조심 2020서0625 (2021.12.29)

OOO서장이 2019.10.23. 청구법인에게 한 법인세 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원의 부과처분과 2015사업연도 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 법인세 2015사업연도분 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원, 2016사업연도분 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원, 2017사업연도분 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 및 2015사업연도 농어촌특별세 납부불성실가산세 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1998.4.9. 국제전화서비스와 부가통신업 등을 목적으로 설립된 회사이고, OOO 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)는 2003.12.3. 설립되어 2005.5.1.부터 위성DMB방송사업(이하 위성DMB서비스를 “쟁점서비스”라 하고, 위성DMB방송사업을 “쟁점서비스사업”이라 한다)을 영위한 회사로 청구법인은 2010.11.1.을 합병기일로 하여 피합병법인을 흡수합병하였다. 합병 당시 청구법인은 양사의 1주당 주식가치를 현금흐름할인법(이하 “DCF법”이라 한다)에 따라 산정한 후 합병비율을 1:0.0048453(청구법인 발행주식의 1주당 가격 OOO원, 피합병법인 발행주식의 1주당 가격 OOO원)으로 정하여 합병대가 OOO원에 피합병법인을 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였는바, 합병 당시 청구법인과 피합병법인의 주주구성 및 합병대가의 계산내역은 아래 ＜표1＞, ＜표2＞와 같다. ＜표1＞ 쟁점합병 당시 청구법인과 피합병법인 주주구성 OOO ＜표2＞ 합병대가의 계산 OOO 청구법인은 쟁점합병 후 아래와 같이 피합병법인의 순자산 장부가액 OOO원을 그대로 승계하는 것으로 회계처리하고, 쟁점합병을 「법인세법」제44조 제2항에 따른 적격합병으로 보되, 순자산의 장부가액과 시가가 동일한 것으로 보아 「법인세법 시행령」제80조의4 제1항에 따른 자산조정계정 설정 등 별도의 세무조정은 하지 아니하고 2010사업연도 법인세를 신고하였다. OOO 이후 청구법인은 2012.8.31. 피합병법인으로부터 승계받은 쟁점서비스사업을 폐지한 후 합병매수차손을 합병대가 OOO원에서 순자산 장부가액 OOO원을 차감한 OOO원(이하 “쟁점합병매수차손”이라 한다)으로 계산하여 2012사업연도 수입금액에 익금산입(유보)하고, 2012사업연도부터 2015사업연도까지 같은 금액을 분할.손금산입(△유보)하여 2012～2015사업연도 법인세를 신고하였다. 청구법인은 2016년 6월 처분청에 쟁점합병매수차손을 2012사업연도 익금에 산입하였으므로 같은 금액을 2012사업연도 손금에 산입하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 따라 2016.6.3. 쟁점합병매수차손을 2012사업연도 손금에 산입한 후 이월결손금 증액을 원인으로 하여 2015사업연도 법인세 OOO원을 환급하였는바, 쟁점합병과 관련된 청구법인의 세무조정내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점합병과 관련된 청구법인의 세무조정내역 요약 OOO 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.2.11.부터 2019.5.11.까지 청구법인에 대한 2014·2016사업연도 법인세 통합조사 및 세무조사 범위확대에 따른 2013·2015사업연도 법인세 부분조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 후 쟁점합병매수차손은 「법인세법 시행령」제80조의3 제2항 소정의 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이 아니라고 보아 청구법인이 2013∼2015사업연도 손금에 산입한 OOO원(2012사업연도는 부과제척기간 도과를 이유로 조정하지 아니함)을 손금불산입하여야 한다는 등의 이유로 과세자료를 작성하여 처분청에 송부하였고, 처분청은 이에 따라 2019.10.23. 청구법인에게 아래 ＜표4＞와 같이 2015∼2017사업연도 법인세 및 농어촌특별세를 각 경정·고지하였다(2016·2017사업연도 법인세의 경우 이월결손금 감액에 따른 것임). ＜표4＞ 처분청의 경정·고지 내역 OOO 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점합병매수차손은 청구법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이다. (가) 쟁점합병은 성장이 정체한 청구법인과 재무구조 보완이 필요한 피합병법인의 결합을 통해 신성장동력을 확보하기 위해 추진된 것이다. 1) 쟁점서비스사업은 음성·영상 등을 디지털 방식으로 변환하여 이를 위성을 통해 각 휴대용 수신기에 제공하는 방송서비스로, 구체적으로 지상방송센터에서 방송신호를 높은 주파수 대역인 Ku밴드(12∼14㎓)로 전환한 뒤 위성으로 쏘아 올리면, 위성은 이를 낮은 주파수 대역인 S밴드(2∼3㎓)로 다시 변환한 후 각 수신기에 직접 제공하거나 지상에 있는 갭필러(Gap Filler) 중계기를 통해 각 수신기에 제공하는바, 2가지 주파수 대역 사용 및 갭필러 중계기를 활용하여 전국 어디서나 방송을 시청할 수 있는 서비스이다. 2) 청구법인은 국제전화 및 부가서비스 공급을 주된 사업으로 하여 안정적인 성장을 이루어왔으나, 2000년대 후반 국제전화 발신부문의 가입자가 포화상태에 이르렀고, 2009년 AAA, BBB의 출범 및 2010년 CCC와 같은 모바일 인터넷전화(mVoIP)의 성장에 따라 신성장동력의 확보가 절실히 요구되었다. 3) 피합병법인은 2004.12.30. 정보통신부장관의 허가를 받아 2005.5.1.부터 합병 당시까지 쟁점서비스사업을 운영하고 있는 유일한 사업자로, 합병 무렵 피합병법인은 위성, 방송센터, 중계기 등 기반시설에 대한 투자를 마치고 유료가입자 202만명을 확보하였으나, 이미 방송송출을 위한 기반시설에 약 OOO원의 자금이 소요되어 추가적인 콘텐츠 및 서비스 품질향상을 위한 투자가 어려웠다. 4) 이에 청구법인과 피합병법인은 청구법인의 통신사업 역량과 피합병법인의 방송사업 역량을 결합하여 신성장동력을 확보하기 위한 방편으로 합병을 추진하였고, 청구법인은 2010.7.22. 이사회 결의를 통해 합병계약을 승인하였다. 5) 피합병법인이 쟁점합병에 따라 방송통신위원회에 제출한 쟁점서비스사업 변경허가신청서에도 쟁점합병은 통신시장의 정체를 극복하고 신규성장동력을 확보하여 미디어시장의 재편에 대응하는 한편, 관계사 간 미디어사업의 시너지 효과를 제고하여 방송통신 융합사업의 활성화를 주도하고 재무안정화를 통해 쟁점서비스사업의 위기를 극복하기 위한 목적에서 진행되었음이 분명히 기재되어 있으며 청구법인과 피합병법인의 합병 시 연간 4% 이상의 지속적인 성장세가 예상된다고 전망한 사실을 확인할 수 있다. (나) 청구법인은 피합병법인의 자산을 관계법령이 정한 합병절차에 따라 시가로 평가하여 합병가액을 지급하였으므로 쟁점합병매수차손은 피합병법인의 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이다. 1) 2009.12.31. 개정된 「법인세법」은 비적격합병 시 합병대가에서 순자산시가를 공제한 차액이 곧바로 합병매수차손이 되는 것으로 개정하고, 종전 영업권에 대하여 “피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우”라는 문언을 삭제하였는바, 이는 비적격합병의 경우 합병대가에 이미 피합병법인의 자산가치 뿐만 아니라 거래관계, 영업상 비밀 등 무형의 사업상 가치가 포함되어 있어 합병매수차손(종전 영업권) 자체에 대한 별도의 가치평가없이 순자산시가를 초과하여 지급한 합병대가를 곧 피합병법인의 초과수익력으로 인정한다는 점을 명확히 한 것이다. 따라서 합병법인이 피합병법인의 자산을 시가로 평가하여 합병대가를 적정하게 산정하였다면 그 대가에는 이미 피합병법인의 상호 거래관계 및 영업상의 비밀 등으로 인한 무형의 사업상 가치까지 고려된 것으로 보아야 한다. 2) 청구법인과 피합병법인은 DDD와 EEE에 양사의 주식가치평가를 의뢰하였는바, 각 회계법인은 DCF법을 적용하여 아래 ＜표5＞와 같이 1주당 평가액을 산정하였고, 청구법인과 피합병법인은 양 회계법인이 산정한 1주당 평가액의 평균값을 기준으로 합병비율을 산정하였다. ＜표5＞ DDD와 EEE의 주식가치평가 결과 요약 OOO 이 때 양 회계법인의 평가보고서에 의하면, 양 회계법인 모두 쟁점서비스사업의 전망에 대해 보수적으로 접근하여 2014년 이후의 영구성장률을 0%로 가정한 후 피합병법인의 주식가치를 산정한 것을 확인할 수 있다. 3) 특히 합병 당시 피합병법인의 2대 주주인 FFF(이하 “FFF”라 한다)는 2010.7.7. 피합병법인의 가치가 낮게 평가되었다는 이의를 제기하면서 별도로 GGG를 평가기관으로 선정하였고, GGG가 피합병법인의 1주당 평가액을 DDD의 평가액과 EEE의 평가액 범위 내에 있는 OOO원으로 산정하자 기존 평가결과를 수용하였는바, 이는 쟁점합병에 대한 합병대가가 과대한 것이 아니고 객관적이고 신뢰성 있게 이루어졌음을 의미하는 것이다. 4) 나아가 피합병법인은 방송통신위원회에 쟁점서비스사업의 변경허가를 신청하면서 쟁점합병의 목적 및 아래 ＜표6＞과 같은 영업성과 예상치를 산정하여 제출하였고, 방송통신위원회는 「방송법」제15조 및 제10조 제1항에 따라 이를 심사한 후 그 적정성을 인정하여 2010.10.20. 쟁점서비스사업의 변경을 허가하였는바, 피합병법인이 방송통신위원회에 제출하여 방송통신위원회에서 검토한 영업성과 예상치가 DDD와 EEE가 평가한 피합병법인의 향후 영업성과 예상치와 거의 유사하다는 점도 피합병법인에 대한 가치평가가 객관적이고 신뢰성 있게 이루어졌음을 뒷받침한다. ＜표6＞ OOO·EEE와 피합병법인이 방송통신위원회에 제출한 쟁점서비스사업변경허가 신청서 상 피합병법인의 영업성과 예상치 비교 OOO 5) 처분청은 DCF법의 경우 평가자의 주관적 판단이 개입될 여지가 많아 이를 통해 산정한 가치를 적정한 것으로 인정하기 어렵다는 의견이나, 피합병법인과 같이 사업초기 대규모 설비투자비용이 발생하는 방송통신업에 대하여는 오히려 DCF법과 같은 수익가치 평가방법이 기업의 가치를 가장 정확하게 평가할 수 있다고 보아야 하는 것으로 배달의 민족을 운영하는 주식회사 HHH가 2018년 자본잠식 상태에 있었음에도 불구하고 OOO법인이 OOO원에 지분 87%를 인수한 사례나 주식회사 III도 자본잠식 상태에 있다가 OOO 등의 투자를 받은 사례도 이를 뒷받침한다. 대법원도 “유선방송사업의 경우 초기에 방송장비 및 방송망 설치 등의 대규모 시설투자가 필요한 반면 그 이후에는 인건비 등의 비용 이외에는 추가비용이 크게 발생하지 않고, 일정수 이상의 가입자가 확보되면 월 사용료 상당의 수입이 안정적으로 확보된다는 특색이 있기 때문에 가입자수, 전송망의 용량, 지역 내 독점 여부 등을 기초로 한 미래의 수익률이 기업가치 내지 주식가치를 평가하는데 중요한 고려요소”(대법원 2005.4.29. 선고 2005도856 판결, 대법원 2006.11.24. 선고 2004마1022 판결 참조)라고 판시한바 있고, 한국증권업협회가 2006년 10월 발간한 가치평가 가이드라인에서도 차세대 이동통신, 디지털콘텐츠 사업 등과 같은 차세대 성장동력사업의 경우 「상속세 및 증여세법」상 평가와 같이 과거의 실적을 통한 평가보다 DCF법과 같은 수익가치 평가방법을 사용하는 것이 바람직하다고 권고하고 있다. 6) 처분청은 청구법인과 피합병법인은 모두 최대주주가 JJJ 주식회사(이하 “JJJ”라 한다)인 특수관계법인으로서 청구법인이 피합병법인의 가치가 과대평가되도록 자의적으로 평가방법을 선택하였다는 의견이나, 쟁점합병 당시 JJJ는 청구법인의 지분을 90%, 피합병법인의 지분을 44% 보유하였고 피합병법인의 다른 주주는 JJJ와 특수관계가 없어 피합병법인을 과대평가함으로써 다른 주주에게 합병대가를 과다지급할 유인이 없었다. 7) 그리고 처분청은 OOO법인인 KKK의 사례를 들어 쟁점합병 당시 쟁점서비스사업의 폐지가 예견되어 있었다는 의견이나, KKK는 휴대폰 외의 단말기를 통해 쟁점서비스사업을 운영한 결과 충분한 수의 가입자를 확보하지 못하고 쟁점서비스사업을 철수한 반면, 피합병법인은 2009년 말 가입자 수 200만명을 돌파하는 등 쟁점서비스사업의 성장가능성이 높았다. (다) 쟁점합병 이후 실제로 예상한 합병시너지 효과가 나타나 청구법인의 영업실적이 향상되고 재무구조가 개선되었다. 1) 청구법인이 기존에 영위하던 사업의 경우 쟁점합병 이후 피합병법인의 주주인 주식회사 LLL, 주식회사 MMM, 주식회사 NNN 등에 대해 국제전화 서비스를 제공하게 되면서 청구법인의 매출이 증가하였고, 신규로 개시한 알뜰폰 사업의 경우 쟁점서비스의 가입자 확보 과정에서 피합병법인이 보유하고 있던 B2C 마켓팅역량을 활용해 2018년 기준 연 OOO원의 매출을 달성하였다. 처분청은 알뜰폰 사업이 쟁점합병과 무관하다는 의견이나, 소비자의 별도 가입절차가 필요없는 국제전화서비스 사업을 영위한 청구법인의 경우 다양한 유통채널을 통해 가입자를 유치하여야 하는 알뜰폰 사업에 대한 경험이 전무하였고, 이동전화 대리점을 통해 가입자를 유치관리해야 하는 알뜰폰 사업의 특성상 알뜰폰 사업은 국제전화서비스 사업보다는 쟁점서비스사업과의 유사성이 더욱 높았으며 이는 실제로 통신사업을 영위한 적 없는 주식회사 OOO이 알뜰폰 업계 1위 사업자가 된 것을 통해서도 알 수 있다. 2) 나아가 피합병법인의 방송서비스 운용기술 및 경험을 기반으로 OOO채널의 송출대행사업을 통해 연 OOO원의 매출을 달성하였다. 3) 재무적으로도 쟁점합병 이후 청구법인의 인력감축 및 IT운영 효율화를 통해 재무구조가 크게 개선되어 청구법인의 기업어음 신용등급이 A3+등급에서 A2+등급으로 3단계 상승하였고, 회사채 신용등급도 BBB+등급에서 A등급으로 2단계 상승하였다. (라) 쟁점서비스사업을 폐지한 것은 합병 당시 예상할 수 없던 환경변화에 따른 것으로 이를 이유로 쟁점합병매수차손을 피합병법인의 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이 아니라고 볼 수 없다. 1) 쟁점합병 당시 피합병법인의 사업현황을 보면, 2005년 쟁점서비스사업 개시 후 4년만인 2009년에 가입자 200만명을 확보함과 동시에 OOO원의 영업이익을 달성하였고, 2010년 상반기에도 OOO원의 영업이익을 달성하였으며 이후로도 연평균 4%의 매출성장이 기대되었다. 2) 그러나 2011년 7월 4G서비스가 조기상용화 되면서 이동통신 환경이 통화·문자 중심에서 데이터 중심으로 재편되고 유튜브 등 쟁점서비스사업과 경쟁하는 대체플랫폼이 증가하였으며 단말기제조사들도 스마트폰 생산에 집중한 결과, 쟁점서비스 가입자 수는 2009년 말 200만명에서 2012년 6월 4만명으로 급감하였고, 청구법인은 쟁점서비스사업 운영에 관한 고정비를 감당할 수 없어 2012.8.23. 이사회 결의로 쟁점서비스사업을 중단하기로 하였다. 3) 쟁점서비스사업 중단의 계기가 된 환경변화는 쟁점합병 당시에는 청구법인, 피합병법인은 물론 주무관청인 방송통신위원회도 예측할 수 없었던 것으로 이러한 사정은 쟁점합병 당시 피합병법인이 작성한 쟁점서비스사업 변경허가신청서와 이에 대한 방송통신위원회의 심사결과로 확인할 수 있다. 4) 피합병법인의 사업상 가치유무를 판단할 때 합병 이후의 사정은 고려하지 않는 것이 대법원(대법원 2018.5.11. 선고 2017두54791 판결)과 조세심판원(조심 2016중1693, 2017.8.10.)의 확립된 법리이므로 쟁점합병 이후의 사정변화를 합병당시로 소급하여 가지고 와서 쟁점합병매수차손의 사업상 가치 유무를 판단하는 기준으로 사용할 수 없다. (마) 처분청은 청구법인이 적격합병 사후관리요건 위배 후 자산조정계정 잔액을 익금에 산입하는 조정을 하지 아니하였고, 이와 같은 조정을 하지 않은 이상 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호에 따라 쟁점합병매수차손에 관한 세무조정을 할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 자산조정계정 잔액을 익금에 산입하지 않은 것은 피합병법인의 경우 그 특성상 순자산 장부금액과 시가가 동일함에 따라 발생한 결과이지 별도의 세무조정을 누락한 것이 아니다. 1) 자산의 시가는 「법인세법」제52조 제2항에 따른 시가를 말하는 것이고, 청구법인이 승계받은 피합병법인의 자산 대부분은 쟁점서비스사업을 위한 방송장비로서 제3자 간 일반적으로 거래된 가격이나 감정평가액, 재취득가액 등이 존재하지 않아 「상속세 및 증여세법 시행령」제52조 제1항에 따라 장부가액이 곧 「법인세법」제52조 제2항에 따른 시가가 되는 것이므로 피합병법인의 순자산 장부금액과 시가는 동일하였으며 이미 피합병법인의 순자산을 장부금액으로 인식한 청구법인으로서는 적격합병 사후관리요건 위배시 익금으로 산입할 자산조정계정 잔액도 존재하지 아니하였다. 2) 나아가 「법인세법」상 합병에 대한 과세제도는 합병법인이 적격합병 사후관리 요건을 위배한 경우 당초 비적격합병을 선택한 경우와 과세소득 및 세액과 일치하도록 설계되어 있는 것으로 이미 피합병법인으로부터 승계한 순자산을 시가로 조정한 청구법인은 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호에 따라 합병매수차손의 세무조정을 할 수 있는 것이다. 같은 취지에서 국세청도 “적격합병으로 과세특례를 적용받은 합병법인이 「법인세법」제44조의3 제3항 제1호에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 자산조정계정 잔액이 존재하지 아니하는 경우에도 같은 법 시행령 제80조의4 제5항 제2호에 따라 합병매수차손에 상당하는 금액을 해당 사업연도 익금에 산입하는 것”(서면법규과-286, 2014.4.9.)이라고 판단한바 있다. (바) 처분청은 쟁점합병 당시 이에 대한 부정적인 언론기사를 이유로 쟁점합병매수차손이 실제보다 과도하게 평가되었다는 의견이나, 이는 구체적인 사실에 기초하지 않은 막연한 전망에 불과하여 이를 과세근거로 할 수 없고, 반대로 쟁점합병을 긍정적으로 평가하는 기사도 다수 존재한다. (2) 조사청은 쟁점세무조사 이전에 실시한 세무조사와 경정청구 검토과정에서 쟁점합병매수차손에 관한 세무조사를 실시하였으므로 쟁점세무조사는 「국세기본법」제81조의4 제2항의 금지되는 재조사에 해당한다. (가) 조사청은 2014.9.22.부터 2014.10.31.까지 청구법인의 2010·2011사업연도에 대한 법인세 통합조사(이하 “2014년 세무조사”라 한다)를 실시하면서 청구법인에게 쟁점합병은 물론 조사대상연도에 발생하지 않은 쟁점서비스사업의 폐지 관련 세무조정 자료의 제출을 요청하였고, 이에 대해 검토한 후 청구법인의 기존 세무조정사항이 타당하다는 결론을 내렸는바, 조사청은 2014년 세무조사 당시 청구법인이 2012사업연도에 세무처리한 쟁점합병매수차손에 대하여 세무조사를 실시한 것으로 보아야 한다. (나) 청구법인은 2016.4.5. 기획재정부 예규질의를 통해 회신받은 내용(법인세제과-323, 2016.4.5.)을 토대로 2016년 4월경 처분청에 쟁점합병매수차손을 2012사업연도 손금에 산입하여야 한다는 취지의 경정청구(이하 “2016년 경정청구”라 한다)를 하였는바, 처분청과 조사청은 이에 대해 검토하면서 쟁점합병매수차손의 2013∼2015사업연도에 손금산입하는 것이 타당한지 여부도 함께 검토하기 위해 청구법인에게 상당한 분량의 자료 및 소명서를 요청하는 등 사실상 세무조사를 실시한 후 쟁점합병매수차손이 피합병법인의 사업상 가치가 있어 발생한 것으로 보아 이를 인용하였다. (다) 그럼에도 불구하고 조사청은 쟁점세무조사를 통해 쟁점합병매수차손에 관하여 다시 세무조사하였으므로 이는 「국세기본법」제81조의4 제2항이 금지하는 재조사로서 세무조사권의 남용에 해당한다. (3) 2016년 경정청구 당시 처분청과 조사청은 쟁점합병매수차손이 피합병법인의 사업상 가치가 있어 발생한 것으로 인정하였음에도 쟁점세무조사를 통해 이를 다시 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다. (가) 청구법인의 2016년 경정청구에 대해 처분청과 조사청이 쟁점합병매수차손을 2012사업연도에 손금산입하면서 기타로 소득처분하였다는 것은 청구법인이 2012사업연도 법인세 신고 시 쟁점합병매수차손을 익금산입하여 유보로 소득처분한 것을 인정한다는 의미이고, 이는 곧 쟁점합병매수차손이 피합병법인의 사업상 가치가 있어 발생한 것으로서 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호에 따라 손금에 산입할 수 있는 합병매수차손에 해당한다는 것을 인정한 것이다. (나) 만약 처분청과 조사청이 쟁점합병매수차손을 피합병법인에 사업상 가치가 있어 발생한 것으로 인정하지 아니하였다면 쟁점합병매수차손을 2012사업연도에 손금산입하면서 기타가 아닌 △유보로 소득처분하여 향후 청구법인이 유보로 익금산입한 쟁점합병매수차손을 손금산입하더라도 이에 대한 반대조정으로 손금산입되지 않도록 하였을 것이다. (다) 즉 2016년 경정청구에 대한 처분청 및 조사청의 인용결정은 곧 쟁점합병매수차손을 피합병법인의 사업상 가치가 있어 발생한 것으로 인정하는 공적인 견해표명으로 볼 수 있고, 청구법인은 이를 신뢰하였으며 이후 조사청은 쟁점세무조사를 통해 청구법인이 손금에 산입한 쟁점합병매수차손을 부인하였는바, 이는 「국세기본법」제15조 에서 정하고 있는 신의성실의 원칙에 위배되는 것이다. (4) 가사 쟁점합병매수차손을 「법인세법 시행령」제80조의4 제3항 제2호에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보더라도 청구법인이 법인세 신고·납부를 제대로 이행하지 않은데 정당한 사유가 있는바, 처분청이 청구법인에게 부과한 가산세는 면제되어야 한다. (가) 과세관청은 2013년 이후 2007년부터 2010년까지 발생한 합병 사안에 대해 영업권 상당액을 피합병법인의 사업상 가치가 있어 지급한 것으로 보아 합병평가차익에 가산하여 과세하는 기조를 보여 왔는바, 이는 영업권이 객관적인 평가결과를 기초로 산정된 것이라면 일응 사업상 가치가 있는 것으로 보아야 한다는 견해에 기초한 것이다. (나) 청구법인은 이와 같은 과세관청의 견해를 신뢰하여 쟁점합병매수차손을 피합병법인의 사업상 가치가 있어 지급한 것으로 보아 손금에 산입하였는바, 설령 쟁점합병매수차손은 손금산입대상이 아니라고 보더라도 청구법인에게는 쟁점합병매수차손을 손금에 산입한데 대한 정당한 사유가 존재한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점합병매수차손은 청구법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것으로 볼 수 없다. (가) 쟁점합병매수차손을 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호에 따라 익금에 산입한 후 다시 손금에 산입하는 것은 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 후에야 가능한 것임에도 청구법인은 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입하지 아니하고 곧바로 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호에 따라 세무조정하였는바, 이는 관련 법령에 위배되는 것이다. 1) 「법인세법 시행령」제80조의4 제4항은 합병법인이 적격합병의 사후관리요건을 위배한 경우 자산조정계정 잔액의 총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하여 이를 익금에 산입하고, 같은 조 제5항은 제4항에 따라 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우 합병매수차익 또는 합병매수차손에 상당하는 금액을 각 호의 구분에 따라 처리한다고 정하고 있으며 같은 조 제5항 제2호는 합병매수차손을 익금에 산입하되 「법인세법 시행령」제80조의3 제2항에 따라 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 경우에 한하여 합병등기일로부터 5년이 되는 날까지 상각한다고 정하고 있다. 2) 2010년 개정된 합병 관련 세제의 개정이유에 의하면, 합병매수차손 또는 합병매수차익의 경우 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 경우에 한하여 계상할 수 있는 것으로 비적격합병에 한하여 적용가능하다고 밝히고 있는바, 적격합병 시 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하였으므로 이를 시가로 조정하는 과정을 거치지 않은 경우 합병매수차손으로 인식할 금액도 없는 것이고, 해당 규정은 이러한 이유로 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우에 한하여 합병매수차익 또는 합병매수차손에 관한 세무조정을 한다고 명시하고 있는 것이다. 3) 청구법인의 경우 당초 쟁점합병을 적격합병으로 보아 피합병법인의 순자산을 장부가액 그대로 승계하고, 별도로 자산조정계정을 계상하지 않다가 적격합병 사후관리요건을 위배한 후 피합병법인으로부터 승계한 자산의 장부가액을 시가로 조정하는 과정 없이 곧바로 쟁점합병매수차익을 익금에 산입하고, 이를 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호에 따라 합병등기일로부터 5년이 되는 날까지 상각하였는바, 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입하지 않은 이상 청구법인은 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항에 따라 세무조정을 할 수 없는 것이다. 4) 즉 청구법인이 2012사업연도에 익금산입하고 유보로 소득처분한 쟁점합병매수차손은 자산성이 있다고 볼 수 없고, 이를 전제로 2013∼2015사업연도에 쟁점합병매수차손을 상각하여 손금산입한 금액은 손금산입대상으로 볼 수 없다. (나) 청구법인은 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려우므로 쟁점합병매수차손은 단순한 대차차이일 뿐이다. 1) 청구법인이 쟁점합병 당시 합병비율 산정을 위해 사용한 DCF법은 평가의 주요변수(영업수익ㆍ비용, 할인율, 성장률, 잔존가치 등)에 평가자의 주관적 판단이 개입될 여지가 많으므로 DCF법을 통해 합병비율을 산정한 것을 피합병법인의 무형의 재산적 가치를 인정하고 사업상 가치로 평가한 것으로 볼 수 없다. 2) 청구법인이 제출한 EEE의 주식가치 평가보고서에 의하면, EEE는 DCF법(OOO원/주) 외에도 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 상 보충적 평가방법(OOO원/주), 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다) 상 본질가치 평가방법(OOO원/주)을 각각 적용하여 피합병법인의 가치를 평가하였는바, 피합병법인은 결손이 과다한 법인으로 자산가치가 매우 낮음에도 불구하고 자산가치가 반영된 자본시장법 상 본질가치 평가방법이 아닌 피합병법인의 주당가치가 가장 높게 측정될 수 있는 방법인 DCF법을 최종적으로 선택하였다. (다) 쟁점합병 당시 피합병법인의 재무상황을 보더라도 피합병법인은 아래 ＜표7＞과 같이 개업이래 지속적으로 결손이 누적되어 쟁점합병 무렵 세무상 결손금이 OOO원에 달하였고, 단기차입금 OOO원, 사채 OOO원 규모의 부채를 사용하였으며 영업이익으로 금융비용도 감당하지 못하는 상황에서 2010년 만기가 도래하는 채무는 OOO원에 달하는 등 자금난에 따른 부도위험이 증가하고 있었다. ＜표7＞ 피합병법인의 차입금, 지급이자 및 세무상 결손금 내역 OOO (라) 쟁점합병 당시에도 쟁점서비스사업은 시장성이 부족하여 향후 사업이 폐지될 수 있음을 예견할 수 있었다. 1) OOO에서 쟁점서비스사업을 영위하던 KKK는 영업손실 OOO원을 기록하는 등 만성적자에 시달리다가 쟁점합병 이전인 2008년 8월 이미 쟁점서비스사업을 중단한바 있고, 우리나라에서도 2008년 11월 이후 쟁점서비스를 이용할 수 있는 단말기가 출시되지 않았다. 2) 쟁점합병 당시 피합병법인의 2대 주주였던 FFF가 보유하던 주식 전량에 대해 주식매수청구권을 행사한 것도 쟁점서비스사업에 대한 비관적인 견해가 반영된 것으로 볼 수 있다. 3) 쟁점합병 당시 대부분의 언론기사에서도 피합병법인은 만성적자를 버틸 힘이 없어 비교적 재무상태가 탄탄한 청구법인에 넘겨 숨고르기를 할 것이고, 결국 쟁점서비스사업은 중단될 것이라고 언급한 바 있다. 4) 청구법인은 쟁점합병 후 2년이 채 지나지 않은 2012.8.31. 쟁점서비스사업을 종료하면서도 “그동안 급변하는 방송환경을 극복하기 위하여 고강도 구조조정 및 완전 자본잠식된 피합병법인 합병 등 다양한 회생노력을 기울여 왔음에도 불구하고, 약 OOO원의 누적손실로 인해 더 이상 정상적인 서비스 제공이 불가능하여 부득이 쟁점서비스사업을 종료한다.”고 안내한바, 이미 청구법인도 쟁점합병 당시 쟁점서비스사업의 전망이 어둡다고 인식한 것으로 보인다. (마) 쟁점합병은 피합병법인이 도산위기에 처하자 같은 계열사인 합병법인이 이를 지원하기 위해 이루어진 것으로 피합병법인의 초과수익력을 고려하여 이루어진 것이 아니다. 1) 피합병법인은 쟁점서비스사업을 시작할 때부터 쟁점서비스 가입자가 지불하는 요금 외에는 매출이 없었는바, 아래 ＜표8＞과 같이 2008년 6월 피합병법인의 최대 주주인 JJJ가 자사 통신고객 중 쟁점서비스를 이용하는 고객에게 가입비와 OOO원의 서비스요금을 대신 지불하는 방식으로 지원하였음에도 적자경영은 계속되었다. ＜표8＞ 피합병법인의 2007년∼2010년 반기 매출액 현황 OOO 2) 쟁점서비스 가입자 수 추이를 보더라도 2008년 6월부터 시작된 최대 주주인 JJJ의 지원과 2008년 11월 마지막 쟁점서비스 단말기 출시에 따라 2008년 말 전년대비 가입자 수가 45% 증가하였으나, 이후 추가적인 사업 없이 가입자 수가 정체되었고, 쟁점합병 당시에는 이미 가입자 수가 감소추세에 있음을 알 수 있다. 3) 또한 피합병법인이 방송통신위원회에 제출한 쟁점서비스사업 변경허가신청서에서도 쟁점합병의 목적을 쟁점서비스사업 생존기반 확보, 대주주의 책임경영 강화, 재무안정화를 통해 쟁점서비스사업 청산위기 극복이라고 기재하고 있는 등 쟁점합병은 피합병법인의 도산 시 대금회수가 어려운 이해관계자 및 고객을 보호함으로써 합병법인과 피합병법인이 속한 그룹의 이미지 실추를 방지하기 위한 목적에서 이루어진 것으로 보이고, 피합병법인이 장차 기대되는 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게되어 이루어진 것이 아니다. (바) 실제로도 쟁점합병 이후 청구법인이 주장하고 있는 시너지 효과는 없었고, 오히려 청구법인의 당기순이익은 감소하였으며 청구법인이 쟁점합병의 효과라고 주장하는 사례도 쟁점합병에 따라 발생한 효과라고 보기 어렵다. 1) 감사보고서 상 청구법인과 피합병법인의 당기순이익은 아래 ＜표9＞와 같은바, 쟁점합병 이후 청구법인의 당기순이익은 급감하였다. ＜표9＞ 감사보고서상 청구법인 및 피합병법인 당기순이익 추이 OOO 2) 청구법인이 쟁점합병의 시너지 효과라고 주장하는 알뜰폰 사업은 쟁점서비스사업과 무관하게 청구법인의 최대 주주인 JJJ와의 연계에 따라 시작한 사업으로 3개 통신사 모두 자회사를 두어 알뜰폰 사업을 진행한 사정을 보면, 쟁점합병의 시너지 효과로 시작된 사업이 아니다. 3) 또한 OOO채널 송출대행사업도 오히려 해당 사업을 운영하던 PPP 주식회사(OOO법인 OOO와 JJJ의 합작법인)는 2011년 6월 이후 2014년까지 적자를 기록하다가 JJJ의 투자가 종료된 사정 등을 고려할 때 청구법인의 최대 주주인 JJJ가 콘텐츠 역량강화 차원에서 청구법인을 활용한데 지나지 않아 이를 쟁점합병의 시너지 효과로 보기 어렵다. (2) 쟁점세무조사는 「국세기본법」제81조의4 제2항이 금지하는 재조사로 볼 수 없다. (가) 2014년 세무조사는 2010·2011사업연도를 대상으로 한 반면, 쟁점세무조사는 2013∼2016사업연도를 대상으로 하므로 조사대상 사업연도가 다르고, 설령 쟁점세무조사를 중복세무조사로 보더라도, 쟁점합병매수차손의 손금산입에 대해 조사하는 것은 재조사 금지의 예외사유인 「국세기본법」제81조의4 제2항 제3호의 “2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우”에 해당한다. (나) 청구법인은 2016년 경정청구에 따라 처분청 내지 조사청이 세무조사를 실시하였다고 주장하나, 2016년 경정청구 또한 쟁점세무조사와 다른 사업연도인 2012사업연도에 대한 것이었고, 경정청구에 대한 검토 시 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료에 따라 단순한 사실관계 확인을 위해 통상적으로 간단한 질문검사가 수반되었을 뿐이며 대법원도 이를 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 세무조사로 보지 않은 다수의 사례가 있다. (3) 처분청의 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것이라고 보기 어렵다. (가) 2014년 세무조사 및 2016년 경정청구는 앞서 설명한 바와 같이 쟁점세무조사와 조사대상연도가 다르고 처분청은 이를 통해 쟁점합병매수차손이 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 경우로서 손금에 산입할 수 있다고 인정한다는 공적 견해를 표명한 사실이 없다. (나) 나아가 과세관청의 행위에 대해 신의성실의 원칙에 반한다고 보기 위해서는 과세관청의 공적 견해표명 후 납세자가 이를 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하나, 청구법인은 스스로 주장하는 과세관청의 견해표명 전에 이미 쟁점합병매수차손을 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다. (4) 세법상 가산세는 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는바(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 참조), 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점합병매수차손은 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호에 따라 손금산입대상에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점세무조사가 허용되지 않는 중복조사에 해당하는지 여부 ③ 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부 ④ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산장부가액"이라 한다) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 제44조의2【합병 시 합병법인에 대한 과세】① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다. ② 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)에 미달하는 경우 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 익금에 산입한다. ③ 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 손금에 산입한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제44조의3【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】① 제44조 제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다. ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. ③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우 ④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다. ⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제80조의3【비적격합병 시 양도가액과 순자산시가와의 차액 처리】① 합병법인은 법 제44조의2 제2항에 따라 양도가액이 순자산시가에 미달하는 경우 그 차액(이하 “합병매수차익”이라 한다)을 익금에 산입할 때에는 합병등기일이 속하는 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 다음 산식에 따라 계산한 금액을 산입한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 하고, 이에 따라 합병등기일이 속한 월을 1월로 계산한 경우에는 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속한 월은 계산에서 제외한다.

② 법 제44조의2 제3항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우를 말한다. ③ 법 제44조의2 제3항에 따라 양도가액이 순자산시가를 초과하는 경우 그 차액(이하 “합병매수차손”이라 한다)에 대한 손금산입액 계산, 산입방법 등에 관하여는 제1항을 준용한다. 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】① 합병법인은 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다. 1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다. 2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다. ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다. ③ 법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다. ④ 합병법인이 법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. ⑤ 제4항에 따라 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우 합병매수차익 또는 합병매수차손에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다. 1. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가에 미달하는 경우: 합병매수차익에 상당하는 금액을 법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하고, 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 익금에 산입 가. 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 익금에 산입 나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 익금에 산입 2. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우: 합병매수차손에 상당하는 금액을 법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, 제80조의3 제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 손금에 산입 가. 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 손금에 산입 나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 손금에 산입 ⑥ 합병법인이 법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면 또는 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다. ⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. ⑩ 제1항에 따라 자산조정계정을 계상한 합병법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 자산조정계정에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 피합병법인의 감사보고서에 의하면, 청구법인과 피합병법인의 2005년～2009년 재무제표의 주요 내용은 아래 ＜표10＞～＜표11＞과 같다. ＜표10＞ 피합병법인의 재무제표 주요 내용 OOO ＜표11＞ 청구법인의 재무제표 주요 내용 OOO (2) 피합병법인과 청구법인 및 JJJ의 사업보고서에 의하면, 쟁점서비스의 가입자 수와 매출액 및 특수관계자 매출액은 아래 ＜표12＞와 같고, JJJ와 피합병법인 간 체결된 계약사항은 아래 ＜표13＞과 같은바, JJJ는 2008.6.1. 피합병법인과 쟁점서비스 제휴계약을 체결하여 JJJ의 이동통신서비스를 이용하는 고객은 쟁점서비스 가입비(OOO원) 면제 및 월요금 OOO원 할인을 제공받고, JJJ가 피합병법인에 그 대가를 대신 지급하기로 한 것으로 나타난다. ＜표12＞ 사업보고서 상 쟁점서비스사업의 매출에 관한 주요 내용 OOO ＜표13＞ JJJ 사업보고서 중 경영상의 주요 계약 공시내용 OOO (3) 방송통신위원회가 작성한 연도별 방송산업 실태조사 보고서 중 쟁점서비스사업에 관한 내용은 아래 ＜표14＞와 같고, 쟁점서비스사업 폐지에 관하여 “방송사업수익의 감소는 2010년부터 스마트폰의 대중화로 방송시청이 용이해짐에 따라 유료가입자가 급격하게 감소한 것에 기인한다. 피합병법인과 합병한 청구법인은 쟁점서비스사업이 부진해짐에 따라 2012년 8월말을 기점으로 이를 폐지하였다.”고 기재되어 있다. ＜표14＞ 방송산업 실태조사 보고서 중 쟁점사업에 관한 내용 OOO (4) EEE와 DDD가 2009.12.31. 기준으로 평가한 청구법인 및 피합병법인의 1주당 평가액은 아래 ＜표15＞와 같고, DCF법을 적용함에 있어 각 회계법인이 평가한 영업현금흐름은 아래 ＜표16＞와 같다. ＜표15＞ EEE와 DDD의 평가결과 요약 OOO ＜표16＞ EEE와 DDD가 평가한 피합병법인의 영업현금흐름 OOO (5) 청구법인과 피합병법인이 2010.7.23. 공시한 회사합병 결정에 의하면, 청구법인은 EEE와 DDD가 DCF법에 따라 산정한 주식가치를 기초로 하여 합병비율을 1:0.0048453로 계산한 후 이에 따라 피합병법인을 흡수합병하기로 결정한 것으로 나타난다. (6) 청구법인의 쟁점합병에 관한 세무조정 연혁은 아래와 같다. OOO (7) 처분청은 쟁점합병매수차손의 경우 청구법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이 아니라는 근거로 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 처분청이 제출한 쟁점서비스사업에 관련 언론기사 및 보고서는 아래와 같다. OOO (나) 청구법인이 2012년 7월 공고한 쟁점서비스사업 종료 안내문의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (8) 청구법인은 쟁점합병매수차손의 경우 청구법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이라는 근거로 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 청구법인의 2010.7.22.자 이사회 의사록의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (나) 쟁점합병 전 피합병법인의 2대 주주인 FFF가 2010.7.7. GGG와 피합병법인에게 송부한 “소수주주의 입장에서 본 피합병법인 가치평가 관련 논의”의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (다) FFF의 요청에 따라 GGG가 2010.7.14. 작성한 쟁점합병에 대한 상업적 합리성 검토서에 의하면, GGG는 2009.12.31. 기준 피합병법인과 청구법인의 1주당 평가액을 아래 ＜표17＞과 같이 산정한 후 ＜표17＞의 가격 범위 내에서 피합병법인과 청구법인이 합병한다면 상업적으로 합리적인 것으로 판단된다고 검토한 것으로 나타난다. ＜표17＞ GGG의 평가결과 요약 OOO (라) 청구법인은 쟁점합병을 통해 다음과 같은 시너지 효과를 예상하였다고 주장하면서 청구법인이 작성한 쟁점합병 추진 검토서를 제출하였다. (마) 피합병법인이 2010.7.23. 방송통신위원회에 제출한 쟁점서비스사업 변경허가 신청서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (바) 청구법인이 제출한 쟁점합병 관련 언론기사는 아래와 같다. OOO (9) 청구법인은 2014년 세무조사 당시 조사청이 쟁점서비스사업의 폐지와 관련된 세무조정 자료의 제출을 요청하였고, 이에 대해 검토한 후 청구법인의 세무조정이 타당하다고 결론을 내렸다는 근거로 조사청이 2014년 세무조사 당시 청구법인에게 한 자료제출 요청서를 제출하였다. OOO (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해서 살피건대, 「법인세법 시행령」제80조의4 제5항 제2호 및 제80조의3 제2항에 의하면, 「법인세법」제44조의3 소정의 적격합병 과세특례를 적용받은 합병법인이 같은 조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 합병매수차손에 상당하는 금액을 위 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도 익금에 산입하되, “합병법인이 피합병법인의 상호.거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우”에 한정하여 익금에 산입한 합병매수차손 상당액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 각 목의 구분에 따라 분할하여 손금에 산입한다고 정하고 있는바, 여기서 “합병법인이 피합병법인의 상호.거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우”란, 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있는 경우로 이 때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없는 것으로(대법원 2018.5.11. 선고 2015두41463 판결 참조), 청구법인은 2009년 당시 쟁점서비스 가입자 수가 200만명을 돌파하였고, 2009년에 처음으로 영업이익이 발생하는 등 향후 피합병법인의 사업전망이 긍정적이었던 반면 청구법인은 성장이 정체된 상태였으므로 쟁점합병매수차손은 청구법인이 피합병법인의 상호.거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이라고 주장하나, 피합병법인은 쟁점서비스사업을 개시한 2005년 이후 계속해서 영업손실을 기록하였는바, 쟁점합병이 있기 전인 2009년 말 결손금이 OOO원, 부채비율이 OOO에 달하는 점, 2008년, 2009년 피합병법인의 매출액 중 JJJ 등 특수관계인과의 거래 비중은 각 OOO, OOO로 쟁점서비스 가입자 수가 증가하고, 2009년 피합병법인에 처음으로 영업이익이 발생한 것은 피합병법인 및 청구법인의 최대 주주인 JJJ와의 제휴계약에 의한 것으로 보이는 점, 쟁점서비스를 이용할 수 있는 단말기는 2008년 이후 출시되지 아니하였고, 쟁점서비스 가입자 수는 2010년 상반기 이후 계속해서 감소한 점, 피합병법인은 매출의 상당부분을 JJJ와 피합병법인 간 제휴계약에 의존하였고, 이와 같은 제휴계약이 향후 영구적으로 지속될 것으로 보기 어려우며 쟁점서비스 가입자 수가 쟁점합병일 이후에도 계속해서 증가하거나 유지될 것으로 볼만한 사정이 없음에도 EEE는 동 제휴계약이 향후 계속해서 유지될 것이라는 가정 하에, DDD는 이동통신 가입자 중 쟁점서비스 가입자가 차지하는 비율이 향후 계속해서 유지될 것이라는 가정 하에 피합병법인의 1주당 가치를 평가하였는바, 청구법인이 피합병법인의 상호 등에 대하여 객관적이고 공정한 평가를 거쳐 사업상 가치를 평가한 것으로 인정하기 어려운 점, 방송통신위원회의 방송산업 실태조사 보고서에 의하면, 2007년 이후 쟁점서비스사업 종사자 수와 시설투자 규모는 계속해서 감소하고 있고, 2011년부터는 시설투자를 하지 않은바, 청구법인도 쟁점합병 당시 쟁점서비스사업의 폐지를 계획하고 있었던 것으로 보이는 점 등을 종합하면 쟁점합병매수차손은 청구법인이 피합병법인의 상호.거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이를 이유로 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (11) 다음으로 쟁점②에 대해서 살피건대, 청구법인은 2014년 세무조사, 2016년 경정청구를 통해 쟁점합병매수차손에 관한 세무조사를 받았으므로 2019년에 실시한 쟁점세무조사는 「국세기본법」제81조의4 제2항의 금지되는 재조사에 해당한다고 주장하나, 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 참조), 2014년 세무조사는 2010.2011사업연도에 대한 것인 반면, 쟁점세무조사는 2013～2016사업연도에 대한 것으로 조사대상기간이 상이한 점, 2014년 세무조사 당시 조사청이 쟁점서비스사업 폐지에 관한 자료를 요청하였다는 이유만으로 조사청이 2013～2016사업연도 법인세에 관한 세무조사를 실시하였다고 보기 어려운 점, 2016년 경정청구는 청구법인이 처분청에 쟁점합병매수차손 상당액을 2012사업연도 손금에 산입하여야 한다는 취지로 제기한 것으로서 처분청 및 조사청이 청구법인의 경정청구에 대해 검토한 것을 세무조사에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (12) 다음으로 쟁점③에 대해서 살피건대, 청구법인은 2016년 경정청구 당시 처분청과 조사청이 쟁점합병매수차손 손금산입의 적법성을 인정하였음에도 쟁점세무조사를 통해 이를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다고 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결 참조), 2016년 경정청구는 피합병법인의 결손금을 고려하여 쟁점합병매수차손을 청구법인의 손금에 산입하여야 한다는 취지로 제기된 점, 처분청이 이를 인용하였다는 사실만으로는 처분청이 청구법인에게 쟁점합병에 관하여 청구법인이 피합병법인의 상호.거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우로 인정한다는 공적 견해를 표명한 것으로 보기 어려운 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (13) 다음으로 쟁점④에 대해서 살피건대, 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재로서 정당한 사유가 있을 때에는 이를 부과하지 않는 것으로 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는바(대법원2017.7.11. 선고 2017두36885 판결 참조), 청구법인은 쟁점합병에 관해 피합병법인의 상호.거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 합병대가를 지급하였다고 보아 2012사업연도부터 2015사업연도까지 쟁점합병매수차손을 분할하여 손금에 산입한바, 비록 2014년 세무조사와 2016년 경정청구를 해당 사업연도에 대한 세무조사로 볼 수 없고, 쟁점합병매수차손에 관하여 조사청 및 처분청이 공적 견해를 표명한 것으로 보기도 어려우나, 일련의 과정을 거치는 과정에서 청구법인이 스스로 세법 규정을 자신에게 불리하게 해석해 피합병법인의 상호.거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우가 아니라고 보아 각 사업연도에 손금에 산입한 쟁점합병매수차손을 다시 손금불산입하고 과소부과된 세액을 재계산하여 수정신고하는 것을 기대하기는 어려운 점 등을 종합하면 청구법인에게 신고.납부의무의 해태를 탓할 수 없는 것으로 보이므로 이 건 과세처분 중 쟁점합병매수차손을 손금불산입함에 따라 부과된 법인세 2015～2017사업연도분 과소신고가산세와 납부불성실가산세는 이를 부과하지 않는 것으로 하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.