조심 2023서8018 (2023.09.13)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.11.25. OOO의 토지 및 건물(이하 각각 “쟁점토지”, “쟁점건물”이라 하고, 이를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 사업장으로 사용하다가, 2020.6.19. AAA(이하 “이 건 양수법인”이라 한다)에 OOO원에 일괄공급한 후, 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 하여 2020년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 2022.7.11.부터 2022.9.8.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후, 쟁점부동산의 가액을 감정평가법인이 평가한 쟁점건물 및 쟁점토지의 가액에 따라 안분하여 2022.11.7. 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.19. 이의신청을 거쳐 2023.5.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 양수법인이 쟁점건물을 멸실하기로 하여 쟁점건물의 공급가액을 없는 것으로 신고하였는바, 이는 인정되어야 한다.

(가) 처분청은 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된

「부가가치세법」 제29조

제9항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)를 적용하여 부가가치세를 부과하였으나, 이는 세법의 목적과 취지에 비추어 무리한 확대적용이므로 위법하다.

(나) 개정 전 규정(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의

「부가가치세법」 제29조

제9항)에 의하면 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하고, 실지거래가액이 불분명한 경우 등에는 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있었다.

(다) 그에 따라 관련 예규 등도 토지와 건물을 일괄 양도하였면서 건물을 멸실하기로 한 경우에는 이를 토지의 거래로 간주해 왔다(국세청 사전법령부가-729, 2018.11.28., 조심 2019서983, 2019.7.24. 등).

(라) 그러나 2018.12.31. 쟁점규정으로 개정되어 실지거래가액이 기준시가 등에 의하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 기준시가 등에 따라 안분계산하도록 되었고, 과세관청이 쟁점규정을 무리하게 적용하여 조세회피의 의도 없이 건물신축을 위해 건물을 멸실하는 경우까지 무차별적으로 과세하자 심판청구 등의 불복이 잇따르게 되었으며, 2021.12.8. 다시 개정을 통해 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는

「부가가치세법」 제29조

제9항 제2호 규정을 적용하지 않기로 하였는바(

「부가가치세법 시행령」 제64조

제2항 제2호), 결국 쟁점규정은 2019.1.1.부터 2021.12.31.까지 2년간만 적용하게 되었다.

(마) 즉 2021.12.8. 개정은 쟁점규정의 일률적인 적용이 불합리하다는 것을 자인한 것인바, 쟁점규정은 건물의 가치가 있는 경우에만 적용되어야 한다.

(바) 청구법인은 이 건 양수법인이 쟁점건물을 멸실하기로 하였기에 전액 토지의 양도로 간주하여 부가가치세를 신고하였고, 조세회피의 의도가 없었는바, 쟁점규정을 적용한 이 건 처분은 무리한 확대해석에 의한 것으로 취소되어야 한다.

(2) 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 반한다.

쟁점부동산 계약일은 2019.8.12., 잔금청산일은 2020.6.19.로, 청구법인은 쟁점부동산 계약 및 잔금청산 당시의 과세관청의 예규를 신뢰하여 쟁점건물의 공급가액을 없는 것으로 신고하였고, 쟁점규정에 대한 예규는 2020.8.24. 이후부터 확인되는바, 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 반한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산의 가액을 감정평가가액의 비율에 따라 안분계산하여 쟁점토지 및 쟁점건물의 공급가액을 산정한 것은 쟁점규정에 따른 것이므로 적법하다.

(가) 쟁점규정에 의하면 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 납세자가 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가 등에 따른 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 안분계산한 가액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 쟁점부동산은 2020.6.19. 공급되어 쟁점규정이 적용된다.

(나) 법원은 매도인과 매수인 간의 합의된 실지거래가액이라고 하더라도 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 경우에는 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’에 포함된다고 해석하였는바(서울행정법원 2020.7.10. 선고 2019구합58797 판결), 쟁점건물은 1994년에 신축되어 양도 당시 내용연수가 남아 있었고 장부가액도 약 OOO원이었으므로 공급가액을 OOO원으로 볼 수 없다.

(다) 쟁점부동산의 매매계약서에서도 쟁점건물의 공급가액을 감정평가액에 준하여 결정하도록 하고 있고, 실제로 감정평가를 실시하여 쟁점건물의 가치가 약 OOO으로 평가되었음에도 이를 OOO원으로 신고한 것은 부가가치세를 회피하기 위한 것으로 보인다.

(2) 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.

청구법인은 쟁점규정에 대한 예규가 2020.8.24. 공표되었으므로 그 전에 잔금이 청산된 이 건에 쟁점규정을 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하나, 이 건에서 신뢰의 대상이 되는 처분청의 공적 견해표명이 있었다고 보기 어렵고, 처분청이 개정된 세법에 따라 과세한 것이므로 신의성실의 원칙에 반하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 감정평가가액으로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

② 신의성실의 원칙 위반 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2019.8.12. 이 건 양수법인과 쟁점부동산을 매매하는 계약을 체결하였는바, 쟁점부동산의 매매대금은 합계 OOO원으로, 쟁점건물의 가액은 별도로 기재되어 있지는 아니하며, 감정평가법인의 감정평가가액을 근거로 산정하기로 약정한 내용이 확인된다.

(2) BBB은 2020.4.21. CCC에 쟁점부동산에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 2020.4.22. 쟁점건물의 가액은 OOO원, 쟁점토지의 가액은 OOO원으로 평가된 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점부동산을 매도하면서 쟁점건물의 가치가 없다고 보아 2020.6.19. 이 건 양수법인에게 매매금액 OOO원의 매출계산서를 발행.교부한 것으로 확인된다.

(4) 청구법인의 2019사업연도 대차대조표에 기재된 쟁점건물의 장부가액은 OOO원으로 확인된다.

(5) 청구법인은 쟁점부동산을 매매한 후, 토지만 공급하는 경우로 하여 2020년 제1기 부가가치세를 신고.납부하였고, 처분청은 위 감정평가의 비율에 따라 쟁점건물을 가액을 OOO원(공급대가)로 안분계산하여 OOO와 같이 2022.11.7. 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

(6) 쟁점건물의 건축물대장에 의하면 쟁점건물은 공장을 주 용도로 1993.12.18. 사용승인되었고, 2020.11.27. 해체공사 허가신청하여 2021.3.8. 멸실된 것으로 나타난다.

(7) 「부가가치세법」의 관련 규정의 개정내용 및 개정이유는 아래와 같다.

＜2018 간추린 개정세법(「부가가치세법」)＞

＜2021 간추린 개정세법(「부가가치세법」)＞

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법」(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 의하면 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 하고, 부칙에서 이 개정규정은 2019.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 이 건 양수법인이 쟁점건물을 철거할 예정이었으므로 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 하여야 한다고 주장하나, 쟁점부동산은 2020.6.19. 공급되어 위 개정규정이 적용되는 경우에 해당하는 점, 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면 쟁점부동산의 매매대금에 대하여 총액만 정하고 있고, 건물가액에 대해서는 구체적인 기재 없이 감정평가법인의 감정평가금액을 근거로 협의하여 결정하기로 약정한 점, 청구법인이 신고한 가액은 거래 당시 감정평가받은 가액과 비교하였을 때 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 나타나는 점, 「부가가치세법」이 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되어 안분계산의 예외적 경우를 신설하였으나 이 개정규정은 2022.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용하는 것이므로 쟁점부동산의 경우 적용대상에 해당하지 아니하는 점, 청구법인은 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청은 개정된 쟁점규정에 따라 쟁점부동산의 공급가액을 안분계산하여 과세하였고, 쟁점규정과 관련하여 비과세 취지의 공적 견해표명도 확인되지 않는 점 등에 비추어 일괄양도한 쟁점건물 및 쟁점토지의 가액구분에 대해 처분청이 감정가액에 의하여 안분 계산하여 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

부 칙

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2 제1항의 개정규정은 2019년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

(3) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

부 칙 ＜법률 제18577호, 2021.12.8.＞

제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제47조 및 제53조의2 제6항부터 제8항까지의 개정규정은 2022년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.

제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(4) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한

「소득세법」 제99조

에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(5) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한

「소득세법」 제99조

에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

부칙 ＜대통령령 제32419호, 2022.2.15.＞

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.

1. 제42조의 개정규정 : 2022년 6월 16일

2. 대통령령 제31445호 부가가치세법 시행령 일부개정령 제68조 제1항ㆍ제2항의 개정규정, 대통령령 제31445호 부가가치세법 시행령 일부개정령 부칙 제7조ㆍ제12조의 개정규정, 이 영 제89조, 제96조의2 제8항ㆍ제9항 및 제99조의 개정규정 : 2022년 7월 1일

제2조(일반적 적용례) 이 영은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.

(6) 국세기본법

제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.