조심2012서3244 (2012.09.28)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1979.12.28. OOO동 15-187 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득한 후 재개발 조합원으로 2001.8.3. 신축주택을 취득하여 보유하다 2007.10.15. 양도한 다음, 2007.12.12. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 「조세특례제한법」제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 감면신청하고 감면세액 및 예정신고납부세액을 차감한 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득금액에 해당하지 않는다 하여 2012.6.5. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 신축주택 취득 후 5년 경과 후 양도함으로써 발생한 양도소득에 대한 감면소득을 계산함에 있어 종전주택 취득일부터 신축주택취득일 전일까지의 기간에 해당하는 양도소득금액 상당액을 차감하는 방식으로 계산하였으나, 신축주택 취득 후 5년 이내의 양도시 전액 감면하는 것과 비교하여 볼 때 5년이 지난 후 양도하였다고 하여 감면세액에 차이를 두는 것은 과세형평에 맞지 않고 입법취지에도 부합하지 아니하며 법규정을 부당하게 자의적으로 해석한 것으로, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식에서 ‘취득일’과 ‘취득당시’의 의미는 동일하고, 분자의 ‘취득당시’와 분모의 ‘취득당시’는 동일하게 해석하여야 함에도 처분청은 분자의 ‘취득당시’를 신축주택 취득 당시로 하고 분모의 ‘취득당시’를 ‘종전주택의 취득당시’로 보는 오류를 범하였다. 처분청은 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)로서 감면대상소득금액을 산정하는 계산식에서 ‘취득당시’의 시기를 분모와 분자 공히 신축주택 취득일(사용검사필증교부일)로 보았음에도, 2009.1.20.자 국세청 예규(재산세과-227)이후 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는 것이라고 입법취지와 달리 변경하였으며, 나아가 2011.2.10.자 국세청 예규(부동산거래관리과-127호)는 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항, 「소득세법 시행령」제166조 제2항 제1호에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 “분모의 취득당시 기준시가는 종전 주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임”이라고 하여 자의적으로 해석하여 집행하였다. 재개발 및 재건축 조합원들이 신축주택을 취득함에 있어서 청산금 등 추가납부분의 양도차익은 관리처분계획인가일 이후부터 발생함에도 처분청의 산식대로 감면양도소득금액을 계산하다 보면 청산금 등 추가납부분에 대한 양도차익이 마치 종전주택 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지도 발생한 것처럼 되며, 세액감면신청서 서식[별지 제37호 서식] 뒷면의 작성요령을 보면 ‘⑦란 양도소득금액은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액을 기재한다’라고 하여 신축주택을 양도함으로써 발생된 전체 소득금액으로 하고 있고, ‘⑧내지 ⑩란은 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하고’, ‘⑪란 5년 이내 발생한 양도소득금액은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 ⑦란 양도소득금액을 기재하고’라고 하여 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우에는 종전주택 보유기간까지도 전부 감면하는 뜻으로 되어 있으며, ‘5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 기재한다’고 하여 공평적 해석상 취득당시를 신축주택의 취득당시로 이해하게 하여 결과적으로 5년 이내 양도분과 같이 종전주택 취득분에 대하여도 감면하는 것으로 되어 있고, 처분청의 주장대로 분모의 취득당시를 종전주택 취득당시로 한다면 토지만을 가지고 있던 재개발 조합원인 경우 종전 부동산의 부동산 취득일은 토지만의 기준시가이고 신축주택 취득일 이후부터는 토지와 건물을 합한 것인데, 양도당시(토지와 건물의 가액) 기준시가에서 종전 부동산(토지만의 가액) 취득당시 기준시가를 차감하는 방식이 합리적인 것이라고 할 수 없으며, 재개발 및 재건축주택조합원은 일반분양자들에 대하여 불이익한 대우를 받게 되고, 처분청 주장대로라면 신축주택 취득 후에 신축주택의 가격이 상승하여야만 일부라도 혜택을 받을 수 있는 것이나 가격상승이 없거나 하락하는 경우라면 아무런 혜택이 없고, 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 비과세 제도는 주택신축 이전의 토지 보유기간 동안의 양도소득도 비과세하고 있다. 변경된 예규가 있은 2009.1.20. 이전인 2007.10.15.에 양도된 본 건에 대하여 감면을 배제하는 것은 그 동안의 국세청해석 및 관행에 어긋나는 소급과세이고, 2005년 귀속 이전 신고 사건들은 부과제척기간이 경과되었는바 2006년 이후 양도한 납세자들에 대해서만 과세하는 것은 공평과세 및 예측가능성의 침해이다(주위적 청구). (2) 세법상 가산세는 납세자가 정당한 사유 없이 세법에 규정하는 의무를 이행하지 않았을 경우에나 부과하는 것으로, 이 건 과세처분은 2007년에 양도한 것에 대한 것으로서 재개발 조합원의 종전주택 양도차익도 감면대상에 해당한다는 기존의 해석 및 관행에 따라 2008년에 신고·납부를 하고 완결된 것이고, 청구인은 종전주택 양도차익이 감면이 안되는 줄 알았다면 당연히 그에 맞게 신고·납부하였을 것인바 청구인이 그와 같이 신고한 데에는 정당한 사유가 있으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다(예비적 청구). 나. 처분청 의견 (1) 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없으며(조심 2010부415, 2010.9.17., 조심 2010서2935, 2011.6.30., 조심 20120서12, 2012.2.23. 등), 명문규정상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵다(조심 2012서121, 2012.2.23.). 청구인은 국세청의 종전 해석이 취득당시의 기준시가를 분모와 분자에 동일하게 신축주택 취득시점의 기준시가를 적용하도록 해석(국세청 서면4팀-2109, 2005.11.8.)하였다는 것이나, 국세청의 종전 해석상 종전 주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고 있고, 법문의 내용을 엄격히 해석할 때 신축주택의 취득으로 인해서 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택의 보유로 인하여 발생된 소득까지 감면한다는 것은 아니므로 당초 처분은 정당하다. 세액감면신청서 서식[별지 제37호 서식] 작성요령 4.⑦에 대한 계산식에서 분모 및 분자에 ‘취득당시의 기준시가’라고 되어 있을 뿐, 분모 및 분자 동일하게 ⑨번 가액을 적용하라고 기재된 것은 아니고, 청구인은 토지만을 가지고 있던 재개발조합원의 경우 처분청의 계산방식이 합리적이지 못하다고 주장하나 청구인은 종전주택으로 ‘토지 및 건물’을 소유하고 있었는바 토지만을 소유한 종전주택 조합원을 가정한 청구주장을 받아들일 수 없으며, 토지만을 가지고 있던 조합원 및 일반분양자 모두 「조세특례제한법」제99조의3 및 동법 시행령 제40조 를 동일하게 적용하므로 재건축 및 재개발 조합원이 일반분양자들에 비해 불이익한 대우를 받는다는 청구주장은 이유 없고, 청구인은 신축주택 취득 후 가격상승이 없으면 아무런 혜택이 없다고 주장하나, 청구인의 경우 신축주택 취득당시 기준시가OOO에 비해 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO 및 양도당시 기준시가OOO이 가격상승이 있었으므로 청구주장은 이유 없으며, 「소득세법」제89조 제1항 제3호와 「조세특례제한법」제99조의3 는 각기 다른 법령으로 별도 규정된 조문인바 동일하게 해석하여야 한다는 주장은 근거 없다. 청구인은 소급과세 금지 위반, 공평과세 및 예측가능성의 침해를 주장하나, 처분청은 청구인에게 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 일부 감면결정은 당해 사건에 한하여 기속력이 있는 것으로서 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아닐 정도에 이른 것은 아니며, 청구인의 경우 국세부과제척기간이 경과하지 않았는바 국세부과제척기간이 경과한 납세자들과 동일하게 취급할 수 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다(주위적 청구). (2) 납부불성실가산세의 경우 행정벌적 성격 이외에 지연이자의 성격이 포함되어 있는 것으로, 청구인에게 고의나 귀책사유가 없다 하더라도 납부불성실가산세를 부과하는 것이 타당하므로 청구주장은 이유 없다(예비적 청구). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 「조세특례제한법」제99조의3 에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부(주위적 청구) ② 납부불성실가산세 부과를 하지 아니할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부(예비적 청구) 나. 사실관계 및 판단 (1) 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)는 「조세특례제한법」제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있다. 이후 2009.1.20.자 국세청 예규(재산세과-227)는 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 하고 있다. 2010.5.18.자 국세청 예규(부동산거래관리과-708)는 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하며, 2011.2.10.자 국세청 예규(부동산거래관리과-127)는 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 「소득세법 시행령」제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이라고 하고 있다. (2) 청구인은 그 주장사실을 입증하기 위한 증빙으로 양도소득세 신고해설(국세청 2004년 발간), 세금절약가이드(국세청 2006년 발간), 비과세·감면신고자 서면검토서 구조조정대상 부동산 등 세액감면신청서[별지 제37호 서식]를 제출하였다. (3) 위와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 우선 「조세특례제한법」제99조의3 에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부(주위적 청구)에 관하여 보면, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화함에 그 입법취지가 있고, 「조세특례제한법」제99조의3 , 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 명문상 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 되어 있으며, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단되며, 종전의 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)에 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 되어 있지도 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려우므로 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려워 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012서723, 2012.6.25., 조심 2010서2935, 2011.6.30., 조심 2012서2510, 2012.7.17. 등 같은 뜻). (4) 다음 납부불성실가산세 부과를 하지 아니할 정당한 사유가 있는지 여부(예비적 청구)에 관하여 보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 이 건 과세와 관련하여 종전 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하였으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수도 없고, 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012서2510, 2012.7.17. 같은 뜻). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.