조심 2023서3508 (2023.10.04)

OOO세무서장이 2022.11.4. 청구법인에게 한 2021사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원(각 사업연도 소득금액 계산 시 유형자산처분이익 OOO원을 익금불산입으로 세무조정함)의 경정청구 거부처분은 OOO소재 단독주택의 양도가액을 OOO원으로 하되, 자산수증이익 OOO원을 반영하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인과 대표이사 AAA은 2021.11.30. BBB에게 OOO대지 OOO㎡(AAA의 소유로 이하 “쟁점토지”라 한다)와 지상의 단독주택(총 면적 OOO㎡이고, 청구법인의 소유로 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 각각 OOO원, OOO원 합계 OOO원에 일괄양도한 후, 청구법인은 2022.3.30. 쟁점건물의 양도와 관련하여 2021사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 신고·납부하였다. 나. OOO세무서장이 2022년 5월 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 기준시가에 따라 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 「소득세법」제100조 제3항에 따라 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 기준시가 기준으로 안분계산(쟁점토지 OOO 쟁점건물 OOO원)하여 AAA에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하자, 청구법인은 2022.8.31. 처분청에 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 하여 2021사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원(각 사업연도 소득금액 계산 시 유형자산처분이익 OOO원을 익금불산입으로 세무조정함)을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.11.4. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 기준시가의 비율로 안분 계산한 가액과 매매계약서상 구분 기재된 양도가액 간에 30% 이상의 차이가 있기 때문에 쟁점토지의 양도가액과 마찬가지로 기준시가의 비율로 안분 계산한 가액을 쟁점건물의 양도가액으로 하는 것이 타당하다. (가) 처분청은 매매계약서상 쟁점건물의 양도가액으로 기재되어 있는 금액인 OOO원이 실거래가액이므로 해당 가액이 양도가액이 된다는 의견이나, 매매계약서상 전체 양도금액이 OOO원으로 확정되어 있고, 쟁점토지만 기준시가 안분금액으로 조정한다고 할 경우 전체 양도금액이 OOO원(쟁점토지의 세법상 안분가액 OOO원, 쟁점건물의 양도가액 OOO원)으로 과세되어 매매계약서상 일괄양도금액인 OOO원과 다르게 되어 실질과세 원칙에 부합하지 않는다. (나) 심판례(조심 2022서5634, 2022.9.14.)에 따라 양도자가 법인인 경우에도 개인과 마찬가지로 보아 토지와 건물의 일괄양도 시 토지와 건물의 기준시가 비율로 안분 계산한 금액과 구분 기재한 양도가액 간에 30% 이상의 차이가 발생한 이상, 토지와 건물의 양도가액은 세법상 각각 불분명한 경우로 간주하여 기준시가로 계산하는 것이 타당함으로 OOO세무서장이 AAA에게 쟁점토지의 양도가액을 기준시가로 재산정하여 2021년 귀속 양도소득세를 경정·고지하였는데, 처분청은 청구법인에게 쟁점건물의 양도가액을 기준시가가 아닌 매매계약서상 가액으로 간주하는 것은 과세관청의 임의적인 선택으로 「소득세법」제100조 제2항 및 제2항의 취지를 무시하는 것으로 부당하다. (2) 처분청 의견에 대한 청구법인의 항변내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 기준시가로 안분하여 계산한 쟁점건물의 양도가액인 OOO원보다 초과하여 지급받은 OOO원을 자산수증이익으로 인정하여 청구법인의 각 사업연도 소득금액으로 과세하더라도 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 경정하는 것은 과세표준이 OOO원 감소하게 되어 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 실익이 있다. ＜표1＞ 경정청구 내용 및 처분청 답변 등 비교 (단위 : 원) (나) 처분청은 매매계약의 법률효과가 유효하게 유지되고 있는 이상 세법상 안분계산 대상의 타방이라는 이유만으로 양도대금을 임의로 조정할 수 없고, 심판례(조심 2022서5634, 2022.9.14.)는 본 사건에 참고하기에는 적절하지 않다는 의견이나, 1) 법원(수원지방법원 2008.12.17. 선고 2008구합2607 판결 참조)은 토지와 건물 소유자가 다른 경우(개인과 법인 독립된 2인)에도 「소득세법」제100조 의 규정을 적용하여 구분양도가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 기준시가로 안분하였다. 2) 또한 심판례(조심 2022서5634, 2022.9.14.)에서 양도자가 법인인 경우에도 「소득세법」제100조 의 규정을 적용하여 구분양도가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 기준시가 비율로 안분하였다. 3) 「소득세법」제100조 제2항과 제3항의 구분양도가액이 불분명한 것으로 본다는 규정은 특수관계인간의 거래 여부를 불문한다. 4) 따라서 토지와 건물의 소유자가 다른 독립된 2인이거나 소유자가 법인이더라도 「소득세법」제100조 의 규정에 따라 기준시가로 안분하였을 경우와 구분기재한 금액과 차액이 30% 이상이면 기준시가로 안분하는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 사법상 유효한 매매계약에 따라 쟁점건물의 양도대금을 수취하였고, 현재까지 매매계약의 법률효과가 유지되고 있으며, 설령 안분계산에 따라 양도가액이 감액된다 하더라도 실제 수령한 대금과의 차액은 자산수증이익으로 과세되어 경정청구의 실익이 없는 등 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 사법상 유효하게 성립된 매매계약서에 따라 쟁점건물의 양도대금을 수취하였고, 매매계약의 법률효과가 유효하게 유지되고 있는 이상 세법상 안분계산 대상의 타방이라는 이유만으로 양도대금을 임의로 조정할 수 없다. (나) 또한 청구법인은 매매계약에 따라 수령한 양도가액인 OOO원을 그대로 보유한 상태로서 청구법인의 주장대로 안분계산에 따라 양도대금을 재산정하여 쟁점건물의 양도가액이 감액된다면 청구법인이 실제 수취한 대금과의 차액(경정청구 대상 가액 OOO원)은 세부담 없이 청구법인의 자산을 구성하게 되어 결국 청구법인의 익금인 자산수증이익이 되므로 경정청구의 실익이 없다. (다) 청구인이 제시한 심판례(조심 2022서5634, 2022.9.14.)는 매도자 1인이 다수의 물건을 양도한 경우로 양도자가 특수관계에 있는 독립된 2인(청구법인, AAA)인 본 사건에 참고하기에는 적절하지 않다. (2) 청구법인의 항변내용에 따른 처분청의 추가의견은 다음과 같다. (가) 기준시가의 비율로 안분 계산한 가액이 쟁점건물의 양도가액이 되어야 한다는 주장은 조세법률주의의 엄격해석을 그르친 유추 내지 확장해석이다. 1)「법인세법」은「소득세법」의 규정과 달리 법인이 부동산을 일괄양도 시 토지와 건물 등의 가액이 불분명할 때에 기준시가 등으로 안분 계산한다는 명시적인 규정이 없다. 2) 이 사건의 경우 같은 날 쟁점토지와 쟁점건물을 BBB에게 일괄양도하였다고는 하나, 쟁점토지와 쟁점건물의 소유자가 각각 AAA과 청구법인으로 다르고, 실제 쟁점토지의 양도계약서와 쟁점건물의 양도계약서를 구분하여 두 개의 계약서를 작성한 점까지 더하면 일괄 계약이라기 보다는 별도의 계약을 체결한 것과 다를 바 없다. 3) 따라서 양도주체가 다른 별개의 계약에 대해 개인 양도분에 대해서는「소득세법」을, 법인 양도분에 대해서는「법인세법」을 각각 달리해 세법을 적용하는 것은 지극히 당연하다 할 것이다. (나) 쟁점토지와 쟁점건물을 일괄양도 하였다고 하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 양도차익을 산정할 수 있다. 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세 부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 반드시 동일한 기준에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것은 아니라고 할 것이므로, 어느 일방이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하였다고 하여 다른 일방의 양도차익을 산정함에 있어서도 반드시 그와 같은 방법을 사용하여야 하는 것은 아니다(대법원 1997.12.26. 선고, 97누11829판결 참조). (다) 청구법인은 쟁점건물을 양도하고 양도대가로 OOO원을 수령한 사실이 있고, 계약 이후 당사자간 분쟁으로 인해 양도가액이 조정(경정)된 사실이 없으며, 나아가 매매계약의 법률효과가 유지되어 등기부등본에도 실거래가액이 OOO원으로 기재된 사실이 있다. 따라서 쟁점건물의 매매계약서상 가액이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 비합리적인 가액으로 볼 수 없는 점 등을 더하면, 청구법인은 쟁점건물을 매각하고 OOO원의 수익 내지 소득이 발생했고 위 소득에 대해 법인세를 적법하게 신고·납부한바, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지의 양도가액을 기준시가 비율로 안분계산하면서 쟁점건물의 양도가액은 매매계약서상 양도가액으로 산정한 처분이 정당한지 여부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다. 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 5. 무상으로 받은 자산의 가액 (3) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (5) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의해 나타나는 사실관계 등은 다음과 같다. (가) 청구법인과 AAA은 2021.10.29. BBB과 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점토지와 쟁점건물을 각각 OOO원, OOO원 합계 OOO원에 양도한다는 부동산매매계약서를 각각 체결하고, 2021.11.30. 양도한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 부동산매매계약서 상 대금지급 내역 (단위 : 원) (나) AAA은 쟁점토지의 양도금액을 OOO원으로, 청구법인은 쟁점건물의 양도금액을 OOO원으로 하여 각각 2021년 귀속 양도소득세 및 2021사업연도 법인세를 신고·납부하였다. (다) AAA의 주소지 관할 세무서장인 OOO세무서장은 2022년 5월 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 「소득세법」제100조 제3항에 따라 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 AAA에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. ＜표3＞ 쟁점토지와 쟁점건물의 안분가액 계산 과정 (단위 : 원) (라) 이후 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 처분청에 쟁점건물의 양도가액을 기준시가에 따라 안분계산한 가액인 OOO원으로 하여 2021사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구서를 2022.8.31. 처분청에 제출하였다. ＜표4＞ 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고내역과 경정청구 비교 (단위 : 원) (마) 이에 대해 처분청은 2022.11.4. 아래 ＜표5＞와 같이 청구법인의 경정청구를 거부하였다. ＜표5＞ 경정청구 처리결과 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「소득세법」제100조 제3항에서 토지와 건물을 함께 양도한 경우로서 그 토지와 건물을 구분기장한 가액이 제2항(기준시가 등)에 따라 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 경우에는 그 가액 구분이 불분명한 경우로 보도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에 그 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 법정 비율로 안분계산하여 각 자산별 실지거래가액을 산정하도록 규정하고 있다. (나) 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물은 소유자가 다르고 각각의 매매계약서상 양도가액이 구분하여 기재되어 있으므로 쟁점건물의 매매계약서에 기재되어 있는 가액이 실거래가액으로 쟁점건물의 양도가액이라는 의견이나, 각 물건별로 작성된 매매계약서에 의하면 쟁점토지와 쟁점건물은 함께 양도된 경우로 보이는 점, 청구법인 등이 신고한 쟁점토지 및 쟁점건물의 각 양도가액은 일괄양도가액을 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 발생하므로 각 양도가액은 일률적으로 불분명한 경우로 간주하여 기준시가로 계산하는 것이 타당하고, 일괄 양도된 자산별 가액을 임의적으로 구분함에 따른 조세회피 행위를 방지하려는 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항의 취지를 고려할 때, 특별한 사정이 없는 한 양도자가 법인인 경우에도 마찬가지로 봄이 합리적인 점, 쟁점토지와 쟁점건물의 전체 양도금액이 확정되어 있는 이상, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 선택적으로 조정할 수도 없는 점, 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항의 문언과 형식에 비추어 볼 때 해당 규정은 토지와 건물의 양도인이 동일한 경우에만 적용되는 것은 아닌 점(대법원 2009.11.16. 선고 2009두15913 판결 참조) 등에 비추어, 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항을 적용하여 계산한 금액인 OOO원을 쟁점건물의 양도가액으로 봄이 타당하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (다) 다만 청구법인은 쟁점건물의 매매대금으로 OOO원을 수령하였으나, 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항을 적용하여 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 보았으므로 차액인 OOO원은 청구법인의 자산수증이익으로서 익금산입 대상에 해당하는 것으로 보이므로 청구법인의 이 건 경정청구 중 해당 금액을 익금불산입으로 세무조정한 부분은 받아들이기 어렵다 하겠다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.