조심 2020서2117 (2021.06.30)

OOO세무서장이 2020.3.16. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2004.1.19. 설립되어 약학·의학 등 입시 관련 온라인 교육 및 학원사업 등을 영위하는 법인이고, 2015년에 코스닥에 상장되었다.

나. OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)은 2013.1.1. 설립되어 경찰공무원 시험 관련 학원사업을 주업으로 하는 청구법인의 자회사(출자지분 66.5%)인 비상장법인이었다.

다. 청구법인은 2016년 7월에 피합병법인을 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하기로 하는 합병계약을 체결하고, 합병비율은 청구법인이 상장법인이므로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다)에 따라 1 : 0.1869796으로 산정하여 합병신주를 교부하고 2016년 10월에 합병등기를 하였다.

라. 쟁점합병 당시 피합병법인의 주주에게 지급된 합병대가는 OOO원(합병신주)이고, 피합병법인의 순자산시가는 OOO원으로서 합병법인인 청구법인은 OOO원의 합병매수차손(이하 “쟁점합병매수차손”이라 한다)이 발생하였으며, 적격합병요건을 충족하여 이에 대하여 과세특례를 적용(과세이연)하였다.

마. 청구법인은 2017년 12월에 쟁점합병으로 승계한 사업부문을 OOO 주식회사와 사업양수도 계약을 체결하고 매각하여 적격합병의 사후관리를 위배(합병사업부문의 2년 이내 양도)하였다.

바. 청구법인은 사후관리 위배사유가 발생한 2017사업연도에

「법인세법」제44조의2

제3항 및 같은 법 시행령 제80조의3 제2항에 따라 쟁점합병매수차손(영업권)을 약 OOO원을 익금산입하고, 이를 5년간 균등상각하여 법인세 신고를 하였으며, 이에 따른 2018사업연도분 손금산입액은 약 OOO원이다.

사. 처분청(OOO국세청)은 쟁점합병매수차손이

「법인세법 시행령」제80조의3

제2항에서 규정한 합병법인이 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2018사업연도분 영업권 손금산입액 약 OOO원을 손금불산입하여 2020.3.16. 청구법인에게 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

아. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 합병법인이 자본시장법에 따라 적정하게 산정된 쟁점합병의 합병대가를 피합병법인 주주에게 지급함으로써 발생한 쟁점합병매수차손은 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로

「법인세법」제44조의2

제3항 및 같은 법 시행령 제80조의3 제2항에 따라 청구법인과 같이 쟁점합병매수차손 상당의 영업권을 익금에 산입하여 국가에 법인세를 신고·납부하고, 그 이후에 5년간 이를 상각하여 손금에 산입하는 것이 정상적이며 성실한 납세의무의 이행이다.

(가) 상장법인은 합병을 하는 경우

자본시장법 제165조의4

에 따른 방법에 의하여 합병가액을 산정하여야 하는 것이고, 이에 청구법인이 상장법인이므로 자본시장법에 따라 평가된 피합병법인의 가치에 의하여 합병가액이 산정되었으며, 그에 따른 합병비율에 의하여 피합병법인의 주주에게 합병대가로 합병신주가 교부된 것인바, 그 합병대가가 피합병법인의 순자산 시가를 초과하는 부분인 쟁점합병매수차손 상당액을 세무상 영업권으로 봄이 합당하다.

(나) 자본시장법에 따른 합병가액의 산정 등을 위한 외부평가기관 평가보고서는 자본시장법상 제출의무가 있는 법정자료로서 합병당사자 및 외부전문가 뿐만 아니라 금융감독당국도 모두 적정한 것으로 받아들였고, 외부공시도 이루어진 보고서이다.

(다) 자본시장법에 따른 합병가액 산정은 피합병법인의 본질가치(수익가치과 자산가치의 가중평균)를 평가하여 하는 것이고, 합병매수차손은 자본시장법에 따른 본질가치가 피합병법인의 순자산 시가를 초과하는 경우 동 가액으로 산정된다.

(라) 조세심판원 선결정례(조심 2016중1693, 2017.8.10. 조심 2013중3715, 2016.9.21. 등 참조)는 위와 같이 합병시 피합병법인의 영업권을 별도로 분리하여 평가하지는 않았더라도 자산의 각 항목에 따라 사업상 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 피합병법인이 갖고 있는 여러 장점들을 전체로 영업권을 파악·평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 합병을 통하여 피합병법인의 주주에게 지급한 금액에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보는 것은 영업권에 대한 적절한 평가방법이라 볼 수 있다고 일관되게 결정하고 있다(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결, 같은 뜻임).

(마) 기획재정부와 국세청 예규도 자본시장법상 평가에 따른 합병매수차손은 사업상 가치(영업권)가 있다고 보아 대가를 지급한 경우로 보아야 한다고 일관되게 해석하고 있다(기획재정부 법인세제과-36, 2017.1.8. 및 국세청 사전-2018-법령해석법인-789, 2018.12.26. 등 참조).

(바) 같은 맥락에서 특수관계에 있는 법인 간의 불공정한 비율로 합병을 하여 합병양도차익을 감소시키는 경우에는

「법인세법」제52조

에 따른 부당행위계산 부인규정이 적용될 수 있는 것이나,

「법인세법 시행령」제88조

에서 자본시장법에 따라 합병을 한 경우에는 공정한 비율로 합병한 것으로 보도록 명시하고 있다.

(2) 쟁점합병매수차손은 합병법인인 청구법인이 피합병법인에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 합병대가를 지급함에 따른 것이 아닌 것으로 보아야 한다는 처분청의 논거는 자의적이고, 이와 관련한 청구주장은 다음과 같다.

(가) 자본시장법에 따라 평가된 피합병법인의 본질가치가 순자산시가를 초과하여 합병법인이 지급하는 합병대가 중 그 차액 상당액이 쟁점합병매수차손이 되는 것인데, 이를 사업상 가치가 없는 것에 대한 것으로 보아야 한다는 처분청 의견은 타당하지 않다.

(나) 피합병법인은 2013년에 설립되어 경찰공무원 시험 학원업을 영위하고 있고, 매년 큰 성장{연도별(전년 대비 매출성장률) 매출액 : 2013년 OOO원, 2014년(223%) OOO원, 2015년(22%) OOO원, 2016년(65%) OOO원}을 하고 있어 향후 전망이 좋았다. 또한 쟁점합병은 운영 효율성을 높이고, 합병법인과 피합병법인의 상호 보완을 통해 경쟁력을 강화하며, 사업의 시너지 효과를 극대화하여 기업가치 제고하기 위하여 이루어진 사실이 이사회의사록 등에 의하여 확인된다.

(다) 쟁점합병시 피합병법인으로부터 인수한 사업부문의 합병당시와 양도시점에 수익가치는 각각 OOO원과 OOO원으로 처분청의 의견과 같은 합병 이후 급격한 가치하락은 없었고,「법인세법」상 영업권의 내용연수가 5년인 점을 고려할 때 이러한 감소를 이유로 피합병법인의 영업권에 자산성이 없다고 볼 수는 없는 것이며, 위 양도시점에 합병시 피합병법인으로부터 승계한 사업부문을 그대로 양도한 경우를 가정하면 양도차익은 OOO원인바 쟁점합병매수차손(합병당시 영업권)과 차이가 크지 않다.

(라) 처분청은 피합병법인을 OOO와 비교하면서 피합병법인은 영업권이 없는 것으로 보아야 한다는 의견을 제시한 바 있으나, OOO 외부감사를 받는 회사가 아니어서 공시된 객관적인 정보가 없는 회사이고, 이들 회사는 자격증과 관련한 사업 및 영어교육사업을 하는 등 사업영역도 피합병법인과 상당한 차이가 있어 단순히 이들 업체와 비교하여 영업권의 존부를 논하는 것은 타당하지 않다.

(마) 또한, 합병당시 피합병법인에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 합병대가를 지급함에 따라 합병매수차손이 발생한 것인지 여부에 대한 판단을 합병 이후에 사업실적에 따라 소급하여 달리 판단하여야 한다는 취지의 처분청 의견도 수긍하기 어렵다.

(바) 처분청이 이 건과 사실관계가 유사한 청구주장과 부합하는 대법원 판례(대법원 2018.5.11. 선고 2017두54791 판결)는 배제하고, 사실관계가 상이한 대법원 판례(대법원 2018.5.11. 선고 2015두41463 판결)를 과세근거로 제시하는 것도 부당하다.

(사) 청구법인은 조세심판원의 동일쟁점에 대한 일관된 선결정례에 따라 쟁점합병 및 피합병법인으로부터 인수한 사업부문의 양도로 인하여 조세부담을 이연하거나 감소시킨 것이 아니라 아래 ＜표1＞과 같이 세부담을 조기에 지고 더 부담하였는데 왜 이 건과 같은 부과처분을 하는 것인지 의문이고, 쟁점합병매수차손과 관련한 영업권을 청구법인이 익금산입하여 법인세를 신고한 것은 감액경정하지 않으면서 그 상각비를 2018사업연도분만 손금불산입하여 한 모순되고 실익 없는 이 건 부과처분은 유지되어야 할 이유도 없다.

＜표1＞ 청구법인의 합병 등 관련 조세부담에 미치는 효과

나. 처분청 의견

(1) 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 금액인 합병매수차손을 합병법인의 손금에 산입할 수 있는 요건에 대해

「법인세법」제44조의2

제3항 및 같은 법 시행령 제80조의3 제2항에서 합병법인이 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우로 규정하고 있다.

(2) 대법원은 위 규정과 관련하여 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 청구법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여 상호·거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것인지 판단하여야 한다고 판시한 바 있다(대법원 2018.5.11.선고 2015두41463 판결 등 참조).

(3) 청구법인은 위 대법원 판례가 2010년 합병세제가 개편되기 전의 구 법령에 관하여 해석한 것이어서 이 건에 적용이 불가하다고 주장하나, 관련 조항인 구

「법인세법 시행령」제24조

제4항에 규정되어 있던 ‘영업권에 관한 사업상 가치평가 요건’에 대하여 합병세제의 틀이 정비되면서 2010.6.8. 개정된

「법인세법 시행령」제80조의3

제2항에 이기되어 동일하게 규정되어 있다.

(4) 청구법인과 피합병법인 간의 합병목적은 동종업종을 영위하는 피합병법인을 계열회사로 유지함으로서 불필요한 자원낭비 및 경영의 효율성을 위하여 합병한 것이나, 2004년부터 학원사업을 영위하던 청구법인은 경영의 노하우를 이미 축적하고 있었으므로 계속하여 영업손실을 보이고 있던 피합병법인과의 합병으로 인하여 얻을 수 있는 경영의 효율성 등의 효과는 극히 미진하였을 것으로 판단된다.

(5) 또한, 피합병법인의 설립시부터 합병시까지 청구법인의 자회사(출자지분율 66.5%)이었던 피합병법인으로부터 청구법인이 상호나 거래관계 내지 기타 영업상의 비밀 등을 취득하였다고 보기 어렵다.

(6) 대법원은 피합병법인이 당기순손실, 누적결손금, 자본잠식 등을 고려할 때, 피합병법인에게 초과수익력이 있는 무형의 재산적 가치가 있어 이를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어렵다고 판시한 판례가 다수 있다(대법원 2018.5.11. 선고 2017두43173 판결, 대법원 2018.5.15. 선고 2017두57509 판결 등 참조).

(7) 피합병법인은 2013년 설립시부터 계속하여 영업손실이 발생하였고, 아래 ＜표2＞와 같이 동종 사업인 경찰공무원 학원업을 영위하는 OOO이나 OOO에 비해 영업이익률도 현저히 낮은바, 피합병법인이 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있었다고 보기 어렵다.

＜표2＞ OOO 및 OOO에 대한 비교

(8) 쟁점합병을 위하여 외부평가기관에서 자본시장법상 피합병법인의 수익가치 산정시 경찰공무원 학원사업만이 아니라 당시 개시하지 않은 검찰공무원 학원사업의 미래 매출액까지 추정하여 평가한 것으로 나타나는바, 이는 합병당시를 기준으로 피합병법인의 영업권을 판단하여야 하고, 합병 이후 사후적인 사업상의 상황은 합병당시 피합병법인의 영업권 평가시 제외되어야 한다는 청구주장과 배치된다.

(9) 합병 이후 청구법인이 경찰공무원 사업부분에서 영업손실이 아래 ＜표3＞과 같이 2016사업연도에 OOO원, 2017사업연도 OOO원이었는바, 합병당시 존재하였다고 주장하는 피합병법인의 초과수익력이 없었음이 확인된다.

＜표3＞ 합병 이후 청구법인의 경찰공무원 사업부문 영업손실 내역

(10) 합병 이후 영업손실이 계속해서 증가하자 청구법인은 불과 1년 만에 이사회 결의에 의하여 경영효율화를 목적으로 경찰공무원 사업부문을 OOO에 양도하였고, 청구법인의 해당 사업부문과 관련하여 기숙사 등에 OOO원 상당의 투자를 하여 관련 순자산 장부가액은 OOO원으로 증가하였으나, 합병 이후 약 1년 만에 OOO원에 동 사업부문을 OOO에 양도하여 해당 사업부문의 양도차익이 OOO원에 불과하였는바, 그 양도차익이 청구법인이 주장하는 피합병법인의 영업권 가치인 OOO원에 비하여 과소하다.

(11) 위의 사항 등을 종합할 때 쟁점합병매수차손은 합병법인이 피합병법인에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당한바, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 법인세 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점합병매수차손이

「법인세법 시행령」제80조의3

제2항에 규정된 합병법인이 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제44조의2【비적격 합병시 합병법인에 대한 과세】① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의3【적격 합병시 합병법인에 대한 과세특례】① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.

⑤ 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 아니하더라도 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 제1항과 제2항을 적용한다. 이 경우 제3항과 제4항은 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제80조의3【합병시 양도가액과 순자산시가와의 차액 처리】② 법 제44조의2 제3항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우를 말한다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의 4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다.

(3) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률

제165조의4【합병 등의 특례】① 주권상장법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위(이하 이 조에서 “합병 등”이라 한다)를 하려면 대통령령으로 정하는 요건ㆍ방법 등의 기준에 따라야 한다.

1. 다른 법인과의 합병

2. 대통령령으로 정하는 중요한 영업 또는 자산의 양수 또는 양도

3. 주식의 포괄적 교환 또는 포괄적 이전

4. 분할 또는 분할합병

② 주권상장법인은 합병 등을 하는 경우 투자자 보호 및 건전한 거래질서를 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 외부의 전문평가기관(이하 이 조 및 제165조의18에서 “외부평가기관”이라 한다)으로부터 합병 등의 가액, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 관한 평가를 받아야 한다.

③ 금융위원회는 외부평가기관의 합병 등에 관한 평가가 현저히 부실한 경우, 그 밖에 투자자 보호 또는 건전한 거래질서를 해할 우려가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항에 따른 평가 업무를 제한할 수 있다.

④ 외부평가기관의 범위, 제3항에 따른 평가 업무 제한의 방법 등에 대하여는 대통령령으로 정한다.

(4) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령

제176조의5【합병의 요건ㆍ방법 등】① 주권상장법인이 다른 법인과 합병하려는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 산정한 합병가액에 따라야 한다. 이 경우 주권상장법인이 제1호 또는 제2호 가목 본문에 따른 가격을 산정할 수 없는 경우에는 제2호 나목에 따른 가격으로 하여야 한다.

1. 주권상장법인 간 합병의 경우에는 합병을 위한 이사회 결의일과 합병계약을 체결한 날 중 앞서는 날의 전일을 기산일로 한 다음 각 목의 종가(증권시장에서 성립된 최종가격을 말한다. 이하 이 항에서 같다)를 산술평균한 가액(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)을 기준으로 100분의 30(계열회사 간 합병의 경우에는 100분의 10)의 범위에서 할인 또는 할증한 가액. 이 경우 가목 및 나목의 평균종가는 종가를 거래량으로 가중산술평균하여 산정한다.

가. 최근 1개월간 평균종가. 다만, 산정대상기간 중에 배당락 또는 권리락이 있는 경우로서 배당락 또는 권리락이 있은 날부터 기산일까지의 기간이 7일 이상인 경우에는 그 기간의 평균종가로 한다.

나. 최근 1주일간 평균종가

다. 최근일의 종가

2. 주권상장법인(코넥스시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 호 및 제4항에서 같다)과 주권비상장법인 간 합병의 경우에는 다음 각 목의 기준에 따른 가격

가. 주권상장법인의 경우에는 제1호의 가격. 다만, 제1호의 가격이 자산가치에 미달하는 경우에는 자산가치로 할 수 있다.

나. 주권비상장법인의 경우에는 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액

② 제1항 제2호 나목에 따른 가격으로 산정하는 경우에는 금융위원회가 정하여 고시하는 방법에 따라 산정한 유사한 업종을 영위하는 법인의 가치(이하 이 항에서 “상대가치”라 한다)를 비교하여 공시하여야 하며, 같은 호 각 목에 따른 자산가치ㆍ수익가치 및 그 가중산술평균방법과 상대가치의 공시방법은 금융위원회가 정하여 고시한다.

③ 제1항에도 불구하고 주권상장법인인 기업인수목적회사가 투자자 보호와 건전한 거래질서를 위하여 금융위원회가 정하여 고시하는 요건을 갖추어 그 사업목적에 따라 다른 법인과 합병하여 그 합병법인이 주권상장법인이 되려는 경우에는 다음 각 목의 기준에 따른 가액으로 합병가액을 산정할 수 있다.

1. 주권상장법인인 기업인수목적회사의 경우 : 제1항 제1호에 따른 가액

2. 기업인수목적회사와 합병하는 다른 법인의 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 가액

가. 다른 법인이 주권상장법인인 경우 : 제1항제1호에 따른 가격. 다만, 이를 산정할 수 없는 경우에는 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.

나. 다른 법인이 주권비상장법인인 경우 : 기업인수목적회사와 협의하여 정하는 가액

④ 주권상장법인이 주권비상장법인과 합병하여 주권상장법인이 되는 경우에는 다음 각 호의 요건을 충족해야 한다.

2. 합병의 당사자가 되는 주권상장법인이 법 제161조 제1항에 따라 주요사항보고서를 제출하는 날이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 재무제표를 기준으로 자산총액ㆍ자본금 및 매출액 중 두 가지 이상이 그 주권상장법인보다 더 큰 주권비상장법인이 다음 각 목의 요건을 충족할 것

가. 법 제390조에 따른 증권상장규정(이하 이 호에서 “상장규정”이라 한다)에서 정하는 재무 등의 요건

나. 감사의견, 소송 계류(繫留: 사건이 해결되지 않고 계속 중인 상태를 말한다. 이하 같다), 그 밖에 공정한 합병을 위하여 필요한 사항에 관하여 상장규정에서 정하는 요건

⑤ 특정 증권시장에 주권이 상장된 법인이 다른 증권시장에 주권이 상장된 법인과 합병하여 특정 증권시장에 상장된 법인 또는 다른 증권시장에 상장된 법인이 되는 경우에는 제4항을 준용한다. 이 경우 “주권상장법인”은 “합병에도 불구하고 같은 증권시장에 상장되는 법인”으로, “주권비상장법인”은 “합병에 따라 다른 증권시장에 상장되는 법인”으로 본다.

⑦ 법 제165조의4 제2항에 따라 주권상장법인이 다른 법인과 합병하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 합병가액의 적정성에 대하여 외부평가기관의 평가를 받아야 한다.

1. 주권상장법인(기업인수목적회사는 제외한다. 이하 이 호 및 제2호에서 같다)이 주권상장법인과 합병하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 주권상장법인이 제1항 제1호에 따라 합병가액을 산정하면서 기준시가의 100분의 10을 초과하여 할인 또는 할증된 가액으로 산정하는 경우

나. 주권상장법인이 제1항 제2호 나목에 따라 산정된 합병가액에 따르는 경우

다. 주권상장법인이 주권상장법인과 합병하여 주권비상장법인이 되는 경우. 다만, 제1항 제1호에 따라 산정된 합병가액에 따르는 경우 또는 다른 회사의 발행주식 총수를 소유하고 있는 회사가 그 다른 회사를 합병하면서 신주를 발행하지 아니하는 경우는 제외한다.

2. 주권상장법인이 주권비상장법인과 합병하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 주권상장법인이 제1항 제2호 나목에 따라 산정된 합병가액에 따르는 경우

나. 제4항에 따른 합병의 경우. 다만, 다른 회사의 발행주식 총수를 소유하고 있는 회사가 그 다른 회사를 합병하면서 신주를 발행하지 아니하는 경우는 제외한다.

다. 주권상장법인(코넥스시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다)이 주권비상장법인과 합병하여 주권비상장법인이 되는 경우. 다만, 합병의 당사자가 모두 제1항 제1호에 따라 산정된 합병가액에 따르는 경우 또는 다른 회사의 발행주식 총수를 소유하고 있는 회사가 그 다른 회사를 합병하면서 신주를 발행하지 아니하는 경우는 제외한다.

3. 기업인수목적회사가 다른 주권상장법인과 합병하는 경우로서 그 주권상장법인이 제1항제2호나목에 따라 산정된 합병가액에 따르는 경우

⑧ 외부평가기관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

1. 제68조 제2항 제1호 및 제2호의 업무를 인가받은 자

2. 신용평가회사

3. 「공인회계사법」에 따른 회계법인

⑨ 제8항에 따른 외부평가기관(이하 “외부평가기관”이라 한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 기간 동안 법 제165조의4 제2항에 따른 평가 업무를 할 수 없다. 다만, 제4호의 경우에는 해당 특정회사에 대한 평가 업무만 할 수 없다.

1. 제8항 제1호의 자가 금융위원회로부터 주식의 인수업무 참여제한의 조치를 받은 경우에는 그 제한기간

2. 제8항 제2호의 자가 신용평가업무와 관련하여 금융위원회로부터 신용평가업무의 정지처분을 받은 경우에는 그 업무정지기간

3. 제8항 제3호의 자가 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따라 업무정지조치를 받은 경우에는 그 업무정지기간

4. 제8항 제3호의 자가 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따라 특정회사에 대한 감사업무의 제한조치를 받은 경우에는 그 제한기간

⑩ 외부평가기관이 평가의 대상이 되는 회사와 금융위원회가 정하여 고시하는 특수관계에 있는 경우에는 합병에 대한 평가를 할 수 없다.

⑪ 법 제165조의4 제3항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 외부평가기관이 제9항 또는 제10항을 위반한 경우

2. 외부평가기관의 임직원이 평가와 관련하여 알게 된 비밀을 누설하거나 업무 외의 목적으로 사용한 경우

3. 외부평가기관의 임직원이 합병 등에 관한 평가와 관련하여 금융위원회가 정하여 고시하는 기준을 위반하여 직접 또는 간접으로 재산상의 이익을 제공받은 경우

4. 그 밖에 투자자 보호와 외부평가기관의 평가의 공정성ㆍ독립성을 해칠 우려가 있는 경우로서 금융위원회가 정하여 고시하는 경우

⑫ 금융위원회는 법 제165조의4 제3항에 따라 외부평가기관에 대하여 3년의 범위에서 일정한 기간을 정하여 같은 조 제2항에 따른 평가 업무의 전부 또는 일부를 제한할 수 있다.

⑬ 법률의 규정에 따른 합병에 관하여는 제1항부터 제5항까지 및 제7항부터 제12항까지를 적용하지 아니한다. 다만, 합병의 당사자가 되는 법인이 계열회사의 관계에 있고 합병가액을 제1항 제1호에 따라 산정하지 아니한 경우에는 합병가액의 적정성에 대하여 외부평가기관에 의한 평가를 받아야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 피합병법인의 현황, 쟁점합병의 내용 및 합병시기(합병등기일 : 2016년 10월), 쟁점합병매수차손(피합병법인의 주주에게 지급한 합병대가와 피합병법인의 순자산시가와의 차액)의 금액, 이를 청구법인이 피합병법인으로부터 인수한 영업권의 대가로 인정하여 2017사업연도에 약 OOO원을 익금에 산입하고 그로부터 5년간 균등상각하여 법인세를 신고·납부하여온 사실, 처분청이 그 중 2018사업연도분 영업권 상각비(약 OOO원)를 손금불산입하여 이 건 법인세 부과처분을 한 내역 등은 전술한 처분개요와 같다.

(2) 청구법인은 피합병법인으로부터 인수한 사업부문을 양도(2017년 12월)하여 발생한 매각차익 약 OOO원에 대하여도 2017사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

(3) 청구법인과 피합병법인의 2015사업연도말 현재 현황은 다음과 같다.

(4) 피합볍법인의 2013∼2016사업연도별 수입금액, 영업이익, 당기순이익, 자산 및 부채 현황은 다음과 같고, 매년 수입금액은 증가하면서 영업손실은 감소하는 추세였으며, 합병당시 피합병법인의 납입자본금은 OOO원, 이월결손금은 OOO원이었다.

(5) 쟁점합병 관련 청구법인의 2016.7.22.자 이사회의사록 내용은 다음과 같다.

(6) 자본시장법에 따른 쟁점합병 관련 외부평가기관인 OOO의 평가의견서상 IV. 피합병법인의 수익가치 산정 세부내역 중 2.1 평가방법의 개요를 보면, 피합병법인의 수익가치는 영업현금흐름할인법에 의하여 향후 추정기간 동안의 영업이익을 추정한 후 법인세 등을 감안한 세후영업이익에서 감가상각비, 운전자본의 증감을 반영하고, 투자현금흐름(CAPEX : Capital Expenditure)을 차감하여 기업잉여현금흐름(FCFF : Free Cash Flow to Firm)을 산출한 후, 산출된 기업잉여현금흐름에 내재된 위험을 반영한 가중평균자본비용(WACC : Weighted Average Cost of Capital)으로 할인하여 영업가치를 산정한 후, 종속기업투자주식 및 현금 등 비영업용자산을 가산하고, 차입금을 차감하여 평가한 것으로 되어 있으며, 위 외부평가기관 평가의견서상 전반적인 내용을 요약하면 다음과 같다.

(7) 청구법인이 제출한 항변서상 추가된 내용의 요지는 다음과 같다.

(가) 2010년 이후 현행 합병세제는 피합병법인이 양도손익을 부담하고, 합병매수차손(피합병법인의 양도가액과 순자산시가의 차액)을 합병법인이 5년간 손금에 산입하도록 하고 있다. 즉, 합병을 양도거래로 취급하되 적격합병일 경우 과세이연을 적용하도록 되어 있다.

(나) 처분청이 피합병법인의 영업권을 인정할 수 없다면서 비교한 OOO의 경우, 동 법인이 운영하는 OOO 사이트를 보면, 경찰공무원 외에도 소방, 교사 등 각종 공무원 및 공인중개사, 주택관리사, 세무사, 회계사 등 자격증 관련 다양한 교육사업을 운영하고 있는 것으로 확인되고, OOO의 경우 회사 홈페이지에 영어교육사업, 공무원, 취학전 아동, 초·중·고등학생, 약사, 공인중개사, 노무사 등 수많은 학원사업을 운영하는 사실이 확인된다.

(다) 상장법인인 청구법인은 비상장법인인 피합병법인과의 합병당시 자본시장법에 따라 외부평가기관에 의하여 평가된 피합병법인의 가치에 따라 합병대가를 합병신주로 지급하고, 그 대가가 피합병법인의 순자산시가를 초과하는 합병매수차손 상당액을 영업권으로 인정하여 당초 충족한 적격합병 요건을 위배하게 된 2017사업연도에 OOO원을 일시에 익금에 산입하여 법인세도 자진하여 신고·납부하였는데, 처분청이 그 상각비를 손금부인하려는 의도를 이해하기 어렵다.

(8) 처분청이 청구법인의 위 항변에 대하여 추가한 답변의 요지는 다음과 같다.

(가) 청구법인이 제시한 기획재정부 예규(법인세제과-36, 2017.1.8.)는 이월결손금이 없는 피합병법인인 경우를 전제로 하고 있어 이 건에 적용할 수 없다.

(나) 자본시장법에 따른 합병대가와 피합병법인의 순자산시가 간의 차액인 합병매수차손이 곧 피합병법인의 영업권의 평가액이라고 볼 수 없고, 피합병법인에 초과수익력을 가진 영업권이 실제로 존재한다고 보기 어렵다.

(9) 청구법인이 사전열람 후 회신한 내용의 요지는 다음과 같다.

(가) 합병당시 피합병법인의 수익가치는 금융감독원의 외부평가업무 가이드라인에 따라 이익접근법의 하나인 현금흐름할인법으로 평가되었고, 이는 미래에 예상되는 현금흐름을 현재가치로 할인하는 방법인바, 과거의 손익에 따라 평가하는 것이 아니며, 미래를 추정하므로 평가시점 이후 수익변동 등이 고려되어야 하는 것이고, 위 가이드라인 문단31에서 외부평가기관은 향후 전망 예측치(매출액 등)를 합리적인 가정에서 설정한 시나리오에 기초하여 평가액을 제시할 수 있다고 규정되어 있다.

(나) 피합병법인은 2016년 10월에 쟁점합병이 이루어지기 이전인 2016.6.30. 이사회결의에 따라 검찰공무원학원 설립건을 가결(동 이사회의사록 제출함)하였고, 쟁점합병 이후 합병법인인 청구법인이 검찰온라인 및 검찰학원의 강의 및 교재 매출이 발생(세부매출현황 제출함)하였음에도 위와 관련한 미래의 매출 추정을 배제하여 합병시 수익가치를 평가하였어야 했다는 처분청의 의견은 자본시장법이나 금융감독원의 외부평가업무 가이드라인에 근거하지 아니한 것이다.

(다) 일례로 금융감독원 공시사이트에서 조회되는 2020년 9월 OOO에 대한 평가보고서 중 매출추정에 관한 부분(3.3.3.5.)과 OOO의 2021년 2월 증권신고서(합병)상 매출 추정에 관한 부분을 보면, 사업계획을 기초로 하여 신규 사업부문이나 신규 진출국가에서 발생할 매출도 추정하여 가치평가가 이루어진 것으로 나타난다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 피합병법인의 경우 영업권이 없다는 전제하에서 합병법인인 청구법인이 피합병법인으로부터 유상으로 인수한 쟁점합병매수차손 상당의 영업권에 대하여 이를 익금에 산입하였다고 하더라도 이에 대한 감가상각비를 손금에 산입할 수 없다는 의견이나, 이는 다음과 같은 이유로 타당하다고 보기 어렵다.

(나)

「법인세법」제44조의3

(적격합병시 합병법인에 대한 과세특례) 제4항에서 합병법인이 제3항에 따라 그 각호에서 규정한 적격합병 후 사후관리 기간 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 폐지 등을 사유로 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액(합병대가)과 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가와의 차액을 그 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입하도록 규정하고 있고,

「법인세법 시행령」제80조의3

제2항은 합병법인이 피합병법인에 지급한 합병대가가 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가를 초과하는 금액인 합병매수차손을 합병법인의 손금에 산입할 수 있는 요건에 대해 합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우로 규정하고 있다.

(다) 개별자산인 영업권(사업시행권, 인허가권 등)과는 달리 합병시 발생하는 영업권은 기업 전체에 내재되어 있는 것으로 이를 자산의 각 항목에 따라 개별적으로 식별·측정하는 것은 현실적으로 어려울 뿐 아니라 피합병법인이 가지는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악·평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 합병을 통하여 피합병법인의 주주에게 지급한 합병대가에서 피합병법인의 순자산시가를 공제한 금액을 영업권으로 평가한 것에 대해 부적절하다고 보기는 어렵고(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결 및 조심 2013중3715, 2016.9.21. 등 다수 같은 뜻임), 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니다(대법원 2018.5.11. 선고 2017두54791 판결, 같은 뜻임).

(라) 기획재정부 및 국세청 예규도 자본시장법상 평가에 따른 합병매수차손은 사업상 가치(영업권)가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당하는 것으로 보아야 한다는 취지로 해석하고 있다(기획재정부 법인세제과-36, 2017.1.8. 및 국세청 사전-2018-법령해석법인-789, 2018.12.26. 등 참조).

(마) 청구법인은 주권상장법인이므로

자본시장법 제165조의4

제2항에 따라 외부평가기관으로부터 피합병법인 등에 대한 평가를 받아 합병가액을 산정하여야 하고, 이에 쟁점합병시 합병법인인 청구법인은 자본시장법 및 금융감독원의 외부평가업무 가이드라인에 따라 외부평가기관이 피합병법인의 가치를 평가하여 산정한 합병대가를 합병신주로 지급하였으며, 위 외부평가기관의 평가보고서에 대하여 외부공시가 이루어졌고, 합병당사자 및 금융감독당국 등에서 이와 관련하여 부적정하다고 본 사실이 없다. 처분청은 이에 불구하고 자본시장법에 따른 피합병법인에 대한 적정한 합병대가가 달리 얼마로 산정되어야 한다는 것인지에 대하여 객관적인 근거를 제시하여 입증하지 아니한 채 쟁점합병매수차손 상당의 합병대가를 피합병법인의 전체적인 영업권에 대한 대가로 볼 수 없다는 의견만을 제시하고 있어 이를 받아들이기 어렵다.

(바) 쟁점합병은 영위 업종이 학원사업으로 유사한 합병법인과 피합병법인의 운영 효율성을 높이고, 상호 보완을 통해 경쟁력을 강화하며, 사업의 시너지 효과를 내어 기업가치를 제고하기 위하여 이루어진 사실이 당시 이사회의사록 등에 의하여 확인되는 반면, 이러한 사실을 부인할 만한 객관적인 근거는 확인되지 않고, 피합병법인은 경찰공무원 시험 학원업을 영위하면서 설립 후 지속적으로 매년 매출이 크게 성장하는 추세에 있었으며, 검찰공무원 시험 학원업으로의 사업부문 확장도 예정되어 있었고, 이러한 쟁점합병의 경위 및 동기, 피합병법인의 상호, 매출 추이 등 사업현황, 업계에서의 인지도 등에 비추어 자본시장법에 따라 외부평가기관이 피합병법인의 수익가치를 이익접근법의 하나인 현금흐름할인법으로 평가한 구체적인 내역 및 그 근거에 불구하고 피합병법인의 영업권이 없었다고 자의적인 임의의 기준만으로 추단하는 것은 타당하다고 보기 어렵다.

(사) 위의 사항 등을 종합할 때, 청구법인이 쟁점합병 당시 피합병법인의 영업권의 사업상 가치를 인정하여 그에 대한 대가로서 쟁점합병매수차손 상당액을 지급한 것으로 봄이 타당하고, 청구법인이 동 금액인 약 OOO원을 적격합병요건의 사후관리 위배사유가 발생한 2017사업연도에 익금에 산입하였으므로

「법인세법」제44조의3

제4항에 따라 위 사유의 발생일부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 해당 영업권을 감가상각하여야 한다고 보아 청구법인이 2018사업연도 법인세 신고시 해당 감가상각비를 손금산입한 것은 적법하다 할 것이다. 따라서 처분청이 이를 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.