조심 2022광7809 (2024.03.13)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구문중은 시제 봉행(봉향)과 선영 묘소 수호 보존 등을 목적으로 1991.9.9. 결성된 후, 2011.12.22. 법인으로 보는 단체로 승인된 비영리내국법인이다. 나. 청구문중은 OOO 전라북도 익산시 OOO 임야 OOO㎡ 외 6필지 총 OOO㎡(이하 “전체토지”라 한다)가 2021.7.29. 등에 수용(또는 협의취득)된 것에 대해 「법인세법」 제62조의2 (비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례)의 규정에 따라 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용한 후 2021.9.30. 및 2021.11.30. 법인세 합계 OOO원 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다. 다. 이후 청구문중은 2022.3.7. 2021사업연도 법인세 신고 시 OOO 대지 OOO㎡를 제외한 전체토지에 대해 비과세소득으로 하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 계산하여 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 환급신고하였고, 2022.5.2. 전체토지 양도에 대해 토지 등 양도소득에 대한 법인세뿐만 아니라 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 계산하여 2021사업연도 법인세 수정신고를 하였다(법인세 및 농어촌특별세액의 변동은 없다). 라. 처분청은 2022.5.23.∼2022.5.27. 기간 동안 청구문중의 법인세 신고 적정 여부에 대해 현장확인을 실시한 결과, OOO 전체토지 중 묘지 위치 등에 대해 위성사진으로 확인한 후 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 본 전라북도 익산시 OOO㎡ 등을 제외한 나머지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대해 각 사업연도 소득에 대한 법인세로 과세하고, 쟁점감면의 적용을 배제한 후 2022.6.16. 청구문중에게 2021사업연도 법인세 OOO원(총 결정세액 OOO원) 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원만을 환급하였다. 마. 청구문중은 이에 불복하여 2022.9.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구문중 주장 및 처분청 의견 가. 청구문중 주장 (1) 전체토지는 수용당한 시점까지 선산으로서의 기능을 유지하고 있는 등 3년 이상 계속하여 문중규약에서 정한 고유목적에 직접 사용되었다. (가) 전체토지는 등기부등본에서 확인할 수 있는 바와 같이 1981년 「부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법」(법률 제3094호)에 따라 문중원 A 외 3인에게 등기되었다가, 2007년 같은 법(법률 제7500호)에 의하여 청구문중 명의로 소유권이 이전되었는바, 전체토지에 선조 분묘 34기 및 비석 등이 산재되어 있었다는 것은 수용 당시 보상사업소에서 작성한 물건조서로 확인할 수 있고, 분묘 중 가장 오래된 ‘OOO’자 할아버지(현 문중회장이 10대 후손임) 묘소는 약 300년 이상 되었다는 것을 ‘B’(이하 “세보”라 한다)로 추정할 수 있으며, 매년 음력 3월 3일에 시제사를 모셨는데, 세보에는 ‘OOO’자 할아버지 묘소의 위치를 남당산으로 표기하고 있지만 이곳을 통상 당메산이라 하였는데, 현 D은 상수도 수원지에서 생긴 이름으로 상수도는 일제강점기에 설치된 것이므로 이전에는 다른 이름으로 불리었을 것이다. (나) 전체토지는 수백년 동안 조상 대대로 물려받은 토지로 후손들이 계속 보존·관리하고 있었고, 지금도 현 문중회장이 전체토지 인근에 거주하면서 수용 당시까지 관리해 왔으며, 이는 물건조서로 확인할 수 있는 분묘와 비석, 상석, 향로등, 망주석, 울타리, 출입문 등과 같은 설치물이 여러 지번에 산재되어 있다는 것을 통해 알 수 있다. 또한, 청구문중은 시제사와 같은 문중규약에서 정한 시제봉향을 최근까지 모셨으나, 수용으로 인해 전체토지에 모셔져 있던 선조 묘소를 모두 전라북도 완주군 OOO 선영 수목장으로 이장하였고, 청구문중은 수용당한 시점까지 전체토지를 수익목적으로 제3자에게 임대하거나 이에 지상권을 설정하거나 한 사실 및 전체토지가 저당목적물로 제공된 사실이 전혀 없다는 것을 토지등기부등본으로 확인할 수 있다. (다) 쟁점토지는 여러 개의 지번으로 구분되어 있으나 보상사업소에서 작성한 지도에서 확인할 수 있는 바와 같이 연접한 임야로 행정구역상으로만 구분된 것일 뿐 본래 청구문중 소유의 토지로 하나의 통산(D)을 이루고 있다. 즉, 분묘가 산재되어 있는 OOO는 수용된 후 OOO에서 분할된 것이며, OOO과 연접한 OOO는 청구문중 소유였으나 2007년 5월 전라북도 익산시에 수용되어 OOO에서 분할된 토지임을 토지등기부등본에서 확인할 수 있다. 또한, OOO과 연접한 OOO는 선산을 관리하는 산지기가 기거할 장소를 마련하기 위하여 토지 용도를 임야에서 대지로 변경한 것이며, 청구문중 소유의 OOO 및 OOO과 연접한 OOO은 1933년 12월에 전라북도 익산시에 매매한 것으로 토지등기부등본에는 양도인이 표기되어 있지 않으나 지도를 통한 주변 지형과 당시의 정황으로 볼 때 청구문중 소유였다는 것을 합리적으로 추정할 수 있다. (라) 처분청은 묘지나 시설물만을 제한적으로 문중 고유목적과 관련이 있다고 보는 입장으로 문중회장과의 현장확인을 토대로 과세면적을 산정하였다고 하나, 문중의 선산으로서의 기능 유지를 인정하지 않고 묘지가 없는 지번을 과세하거나, 묘지가 있는 OOO의 경우 전체가 아닌 그 일부만을 자의적으로 과세면적을 산정한 것으로, 청구문중이 조선시대부터 소유·관리하고 있던 전체토지는 임야로서 임야의 특성을 감안할 때 묘지 사용면적으로 과세하는 것은 합리적이라 볼 수 없고, 법률상 규정되어 있지 않을 뿐만 아니라 산정기준 및 방법이 자의적일 수밖에 없는바, 조세법률주의 원칙을 심각하게 훼손하고 있다고 할 것이다. (마) ‘햇볕 잘 드는 따뜻한 명당자리에 조상들을 잘 모셔야 후손들이 복을 받는다’고 생각하는 우리나라의 전통 민간정서 등을 감안할 때, 후손들은 조상을 모시는 장소로 골이 깊은 곳이나, 습기가 있는 곳이나, 햇볕이 잘 들지 않는 곳 등을 기피하기 마련이고, 선산이라고 하면 반드시 명당이 아닌 면적이 존재할 수밖에 없다. 더구나, 청구문중은 선산으로 사용하던 전체토지를 임의로 매각한 것이 아니어서 공익사업의 일환으로 수용당하지 않았다면 전체토지를 계속하여 선산으로 사용하였을 것인바, 미래에 고유목적사업에 사용될 예정면적을 제외하여야 한다는 처분청 의견은 선산으로서의 기능 유지를 인정하지 않는 것으로 이 건에 부합하지 않고, 결국 고유목적사업에 직접 사용하였는지의 여부는 분묘면적이 아닌 전체토지 수용 당시에 조상 분묘의 유지ㆍ보존에 공하는 선산으로서의 기능을 유지하고 있었는지 여부로 판단해야 할 것이다. (바) 결론적으로 ① 청구문중의 선조 분묘가 존치된 전체토지는 토지등기부등본에서 확인할 수 있는 바와 같이 양도일 현재 3년 이상 계속하여 청구문중이 소유하며 고유목적사업에 사용하고 있었고, ② 청구문중은 전체토지를 수용당한 시점까지 인근에 거주하며 관리하고, 시제사를 모시는 등 선산으로서의 기능을 유지하고 있었으며, ③ 여러 개의 지번으로 구분된 연접한 토지를 함께 양도한 경우 조세심판원은 지번이 다른 경우에도 분묘가 소재한 지번과 사용현황이 유사한 경우에는 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다고 한 점(조심 2021인2079, 2021.8.23.) 등으로 보아 쟁점토지는 과세대상에서 제외되어야 한다. (2) 한편, 처분청은 과세면적으로 산정한 쟁점토지에 대해 쟁점감면 적용을 배제하였으나, 조세심판원은 ‘일반적인 양도소득세에서 적용될 수 있는 감면규정은 비영리내국법인에게도 당연히 적용된다고 보아야 한다’고 하였다(조심 2018중2056, 2018.9.4.). (가) 조세법률주의 원칙에 의해 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 법률로서 명확하게 규정하여야 하고, 조세법규의 해석에 있어서도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이며 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용하지 않는 것이며, 쟁점감면 규정의 취지를 생각해보더라도 예정신고 시 적용했던 쟁점감면을 확정신고 시 배제하는 것은 타당하지 않다. (나) 처분청은 감면신청 가능한 대상을 ‘거주자와 비영리내국법인의 경우 예정신고’라는 의견이나, 조특법 시행령 제72조 제8항에 의하면 “감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 「법인세법」 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고 있는바, 감면신청을 하고자 하는 자는 과세연도의 과세표준 신고 시에 하는 것이며, 과세표준 신고는 거주자와 비영리내국법인의 예정신고를 포함한다고 규정하고 있을 뿐이어서 신청 가능한 대상자를 마치 거주자와 비영리내국법인의 예정신고로 한정하는 것은 조세법률주의에 위배된다고 할 것이므로 청구문중이 확정 신고시에 적용한 쟁점감면을 배제할 이유가 없다. (다) 비록, 「법인세법」제55조의2 (토지등 양도소득에 대한 과세특례) 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) 제3항 제2호 나목에 따라 쟁점토지는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전이어서 비사업용 토지에 해당하지 아니하여 법인세 과세대상에서 제외된다면 쟁점감면 적용배제는 쟁점이 되지 아니하나, 설령 쟁점토지의 일부라도 법인세 과세대상이 된다면 쟁점감면 규정은 적용되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구문중이 양도한 전체토지의 처분이익 중 고유목적사업에 직접 사용한 묘지 등이 있는 토지의 면적만을 과세제외한 당초 결정은 정당하다. (가) 청구문중의 대표자 C과 전체토지 중 분묘 등이 위치한 토지를 현장 방문하여 확인하였고, 확인 당시 문중의 묘지는 모두 이장이 끝나 빈 땅에 잡풀이 무성한 상태로 묘지가 있었던 흔적만 남아 있었으며, 전체토지에는 문중과 관련이 없는 전 소유자 등의 묘지가 일부 남아 있었다. (나) 처분청이 현장확인한 당시 쟁점토지에는 청구문중의 묘지 뿐만 아니라 아직 이장하지 않은 제3자의 묘지가 있었고, 묘지 주변은 우리나라 어느 산에서나 볼 수 있는 자연림 상태의 소나무 등이 울창한 숲을 이루고 있어 전체토지 전부를 선산으로 관리하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다. (다) 「법인세법」 제4조 (과세소득의 범위) 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조(수익사업의 범위)는 비영리내국법인의 고정자산 처분수입에 대하여 원칙적으로 법인세 과세대상으로 하되, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 예외적으로 비과세대상에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 이를 확대ㆍ유추 해석하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 전체토지를 단지 지번이 동일하고 연접해 있다는 이유만으로 전체를 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장은 부당하며, 비과세대상에 해당하는지에 대하여는 법문대로 엄격하게 해석되어야 한다. (라) 청구주장처럼 전체토지 전부가 선산이라 하더라도 고유목적사업에 직접 사용된 부동산은 분묘 등이 있는 부지로 한정하여야 하며, 미래에 고유목적사업에 사용될 예정면적까지 포함하여 양도 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 판단하는 것은 조세법률주의를 위반하여 법 규정을 확대ㆍ유추 해석한 것이다. (마) 청구문중은 전체토지 중 OOO 대지는 선산 관리 목적으로 산지기가 기거할 장소를 마련하기 위하여 용도를 대지로 변경하였다고 하나, 설령 용도 변경 당시 목적은 선산 관리라 하더라도 용도 변경 후 양도 당시 계속하여 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않았으므로 과세대상에서 제외할 수 없다. (바) 법원은 “비영리법인이 고정자산을 사용하지 않고 보유만 하고 있는 경우는 과세제외소득에 해당되지 않는 점에 비추어 보면 원고가 이 사건 토지를 수익을 목적으로 하는 임대업 등 다른 목적으로 사용한 사실이 없다는 사정만으로는 원고가 이 사건과 토지를 고유목적사업 자체에 직접 사용하였다고 보기 어렵다”고 판결하였다(광주지방법원 2022.4.7. 선고 2021구합12565 판결). (2) 비영리내국법인이 「법인세법」 제62조의2 제7항에 의한 예정신고를 한 경우 거주자의 양도소득세와 동일하게 쟁점감면의 적용이 가능하나, 청구문중이 「법인세법」 제60조 (과세표준 등의 신고)에 따라 정기신고를 한 것에 대해 쟁점감면을 배제한 처분은 정당하다. (가) 청구문중은 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 쟁점감면을 적용하여 법인세 신고 및 납부를 하였다. (나) 쟁점감면은 거주자가 공익사업용 토지 등을 양도하고 쟁점감면의 요건을 충족하였을 경우 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있고, 조특법 시행령 제72조 (공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면) 제8항에 의하면 쟁점감면을 신청하고자 하는 자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 세액감면신청을 하도록 되어 있으며, 신청가능한 대상을 거주자와 「법인세법」 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다고 규정하고 있다. (다) 비영리내국법인이 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우 비록 법인세로 신고 및 납부를 하나, 「법인세법」 제62조의2 제7항에 의해 「소득세법」을 준용하여 양도소득세와 동일한 방식으로 세액을 산출하기 때문에 거주자와의 형평성을 고려하여 상대적 불이익을 해소하기 위해 쟁점감면이 가능하도록 규정된 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점토지가 청구문중의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용되었는지 여부 ② 쟁점감면( 조특법 제77조 의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)을 배제한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례) ① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) ② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. ③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다. ④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. ⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다. ⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의3을 준용한다. ⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일( 「국가균형발전 특별법」 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다. 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 나. 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지 (3) 조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다. 3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 ⑦ 제1항 제3호에 따른 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제72조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ⑧ 법 제77조제7항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 「법인세법」 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구문중이 제출한 문중회 규약(1991.9.9. 제정, 2021.9.11. 개정 시행)의 일부내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구문중회 규약의 내용

(2) 전체토지의 등기부등본을 보면, 전라북도 익산시 OOO는 1981.6.17. A 외 3명으로 소유권보존되었다가 2007.4.26. 청구문중으로 공유자전원 지분 전부이전된 후 2021.7.29. 소유권이전된 것으로 나타나고, 같은 시 OOO은 1981.6.17. A 외 3명으로 소유권보존되었다가 2007.4.26. 청구문중으로 공유자전원 지분 전부이전된 후 2021.9.16. 소유권이전된 것으로 나타나며, 같은 시 OOO(OOO에서 분할)는 2007.4.26. 청구문중으로 공유자전원 지분 전부이전된 후 2021.7.29. 소유권이전된 것으로 나타나고, 같은 시 OOO는 2007.4.26. 청구문중으로 소유권보존되었다가 2021.7.29. 소유권이전된 것으로 나타난다. (3) 전라북도 익산시장은 2019.12.6. 아래 ＜표4＞와 같은 내용의 도시계획시설사업(D근린공원 민간특례사업) 사업시행자 지정 고시(전라북도 익산시 고시 제2019-145호)를 하였다. ＜표4＞ 전라북도 익산시 고시 제2019-145호의 내용

(4) 청구문중은 전체토지를 사업인정고시일인 2020.6.26.(토지 등 수용사실 확인서상 확인)로부터 5년 이전인 2007.4.26. 취득한 것으로 나타나는바, 처분청은 전체토지의 양도에 대해 토지 등 양도소득은 없는 것으로 보고, 각 사업연도 소득에 대한 법인세만 계산하여 경정한 것으로 나타난다. (5) 처분청이 제시한 전라북도 익산시 D근린공원 민간특례사업 관련 자료를 보면 같은 시 OOO에 있는 총 56기의 분묘 중 청구문중 소유의 분묘는 총 19기 있는 것으로 나타나는 반면, 청구문중이 제출한 물건조서를 보면 같은 시 OOO에 비석 등 뿐만 아니라 청구문중 소유의 분묘가 총 34기가 있는 것으로 나타나는바, 청구문중은 전체토지에 선조의 분묘 및 비석 등이 산재되어 있었다는 증빙으로 분묘 세부내역(후술 ＜별지1＞ 참조)을 제출하였고, 그밖에 분묘 이장사진 및 문중 활동사진, 전체토지 지도(각각 ＜별지2＞ㆍ＜별지3＞ㆍ＜별지4＞ 참조) 등의 자료를 제출하였다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구문중은 전체토지는 그 관리 보존을 위해 울타리와 출입문 등이 설치되어 있는 등 문중규약에서 정한 시제 봉행(봉향)과 선영 묘소 수호 보존에 공하는 선산으로서의 기능을 유지하여 3년 이상 계속하여 고유목적에 직접 사용되었다고 주장하나, 「법인세법」제4조 제3항 제5호는 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 유형자산 등의 처분으로 생기는 수입을 원칙적으로 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산으로서 대통령령이 정하는 것을 예외적으로 비과세대상으로 삼고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제2항은 법인세 과세대상에서 제외되는 고유목적사업에 직접 사용하는 유형자산 등을 해당 자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 말한다고 규정하고 있는데, 이는 비영리법인이라도 보유하고 있는 자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 관계 법령의 취지로, 이와 같은 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것인바, 처분청은 청구문중의 대표자와 함께 현장확인한 결과, 청구문중이 양도한 전체토지 중 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 본 토지는 제외하고 쟁점토지에 대해서만 과세한 것으로 확인되는 반면, 묘지 주변에 자연림 상태의 소나무 등이 숲을 이루고 있는 등을 볼 때 전체토지 전부를 선산으로 관리하였다고 보기는 어렵고, 지번이 연접해 있다는 이유만으로 전체토지 전부를 과세대상에서 제외하기도 어려우며, 쟁점토지가 선산에서 제외되었다고 하더라도 청구문중의 고유목적사업에 특별한 제약이 있다고 보기도 어려운 측면이 있는 점 등에 비추어 쟁점토지가 양도될 당시 3년 이상 청구문중의 고유목적사업에 직접 사용되었음이 충분히 입증되었다고 보기 어려우므로 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구문중은 조특법 시행령 제72조 제8항에서 감면신청을 과세표준 신고 시에 하도록 하면서 괄호에 예정신고를 포함한다고 규정하고 있으므로, 예정신고 시에 적용하였던 쟁점감면이 확정신고 시에도 그대로 적용되어야 한다고 주장하나, 「법인세법」 제62조의2 의 자산양도소득에 대한 신고 특례규정은 비영리내국법인이 특정한 자산양도소득이 있는 경우 각 사업연도소득에 법인세율을 적용하는 통상적인 법인세 방식에도 불구하고 양도차익에 양도소득세율을 적용하는 소득세 방식으로 선택하여 신고할 수 있도록 규정하고 있는데, 청구문중은 당초 소득세 방식으로 신고하면서 쟁점감면을 신청하였다가 결과적으로 법인세 방식으로 신고하여 「법인세법」 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 하였다고 보기 어려우므로 조특법 시행령 제72조 제8항의 적용대상이 아니고, 양도소득세율보다 낮은 세율이 적용됨에 따라 조세부담을 경감받은 것으로 볼 수 있어 조특법 제77조 의 입법취지를 감안할 때, 쟁점감면을 적용하지 아니하는 것이 타당한 것으로 보이므로 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.