조심 2024지0029 (2024.07.17)

경기도 화성시장이 2023.10.4. 청구법인에게 한 2019년도 재산세 등 합계 OOO원, 2020년도 재산세 등 합계 OOO원, 2021년도 재산세 등 합계 OOO원, 2022년도 재산세 등 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 소유한 경기도 화성시 OOO(OOO산업단지 소재) 토지 46,892.6㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 중 6,472㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 공장용 건축물의 부속토지에 해당하지 아니하여 분리과세대상에 해당하지 아니하나 그간 분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 과소 부과한 것으로 보아 2023.10.4. 청구법인에게 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하고

「지방세법」 제111조

제1항 제1호 가목의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 2019～2022년도 재산세 등 합계 OOO원을 아래 ＜표＞와 같이 부과.고지하였다.

＜표＞ 쟁점토지에 대한 재산세 등의 부과 내역

○○○

나. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

「지방세법」 제106조

에서는 토지의 종류에 따라 재산세 과세대상 분류를 규정하고 있고, 공장용지에 대해서는 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에서 ‘제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지’라고 규정하고 있으며, 시행령 제101조 제1항 제1호 나목에서 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지에 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 포함하도록 규정하고 있다.

쟁점토지는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지(OOO산업단지)에 위치하는 토지로서, 이 건 토지에 소재한 OOO공장의 연면적 23,686.4㎡ 및 청구법인이 영위하는 의약용 화합물 및 항생물질 제조업의 기준공장면적률(12%)을 고려하면 OOO공장의 공장입지기준면적은 약 197,386.9㎡로서 이 건 토지의 면적(46,892.6㎡)은 위 기준을 충족하므로 쟁점토지는

「지방세법」 제106조

제1항 제3호 가목에 따른 분리과세대상에 해당한다.

또한 쟁점토지가 속한 이 건 토지는 한 개의 필지로 유기적인 공장구역을 형성하고 있고, 한 개의 담장으로 외부와 분리됨에 따라 모두 OOO공장에서 배타적으로 사용하는 토지에 해당하므로 모두 공장용지에 해당한다.

(2) 청구법인이 영위하고 있는 의약용 화합물 및 항생물질 제조업의 경우 생산 공장 설립 및 운영에 대한 기준은 매우 까다롭다. 미국 FDA 등 선진국 규제기관들은 의약품 품질관리 기준 규정을 엄격히 적용하고 실제 OOO공장에서 운영하고 있는 건물은 모두 위 기준에 따라 관리되고 있는 공장이며, 생산관리, 재고관리, 창고관리 등 엄격한 기준을 적용하여 운용되고 있다.

즉, OOO공장 모든 건축물에 대하여 의약품 제조에 필수적으로 필요한 용도로만 사용이 가능하다. 그러나 OOO공장은 엄격한 관리 기준이 적용되는 의약품 공장이긴 하나 일반적인 제조업을 영위하고 기 때문에 제조용 공장 건축물뿐만 아니라 주차장, 일반 야외 적치장 등의 일반적인 공장 부속용도의 공간 역시 필요하다.

쟁점토지는 OOO공장의 정가운데 위치한 토지로, 생산 공장과 함께 담장으로 외부와 경계되어 있고, 절대 텃밭 등 공장용도와 별도의 용도로 사용될 수 없는 토지이다. OOO공장 운영 이후 공장에서 필요한 목적으로 계속 관리되고 있으며, 이를 통해 취득이후 현재까지 공장에서 필요한 적재장소 등으로 계속 활용되고 있다.

쟁점토지는 2019년 구축물(용매저장시설) 교체 공사에 필요한 컨테이너 및 자재 적재 공간으로 활용되었고, 2021년 상수도 배관 교체 시 발생한 토사 재활용을 위하여 토사 적재 공간으로도 활용되었다. 또한 2021년 OOO공장 화재 사고 발생 당시 화재 처리를 위해 폐기물 적치, 잔존물 적치 등으로 활용하였다. 이는 몇 가지 사례에 해당하며, 쟁점토지는 야적장 등으로 계속 OOO공장에서 사용하였다. 쟁점토지는 포장되지 아니한 상태라 하더라도 일반적인 적재 장소로 활용하기에 아무 문제가 없고, 오히려 OOO공장은 쟁점 토지를 필요시 언제라도 활용 가능할 수 있도록 경계구분, 토지관리(수풀, 잡초 제거 등) 등을 수행하고 있다.

(3) 법제처는

「지방세법 시행령」 제102조

제1항 제1호에서 읍ㆍ면지역, 산업단지, 공업지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지를 분리과세대상으로 규정한 것은 공장의 원활한 설립을 지원하고 산업단지의 합리적 배치를 촉진하기 위하여 공장용 건축물의 부속토지이더라도 부속토지의 면적이 공장입지기준면적 기준을 충족하는 경우에는 공장을 추가적으로 건축하는 것이 가능한 점을 고려하여 조세부담을 경감하여 주려는 데 있다고 해석하였다(법제처-16-0466, 2016.10.4.).

또한 최근 조세심판원에서는 산업단지 내 공장의 경우 토지가 공장입지기준면적 이내의 토지라면, 일부 여유 공간이 존재하더라도 언제든지 부속토지의 용도로 사용할 수 있는 토지에 해당되는 것으로 보아 이를 공장의 효율적인 운영과 전혀 관련이 없는 나대지로 볼 수 없다고 판시하였다(조심 2021지2777, 2022.7.26., 조심 2023지1964, 2023.8.29.).

청구법인의 OOO공장은 산업단지 내에 위치하여 당연하게도 토지 및 건축물의 공장용도 이외 사용이 제한이 되어 있고, 공장 용도로만 사용하여야 한다. 청구법인은 과거 법령에 따라 산업단지 내 공장을 건설하기 위한 토지를 취득하여 공장을 신축하고 공장용도로만 사용하고 있고, 청구법인의 사업계획에 따라 OOO공장의 공장을 순차적으로 건축하고 있다. OOO공장의 생산시설 증가를 위하여 D동 공장을 곧 착공할 계획이고, 쟁점토지 역시 추후 OOO공장의 생산시설 증설이 필요할 경우 우선적으로 공장 건축이 예정된 토지이다.

법제처의 입법취지 해석 및 조세심판원 선결정례에서 비록 일시적으로 사용하지 아니하는 토지라 하더라도 산업단지 등에 위치한 공장 부수토지의 경우 추후 공장 추가 공급, 건물 용도 사용 제한 등에 따라 분리과세대상에 해당할 것이라고 판단하고 있는 점 등을 고려할 때, 쟁점토지를 종합합산과세 대상으로 구분하여 재산세를 부과하는 것은 부당하다.

(4) 청구법인은 항공사진 등 명백한 사용 증거를 제출하였으나, 처분청은 법령상 근거가 없는 이용률 등을 처분 근거로 들고 있다. 이는 조세법의 가장 중요한 원칙인 조세법률주의에 위배되는 것이고, 명백한 근거에 따라 과세를 하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 공장용 건축물의 부속 토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 건축물대장 등에 공장용 건축물의 부속 토지로 등재되어 있는지 여부에 관계없이 그 사실상의 현황이 공장용 건축물의 부속 토지에 해당하여야 하는 점, 분리과세는 경 과세의 필요가 있는 토지에 대해 종합합산 또는 별도합산과세에서 오는 불리함을 보완하고자 그 대상을 한정적으로 규정하고 있는 것(대법원 2013.7.26. 선고, 2011두19963 판결 등)이고, 특정 토지가 분리과세 대상에 해당되는지 여부에 대하여는 더욱 엄격하게 해석하는 것이 조세 형평의 원칙에 부합하는 점 등에 비추어 특정 토지가 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위 내에 해당된다 하더라도 그 전부가 공장용 건축물의 부속토지로 실제 사용되지 않고 있는 이상 분리과세대상으로 구분하기 어렵다(조심 2022지34, 2023.1.26.).

(2) 쟁점토지의 경우 최초 공장이 신축된 2010년 이후부터 2022년까지의 위성사진을 보면 옆 필지와 구분되어 포장되지 않은 나대지 상태이고, 청구법인은 의약품 제조 사업을 영위하는 법인으로 쟁점토지를 사업 운영이나 야적을 위해 필요한 공간으로 사용하였다고 보기 어려우며, 2019.5.13. C동 증축 당시에도 쟁점토지는 나대지 상태였고, 청구법인이 쟁점토지 사용내역으로 제출한 ‘2019년 구축물 공사 컨테이너 공간 활용’ 사진에서도 대부분의 토지는 나대지 상태로, 쟁점토지를 공장시설물에 부속하는 토지라거나 반드시 필요한 토지라고 볼 수 없다.

쟁점토지는 일시적이 아닌 약 12년간 나대지 상태로 확인되는 토지이고, 반대로 청구법인이 쟁점토지에 대하여 적재공간으로 사용하였다고 제출한 자료에 따르더라도 쟁점토지를 일시적으로 사용했을 뿐이며, 설령 사용하였다 하더라도 쟁점토지 중 극히 일부분에 해당되는 면적으로 대부분의 면적은 공장의 효율적 운영과는 관련이 없는 나대지이고, 과거 동일한 토지에 취득세 등의 심판 결정을 받은 사례도 없다.

또한, 2023.10.25. 증축허가 당시 청구법인이 제출한 설계문서 상의 배치도를 보면 쟁점토지는 ‘증축예정부지’로 표시되어 있고, 청구법인 역시 “쟁점토지는 추후 OOO공장의 생산시설 증설이 필요할 경우 우선적으로 공장 건축이 예정된 토지”라고 기재한 바 있음을 고려할 때, 쟁점토지는 신축하지 않은 나대지 상태로 건축물의 부속토지에 해당되지 않는다고 보아야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 공장용 건축물의 부속토지로서 분리과세대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 이 건 토지(46,892.6㎡)의 경우 1개의 필지로 되어있고, 공부상 지목이 전부 공장용지로 되어있으며, 이 건 토지에 소재하는 공장용 건축물의 총 면적 23,686.43㎡에 따라 산출한 공장입지기준면적 범위를 초과하지 아니한다.

(나) 청구법인이 소유한 이 건 토지의 배치도는 아래와 같다.

○○○

(다) 청구법인은 쟁점토지를 2019～2021년 기간 동안 야적장 등으로 사용하였다는 청구주장과 관련하여 쟁점토지에 적치물이 적재되어 있는 사진들을 제출하였다.

(라) 처분청은 쟁점토지는 2019.5.13. 청구법인의 C동 공장 증축 당시에도 나대지 상태였고, 2010～2022년까지의 위성사진을 보더라도 나대지 상태였다는 의견과 관련하여 쟁점토지의 사진을 제출하였고 위 사진들에는 쟁점토지가 나대지 상태로 있음이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)

「지방세법」제106조

제1항에서 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다고 규정하면서 그 제1호에서 종합합산과세대상 토지를 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지로, 그 제3호 가목에서 분리과세대상 토지를 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지로서 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제1항에서 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 공장용지를 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지를 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점토지를 공장시설물에 부속하는 토지라거나 반드시 필요한 토지라고 볼 수 없으므로 이 건 처분은 적법하다는 의견이다.

그러나, 이 건 토지의 경우 1개의 필지로 되어있고, 공부상 지목이 전부 공장용지로 되어있으며, 이 건 토지에 소재하는 공장용 건축물의 총 면적 23,686.43㎡에 따라 산출한 공장입지기준면적 범위를 초과하지 아니하는 점, 이 건 토지는 하나의 울타리 내에 소재하고 있으므로 그 일부가 나대지로 되어 있더라도 이러한 여유 공간이 제조업의 특성상 필요하다고 볼 수 있고, 실제 청구법인이 쟁점토지상에 적치물을 적치한 사실이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지가 공장의 효율적인 운영과 전혀 관련이 없는 나대지라고 볼 수는 없다 할 것이므로 쟁점토지는 공장용 건축물의 부속토지로서 분리과세대상이 되는 공장용지에 해당된다고 보는 것이 타당하다고 판단되는바, 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 청구법인에게 재산세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제7항과

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

(2) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지 : 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지(건축 중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다)로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지

(3) 지방세법 시행규칙

제50조(공장입지기준면적) 영 제102조 제1항 제1호에서 “행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적”이란 별표 6에 따른 공장입지기준면적을 말한다.

[별표6] 공장입지기준면적(제50조 관련)

2. 공장입지기준면적의 산출기준

가. 공장건축물 연면적 : 해당 공장의 경계구역 안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설의 연면적을 포함하되, 무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적은 제외한다)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다.

나. 업종별 기준공장면적률 : 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제8조에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 "업종별 기준공장면적률"에 따른다.

다. 1개의 단위 공장에 2개 이상의 업종을 영위하는 경우에는 각 업종별 공장입지기준면적을 산출하여 합한 면적을 공장입지기준면적으로 보며, 명확한 업종구분이 불가능한 경우에는 매출액이 가장 많은 업종의 기준공장면적률을 적용하여 산출한다.

(4) 공장입지 기준고시(산업통상자원부고시 제2018-162호)

[별표1] 업종변경의 대상이 되는 업종분류 및 기준공장면적률