조심 2020서1614 (2021.08.18)

1. OOO서장이 2020.1.9. 주식회사 AAA에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 AAA 및 BBB에게 지급한 보수 합계 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. OOO서장이 2020.1.8. 주식회사 BBB에게 한 법인세 2014사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원 및 2017사업연도분 OOO원의 각 부과처분은 AAA 및 BBB에게 지급한 보수 합계 OOO원을 손금에 산입하고, 주식회사 BBB가 2014.12.31. AAA으로부터 취득한 주식회사 CCC의 발행주식 OOO주를 평가할 때 주식회사 CCC의 발행주식총수에 자기주식 OOO주를 포함하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 주식회사 BBB(이하 “OOO”라 한다)는 과자류 제조 및 판매업을 하는 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 하고 OOO를 포함하여 이하 “청구법인들”이라 한다)의 지주회사이다.

나. OOO는 2014사업연도부터 2017사업연도까지의 기간 동안, AAA은 2017사업연도에 AAA(지배주주이자 회장으로 등기이사는 아님)에게는 대표이사 CCC(이하 “대표이사”라 한다) 보수의 OOO배에 상당하는 금액을 초과한 금액을 보수로 지급하였고, BBB(AAA의 배우자로 지배주주이자 부회장이며 등기이사는 아님, AAA을 포함하여 이하 “지배주주들”이라 한다)에게는 대표이사의 보수를 초과하여 보수를 지급(지배주주들의 초과보수의 합계액을 이하 “쟁점초과보수”라 한다)하였다.

다. 또한 주식회사 CCC(2015.6.1. OOO에 흡수합병 되었고, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 지배주주인 AAA은 2014.12.31. OOO에게 쟁점법인의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원에 양도하였다.

라. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.5.16.～2019.9.22. 기간 동안 청구법인들에 대한 법인사업자 통합조사를 실시한 결과, 청구법인들이 쟁점초과보수를 정당한 사유 없이 지급하는 한편 OOO가 쟁점주식 양수시 쟁점법인의 발행주식총수(OOO주)에서 자기주식 OOO주(이하 “쟁점자기주식”이라 한다)를 차감하지 아니하는 방법으로 쟁점주식의 1주당 가액을 과소평가하여 쟁점주식을 시가보다 저가 매입한 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점초과보수와 위 쟁점주식을 저가로 매입한 금액을 각 손금불산입 및 익금산입하고 2020.1.8. 및 2020.1.9. 청구법인들에게 아래 ＜표1＞과 같이 법인세를 각각 경정.고지하였다.

＜표1＞ 법인세 경정.고지내역

OOO

마. 청구법인들은 이에 불복하여 2020.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 임원의 직무와 기여도 등에 따라 결정된 쟁점초과보수를 법령상 근거 없이 정당한 사유가 없는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(가) 지배주주들과 대표이사는 동일 직위가 아니므로 이들의 보수를 단순비교하여 쟁점초과보수를 산정함은 불합리하다.

1) AAA 그룹 인사규정상 임원의 직급은 회장, 부회장A, 부회장B, 사장, 부사장, 전무, 상무로 구분하고 있고, AAA은 회장, BBB은 부회장A, 대표이사는 부회장B에 해당한다.

2) AAA 회장은 AAA 그룹 최종 의사결정권자로 미래 성장전략 및 방향성 제시와 경영방침 수립 등의 업무를, BBB 부회장은 제과사업 관련 생산.연구.마케팅 부문 총괄자로 제품 런칭, 광고 등 홍보 마케팅분야와 신제품 개발 업무를, 대표이사는 AAA과 BBB을 보좌하면서 신규사업 개발 및 관리 등의 업무를 수행하였다.

3) 대표이사는 그룹 임원인사, 투자결정 등 중대업무에 대하여 상급자인 지배주주들의 승인을 받아 이사회의 안건으로 상정 및 의결하여 그 책임범위가 지배주주들과 상이하다.

(나) 쟁점초과보수는 정당한 사유가 있는 금액이므로 과세요건을 충족하지 아니한다.

1) 지배주주들과 대표이사는 경력이 달라 역량에 차이가 있고 직위가 달라 성과 및 회사에 대한 기여도도 상이하다.

2) 지배주주들은 40년 넘게 제과업계에 전념하면서 AAA 그룹의 성장동력인 OOO 진출을 성공시켜 회사에 대한 기여도가 크다.

3) 지배주주들은 업무집행지시자로서 상법상 임원과 동일한 법적책임을 부담하고 있다.

4) 대부분의 대기업 집단은 대주주가 등기이사로 등재하지 아니하고 현장방문 등을 통해 구두로 업무지시와 사업결정을 하면서 최상위의 경영권을 행사하고 있다.

5) 지배주주들을 포함한 임원의 보수는 임원인사규정에 의해 산정하고 이사회의 결의로 의결하였다.

6) 청구법인은 지배주주들이 2013년 등기이사에서 사임하고 2014년 입사한 대표이사의 역할이 점차 증대된 점, OOO 사업의 성장세가 둔화되고 2017년에 사드사태로 인하여 OOO에 대한 매출이 급감한 점, 국내의 매출도 정체인 점 등을 고려하여 2015년부터 지배주주들의 보수를 줄여왔다.

(다) 동종업계 임원과 비교하여 쟁점초과보수에 정당한 사유가 없다고 판단한 이 건 과세처분은 법령상 근거가 없어 위법하다.

1) OOO와 OOO은 제일교포들의 법인으로 운영체제가 상이하고, OOO와 OOO은 지주회사 체제가 아니므로 청구법인들과 비교대상으로 부적합하다.

2) ＜표2＞와 같이 매출규모와 기업운용 등에서 유사한 OOO와 비교하면 쟁점초과보수는 정상적인 직무수행의 대가이다.

＜표2＞ 2014년～2018년 보수지급 내역

OOO

(라) 2018년 이사회에서 의결된 보수기준(AAA의 보수는 대표이사의 OOO배, BBB과 대표이사의 보수와 동일)은 해당 연도의 기준에 불과함에도 이를 바탕으로 시장 및 재무상황, 회사기여도가 다른 여타 사업연도까지 소급하여 쟁점초과보수를 산정한 것은 추정과세에 해당하여 부당하다.

(마) 한편 OOO에 대한 동일 쟁점의 선결정례(조심 2019서1913, 2019.10.15.)의 경우 BBB과 대표이사 DDD의 업무가 유사하여 ‘기각’ 결정된 것이므로 지배주주들과 대표이사의 업무가 상이한 이 건과는 사실관계가 다르다.

(2) 비상장주식에 대한 평가는 평가기준일 당시의 확정된 사실관계를 바탕으로 평가하여야 하며, 쟁점법인의 OOO 소재 자회사인 OOO(이하 “쟁점자회사”라 한다)가 쟁점자기주식을 취득할 당시(2008년～2009년)에는 그 취득 목적이 소각이 아닌 보유 목적이었으므로 쟁점주식의 평가 시 쟁점법인의 발행주식총수에서 쟁점자기주식의 수를 차감하여서는 아니되나 이를 차감하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(가) 쟁점자회사는 쟁점자기주식을 소각 목적이 아닌 일시보유 목적으로 취득하였다. 만일 소각할 목적이었다면 쟁점자회사를 거칠 것이 아니라 쟁점법인이 쟁점자기주식을 직접 취득하고

「상법」 제342조

에 따라 지체 없이 소각하였을 것이나 그러하지 아니하였다.

(나) 쟁점자기주식은 취득시기(2008년～2009년)로부터 약 6년 후인 2015.3.17. 소각되었으나 이는 사후적인 결과에 불과하다. 쟁점자회사가 쟁점자기주식 취득 당시에는 소각할지, 보유할지, 매각할지 결정된바 없었고 이후 약 6년간 보유하였으므로 쟁점자기주식을 소각 목적으로 취득한 것으로 볼 수 없다. 만일 소각할 목적이었다면 쟁점법인이 2011.8.30. 유상감자하였을 때 쟁점자기주식을 소각하였을 것이다.

(다) 2014년 OOO청장의 쟁점법인에 대한 주식변동조사시에도 쟁점자기주식의 취득 목적을 소각 목적으로 보지 아니하였다.

(라) AAA은 소유하던 쟁점회사의 발행주식총수 OOO주 중 2008년～2009년 기간 동안 쟁점자기주식(OOO주, 지분비율 OOO%)을 쟁점자회사에 1차 양도한 다음 그 대가로 약 OOO원을 수취하여 양도소득세를 납부하였고, 2014.12.31. 나머지 쟁점주식(OOO주, 지분비율 OOO%)을 OOO에 2차 양도한 다음 그 대가로 OOO원을 수취하여 양도소득세를 납부하였음에도 처분청은 2차 양도분의 1주당 주식가액을 평가함에 있어 쟁점법인의 발행주식 총수(OOO주)에서 쟁점자기주식(OOO주)를 차감하여 쟁점주식의 단가를 산정함으로써 2차 양도시 마치 AAA이 지분 OOO%를 양도하고 쟁점발행회사 전부의 가치 OOO원을 모두 수령한 것처럼 과세하였으므로 이는 이중과세에 해당하여 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 지배주주들은 대표이사와 유사 직위에 있는바, 대표이사 보수의 OOO배를 초과한 AAA의 보수와 대표이사 보수를 초과한 BBB의 보수는 정당한 보수가 아니므로 이를 손금불산입한 이 건 과세처분은 정당하다.

(가) 2011년 AAA 그룹 검찰조사를 계기로 회사의 문제점을 바로잡기 위하여 지배주주들이 AAA 그룹의 모든 등기이사에서 물러나고 이후 이사회에 참여하거나 회사문서에 결재한 사실이 없는 점, 이후 영입된 대표이사는 AAA 그룹 총괄 업무를 수행하면서 자금집행 등의 결재, 그룹 핵심전략 수행, 이사회 참석 및 의사결정에 대한 법적책임을 다한 점 등으로 볼 때 지배주주들의 업무는 대표이사의 업무와 유사하여 동일직위에 있는 것으로 봄이 타당하다.

(나) 청구법인들의 임원 인사규정, 임원 성과급 지급기준은 구체성이 없고 지배주주들에 대한 보수가 경영성과와 관련 없이 매년 유사하게 지급된 점, 지배주주들은 등기이사가 아니어서 대표이사보다 그 책임의 수준이 낮음에도 대표이사보다 OOO배의 높은 보수를 지급받은 점, 청구법인들은 지배주주들의 권한과 그에 상응하는 책임이 무엇인지를 구체적으로 입증하지 못하고 있는 점, 청구법인들의 동종업계 임원급여에 비해 지배주주들의 보수가 과다하여 보수의 형식을 취한 이익처분으로 보이는 점, OOO의 자회사인 DDD 주식회사와 주식회사 EEE 및 쟁점법인에 대한 세무조사에서도 유사한 사항이 확인되어 과세된 점, 청구법인들은 지배주주들에 대한 보수를 과다지급하다가 보수의 불균형을 해소하기 위해 2018년에 이르러서야 이를 정상화(2019년도에도 2018년과 같은 방식으로 급여 지급)한 점, 청구법인은 지배주주들의 보수산정과 관련한 구체적인 업무집행 내역 및 평가내역을 제출하지 못하고 있는 점, 동종업계에 지배주주인 임원들의 급여에 비해 지배주주들에 대한 보수가 과다한 점 등에 비추어 쟁점초과보수는 정당한 보수에 해당하지 아니한다.

(다) AAA 회장은 2014∼2018년 기간 동안 해외매출 증가에 대한 기여도를 반영하여 OOO 현지법인으로부터 OOO원, OOO 현지법인으로부터 OOO원의 급여를 수령하였고, BBB 부회장은 OOO 현지법인으로부터 OOO원, OOO 현지법인으로부터 OOO원의 급여를 각각 수령한 반면 CCC 부회장은 해외 법인으로부터 급여를 수령한 사실이 없다.

(2) 소각이나 자본감소 목적으로 취득한 자기주식은 비상장주식 평가시 발행주식총수에서 차감하는 것이므로 쟁점자기주식을 쟁점법인의 발행주식총수에서 차감하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(가) AAA은 쟁점법인을 실질적으로 지배하는 1인 주주로 쟁점법인의 지배력을 유지하기 위해 쟁점자기주식을 쟁점법인의 OOO 쟁점자회사에게 양도한 다음 쟁점법인으로 하여금 이를 다시 매입하도록 하여 2015.3.17. 실제 소각한 것으로 회계처리하였으나, 쟁점법인과 쟁점자회사는 사실상 동일 법인으로 쟁점자기주식을 매입할 수 없는 것이었다.

(나) AAA에 대한 검찰의 피의자 심문조서OOO를 보면, 쟁점자회사는 AAA이 쟁점법인의 차명주식을 이전하기 위해 설립한 회사로 AAA은 2014.12.31. 쟁점주식을 OOO에게 양도하는 방식으로 쟁점법인을 OOO에 합병시켰다고 진술한 점, OOO의 2014.12.1. 기획/재무담당 워크샵 자료에서 AAA이 합병계획을 추진하고 있었던 사실이 나타나는 점, 2014.11.11. 공시한 AAA과 쟁점법인 합병 추진설에 대한 조회공시 답변 등에 비추어 쟁점법인은 이미 쟁점자기주식을 소각할 계획을 가진 것으로 보인다.

(다) AAA은 쟁점자기주식을 쟁점자회사에 양도할 때에도 쟁점법인의 지배력이 OOO%였고, 쟁점주식을 OOO에 양도할 때에도 지배력이 동일하게 OOO%이었으므로 쟁점주식의 가치는 쟁점법인의 전체 가치인 OOO원임에도 OOO는 AAA에게 OOO원만 지급하여쟁점주식을 저가로 매입하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점초과보수가 손금산입 대상이라는 청구주장의 당부

② 쟁점주식 평가시 쟁점자기주식이 쟁점법인의 발행주식총수에 포함되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 일부개정된 것)

제43조(상여금 등의 손금불산입) ① 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금(제20조 제1항 각호의 1에 해당하는 성과급을 제외한다)은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

가. 친족(

「국세기본법 시행령」 제1조의2

제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

(3) 상속세 및 증여세법(2011.12.31. 법률 제11130호로 일부개정된 것)

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22042호로 일부개정된 것)

제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(

「소득세법 시행령」 제158조

제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다.

(5) 상법(2011.4.14. 법률 제10600호로 일부개정되기 전의 것)

제341조 (자기주식의 취득) 회사는 다음의 경우 외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다.

1. 주식을 소각하기 위한 때

2. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업전부의 양수로 인한 때

3. 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 때

4. 단주의 처리를 위하여 필요한 때

5. 주주가 주식매수청구권을 행사한 때

제342조 (자기주식의 처분) 회사는 제341조 제1호의 경우에는 지체없이 주식실효의 절차를 밟아야 하며 동조 제2호 내지 제5호와 제341조의3 단서의 경우에는 상당한 시기에 주식 또는 질권의 처분을 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 지배주주들은 법인등기부상 이사가 아니고 OOO의 지배주주이며, 대표이사는 2015.3.27.～2017.6.1. 기간 동안은 OOO의 등기이사로 2017.6.1.부터는 대표이사로 재직 중이다.

(나) 대표이사는 OOO의 내부문서를 최종 결재하였고, 지배주주들은 내부문서에 결재하지 아니하였다는 점에 대해서는 다툼이 없다.

(다) 2017.6.1. 제정된 AAA의 ‘임원 인사규정’을 보면, 임원의 직급은 회장, 부회장A, 부회장B, 사장, 부사장, 전무, 상무로서 7단계로, 연봉은 기본연봉과 인센티브로 구분되며, 기본연봉은 직급별 평가등급에 따라, 인센티브는 직급별 경영성과 및 관리이익 등에 따라 다르게 책정된 것으로 나타난다.

(라) AAA의 ‘임원성과급 지급 승인의 건’에 대한 이사회 의사록을 보면, AAA의 매출계획 대비 실적을 평가하고, 관리이익 증가액에 임원인사규정 제6조와 제6조의2에 따른 지급률 등을 적용하여 지배주주들과 대표이사의 성과급을 결정한 것으로 나타난다.

(마) 2018.1.16. 개최된 이사회 의사록 중 ‘임원 인사규정 개정 승인의 건’을 보면, 이사회는 아래 ＜표3＞과 같이 기본연봉을 조정하는 등의 개정을 한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 기본연봉 조정 내역

OOO

(바) 지배주주들과 대표이사에 대한 급여 지급내역은 아래 ＜표4＞와 같고, 동종업계 임원 보수내역은 아래 ＜표5＞와 같으며, 쟁점초과보수의 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표4＞ 연도별 보수 지급내역 및 경영실적

OOO

＜표5＞ 2014년～2018년 동종업계 임원 보수 지급내역

OOO

＜표6＞ 쟁점초과보수 내역

OOO

(사) AAA은 2010년말 기준으로 쟁점법인의 주식 OOO주를 모두 차명으로 보유하였으나, 2011.8.30. DDD(주) 보유주식 OOO주와 EEE의 보유주식 OOO주를 유상감자하고 2011.12.1. 차명주식 OOO주를 본인 명의로 환원하여 쟁점법인의 1인 주주(OOO주)가 되었다.

(아) AAA은 2008년～2009년 기간 동안 쟁점자회사에 쟁점자기주식 OOO주(2008.4.16. OOO주, 2008.10.14. OOO주, 2009.8.24. OOO주)를 OOO원에 양도하였다.

(자) OOO청장은 2011년 10월 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 쟁점자회사의 실체가 없는 것으로 보고 쟁점자기주식 양도거래를 쟁점법인이 자기주식 OOO주를 취득한 거래로 보아 주식취득자금 OOO원을 익금산입(유보) 처분하였다.

(차) OOO청장은 2014년 4월 쟁점법인이 쟁점자기주식을 저가매입한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점법인에게는 법인세를, AAA에게는 양도소득세를 과세하였다.

(카) AAA이 2014.12.1. 작성한 ‘기획/재무담당 워크샵’ 자료에 의하면, AAA은 2014년 8월 이후 조직 효율성 향상을 위해 쟁점법인을 OOO에 합병하는 방안을 준비한 것으로 나타난다.

(타) AAA이 2014.11.11. 공시한 ‘AAA과 쟁점법인 합병 추진설에 대한 조회공시 답변’을 보면, AAA은 쟁점법인과의 합병과 관련하여 검토 중에 있으나 그 공시일까지 확정된 내용이 달리 없음을 밝힌 바 있다.

(파) AAA은 2014.12.31. OOO에게 쟁점주식을 OOO원에 양도하면서 쟁점법인의 발행주식총수를 OOO주로 하고 「상속세 및 증여세법」상 비상장주식 평가방법에 따라 쟁점주식의 1주당 가액을 OOO원으로 산정하였다.

(하) 조사청은 쟁점법인이 발행한 주식의 총수를 OOO주가 아니라 OOO주(발행주식총수 OOO주 - 쟁점자기주식 OOO주)로 보아 1주당 OOO원으로 재평가하여 이 건 과세처분을 하였다.

(거) 쟁점법인은 2015.3.9. 쟁점자회사로부터 쟁점자기주식 OOO주를 매입하고 2015.3.17. 소각하였다.

(너) OOO는 2015.6.1. 쟁점법인을 흡수합병하였다.

(2)

「법인세법」 제26조

제1호는 “인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제43조 제3항은 “법인이 지배주주등인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 있다.

법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되는 것이나 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한

「법인세법」 제26조

및 같은 법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로

「법인세법 시행령」 제43조

에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 할 것이다. 그리고 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다 할 것이다(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결, 같은 뜻임).

또한 동일직위에 있는 임원은 법인등기부상 직위에 관계없이 회사 내부조직체계상 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로, 정당한 사유는 지배주주등인 임원의 경영실적, 담당업무의 성질·중요도·소요 시간，책임의 경중，법인의 재무현황，건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성 기준으로 판단하여야 할 것이다(OOO법원 2014.3.15. 선고 2012구합29240 판결, 같은 뜻임).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 처분청은 지배주주들이 대표이사와 유사 직위에 있으므로 대표이사 보수의 OOO배를 초과한 AAA의 보수와 대표이사 보수를 초과한 BBB의 보수는 정당한 보수가 아니라는 의견이나, AAA의 ‘임원 인사규정’상 지배주주들은 회장과 부회장A에 해당하고 대표이사는 부회장B에 해당하여 해당 직급과 성과에 따라 그 보수가 다르게 책정되어 있는 점, 지배주주들은 대표이사보다 상위 직급에 있고 대표이사는 지배주주들에게 보고를 하는 등 상하관계에 있는 것으로 보이는 점, 지배주주들의 보수는 ‘임원 인사규정’에 따른 관리이익 등에 의해 결정되고 있어 영업실적과 관계가 없다고 보기도 어려운 점, 지배주주들은 AAA그룹에 오랜 기간 재직하여 AAA의 발전에 기여한 바가 있음에도 재직기간이 짧고 업무가 한정적인 대표이사와 같은 수준의 급여를 지급하는 것도 합리적이지 않은 점, 지배주주들은 그룹의 전반적인 경영의 위험부담을 안고 있어 이러한 위험을 부담하지 아니하는 전문경영인과 그 보수를 비교하여 이루어진 과세처분에 경제적 합리성이 부족해 보이는 점(조심 2019서812, 2020.1.3. 참조), AAA과 매출액 규모가 유사하고 동일한 지주회사 체제인 OOO의 사주에 대한 보수는 영업이익 대비 OOO%이고 지배주주들의 1인당 영업이익 대비 보수 비중은 OOO%로서 높은 수준으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인들이 지배주주들에 대한 보수를 정당한 사유가 없이 지급한 것으로 보기는 어렵다고 하겠다. 따라서 청구법인들이 AAA 및 BBB에게 지급한 보수를 손금불산입하여 각 사업연도의 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점자기주식이소각 목적으로 취득한 자기주식에 해당하므로 쟁점주식을 평가할 때 쟁점법인의 발행주식총수에서 쟁점자기주식 수를 차감하여야 한다는 의견이나, AAA이 쟁점법인의 발행주식 OOO주를 쟁점자회사 및 OOO에게 총 2회(2008년～2009년 OOO주 1차 양도, 2014.12.31. OOO주 2차 양도)에 걸쳐 양도하고 각각의 대금을 수령하였음에도 조사청은 1차 양도분 주식수를 쟁점법인의 발행주식총수에서 제외함으로써 2차 양도시에는 쟁점법인의 지분 전부를 양도한 것으로 보아 과세하게 되는 결과가 되어 불합리해 보이는 점, 2014년 4월 조사청에서도 쟁점법인이 쟁점자기주식을 저가매입한 것으로 보아 쟁점법인에게 법인세를 과세하면서 쟁점자기주식을 쟁점법인의 발행주식총수에 포함하여 1주당 가액을 산정한 것으로 보이는 점, AAA그룹은 2008년～2009년 기간 동안 쟁점자기주식을 매입한 이후 약 5년이 경과한 2014년에 이르러서야 쟁점법인을 OOO로 합병하는 방안을 추진한 것으로 보여 쟁점자기주식을 소각 목적으로 취득하였다고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점주식을 평가할 때 쟁점법인의 발행주식총수에 쟁점자기주식을 포함하는 것이 타당하다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점법인의 발행주식총수에서 쟁점자기주식을 제외하여 쟁점주식을 평가한 이 건 과세처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.