조심 2012전5238 (2015.08.20)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO으로부터 공급받은 OOO 선로 등의 사용용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)에 대한 사용료를 지급하고 관련 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고하면서 예상영업수입의 OOO 기준을 적용하여 공급가액을 확정하는 것이 타당하다는 처분청의 수정신고 안내에 따라 2012.3.19. 2008년 제1기 부가가치세 OOO원의 경정청구 및 동액의 2009년 제1기 부가가치 세를 수정신고하고 세액을 납부하지 아니하였다. 나. 처분청은 이에 대하여 2012.5.18. 부가가치세액 OOO원을 감액경정한 후 2012.5.31. 수정신고 무납부에 대해 과소신고가산세 등을 포함한 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 따라 2012.7.24. 2009년 제1기 부가가치세 수정신고분에 대해 감액경정을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2012.8.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 주위적 청구 : 청구법인의 2009년 제1기 예정 부가가치세 수정신고분에 대한 경정청구 거부처분은 부당하다. (가) 처분청은 심판결정문(조심 2010전4070, 2012.1.16.)을 근거로 공급시기에 대한 수정신고 안내문을 발송하였고, 청구법인은 공급가액에 대한 수정신고 권고를 잘못 인지하여 2012.6.22. 2009년 제1기에 발급받은 2008년 제1기분 정산차액 OOO원을 포함한 금액으로 수정신고는 하였으나, 이는 “대가의 각 부분을 받기로 한 때”인 분기말에 적법하게 세금계산서를 수취하고 신고하였으므로 수정신고 대상에 해당하지 아니하고 수정신고안내문을 잘못 이해한 것으로 착오에 의한 신고에 해당한다. (나) 당초 OOO은 처분청의 권고에 따라 쟁점용역의 공급가액을 예상영업수입의 31%로 하여 수정신고하였으나, 2008년도 OOO 등 사용료 산정기준 방침이 확정되지 아니하여 전년도 지급기준(우선 상계처리하는 유지보수비 상당의 금액)에 따른 공급가액을 선로사용료의 각 부분을 받기로 한 때라는 취지의 국세청 유권해석 (부가가치세과-4475, 2008.11.28.)을 근거로 쟁점용역의 공급가액은 예상영업수입의 31%가 아니고 대가의 각 부분을 받기로 한 금액에 해당하는 유지보수금액(전년도 지급기준)으로 해석됨에 따라 기존에 수정신고 하였던 매출세액을 환급받은 것인데, 동일한 사안에 대하여 다르게 과세처분을 주장하는 것은 「국세기본법」제15조 의 “신의성실의 원칙”에 위배되는 것이다. (2) 예비적 청구 : 경정청구기한이 경과한데 대해 직권으로 환급을 결정하면서 환급가산금을 지급하지 않는 것이 신의성실의 원칙에 위배된다. (가) 처분청이 심판결정문(조심 2010전4070, 2012.1.16.)에 따라 수정신고권고 안내문을 송부하여 공적인 견해를 표명한 후, 청구법인의 수정신고는 허용하고 가산세를 부과한 반면, 경정청구는 청구기간이 도과하였다는 이유로 거부하고 있다가 번복하여 직권으로 환급하면서 환급가산금을 미환급한 것은 부당하다. (나) 청구법인은 처분청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 수정신고 및 경정청구를 하였으나, 처분청은 수정신고 및 관련 가산세에 대하여서는 신고시인하면서, 경정청구 직권시인하고 환급가산금에 대하여 거부하는 것은 당초 견해표명에 반하는 처분으로「국세기본법」상 신의성실원칙에 위배된다. 나. 처분청 의견 (1) 주위적 청구 조세심판원의 결정에서는 선로사용용역의 계약내용에 따라 선로 등 사용료 부과기준은 예상영업수입의 31%가 된다 할 것이고, 이에 따를 경우 공급가액은 확정되는 것으로 볼 수 있으며, 공급시기는 「부가가치세법 시행령」제22조 제2호를 적용해야 한다고 되어 있어 사용료의 각 부분을 받기로 한 때로 봄이 타당하므로 처분청이 심판결정문을 근거로 수정신고 안내한 내용은 정당한 것이다. (2) 예비적 청구 (가) 처분청은 경정청구가 후발적사유에 해당하는지 여부와 수정신고가산세 감면의 정당한 사유에 대하여 ‘과세사실판단자문신청’ 결과에 의하면, 청구법인은 공급시기에 대한 정부의 경정을 신뢰하여 공급시기를 다르게 적용한 것이 아니고, 당초부터 공급시기를 다르게 적용한 것이므로 2008년 제1기 부가가치세 경정청구는 후발적사유에 해당하지 않으며, 청구법인이 공급시기를 잘못 적용한 것은 납세자의 귀책사유에 해당하므로 2009년 제1기 부가가치세 수정신고는 가산세를 감면받을 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다. (나) 2008년 제1기분 경정청구 기한이 경과하였으나, 2009년 제1기분 수정신고와 귀속시기의 차이만 있을 뿐 동일한 금액이므로 2008년 제1기 부가가치세가 명백하게 과다하게 신고·납부된 것으로 직권경정이 가능한 것으로 판단(징세과-110호, 2009.9.29. 등 다수)하여 2012.5.21. 본세 OOO원을 직권으로 환급하였으나, 경정청구 기한 도과 후에는 국세환급금을 청구할 수 없으므로 국세환급가산금은 지급대상이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 청구법인이 수정신고한 2009년 제1기 부가가치세 감액경정 거부처분의 당부 (2) 청구법인의 2008년 제1기 부가가치세 환급결정을 하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제9조【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. ③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때 2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 4. 제49조의2 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 제48조【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다. ④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각부분을 과세표준으로 한다. 제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다. 3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다. (3) 국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제45조의2【경정 등의 청구】② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때 3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때 4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한경과 후에 발생한 때 (4) 국세기본법 시행령 제25조의2【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때 2. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때 3. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그후 당해 사유가 소멸한 때 4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO으로부터 쟁점용역을 공급받고 선로 등 사용료를 지급하는 한편, OOO에 대하여는 OOO의 유지보수 위·수탁용역을 제공하고 관련 유지보수비(이하 “유지보수비”라 한다)를 지급받아 왔다. (나) 청구법인 및 OOO은 2008년 제1기분 쟁점용역에 대한 공급가액을 유지보수비와 동액인 OOO원으로 하여 부가가치세 신고를 하였으나, OOO은 2008년 제1기분 쟁점용역의 공급가액은 유지보수비가 아닌 OOO관리권구간 예상영업수입의 OOO가 타당하다고 권고함에 따라, OOO은 2008.9.12. 신고 누락된 2008년 제1기분 쟁점용역의 공급가액 OOO원을 수정신고·납부하였고, 청구법인은 2008.9.19. 부가가치세 OOO원을 OOO에 지급하였으나 관련 매입세액에 대한 경정청구는 하지 아니하였다. (다) OOO은 2008.9.19. 2008년 선로사용용역의 공급시기에 관하여 OOO에게 질의한 결과, “선로사용용역의 공급시기는 「부가가치세법 시행령」제22조 제2호의 규정에 의하여 사용료의 각 부분을 받기로 한 때”라는 취지의 회신(부가가치세과-4475, 2008.11.28.)을 근거로 하여 2008.12.10. 수정신고한 공급가액에 대한 경정청구를 하여 2009.1.23. 매출세액 OOO원을 환급받았다. (라) 한편, 청구법인 및 OOO은 위 OOO의 질의회신 결과가 있기 전인 2008.9.30. 2008년 제2기 예정분 쟁점용역에 대한 공급가액을 OOO 예상영업수입의 OOO원으로 하여 부가가치세를 신고하였다. (마) 처분청은 2010.1.12. OOO에게 쟁점용역에 대한 공급시기와 공급가액에 대한 과세기준 자문신청을 의뢰하여 2010.3.30. “2008년의 경우 쟁점용역의 공급시기는 실제 영업수익의 31%를 확정하여 정산하는 때”라는 취지의 자문회의 결과(법규과-542)에 따라 청구법인이 수취한 2008년 제2기 예정분 세금계산서 OOO원은 공급시기 이전에 발행된 선세금계산서에 해당하고 이중 OOO원은 세금계산서 교부일로부터 7일 이내에 대가를 수수하지 아니하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. (바) 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.24. 심판청구를 제기하여 “선로 등 사용료 부과기준은 예상영업수입의 31%가 된다 할 것이고, 이에 따를 경우 공급가액은 확정되는 것으로 볼 수 있으며, 쟁점용역은 공급단위를 구획할 수 없는 용역으로서 계속적으로 공급받은 경우의 공급시기는 「부가가치세법 시행령」제22조 제2호(그 대가의 각 부분을 받기로 한 때)에 따라 판단하여야 한다.”는 취지로 인용결정(조심 2010전4070, 2012.1.16.)됨에 따라 부가가치세 OOO원의 부과처분은 취소되었다. (사) 처분청은 위 조세심판원결정에 따라 2012.2.8. 쟁점용역에 대해 부가가치세 수정신고를 하도록 안내하였고, 청구법인은 2008년 제1기분 및 2009년 제1기 예정분의 쟁점용역의 공급가액을 고속철도 예상영업수입의 31%로 하는 수정세금계산서를 OOO으로부터 교부받고, 2012.3.19. 2008년 제1기분 부가가치세 OOO원에 대한 경정청구와 동시에 2009년 제1기 예정분 부가가치 세에 대하여 같은 금액을 수정신고하였으나 세액은 납부하지 아니하였다. (아) 처분청은 2008년 제1기분에 대하여 경정청구 기한이 경과하였지만, 2009년 제1기 예정분 수정신고와 공급시기만 다를 뿐 명백하게 과다 신고·납부되었으므로 부과제척기간 내 직권경정이 가능한 것으로 판단하여 2012.5.18. 본세 OOO원을 직권으로 감액경정하는 한편, 2012.5.31. 2009년 제1기 예정 부가가치세 수정신고 무납부한 것에 대하여 과소신고가산세 등을 포함한 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점 에 대하여 살피건대, 우리원은 청구법인이 2010.11.24. 제기한 조세심판청구에 대해 청구법인이 OOO으로부터 제공받은 용역의 경우 공급가액이 확정된 것으로 보아 과세기간별로 교부하는 것이 합리적이라고 하면서 선로 등 사용계약서 내용에 따라 선로 등 사용료 부과기준은 영업수입의 31%가 된다고 결정한 점, 청구법인이 2008년 제1기 과세기간의 선로사용료를 2009년 제1기 과세기간의 세금계산서로 수취하였다가 심판결정이 있은 후 2008년 제1기 과세기간으로 변경하여 수정세금계산서를 수취한 점, 청구법인이 처분청의 수정신고안내에 따라 수정신고를 한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 2009년 제1기 과세기간의 부가가치세 수정신고 무납부에 대해 과소신고가산세 등을 적용하여 과세한 처분은 적법해 보이므로 청구법인의 2009년 제1기 부가가치세 감액경정을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인의 이 건 경정청구는 청구기간이 경과된 부적법한 경정청구에 해당하는 점, 경정청구기한이 도과되는 경우의 국세환급결의시 그 환급가산금은 지급대상에 해당하지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 2008년 제1기 부가가치세를 감액경정하면서 환급가산금을 제외한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법 」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.