조심 2023전9920 (2024.01.23)

서대전세무서장이 2023.7.3. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1.처분개요

가.OOO(이하 “청구종중”이라 한다)은 1981.4.20. 취득한 대전광역시 서구 OOO 전 2,919㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2020.8.10. 대전광역시장에게 양도(공공용지 수용)하고 청구종중의 종중원이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다 하여 2022.12.9. 양도소득세 100% 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 한 후, 쟁점토지가 양도 당시 농지가 아니라는 처분청 안내에 따라 2023.2.23. 8년 자경 감면이 아닌 공공용지 수용감면을 적용하여 양도소득세를 수정신고·납부하였다.

나.청구종중은 2023.4.29. 수정신고한 세액 전액을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 양도 당시 농지가 아니라는 이유로 2023.7.3. 청구종중의 경정청구를 거부하였다.

다.청구종중은 이에 불복하여 2023.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2.청구종중 주장 및 처분청 의견

가.청구종중 주장

(1)쟁점토지 양도 시점에 대전광역시 시설관리공단에 대전시립OOO 주차장 부지로 임대한 것은 사실이나, 임대하기 전에 이미 8년 이상 종중원이 자경을 하였다.

공익목적에 사용하기 위하여 청구인의 의사와 무관하게 농지를 강제로 수용하였고, 양도 당시 농사를 짓지 못한 것에 대하여 청구인에게는 아무런 귀책사유가 없으며, 공부상 지목이 농지임에도 양도 당시 사실상 농지가 아니라는 이유로 감면을 배제하는 것은 자경농지 감면을 규정한 법의 취지에도 어긋날 뿐만 아니라 8년 이상 자경한 농지를 공공의 이익을 위하여 수용하면서 청구인에게 감면배제라는 엄청남 손해를 감수하라고 하는 것은 형평성에도 맞지 아니하며 공공복리를 위한 비례의 원칙에도 위반되므로 전액 환급되어야 한다.

(2)쟁점토지는 양도 당시 농지로 사용되지 않았지만 일시적 휴경농지이므로 농지에 해당한다.

(가)쟁점농지는 임대하기 전에 종중원이 수십 년간 경작하였고, 대전광역시 시설관리공단이 공익목적으로 사용한다는 요구에 의하여 본인의 의사와 무관하게 어쩔 수 없이 일시적으로 임시주차장으로만 사용하도록 임대차계약을 하였고, 임대기간 만료시 직접경작을 목적으로 임차인에게 원상복구의무를 부여하는 내용을 계약조항에 포함시켜 임시주차장으로 임대하여 언제든지 농지로 원상복구가 가능하도록 하였기 때문에 임대기간 동안만 일시적으로 농사작업이 진행되지 않았다는 점이 분명하다.

(나)농지로서의 기능을 회복하기 어려울 정도로 형상이 변화하거나 복구불능의 농경장애가 있는 것이 아니라, 언제든지 비교적 간단한 작업으로 농지로서의 기능이 원상회복되어 경작이 가능한 것이기에 일시적 휴경농지임이 분명하다.

임대기간 동안에도 권한 있는 당국에서 공부상 지목인 전을 계속하여 유지하였다는 점 역시 위 사실을 반증하는 것이라 하겠다.

(3)일시적 휴경농지임에도 감면 배제하는 것은 공공복리를 위한 비례의 원칙에도 어긋난다.

농지로서의 기능을 일시적으로 상실한 것에 불과하여 농지로 원상회복이 용이하게 이루어질 수 있으므로 「농지법」에 의한 농지라고 할 수 있고, 만약 해당 농지를 수용하지 않았다면 계약 조건에 따라 원상 복구하여 농지로서 농작업을 계속하였을 것이며, 더욱이 이러한 상황이 권한 있는 기관에 의하여 초래된 것인데도 불구하고 감면을 배제하는 것은 자경농지 감면을 규정한 법의 취지에 어긋나고 약자에게 일방적 희생을 강제하는 것으로 억울함이 없도록 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다.

나.처분청 의견

(1)청구종중은 2009년 1월 대전광역시 시설관리공단과 쟁점토지 이용에 관하여 연간 토지임대료 OOO원으로 하는 토지임대차계약서를 작성하였고, 그 후 2015.1.9., 2020.1.9.에 토지임대차계약서를 다시 작성하여 토지 임차료를 받았기에 쟁점토지는 실질적으로 양도 당시까지 농지가 아니며 청구종중도 쟁점토지에 관하여 이 사실을 인지하고 있었던 것으로 판단된다.

(2)쟁점토지의 항공사진을 검토한바, 2009년에는 주변 토지와 다르고 차량의 이용흔적이 확인되며, 2010년에는 주차장으로의 토지 이용이 확인되었고, 2011년에는 토지에 파쇄석이 사용되어 실질적으로 농지로 사용할 수 없는 것으로 2020년에 대전광역시에 수용될 때까지 주차장으로 사용되었음이 확인된다.

(3)청구종중은 쟁점토지가 수용일(2020.8.10.) 현재 농지라고 주장하나, 수용 당시 대전광역시청의 보상금 지급조서에는 토지 외에 지장물, 영농보상이 없는바 농작물이 식재된 사실이 전혀 없다.

(4) 청구종중은 과거 쟁점토지에서 8년 이상 자경하였으며 양도 당시 경작하지 못한 사유가 공익목적에 임시주차장으로 사용하였으며 청구종중의 의사와 무관하게 강제로 수용하였다고 주장하나, 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 양도일 현재 농지로서 8년 이상 자경한 경우에 적용되는 사항으로서 쟁점토지는 임대차계약이 체결된 후 임시주차장으로 사용되어 양도일까지 농지로 볼 수 없다.

(5)일시적 휴경이란, 관계법령에 휴경기간에 대한 구체적인 규정과 예시가 없다고 하더라도 일시적 휴경이란 법률상 강제휴경, 부득이한 사유로 인한 영농불가, 기타 계절적인 요인, 자연재해, 재배작물의 변경 등으로 인한 휴경을 의미(심사양도 2004-7006, 2004.12.20., 국심 2006서2753, 2006.12.14., 대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결, 대법원 2015.3.12. 선고 2013도10544 판결 등 참조)한다.

청구인은 쟁점토지가 농지로서의 이익과 임대차계약을 통한 임대이익 중 임대이익을 선택했으며 이는 쟁점토지가 농지로 이용될 수 있었음에도 청구인이 자의적으로 농지로서의 이익을 포기한 것이므로 부득이한 사유의 휴경에 해당하지 않는다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점토지 양도 당시 농지가 아니라 하여 8년 자경 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나.관련 법령

(1)

조세특례제한법 제69조

【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2)

조세특례제한법 시행령 제66조

【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재

「소득세법」제1조의2

제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법」제10조

제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{

「지방자치법」제3조

제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법」제10조

제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는

「소득세법 시행령」제162조

에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우 : 휴경계약일 현재의 농지 기준

(3)

조세특례제한법 시행규칙 제27조

【농지의 범위등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것. 이 경우 법 제70조의2 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우로서 영 제66조 제4항에 따른 농지에 해당하는지를 확인하는 경우 「한국농어촌공사 및

농지관리기금법」제24조의3

제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 해당 농지등을 소유한 것으로 본다.

가.

「전자정부법」제36조

제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기사항증명서 또는 토지대장 등본의 확인

나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

가.

「전자정부법」제36조

제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 초본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

다.사실관계 및 판단

(1)청구종중과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가)청구종중은 대전광역시 시설관리공단과 ‘토지임대차계약’을 체결하면서, ‘임대기간 만료시 직접 경작할 목적으로 임차인에게 원상복구의무를 부여하는 내용을 계약내용에 포함시켰다“고 주장하며 2009.1.21., 2014.1.9., 2015.1.9. 각각 체결한 ’토지임대차계약서‘를 제출하였고, 각 계약서에는 “계약 만료 후에는 임대인의 요구에 따라 원상복구에 따르는 모든 비용은 을이 전액 부담한다”는 내용이 기재되어 있다.

(나)처분청은 청구종중의 쟁점토지 임대료 수취 내역(2015.1.19.부터 2020.8.31.까지)을 제출하였다.

(다)처분청은 쟁점토지 수용 당시 토지 외에 지장물, 영농보상이 없었다며 대전광역시청의 ‘수용재결 보상금 지급조서(OOO)’를 제출하였다.

(라)쟁점토지를 촬영한 항공사진은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

(2)청구종중의 대표 등은 2023.11.22. 개최된 조세심판관회의에 참석하여, “쟁점토지가 10년 이상 주차장 부지로 임대된 것은 사실이나, 대전광역시 시설관리공단에 쟁점토지를 주차장 부지로 임대한 것이 수익을 목적으로 한 것이 아니라, 시설관리공단 측에서 OOO을 찾는 OOO들의 편의를 위해서는 청구종중이 소유한 쟁점토지를 임대하는 것이 가장 바람직하다는 요청을 계속 하였기에 공공의 이익에 기여한다는 취지로 주차장 부지로의 임대를 허락한 것이며, 쟁점토지는 2022년 대전광역시장에게 수용된 후 제대로 된 주차장으로 공사가 되어 현재 OOO의 주차장으로 사용되고 있으나, 청구종중의 임대기간 동안은 제대로 된 주차장 시설이 아닌 파쇄석만 깔린 임시 주차장 형식으로 사용하였고, 임대기간 종료 후 다시 농지로 사용하기 위하여 임대차계약서에 원상회복 의무를 부여해 두었기에 쟁점토지는 공부상 지목뿐만 아니라 사실상 용도도 언제든지 농사를 지을 수 있는 농지에 해당한다”고 진술하였다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지가 2009년 9월부터 대전광역시 시설관리공단에 주차장 부지로 임대가 된 후 양도일인 2022.10.18.까지 장기간 주차장으로 사용되었고, 쟁점토지의 항공사진으로도 쟁점토지가 주차장으로 사용되어 실질적으로 농지로 사용할 수 없는 것으로 보이며, 쟁점토지가 일시적인 휴경에도 해당하지 아니한바 쟁점토지는 양도일 현재 농지에 해당하지 않는다는 의견이다.

그러나 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 감면대상 농지인지 여부를 결정함에 있어서 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 감면 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것(대법원 2005.6.23. 선고 2004두5003 판결 등 같은 뜻임)이나, 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보이는 경우에는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것(조심 2017전3015, 2017.10.11., 조심 2020부1011, 2021.2.5., 대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결 등 같은 뜻임)인바, 쟁점토지의 경우 청구종중이 1981년 취득하여 약 40여년간 보유하였던 본래 지목이 전인 토지로, 2009년 대전광역시 시설관리공단에 주차장 부지로 임대되기 전에는 농지로 사용되었다는 주장에 대하여 처분청에서도 별다른 이의를 제기하지 아니하였고, 주차장으로 임대되고 있는 기간 동안에도 지목이 전에서 나대지 등으로 변경되지 아니하였으며, 쟁점토지 인근의 토지 대부분이 현재까지도 농지로 사용되고 있는 점, 쟁점토지 항공사진을 보면 청구종중이 쟁점토지를 주차장 부지로 임대한 기간 동안에는 주차장이 정식으로 설치된 것이 아니라 파쇄석만 깔린 상태에서 임시 주차장 형식으로 사용된 것으로 보여 임대기간 종료 후 농지로의 원상회복도 그리 어려워 보이지 아니하고, 임대차계약서에도 원상회복 규정을 두었기에 2020년 8월 대전광역시장에게 수용되지 아니하고 임대가 종료되었다면 쟁점토지는 다시 농지로 사용될 토지로 보이는 점 등을 종합할 때 쟁점토지는 농지로서의 기능을 회복하기 어려울 정도로 형상이 변화하거나 복구불능의 농경장애가 있었다 하기 어려워 보이는바 쟁점토지는 양도 당시 일시적 휴경상태의 농지에 해당하는 것으로 보인다.

따라서 처분청이 쟁점토지를 양도 당시 농지가 아닌 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.