조심 2017전3015 (2017.10.11)

OOO세무서장이 2016.12.5. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1973.2.21. 경기도 OOO 답 2,054㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 취득하여 소유하다가 2016.1.21 매매를 원인으로 OOO에게 양도하면서 「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조에서 규정하는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 신청하였다. 나.처분청은 2016.7.18.～2016.8.19. 양도소득세 현장 확인 및 2016.9.19.～2016.10.6. 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 쟁점토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2016.12.5. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2017.2.28. 이의신청을 거쳐 2017.6.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 쟁점토지는 2012년 1월 가설사무실 부지로 임대하기 전에 논으로 사용되던 토지로서 토지 임대차계약에 따라 임대기간 만료 시 임차인이 원상복구하기로 약정되어 있으며, 임차법인의 가설건축물 복구완료 확인서에 첨부된 가설사무실 축조 전, 후와 원상복구 전, 후 사진을 보면 쟁점토지는 양도일(2016.1.21.) 현재 농지라는 사실을 확인할 수 있다. 「농지법」제3조 제1항에 “농지의 소유권을 취득하고자 하는 자는 법 제8조 제1항 및 제4항에 따라 농지취득자격증명을 발급받아 소유권에 대한 등기를 신청할 때에 이를 첨부하여야 한다”고 규정되어 있는바, 쟁점토지의 매수인 OOO는 2016.1.6. 경기도 OOO으로부터 쟁점토지에 대한 농지취득자격 증명을 받았으므로 쟁점토지가 양도일 현재 농지라는 것을 방증한다고 할 수 있다. 「조세특례제한법」제69조 , 같은 법 시행령 제66조 제4항 및 제5항에서농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 100% 감면하며, 이 경우 농지는 양도일 현재의 농지를 말한다고 규정되어 있는바, 비록 쟁점토지가 농지로 원상 복구된 시점(2016.1.10.)과 양도일(2016.1.21.)까지의 기간이 단기간이더라도 쟁점토지는 양도일 현재 농지임이 명백하므로 양도소득세를 감면함이 타당하다. 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지가 농지로 원상복구된 시점과 양도일까지의 기간이 단기간일지라도 양도일 현재 농지임이 명백하다고 주장하나, 쟁점토지는 양도일 직전 48개월 동안 도로공사를 위한 사무실과 식당 및 숙소로 이용되는 가설건축물의 부수토지로 사용한 사실이 있고, 양도계약일인 2015.10.26.에 ‘현 시설 상태에서의 계약’임이 부동산매매계약서에 나타나며, 양도계약일부터 양도일까지 직접 경작에 이용하지 않고 나대지 상태에서 양도한 사실이 양도소득세 조사담당 공무원의 보고서에서 확인되는바, 양도일 현재 공부상의 지목이 농지나 실질적으로 경작물재배가 가능한 토지라도 양도일 현재 경작에 사용되지 않고, 임대기간이 4년으로 일시적 휴경상태도 아니므로 「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제5에서 규정하는 양도일 현재 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역 3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.(각 목 생략) 2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다. ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. 1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준 2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준 3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위 등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다. ② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다. 1. 양도자가 8년(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인 2. 양도자가 8년 이상(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사 법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다. 나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부 원본과 자경증명의 확인 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인이 1973.2.21. 쟁점토지를 취득한 때부터 2012년 1월 가설 사무실 부지로 임대할 때까지의 기간 동안 8년 이상 직접 경작한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (2)처분청의 양도소득세 조사종결보고서 등의 내용은 다음과 같다. (가) 청구인이 쟁점토지 취득일(1973.2.21.)부터 2012.1.1. 임대할 때까지 아버지와 함께 모재기와 콤바인 작업을 하며 벼농사를 지었다는 목격자OOO의 진술과 같이 농지로 사용하고 자경하였음이 확인된다. (나) 청구인은 쟁점토지를 2012.1.1.～2016.1.21. 기간 동안 OOO를 건설하는 ㈜OOO은 쟁점토지 위에 가설건축물 4개동을 축조하여 사무실, 식당, 숙소 등으로 이용하다가 2015.12.1.～2015.12.28. 가건물 철거를 완료하고, 2016.1.10.까지 토사복토 및 농지복구 작업을 했으며, 2016.1.20. 경기도 OOO에 가설건축물 복구완료 확인서를 제출하였다. (다) 쟁점토지의 양수인 OOO에게 문의한바, 매매계약일인 2015.10.26.에 가설건축물이 축조되어 있었고, 건축물 철거 조건으로 매매계약을 하였으며, 2015년 12월 건축물 철거 후 2016.1.21. 잔금을 청산, 소유권 이전등기를 하였고, 2016.1.6. 경기도 OOO청으로부터 농지취득자격 증명을 발급받았다. (라) 청구인은 쟁점토지 취득시기인 1973년부터 1995년 8월까지 약 22년, 2004년 8월부터 2009년 7월까지 약 4년 합계 26년 동안 쟁점토지 소재지에서 거주하였다. (3) 청구인은 임차인인 (주)OOO이 2015.12.1.～2015.12.28. 쟁점토지 위의 가설건축물 철거를 완료하고, 2016.1.10.까지 토사복토 및 농지복구 작업을 하였으며, 양수인이 2016.1.6. 농지취득자격 증명을 발급받았으므로, 쟁점토지는 최소한 2016.1.10.부터는 농지이고, 따라서 2016.1.21. 양도당시 농지라고 주장한다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 감면대상 농지인지 여부를 결정함에 있어서 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 감면 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이나, 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보이는 경우에는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것(조심 2016광4259.4260, 2017.2.17. 같은 뜻임)이다. 쟁점토지는 청구인이 직접 26년간 경작하다가 건설회사에 임대된 점, 이후 4년 정도 건설회사의 가설사무실 부지 등으로 이용되었으나 농지로의 원상 복구 조건으로 임대되어 휴경 상태로 볼 수 있는 점, 쟁점토지는 양도 전에 짧은 기간이나마 농지로 원상 복구하였고, 양도 후에도 양수인이 농지취득자격증명을 받아 실제 농지로 사용한 것으로 보아 양도 당시는 경작에 사용될 수 있는 농지로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아니고, 일시적인 휴경도 아니었다고 보아 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.