 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 과세특례 적용대상에서 제외하는 것은 조세법률주의, 소급과세금지 원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없으므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고,해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2.자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 및 청구인의 제출증빙 등을 종합하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가)청구인은 1973.11.16. 종전주택을 취득하여 멸실한 후 2003.4.4. 신축주택(다세대 8세대)을 재건축하여 사용승인을 받아 부동산임대업을 영위하였다.

(나)청구인은 2008.7.9.부터 2009.2.11.까지 기간 동안 신축주택을 순차적으로 양도하고,종전주택의 취득일로부터 신축주택의 신축(사용승인일) 후 5년간의 양도소득금액에 대하여「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

(다) 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 2010.6.15. 청구인에게 2008년 ～ 2009년 귀속 양도소득세 합계 66,370,040원을 경정·고지하였다.

(2) 청구인은 「조세특례제한법」제99조의3 등에서 신축주택의 수요진작을 위하여 취득일로부터 5년 내에 양도하는 경우에는 양도소득금액 전액을 감면하는 것으로 명확히 규정하고 있고, 종전 국세청 예규OOO 및 양도소득세 실무서 등에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액 - 종전주택 취득가액)으로 해석하였으며, 그 동안 재건축된 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도한 경우 양도소득금액 전액을 감면하여 주었던 종전의 사례를 감안할 때, 5년을 초과하여 양도하였다는 사유만으로 전체양도소득금액 중 일부금액을 별도로 계산하여 감면대상에서 제외하여 과세하는 것은 일관성 및 형평성이 결여된 부당한 처분이라고 주장하고 있다.

(3) 종전 국세청 예규OOO는 「조세특례제한법」제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양토소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있고, 새로운 국세청 예규OOO는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 20003.4.30.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것라고 하고 있다.

(4) 종합하건데, 청구인은종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하고 있으나, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점,국세청 예규OOO에 따르면, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고 한 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다.

또한, 청구인은 종전 국세청 예규OOO에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액 - 종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도 새로운 예규OOO를 생산·소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규OOO가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다.

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.