조심 2016중1693 (2017.08.10)

OOO세무서장이 2016.1.19. 청구법인에게 한 경정청구(2014사업연도 합병매수차손 상각비 OOO원의 손금산입) 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 운용의 용역사업 등을 사업목적으로 설립되어 2002.11.22. 한국증권거래소 코스닥시장에 상장된 법인이고, 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)은 2000. 10.17. 설립되어 OOO 운송업을 주요 목적사업으로 영위하고 있던 비상장법인으로, 청구법인은 2012.9.11.부터 2013.11.30.까지 유상증자 및 구주매입 등의 형태로 피합병법인 지분의 99.87%(24,968,978주)를 취득한 후, 2014.12.19.을 합병기일(합병등기일 : 2014.12.22.)로 하여 피합병법인을 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였다.

나. 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고시 쟁점합병으로 발생한 합병매수차손(양도가액－순자산의 시가) OOO원(이하 “쟁점합병매수차손”이라 한다)을 세무상 손금산입대상 영업권에 해당되지 아니하는 것으로 보아 관련 상각비를 손금에 계상하지 아니하였다가 2015.11.13. 쟁점합병매수차손이 세무상 손금산입대상 영업권에 해당되므로 2014사업연도에 쟁점합병매수차손 상각비 OOO원(1개월분)을 손금에 산입하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.1.19. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「법인세법 시행령」이 2010.6.8. 대통령령 제22184호로 개정되면서 신설된 제80조의3 규정에 의하면 종전

「법인세법 시행령」 제24조

에서 규정하였던 (합병)영업권과 달리 합병매수차손을 별도로 평가하는 것을 손금산입요건으로 규정하고 있지 아니하므로 감정평가법인 등으로부터 영업권에 대하여 별도로 평가받지 않았다는 사유로 쟁점합병매수차손을 인정할 수 없다는 처분청 의견은 타당하지 아니한 점, 대법원에서도 “자산의 각 항목에 따라 사업성 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 피합병법인이 가지는 여러 장점들을 전체적로서 영업권으로 파악평가하여도 기업거래관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 회사합병을 통하여 피합병법인 주주에게 지급한 금액에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보더라도 영업권에 대한 적절한 평가방법”이라고 판시(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316판결)하고 있는 점, 이 건의 경우와 같이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 영업권 평가도 적절한 평가방법에 해당하는 것으로 볼 수 있고, 쟁점합병매수차손에 대한 상각비를 손금으로 인정하지 않는 경우 동일한 소득이 피합병법인 및 합병법인 모두의 과세소득에 포함되는 불합리한 상황이 발생하게 되는 점, 조세심판원에서도 「증권거래법」에 따라 결정된 합병대가가 피합병법인의 청산소득금액에 포함된 경우에는 합병법인의 영업권으로 보는 것이 타당하다는 취지로 결정(조심 2012서4460, 2015.1.2. 등, 같은 뜻임) 점 등에 비추어 쟁점합병매수차손은 「법인세법」상 손금으로 인정되는 영업권으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

합병당시 피합병법인은 결손금과다(OOO원)로 자본잠식상태였으며 피합병법인의 자산.부채는 장부가액으로 그대로 승계되었으므로 영업권 계상조건의 하나인 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우에 부합되지 않고 영업권 계상금액 중 일부는 피합병법인의 이월결손금이 영업권으로 계상된 것에 불과하므로 자산성을 인정하기 어려운 점, 피합병법인의 영업권을 평가한 객관적인 근거가 없고, 영업권의 대가를 지급한 사실을 확인할 수 있는 구체적인 근거도 확인되지 않는 점, 상장법인이

「증권거래법 시행령」 제84조의7

및 「유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정」에 의해 평가한 가액에 따라 합병비율을 산정하여 비상장법인을 흡수합병하는 경우로서, 합병법인이 피합병법인의 상호.거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 초과수익을 창출할 수 있는 가치를 승계자산과 별도로 구분하여 평가하지 아니하고, 합병대가 중 순자산의 공정가액을 초과하는 금액을 기업인수.합병 등에 관한 회계처리준칙에 따라 영업권으로 계상한 경우의 당해 영업권은 손금산입 대상인 영업권으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점합병매수차손은 손금산입대상 영업권에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점합병매수차손이

「법인세법 시행령」 제80조의3

제2항에서 규정하고 있는 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

제44조의2【비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세】① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 “순자산시가”라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제80조【합병에 따른 양도손익의 계산】① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주 등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식 등(이하 “합병교부주식 등”이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식 등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식 등을 포함한다. 이하 “합병포합(抱合)주식 등”이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식 등에 대하여 합병교부주식 등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식 등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식 등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와

「지방세법」 제85조

제4호에 따른 법인세분의 합계액

제80조의3【비적격합병 시 양도가액과 순자산시가와의 차액 처리】① 합병법인은 법 제44조의2 제2항에 따라 양도가액이 순자산시가에 미달하는 경우 그 차액(이하 “합병매수차익”이라 한다)을 익금에 산입할 때에는 합병등기일이 속하는 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 다음 산식에 따라 계산한 금액을 산입한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 하고, 이에 따라 합병등기일이 속한 월을 1월로 계산한 경우에는 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속한 월은 계산에서 제외한다.

합병매수차익 × 해당 사업연도의 월수 / 60

② 법 제44조의2 제3항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우를 말한다.

③ 법 제44조의2 제3항에 따라 양도가액이 순자산시가를 초과하는 경우 그 차액(이하 “합병매수차손”이라 한다)에 대한 손금산입액 계산, 산입방법 등에 관하여는 제1항을 준용한다.

(3) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제176조의5【합병의 요건ㆍ방법 등】① 주권상장법인이 다른 법인과 합병하려는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 산정한 합병가액에 따라야 한다. 이 경우 주권상장법인이 제1호 또는 제2호 가목 본문에 따른 가격을 산정할 수 없는 경우에는 제2호 나목에 따른 가격으로 하여야 한다.

1. 주권상장법인 간 합병의 경우에는 합병을 위한 이사회 결의일과 합병계약을 체결한 날 중 앞서는 날의 전일을 기산일로 한 다음 각 목의 종가(증권시장에서 성립된 최종가격을 말한다. 이하 이 항에서 같다)를 산술평균한 가액(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)을 기준으로 100분의 30(계열회사 간 합병의 경우에는 100분의 10)의 범위에서 할인 또는 할증한 가액. 이 경우 가목 및 나목의 평균종가는 종가를 거래량으로 가중산술평균하여 산정한다.

가. 최근 1개월간 평균종가. 다만, 산정대상기간 중에 배당락 또는 권리락이 있는 경우로서 배당락 또는 권리락이 있은 날부터 기산일까지의 기간이 7일 이상인 경우에는 그 기간의 평균종가로 한다.

나. 최근 1주일간 평균종가

다. 최근일의 종가

2. 주권상장법인(코넥스시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 호 및 제4항에서 같다)과 주권비상장법인 간 합병의 경우에는 다음 각 목의 기준에 따른 가격

가. 주권상장법인의 경우에는 제1호의 가격. 다만, 제1호의 가격이 자산가치에 미달하는 경우에는 자산가치로 할 수 있다.

나. 주권비상장법인의 경우에는 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액

② 제1항 제2호 나목에 따른 가격으로 산정하는 경우에는 금융위원회가 정하여 고시하는 방법에 따라 산정한 유사한 업종을 영위하는 법인의 가치(이하 이 항에서 "상대가치"라 한다)를 비교하여 공시하여야 하며, 같은 호 각 목에 따른 자산가치·수익가치 및 그 가중산술평균방법과 상대가치의 공시방법은 금융위원회가 정하여 고시한다.

(4) 증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 제5-13조【합병가액의 산정기준】① 영 제176조의5 제2항에 따른 자산가치·수익가치 및 그 가중산술평균방법과 상대가치의 산출방법·공시방법에 대하여 이 조에서 달리 정하지 않는 사항은 감독원장이 정한다.

② 제1항에 따른 합병가액은 주권상장법인이 가장 최근 제출한 사업보고서에서 채택하고 있는 회계기준을 기준으로 산정한다.

(5) 증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙

제4조【합병가액의 산정방법】규정 제5-13조에 따른 자산가치·수익가치의 가중산술평균방법은 자산가치와 수익가치를 각각 1과 1.5로 하여 가중산술평균하는 것을 말한다.

제5조【자산가치】 ① 규정 제5-13조에 따른 자산가치는 분석기준일 현재의 평가대상회사의 주당 순자산가액으로서 다음 산식에 의하여 산정한다. 이 경우에 발행주식의 총수는 분석기준일 현재의 총발행주식수로 한다.

자산가치 = 순자산 / 발행주식의 총수

② 제1항의 순자산은 법 제161조 제1항에 따라 제출하는 주요사항보고서(이하 이 장에서 "주요사항보고서”라 한다)를 제출하는 날이 속하는 사업연도의 직전사업연도(직전사업연도가 없는 경우에는 최근 감사보고서 작성대상시점으로 한다. 이하 "최근사업연도”라 한다)말의 재무상태표상의 자본총계에서 다음 각호의 방법에 따라 산정한다.

1. 분석기준일 현재 실질가치가 없는 무형자산 및 회수가능성이 없는 채권을 차감한다.

2. 분석기준일 현재 투자주식중 취득원가로 평가하는 시장성 없는 주식의 순자산가액이 취득원가보다 낮은 경우에는 순자산가액과 취득원가와의 차이를 차감한다.

3. 분석기준일 현재 퇴직급여채무 또는 퇴직급여충당부채의 잔액이 회계처리기준에 따라 계상하여야 할 금액보다 적을 때에는 그 차감액을 차감한다.

4. 최근사업연도말 이후부터 분석기준일 현재까지 손상차손이 발생한 자산의 경우 동 손상차손을 차감한다.

5. 분석기준일 현재 자기주식은 가산한다.

6. 최근사업연도말 이후부터 분석기준일 현재까지 유상증자, 전환사채의 전환권 행사 및 신주인수권부사채의 신주인수권 행사에 의하여 증가한 자본금을 가산하고, 유상감자에 의하여 감소한 자본금 등을 차감한다.

7. 최근사업연도말 이후부터 분석기준일 현재까지 발생한 주식발행초과금 등 자본잉여금 및 재평가잉여금을 가산한다.

8. 최근 사업연도말 이후부터 분석기준일 현재까지 발생한 배당금지급, 전기오류수정손실 등을 차감한다.

9. 기타 최근사업연도말 이후부터 분석기준일 현재까지 발생한 거래 중 이익잉여금의 증감을 수반하지 않고 자본총계를 변동시킨 거래로 인한 중요한 순자산 증감액을 가감한다.

제6조【수익가치】규정 제5-13조에 따른 수익가치는 현금흐름할인모형, 배당할인모형 등 미래의 수익가치 산정에 관하여 일반적으로 공정하고 타당한 것으로 인정되는 모형을 적용하여 합리적으로 산정한다.

제7조【상대가치】① 규정 제5-13조에 따른 상대가치는 다음 각 호의 금액을 산술평균한 가액으로 한다. 다만, 제2호에 따라 금액을 산출할 수 없는 경우 또는 제2호에 따라 산출한 금액이 제1호에 따라 산출한 금액보다 큰 경우에는 제1호에 따라 산출한 금액을 상대가치로 하며, 제1호에 따라 금액을 산출할 수 없는 경우에는 이 항을 적용하지 아니한다.

1. 평가대상회사와 한국거래소 업종분류에 따른 소분류 업종이 동일한 주권상장법인 중 매출액에서 차지하는 비중이 가장 큰 제품 또는 용역의 종류가 유사한 법인으로서 최근 사업연도말 주당법인세비용차감전계속사업이익과 주당순자산을 비교하여 각각 100분의 30 이내의 범위에 있는 3사 이상의 법인(이하 이 조에서 "유사회사”라 한다)의 주가를 기준으로 다음 산식에 의하여 산출한 유사회사별 비교가치를 평균한 가액의 30%이상을 할인한 가액.

유사회사별 비교가치 = 유사회사의 주가 × {(평가대상회사의 주당법인세비용차감전계속사업이익 / 유사회사의 주당법인세비용차감전계속사업이익) + (평가대상회사의 주당순자산 / 유사회사의 주당순자산)} / 2

2. 분석기준일 이전 1년 이내에 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 거래가 있는 경우 그 거래가액을 가중산술평균한 가액을 100분의 10 이내로 할인 또는 할증한 가액.

가. 유상증자의 경우 주당 발행가액

나. 전환사채 또는 신주인수권부사채의 발행사실이 있는 경우 주당 행사가액

② 제1항의 유사회사의 주가는 당해 기업의 보통주를 기준으로 분석기준일의 전일부터 소급하여 1월간의 종가를 산술평균하여 산정하되 그 산정가액이 분석기준일의 전일종가를 상회하는 경우에는 분석기준일의 전일종가로 한다. 이 경우 계산기간내에 배당락 또는 권리락이 있을 때에는 그후의 가액으로 산정한다.

③ 제1항의 평가대상회사와 유사회사의 주당법인세비용차감전계속사업이익 및 제6항 제1호의 주당법인세비용차감전계속사업이익은 다음 산식에 의하여 산정한다. 이 경우에 발행주식의 총수는 분석기준일 현재 당해회사의 총발행주식수로 한다.

주당법인세비용차감전계속사업이익 = {(최근사업연도의 법인세비용차감전계속사업이익 / 발행주식의 총수) + (최근사업연도의 직전사업연도의 법인세비용차감전계속사업이익 / 발행주식의 총수)} / 2

④ 제1항의 평가대상회사의 주당순자산은 제5조 제1항에 따른 자산가치로 하며, 제1항의 유사회사의 주당순자산 및 제6항 제2호의 주당순자산은 분석기준일 또는 최근 분기말을 기준으로 제5조 제1항에 따라 산출하되, 제5조 제2항 제8호 및 같은 항 제9호의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

⑤ 유사회사는 다음 각 호의 요건을 구비하는 법인으로 한다.

1. 주당법인세비용차감전계속사업이익이 액면가액의 10%이상일 것

2. 주당순자산이 액면가액 이상일 것

3. 상장일이 속하는 사업연도의 결산을 종료하였을 것

4. 최근 사업연도의 재무제표에 대한 감사인의 감사의견이 "적정” 또는 "한정”일 것

제8조【분석기준일】제5조부터 제7조까지의 규정에 따른 분석기준일은 주요사항보고서를 제출하는 날의 5영업일 전일로 한다. 다만, 분석기준일 이후에 분석에 중대한 영향을 줄 수 있는 사항이 발생한 경우에는 그 사항이 발생한 날로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점합병 경위 및 대가산정

(가) 청구법인의 피합병법인 발행주식 취득내역은 다음과 같다.

(나) 쟁점합병의 합병비율은 1 : 0.0130537로서 주권상장법인인 청구법인(합병법인) 기준주가(1주당 OOO원)는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제176조의5, 「증권발행 및 공시 등에 관한 규정」 제5-13조 및 동 규정 시행세칙 제4조부터 제8조의 규정을 적용하여 산정하였고, 비상장법인인 피합병법인의 경우 본질가치(자산가치와 수익가치를 1과 1.5의 비율로 가중평균한 가액으로 주당 OOO원)를 기준으로 산정한 사실이 나타난다.

1) 피합병법인의 자산가치는 주요사항보고서를 제출하는 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도말 현재 한국채택국제회계기준에 의해 감사받은 재무상태표상의 자본총계에서 일부 조정항목을 가감하여 산정된 순자산가액으로 산정한 사실이 나타난다.

2) 피합병법인의 수익가치는 현금흐름할인모형을 사용하여 피합병법인의 향후 5년간(2014.1.1.～2018.12.31.)의 손익을 추정한 후 세후영업이익에서 감가상각비, 운전자본의 증감을 반영하고 투자현금흐름을 차감하여 기업잉여현금흐름(FCFF)을 산출한 후, 이 FCFF를 가중평균자본비용(WACC)으로 할인하여 평가한 사실이 나타난다.

(다) 쟁점합병매수차손의 계산근거는 다음과 같다.

1) 금융감독원 전자공시시스템(Dart)에 공시된 청구법인의 2014사업연도 사업보고서에 의하면 합병기일(2014.12.19.) 기준 피합병법인의 연결자산.부채 및 순자산가액의 장부가액은 아래 ＜표2＞와 같다.

2) 청구법인은 피합병법인의 연결장부상 자산.부채가액과 세무상 시가와의 차이가 사실상 없다고 주장하였다.

3) 쟁점 합병일 현재 청구법인이 피합병법인의 지분 99.87%를 보유하고 있던 상태로 청구법인 보유 피합병법인 지분에 대해서는 합병신주 내지 합병교부금을 별도로 지급하지 않았고, 나머지 주주(1명, 0.13%, 33,022주)에게는 합병교부금(1주당 OOO원)을 지급하였다.

4) 쟁점합병매수차손의 계산내역은 다음과 같다.

(라) 금융감독원 전자공시시스템(Dart)에 의하면 쟁점합병 목적으로 ① 양사간 고객기반 상호활용을 통한 영업시너지 효과 ② 온라인OOO 사업과 물류서비스 결합상품 개발을 통한 경쟁력 강화 ③ IT기술 및 경영자원의 통합으로 비용절감 등 경영 효율성 달성, 기업가치 제고로 되어 있다.

(2) 쟁점합병에 대한 청구법인 및 피합병법인의 세무조정 내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점합병일이 속한 2014사업연도 법인세 신고시 쟁점합병매수차손에 대한 상각비를 손금에 계상하지 않았고, 2015.11. 13. 쟁점합병매수차손의 1개월분 상각비 OOO원/60개월)을 2014사업연도의 손금에 계상하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였다.

(나) 피합병법인은 쟁점합병일이 속한 사업연도(2014.1.1.～2014. 12.22.) 법인세 신고시 쟁점합병에 따른 양도차익으로 OOO원을 익금에 산입한 사실이 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점합병매수차손이

「법인세법」 제44조의2

제3항 및 같은 법 시행령 제80조의3 제3항 규정의 청구법인(합병법인)이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 지급한 대가로서 손금산입 대상이라고 주장하며 그 근거로 청구법인이 피합병법인 주식 취득 당시 내부 기안문서(2013.9.16.), 회계법인의 평가의견서 사본, 2012.5.31. 기준 회계법인이 작성한 Information Memorandum를 각 제시하였는바, 주요내용은 다음과 같다.

(가) 2013.9.16. 작성된 ‘피합병법인 주식 취득의 건’에 의하면 취득목적에 사업상 시너지[물류사업과 연계하여 PG(Payment Gateway)사업의 경쟁우위 확보, 물류와 PG를 결합한 새로운 B/M(Business Model) 창출]와 투자수익 기대(피합병법인의 안정적 성장 기대, BW발행자금 투자)로 되어 있다.

(나) 외부회계법인의 평가의견서(평가기간 : 2014.10.2.～2014.10. 14.)에 의하면 “피합병법인은 총운송료 중 수수료 등을 제외한 순매출을 운송매출로 인식하고 있고, 2013년 이후 악성 대리점의 직영화 전환이 이루어졌으며, 합병으로 인한 전자상거래 주문과 배송의 단일화 등으로 미래 순매출인식률은 증가할 것으로 기대된다”고 되어 있다.

(다) 2015.12.31. 기준 회계법인이 작성한 Information Memorandum에 의하면 “피합병법인은 개인고객에 특화된 조직 및 시설인프라, 즉, 전국 각지의 연고를 기반으로 한 지역 밀착형 영업조직과 개인물량을 취급할 수 있는 설비구축을 통해 OOO 위주의 내실성장을 이어왔고, 이에 대한 대규모 배송량을 확보하고 있으며, 개인고객은 상대적으로 수익성이 높기 때문에 영업을 안정적으로 영위할 수 있었고, 이를 기반으로 한 OOO에 대한 영업 강화를 통해 지속적인 성장을 달성할 수 있었으며, 향후 전자상거래의 증대 등의 요인으로 인한 개인 소비자 거래의 증가에 따라 개인고객에 대하여 기존의 노하우를 활용하여 발전의 기회로 삼을 수 있을 것으로 판단된다”고 되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 금액인 합병매수차손을 합병법인의 손금에 산입할 수 있는 요건에 대해

「법인세법 시행령」 제80조의3

제2항에서 합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우로 규정하고 있는바, 처분청은 쟁점합병매수차손이 동 규정에서 정한 요건을 충족하지 못하여 손금산입 대상으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인이 쟁점합병시 피합병법인의 영업권을 별도로 분리하여 평가하지는 않았더라도 자산의 각 항목에 따라 사업상 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 피합병법인이 갖고 있는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악.평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 쟁점합병을 통하여 피합병법인 주주에게 지급한 금액에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보더라도 영업권에 대한 적절한 평가방법이라고 볼 수 있는 점(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316. 판결, 같은 뜻임), 2013.9.16. 작성된 청구법인 내부 기안문서에 의하면 피합병법인 주식 취득 목적으로 PG사업을 영위하던 청구법인이 전국적인 물류망을 갖춘 피합병법인 지분을 인수함으로써 청구법인 입장에서는 물류사업과 연계한 기존의 PG사업의 경쟁우위를 확보하고, 쟁점합병 이후 물류와 PG를 결합한 새로운 사업영역을 창출하는 등 사업상 시너지를 얻기 위한 것으로 되어 있고, 외부회계법인의 평가의견서에 쟁점합병시 전자상거래 주문과 배송의 단일화 등으로 피합병법인의 수익성이 개선될 것으로 예상되어 있는 등 청구법인이 쟁점합병시 피합병법인의 순자산가치를 초과하여 지급한 쟁점합병매수차손은 쟁점합병 이후 창출될 것으로 기대되는 사업상 시너지에 대한 대가를 지급한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점합병매수차손은 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가로 지급한 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.