조심 2015서5856 (2016.03.22)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1987.11.25. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였고 이 주택은 2010.8.26. 주택재건축을 위한 관리처분계획 인가를 받았으며, 이와 관련하여 OOO의 입주권(이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)을 취득하여

2015.2.24. 쟁점조합원입주권을 OOO원에 양도하고 2015.4.27.쟁점조합원입주권이 1세대 1주택 비과세요건을 충족한 것으로 보아 전체 양도차익 중 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구인은 2015.6.9. 1세대 1주택의 OOO원 초과 고가주택으로 의제되는 조합원입주권은 관리처분계획 인가일 전후 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 계산하여야 한다고 하며 양도소득세 OOO원에 대하여 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2015.8.11. 쟁점조합원입주권의 관리처분계획 인가일 전후 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 신청한 경정청구는 적법하지 않다는 이유로 청구인의 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2015.8.25. 이의신청을 거쳐 2015.12.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

장기보유특별공제와 관련하여 관리처분계획인가일 전 양도차익으로 한정되는 조합원입주권은 「소득세법 시행령」제155조 제17항의 요건을 충족하지 못해 「소득세법」제94조 제1항 제2호에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리로 분류되는 조합원입주권에 한한 것이고,

「소득세법 시행령」 제155조 제17항의 요건을 충족하여 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 주택으로 의제되는 경우에는 「소득세법」 제94조 제1항 제1호로 의제된 것이므로 쟁점조합원입주권의 장기보유특별공제 적용대상 양도차익은 전체 양도차익으로 보아야 하고 장기보유특별공제율은 「소득세법」제95조 제2항 단서에 의하여 1세대 1주택에 해당하는 10년 이상 OOO%를 적용하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

「소득세법」 제95조 제2항 본문에서 조합원 입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다고 규정되어 있고,

같은 항 단서 및 같은 법 제159조의3에서 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 대상을 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)으로 명확하게 규정되어 있으므로 「소득세법 시행령」 제155조 제17항에 따른 1세대 1주택으로 보는 조합원입주권 양도시 장기보유특별공제는 관리처분계획인가 전 양도차익에 한정하여 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점조합원입주권의 장기보유특별공제 적용시 관리처분계획인가일 전·후의 모든 양도차익에 대하여 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(2) 소득세법 시행령 제154조[1세대1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

제155조[1세대 1주택의 특례] ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.(후단 생략)

(17) 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대{「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다}가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택으로 본다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

제155조의2[장기저당담보주택에 대한 1세대 1주택의 특례] ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 다음 각 호의 요건을 갖춘 장기저당담보대출계약을 체결하고 장기저당담보로 제공된 주택(이하 이 조에서 "장기저당담보주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 계약체결일 현재 주택을 담보로 제공한 가입자가 60세 이상일 것

제156조[고가주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

제156조의2 [주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례] ① 법 제89조 제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 제154조에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 "대체주택"이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주하여야 한다.

3. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것

⑩ 제155조 제6항 제1호에 해당하는 주택과 그 밖의 주택(이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다) 및 조합원입주권을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 일반주택과 조합원입주권을 소유하고 있는 것으로 보아 제3항 내지 제5항의 규정을 적용한다.

제159조의3[장기보유특별공제] 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

제160조[고가주택에 대한 양도차익등의 계산] ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 : 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × (양도가액 - 9억원)/양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 : 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × (양도가액 - 9억원)/양도가액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 “주택재건축사업 관리처분계획인가”의 OOO 고시 내용을 살펴보면 2010.8.26. OOO은 「도시및주거환경정비법」제49조 규정에 따라 “OOO주택재건축정비사업”이 관리처분계획인가 처리되어 고시하였음이 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 “조합원별 동호수 추첨결과 및 분담금 안내”에 따르면 청구인은 추첨결과에 따라 쟁점조합원입주권을 취득한 것으로 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점조합원입주권에 대한 매매계약서를 제출하였고, 그 내용을 보면, 쟁점조합원입주권을 OOO원(=매매계약서상 매매대금 OOO원-매수인이 승계한 미불입 조합원 분담금 OOO원)에 양도하였고, 2015.2.24.에 잔금을 지불하기로 한 것으로 되어있다.

(4) 청구인의 양도소득세 신고내용에 대하여 보면, 청구인은 1987.11.25. 종전주택을 OOO원에 취득하고 쟁점조합원입주권을 관리처분계획 인가일인 2010.8.24.에 OOO원으로 평가하여 양도가액으로 신고하면서 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여 양도소득금액 OOO원으로 신고하였고, 2015.2.24. 쟁점조합원입주권 OOO원을 양도가액으로, OOO원을 취득가액으로 신고하면서 장기보유특별공제한 금액은 없는 것으로 하여 OOO1원을 납부할 세액으로 양도소득세를 신고하였다.

이 때 청구인은 쟁점조합원입주권 양도 당시 1세대 1주택을 보유하였고 시가 OOO억을 초과하므로 고가주택으로 양도소득세과세표준 신고를 하면서 양도소득금액계산명세서의 ‘관리처분계획인가 후 양도차익’의 계산시 장기보유특별공제를 적용하지 않은 것으로 나타난다.

(5) 처분청은 청구인이 2015.6.9. 관리처분계획 인가일 이후 양도차익에 대해서도 장기보유특별공제를 적용하여 달라며 접수한 경정청구에 대하여 “조합원입주권을 양도하는 경우의 장기보유특별공제 대상 양도차익은 「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하는 것으로 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용한 경정청구는 적법하지 않음”으로 경정청구 결과통지를 하였음이 나타난다.

(6) 청구인은 아래와 같은 논거 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 주장한다.

(가) 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 비과세 대상소득은 법소정의 주택과 주택부수토지의 양도소득으로 한정된다.

(나) 「소득세법 시행령」 제155조 제17항에 해당하는 조합원입주권은 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 가목(부동산을 취득할 수 있는 권리)에도 불구하고 「소득세법 시행령」 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택으로 보는데,

이처럼 조합원입주권이 아닌 1세대 1주택으로 의제된 이유는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 양도소득세 비과세 대상이 되려면 주택과 그 부수토지의 양도소득에 해당되어야 하기 때문이다. 따라서 관리처분계획인가 전·후 차익을 불문하고 전체 양도차익이 주택과 그 부속토지의 양도소득으로 의제된 것이다.

1) 「소득세법 시행령」 제155조 제17항은 1999년 신설된 규정으로 그 개정 취지는 “재개발ㆍ재건축 조합원이 아파트(주택)분양권 양도시 관리처분계획의 인가일 현재 기존주택이 1세대 1주택 3년 이상 비과세 요건에 해당하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우 비과세하여 줌으로써 일반주택 양도와의 형평성 유지 및 서민가계를 지원함”이라고 되어 있다.

2) 그런데, 모법인 「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 주택과 그 부수토지의 양도소득에 대해서만 비과세 양도소득으로 언급하고 있기 때문에 조합원입주권의 양도소득은 원칙적으로 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 비과세 양도소득이 될 수 없다.

「소득세법 시행령」 제155조 제17항은 동항에서 규정한 요건을 충족한 조합원입주권을 1세대 1주택으로 의제함으로써 조합원입주권의 양도소득을 주택과 그 부수토지의 양도소득으로 전환시킴으로써 「소득세법 시행령」 제155조 제17항의 요건을 충족한 조합원입주권의 양도소득의 경우 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 비과세 양도소득이 될 수 있다.

3) 따라서, 「소득세법 시행령」 제155조 제17항의 요건을 충족한 조합원입주권의 양도소득은 조합원입주권의 양도소득이 아닌 주택과 그 부수토지의 양도소득으로 취급해야 한다.

(다) 쟁점조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 1세대 1주택으로 의제되어 실지 양도가액이 OOO원을 초과하므로 고가주택에 해당된다.

1) 쟁점조합원입주권은 관리처분계획인가일(2010.8.26.) 현재 2년 이상 보유한 상태이고(취득일 1987.11.25.) 양도일 현재 다른 주택이 없으므로(거주지는 전세주택) 「소득세법 시행령」 제155조 제17항 제1호에 해당되어 부동산을 취득할 수 있는 권리가 아닌 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 1세대 1주택으로 보도록 의제되었다.

2) 그런데, 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 1세대 1주택으로 의제된 쟁점조합원입주권은 양도가액이 OOO원을 초과하므로 결국 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 「소득세법 시행령」 제156조 제1항에 의하여 비과세 대상에서 제외되는 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 OOO원 초과 고가주택으로 의제되고, 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 OOO원 초과 쟁점조합원입주권의 양도차익은 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 OOO원 초과 고가주택의 양도차익으로 보아야 한다.

3) 그렇다면, 쟁점조합원 입주권의 양도차익 및 장기보유특별공제는 「소득세법 시행령」 제160조에 의한(고가주택에 대한 양도차익 등의 계산) 규정에 의하여 계산할 수밖에 없다.

4) 「소득세법」 제95조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제159조의3·제155조 제17항을 모두어 보면, 쟁점조합원입주권은 「소득세법 시행령」 제159의3에서 언급한 경우에 해당되므로 「소득세법」 제95조 단서 규정에 의하여 표2에 의한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다. 즉 전체 양도차익이 주택과 그 부수토지의 양도소득으로 의제된 것이므로 전체 양도차익에 대해 표2에 의한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다.

(라) 「소득세법 시행령」 제155조 제17항의 비과세 요건을 갖춘 조합원입주권은 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권이 아닌 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 주택으로 의제되었으므로 장기보유특별공제 적용시에도 「소득세법」제94조 제1항 제1호로 보아 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 하고(국심 2007서437, 2007.4.4., 국심 2006서3445, 2006.12.22., 국심 2006중590, 2006.6.30. 외 다수),

「소득세법 시행령」 제155조 제17항의 비과세 요건을 갖추지 못한 조합원입주권은 「소득세법」제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권에 해당되므로 관리처분계획인가일 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

(7) 2012년말 「소득세법」 제95조 제2항 중 괄호 부분인 “조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다”는 규정이 신설(2013.1.1.부터 시행)되었는데,

그 개정취지를 보면, “장기보유특별공제는 토지ㆍ건물 양도시만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 적용되지 않으나, 재개발ㆍ재건축 관리처분계획인가 승인시점에서 주택을 보유한 자가 추후 조합원입주권 양도시 멸실 전 주택분 양도차익에 대해서는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것이므로 장기보유특별공제를 적용”하는 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 장기보유 특별공제액을 규정한 「소득세법」제95조 제2항은 본문과 단서 조항으로 구성되어 있고, 본문에서는 그 대상을 부동산(토지 또는 건물)과 부동산을 취득할 수 있는 권리 중 조합원입주권으로 제한하면서 표1과 같이 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율OOO을 곱하여 계산한 금액을 각각 공제하고 있는데,

조합원입주권의 경우 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있는바, 단지 단서 조항에서 1세대 1주택의 경우 표2와 같이 보유기간별 공제율을 OOO%로 상향하여 적용하고 있는 점을 감안할 때 본문은 장기보유 특별공제액의 범위를 확정한 것이고, 단서 조항은 표1에 대한 공제율의 예외 조항으로 보이는 점,

장기보유 특별공제액은 기본적으로 권리에 대해서는 적용하지 않지만, 조합원입주권의 경우 그 특성 등의 이유로 제한적으로 그 대상에 포함된 것으로 보아야 하고, 개정취지도 조합원입주권의 관리처분계획인가 전 양도차익 부분으로 국한한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점조합원입주권의 관리처분 인가일 전후 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 신청한 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.