조심 2023서0412 (2023.09.06)

OOO서장이 2023.1.12. 및 2023.1.16. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인 AAA 주식회사 및 청구법인 BBB 주식회사(이하 “청구법인들”이라 한다)는 각각 금융업 및 보험업과 아파트건설업 등을 영위하는 법인들이다. 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)이 2022.3.31.부터 2022.7.18.까지 청구법인들에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과 청구법인들은 사주 AAA가 대주주로 있는 계열법인 CCC 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)와 대부분 수의계약 형식으로 아파트 IBS(Intelligent Building System) 공사에 대한 하도급거래(이하 “쟁점용역”이라 한다)를 진행하였고, 2017∼2020사업연도 중 이 건 법인과 청구법인들 간의 거래의 수익률이 이 건 법인과 특수관계가 없는 거래처들 간의 거래의 수익률과 비교한 결과 평균 24.71% 과다부담(초과부담분 OOO원)한 것과 청구법인 AAA 주식회사의 비서실, 경영기획팀 및 법무감사팀 직원 인건비 등을 공동경비로 보아 주요 계열사 법인의 직전 사업연도 매출액 기준으로 안분하여 초과부담한 금액 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 아래 ＜표1＞과 같이 확인하여 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 부당행위계산부인규정을 적용하여 해당 과세자료를 통보하자, OOO서장 및 OOO서장(이하 “처분청”이라 한다)은 이에 따라 2022.9.1. 아래 ＜표2＞과 같이 청구법인들에게 2017∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)을 경정ㆍ고지하였다. ＜표1＞ 청구법인들에 대한 손금불산입내역(2017∼2020사업연도) ㅇㅇㅇ ＜표2＞ 청구법인들에 대한 법인세 부과내역(2017∼2020사업연도) 다. 청구법인들은 2022.11.29. 위 ＜표1＞과 관련된 법인세(2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.1.12. 및 2023.1.16. 이를 거부하였다. 라. 청구법인들은 이 건 부과처분 및 경정청구 거부처분에 불복하여 2022.11.29. 및 2023.4.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인들 주장 (1) 처분청은 청구법인들이 이 건 법인과 한 용역 거래를 ‘과세대상 거래’로 정리하고, 이 건 법인이 같은 과세기간 동안 특수관계인 아닌 자와 한 IBS 설치 용역 거래를 ‘비교대상 거래’로 정리하였다. 처분청은 비교대상 거래의 사업연도마다 전체 수익률[=(총 매출액 - 총 매출원가) ÷ 총 매출원가]을 산정하였다. 처분청은 해당 전체 수익률을 정당한 거래에서 발생할 수 있는 수익률로 보아 이 건 용역의 각 매출원가에 위 전체 수익률을 곱하고, 다시 매출원가를 더한 금액[이 건 용역의 매출원가 × (1 + 위 수익률)]을 이 건 용역 거래의 시가로 산정하여 실제 거래가액(매출) 중 시가 초과액(= 실제 거래가액 - 시가)을 손금불산입하였다. 그러나, 이와 같은 시가 산정방법은 구 법인세법령에서 정하고 있는 용역의 시가 산정방법에 위반되므로 이를 근거로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 한 이 건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. (가) 처분청의 시가 산정방법은 ‘개별 거래’를 단위로 하지 않았다. 구 「법인세법」 제52조 제1항은 부당행위계산부인의 대상은 ‘특수관계인과의 거래’라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ‘특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래’에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 시가라고 규정하고 있다. 즉, 부당행위계산부인의 대상이나 시가는 모두 ‘개별 거래’를 단위로 하고 있는데 반해, 처분청(조사청)은 이 건 용역의 시가를 개별 거래를 단위로 산정하지 않고, 각 사업연도에 있었던 여러 용역 거래의 집합을 단위로 산정하여 위법하다. 예컨대, 처분청은 청구법인의 2017사업연도 이 건 용역의 시가를 산정하기 위해 비교대상 거래의 거래의 매출을 합산하여 위 거래의 매출원가를 합산한 금액을 차감하고, 이를 매출원가로 나누어 수익률 7.57%을 산정하였다. 법인세법령상 시가란 과세대상 거래와 유사한 개별 용역 거래의 가액을 기준으로 산정하여야 하는바, 처분청은 여러 용역 거래의 집합총액을 기준으로 산정하였다. (나) 구 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제2호는 건설 기타 용역의 시가를 ‘건설 기타 용역을 제공받는 경우에는 당해 용역의 원가와 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액’으로 규정하고 있다. 그런데, 처분청은 구 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제2호에 반하여 ‘과세대상 거래’와 유사한지 여부가 증명되지 않은 ‘비교대상 거래’의 수익률에 따라 시가를 산정하였다. 처분청은 ‘비교대상 거래’의 개별 거래가 아닌 각 사업연도에 있었던 여러 용역 거래의 집합을 단위로 수익률을 산정했으므로, 그 수익률이 ‘과세대상 거래’의 개별 거래와 유사한 ‘비교대상 거래’의 수익률이라고 보기 어렵다. (다) 처분청의 시가 산정방법에 의하면 구 「법인세법」상 고가매입이 아닌 거래를 고가매입 거래로 오판할 위험이 있다. 예컨대, 아래 ＜표2＞ ‘과세대상 거래’의 ①과 ‘비교대상 거래’ ㉮, ②와 ㉯, ③과 ㉰, ④와 ㉱, ⑤와 ㉲가 각 유사한 용역 거래라고 가정해 본다. ＜표2＞ 처분청 시가 산정방법 문제점 예시 ㅇㅇㅇ 구 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제2호에 따르면 유사한 ‘비교대상 거래’의 수익률을 ‘과세대상 거래’에 적용하여 시가를 산정하더라도, 위 ＜표2＞의 ‘과세대상 거래’는 모두 시가에 거래가 되었기에 부당행위계산부인의 대상이 되지 않는다. 가령, ‘비교대상 거래’ ㉮의 수익률 9%를 ‘과세대상 거래’ ①에 적용하여 시가를 산정하면, 시가는 109[= 원가 100 × (1 + 수익률 9%)]로 산정되고, 이는 실제 거래가액인 109와 동일하기에 ‘과세대상 거래’ ①은 부당행위계산부인 대상이 되지 않는다. 그런데, 처분청(조사청)의 시가 산정방법대로 ‘비교대상 거래’의 전체 수익률 5%[= (총 매출액 525 - 총 원가 500) ÷ 500]에 따라 시가를 산정하면, ‘과세대상 거래’ 중 ①, ②는 고가매입 거래가 되어 부당행위계산부인 대상이 된다. ‘과세대상 거래’ ①의 시가는 105인데 109에 거래를 한 것이 되고, 역시 ‘과세대상 거래’ ②의 시가도 105인데 107에 거래를 한 것이 되기 때문이다. 이와 같이 구 법인세법령을 충실히 따랐을 경우에는 부당행위계산부인 대상이 아니었던 거래가, 처분청(조사청)의 시가 산정방법에 따르는 경우 부당행위계산부인 적용대상이 되게 된다. 나아가, 처분청(조사청)의 시가 산정방법을 살펴보면, 결국 ‘과세대상 거래’ ①, ②와 유사한 ‘비교대상 거래’인 ㉮, ㉯가 아닌, 상이한 ㉰의 수익률을 기준으로 ①, ②의 시가를 산정한 것이라서, ‘유사한 거래’의 수익률을 기준으로 시가를 산정하도록 규정한 구 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제2호에 반하게 된다. (2) 처분청(OOO서장)은 청구법인 AAA 주식회사의 관련 부서들(비서실, 경영기획팀, 법무감사팀)이 청구법인과 OOO개 주요 계열사가 사실상 ‘공동으로 운영하는 조직’이라고 보아 청구법인 AAA 주식회사에게 관련 법인세를 부과하였다. 대법원은 어떤 조직이 원고 법인과 그 관계회사가 ‘공동으로 운영하는 조직’에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었는데, 해당 판결들은 (i) 관계회사들의 업무상 그 조직을 필요로 하였는지, (ii) 공동업무수행자가 특정되는지 등을 기준으로 하도록 판결하였다(OOO 판결). 그런데, OOO개 주요 계열사는 각자 별도의 경영기획팀과 법무팀 그리고 비서실을 운영하고 있었기에 청구법인 AAA 주식회사의 이 건 부서들을 공동으로 운영할 합리적인 이유가 전혀 없다. 또한, 처분청(OOO서장)은 쟁점비용과 관련하여 이 건 부서들의 직원 중 어떤 직원이 OOO개 주요 계열사에 대하여 공동업무를 수행했는지도 명확하게 특정하지 못하였고, 각 팀의 제한된 인원으로는 청구법인의 업무에 더해 OOO개 주요 계열사의 업무까지 수행할 여력도 없다. ＜표3＞ 청구법인 AAA 주식회사 인원현황(쟁점비용 관련) ㅇㅇㅇ 또한, 청구법인 AAA 주식회사의 경영기획팀, 법무감사팀, 비서실이 9개 주요 계열사와 ‘관련하여’ 일부 업무를 수행했더라도, 이는 지주회사인 청구법인 AAA 주식회사의 업무를 수행한 것에 불과하다. 대법원은 지주회사의 자회사에 대한 ‘경영관리업무’(자회사 경영성과 관리, 경영목표 수립, 예산관리, 자회사 손익관리, 경영관리 지원 등)는 지주회사의 고유 업무이고 그 비용도 당연히 지주회사의 부담이라고 판단하였다(OOO 판결). 청구법인 AAA 주식회사의 이 건 부서들의 직원이 OOO개 주요 계열사와 관련하여 일부 업무를 수행했더라도 이는 어디까지나 경영관리업무로서 수행한 것이지 OOO개 주요 계열사의 업무를 대신 수행한 한 것이 아니므로 이들을 청구법인 AAA 주식회사와 OOO개 주요 계열사가 ‘공동으로 운영하는 조직’의 직원으로 볼 수 없다. 따라서, 이 건 부서들은 청구법인 AAA 주식회사 고유의 업무만을 수행하는 조직이므로 이들의 운영에 소요된 경비(노무비)는 청구법인 AAA 주식회사가 전액 부담하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인들은 개별 거래 단위로 시가를 산정하지 않아 위법하다고 주장하나, 동일한 종류의 용역이라도 개별적인 특수성이 있으므로 수익률에 영향을 미치는 요소가 모두 같은 공사는 있을 수 없다. 만일 쟁점용역과 유사한 1개의 용역만을 비교한다면 오히려 수익률 측면에서 유사하지 않는 용역을 비교대상으로 선정할 염려가 있으므로 조사청은 용역 거래의 집합의 총액을 기준으로 수익률을 계산한 것은 개별 거래의 상황에 따른 차이를 해소하기 위한 합리적 조정에 해당하게 된다. 조세심판원은 이 건 관련하여 이 건 법인으로부터 제출받은 매출총이익률을 적용하여 수익률을 계산하고 시가를 산정한 것에 잘못이 있다고 보기 어렵다고 결정한 바 있다(OOO). 대법원도 국제거래에 관하여 여러 거래가격의 산술평균에 의하여 정상가격을 산출하는 것을 적법하다고 인정하였다(OOO 판결). 청구법인들은 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제2호에 따르면, 과세대상 거래와 유사한 거래의 수익률에 따라 시가를 산정할 것을 규정하였으나, 처분청이 그 유사성이 증명되지 않은 비교대상 거래의 수익률에 따라 시가를 산정하여 위법하다고 주장한다. 조사청은 시가를 산정하기 위해 청구법인으로부터 확보한 내부자료를 근거로 이 건 법인에 대한 거래처 현장확인을 실시하였고 이를 통해 이 건 법인으로부터 자료를 제출받았다. 조사청은 이 건 법인이 특수관계인 외의 자에게 제공한 용역 가운데 어느 것이 청구법인에게 제공한 용역과 유사한 것으로 볼 수 있는지 이 건 법인에 문의하였고, 이 건 법인은 서로 다른 종류의 공사는 유사한 용역으로 볼 수 없고, 같은 종류의 공사라도 건물의 용도가 다르다면 공사난이도 등이 상이하여 유사한 용역으로 볼 수 없다고 하였다. 또한, 실무상 공사자체는 유사한 것으로 볼 수 있더라도 원가구성(자재비와 자재비를 제외한 인건비 등이 총 원가에서 차지하는 비중)이 다를 경우에는 수익성 측면에서 유사한 것으로 볼 수 없다는 취지로 확인서를 제출하였다. 위의 이 건 법인의 확인사항에 따라 조사청은 2017∼2020년 이 건 법인이 제공한 OOO개의 건설공사 용역을 ① 공사종류, ② 건물용도, ③ 원가구성 별로 구분하였으며, 특수관계 없는 거래처에 제공한 용역 가운데 청구법인에게 제공한 것과 동일한 ① 공사종류, ② 건물용도, ③ 원가구성으로 분류된 공사용역을 비교대상으로 선정하였다. 그리고, 조사청은 선정된 비교대상 용역이 청구법인에게 제공한 용역과 비교 가능한 것인지 이 건 법인에게 문의하였고, 이 건 법인이 이 중 공사의 실질과 수익률 측면에서 유사한 것으로 볼 수 없다고 회신받은 용역을 제외하여 비교대상 거래를 확정하였다. 조사청은 쟁점용역을 제공한 당사자(이 건 법인)에게 과세대상 거래와 비교대상 거래의 유사성을 확인하였으므로 그 유사성이 증명되지 않은 비교대상 거래를 근거로 시가를 산정하였다는 청구주장은 사실과는 다르다. 청구법인은 과세대상 거래와 비교대상 거래를 1:1로 대응하여 1개의 과세대상 거래에 비교대상 거래가 1개씩 있는 것으로 가정하고, 조사청이 여러 용역의 집합으로 수익률을 계산하여 유사하지 않은 비교대상 거래의 수익률을 시가에 반영하여 고가매입이 아닌 거래를 고가매입 거래로 오판하였다고 주장한다. 그러나, 앞서 언급한 바와 같이 조사청이 이 건 법인에게 문의한 결과 수 개의 과세대상 거래에 대해 유사성이 확인되는 수 개의 비교대상 거래가 존재하였고, 조사청은 시가산정 시 과세대상 거래와 유사하지 않은 거래를 배제하였으므로 과세대상 거래와 유사하지 않은 거래의 수익률은 시가에 반영되지 않았다. 또한, 청구법인은 과세대상 거래와 비교대상 거래의 수익률이 1∼9%의 동일한 범위에 있다고 가정하였으나, 실제 과세대상 거래와 비교대상 거래의 수익률은 평균적으로 24.71%의 차이가 발생하게 된다. (2) 쟁점비용은 청구법인 AAA 주식회사가 영위한 사업만을 위해 사용된 것이 아닌 명백한 그룹사 공동경비에 해당하므로 이 건 부서들(비서실, 경영기획팀, 법무감사팀)의 업무가 단순 업무기술서상의 업무에 불과하고, 계열사와 관련하여 일부 업무를 수행하였다는 청구주장은 실제 사실과 부합되지 않는다. 「법인세법」 제26조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항에서 규정하는 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영한다는 의미는 청구주장과 같이 다수의 회사가 하나의 동일한 조직을 구성하거나 동일한 종류의 사업을 공동으로 운영함으로써 발생하는 비용만을 의미하는 것이 아니다. 이 건 부서들과 같이 그룹 내 관계회사들의 업무를 조정하고 지원하는 업무를 수행할 경우에는 그 부서의 운영에 든 경비를 그룹의 공동경비에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 청구법인 AAA 주식회사는 지주회사로 전환을 준비하면서 계열집단의 대표법인으로 그룹사 전체의 콘트롤타워 역할을 하고 있었고, 청구법인 AAA 주식회사 산하의 경영기획팀, 법무감사팀 등은 그룹 공통의 이익을 위해 그룹 내 관계회사들의 업무를 조정하고 관리하는 등 그룹지원부서의 역할을 해 온 것으로 확인된다. 청구법인 AAA 주식회사 경영기획팀 업무분장, 업무보고서 등에 의하면 청구법인 AAA 주식회사는 고유한 업무 이외에 그룹 전체 기업비전, 경영전략수립 및 사업 계획 검토를 하였고, 법무감사팀은 1년 상시 계획 하에 계열사 소송업무 지원 및 그룹 계열사 업무감사를 진행하였으며 이를 모니터링한 것으로 확인된다. 또한, 그룹사 회장의 업무를 수행하고 보좌하였던 비서실 소속 직원 역시 그룹의 공동 업무를 담당한 것으로 보는 것이 타당하다. 청구법인 AAA 주식회사는 지주회사인 청구법인 AAA 주식회사의 업무를 수행한 것에 불과하고 지주회사의 자회사에 대한 경영관리업무는 지주회사의 고유업무이므로 그 비용도 당연히 지주회사의 부담이라 주장한다. 그러나, 청구법인 AAA 주식회사는 2018년 5월 그룹지주사로 전환되기 전까지는 OOO 그룹의 지주회사에 해당하지 않았고 지주사의 부재 하에서 그룹 내 관계사들의 업무를 관리하고 조정하는 그룹지원부서가 반드시 필요하였을 것으로 보이는 점 등에 따라 이 건 부서들의 운영에 소요된 경비는 OOO 그룹 전체의 공동경비에 해당한다고 보아 이러한 공동경비를 그룹 내의 계열사들의 매출액 비율로 안분하고 이를 초과한 부분은 손금불산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 이 건 부서들의 비용이 OOO 그룹의 공동경비에 해당하는지 여부에 대하여 조세심판원은 청구법인 AAA 주식회사가 그룹 공통의 이익을 위해 업무를 조정ㆍ관리해 온 사실을 이미 인정한 바 있다(OOO). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 이 건 경정청구 거부처분에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부 ② 쟁점용역에 대해 부당행위계산부인규정을 적용하여 산정한 시가가 적정한지 여부 ③ 경영기획팀, 법무감사팀, 비서실 인건비 등 경비를 그룹사 공동비용으로 보아 청구법인 AAA 주식회사의 초과부담분(쟁점비용)을 산정하여 이를 손금불산입하고 법인세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 인건비 2. 복리후생비 3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비 4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비 5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제48조【공동경비의 손금불산입】① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율 2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직·사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준 가. 비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수·구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다. 나. 가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우 나. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주 등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우 7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등은 제외하며, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 : 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다. ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ⑥ 제88조 제1항 제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조 ·제39조·제39조의2·제39조의3·제40조·제42조의2와 같은 법 시행령 제28조 제3항부터 제7항까지, 제29조 제2항, 제29조의2 제1항·제2항, 제29조의3 제1항, 제30조 제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 “대주주” 및 “특수관계인”은 이 영에 의한 “특수관계인”으로 보고, “이익” 및 “대통령령으로 정하는 이익”은 “특수관계인에게 분여한 이익”으로 본다. 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인들이 이 건 법인으로부터 쟁점용역을 제공받았고, 청구법인 AAA 주식회사가 쟁점비용을 부담한 것에 대하여는 다툼이 없다. (2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 이 건 세무조사종결보고서에 따르면 청구법인들은 계열사(이 건 법인)로부터 건설용역을 시가(제3자 거래이익률)보다 OOO원 고가매입하였고, 청구법인 AAA 주식회사는 그룹 공동경비에 해당하는 인건비를 단독으로 부담하여 OOO원을 초과부담한 것으로 보아 위 금액들을 모두 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분한 것으로 나타난다. (나) BBB(이 건 법인 경영지원본부 재경팀장)의 확인서를 살펴보면, 이 건 법인이 2017년부터 2020년까지 청구법인 BBB 주식회사에 제공한 용역(OOO 분할신설 전에는 AAA 주식회사에 제공한 용역)과 이 건 법인과 특수관계가 없는 거래처에 제공한 용역과의 주요 차이점 및 비교가능성에 대해 확인하여 이를 조사청에 제출한 것으로 나타난다. (다) 청구법인들과 대외거래처에 제공된 용역의 주요 차이점에 대해 이 건 법인이 제출한 주된 확인사항은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (라) 조사청이 제시한 쟁점용역과 관련한 과세대상 거래 및 비교대상 거래의 수익률 비교자료는 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 평균수익률 비교표 ㅇㅇㅇ (마) 조사청이 확인한 쟁점비용과 관련하여 청구법인 OOO의 초과부담분(손금불산입 대상)은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 청구법인 OOO의 초과부담분(손금불산입 대상) ㅇㅇㅇ (바) 청구법인들이 제출한 경정청구 내역 등을 살펴보면, 청구법인들이 이 건 부과처분과 관련하여 구하는 과세표준 경정액과 이 건 경정청구 시 경정을 구하는 과세표준 경정금액은 동일하다. (사) 청구법인들이 제출한 2012～2016사업연도 법인세 부과처분과 관련한 OOO의 판결(OOO 법인세부과처분 등 취소)의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (아) 금융감독원 전자공시시스템 상 확인되는 청구법인 AAA 주식회사의 분기보고서 등에 따르면, 청구법인 AAA 주식회사는 지주회사 체제로 전환하기 위해 OOO 주주총회의 승인을 얻어 OOO 인적분할됨에 따라 투자, 브랜드수수료, 경영자문수수료, 배당수익, 임대수익 등 지주회사 사업을 영위하고 있는 것으로 나타난다. (자) 조사청(처분청)이 제시한 부당행위계산부인 계산내역을 살펴보면, 조사청은 이 건 법인에서 확인한 비교대상으로 볼 수 없는 거래(AS자재 납품 등), 인건비 비중이 낮아 수익성 비교가능성이 현저하게 낮은 거래(이 건 법인의 제출 자료에 자재로 표시된 거래)는 제외한 것으로 되어 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 본안심리에 앞서 이 건 경정청구 거부처분에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부에 대하여 살피건대, 청구법인들은 이 건 부과처분에 대한 심판청구를 제기하면서 관련 세액 및 과세표준에 대해 경정청구를 제기한 후 해당 경정청구 거부처분에 대해서도 심판청구를 제기하였으나, 이는 이 건 부과처분에 대한 심판청구와 중복청구에 해당하므로 부적법한 청구라 판단된다(조심 2021서5755, 2022.3.15., 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「법인세법」 제52조 에 규정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 않고 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하여야 할 것(대법원 2020.12.10. 2017두35165 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인들은 조사청이 쟁점용역에 대해 부당행위계산부인규정을 적용하여 산정한 시가는 쟁점용역과 유사한 개별거래의 수익률이 아닌 여러 용역거래의 집합의 총액을 기준으로 수익률을 산정하여 시가로 보기 어렵다고 주장하나, 유사한 용역이라도 수익률에 미치는 요소에 일부 차이가 있을 수 있으므로 유사한 용역거래의 집합의 총액을 기준으로 수익률을 계산한 조사청 방식은 현실적으로 합리적인 점, 조사청은 AS자재 납품 등 이 건 법인에서 확인한 비교대상으로 볼 수 없는 거래이거나 인건비 비중이 낮아 수익성에 대한 비교가능성이 현저하게 낮은 거래는 제외하는 등 쟁점용역에 대한 시가를 산정할 시 과세대상 거래와 유사하지 않은 거래를 이미 배제하였으므로 과세대상 거래와 유사하지 않은 거래는 쟁점용역에 대한 시가산정 시 반영되지 않은 것으로 보이는 점, 처분청의 심리자료에 따르면 과세대상 거래와 비교대상 거래의 수익률을 살펴보면 평균 24.71%의 차이가 발생한 것으로 보이는 점 등에 비추어 위의 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 「법인세법」제26조 및 같은 법 시행령 제48조 제1항에서 규정하는 ‘동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영(영위)함’의 의미는 청구법인이 주장하는 바와 같이 다수의 회사가 하나의 동일한 조직을 구성하거나 동일한 종류의 사업을 공동운영함으로써 발생하는 비용만을 의미하는 것이 아니라, 나아가 어느 회사 소속 경영기획실의 운영에 소요된 경비 등이 그룹 내 관계회사들의 업무를 조정하고 지원하는 업무를 수행하는 경우에 그 부서의 운영에 소요된 경비를 그룹의 공동경비에 해당하는 것으로 볼 수 있는 것(대법원 2012.11.29. 선고 2012두16305 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인 AAA 주식회사는 그 경영기획팀, 법무감사팀 등에 대한 인건비 등 경비를 청구법인 AAA 주식회사와 계열사들 간의 공동경비로 보아 청구법인 AAA 주식회사의 초과부담분(쟁점비용)을 산정하여 이를 손금불산입하고 법인세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인 AAA 주식회사는 기획.점검부서인 경영기획팀, 법무감사팀을 비롯하여 비서실을 운영하면서 그룹 공통의 이익을 위해 관련 업무를 수행해 온 것으로 보이는 점, 청구법인 AAA 주식회사는 2018년 5월 OOO 그룹의 지주사로 전환되기 이전까지는 OOO 그룹의 지주회사에 해당하지 아니하고, 이와 같은 그룹지주사의 부재 하에서 그룹전체업무를 지원하기 위한 부서가 필요한 것으로 보이는 점, 처분청의 심리자료 등에 따르면 청구법인 AAA 주식회사가 경영기획팀 등을 통해 그룹 관계회사들의 업무를 조정.관리한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인 AAA 주식회사의 경영기획팀, 법무감사팀, 비서실의 인건비 등 경비를 청구법인 AAA 주식회사와 계열사들 간의 공동경비로 보아 청구법인 AAA 주식회사 초과부담분(쟁점비용)을 손금불산입하고 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 , 같은 법 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.