조심 2010전4070 (2012.01.16)

OOO세무서장이 2010.8.27. 청구법인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 OOO원 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 소재 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 OOO 선로 등 사용용역(이하 “선로사용용역”이라 한다)을 공급받고 사용료(이하 “선로사용료”라 한다)를 지급하는 한편, OOO 소유의 OOO 선로 등에 대하여 고속OOO 유지.보수 수탁 용역을 제공하고 유지보수비(이하 “유지보수비”라 한다)를 지급받았다.

나. 청구법인은 2008.5.9. OOO과 OOO 선로 등 사용계약을 체결하였고 선로사용료에 대한 2008년 제1기 공급가액을 같은 기간의 유지보수비와 동액인 OOO백만원으로 하여 처분청에 부가가치세를 신고하였으나, 2008년 6월 처분청의 OOO에 대한 정기 세무조사 중 2008년도 제1기 선로사용료분 공급가액은 유지보수비가 아닌 OOO 영업수입의 31%가 타당하다는 세무조사반의 권고에 따라, OOO은 2008.9.12. 신고누락된 2008년 제1기 예정분 공급가액 OOO백만원, 2008년 제1기 확정분 공급가액 OOO백만원을 수정신고.납부하였고, 2008.9.19. 청구법인은 수정 증액된 공급가액에 부가가치세를 포함한 금액인 OOO백만원을 OOO에 지급하였으나, 처분청에 해당 매입세액 공제를 구하는 경정청구는 하지 아니하였다.

다. 청구법인은 2008년 제2기 예정분 부가가치세 신고시 선로사용료 공급가액을 예상영업수입의 31%로 하여 2008.9.30. 2008년 제2기 예정분 선로사용 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)의 공급가액 OOO백만원을 신고하였으며, OOO은 2008.9.19. 선로사용 용역의 공급시기에 관하여 국세청장에게 질의하였으며, 국세청장은 2008.11.28. “선로사용료의 공급시기는 사용료의 각 부분을 받기로 한 때”라는 취지의 회신을 하였고(부가가치세과-4475), OOO은 이에 근거하여 2008.12.10. 위 수정 신고한 매출세액에 대하여 경정을 청구하였으며, 처분청은 2009.1.23. 당해 매출세액을 환급하였다.

라. 2010.1.12. 처분청은 국세청의 처분청에 대한 종합감사 지적에 따라 선로사용료 관련 「부가가치세법」상 공급시기와 공급가액에 대하여 국세청 법규과에 과세기준 자문신청을 의뢰하였고, 2010.3.30. “2008년의 경우 선로사용료의 공급시기는 실제 영업수익의 31%를 확정하여 정산하는 때”라는 취지의 자문회의 결과에 따라, OOO이 청구법인에게 발행한 쟁점용역 관련 세금계산서는 공급시기 이전에 발행된 선세금계산서에 해당하며, 당해 선세금계산서상 공급가액의 일부 금액인 OOO백만원(이하 동 금액에 해당하는 세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)을 세금계산서 교부일로부터 7일 이내에 대가를 수수하지 아니하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 청구법인에 대하여 2008년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정.고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 OOO으로부터 제공받는 쟁점용역이 공급단위를 구획할 수 없는 용역으로서 계속적으로 공급받은 경우에 해당한다는 것에 대하여는 처분청과 이견이 없으나, 처분청은 쟁점용역의 대가가 확정되지 아니한 것으로 보아

「부가가치세법 시행령」 제22조

제3호가 적용되므로 같은 법 시행규칙 제9조 제2항이 적용될 여지가 없다고 판단하고 있으나, 이는 대가를 전혀 확정하기 곤란한 경우에 한하여 적용되어야 하고, 쟁점용역은 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에 해당하며, 대가의 각 부분을 받기로 한 때에 잠정 합의된 금액(용역계약서상에 명기)이 존재하고, 일정 정산방침이 확정되면 정산하는 개념으로서 적법한 공급시기인 대가의 각 부분을 받기로 한 때 또는

「부가가치세법 시행규칙」 제9조

제2항에 따라 그 이전에 세금계산서를 수수하면 되므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 처분은 부당하다.

(2) 설령, 쟁점용역의 공급가액이 확정되지 아니한 것으로 보아

「부가가치세법 시행령」 제22조

제3호가 적용된다고 하더라도, 청구법인은 쟁점세금계산서 발행일 이전인 2008.9.19. 쟁점세금계산서상 용역대가보다 많은 금액을 OOO에 용역사용료 명목으로 지급하였고, 동 금액을 쟁점용역 대가로 충당하였다.

즉, 2008.9.30. 발행된 쟁점세금계산서의 공급가액 OOO백만원은 청구법인이 2008.9.19. OOO에게 선지급한 OOO백만원(부가가치세 포함)으로 충당되었는 바, 국세청 유권해석에 따르면 선 세금계산서에 대한 대가 지급시기와 관련하여 대가를 먼저 지급하고 동 지급일이 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받은 경우, 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는 것으로 해석(국세청 서면3팀-1980, 2004.9.24., 기획재정부 부가가치세과-634, 2007.9.3.)하고 있어 쟁점세금계산서는 적법하게 발행된 세금계산서이므로 이 건 처분은 부당하다.

(3) 처분청은 동일 사안의 공급시기에 대하여 연도를 달리하여

「부가가치세법 시행령」 제22조

제2호 또는 제3호를 각각 다르게 원용함으로써 「부가가치세법」 적용을 달리하여 세법 해석을 한 사실을 인정하고 있으나, 기본적으로 동일 사안에 대하여 조문을 달리하여 세법 적용을 달리할 수는 없는 것이고, 다만, 세법의 개정 등 극히 제한적일 경우에만 가능하며, 이 경우에도 납세자의 법적안정성 및 예측가능성을 위하여 세법 해석을 달리하는 시점 이전에는 변경된 세법해석의 적용을 금지하는 것이

「국세기본법」 제18조

의 규정 취지이다.

처분청은 동일 사안에 대하여 「부가가치세법」 적용을 달리한 시점 이전의 사안에 대하여 달리 해석한 기준을 적용함으로써

「국세기본법」 제18조

를 위반하고 있으므로 원천 무효이며, 처분청은 국세청 예규(부가가치세과-4475, 2008.11.28.)에 대하여는 세법 적용을 예시한 것으로 세법 해석을 변경한 것이 아니라고 판단하고 있으나, 예시라는 것은 구체적 사안을 열거하여 유권해석을 의뢰한 경우 사안에 대한 구체적인 해석 없이 법 조문을 원용하는 원론적인 의미의 해석을 말하는 것이고, 위 국세청 예규는 처분청이 질의내용을 구체적으로 언급하면서 이에 대하여 새롭게 해석을 한 것으로서 과세관청의 공식적인 견해표명에 해당한다.

또한, 위 국세청 예규는 OOO이 2008.9.19.자로 청구법인과 OOO이 체결한 계약서에 근거하여 수수하는 선로사용료의 공급시기에 의문이 있어 질의한 내용에 대한 유권해석이며, 과세관청이 유권해석의 회신을 지연함으로써 청구법인은 기존 관행에 따라 세금계산서 수수 및 자금집행을 할 수 밖에 없었으며, 사후적으로 지연 회신된 유권해석은 동 쟁점사안에 대한 적법성을 부여한 것으로 보아야 하므로 동일 사안에 대하여 시기를 달리하여 다르게 유권해석을 하여 적용하는 처분은 「국세기본법」상의 신의성실원칙을 위배한 처분으로 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 사업자가 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우, 쟁점용역의 공급시기는

「부가가치세법 시행령」 제22조

제2호에 따라 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때인 것이나 이는 공급가액이 확정되는 것을 당연한 전제로 삼아 적용되는 것이며, 용역에 대한 대가가 확정되지 아니한 경우에는 납세의무 성립의 물적 기초인 과세표준을 측정할 수 없어 과세권을 행사할 수 없는 문제가 발생하므로 제2호를 적용할 수 없고 제3호에 따라 그 공급가액이 확정되는 때를 용역의 공급시기로 보아야 하며,

「부가가치세법 시행규칙」 제9조

제2항 제3호는

「부가가치세법 시행령」 제22조

제2호 거래의 일부에 대해 적용하는 것이고,

「부가가치세법 시행령」 제22조

제3호에 해당되는 거래에는 적용되지 아니한다.

쟁점 용역은 그 공급가액이 확정되지 아니하는 경우이며, 쟁점세금계산서는 대가의 지급없이 공급시기 이전에 수취한 세금계산서로 매입세액 불공제되므로 이건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 2008.9.19. 지급한 OOO백만원은 단순히 은행의 출금거래 내역 확인서를 제출하였을 뿐, 지급금액이 제공받은 용역의 대가인지에 대하여 관련 회계증빙 등을 통하여 입증하지 못하고 있으며, 금액적인 연관도 없고, 2009.11.17. 처분청에 대한 감사에서 OOO의 쟁점세금계산서에 대한 해명내용을 보면, 2008.10.8. 2008년 3/4분기 쟁점용역 사용료를 납부기한 2008.10.13.로 하여 납부 요청하였으며, 국제금융 위기로 인한 청구법인의 자금사정으로 2008.10.24. OOO백만원 및 2008.12.31. OOO백만원을 수수하였다고 해명하고 있고, 동 금액은 OOO은행의 계좌로 입금된 사실이 입증되고 있으며, 쟁점세금계산서 발행금액과 지급금액이 정확히 일치하고 있으므로 청구법인이 2008.9.19. 지급한 OOO백만원은 쟁점 용역거래와는 무관한 것으로 보여 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 쟁점거래와 관련한 용역의 공급시기에 대하여 국세청 예규(부가가치세과-4475, 2008.11.28.)에서는 정부의 선로 사용기준 방침이 확정되지 아니하여 청구법인과 OOO간에 선로사용료가 파행 지급되고 있는 사실관계를 서로 다르게 파악하여 세법 적용을 예시하였던 것으로 세법 해석을 변경한 것은 아니며, 국세청 과세기준 자문(법규과-542, 2010.3.30.)은 복잡한 대가지급에 대한 사실관계를 공급가액이 확정되지 아니한 경우로 파악하여 세법을 적용한 것으로 기존 예규(서면3팀-416, 2004.3.5.)와 동일한 해석이고,

OOO이 2008년 제1기분 부가가치세에 대하여 2008.9.12. 수정신고를 하고 2008.11.28.자 국세청 예규의 결과에 따라 2008.12.10. 부가가치세 경청청구를 한 사실은 있으나, 청구법인이 쟁점세금계산서의 귀속시기인 2008년 제2기 예정분에 대하여서는 위 예규에 따르는 어떠한 행위도 한 바가 없으며, 쟁점세금계산서 발행시점인 2008.9.30.에는 위 국세청 예규가 확정되기 이전이어서 청구법인이 결정되지도 아니한 예규를 신뢰하여 그에 따르는 행위를 할 수도 없어 청구법인의 주장은 사실과 다르므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점용역의 공급시기를

「부가가치세법 시행령」 제22조

제2호에 따라 정하여야 하는지(청구법인), 같은 영 제22조 제3호에 따라 정하여야 하는지(처분청) 여부

(2) 청구법인이 쟁점세금계산서의 교부일(2008.9.30.) 이전에 쟁점세금계산서상의 공급대가를 지급한 것으로 볼 수 있는지 여부

(3)

「국세기본법」 제18조

세법 해석의 기준, 소급과세의 금지 규정과 같은 법 제15조 신의성실규정에 위배되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제9조 【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

(2) 부가가치세법 시행령

제22조 【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

제54조 【세금계산서의 교부특례】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 그 세금계산서 교부일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 본다.

③ 제2항에 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 그 세금계산서 교부일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 본다.

1. 거래 당사자간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것

2. 대금청구시기에 세금계산서를 교부받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것

3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것

제60조 【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

(3) 부가가치세법 시행규칙

제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】② 사업자가 다음 각호의 규정에 의한 공급시기가 도래하기 전에 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 법 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 영 제21조 제1항 제2호의 규정에 의한 장기할부판매의 공급시기

2. 영 제21조 제1항 제4호의 규정에 의한 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기

3. 영 제22조 제2호의 규정에 의한 장기할부 또는 통신 등 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기

(4) 국세기본법

제15조 【신의.성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 ① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

⑤ 세법 이외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정의 적용에 있어서 이를 세법으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO으로부터 OOO 선로 등 선로사용용역을 공급받고 선로사용료를 지급하는 한편, OOO 소유의 OOO 선로 등에 대하여 고속OOO 유지.보수 수탁 용역을 제공하고 유지보수비를 지급받기로 하고, 2008.5.9. OOO과 OOO 선로 등 사용계약을 체결하였고 선로사용료에 대한 2008년 제1기 공급가액을 같은 기간의 유지보수비와 동액인 OOO백만원으로 하여 처분청에 부가가치세를 신고하였으나, 2008년 6월 처분청의 OOO에 대한 정기 세무조사 중 2008년도 제1기 선로사용료분 공급가액은 유지보수비가 아닌 OOO 영업수입의 31%가 타당하다는 세무조사반의 권고에 따라, OOO은 2008.9.12. 신고 누락된 2008년 제1기 예정분 공급가액 OOO백만원, 2008년 제1기 확정분 공급가액 OOO백만원을 수정신고.납부하였고, 2008.9.19. 청구법인은 수정 증액된 공급가액에 부가가치세를 포함한 금액인 OOO백만원을 OOO에 지급하였으나, 처분청에 해당 매입세액 공제를 구하는 경정청구는 하지 아니하였으며, 청구법인은 2008년 제2기 예정분 부가가치세 신고시 선로사용료 공급가액을 예상 영업수입의 31%로 하여 2008.9.30. 2008년 제2기 예정분 쟁점용역의 공급가액 OOO백만원을 신고하였다.

OOO

(2) OOO은 2008.9.19. 선로사용용역의 공급시기에 관하여 국세청장에게 질의하였으며, 국세청장은 2008.11.28. “선로사용료의 공급시기는 사용료의 각 부분을 받기로 한 때”라는 취지의 회신(부가가치세과-4475)을 하였고, OOO은 이에 근거하여 2008.12.10. 위 수정신고한 매출세액에 대하여 경정을 청구하여 처분청은 2009.1.23. 당해 매출세액을 환급하였으며, 처분청은 2010.1.12. 국세청의 종합감사 지적에 따라 선로사용료 관련 「부가가치세법」상 공급시기와 공급가액에 대하여 국세청 법규과에 과세기준 자문신청을 의뢰하였고, 2010.3.30. “2008년의 경우 선로사용료의 공급시기는 실제 영업수익의 31%를 확정하여 정산하는 때”라는 취지의 자문회의 결과에 따라, 쟁점세금계산서상의 금액 OOO백만원을 세금계산서 교부일로부터 7일 이내에 대가를 수수하지 아니하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 청구법인에 대하여 2008년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 청구법인이 OOO으로부터 제공받는 쟁점용역이 공급단위를 구획할 수 없는 용역으로서 계속적으로 공급받은 경우에 해당한다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없고 다만, 처분청은

「부가가치세법 시행령」 제22조

제2호는 공급가액이 확정되는 것을 당연한 전제로 삼아 적용되는 것이며, 용역에 대한 대가가 확정되지 아니한 경우에는 납세의무 성립의 물적 기초인 과세표준을 측정할 수 없어 과세권을 행사할 수 없는 문제가 발생하므로 제2호를 적용할 수 없고 제3호에 따라 그 공급가액이 확정되는 때를 용역의 공급시기로 보아야 한다는 주장이다.

(나) 쟁점용역의 공급가액이 확정된 것으로 볼 수 있는지 여부는 2008.5.9. 국토해양부의 승인을 얻어 청구법인과 OOO간에 체결된 「2008년도 OOO 선로 등 사용계약서」상의 약정내용에 의거하여 판단하여야 하는 바, 동 계약서상의 관련 조항을 살펴보면 다음과 같다.

(다) 위 계약서 내용에 따르면, 선로 등 사용료 산정은 정부의 중립적 전문기관 용역결과에 따른 선로 등 사용기준 방침이 확정되면 이를 2008년부터 적용하도록 하는 것이 우선적 적용기준에 해당하지만 그 적용의 전제조건인 선로 등 사용기준 방침이 이 사건 심리일 현재까지도 확정되지 아니한 것으로 확인되고 있으므로 계약서 내용에 따라 차순위로 적용할 선로 등 사용료 부과기준은 OOO이 기 등록한 OOO관리권 구간 영업수입의 31%가 된다고 할 것이다.

(라) 한편, 청구법인이 제출한 2008년도 각 분기별 영업수익의 31% 해당액을 보면, 제1기 예정분 OOO백만원, 제1기 확정분 OOO백만원, 제2기 예정분 OOO백만원, 제2기 확정분 OOO백만원이고 2009년 2.19. 양자간에 정산한 사용료는 OOO백만원임이 확인되고 있다.

(마) 위 계약서상의 영업수익은 OOO운행을 주된 영업으로 하는 청구법인의 영업수익으로서 OOO의 운행이 정기적으로 이루어지는 점을 고려하면 각 분기별로 대부분의 금액이 사실상 거의 확정될 수 있고, 2008년도 말에 이르면 2008년도분 선로 등 사용료 총액 또한 대부분 확정될 수 있는 것으로 보이며, 실제로도 2008년도분 정산후 총영업수익의 31% 해당액인 OOO백만원 가운데 2009.2.17. 정산된 금액은 불과 OOO백만원으로 전체 금액 대비 0.8%에 불과한 것으로 나타나고 있는 점을 볼 때, 계약서상의 영업수익 31% 기준에 따를 경우, 쟁점용역은 그 성격상 공급가액이 사실상 거의 확정되는 것으로 볼 수 있다.

용역계약서 해석상 공급대가의 대부분이 사실상 확정될 수 있고 추후 일부만 사후 정산되는 방식의 용역거래인 경우, 그 용역의 공급대가는 확정되었다고 보는 것이 타당함에도, 처분청은 용역에 대한 대가가 확정되지 아니하여 납세의무 성립의 물적 기초인 과세표준을 측정할 수 없어 과세권을 행사할 수 없는 문제가 발생하므로

「부가가치세법 시행령」 제22조

제2호를 적용할 수 없고 같은 조 제3호에 따라 그 공급가액이 확정되는 때를 쟁점용역의 공급시기로 보아야 한다고 주장은 이는 받아들이기 어렵다 하겠다.

그렇다면, 공급단위를 구획할 수 없는 용역으로서 계속적으로 공급받은 경우에 해당한다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는 쟁점용역의 공급시기는

「부가가치세법 시행령」 제22조

제2호에 따라 판단하여야 하며, 같은 영 및

「부가가치세법 시행규칙」 제9조

제2항 제3호에 따라 청구법인이 쟁점용역에 대한 세금계산서를 교부받은 때인 2008.9.30.이 쟁점용역의 공급시기가 된다고 보아야 할 것이고, 따라서 청구법인이 그 공급시기에 교부받은 쟁점세금계산서는 적법한 세금계산서임에도 처분청이 이를 부인하여 그 매입세액을 공제하지 아니하고 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점②와 ③은 쟁점①이 인용됨에 따라 검토의 실익이 없어 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.